Laporan Praktikum Genetika

ISOLASI DNA

Sumayyah*, A. Devita, B. A. Nofinska, E. Purwitasari, F. A. Aditya, L. M. Dewi, R. P. Khairina, T.S.

Indriyadi, T. Subiantistha, S. W. R. Hilia, E. A. Ambarwati, N. Mufida

Universitas Indonesia
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Departemen Biologi
Mei 2015

Abstrak

Deoxyribonucleic acid atau DNA merupakan materi genetik yang terdapat di dalam inti sel dan dapat diperoleh dari
darah, saliva, semen, dan lain-lain. Isolasi DNA merupakan proses pemisahan DNA dari zat kontaminasi dalam sel
dengan prinsip pemisahan melalui perbedaan berat molekul, sehingga hanya didapatkan DNA dalam pellet. Terdapat lima
tahapan isolasi DNA secara umum, yaitu isolasi sampel jaringan, pelisisan membran sel, ekstraksi DNA, presipitasi DNA,
purifikasi DNA, dan pengawetan DNA. Praktikum isolasi DNA menggunakan darah praktikum untuk sumber DNA dan
menggunakan teknik sentrifugasi dan presipitasi dalam pengerjaannya. Tujuan praktikum isolasi DNA adalah untuk
mengisolasi DNA yang terdapat di dalam darah dan mengetahui teknik-teknik yang digunakan dalam isolasi DNA. Hasil
praktikum isolasi DNA menunjukkan DNA hanya terlihat seperti gumpalan benang putih yang sangat kecil.

Kata kunci: DNA; ekstraksi DNA; isolasi DNA; sentrifugasi.

1. Pendahuluan didapatkan DNA murni. Satu untai DNA

berukuran sangat kecil, sehingga diperlukan
Deoxyribonucleic acid atau DNA banyak untai DNA agar terlihat dan dapat
merupakan objek yang penting dalam diamati (Calladine dkk, 2004: 1). Isolasi DNA
mempelajari genetika. Asam nukleat dapat diperlukan untuk memeriksa DNA sehingga
diamati dengan mengunakan mikroskop dapat digunakan untuk pengembangan ilmu
elektron, tetapi untuk melihat DNA secara genetika dan kesehatan (Hidayat 2011: 1).
langsung diperlukan teknik isolasi sehingga Praktikum isolasi DNA bertujuan untuk

*)Kelompok 3C 1
mengisolasi DNA serta mengetahui teknik-
teknik yang digunakan dalam isolasi DNA.
Asam nukleat atau DNA, merupakan materi
genetik dari semua makhluk hidup kecuali
beberapa virus yang memiliki RNA sebagai
materi genetik. Berdasarkan model yang disusun
oleh Watson dan Crick, DNA tersusun atas dua
rantai polinukleotida yang saling berikatan dan
membentuk pilinan yang putarannya searah
dengan jarum jam. Satu putaran komplementer
terjadi tiap 34 Å atau setiap 10 pasang basa.
Untaian DNA yang merupakan makromolekul,
disusun oleh molekul nukleotida yang terdiri
atas gula pentosa (deoksiribosa), basa nitrogen,
dan gugus fosfat (Ahluwalia 2001: 146, 148;
Fatchiyah dkk, 2011: 15).
Komponen penyusun pertama adalah gula
pentosa yang tersusun atas lima atom karbom.
Empat atom karbon berikatan dengan oksigen
membentuk cincin segi lima, sedangkan atom
karbon kelima berada di atas cincin. Komponen
kedua adalah basa nitrogen terbagi ke dalam dua
tipe, yaitu purin dan pirimidin. Asam nukleat
mengandung dua purin, yaitu adenin (A) dan
guanin (G), serta dua pirimidin, yaitu timin (T)
dan sitosin (C). Basa nitrogen berikatan dengan
deoksiribosa pada atom C 1’ dan dikatakan
sebagai nukleosida. Gugus fosfat dalam
nukleotida membuat sifat dari DNA menjadi
asam. Komponen tersebut dalam nukleotida
berikatan dengan atom C 5’ dari deoksiribosa
(Pierce 2006: 275—276). Satu untaian DNA
berpasangan dengan untaian lainnya melalui
ikatan antara pasangan basa yang membentuk
ikatan hidrogen. Adenin berpasangan dengan
2
timin, sedangkan guanin berpasangan dengan
sitosin. Jumlah satu basa pada tiap molekul
DNA sama dengan jumlah pasangan basa itu
sendiri, sehingga kondisi tersebut disebut juga
dengan Hukum Ekuivalen Chargaff (Robinson
2010: 91; Fatchiyah dkk, 2011: 13).
Tidak semua DNA terletak pada inti sel,
sehingga terdapat pembagian kategori DNA
berdasarkan letak pada sel eukariot, yaitu DNA
kromosom dan DNA ekstrakromosom. DNA
kromosom atau DNA nukleus, terdapat dalam
inti sel dan bertanggungjawab terhadap hampir
keseluruhan kerja sel (Robinson 2010: 93).
DNA tersebut mengandung materi genetik
individu yang tersimpan dalam 23 pasang
kromosom, dan merupakan kombinasi dari gen
yang dibawa oleh parental.
Selain di dalam inti sel, DNA juga terdapat
di organel lain yang disebut DNA
ekstrakromosom, contohnya DNA mitokondria
dan DNA kloroplas. Mitokondria memiliki
karakteristik DNA antara lain, rantai ganda
membentuk lingkaran atau sirkuler, pewarisan
secara maternal, serta memiliki banyak
pasangan basa adenine-timin (SFU Museum of
Archaeology and Ethnology 2010: 1; Wolfe
1993:882). Jumlah pasangan basa pada DNA
mitokondria manusia sebanyak 16.569 pasangan
basa dan terdapat dua sampai sepuluh di setiap
mitokondria. Perbedaan antara DNA
mitokondria dan DNA nukleus diantaranya
adalah ketiadaan intron—membuat potensi
mutasi lebih besar pada DNA mitokondria—dan
kodon terminasi UAA dalam DNA mitokondria
(Washington University 2015: 12). Materi
 genetik juga terdapat dalam kloroplas bersama
dengan RNA, ribosom, dan beberapa enzim,
yang sebagian besar terdapat di stroma. DNA
kloroplas merupakan untai ganda
ukurannya lebih besar daripada
mitokondria hewan, dengan ukuran antara 80 kb
sampai 600 kb (Bayu 2005: 1). DNA kloroplas
memiliki intron yang dapat digunakan sebagai
alat dalam analisis filogeni pada kelompok
tumbuhan (Graham dkk, 2000: S83).
Isolasi DNA merupakan langkah awal dari
berbagai analisis DNA. Prinsip isolasi DNA
adalah pemisahan molekul DNA
kontaminasi material seperti RNA dan protein
dalam suatu sel. Tahapan-tahapan
mengisolasi molekul DNA secara umum, yaitu
isolasi sel atau jaringan yang akan diambil
materi genetiknya, pelisisan membran sel,
ekstraksi DNA menggunakan larutan buffer,
presipitasi DNA menggunakan etanol, purifikasi
DNA dari RNA dan protein, serta pengawetan
DNA. Alternatif lain dalam proses isolasi DNA
adalah penggunaan membran atau matriks
selektif yang akan mengikat DNA pada kondisi
spesifik. Materi kontaminasi akan dipisahkan
dari DNA dengan pencucian, dan pemisahan
DNA dari membran dilakukan
pencucian menggunakan buffer elusi (Karp
2010: 742).
Isolasi DNA dilakukan sebagai tahapan
awal dalam teknik molekuler. Aplikasi isolasi
DNA meliputi bidang kedokteran, pertanian,
forensik, farmasi, arkeologi, peternakan, dan
perikanan (Sumartini 2001: 1)
2. Metodologi
Alat yang digunakan dalam praktikum
isolasi DNA adalah mikropipet, tips, tube,
yang tabung sentrifugasi, mesin sentrifugasi, vortex,
DNA waterbath, inkubator, sarung tangan, masker,
timer dan GD column. Bahan yang digunakan
dalam praktikum isolasi DNA adalah darah
praktikan sebanyak 0,1−0,3 μl , larutan pelisis
sel darah merah (RBC lysis solution), larutan
pelisis sel darah putih (nuclei lysis solution),
RNAase, larutan presipitasi protein,
isopropanol, etanol 70%, dan buffer tris-EDTA.
dari Prosedur kerja parktikum isolasi DNA
adalah sebagai berikut. Pertama, darah praktikan
untuk diambil sekitar 0,1−0,3 μl dan ditempatkan
dalam tube. Kedua, RBC lysis solution diberikan
sebanyak 10 µl menggunakan mikropipet ke
dalam tube. Ketiga, tube dihomogenasi dengan
menggerakkan tube membentuk pola angka
delapan atau teknik inverting. Keempat, tube
yang telah dihomogenasi, diinkubasi selama 10
menit. Kelima, tube dihomogenasi dengan
vortex selama beberapa detik dan larutan dalam
tube dipindahkan ke dalam tabung sentrifugasi
sebelum dimasukkan ke dalam mesin
sentifugasi, dan disentrifugasi selama 5 menit.
dengan Keenam, supernatant yang terbentuk setelah
sentrifugasi dibuang. Ketujuh, pellet di dalam
tube ditetesi kembali dengan RBC lysis solution
dan diberikan perlakuan yang sama seperti
sebelumnya, untuk memastikan hanya sel darah
putih yang tertinggal dalam pellet. Kedelapan,
tube diberikan nuclei lysis solution sebanyak
100 μl dan dilakukan inverting beberapa kali.
Kesembilan, tube diinkubasi dalam waterbath
3
 selama 15 menit dengan suhu antara 65ºC -
68ºC. Kesepuluh, tube diberikan RNAase dan
digoyangkan beberapa detik. Keduabelas, suhu
tube didinginkan hingga 37ºC dan diinkubasi
kembali selama 15 menit. Ketigabelas, tube
yang telah diinkubasi ditambahkan larutan
presipitasi protein dan didinginkan selama 4
menit sebelum disentrifugasi, kemudian
supernatant yang terbentuk dibuang.
Kelimabelas, isopropanol ditambahkan ke dalam
tube dan dilakukan inverting beberapa kali,
kemudian dihomogenasi dengan vortex.
3. Pembahasan
Larutan-larutan yang digunakan dalam
praktikum adalah RBC lysis solution, nuclei
lysis solution, larutan presipitasi protein, buffer
tris-EDTA, isopropanol, dan etanol 70%. Red
blood cell lysis solution atau larutan pelisis sel
darah merah berfungsi untuk melisiskan sel
darah merah dan mencegah DNA rusak pada sel
darah putih dengan menghambat produksi
DNAase (Fatchiyah dkk, 2011: 25--26). Nuclei
lysis solution merupakan larutan buffer pelisis
sel darah putih yang berfungsi sebagai pelisis
membran sel dan membran nukleus, sehingga
DNA dapat terekstraksi tanpa harus merusak
struktur molekulnya (Williams 2015: 1).
Penambahan RNAase bertujuan untuk
mendegradasi RNA, sehingga penambahan
tersebut membuat RNA larut dalam supernatan
dan tidak tercampur dengan DNA dalam pellet.
Presipitasi DNA menggunakan etanol 70%
bertujuan untuk membuat asam nukleat
terkonsentrasi dan memisahkan molekul tersebut
4
dari larutan menjadi pellet yang tidak larut
(Winfrey dkk, 1997: 43). Isopropanol digunakan
untuk memurnikan DNA dari ekstraksi sel,
sehingga DNA dapat terlihat oleh mata dan
untuk mendinginkan larutan agar DNA tidak
mengalami kerusakan selama proses presipitasi
(Fatchiyah dkk, 2011: 24). Larutan buffer tris-
EDTA berfungsi sebagai inhibitor DNAase yang
dapat menghidrolisis DNA dengan cara
mempertahankan pH larutan tetap 8 atau lebih
besar, sedangkan pH optimum produksi
DNAase lebih rendah (Winfrey dkk, 1997: 43).
Penggunaan teknik sentrifugasi dalam
isolasi DNA bertujuan untuk memisahkan benda
dengan berat molekul yang berbeda. Hasil dari
sentrifugasi tersebut adalah lapisan endapan
dengan berat molekul yang lebih besar, disebut
pellet, dan larutan diatasnya disebut supernatant
(Frei 2001: 6). Homogenasi dengan teknik
inverting ataupun alat vortex bertujuan untuk
mendapatkan sampel yang murni atau tidak
terikat dengan benda lain, seperti darah atau
jaringan lainnya (Heidcamp 2015: 1).
Hasil pengamatan DNA dari praktikum
pengamatan isolasi DNA menunjukkan bahwa
DNA belum terlihat karena masih menempel di
membran selektif pada GD column, sehingga
diperlukan buffer elusi untuk melepaskan DNA
dari membran. Berdasarkan literatur, DNA hasil
isolasi terlihat seperti sekumpulan benang
dengan massa yang kental dan berwarna putih
bersih (Calladine dkk, 2004: 1).
4. Kesimpulan
 Praktikum isolasi DNA memiliki dua
kesimpulan sebagai berikut. Hasil praktikum
isolasi DNA tidak terlihat, karena DNA masih
terikat dalam membran selektif dan belum diberi
larutan buffer elusi. Presipitasi DNA dalam
isolasi DNA menggunakan GD column.
Daftar Pustaka
Ahluwalia. 2001. Genetics. New Age International, New
Delhi: xvi + 451 hlm.
Bayu, E. S. 2005. Genom koroplas. e-USU Repository:
4 hlm.
http://library.usu.ac.id/download/fp/pemuliaan
%20tanaman-eva2.pdf (Diakses 9 Mei 2015 pukul
22.36 WIB).
Calladine, C. R., H. R. Drew, B. F. Luisi & A. A.
Travers. 2004. Understanding DNA: The molecule
& how it works, 3rd ed. Elsevier Academic Press,
California: xiii + 334 hlm.
Fatchiyah, E. L. Arumingtyas, S. Widyarti, & S.
Rahayu. 2011. Biologi molekular: Prinsip dasar
analisis. Penerbit Erlangga, Jakarta: xxiv + 191
hlm.
Frei, M. 2001. Centrifugation separations. BioFiles,
6(5): 6-7.
Graham, S. W., P. A. Reeves, A. C. E. Burns, & R. G.
Olmstead. 2000. Microstructural changes in
noncoding chloroplast DNA: Interpretation,
evolution, and utility of indels and inversions in
basal angiosperm phylogenetic inference.
International Journal of Plant Sciences, 161(6):
S83-S96.
Heidcamp, W. H. 2015. Chapter 3: Cell fractionation-
introduction. Gustavus Adolphus College.
5
http://homepages.gac.edu/~cellab/chpts/chpt3/intr
o3.html (Diakses 18 Mei 2015 pukul 06.26 WIB).
Hidayat. 2011. Teknik isolasi DNA dari darah.
http://repository.usu.ac.id/handle/123456789/2863
4 (Diakses 18 Mei 2015 pukul 15.38 WIB).
Williams, J. 2015. DNA isolation step 2: Extracting the
DNA. Cold Spring Harbor Laboratory.
http://www.dnalc.org/view/16962-DNA-Isolation-
Step-2-Extracting-the-DNA.html (Diakses 18 Mei
2015 pukul 05.36 WIB).
Karp, G. 2010. Cell biology, 6th ed. John Wiley & Sons,
Singapore: xvii + 765 hlm.
Neuromuscular Disease Centre. 2015. Mitochondrial
Disorders. Washington University, St. Louis.
http://neuromuscular.wustl.edu/mitosyn.html#gen
eral (Diakses 9 Mei 2015 pukul 21.59 WIB).
Pierce, B. A. 2006. Genetics: A conceptual approach.
709 hlm.
Robinson, T. R. 2010. Genetics for dummies, 2nd ed.
Wiley Publishing, Indianapolis: xvi + 387 hlm.
SFU Museum of Archaeology and Ethnology. 2010.
DNA Structure and Function. Simon Faser
University, Burnaby: 3 hlm.
http://www.sfu.museum/forensics/eng/pg_media-
media_pg/adn-dna/ (Diakses 9 Mei 2015 pukul
21.40 WIB).
Sumartini, I. 2001. Efisiensi pemakaian bahan ekstraksi
pada isolasi DNA mitokondria (Mtdna) ikan patin
(Pangasius hipoptalamus). Skripsi. Institut
Pertanian Bogor, Bogor: xiii + 29 hlm.
http://repository.ipb.ac.id/bitstream/handle/12345
6789/14322/C01ISU1.pdf?sequence=1 (Diakses
18 Mei 2015 pukul 04.42 WIB).
Winfrey, M. R., M. A. Rott, & A. T. Wortman. 1997.
Unraveling DNA: Molecular biology for the
 laboratory. Prentice Hall, New Jersey: xxviii +
369 hlm.
Wolfe, S. L. 1993. Molecular and cellular biology.
Wadsworth Publishing Company, California: xviii
+ 1145 hlm.