DOSEN PENGAMPU :
Dr. Ir. Sukendah, MSc
Disusun Oleh
KELOMPOK 6
a. Metode PCR-RFLP pada ITS DNA ribosom pada analisa keragaman genetic
1. Pemeriksaan DNA genom
Sampel yang digunakan adalah DNA dari 15 kultivar pisang yang diisolasi menggunakan
metode Dixit dan telah diklasifikasikan genomnya berdasarkan mikrosatelit
2. Amplifikasi PCR
Rangkaian proses amplifikasi DNA target terdiri atas tahap denaturasi DNA menjadi untai
tunggal, diikuti 35 siklus yang terdiri atas denaturasi, annealing, dan ekstensi. Hasil amplifikasi
kemudian diperiksa menggunakan elektroforesis gel agarose dengan konsentrasi 1,2%.
3. Pemotongan daerah ITS menggunakan enzim RsaI
Enzim RsaI bekerja secara optimum pada suhu 37oC dan memotong DNA pada situs
GT’AC, 1 unit enzim RsaI kurang lebih mampu mendigesti 1 μg DNA target. Hasil
pemotongan diperiksa menggunakan elektroforesis dengan konsentrasi 2% menggunakan
buffer TBE
b. Marka RAPD dan SSR untuk analisis keragaman genetic Musa balbisiana Colla
1. Ekstraksi DNA
Ekstraksi DNA pisang dilakukan dengan menggunakan metode CTAB
2. Amplifikasi DNA
Amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan 9 primer RAPD terpilih dan 6 primer
ISSR. Pemanasan pertama pada suhu 94oC selama 2 menit, kemudian diikuti oleh 45 siklus
yang terdiri atas denaturasi, annealing, dan ekstensi. Hasil amplifikasi PCR divisualisasi pada
gel agarosa 2,0% dalam bufer TEA secara elektroforesis dengan menggunakan Mupid Mini
Cell selama 50 menit pada 50 Volt.
c. Marka SNAP untuk perkembangan tanaman pisang berbasis Resistance Gene
Analogue
Pengujian keefektifan primer SNAP dilakukan menggunakan DNA genom yang diisolasi
dari daun muda tanaman pisang cv. Klutuk Wulung (BB) dan Barangan (AAA). Isolasi DNA
dilakukan menggunakan metode CTAB sebagaimana yang digunakan oleh Das et al.
1. Identifikasi Situs SNP Berbasis Sekuen RGA
Situs SNP diidentifikasi dengan melakukan pensejajaran sekuen DNA dari sembilan
fragmen RGA pisang menggunakan perangkat lunak GenDoc 2.7.
2. Desain Primer untuk Marka SNAP
Pasangan primer SNAP didesain berdasarkan situs SNP terpilih menggunakan perangkat
lunak WebSNAPER. Perangkat lunak WebSNAPER akan mengirimkan hasil ke alamat email
pengguna, yang selanjutnya dapat dikonversi dan dibaca menggunakan perangkat lunak
pengolah kata. Selanjutnya dari masing-masing hasil analisis untuk setiap situs SNP dipilih
satu set (empat primer). Setelah diperoleh runutan primer dilanjutkan dengan pemilihan sesuai
dengan jumlah situs SNP, primer disintesis menggunakan perusahaan jasa pembuatan primer.
3. Evaluasi Efektivitas Primer SNAP
Denaturasi cetakan DNA diikuti dengan 35 kali siklus. Produk PCR dipisahkan
berdasarkan ukuran dengan menggunakan elektroforesis gel agarose 1% pada mesin
elektroforesis dengan tegangan 80 V selama 25 menit
d. Marka SSR, RAPD dan karakter morfologi untuk sifat tidak berbunga jantan pada
mutan pisang kepok
1. Identifikasi Morfologi dan Isolasi DNA
Identifikasi morfologi menggunakan panduan deskriptor pisang dari International Plant
Genetic Resources Institute. Isolasi DNA mengikuti prosedur CTAB
2. Amplifikasi PCR
Amplifikasi menggunakan mesin PCR (Applied Biosystem USA) sebanyak 35 siklus setelah
pra-denaturasi. Setiap siklus terdiri atas denaturasi, annealing, dan elongasi. Fragmen DNA
hasil amplifikasi dielektroforesis pada tegangan 50 volt bersama DNA standar 1 kb DNA
ladder (Promega USA) pada gel agarose 1,2%.
3. Analisis Sekuen DNA
Analisis sekuen basa fragmen PCR hasil amplifikasi dengan primer dari gen PI dan AG
dilakukan dua arah, yaitu forward dan reverse pada tiga sampel DNA hasil amplifikasi. Hasil
sekuen DNA dianalisis menggunakan program BLAST-N.
e. Marka RAPD dan ISSR untuk analisis keragaman genetik 20 kultivar pisang diploid
(AA) koleksi CSC
1. Ekstraksi dan Isolasi DNA
Ekstraksi DNA pisang dilakukan menggunakan metode CTAB
2. Amplifikasi DNA
Amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan empat primer RAPD terpilih dan dua
primer ISSR. Pemanasan pertama pada suhu 94oC selama 2 menit, kemudian diikuti oleh 45
siklus yang terdiri atas denaturasi, annealing, dan ekstensi. Hasil amplifikasi PCR divisualisasi
pada gel agarosa 2,0% dalam bufer TEA (Tris-EDTA) secara elektroforesis dengan
menggunakan Mupid Mini Cell selama 50 menit pada 50 Volt.
III. HASIL DAN PEMBAHASAN
Analisis Keragaman Genetik Musa balbisiana Colla Berdasarkan Marka RAPD dan
ISSR
Sembilan marka RAPD menghasilkan 84 pita DNA yang teramplifikasi, 18 diantaranya
merupakan pita DNA polimorfik (21,45%), dengan rata-rata 10.5 pita DNA. Sedangkan enam
primer ISSR menghasilkan 61 pita DNA, 18 diantaranya merupakan pita DNA polimorfik
(29,50%), dengan rata-rata 10,17 pita DNA. . Hasil amplifikasi DNA pada 25 sampel M.
balbisiana ini dengan menggunakan sembilan primer RAPD dan lima primer ISSR di atas tidak
selalu memperoleh pita dengan intensitas yang sama. Intensitas pita DNA hasil amplifikasi
pada setiap primer sangat dipengaruhi oleh kemurnian dan konsentrasi DNA cetakan. Selain
itu, sebaran situs penempelan primer pada DNA cetakan dan adanya kompetisi tempat
penempelan primer pada DNA cetakan yang menyebabkan satu pita DNA diamplifikasi dalam
jumlah banyak dan pita DNA lainnya sedikit. Pemilihan primer pada analisis keragaman
genetik berpengaruh terhadap polimorfisme pita yang dihasilkan, karena setiap primer
memiliki situs penempelan tersendiri. Akibatnya pita DNA polimorfik yang dihasilkan setiap
primer menjadi berbeda, baik dalam ukuran banyaknya pasang basa maupun jumlah pita DNA.
Analisis gabungan data marka RAPD dan ISSR pada 25 sampel M. balbisiana Colla dan 4
sampel M.acuminata var malaccensis menghasilkan dendrogram yang memisahkan 25 sampel
M. balbisiana dengan 4 sampel M.acuminata var malaccensis menjadi 2 kluster. Kluster
pertama terdiri atas 6 sampel M.balbisiana var liukiunensis, dan kluster kedua terdiri atas 20
sampel M. balbisiana lainnya. Nilai duga kesamaan genetik 25 sampel M.balbisiana berkisar
antara 0,81 hingga 0,99.
Identifikasi Morfologi dan Marka Molekuler Terpaut Sifat Tidak Berbunga Jantan
Pada Mutan Pisang Kepok
Identifikasi morfologi menunjukkan adanya revertrant mutant dari perbanyakan
subkultur ke-6 dan anakan namun tidak menyebabkan perubahan morfologi lain, kecuali ada
atau tidaknya male bud. Munculnya revertrant mutant diduga berhubungan dengan stabilitas
klonal. Stabilitas klonal ialah faktor yang sangat penting dalam perbanyakan in vitro secara
komersial. Sebanyak 20 primer RAPD menghasilkan sebanyak 101 pita DNA dan 12 primer
ISSR menghasilkan sebanyak 52 pita DNA. Pita yang dihasilkan ialah pita DNA monomorfik,
sehingga belum dapat dijadikan sebagai alat untuk membedakaan antara tanaman tipe liar dan
tanaman mutan. Amplifikasi dengan primer dari gen PI dan AG tidak menghasilkan pita DNA
yang berbeda pada male budless mutant dan revertrant mutant. Hasil sekuensing dengan primer
dari gen PI lebih baik dibanding hasil sekuensing dengan primer dari gen AG. Sekuensing
dengan primer AG menghasilkan kromatogram dengan banyak noise yang mungkin
disebabkan karena multi template sekuen AG, sehingga dapat mengganggu penentuan posisi
basa DNA. Oleh karena itu, hanya hasil sekuensing fragmen PCR dengan primer dari gen PI
yang digunakan untuk analisis tahap selanjutnya. Analisis BLAST pada NCBI menunjukkan
bahwa sekuen nukleotida dari fragmen gen Pistillata tanaman pisang tidak berbunga jantan
mempunyai kesamaan dengan sekuen nukleotida dari fragmen gen Pistillata asal M. acuminata
Semua tanaman memiliki gen homeotik Pistillata (PI) dan Agamous (AG). Akan tetapi,
ditemukan adanya tiga variasi nukleotida (SNP) pada gen PI yaitu pada daerah 3’UTR posisi
nukleotida ke-445, 461 dan 507.
DAFTAR PUSTAKA
Ekasari T.W.D., A. Retnoningsih., dan T. Widianti. 2012. Analisis Keanekaragaman Kultivar
Pisang Menggunakan Penanda PCR-RFLP Pada Internal Transcribed Spacer (ITS) DNA
Ribosom. Jurnal MIPA. 35(1): 21 - 30
Naipospos, N., Miftahudin, dan Sobir. 2014. Identifkasi Morfologi dan Marka Molekuler
Terpaut Sifat Tidak Berbunga Jantan Pada Mutan Pisang Kepok. Jurnal Hortikultura.
24(1): 23-31
Poerba, Y. S., dan F. Ahmad. 2010. Keragaman Genetik Kultivar Pisang Diploid (AA) Koleksi
Cibinong Science Center Berdasarkan Marka RAPD dan ISSR. Biota. 15 (3): 308-315
Poerba, Y. S., dan F. Ahmad. 2013. Analisis Keragaman Genetik Musa balbisiana Colla
Berdasarkan Marka RAPD dan ISSR. Berita Biologi. 12(2): 259-267
Sutanto, A., C. Hermanto., D. Sukma dan Sudarsono. 2013. Pengembangan Marka SNAP
Berbasis Resistance Gene Analogue Pada Tanaman Pisang (Musa spp.). Jurnal
Hortikultura. 23(4): 300-309