Nama: Christyan Natanael Harvey Davika Ginting

NPM: 1906377170
Kelompok 5 siang Prakbiomol

1. Jika anda ingin membuat gel agarosa dengan konsentrasi 0,8% dengan 0,2g bubuk agarosa, maka
kalkulasikan volume buffer yang harus digunakan?

Jawab:

Konsentrasi Agarosa = gr / V

V = gr / konsentrasi agarose

V = 0,2 gr / 0,8%

V = 25

2. Sebutkan kelebihan dan kekurangan buffer TAE dan TBE! Sertakan acuan anda!

Jawab:

Buffer Kelebihan Kekurangan

 Migrasi DNA lebih cepat  Kapasitas Buffer rendah

karena memiliki
koduktivitas yang lebih
baik
TAE  Harganya lebih murah
 Baik digunakan dengan
fragmen DNA yang
lebih besar atau untuk
cloning
 High resolution
fragmen DNA > 2 KB
 Kapasitas buffer tinggi  Migrasi DNA lebih
 Baik digunakan saat lambat
membutuhkan resolusi  Harganya lebih mahal
TBE tinggi untuk fragmen
DNA yang kecil
 High resolution
fragmen DNA < 2 KB
Daftar Acuan:

Kroemer, T. Choosing Between TAE buffer and TBE Buffer for Agarose Gel Electrophoresis. 1 hlm.
https://www.goldbio.com/blog/post?slug=ChoosingBetween-TAE-and-TBE+Buffer-Agarose-
Gel-Electrophoresis, diakses 20 April pk 20.30 WIB

MERCK. TAE and TBE Running Buffers Recipe & Video. 1 hlm.
https://www.sigmaaldrich.com/ID/en/technical-documents/protocol/protein-biology/gel-
electrophoresis/tae-and-tbe-running-buffers-recipe, diakses 20 April 2022 pk 21.00 WIB.
3. Jelaskan mekanisme loading dye dan DNA gel stain/pewarna DNA dalam visualisasi elektroforesis?
Sertakan acuan anda!

Jawab:

Loading dye merupakan pewarna dalam elektroforesis yang terdiri atas bromophenol blue, ficoll 40,
dan air, serta komponen opsional yaitu xylene cyanol, tris, EDTA. Bromophenol blue merupakan
indikator DNA yang merubah warna. Mekanisme dalam visualisasi elketroforesis

 Pewarna itu akan bermigrasi independent dari sampel, dan memungkinkan pengguna
melihat lalu memperkirakan migrasi asam nukleat atau protein
 Pewarna yang dimuat akan memberikan warna pada sampel sehingga memudahkan
pengguna melihat secara visual proses yang terjadi
 Pewarna meningkatkan kepadatan pada sampel sehingga dapat memastikan pemuatan
merata dengan baik dalam sampel

DNA gel stain memiliki persamaan dengan loading dye yaitu mewarnai pita DNA yang dapat
dideteksi menggunakan UV transilluminator, visible-light transilluminator, atau laser-based scanner.
Gel yang telah diwarnai nantinya akan dapat dilihat secara visual untuk diamati oleh pengguna
menggunakan 300nm transilluminator, 254 nm epi/transilluminator, blue-light transilluminator.
Pewarna DNA juga dapat divisualisasikan dan dianalisis menggunakan imaging system yang
dilengkapi dengan sumber eksitasi di UV range atau pada 470-530 nm.

Daftar Acuan:

AMRESCO. ELECTROPHORESIS LOADING DYES for Acrylamide and Agarose Electrophoresis (E190,
E269, E274). 2 hlm. https://www.interchim.fr/ft/6/662600.pdf, diakses Rabu 27 April 2022 pk
15.00 WIB.

THERMOFISHER SCIENTIFIC. 2016. SYBR™ Safe DNA Gel Stain. 6 hlm.

https://www.thermofisher.com/documentconnect/documentconnect.html?url=https%3A%2F
%2Fassets.thermofisher.com%2FTFSAssets%2FLSG%2Fmanuals
%2Fsybr_safe_dna_gel_stain_man.pdf, diakses 27 April 2022 pk 15.45 WIB.

4. a) Jelaskan mekanisme preparasi protein agar menjadi bermuatan negatif!

Jawab:

Mekanisme preparasi protein agar bermuatan negative adalah dengan menggunakan sodium
dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis protein akan terpisaj menjadi beberapa sub unit
polipepetida penyusunnya menggunakan detergen SDS dengan bantuan pemanasan. SDS akan
melapisi protein dan memberikan muatan negative pada protein dalam sampel. SDS berfungsi untuk
mendenaturasi protein, mengakibatkan ikatan dalam protein terputus membentuk protein yang
dapat terelusi dalam gel. SDS akan mengganggu konformasi spesifik protein dengan melarutkan
molekul hidrofobik yang ada di dtruktur tersier polipeptida protein. SDS mengubab molekul protein
kembali ke struktur primernya dengan meregangkan gugus utama polipeptida, dan menyelubungi
setiap molekl molekul protein dengan muatan negative

Daftar Acuan:

Lolan, A.B.W.P. 2017. ANALISIS PROFIL PROTEIN DAUN YAKON (Smallanthus sonchifolius) YANG
TERLIBAT DALAM PENGATURAN KADAR GULA DARAH MENGGUNAKAN SDS-PAGE DAN
 BIOINFORMATIKA. Skripsi S1 Fakultas Teknologi Pertanian Universitas Katolik Soegijapranata,
Semarang: xi +59 hlm.

b) Jelaskan mekanisme staining protein menggunakan Coomassie Brilliant Blue (CBB)!

Jawab:

Pewarna coomasie brilliant blue (CBB) merupakan pewarna yang digunakan pada staining protein
pada pengukuran konsentrasi protein total. CBB akan berikatan dengan protein pada sam larutan
dalam suasana asam. Penetuan kadar protein didapatkan berdasarkan absorbansi maksimum untuk
larutan Coomassie brilliant blue pada panjang gelombang 595 nm saat terjadi pengikatan protein.
Coomassie blue berarna cokelat (oranye-merah pucat), apabila coomasie berikatan dengan protein
dalam larutan asam akan bersifat basa, keadaan basa dan muatan positif yang menekan pronotasi ini
akan mengubah warna larutan menjadi biru. perlu adanya pengenceran sampel sebelum melakukan
analisis.

Daftar Acuan:

Lindon, J.C., G. E. Tranter & D.W. Koppenaal. 2017. Encyclopedia of Spectroscopy and Spectrometry
3rd ed. Academic Press, United Kingdom: 3312 hlm.

Safiera, A.A. 2016. Aktivitas antioksidan dan kemampuan proteksi terhadap kerusakan DNA dari
protein isolate biji melinjo (Gnetum gnemom L.) terhidrolisi menggunakan alkalase
terimobilisasi. Skripsi S1 Fakultas Farmasi Universitas Jember, Jember: xix+60hlm.

5. a) Tentukan nilai Rf dari protein standar di bawah ini apabila diketahui jarak pergerakan loading
dye dari titik awal 8,5 cm!

Protein Jarak Pergerakan (cm) Berat Molekul (kDa)

A 1,4 150
B 2,5 80
C 3 55
D 5,7 20
Jawab:

Rf= jarak pergerakan protein / jarak pergerakan loading eye

Protein A = 1,4 / 8,5 = 0,164

Protein B = 2,5 / 8,5 = 0,294

Protein C = 3 / 8,5 = 0,352

Protein D = 5,7 / 8,5 = 0,670

b) Berdasarkan nilai Rf tersebut, tentukan persamaan kurva standarnya!

Jawab:

Berat
Molekul Log (BM)
protein (kDa)
A 150 2,176
B 80 1,903
C 55 1,74
D 20 1,301

Kurva Standar
2.5

2 f(x) = − 1.68856591852342 x + 2.40491287265512

R² = 0.980097186960921
1.5
Nilai Rf

Series2
1 Linear (Series2)

0.5

0
0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7
Berat Molekul (kDa) (log (BM))

y = -1,6884 x + 2,4047

R2= 0,98

c) Tentukan berat molekul protein X apabila diketahui jarak pergerakan protein X dari titik

awal adalah 3,6 cm

Jawab:

RfX = jarak pergerakan protein / jarak pergerakan loading eye = 3,6 / 8,5 = 0,423

y = -1,6884 (0,423) + 2,4047 = 1,690

Log-1 y = Log-1 (1,690) = 48,97788194