1

PENDAHULUAN

Latar Belakang

DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah merupakan senyawa kimia yang

paling penting dalam makhluk hidup karena molekul berperan sebagai pembawa

informasihereditas yang menentukan struktur protein dan proses metabolisme lain,

DNA genommeliputi gen dan intergen. DNA ini tersusun atas 3 komponen utama

yaitu guladeoksiribosa, basa nitrogen dan fosfat yang tergabung membentuk

nukleotida. DNA dapatmengalami denaturasi dan renaturasi serta diisolasi untuk

dipelajari (Suryo, 2014).

DNA yang baik memiliki kualitas dan kuantitas yang murni

tidak terkontaminasi olehRNA protein atau yang lainnya. Untuk menguji kualitas

dan kuantitas DNA dapatmenggunakan spektofotometer. Maka dari itu pada

praktikuminipraktikanmelakukan praktikum uji kualitas dan kuantitas DNA, prakt

ikan mengetahui konsentrasi dankemurnian DNA dan mengetahui tahapan-

tahapan dalam melakukan uji kualitas dankuantitas DNA (Medula,2014)

Uji kuantitatif DNA dilakukan secara spektrofotometri pada panjang

gelombang 260 nm dan 280 nm sehingga diperoleh nilai kemurnian dan

konsentrasi DNA hasil isolasi. Panjang gelombang 260 nm merupakan serapan

maksimum untuk asam nukleat, sedangkan panjang gelombang 280 nm

merupakan serapan maksimum untuk protein (Thompson, R. 2012)

Analisis kuantitas dilakukan untuk mengetahui kualitas hasil isolasi DNA

meliputi konsentrasi dan tingkat kemurnian DNA genom. Analisis ini dapat

dilakukan dengan menggunakan alat spektrofotometer. Analisis kualitatif DNA

genom dapat dilakukan dengan elektroforesis pada gel agarosa. Pengukuran

 2

konsentrasi DNA menggunakan spektrofotometer didasarkan pada prinsip radiasi

sinar ultra violet yang diserap oleh nukleotida. Asam nukleat dapat menyerap

cahaya dengan kuat pada panjang gelombang 260 nm . Apabila kepadatan optic

(Muladno, 2012).

DNA dikatakan berkualitas jika memiliki tingkat kemurnian yang tinggi,

karena telah termurnikan dari kontaminan seperti RNA, protein, dan lipid. Tingkat

kemurnian DNA diukur dengan membandingkan absorbansi asam nukleat pada

panjang gelombang A260 nm dan protein pada A280 nm. Kontaminasi DNA

dapat dilihat dengan semakin meningkatnya nilai absorbansi protein

(Muladno, 2012).
 3

Tujuan Praktikum

Adapun tujuan dari praktikum ini adalah untuk Mengetahui Cara Uji

Kuantitas DNA.

Kegunaan Penulisan

Adapun kegunaan penulisan ini adalah sebagai salah satu syarat untuk

dapat memenuhi komponen penilaian di Laboratorium Genetika Molekuler

program Studi Agroteknologi Fakultas Pertanian Universitas Sumatera Utara,

Medan dan sebagai sumber informasi bagi pihak yang membutuhkan.

 4

TINJAUAN PUSTAKA

Uji kuantitatif DNA adalah analisis untuk menentukan kandungan/jumlah

DNA yang terdapat dalam suatu zat atau komponen zat yang sebelumnya telah

diketahui keberadaan DNA plasmidnya dalam larutan contoh dengan cara uji

kualitatif (Wilson and Walker, 2012).

Prinsip kerja Spektrofotometri adalah bila cahaya (monokrommatik

maupun campuran) jatuh pada suatu medium homogen, sebagian dari sinar masuk

akan dipantulkan sebagian diserap dalam medium itu dan sisanya diteruskan. Nilai

yang keluar dari cahaya yang diteruskan dinyatakan dalam nilai absorbansi karena

memiliki hubungan dengan konsentrasi sampel (Rohman, 2017).

Sampel DNA dilakukan untuk melihat konsentrasi dan kemurnian DNA.

DNA hasil isolasi kemudian diuji secara kuantitatif dengan menggunakan

spektrofotometer Kuantifikasi ini dilakukan untuk melihat konsentrasi dan

kemurnian DNA. DNA dikatakan murni apabila mempunyai nilai perbandingan

absorbansi λ 260/280 nm berkisar 1,8-2,0. Pada kemurnian DNA yang nilainya

lebih rendah dari 1,8 menunjukkan sampel DNA terkontaminasi oleh protein,

sedangkan kemurnian DNA yang nilainya lebih tinggi dari 2,0 artinya sampel

DNA terkontaminasi oleh RNA. (Ariwibowo, 2013)

DNA berkualitas tinggi yang akan didapat dalam suata ekstraksi

merupakan suatu kaidah dasar yang harus dipenuhi dalam studi molekuler,

terutama dalam penandaan sidik jari DNA. CTAB merupakan metode umum yang

digunakan dalam ekstraksi DNA tanaman yang banyak mengandung polisakarida

dan senyawa polifenol (Yowono, 2013).

 5

Pengujian kuantitatif DNA dapat dilakukan dengan menggunakan metode

spektrofotometri. Terdapat beberapa cara yaitu spektrofotometri Vis (visible),

spektrofotometri UV (ultraviolet), Spektrofotometri UV-Vis (ultraviolet–visible)

dan Spektrofotometri Infra Red Dalam tulisan ini, hanya akan dijelaskan

mengenai spektrofotometri Vis dan UV–Vis. Uji kuantitatif DNA dengan metode

spektrofometri ini bertujuan untuk mengetahui keberadaan dan jumlah DNA di

dalam suatu larutan contoh uji dan untuk memahami penggunaan dan perbedaan

spektrofotometer Vis dan UV-Vis (Restu et al., 2012).

 6

BAHAN DAN METODE

Tempat dan Waktu Praktikum

Adapun praktikum ini dilaksanakan di Jalan Serdang No.131

Perbaungan Sumatera Utara, pada hari Selasa, 8 Maret 2022, Pukul 12.40 WIB

sampai dengan selesai.

Alat dan Bahan

Adapun alat yang digunakan pada praktikum ini adalah HP/Laptop

sebagai sarana praktikum, laptop sebagai alat dalam pengerjaan laporan.

Adapun bahan yang digunakan pada praktikum ini adalah buku dan alat

tulis untuk menulis materi praktikum, Google Classroom sebagai media

pembelajaran, buku dan alat tulis untuk menulis materi praktikum, Internet

yang digunakan sebagai sumber informasi dalam pembuatan laporan serta paket

data/wifi sebagai sarana untuk mengakses internet.

Prosedur Praktikum

- Disiapkan alat dan bahan yang diperlukan dalam praktikum

- Diberikan kode Google Classroom kepada praktikan sebagai media

pembelajaran dan media diskusi

- Diberikan materi praktikum secara daring

- Dicatat materi yang diberikan

- Dibuat jurnal untuk hasil dari kegiatan praktikum dengan referensi dari

jurnal atau literatur yang jelas.

 7

HASIL DAN PEMBAHASAN

Hasil

NO. GAMBAR KETERANGAN

1. Dihidupkan Spektrofotometer dan

disiapkan alat bahan yang akan
digunakan. Dan Dibersihkan cuvette
dengan alkohol lalu di lap dengan
menggunakan tissue

2. Diambil buffer TE sebanyak 1 µl dengan

menggunakan mikropipet lalu diletakkan

di lubang cuvette

3. Dimasukkan cuvette ke spektrofotometer

lalu di blank

4. Diambil stock DNA 1 µl dari sampel

NG28 diletakkan pada lubang cuvette
lalu dimasukkkan ke dalam
spektrofotometer lalu ditekan tombol
sampel dan didapat hasilnya

5. Diambil stock DNA 1 µl dari sampel

NG13 diletakkan pada lubang cuvette
lalu dimasukkkan ke dalam
spektrofotometer lalu ditekan tombol
sampel dan didapat hasilnya
 8

6. Diambil stock DNA 1 µl dari sampel

NG23 diletakkan pada lubang cuvette
lalu dimasukkkan ke dalam
spektrofotometer lalu ditekan tombol
sampel dan didapat hasilnya

7. Diambil stock DNA 1 µl dari sampel

NG12 diletakkan pada lubang cuvette
lalu dimasukkkan ke dalam
spektrofotometer lalu ditekan tombol
sampel dan didapat hasilnya. Difoto
setiap hasil yang didapat

Pembahasan

Uji kuantitatif DNA dilakukan secara spektrofotometri pada panjang

gelombang 260 nm dan 280 nm sehingga diperoleh nilai kemurnian. Hal ini sesuai

dengan literatur Wilson and Walker (2012) yang menyatakan bahwa Uji

kuantitatif DNA adalah analisis untuk menentukan kandungan/jumlah DNA yang

terdapat dalam suatu zat atau komponen zat yang sebelumnya telah diketahui

keberadaan DNA plasmidnya dalam larutan contoh dengan cara uji kualitatif

Prinsip kerja Spektrofotometri yaitu sebagian dari sinar masuk akan

dipantulkan sebagian diserap dalam medium itu dan sisanya diteruskan. Hal ini

sesuai dengan literatur Rohman (2017) yang menyatakan bahwa Prinsip kerja

Spektrofotometri adalah bila cahaya (monokrommatik maupun campuran) jatuh

pada suatu medium homogen, sebagian dari sinar masuk akan dipantulkan

sebagian diserap dalam medium itu dan sisanya diteruskan. Nilai yang keluar dari

cahaya yang diteruskan dinyatakan dalam nilai absorbansi karena memiliki

hubungan dengan konsentrasi sampel.

 9

DNA dikatakan murni apabila mempunyai nilai perbandingan absorbansi λ

260/280 nm berkisar 1,8-2,0. Hal ini sesuai dengan literatur Ariwibowo (2013)

Sampel DNA dilakukan untuk melihat konsentrasi dan kemurnian DNA. DNA

hasil isolasi kemudian diuji secara kuantitatif dengan menggunakan

spektrofotometer Kuantifikasi ini dilakukan untuk melihat konsentrasi dan

kemurnian DNA. DNA dikatakan murni apabila mempunyai nilai perbandingan

absorbansi λ 260/280 nm berkisar 1,8-2,0. Pada kemurnian DNA yang nilainya

lebih rendah dari 1,8 menunjukkan sampel DNA terkontaminasi oleh protein,

sedangkan kemurnian DNA yang nilainya lebih tinggi dari 2,0 artinya sampel

DNA terkontaminasi oleh RNA.

CTAB merupakan metode umum yang digunakan dalam ekstraksi DNA

tanaman yang banyak mengandung polisakarida dan senyawa polifenol. Hal ini

sesuai dengan literatur Yowono (2013) yang menyatakan bahwa DNA berkualitas

tinggi yang akan didapat dalam suata ekstraksi merupakan suatu kaidah dasar

yang harus dipenuhi dalam studi molekuler, terutama dalam penandaan sidik jari

DNA. CTAB merupakan metode umum yang digunakan dalam ekstraksi DNA

tanaman yang banyak mengandung polisakarida dan senyawa polifenol.

Terdapat beberapa cara yaitu spektrofotometri Vis (visible),

spektrofotometri UV (ultraviolet), Spektrofotometri UV-Vis (ultraviolet–visible)

dan Spektrofotometri Infra Red. Hal ini sesuai dengan literatur Restu et al (2012)

yang menyatakn bahwa Pengujian kuantitatif DNA dapat dilakukan dengan

menggunakan metode spektrofotometri. Terdapat beberapa cara yaitu

spektrofotometri Vis (visible), spektrofotometri UV (ultraviolet),

Spektrofotometri UV-Vis (ultraviolet–visible) dan Spektrofotometri Infra Red

 10

Dalam tulisan ini, hanya akan dijelaskan mengenai spektrofotometri Vis dan UV–

Vis. Uji kuantitatif DNA dengan metode spektrofometri ini bertujuan untuk

mengetahui keberadaan dan jumlah DNA di dalam suatu larutan contoh uji dan

untuk memahami penggunaan dan perbedaan spektrofotometer Vis dan UV-Vis.

 11

KESIMPULAN

1. Uji kuantitatif DNA adalah analisis untuk menentukan kandungan/jumlah

DNA yang terdapat dalam suatu zat atau komponen zat yang sebelumnya

telah diketahui keberadaan DNA.

2. Prinsip kerja Spektrofotometri adalah bila cahaya (monokrommatik

maupun campuran) jatuh pada suatu medium homogen, sebagian dari sinar

masuk akan dipantulkan sebagian diserap dalam medium itu dan sisanya

diteruskan.

3. DNA dikatakan murni apabila mempunyai nilai perbandingan absorbansi λ

260/280 nm berkisar 1,8-2,0.

4. CTAB merupakan metode umum yang digunakan dalam ekstraksi DNA

tanaman yang banyak mengandung polisakarida dan senyawa polifenol.

5. Terdapat beberapa cara yaitu spektrofotometri Vis (visible),

spektrofotometri UV (ultraviolet), Spektrofotometri UV-Vis (ultraviolet–

visible) dan Spektrofotometri Infra Red.

 12

DAFTAR PUSTAKA

Ariwibowo, H., 2013. Faktor Risiko Karsinoma Nasofaring. CDK-204, 40(5), pp.
348-251.

Muladno, 2012. Teknik Rekayasa Genetik. Bogor : Pustaka Wirausaha Muda.

Medula, 2014. Epstein-Barr Virus DNA in Serum of Patients with

Nasopharyngeal Carcinoma. Clin Cancer Res, 4(1), pp. 665-669.

Restu, M, Mukrimin dan Gusmiaty. 2012. Optimalisasi Teknik Ekstraksi dan

Isolasi DNA Tanaman Suren (Toona sureni Merr.) Untuk Analisis
Keragaman Genetik Berdasarkan Random Amplified Polymorphic DNA
(RAPD). Jurnal Natur Indonesia 14(2), Februari 2012: 138-142.

Rohman. (2017). Kimia Farmasi Analisis. Yogyakarta: Pustaka Pelajar

Suryo, 2014. Genetika Strata 1. Yogyakarta : Gadjah Mada University Press.

Thompson, R. 2012. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. New York: Cold-

Spring Harbor Laboratory Press.

Wilson, K and J. Walker. 2012. Principles and Techniques of Biochemistry and

Molecular Biology. Cambridge University Press, UK. 761 p.

Yowono, T. 2013. Bioteknologi Pertanian. Gadjah Mada University Press.