Nama : Sabita Nur Khofifah Syaidanna

Kelas : A
NIM : 225070507111013

Praktikum Biologi Molekuler

1. Kapan dan mengapa ekstraksi /isolasi perlu/harus dilakukan, dan kapan tidak ?
Jawaban :
- Ekstraksi/isolasi diperlukan ketika ingin memisahkan komponen-komponen
tertentu dari suaru campuran atau sumber alam. Alasan diperlukannya untuk :
1. Pemurnian : Ekstraksi memungkinkan pemisahan dan pemurnian zat dari
campuran kompleks. Misalnya, untuk mendapatkan senyawa murni dari
tanaman, ekstraksi dapat digunakan.
2. Analisis : Dalam konteks laboratorium atau ilmu pengetahuan forensik,
ekstraksi diperlukan untuk menganalisis dan mengidentifikasi komponen-
komponen spesifik dari sampel.
3. Pemisahan Fase : Kadang-kadang, kita perlu memisahkan dua fase yang
tidak bercampur sepenuhnya, seperti pemisahan minyak dan air.
- Ekstraksi/isolasi tidak diperlukan pada beberapa hal sebagai berikut :
1. Saat Komponen Sudah Murni : Jika zat yang kita perlukan sudah murni atau
dalam bentuk yang dibutuhkan, ekstraksi mungkin tidak diperlukan.
2. Ketidakpraktisan : Jika ekstraksi terlalu sulit atau tidak praktis dilakukan
untuk mendapatkan sejumlah kecil zat, mungkin lebih baik mencari metode
yang lebih sederhana.
3. Tidak Ada Tujuan Tertentu : Jika tidak ada kebutuhan khusus untuk
memisahkan atau mendapatkan zat tertentu, ekstraksi mungkin tidak
diperlukan.

2. Bagaimana dan mengapa harus dicek keutuhan DNA (dengan metode

elektroforesis agarose) ? Bagaimana hasil elektroforesis yang diharapkan?
Jawaban :
Cara Pengecekan Keutuhan DNA dengan Elektroforesis Agarose :
1. Persiapan Sampel DNA : Sampel DNA yang akan diperiksa diisolasi dan
dipersiapkan. Ini dapat melibatkan ekstraksi DNA dari sel atau organisme
tertentu.
2. Pencampuran dengan Gel Agarose : Sampel DNA dicampurkan dengan gel
agarose, suatu polimer yang membentuk jaringan berpori saat mendingin.
3. Memasukkan ke Gel : Campuran DNA dan gel dimasukkan ke dalam sumur-
sumur di gel elektroforesis.
4. Aplikasi Arus Listrik : Arus listrik diaplikasikan pada gel. DNA bermuatan negatif,
sehingga akan bergerak menuju elektroda positif. Ukuran molekul DNA
mempengaruhi sejauh mana mereka bergerak melalui gel.
5. Pemisahan Berdasarkan Ukuran : Molekul DNA dipisahkan berdasarkan
ukurannya saat mereka bergerak melalui pori-pori gel. Molekul yang lebih kecil
Nama : Sabita Nur Khofifah Syaidanna
Kelas : A
NIM : 225070507111013

bergerak lebih cepat dan mencapai ujung gel lebih dulu.

6. Visualisasi Hasil : Setelah elektroforesis selesai, gel diwarnai dengan suatu zat
yang menunjukkan keberadaan DNA. Hasilnya dapat divisualisasikan
menggunakan alat seperti transilluminator UV.

Alasan Pengecekan Keutuhan DNA :

1. Kontrol Kualitas : Elektroforesis agarose memungkinkan untuk mengontrol
kualitas sampel DNA. Ini penting terutama dalam eksperimen biologi molekuler,
seperti PCR atau sekuen DNA, di mana keutuhan DNA sangat krusial.
2. Identifikasi Fragmen DNA : Elektroforesis membantu mengidentifikasi jumlah
dan ukuran fragmen DNA dalam sampel. Ini penting dalam menentukan apakah
DNA utuh atau mengalami degradasi.
3. Pemilihan Fragmen untuk Eksperimen Tertentu : Dalam beberapa eksperimen,
kita mungkin hanya tertarik pada fragmen DNA dengan ukuran tertentu.
Elektroforesis memungkinkan pemilihan fragmen sesuai kebutuhan.

Hasil yang diharapkan dari elektroforesis ini :

Hasil elektroforesis yang diharapkan adalah pola pita (band pattern) yang jelas
dan terdefinisi dengan baik. Pita-pita ini mencerminkan ukuran dan jumlah
fragmen DNA dalam sampel. Jika DNA dalam keadaan utuh, kita dapat melihat
pita yang tajam dan tidak terpecah. Sebaliknya, jika DNA mengalami degradasi,
pita dapat terpecah menjadi fragmen yang lebih kecil. Pengecekan keutuhan DNA
ini penting untuk memastikan bahwa sampel DNA yang digunakan dalam
penelitian atau analisis memiliki kualitas yang baik.

3. Bagaimana menguji kemurnian DNA dan menentukan apa kontaminan yang

mungkin ada?
Jawaban :
Beberapa cara yang dapat dilakukan untuk menguji emurnian DNA serta
kontaminannya, sebagai berikut :
1. Spektrofotometri UV-Vis :
- Prinsip : Spektrofotometri UV-Vis digunakan untuk mengukur absorbansi
cahaya pada panjang gelombang tertentu, terutama 260 nm untuk DNA.
- Kemurnian : Rasio absorbansi pada 260 nm dan 280 nm dapat memberikan
indikasi tentang kemurnian DNA. DNA murni memiliki rasio ini sekitar 1,8.
2. Elektroforesis Agarose :
- Prinsip : Elektroforesis agarose memisahkan molekul DNA berdasarkan
ukurannya.
- Kemurnian : Pengecekan jumlah dan ukuran pita pada elektroforesis dapat
memberikan gambaran tentang kemurnian sampel. Kontaminan seperti RNA atau
protein dapat terdeteksi.
Nama : Sabita Nur Khofifah Syaidanna
Kelas : A
NIM : 225070507111013

3. Pengecatan Fluoresen :
- Prinsip : Pengecatan fluoresein, seperti menggunakan ethidium bromide atau
pewarna lainnya, memungkinkan visualisasi DNA di bawah sinar UV.
- Kemurnian : Kontaminan dapat terlihat sebagai pita tambahan atau bercak di
sepanjang gel.
4. PCR dan Sekuen :
- Prinsip : Amplifikasi PCR dari target spesifik dapat memberikan indikasi
keberadaan kontaminan atau primer dimers.
- Kemurnian : Analisis sekuen DNA hasil PCR dapat memastikan bahwa produk
adalah target yang diinginkan dan bukan kontaminan.
5. Analisis Bioinformatika :
- Prinsip : Analisis bioinformatika dari data sekuen DNA dapat memberikan
wawasan tentang keberadaan kontaminan.
- Kemurnian : Pencocokan sekuen dengan basis data referensi dapat
mengidentifikasi apakah ada sekuens-sekuens yang tidak diinginkan atau
kontaminan.
6. Enzim Restriksi :
- Prinsip : Pemotongan DNA dengan enzim restriksi yang mengenali situs-situs
khusus.
- Kemurnian : Jika ada kontaminan DNA, pemotongan dengan enzim restriksi
dapat menghasilkan pola pita yang berbeda.

4. Bagaimana/apa solusi jika kadar DNA dalam larutan hasil isolasi ketika dicek pada
spektrofotometri tidak terdeteksi ?
Jawaban :
Beberapa solusi yang dapat dilakukan apabila kadar DNA dalam larutan hasil
isolasi ketika dicek pada spektrofotometri tidak terdeteksi, sebagai berikut :
1. Pengecekan Kualitas Sampel :
Pastikan bahwa sampel yang digunakan untuk spektrofotometri adalah benar
benar mengandung DNA. Mungkin terjadi kesalahan dalam isolasi DNA atau
pengambilan sampel. Periksa apakah ada kontaminan dalam sampel yang
dapat mengganggu pembacaan spektrofotometri.
2. Pemilihan Panjang Gelombang yang Tepat :
Pastikan bahwa panjang gelombang yang digunakan untuk mengukur
absorbansi sesuai dengan panjang gelombang maksimum absorpsi DNA,
yaitu sekitar 260 nm.
3. Periksa Kondisi Spektrofotometer :
Pastikan spektrofotometer dalam kondisi yang baik dan dikalibrasi dengan
benar. Kalibrasi yang tidak tepat dapat menghasilkan pembacaan yang salah.
4. Dilusi Sampel :
Nama : Sabita Nur Khofifah Syaidanna
Kelas : A
NIM : 225070507111013

Jika sampel terlalu pekat, dilusikan dengan larutan penyangga yang sesuai.
Pembacaan yang terlalu tinggi dapat mengakibatkan saturasi detektor dan
hasil yang tidak dapat diandalkan.
5. Menggunakan Metode Alternatif :
Pertimbangkan untuk menggunakan metode lain untuk mengukur konsentrasi
DNA, seperti pewarna fluorimetri atau elektroforesis agarose.
6. Ulangi Isolasi DNA :
Jika hasil isolasi awal tidak memberikan DNA yang cukup, pertimbangkan
untuk mengulangi proses isolasi DNA dengan metode yang berbeda atau
memperbaiki protokol isolasi.
7. Periksa Integritas DNA :
Meskipun tidak terdeteksi secara kuantitatif, cek apakah DNA dalam sampel
masih memiliki integritas. Ini dapat dilakukan dengan elektroforesis agarose
untuk melihat apakah ada pita DNA yang terlihat.
8. Pertimbangkan Penggunaan Teknik Alternatif :
Jika spektrofotometri tidak memberikan hasil yang memadai, pertimbangkan
untuk menggunakan teknik alternatif seperti PCR atau metode berbasis
fluorimetri.
9. Bersiap untuk Kontaminasi atau Inhibitor :
Cek apakah ada kemungkinan adanya kontaminan atau inhibitor dalam
sampel yang dapat menghambat reaksi spektrofotometri.