LAPORAN AKHIR

PRAKTIKUM REKAYASA
MOLEKULAR
1

KELOMPOK 01

Meitha Permata Sari 230210160003

Vika Ena Marttiyani 230210160005

Frabu Prakoso 230210160019

Sandi Tia Kurnia 230210160039

Alya Nida Rahmadani 230210160052

Bagdja Hersandi Gusviga 230210160075

Bintang Candra Bayudana 230210160080

 2

BAB I
 LATAR EDIT IN GOOGLE SLIDES
BELAKANG Click on the button under the presentation preview that says "Use as Google
Slides Theme".

You will get a copy of this document on your Google Drive and will be able to
edit, add or delete slides.

You have to be signed in to your Google account.

3
  Mengetahui teknik-teknik yang digunakan dalam
isolasi DNA

 Mengetahui prinsip elektroforesis dan komponen

TUJUAN yang digunakan 4

 Mengetahui prinsip PCR dan siklus PCR

 Mengetahui komponen yang digunakan untuk PCR

 Mengetahui cara membaca kode gen dengan teknik

bioinformatika
 Manfaat yang diperoleh dari pelaksanaan
MANFAAT
praktikum ini adalah praktikan dapat 5

memperoleh pengetahuan tentang teknik isolasi

DNA, elektroforesis, PCR, dan bioinformatika.
 6

BAB II
1 Isolasi DNA
 Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA
dari tempatnya berada (ekstraksi atau lisis)
Pengertian
Isolasi DNA biasanya dilakukan dengan homogenasi dan 8

penambahan buffer ekstraksi atau buffer lisis

untuk mencegah DNA rusak (Yuwono, 2006).
 1.Teknik Random 2.Metode CTAB
Amplified Polymorphic
DNA (RAPD) Menghasilkan pita DNA
yang berukuran tebal
Teknik pengujian dan dapat memisahkan
Macam polimorfisme DNA DNA dari polisakarida
Metode berdasarkan pada
9
karena adanya
Isolasi DNA amplifikasi dari perbedaan
segmen-segmen DNA acak karakteristik
yang menggunakan kelarutan
primer tunggal yang (differensial of
sekuen nukleotidanya solubility). Disamping
ditentukan secara deperoleh fragmen DNA,
acak. dengan metode CTAB
juga akan diperoleh
RNA dengan pita tipis
 3. Phenol : 4. Salting Out
chloroform
Menggunakan garam
Menggunakan senyawa konsentrasi tinggii
Phenol-choloroform- (NaCl 6 M), untuk
Macam
isoamyl alcohol, medenaturisasi protein
Metode Metode standard untuk
10
menggunakan Proteinase
Isolasi DNA ekstraksi DNA,Akhir- K untuk denaturasi
akhir ini protein.
ditinggalkan, karena
sifat toksik phenol.
 Isolasi
Jaringan

Tahapan
Isolasi DNA 11
Purifikas
i

Presipita
si
 ◎ Visualisasi DNA dengan elektroforesis gel.

◎ Peninjauan pola fragmen DNA hasil pemotongan secara

enzimatik melalui teknik Hibridisasi Southern.
Manfaat
Isolasi DNA ◎ Isolasi DNA genomik dalam rangka pembuatan pustaka 12
genomik.

◎ Isolasi plasmid atau DNA fage dalam prosedur rutin

peminakan DNA.

◎ Isolasi DNA yang diperlukan sebagai cetakan (template)

dalam prosedur perbanyakan DNA secara in vitro melalui
teknik PCR (Anggie, 2011)
2 Elektroforesis
 Elektroforesis adalah suatu cara analisis
kimiawi yang didasarkan pada pergerakan
Pengertian
Elektrofores molekul-molekul protein bermuatan di dalam 14

is medan listrik (titik isoelektrik). Pergerakan

molekul dalam medan listrik dipengaruhi oleh
bentuk, ukuran, besar muatan dan sifat kimia
dari molekul (Titrawani, 1996).
 Proses
elektrofo
Penempa resis Visualisa
tan si sistem
sampel enzim
Cara Kerja
15
Elektrofores Pembuat
Observas
is an gel
i gel
pati

Ekstraksi Metode
enzim analisis
 Marker adalah segmen DNA yang spesifik dan
telah diketahui ukurannya. Marker berfungsi
Pengertian
Marker sebagai acuan untuk mengetahui ukuran DNA 16

hasil ampifikasi. Marker DNA yang terdapat di

dalam ruang elektroforesis berfungsi sebagai
penanda posisi pasangan basa dari molekul
DNA yang bermigrasi.
 ◎ Comb: digunakan untuk membentuk well pada
gel agarosa.

◎ Tray: digunakan untuk sebagai cetakan gel

Komponen
Elektrofores agarosa. 17

is Gel
◎ Chamber: digunakan sebagai wadah gel
agarosa.

◎ Sumber listrik: digunakan untuk memberarus

saat proses elektroforesis.
 Manfaat elektroforesis gel antara lain untuk
Manfaat mengetahui ukuran fragmen DNA dari produk
18
Elektrofores PCR, memisahkan produk DNA dari hasil digesti
is Gel
yang berbeda ukuran, lalu dapat disequencing,
dan juga untuk pemurnian atau purifikasi DNA.
 PCR (Poly Chain
3 Reaction)
 PCR merupakan metodologi molekular untuk
menggandakan potongan DNA menjadi berjuta
Pengertian
kali lipat dalam waktu yang singkat (Joko et al., 20
PCR
2011:54). Penggandaan DNA pada proses PCR
melibatkan penggunaan enzim dan sepasang
primer yang bersifat spesifik yang terhadap DNA
target yang akan digandakan.
  Cetakan DNA (DNA template)

 Primer

Komponen  dNTPs (deoxynucleotide triphosphates) 21

PCR

 Buffer dan MgCl2

 Enzim Polimerase
4 Bioinformatika
 Bioinformatika adalah ilmu yang mempelajari
penerapan teknik komputasional untuk mengelola
dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini
mencakup penerapan metode-metode
Pengertian
matematika, statistika, dan informatika untuk 23
Bioinformati
ka memecahkan masalah- masalah biologis, terutama
dengan menggunakan sekuens DNA dan asam
aminoBioinformat
serta informasi yang berkaitan dengannya.
Bioinformat
ika Klasik ika Baru
 Bioinformatika
Dalam Bidang Perananan Bioinformatika dalam bidang klinis ini
sering juga disebut sebagai informatika klinis
Klinis (clinical informatics).
Bioinformatika
Khusus di bidang Virologi (ilmu virus), kemajuan
dalam bidang
bioinformatika telah berperan dalam
Virologi mempercepat kemajuan ilmu ini.
Manfaat Bioinformatika Cara untuk menemukan obat biasanya dilakukan
Bioinformati Untuk dengan menemukan zat/senyawa yang dapat
24

Penemuan Obat menekan perkembangbiakan suatu agent

ka
Bioinformatika penyebab penyakit.
Bioinformatika juga menyediakan tool yang
Untuk Identifikasi
Agent Penyakit Baru
sangat penting untuk identifikasi agent penyakit
yang belum dikenal penyebabnya.
Bioinformatika
Bioteknologi telah diterapkan secara luas dalam
Untuk Bidang bidang pertanian, antara lain yaitu: Pupuk Hayati
Pertanian (biofertiliser) dan kultur in vitro.
 25

BAB
III
 Praktikum Isolasi DNA Genom dari Jaringan
Waktu dan Tanaman, Elektroforesis, dan PCR dilakukan pada
26
Tempat hari Selasa pukul 13.00 WIB di Laboratorium
Praktikum
Mikrobiologi Laut Fakultas Perikanan dan Ilmu
Kelautan Universitas Padjadjaran.
 Alat dan Bahan
1 Praktikum
 Tabel 1. Alat dan Bahan Isolasi DNA Genom dari Jaringan Tanaman
Alat dan Bahan Fungsi
Timbangan Analitik Mengukur massa sampel
Mortar Keramik dan Penumbuk Menghaluskan sampel
Memindahkan/mengambil sampel dalam
Mikropipet dan tips
jumlah sedikit
Microtubes 1,5 mL Sebagai wadah/tempat isolasi DNA
Isolasi DNA Vortex Menghomogenkan larutan
28
Genom dari Waterbath Menginkubasi pada suhu tertentu
Centrifuge Memisahkan sampel dengan larutan
Jaringan
Daun Mangrove Sebagai sampel uji
Tanaman
DNeasy Plant Mini Kit
Kit isolasi DNA
(QIAGENTM)
Nitrogen Cair Membantu proses penghalusan sampel
Dry Ice Menjaga sampel agar dalam kondisi baik

Aquadest/Air Deion Sebagai pekarut

TE Buffer Menstabilkan pH
 A. Pembuatan Gel Agarose
Tabel 2. Alat dan Bahan Pembuatan Gel Agarose

Alat dan Bahan Fungsi

Erlenmeyer Sebagai tempat pembuatan agar

Uji Kualitatif Batang Pengaduk Mengaduk/menghmogenkan larutan
29
Elektroforesis Microwave Memanaskan larutan
Gel Agarose Cetakan Gel Mencetak gel
Sisir Gel Membuat sumuran pada gel
Serbuk Agarosa Sebagai bahan pembuat gel agarosa
Larutan TAE IX Sebagai larutan yang memiliki daya ion

GelRedTM (BIOTIUM) Memproses staining

 B. Mobilisasi Molekul DNA Pada Gel Agarose
Tabel 3. Alat dan Bahan Mobilisasi Molekul DNA Pada Gel Agarose

Alat dan Bahan Fungsi

Perangkat
Melakukan proses elektroforesis
Elektroforesis
Uji Kualitatif
Elektroforesis Mikropipet Mengambil larutan dalam jumlah sedikit 30

Gel Agarose DNA Genome Sebagai sampel uji

Gel Agarose Sebagai media mobilisasi DNA
Larutan TAE 1x Sebaagai larutan yang memiliki daya ion
DNA Ladder Menandai DNA
Sebagai pemberat pada genome agar tidak keluar dari
Loading Dye 6x
sumur
Parafilm Sebagai media homogen loading dye & DNA genome
 C. Visusalisasi Pita DNA Pada Gel Agarose
Tabel 4. Alat dan Bahan Visualisasi Pita DNA Pada Gel Agarose

Alat dan Bahan Fungsi

UV
Memvisualisasikan DNA
Uji Kualitatif Transluminator
31
Elektroforesis Gel Tiang Wadah gel agarose
Gel Agarose Spatula Mengambil gel agarosa
Googles Pelindung
Gel Agarose hasil
Wadah DNA
elektroforesis
 A. Pembuatan Master Mix PCR (PCR Cocktails)
Tabel 5. Alat dan Bahan Pembuatan Master Mix PCR (PCR Cocktails)

Alat dan Bahan Fungsi

PCR Tubes Tempat pencampuran g DNA dengan kit

Amplifikasi Memindahkan cairan/larutan sesuai takaran yang

Miropipet dan tips
diinginkan 32
DNA dengan
Polymerase Cool Box Menyimpan bahan/sampel agar suhu tetap terjaga

Chain 2x KAPA 2G Fast Kit yang digunakan untuk mempermudah proses

Reaction Ready MixTM amplifikasi PCR (Polymerase Chain Reaction)
(PCR)
Sampel gDNA Sampel yang akan direplikasi

Primer Melengkapi sekuen DNA saat proses PCR

Es Curah Mempertahankan suhu agar tetap dingin
 B. Amplifikasi Molekul DNA dengan Metode PCR-Gradients
Tabel 6. Alat dan Bahan Amplifikasi Molekul DNA dengan Metode PCR-Gradients

Amplifikasi
33
DNA dengan
Polymerase
Chain
Reaction
(PCR)
 Quotations are commonly
printed as a means of

“
inspiration and to invoke 34

philosophical thoughts
from the reader.
 THIS IS A ◎ Here you have a list of items
SLIDE TITLE
◎ And some text
◎ But remember not to overload your slides
with content 35

Your audience will listen to you or read the

content, but won’t do both.
BIG
CONCEPT 36

Bring the attention of your audience over

a key concept using icons or illustrations
 YOU CAN White Black
ALSO SPLIT
YOUR Is the color of milk and Is the color of coal,
CONTENT fresh snow, the color ebony, and of outer
produced by the space. It is the darkest
combination of all the color, the result of the 37

colors of the visible absence of or complete

spectrum. absorption of light.
IN TWO OR Yellow Blue Red
THREE Is the color of gold, Is the colour of the Is the color of blood,
COLUMNS butter and ripe clear sky and the and because of this
lemons. In the deep sea. It is it has historically
spectrum of visible located between been associated with
light, yellow is found violet and green on sacrifice, danger and
38
between green and the optical spectrum. courage.
orange.
A PICTURE IS A complex idea can be
WORTH A
THOUSAND conveyed with just a
WORDS single still image,
namely making it
possible to absorb large 39

amounts of data quickly.

WANT BIG IMPACT?
USE BIG IMAGE.

40
 USE
DIAGRAMS
TO EXPLAIN
YOUR IDEAS
Vestibulum Vestibulum Vestibulum
congue congue congue tempus
tempus tempus
Lorem ipsum dolor sit Lorem ipsum dolor sit Lorem ipsum dolor sit amet, 41
amet, consectetur amet, consectetur consectetur adipiscing elit, sed do
adipiscing elit, sed do adipiscing elit, sed do eiusmod tempor. Ipsum dolor sit amet
eiusmod tempor. eiusmod tempor. elit, sed do eiusmod tempor.
AND TABLES
TO A B C
COMPARE
DATA
Yellow 10 20 7
42

Blue 30 15 10

Orange 5 24 16
MAPS

our
office

43
89,526,124
Whoa! That’s a big number, aren’t you proud?
44
89,526,124$
That’s a lot of money

185,244 users
And a lot of users
45

100%
Total success!
 OUR
PROCESS IS Lorem 1 Lorem 2 Lorem 3
EASY

Lorem ipsum dolor sit Duis sit amet odio vel Morbi iaculis dapibus
amet, consectetur purus bibendum tristique. In hac
adipiscing elit. Duis sit luctus. Morbi iaculis habitasse platea 46
amet odio vel purus dapibus tristique. In dictumst. Mauris
bibendum luctus. Morbi hac habitasse platea convallis quam at.
iaculis dapibus dictumst. Mauris Morbi iaculis dapibus
tristique. convallis quam at. tristique.
 LET’S Yellow Blue Red
REVIEW Is the color of gold, Is the colour of the clear Is the color of blood,
SOME butter and ripe lemons. sky and the deep sea. It and because of this it
CONCEPTS In the spectrum of is located between violet has historically been
visible light, yellow is and green on the optical associated with
found between green spectrum. sacrifice, danger and
and orange. courage. 47

Yellow Blue Red

Is the color of gold, Is the colour of the clear Is the color of blood,
butter and ripe lemons. sky and the deep sea. It and because of this it
In the spectrum of is located between violet has historically been
visible light, yellow is and green on the optical associated with
found between green spectrum. sacrifice, danger and
and orange. courage.
You can insert
graphs from 48
Google Sheets
 MOBILE PROJECT
Show and explain
your web, app or
Place your screenshot here 49
software projects
using these gadget
templates.
 TABLET PROJECT
Show and explain
your web, app or
Place your screenshot here 50
software projects
using these gadget
templates.
 DESKTOP
PROJECT
Place your screenshot here Show and explain
your web, app or 51

software projects
using these gadget
templates.
THANKS!
Any questions? 52
You can find me at @username &
user@mail.me
CREDITS Special thanks to all the people who made and
released these awesome resources for free:
◎ Presentation template by SlidesCarnival
◎ Photographs by Unsplash
53
PRESENT. This presentation uses the following typographies and colors:
DESIGN ◎ Titles: IBM Plex Sans Condensed
◎ Body copy: Frank Ruhl Libre
You can download the fonts on these pages:
https://github.com/IBM/plex
https://www.urbanfonts.com/fonts/Frank_Ruhl_Libre.font 54

Aizome blue #1d3e7c · Fuji grey #6b6e81 · Mist grey #d9dce6

You don’t need to keep this slide in your presentation. It’s only here to serve you as a design
guide if you need to create new slides or download the fonts to edit the presentation in
PowerPoint®
SlidesCarnival icons are editable shapes.

This means that you can:

◎ Resize them without losing quality.

◎ Change fill color and opacity.

◎ Change line color, width and style.

Isn’t that nice? :)

Examples:

55
😉
Now you can use any emoji as an icon!
And of course it resizes without losing quality and you can change the color.

How? Follow Google instructions

https://twitter.com/googledocs/status/730087240156643328

✋👆👉👍👤👦👧👨👩👪💃🏃💑❤😂😉 56

😋😒😭👶😸🐟🍒🍔💣📌📖🔨🎃🎈🎨🏈
🏰🌏🔌🔑 and many more...