POLIMORFISM DNA

Polimorfisme

varian dalam sekuens DNA

yang dapat menyebabkan Perbedaan
perubahan fungsi protein urutan nukleotida
dalam tubuh
Penyebab Polimorfisme
Alel
 gen yang memiliki lokus (posisi pada kromosom) yang sama
 Alel adalah variasi yang diperoleh pada panjang berkas dna
(Polimorfisme DNA)
 Sifat bervariasi karena ada mutasi
 Setiap gen memiliki 2 alel
 Akibat mutasi pada populasi terdapat alel yang sama (alel
ganda)
 Beberapa gen yang kompleks  Human leukocyte antigen
(HLA)
Alel Ganda
 Fenomena terjadinya 3/lebih alel dari suatu gen
 Terjadi karena mutasi yang menghasilkan banyak alel.
 Misal gen 1 bermutasi jadi a1,a2,a3 yang masing-masing

menghasilkan fenotip yang berbeda  hasilkan 4 varian

Alel letal
 Menyebabkan kematian bagi individu yang memilikinya
 Pertumbuhan bagian vital tubuh terganggu
 Terjadi pada stadium embrio sampai beberapa saat

setelah dilahirkan.
Kodominan
 Dua alel suatu gen yang menghasilkan produk berbeda

yang tidak dipengaruhi oleh alel lain

 Contoh : golongan darah
Restriction fragment-length polymorphism
(RFLP)
 Teknik untuk mendeteksi variasi padi tingkat sekuen DNA
 Mengacu pada variasi panjang fragmen antara individu

yang terjadi akibat polimorfisme sekuens DNA.

 Ini adalah jenis polimorfisme DNA pertama yang digunakan

untuk pemetaan genetik

 Dalam jenis polimorfisme ini, perubahan urutan

menyebabkan restriksi endonuklease terbentuk atau hilang

(timbul oleh point mutation)
 RFLP dideteksi secara historis setelah pencernaan

enzimatik melalui hibridisasi dengan probe berlabel

Restriction fragment-length polymorphism (RFLP)

◦ Deteksi RFLP untuk membandingkan profil pita-pita yang

dihasilkan setelah dilakukan pemotongan dengan enzim
restriksi terhadap DNA target/dari individu yang berbeda.
◦ Mutasi yang terjadi pada suatu organisma  mempengaruhi
molekul DNA dengan berbagai cara, menghasilkan fragmen-
fragmen dengan panjang yang berbeda.
◦ Perbedaan panjang fragmen ini dapat dilihat setelah
dilakukan elektroforesis pada gel, hibridisasi dan visualisasi. 
Restriction fragment-length polymorphism
(RFLP)
 Aplikasi teknik RFLP digunakan untuk
1. Mendeteksi variasi genetic
2. Hubungan kekerabatan
3. Asal dan evolusi suatu spesie
4. Pemetaan keseluruhan genom
5. Mengisolasi gen-gen yang berguna dari spesies liar
6. mengkonstruksi perpustakaan DNA
Restriction fragment-length polymorphism (RFLP)

Langkah RFLP

Pemot
ongan
enzim
Isolasi restriks Transfe Hibrida
DNA i oleh r DNA si DNA
elektrof
oresis
gel
Isolasi DNA
 Tahap pertama dari berbagai teknologi analisi DNA
 Ekstraksi DNA dilakukan dengan penambahan buffer untuk

mencegah DNA rusak

 Untuk mebantu terjadinya ekstraksi maka dilakukan inkubasi

pada suhu 60 C.
 Pemisahan dari komponen lain menggunakan sentrifugasi
Pemotongan dengan enzim restriksi dan elektroforesis gel

DNA hasil
Fragmen di
isolasi Menghasilk
elektroforesi
dipoteng an fragmen
s pada gel
oleh enzim fragmen
agarosa
restriksi

• Elektroforesis adalah pross bergeraknya molekul bermuatan pada

medan listrik.
• Elektroforesis dapat digunakan untuk separasi makromolekul
(protein dan asam nukleat)
• Perlu dilakukan Hibridasi dan Visualisai untuk mendeteksi fragmen
tertentu.
Transfer DNA dengan Southern Blotting

Fragmen
Di atas gel
DNA hasil
Gel diberikan
pemotonga
didenatura nilon
n yang
si dengan berpori/me
awalnya
larutan mbran
berada
dasar dan nitroselulos
pada gel
diletakkan a.
akan
pada Kemudian
ditransfer
bidang diatasnya
ke
datar diberi
membran
pemberat
tersebut
Hibridasi DNA

Jika Probe
Probe DNA
dan DNA
Membran akan
merupakan
diinkubasi mengenali
komplemen
bersama sekuen yang
maka akan
probe DNA komplemen
terjadi
dan ideal
hibridasi

DNA Probe adalah fragmen DNA pelacak target gen

Single nucleotide polymorphism (SNP)

 Terjadi perubahan pada pasangan basa tunggal, namun tidak menyebabkan

perubahan pada situs enzim restriksi
 Setara dengan Point mutation
 Contoh dua fragmen DNA sequencing dari individu yang berbeda AACCTTA
ke AAGCTTA, mengandung perbedaan dalam nukleotida tunggal.
 Dibandingkan dengan RFLP's, SNP diketahui didistribusikan secara luas ke
seluruh genom.
 Dengan ukuran genom 3300 Mb, pasti ada 4-5 juta SNP dalam genom
manusia
 SNP diidentifikasi  hibridisasi alel-spesifik atau perluasan primer alel-
spesifik
SNP
 Keunggulan :
1. Lebih mudah diaplikasikan
2. Menghasilkan PCR yabg kecil dimana marker akan bekerja
dengan kuat pada sampel DNA.
3. Mudah dalam pembacaan data
4. Automatisasi analisis
 Kelemaham : memerlukan informasi sekuen untuk suatu gen

yang menjadi target analisis dan untuk pengadaan alat dan

bahan memerlukan biaya tinggi.
 Variable number of tandem repeats
(VNTR)

 Urutan DNA yang pendek (20-50 nukleotida) mengulangi

beberapa kali jumlah variabel
 Sangat informatif untuk pemetaan
 VNTR tidak terdistribusi secara merata melalui genom
 Deteksi dilakukan dengan PCR dan elektroforesis, atau blotting,

atau dengan elektroforesis kolom.

Complex (“fingerprinting”) VNTR
STR: Short tandem repeats

 Urutan DNA yang sangat singkat (2-6 nukleotida)

 Sangat informatif untuk pemetaan
 Didistribusikan secara luas  standar untuk pemetaan percobaan
 Deteksi dilakukan dengan PCR dan elektroforesis (gel atau kolom), seringkali
dengan Fluorosensi
Fungsi Polimorfime DNA

◦ Pemetaan
◦ Identifikasi tiap individu
◦ Forensik
◦ Memahami tentang penyakit genetik (eg., triplet repeats, micro-
deletions or rearrangements)
Polimorfisme genetik
 Polimorfisme genetik didefinisikan sebagai “adanya
individu-individu dengan sifat genetik yang
berlainan tetapi hidup secara bersamaan dalam
populasi.
 Adanya perbedaan genetik ini bisa menyebabkan
perbedaan fenotip (“penampilan”).
 Salah satunya adalah dalam hal perbedaan respon
seseorang terhadap penggunaan obat.
 Obat yang sama, dengan dosis yang sama, bisa
memberikan efek yang berbeda pada orang yang
memiliki genetik yang berbeda.
 Sebagai contoh, sudah banyak informasi bahwa
pada suatu ras tertentu, sekian persen populasinya
memiliki sifat asetilator lambat, sehingga obat yang
mengalami proses asetilasi di dalam tubuh akan
lebih lambat prosesnya, dan obat akan berada
dalam tubuh lebih lama, sehingga efeknya
meningkat.
 Polimorfisme Genetik pada Penggunaan Obat
INH
 Contoh Polimorfisme ?
 INH  asetilator cepat mengakibatkan
hepatotoksik
 Asetilator lambat  butuh vitamin B6 agar tidak
terjadi neuropati perifer.
 Vitamin B6 diperlukan karena INH menghambat
pemakaian vitamin B6 di jaringan sehingga
meningkatkan ekskresi vitamin B6, sehingga dapat
terjadi defisiensi vitamin B6 yang mengakibatkan
neuropati perifer