ANALISIS

HASIL
ELEKTROFORESIS
D3-2B
KELOMPOK 6
1. Delisma Ayuni
2. Fani Hanifah
3. Meta Laila Safitri
4. Nadia Sendi Alaby
5. Refina Zalza Pujiawanti
6. Rizkika Aprillia
7. Salsabila Nurmawadah
 Pengertian Elektroforesis
Elektroforesis adalah suatu teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan berdasarkan
perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik. Selain itu, dapat berdasarkan atas
ukurannya dengan menggunakan medan listrik yang dialirkan pada suatu medium yang
mengandung sampel yang akan dipisahkan.
Prinsip Dasar
Elektroforesis
Prinsip dasar elektroforesis adalah molekul
dan partikel bermuatan akan bergerak ke
arah elektrode yang memiliki muatan
berlawanan di bawah pengaruh medan
listrik. 
Secara umum, elektroforesis digunakan untuk memisahkan, mengidentifikasi dan memurnikan fragmen DNA.
Elektroforesis digunakan untuk meneliti DNA dalam berbagai bidang dan dapat diaplikasikan untuk berbagai macam
kegiatan , misalnya :

- Dalam kegiatan biologi - Membandingkan gen

molekuler, untuk - Memudahkan homolog dari spesies
- Dalam bidang
memvisualisasikan identifikasi protein yang yang berbeda,
kepolisian, misalnya
keberadaan DNA, terdapat pada sebuah mengetahui susunan
sidik jari.
plasmid, dan produk DNA sekuens berbagai
PCR. genom

- Mengetahui aktivitas

Kegunaan
gen selama
-Mendeteksi lokasi dan
- Mendeteksi kelainan perkembangan berbagai
- DNA fingerprinting jumlah mRNA dalam sel
genetik tipe sel organisme atau
atau jaringan tertentu
percobaan perlakuan

Elektroforesis
gen

- Menentukan atau - Mengidentifikasi

- Mengetahui variasi
- Mempelajari evolusi mengidentifikasi berat persamaan dan
genetik yang ada di
tingkat molekuler molekul DNA, RNA, dan perbedaan genetik antar
alam
protein tertentu individu

- Mengetahui jumlah
fragmen DNA yang - Menganalisa fragmen
diklon dalam DNA yang diamplifikasi
rekombinan DNA lewat PCR.
plasmid
 Jenis Media yang Digunakan
Ada dua media yang sering
digunakan dalam menggunakan
elektroforesis yaitu:

2. Gel poliakrilamid dapat memisahkan

1. Gel Agarosa, merupakan metode
DNA dengan resolusi tinggi dan
standar untuk mengidentifikasi serta
hasilnya sangat murni, maka sangat
memurnikan fragmen-fragmen DNA
baik digunakan untuk analisa
dan RNA. molekuler lanjut.
Pewarna yang Digunakan pada Elektroforesis
Pewarna yang biasa digunakan adalah ethidium bromide (EtBr). EtBr bersifat karsinogenik dan
mutagenik. Pada kegiatan di bidang biologi molekuler sekarang tersedia alternatif pengganti
ethidium bromide (EtBr) yang diklaim lebih aman, salah satunya yaitu gel red.
Buffer yang Digunakan pada Elektroforesis

Ada sejumlah buffer yang digunakan untuk elektroforesis. Yang paling umum, untuk asam
nukleat Tris / Asetat / EDTA (TAE), Tris / Borate / EDTA (TBE). Banyak buffer lain telah
diusulkan, misalnya lithium borat.
 Cara Pembuatan Gel Agarose untuk
Keperluan Elektroforesis
Presentase gel agarose yang direkomendasikan, adalah sebagai berikut:

1. 0,5% agarose untuk fragmen DNA berukuran 1000-30.000bp

2. 0,7% agarose untuk fragmen DNA berukuran 800-12.000bp

3. 1,5% agarose untuk fragmen DNA berukuran 200-3.000bp

4. 2,0% agarose untuk fragmen DNA berukuran 50-20.000bp

5. Pilih tipe agarose yang digunakan. Kebanyakan tipe yang digunakan adalah standart agarose. Misalnya telah ditentukan akan dibuat 2% gel agarose
dalam volume 200 ml 1x buffer TAE, maka jumlah agarose yang akan ditimbang yaitu: 2 gram/100ml x 200ml=4 gram.

6. Tempatkan 4 gram agarose ke dalam labu erlenmeyer dan isi dengan larutan 1X Buffer TAE sampai volume 200ml, kemudian kocok sampai merata.

7. Panaskan dalam microwave sampai mendidih sampai larutan menjadi jernih.

8. Didinginkan agarose kira-kira sampai 60°C dan tambahkan 5µl ethidium bromide (10mg/ml) dan campur hingga merata.

9. Setelah itu larutan dituang ke dalam tray dan pasang well-forming combs, tunggu kurang lebih 30 menit atau sampai gel mengeras. Lepaskan well-
forming combs secara perlahan-lahan dan gel agarose siap digunakan untuk elektroforesis.
 Cara Kerja Elektroforesis

1. Letakkan pencetak sumur pada cetakan gel.

2. Pembuatan Gel :
• a. Untuk DNA yang belum di PCR : agarose 2% sebanyak 2 gram + Pelarut TAE 98mL
• b. Untuk DNA yang sudah di PCR: agarose 2% sebanyak 1,5 gram + Pelarut TAE 98,5 mL

3. Tuangkan ke dalam cetakan gel.

4. Diamkan sampai gel mengeras.

5. Letakkan cetakan gel pada alat elektroforesis, tuang bufer TAE 1 hingga mencapai tinggi 1
mm diatas gel.

6. Lepaskan pencetak sumur. Jangan melepaskan pencetak sumur sebelum gel berada dalam
bufer karena konsentrasi agarosa yang digunakan sangat rendah (gel dapat menjadi kempes).
7. Dilakukan pembuatan Ruler :

• a. Untuk DNA yang belum di PCR : 1mikronliter loading dye (biru) + 1 mikronliter gel red → diresuspensi → tambah gen ruler 5 mikronliter
(1KBp) → diresuspensi → dimasukkan ke dalam gel.
•b. Untuk DNA yang sudah di PCR: 1 mikronliter gel red + 5 mikronliter gen Ruler (100 Bp) → diresuspensi → dimasukkan ke dalam gel

8. Larutan yang akan dielektroforesis:

• a. Untuk DNA yang belum di PCR : 1 mikronliter loading dye (biru) + 1 mikron liter gel red + 5 mikronliter DNA yang sudah di PCR → resuspensi →
dimasukkan ke gel.
• b. Untuk DNA yang sudah di PCR (untuk masing – masing primer 005 dan308) : 1 mikronliter gel red + 5 mikronliter DNA yang sudah di PCR
9. Hubungkan alat elektroforesis dengan sumber arus dan nyalakan sumber arus pada70 Volt sampai bromofenol biru
mencapai ujung gel (kurang lebih 25 menit)

10. Matikan sumber arus.

11. Keluarkan gel dari tangki gel. Dilihat di ruang gelap dengan cahaya UV

12. Amati dan dokumentasikan hasil pengamatan tadi.

•Catatan : Jangan menyentuh gel/buffer dalam tangki elektrotoresis bila sumber arus sedang menyala.
 Marker
Marker adalah segmen DNA yang spesifik dan telah diketahui ukurannya. Marker berfungsi sebagai
acuan untuk mengetahui ukuran DNA hasil amplifikasi. Marker DNA yang terdapat di dalam ruang
elektroforesis berfungsi sebagai penanda posisi pasangan basa dari molekul DNA yang bermigrasi.
DNA marker yang biasa digunakan dalam elektroforesis diantaranya yaitu:
1. loading dye 2
2. DNA ladder 5 mikro (100 bp)
3. RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)
4. Mikrosatelit
5. Marker kappa dengan ukuran 100-10000 bp
6. Marker Norgen dengan ukuran 50-500 bp.
Hasil Pembacaan
Elektroforegram

Saat gel mengalir, potongan DNA yang lebih pendek

akan berjalan melalui pori-pori matriks gel lebih cepat
daripada yang lebih panjang. Setelah gel berjalan
beberapa saat, potongan DNA terpendek akan berada di
dekat ujung positif gel, sedangkan potongan DNA
terpanjang akan tetap berada di dekat sumur. Potongan
DNA yang sangat pendek mungkin akan langsung keluar
dari ujung gel jika membiarkannya terlalu lama.
Memvisualisasikan
hasil
 Begitu DNA telah bermigrasi cukup jauh di seluruh gel, arus listrik dimatikan
dan gel dikeluarkan dari tangki elektroforesis.
 Untuk memvisualisasikan DNA, gel diwarnai dengan pewarna fluoresen yang
mengikat DNA, dan ditempatkan pada transilluminator ultraviolet yang akan
menampilkan DNA yang diwarnai sebagai pita terang.
 Sebagai alternatif, pewarna dapat dicampur dengan gel sebelum dituangkan.
 Jika gel telah bekerja dengan benar pola pita penanda DNA / ukuran standar
akan terlihat.
 Kemudian dimungkinkan untuk menilai ukuran DNA dalam sampel Anda
dengan membayangkan garis horizontal yang melintasi pita penanda DNA.
Kemudian dapat memperkirakan ukuran DNA dalam sampel dengan
mencocokkannya dengan pita terdekat di penanda
 Ilustrasi yang menunjukkan pita DNA
dipisahkan pada gel. Panjang fragmen
DNA dibandingkan dengan penanda
yang mengandung fragmen dengan
panjang yang diketahui.
THANK YOU