SOAL

1. Apa perbedaan antara PCR dan RAPD

Jawab:

No. Parameter Pembeda PCR RAPD

1 Pengertian Suatu metode in vitro untuk Metoda baru untuk
menghasilkan sejumlah besar mengidentifikasi sejumlah besar
fragmen DNA spesifik dengan polimorfisme DNA pada genom
panjang dan sekuens yang telah
ditentukan dari sejumlah kecil
template kompleks
2 Sifat Sangat kuat dan sensitive Cepat dan efisien
3 Jenis Primer Dua oligonukleotida primer yang Oligonukleotida pendek (biasanya
komplementer dengan ujung 5 10 bp) sebagai primer yang akan
dari kedua rantai sekuens target berikatan dengan bagian (sites)
komplemennya
4 Prinsip Didasarkan pada amplifikasi Didasarkan pada penggandaan DNA
enzimatik fragmen DNA. dan kemampuan primer menempel
pada cetakan DNA
Fungsi spesifik Untuk memperbanyak fragmen Untuk mendeteksi polimorfisme
DNA juga memperbanyak DNA yang digunakan sebagai
molekul target tunggal dalam genetik marker dan menentukan
suatu campuran RNA dan DNA hubungan kekerabatan pada
kompleks bermacam-macam tanaman dan
serangga hama
5 Hasil Akumulasi eksponensial fragmen Berjuta-juta kopi segmen DNA
target spesifik lebih dari tertentu
berjuta kali lipat dalam
beberapa jam
6 Aplikasi Biologi molekuler, diagnostic, Studi keanekaragaman genetik,
genetika populasi dan analisis hubungan kekerabatan, peta
forensic genetik, sidik jari DNA.Sidik jari
DNA banyak digunakan untuk
kasus paternity dan forensik
2. Apa perbedaan RFLP dan RAPD
Jawab:

No. Parameter Pembeda RFLP RAPD

1 Pengertian Teknik PCR yang menggunakan Teknik PCR untuk mendeteksi
enzim restriksi untuk keragaman DNA didasarkan pada
mendeteksi keragaman DNA penggandaan DNA
2 Sifat Lambat Cepat dan efisien
Prinsip Didasarkan pada adanya Didasarkan pada penggandaan DNA
kemungkinan untuk dan kemampuan primer menempel
membandingkan profil pita-pita pada cetakan DNA
yang dihasilkan setelah dilakukan
pemotongan dengan enzim
retriksi terhadap DNA target
4 Mekanisme Amplikon dipotong dengan Penanda DNA yang memanfaatkan
menggunakan enzim restriksi primer acak oligonukleotida
untuk mendapatkan fragmen pendek (dekamer) untuk
DNA mengamplifikasi DNA genom
organisme
5 Parameter yang 1. Kemurnian DNA 1. Kemampuan primer menempel
diperhatikan Secara umum enzim restriksi pada cetakan DNA
sangat efisien dalam memotong 2. Kemurnian dan keutuhan DNA
situs DNA cetakan
namun tegantung pada
kemurnian DNA. Adanya
kontaminasi seperti
protein lain, fenol, kloroform,
etanol, EDTA, SDS, konsentrasi
garam yang
tinggi dapat menjadi penghambat
reaksi enzim restriksi.
2. Buffer enzim restriksi
Untuk tiap-tiap enzim restriksi
dibuat kondisi reaksi yang
optimal oleh
pabrik pembuat enzim.
3. Faktor lain
Jumlah yang besar kadang-
kadang diperlukan untuk
memotong DNA
sirkular pada plasmid atau DNA
virus dibandingkan untuk
memotong
DNA linier
6 Kelebihan 1. Menduga hubungan 1. Pengetahuan latar belakang
kekerabatan dari beberapa genom organisme tidak
individu yang dianalisis, diperlukan
2. Menduga ada tidaknya variasi 2. Hasil RAPD dapat diperoleh
 genetik dari koleksi plama secara cepat terutama jika
nutfah dibandingkan dengan analisis
3. Memonitor proses seleksi RFLP yang memerlukan banyak
(melalui linkage) berbagai tahapan
karakter 3. Beberapa jenis primer arbitrary
4. Memilah-milah komponen dapat dibeli dan digunakan
genetik dari karakter untuk analisis genom semua
kuantitatif organisme
5. Menganalisis gen yang berasal
dari proses transformasi
genetik
6. Bersifat kodominan sehinggan
dapat mendeteksi adanya
heterozigositas
7. Memiliki kemampuan
memisahkan yang tinggi pada
tingkat spesies, populasi.

Kekurangan Dibutuhkan DNA dengan 1. Pemunculan pita DNA kadang

kemurnian tinggi dalam jumlah kadang tidak konsisten. Hal ini
banyak, tidak mungkin dilakukan lebih sering terjadi jika suhu
outomatisasi, pada beberapa annealing yang digunakan terlalu
spesies mempunyai level tinggi. Dalam analisis kekerabatan
polimorfisme yang rendah, sedikit hal ini dapat diatasi dengan
lokus yang terdeteksi, menggunakan primer yang lebih
memerlukan perpustakaan probe banyak.
yang sesuai, membutuhkan 2. Ruas DNA yang berulang sering
waktu yang banyak, berlipat ganda (Talbert et al.1994)
membutuhkan biaya yang banyak 3. Homologi urutan nukleotida pada
pita-pita DNA dengan mobilitas
yang sama pada gel tidak
diketahui
4. Penanda RAPD bersifat dominan
Tahapan Proses 1. Isolasi DNA 1. Ekstraksi DNA genomik
2. Pemotongan dengan enzim Metode manual/konvensional:
restriksi (digesti restriksi) dan Isolasi DNA Genomik
elektroforesis gel menggunakan metode CTAB
3. Transfer DNA dengan Metode Automatis: Kit Isolasi
Southern blotting DNA genomik (recommended
4. Hibridisasi DNA product)
2. PCR
Komponen PCR premix
(recommended products):
Template DNA, primer, Taq
Polymerase, enzim buffer, MgCl2,
dNTPs

Komponen PCR master mix

 (recommended products) :
Template DNA, primer dan
Master Mix (Taq Polymerase,
enzim buffer, MgCl2, dNTPs)

3. Analisis: Elektroforesis
- Gel elektroforesis
- TAE/TBE Buffer
- DNA Marker
- Loading Dye
- EtBr/Red Safe
- Alat : Iluminator UV