LAPORAN RESMI

PRAKTIKUM BIOLOGI SEL MOLEKULER

PERCOBAAN 1

MERANCANG PROBE

Pengampu : Drs. Ibrahim Arifin, M.Sc., Apt

Disusun Oleh :

Nama Mahasiswa : Eva Kartalina

NIM : 165010111

Kelas / Golongan :B/3

FAKULTAS FARMASI

UNIVERSITAS WAHID HASYIM

SEMARANG

2018
I. TUJUAN
1. Merancang dan menganalisis probe yang akan digunakan dalam Southerm Blot dengan
menggunakan Bioinformatics data base (NCBI)
2. Mengetahui dan memahami cara mendeteksi terjadinya ekspresi gen dengan teknik
hibridisasi metode Southern Blot.

II. PENDAHULUAN

Probe merupakan istilah umum untuk untai DNA dan RNA yang bersesuaian
dengan gen atau sekuens yang menjadi minat. Probe dilabel baik dengan radioaktif
maupun dengan molekul tertentu yang dapat dideteksi sepeti biotin atau flouresin. Untai
DNA atau RNA dapat berhibridisasi dengan sekuens yang komplemen atau bersesuaian
dengannya. Oleh karena itu probe dapat melebel plaques virus, koloni bakteri maupun pita
pada gel yang mengandung gen yang menjadi minat dalam pelacakan atau deteksi.
Prosedur ini dinamakan DNA hibridisasi dan bergantung pada pembentukan pasangan
basa yang stabil antara probe dengan sekuens target. (Susanto, 2002)

DNA probe adalah suatu fragmen DNA atau RNA atau protein pelacak target gen.
DNA probe yang telah dilabel akan berkomplementasi denga target melalui hibridisasi
sehingga dapat mendeteksi keberadaan gen dilacak sehingga ikatan komplemen probe
dengan DNA target cenderung lebih kuat dan presisi. Sedangkan heterologus adalah probe
diperoleh dari sumber organisme yang berbeda atau dibuat secara sintetik sehingga
ikatannya kurang presisi dengan gen target.(Susanto, 2002)

Gen adalah suatu unit DNA yang diturunkan.Setiap GEN terdiri dari suatu
rangkaian DNA yang membawa informasi dari suatu protein. Apabila larutan berair DNA
dipanaskan sampai 1000 C atau berada dalam kondisi dengan pH tinggi (pH >13),maka
pasangan basa yang komplemen berikatan membentuk double helix akan terdisosiasi
menjadi dua singgle strand.Proses ini disebut denaturasi DNA,dimana untuk beberapa
tahun yang lalu merupakan reaksi yang irreversible. (Nelson dan Lehninger, 2000)

Hibridisasi merupakan pembentukan ikatan dupleks stabil antara dua rangkaian

nukleotida yang saling komplementer malalui perpasangan basa N. Mekanisme dasar
dibalik uji-uji diagnostik yang menggunakan probe asam nukleat adalah hibridisasi.
Hibridisasi bias terjadi antara :

1. DNA target dengan pelacak cDNA/mRNA (disebut Southern Blot Technique)

2. RNA target dengan pelacak RNA/DNA (disebut Notthern Blot Technique)
3. Protein target dengan pelacak Antibodi (disebut Westhern Blot Technique

(Yuwono, 2008)
 Metode hibridisasi merupakan metode yang sangat peka untuk menganalisis
maupun menentukan karkter suatu fragmen DNA. Metode ini dapat diterapkan pada
beberapa keperluan mulai dari mencari informasi letak suatu fragmen DNA dengan
Genom, analisis transkipsi dan regulasinya, deteksi penyakit genetik serta sidik jari DNA.
(Yuwono,2008)
Metode hibridisasi meliputi dua proses yaitu : proes denaturasi atau pemisahan dua
rantai asam nukleat yang komplemen dari proses renaturasi atau perpaduan kembali dua
rantai asam nukleat. Proses denaturasi biasanya dilakukan dengan cara pemanasan DNA
untuk memecah ikatan hidrogen yang terdapat diantara pasangan basa sehingga rantai
asam nukleat akan terpisah. Proses ini kemudian diikuti dengan proses renaturasi dengan
cara pendinginan. (Yuwono, 2008)
Ada beberapa macam hibridisasi yaitu:
1. Sothern Blot

Southern Blot digunakan penemuan gen dan pemetaan, evolusi dan study
pengembangan, forensic dan diagnostic. Dalam tingkat genetic untuk memodifikasi pada
organisme, southern blot digunakan sebagai tes untuk memastikan bahwa bagian DNA
tertentu mengenal urutan gen. southern blot analisis untuk menandai karakter transformer.
Southern blot analisis bermanfaat utnuk mendeteksi gross DNA penyusunan kembali yang
mungkin telah terjadi perubahan. Jika kamu sedang menganalisis β – galactosidase dengan
memasukkan atau menyisipkan dan dipotong potong dengan EcoRV maka dihasilkan
potongan sekitar 1kb dari atas dan bawah dari urutan β – galactosidase persandian dimulai.
Pemecahan oleh enzim restriksi, analisis gel, dan blotting.

Southern blot adalah suatu teknik yang dikembangkan oleh Edwin. M. southern
pada 1975, ahli biologi asal inggris. Teknik ini digunakan untuk pendeteksian suatu DNA
sequence spesifik (gen atau lain) dalam sampel kompleks DNA. Ini juga digunakan untuk
bobot molecular suatu restriksi fragmen dan mengukur sejumlah relative dalam sampel
berbeda. Dibawah kondisi-kondisi optimal southern blot mendeteksi ~ 0,1 pg DNA yang
menarik. Blot teknik digunakan untuk memindahkan protein DNA dan RNA ke suatu
pengangkut sehingga dapat dipisahkan, dan sering juga digunakan penggunaan suatu gel
electrophoresis. Southern blot digunakan untuk memindahkan DNA dan digunakan untuk
biologi molekuler untuk melihat kemungkinan kehadiran suatu DNA dalam suatu sampel
DNA. Southern blot selatan berkombinasi gel agarose electrophoresis untuk separasi
ukuran DNA dengan metoda untuk memindahkan DNA ke suatu membaran filter untuk
pemeriksaan hibridisasi. Metode lain adalah westhern blot dan northern blot memiliki
prinsip kerja yang sama tetapi menggunakan RNA dan protein.

2. Nothern Bloth

Teknik ini pada dasarnya hibridisasi asam nukleat, perbedaannya pada RNA
sebagai target. Probe sama dengan sothern blot dengan target adalah mRNA. Didalam
 equariot peilihan mRNA lebih efisien karena genomic DNA tidak mempunyai intron yang
mungkin interference yang mengikat probe untuk mengoreksi sequence.

Dasarnya teknik ini menggunakan mRNA sehingga pada agarose gel tidak
menggunakan perlakuan denaturasi dengan asam nukleat. Tahapan yang digunakan dalam
metode ini yaitu: pemisahan mRNA dengan electrophoresis, dipindahkan kedalam
membrane nylon dan diinkubasi dengan probe yang utas tunggal. Probe yang
sesungguhnya dilabel dengan biotin atau digoxigenin atau radioaktif. Variasi dari
hibridisasi northern adalah dengan teknik blot, dimana sampel tidak separasi berdasarkan
ukuran.

3. Hibridisasi westhern (protein target dengan pelacak antibody)

Hibridisasi merupakan salah satu cara pengidentifikasian dengan menggunakan

probe. Probe adalah untai DNA atau RNA yang bersesuaian dengan gen atau sekuen yang
menjadi minat. Proses ini dikenal dengan penyatuan kembali. (reanealling) atau
hibridisasi. Untuk mengidentifikasi urutan sasaran probe harus membawa suatu label.

(William, 2003)

Reaksi hibridisasi adalah proses dimana singgle stand asam nukleat yang
komplementer dapat dengan mudah membentuk double stand kembali.Pada reaksi
hibridisasi rangkaian asam nukleat yang komplamenter dengan konsentrasi rendah tetap
dapat terdetekksi asalkan digunakan DNA probe sebagai indikatornya.Teknik hibridisasi
ini juga dapat di gunakan untuk mencari gen yang tidak identik namun mempunyai suatu
hubungan.Selain itu,DNA probe dapat digunakan untuk menyelidiki ekspresi gen (dalam
reaksi hibridisasi dengan RNA).Hibridisasi DNA probe dengan RNA sel memungkinkan
aktif tidaknya suatu gen.Selain itu dapat menentukan terjadinya perubahan akibat
mekanisme kendali yang bekerja terhadap transkripsi DNA,splising RNA atau translasi
molekul-molekul mRNA-nya yang sudah matang ke dalam protein jika ekspresi sebuah
gen berubah. (Wolf,1993)

DNA probabe sering di gunakan bersama dengan elektroforesis gel untuk

mendeteksi molekul-molekul asam nukleat dengan rangkaian-rangkaian yang
komplementer dengan semua atau sebagian dari rangkaian probe. (Wolf,1993)

Untuk menganalisis RNA yang menyediakan suatu protein dengan DNA probe
terhadap RNA digunakan cara yang disebut northern Blotting.Mula-mula molekul RNA
yang masih utuh dari sel-sel suatu organ dipisah(fraksionasi)menjadi sederet pita pada gel
elektroforesis.Selanjutnya agar molekul-molekul RNA itu dapat dimasuki oleh DNA probe
perlu dibuat replika gel dengan cara memindahkan(blotting)molekul-molekul RNA yang
telah difraksionasi pada sehelai kertas nitroselulosa atau kertas kertas
nilon.Molekul-molekul RNA yang telah membentuk hybrid dengan DNA probe yang
radioaktif(karena memiliki sebagian dari rangkaian gen yang normal) kemudian
ditentukan lokasinya dengan menginkubasi kertas tersebut dengan larutan yang
 mengandung probe dan probe telah membentuk hybrida dideteksi dengan
otoradiografi.Karena molekul-molekul asam nukleat yang kecil bergerak melintasi gel
lebih cepat bila dibanding molekul-molekul yang besar,ukuransetiap RNA yang mengikat
probe dapat ditentukan dari laju migrasi molekul-molekul RNA dengan ukuran yang
diketahui(RNA standar).( Poedjyadi, 2005)

STRUKTUR DNA DAN RNA

Ada tiga struktur DNA yang dikenal selama ini. Struktur-struktur DNAtersebut
adalah sebagai berikut:

1.Struktur Primer

DNA tersusun dari monomer-monomer nukleotida. Setiap nukleotidaterdiri

dari satu basa nitrogen berupa senyawa purin atau pirimidin, satu gula pentosa berupa
2’-deoksi-D-ribosa dalam bentuk furanosa, dan satu molekul fosfat. Penulisan urutan basa
dimulai dari kiri yaitu ujung 5’ bebas (tidakterikat nukleotida lain) menuju ujung dengan
gugus 3’ hidroksil bebas ataudengan arah 5’ → 3’ (Darnell, et al., dalam T. Milanda,
1994).

2.Struktur Sekunder

Salah satu sifat biokimia DNA yang menentukan fungsinya sebagaipembawa

informasi genetik adalah komposisi basa penyusun. Pada tahun1949-1953, Edwin
Chargaff menggunakan metode kromatografi untukpemisahan dan analisis kuantitatif
keempat basa DNA, yang diisolasi dariberbagai organisme. Kesimpulan yang diambil dari
data yang terkumpuladalah sebagai berikut :

a.Komposisi basa DNA bervariasi antara spesies yang satu dengan spesiesyang
lain.

b.Sampel DNA yang diisolasi dari berbagai jaringan pada spesies yang
samamempunyai komposisi basa yang sama.

c. Komposisi DNA pada suatu spesies tidak berubah oleh perubahan usia,keadaan
nutrisi maupun perubahan lingkungan.

Hampir semua DNA yang diteliti mempunyai jumlah residu adenin yangsama
dengan jumlah residu timin (A=T), dan jumlah residu guanin yangsama dengan jumlah
residu sitosin (G=C) maka A+G = C+T, yang disebutaturan Charrgaff.DNA yang
diekstraksi dari spesies-spesies dengan hubungankekerabatan yang dekat mempunyai
komposisi basa yang hampir sama.Pada tahun 1953, James D. Watson dan Francis H.C.
Crick berhasilmenguraikan struktur sekunder DNA yang berbentuk heliks ganda
melaluianalisis pola difraksi sinar X dan membangun model strukturnya (Darnell, et
al.dalam T. Milanda, 1994).
 Heliks ganda tersebut tersusun dari dua untaipolinukleotida secara antiparalel
(arah 5’→3’ saling berlawanan), berputar ke kanan dan melingkari suatu sumbu. Unit gula
fosfat berada di luar molekulDNA dengan basa-basa komplementer yang berpasangan di
dalam molekul.Ikatan hidrogen di antara pasangan basa memegangi kedua untai heliks
gandatersebut (Willbraham and Matta dalam T. Milanda, 1994). Kedua untaimelingkar
sedemikian rupa sehingga keduanya tidak dapat dipisahkan kembalibila putaran
masing-masing untai dibuka.

Jarak di antara kedua untai hanya memungkinkan pemasangan basa purin(lebih

besar) dengan basa pirimidin (lebih kecil). Adenin berpasangan dengantimin membentuk
dua ikatan hidrogen sedangkan guanin berpasangan dengansitosin membentuk tiga ikatan
hidrogen. Dua ikatan glikosidik yang mengikatpasangan basa pada cincin gula, tidak
persis berhadapan. Akibatnya, jarakantara unit-unit gula fosfat yang berhadapan sepanjang
heliks ganda tidaksama dan membentuk celah antara yang berbeda, yaitu celah mayor dan
celahminor Struktur Tersier

Kebanyakan DNA virus dan DNA mitokondria merupakan molekul

lingkar.Konformasi ini terjadi karena kedua untai polinukleotida membentuk
strukturtertutup yang tidak berujung. Molekul DNA lingkar tertutup yang diisolasi
daribakteri, virus dan mitokondria seringkali berbentuk superkoil, selain itu DNAdapat
berbentuk molekul linier dengan ujung-ujung rantai yang bebas.RNA hampir sama dengan
DNA, perbedannya terletak pada :

a. Basa utama RNA adalah Adenin, Guanin, Sitosin dan Urasil, denganpanjang molekul 70
sampai 10.000 pb.
b. Unit gula RNA adalah D-ribosa
c. Molekul RNA berupa untai tunggal, kecuali pada beberapa virus.

(Poedjiadi, 2005)
III. ALAT :
● Laptop

IV. CARA KERJA

1. LATIHAN
A. Probe Pendek
1. Buka situs NCBI. Website ini menyediakan gene bank database yang
diperlukan untuk merancang suatu probe

2. Klik nukleotide pada kotak All database

3. Isi kotak search nucleotide for dengan nama gen (kode gen) yang akan
dianalisis (beri keterangan bahwa gen yang ingin diteliti adalah gen pada
Homo sapiens). Kode gen adalah NM_000125
4. Klik enter,lalu akan muncul tampilan seperti dibawah ini

5. Pilih gen yang akan dianalisis, dengan mengacu pada sekuen cDNA, buat
probe pendek (-+ 200 bp) dengan mem-block sekuen pada origin yang masuk
dalam region CDS (235-540) dengan mouse sepanjang yang diinginkan. Copy

6. Keluar dari halaman tersebut atau buka lagi situs yang sama. Klik menu
BLAST
7. Pilih menu NUKLEOTIDE BLAST, klik

8. Paste-kan rancangan probe tersebut pada kotak QUERY untuk mencari

komplemennya.
9. Hapus semua angka nomerik pada sekuen yang terdapat pada QUERY

10. Isi kolom job tittle dengan nama praktikan, pilih “ Human Genomic +
transcipt “,lalu tekan BLAST

11. Muncul grafik dan lakukan analisis lebih lanjut pada hasil deskrisi apakah
probe tersebut spesifik atau tidak dengan membandingkan presentase
komplemennya dengan gen target.
B. Probe Sedang
1. Buka situs NCBI. Website ini menyediakan gene bank database yang diperlukan untuk
merancang suatu probe

2. Klik nukleotide pada kotak All database

3. Isi kotak search nucleotide for dengan nama gen (kode gen) yang akan dianalisis (beri
keterangan bahwa gen yang ingin diteliti adalah gen pada Homo sapiens). Kode gen
adalah NM_000125
4. Klik enter,lalu akan muncul tampilan seperti dibawah ini

5. Pilih gen yang akan dianalisis, dengan mengacu pada sekuen cDNA, buat probe
sedang (-+ 500 bp) dengan mem-block sekuen pada origin yang masuk dalam region
CDS (235-780) dengan mouse sepanjang yang diinginkan. Copy

6. Keluar dari halaman tersebut atau buka lagi situs yang sama. Klik menu BLAST
7. Pilih menu NUKLEOTIDE BLAST, klik

8. Paste-kan rancangan probe tersebut pada kotak QUERY untuk mencari

komplemennya.

9. Hapus semua angka nomerik pada sekuen yang terdapat pada QUERY
10. Isi kolom job tittle dengan nama praktikan, pilih “ Human Genomic + transcipt “,lalu
tekan BLAST

11. Muncul grafik dan lakukan analisis lebih lanjut pada hasil deskrisi apakah probe
tersebut spesifik atau tidak dengan membandingkan presentase komplemennya dengan
gen target.
C. Probe Panjang

1. Buka situs NCBI. Website ini menyediakan gene bank database yang diperlukan
untuk merancang suatu probe

2. Klik nukleotide pada kotak All database

3. Isi kotak search nucleotide for dengan nama gen (kode gen) yang akan dianalisis (beri
keterangan bahwa gen yang ingin diteliti adalah gen pada Homo sapiens). Kode gen
adalah NM_000125

4. Klik enter,lalu akan muncul tampilan seperti dibawah ini

5. Pilih gen yang akan dianalisis, dengan mengacu pada sekuen cDNA, buat probe
panjang (-+ 1000 bp) dengan mem-block sekuen pada origin yang masuk dalam
region CDS (235-2022) dengan mouse sepanjang yang diinginkan. Copy
6. Keluar dari halaman tersebut atau buka lagi situs yang sama. Klik menu BLAST

7. Pilih menu NUKLEOTIDE BLAST, klik

8. Paste-kan rancangan probe tersebut pada kotak QUERY untuk mencari

komplemennya.
9. Hapus semua angka nomerik pada sekuen yang terdapat pada QUERY

10. Isi kolom job tittle dengan nama praktikan, pilih “ Human Genomic + transcipt “,lalu
tekan BLAST
 11. Muncul grafik dan lakukan analisis lebih lanjut pada hasil deskrisi apakah probe
tersebut spesifik atau tidak dengan membandingkan presentase komplemennya
dengan gen target.

V.CARA KERJA

2. TUGAS

A. Probe Pendek
1. Buka situs NCBI. Website ini menyediakan gene bank database yang diperlukan untuk
merancang suatu probe

2. Klik nukleotide pada kotak All database

3. Isi kotak search nucleotide for dengan nama gen (kode gen) yang akan dianalisis (beri
keterangan bahwa gen yang ingin diteliti adalah gen pada Homo sapiens). Kode gen
adalah NM_005526.1

4. Klik enter,lalu akan muncul tampilan seperti dibawah ini

5. Pilih gen yang akan dianalisis, dengan mengacu pada sekuen cDNA, buat probe panjang
(-+ 200 bp) dengan mem-block sekuen pada origin yang masuk dalam region CDS
(241-540) dengan mouse sepanjang yang diinginkan. Copy
6. Keluar dari halaman tersebut atau buka lagi situs yang sama. Klik menu BLAST

7. Pilih menu NUKLEOTIDE BLAST, klik

8. Paste-kan rancangan probe tersebut pada kotak QUERY untuk mencari komplemennya
9. Hapus semua angka nomerik pada sekuen yang terdapat pada QUERY

10. Isi kolom job tittle dengan nama praktikan, pilih “ Human Genomic + transcipt “,lalu
tekan BLAST

11. Muncul grafik dan lakukan analisis lebih lanjut pada hasil deskrisi apakah probe tersebut
spesifik atau tidak dengan membandingkan presentase komplemennya dengan gen target.
B.PROBE SEDANG

1. Buka situs NCBI. Website ini menyediakan gene bank database yang diperlukan untuk
merancang suatu probe

2. Klik
nukleotide pada
kotak All database

3. Isi kotak search nucleotide for dengan nama gen (kode gen) yang akan dianalisis (beri
keterangan bahwa gen yang ingin diteliti adalah gen pada Homo sapiens). Kode gen
adalah NM_005526.1
4. Klik enter,lalu akan muncul tampilan seperti dibawah ini

5. Pilih gen yang akan dianalisis, dengan mengacu pada sekuen cDNA, buat probe panjang
(-+ 500 bp) dengan mem-block sekuen pada origin yang masuk dalam region CDS
(301-780) dengan mouse sepanjang yang diinginkan. Copy

6. Keluar dari halaman tersebut atau buka lagi situs yang sama. Klik menu BLAST
7. Pilih menu NUKLEOTIDE BLAST, klik

8. Paste-kan rancangan probe tersebut pada kotak QUERY untuk mencari komplemennya

9. Hapus semua angka nomerik pada sekuen yang terdapat pada QUERY
10. Isi kolom job tittle dengan nama praktikan, pilih “ Human Genomic + transcipt “,lalu
tekan BLAST

11. Muncul grafik dan lakukan analisis lebih lanjut pada hasil deskrisi apakah probe tersebut
spesifik atau tidak dengan membandingkan presentase komplemennya dengan gen target
C . PROBE PANJANG

1. Buka situs NCBI. Website ini menyediakan gene bank database yang diperlukan untuk
merancang suatu probe

2. Klik nukleotide pada kotak All database

3. Isi kotak search nucleotide for dengan nama gen (kode gen) yang akan dianalisis (beri
keterangan bahwa gen yang ingin diteliti adalah gen pada Homo sapiens). Kode gen
adalah NM_005526.1
4. Klik enter,lalu akan muncul tampilan seperti dibawah ini

5. Pilih gen yang akan dianalisis, dengan mengacu pada sekuen cDNA, buat probe
panjang (-+ 1000 bp) dengan mem-block sekuen pada origin yang masuk dalam region
CDS (301-1260) dengan mouse sepanjang yang diinginkan. Copy

6. Keluar dari halaman tersebut atau buka lagi situs yang sama. Klik menu BLAST
7. Pilih menu NUKLEOTIDE BLAST, klik

8. Paste-kan rancangan probe tersebut pada kotak QUERY untuk mencari komplemennya

9. Hapus semua angka nomerik pada sekuen yang terdapat pada QUERY
10. Isi kolom job tittle dengan nama praktikan, pilih “ Human Genomic + transcipt “,lalu
tekan BLAST

11. Muncul grafik dan lakukan analisis lebih lanjut pada hasil deskrisi apakah probe
tersebut spesifik atau tidak dengan membandingkan presentase komplemennya dengan
gen target.
V. HASIL
1. LATIHAN
A. PROBE PENDEK

Kode gen : NM_000125

Nama gen : Homo sapiens Estrogen Receptor 1 (ESR 1) ,transcript variant . mRNA

CDS : 235-2022

Probe : 241-540 (300 bp)

Deskripsi

Description Score Query Cover

(%)
Homo sapiens estrogen Receptor 1 (ESR 1) transcript 555 100 %
variant 1. Mrna
Homo sapiens estrogen Receptor 1 (ESR 1) transcript 555 100%
variant 2. mRNA
Homo sapiens estrogen Receptor 1 (ESR 1) transcript 555 100%
variant 3. mRNA
Homo sapiens estrogen Receptor 1 (ESR 1) transcript 555 100%
variant 4. mRNA
Homo sapiens estrogen Receptor 1 (ESR 1) transcript 555 100%
variant 5. mRNA
Homo sapiens estrogen Receptor 1 (ESR 1) transcript 555 100%
variant 6. mRNA
Homo sapiens chromosome 6 GRCh38.p7 Primary 555 100%
Assembly
 Homo sapiens chromosome 6 alternate assembly CHM1 544 99%
1.1

Gambar

B. PROBE SEDANG

Kode gen : NM_000125

Nama gen : Homo sapiens Estrogen Receptor 1 (ESR 1) ,transcript variant . mRNA

CDS : 235-2022

Probe : 301 – 780 (480 bp)

Deskripsi

Description Score Query Cover

(%)
Homo sapiens estrogen Receptor 1 (ESR 1) transcript 887 100 %
variant 1. mRNA
Homo sapiens estrogen Receptor 1 (ESR 1) transcript 887 100%
variant 2. mRNA
Homo sapiens estrogen Receptor 1 (ESR 1) transcript 887 100%
variant 3. mRNA
Homo sapiens estrogen Receptor 1 (ESR 1) transcript 887 100%
variant 4. mRNA
Homo sapiens estrogen Receptor 1 (ESR 1) transcript 887 100%
variant 5. mRNA
Homo sapiens estrogen Receptor 1 (ESR 1) transcript 887 100%
variant 6. mRNA
Homo sapiens chromosome 6 GRCh38.p7 Primary 715 100%
Assembly
Homo sapiens chromosome 6 alternate assembly CHM1 710 99%
1.1

Gambar

C. PROBE PANJANG
Kode gen : NM_000125
Nama gen : Homo sapiens Estrogen Receptor 1 (ESR 1) ,transcript variant mRNA
CDS : 235-2022
Probe : 301 – 1260 (960 bp)

Deskripsi

Description Score Query Cover

Homo sapiens estrogen Receptor 1 (ESR 1) transcript 1773 100%
variant 1. mRNA
Homo sapiens estrogen Receptor 1 (ESR 1) transcript 1773 100%
variant 2. mRNA
Homo sapiens estrogen Receptor 1 (ESR 1) transcript 1773 100%
variant 3. mRNA
Homo sapiens estrogen Receptor 1 (ESR 1) transcript 1773 100%
variant 4. mRNA
Homo sapiens estrogen Receptor 1 (ESR 1) transcript 1746 100%
variant 5. mRNA
Homo sapiens estrogen Receptor 1 (ESR 1) transcript 1753 100%
variant 6. mRNA
Homo sapiens chromosome 6 GRCh38.p7 Primary 715 100%
Assembly
Homo sapiens chromosome 6 alternate assembly CHM1 710 99%
1.1

Gambar

2.TUGAS

A. PROBE PENDEK

Kode gen : NM_005526.1

Nama gen : Homo sapiens Heat Shock Transcription Factor 1 (HSF1) ,mRNA

CDS : 161-1750

Probe : 240-540 (300 bp)

Deskripsi

Description Score Query Cover

(%)
Homo sapiens Heat Shock Transcription Factor 1 555 100%
(HSF1) ,mRNA
 Homo sapiens Chromosome 8,alternate assembly CHM1 231 100%
1.1
Homo sapiens Chromosome 8 GRCh 38 p7, primary 231 100%
assembly

Gambar

B. PROBE SEDANG

Kode gen : NM_005526.1

Nama gen : Homo sapiens Heat Shock Transcription Factor 1 (HSF1) ,mRNA

CDS : 161-1750

Probe : 301-780 (480 bp)

Deskripsi

Description Score Query Cover

(%)
Homo sapiens Heat Shock Transcription Factor 1 887 100%
(HSF1) ,mRNA
Homo sapiens Chromosome 8,alternate assembly 259 98%
CHM1 1.1
Homo sapiens Chromosome 8 GRCh 38 p7, primary 259 98%
assembly

Gambar
 C. PROBE PANJANG
Kode gen : NM_005526.1
Nama gen : Homo sapiens Heat Shock Transcription Factor 1 (HSF1) ,mRNA
CDS : 161-1750
Probe : 301-1260 (960 bp)
Deskripsi

ption Cover (%)

Homo sapiens Heat Shock Transcription Factor 1

(HSF1) ,Mrna
Homo sapiens Chromosome 8,alternate assembly
CHM1 1.1
Homo sapiens Chromosome 8 GRCh 38 p7, primary
assembly

Gambar
VI. PEMBAHASAN

Praktikum ini bertujuan merancang dan menganalisis probe yang akan digunakan
dalam Southern Blot dengan menggunakan Bioinformatics data base (NCBI). Serta
mengetahui dan memahami cara mendeteksi terjadinya ekspresi gen dengan teknik
hibridisasi metode Southern Blot.

Teknik hibridisasi salah satu cara pengidentifikasian yang dilakukan menggunakan

probe dengan cara pelacak cDNA atau mRNA akan saling berhibdridisasi membentuk
untai DNA baru yang spesifik.Dalam praktikum yang dilakukan probe dibuat dalam 3
rancangan yaitu probe pendek,sedang dan panjang. Probe pendek mempunyai panjang
basa probe ± 200 bp, panjang basa probe sedang ±500 bp, dan basa probe panjang ± 1000
bp.

Praktikum ini dilakukan dua percobaan pada gen Homo sapiens Estrogen Receptor
1 (ESR 1),transcript variant,mRNA dengan kode gen NM_00025 dan Homo sapiens Heat
Shock transcription factor 1 (HSF 1),mRNA dengan kode gen NM_005526.1. Gen ini
merupakan gen pada manusia yang diketahui dengan melihat Homo sapiens.Dalam probe
NCBI didapatkan informasi tentang gen Homo sapiens Estrogen Receptor 1 (ESR
1),transcript variant,mRNA dan Homo sapiens Heat Shock transcription factor 1 (HSF
1),mRNA yaitu adanya penyerapan photon memicu kakade sinyal dibatang fotoreseptor
yang mengaktifkan c GMP phosphodiesterse (PDE) yang mengakibatkan terjadinya
hidrolisis c GMP yang cepat. Sehingga terjadi penutupan c GMP pada saluran kation dan
hiperpolarisasi sel. Phosphodiesterse adalah enzim heterotrimeric membrane perifer yang
terdiri dari alpa,beta dan sub unit gamma. Beberapa informasi varians transkip yang
berbeda telah ditemukan untuk gen ini.

Kode gen yang digunakan adalah NM_000125.Dengan nama gen Homo sapiens
Estrogen Receptor 1 (ESR 1) ,transcript variant,mRNA. Gen ini mengkode dekan reseptor
estrogen,ligan – di aktifkan. F​aktor transkripsi yang terdiri dari beberapa domain penting
untuk pengikatan hormon, pengikatan DNA, dan aktivasi transkripsi. Itu protein
melokalisasi nukleus di mana ia dapat membentuk homodimer atau heterodimer dengan
reseptor estrogen 2. Estrogen dan reseptornya​ ​sangat penting untuk perkembangan
seksual dan fungsi reproduksi, tetapi​ ​ juga berperan dalam jaringan lain seperti tulang.
Reseptor estrogen juga terlibat dalam proses patologis termasuk payudara kanker, kanker
endometrium, dan osteoporosis. Promotor alternative penggunaan dan hasil splicing
alternatif dalam lusinan transkrip varian, tetapi sifat lengkap dari banyak varian ini belum
ditentukan​.

Homo sapiens Heat Shock transcription factor 1 (HSF 1), produk dari gen ini adalah
transkripsi yang cepat diinduksi setelah stres suhu dan mengikat kejutan panas elemen
promotor (HSE). Protein ini berperan dalam pengaturan jangka hidup. Ekspesi gen ini
ditekan oleh fosforilasi, yang mendorong pengikatan oleh protein kejutan panas.
Fosforilasi adalah penambahan gugus fosfat pada suatu ​protein​ atau ​molekul
organik​ lain. Fosforilasi dapat meningkatkan efisiensi ​katalitik enzim​, mengubahnya
menjadi bentuk aktifnya dalam satu protein, sementara fosforilasi enzim yang lain akan
mengubahnya menjadi bentuk inaktif yang secara intrinsik tidak efisien. Meskipun fungsi
enzim yang paling banyak terkena adalah efisiensi katalitik protein, fosforilasi dapat pula
mengubah afinitasnya terhadap ​substrat​, lokasi di dalam sel atau daya reaksinya terhadap
regulasi oleh ligan alosterik. Fosforilasi mengaktifkan atau menonaktifkan
banyak ​enzim​ protein sehingga dapat menyebabkan atau menghambat mekanisme
kerja ​penyakit​ seperti ​kanker​ dan ​diabetes​.

Dari hasil probe Homo sapiens Estrogen Receptor 1 (ESR 1),transcript variant,mRNA
diperoleh CDS 235- 2022 dan Homo sapiens Heat Shock transcription factor 1 (HSF
1),mRNA diperoleh CDS 161-1750.CDS atau coding sequens menunjukkan sekuens yang
ditranslasi menjadi protei. Percobaan dilakukan dengan memblok sebagian probe dari
CDS. Dalam merancang probe pengambilan basa harus diantara region CDS yang sudah
ditetapkan diatas agar diperoleh gen yang baik. Apabila rancangan probe diambil di luar
rancangan CDS akan menghasilkan kompetitor yang banyak dan memungkinkan basa
yang bersesuaian dengan DNA jumlahnya sedikit.

Probe Homo sapiens Estrogen Receptor 1 (ESR 1) ,transcript variant,mRNA

pertama dilakukan probe pendek dengan basa antara nomor 241 - 540 dengan panjang
probe 300 bp didapatkan skore maksimal 555 dan 2 kompetitor dengan skore 555 dan 544.
Dari hasil presentase gen tersebut tidak terdapat perbedaan,semua menunjukkan angka
100 %. Ini menunjukkan bahwa probe pendek tidak spesifik, karena nilai presentase dan
skore yang diperoleh sama dengan kompetitor. Probe sedang yang diambil antara nomor
301-780 dengan panjang probe 480 bp didapatkan skore maksimal 887 dan 2 kompetitor
dengan skore 715 dan 710. Dari hasil skore dan presentase dapat diartikan bahwa probe
sedang spesifik karena memiliki skore maksimal yang berbeda dengan kompetitor dengan
selisih 172 namun memiliki persentase yang sama yaitu 100%. Probe panjang dengan basa
antara nomor 301-1260 dengan panjang probe 960 bp didapatkan skore maksimal 1773
dan 2 kompetitor dengan skore 715 dan 710. Dari hasil skore dan presentase dapat
 diartikan bahwa probe panjang spesifik karena memiliki skore maksimal yang berbeda
dengan kompetitor dengan selisih 1058 namun memiliki persentase yang sama yaitu
100%.

Probe Homo sapiens Heat Shock transcription factor 1 (HSF 1),mRNA pertama
dilakukan probe pendek dengan basa antara nomor 241 - 540 dengan panjang probe 300
bp didapatkan skore maksimal 555 dan 2 kompetitor dengan skore 231 dan 231. Dari hasil
skore dan presentase dapat diartikan bahwa probe pendek spesifik karena memiliki skore
maksimal yang berbeda dengan kompetitor dengan selisih 324 namun memiliki persentase
yang sama yaitu 100%. Probe sedang dengan basa antara nomor 301 - 780 dengan panjang
probe 480 bp didapatkan skore maksimal 887 dan 2 kompetitor dengan skore 259 dan 259.
Dari hasil skore dan presentase dapat diartikan bahwa probe sedang spesifik karena
memiliki skore maksimal yang berbeda dengan kompetitor dengan selisih 628 memiliki
persentase 100 % dan 2 kompetitor memiliki presentase yang sama yaitu 98%. Probe
panjang dengan basa antara nomor 301 - 1260 dengan panjang probe 960 bp didapatkan
skore maksimal 1773 dan 2 kompetitor dengan skore 394 dan 394. Dari hasil skore dan
presentase dapat diartikan bahwa probe sedang spesifik karena memiliki skore maksimal
yang berbeda dengan kompetitor dengan selisih 1390 memiliki persentase 100 % dan 2
kompetitor memiliki presentase yang sama yaitu 99%.

Parameter yang digunakan untuk menetukan suatu probe spesifik atau tidaknya
yaitu, skor makin tinggi maka semakin bagus,jumlah kompetitor semakin banyak maka
semakin tidak spesifik, dan kompetitor nilainya harus berbeda dengan probe. Jika nilai
kompetitornya sama dengan probe maka tidak spesifik.

Dilihat dari selisih antara probe pendek, probe sedang dan probe panjang dari gen
Homo sapiens Estrogen Receptor 1 (ESR 1),transcript variant,mRNA, probe yang sangat
spesifik adalah probe panjang karena memiliki selisih yang lebih besar dari probe pendek
dan probe sedang. Sedangkan Homo sapiens Heat Shock transcription factor 1 (HSF 1)
,mRNA yang sangat spesifik antara probe pendek,probe sedang dan probe panjang adalah
probe panjang.

VII. KESIMPULAN

1. Semakin panjang probe yang digunakan maka probe semakin spesifik.

2. Probe dengan kode gen NM_000125 probe yang paling spesifik adalah probe ke 3
(panjang) dari pada probe ke 2 (sedang) dan probe ke 1 (pendek).
3. Probe dengan kode gen NM_005526.1 probe yang paling spesifik adalah probe ke 3
(panjang) dari pada probe ke 2 (sedang) dan probe ke 1 (pendek).

VIII. DAFTAR PUSTAKA

● Darnell J., Lodish H., and Baltimore D., 1990, Molecular Cell Biology , 2nd edition,
Scientific American Book Inc., New York, p. 99-76
● D. L. Nelson and M. M. Cox. Lehninger Principles of Biochemistry. Worth
Publishers, 3rd edition, 2000.
● Pelczar, M. J. dan E. C. S. Chan, 1988, Dasar-Dasar Mikrobiologi , Jilid 2,
Terjemahan Ratna Sri Hadioetomo, dkk., Penerbit Universitas Indonesia, Jakarta, h.
449
● Poedjiadi, Anna. 2005.Dasar-dasar Biokimia.UI Press.Jakarta
● Susanto, A.H. 2002. Bahan Ajar Genetika Dasar. Purwokerto : Fakultas Biologi
UNSOED
● Stansfield, William D,dkk. 2003. Biologi Molekuler dan Sel. Jakarta : Erlangga
● Wolf, L.S., 1993. Molecular and cellular Biology. California: Wardsworth Publishing
Company
● Yuwono, T. 2008. Biologi Molekuler. Jakarta: Erlangga