TUGAS EVOLUSI

OLEH:

NAMA

: NUARTI SARI RAMADHANI

NO BP

: 1310421107

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUN ALAM
UNIVERSITAS ANDALAS
PADANG, 2016

METODE VARIASI GENETIK

Reaksi Polimerase Berantai atau dikenal sebagai Polymerase Chain Reaction (PCR), merupakan
suatu proses sintesis enzimatik untuk melipatgandakan suatu sekuens nukleotida tertentu secara
in vitro. Metode ini dikembangkan pertama kali oleh Kary B. Mulis pada tahun 1985. Metode ini
sekarang telah banyak digunakan untuk berbagai macam manipulasi dan analisis genetic. Pada
awal perkembanganya metode ini hanya digunakan untuk melipatgandakan molekul DNA, tetapi
kemudian dikembangkan lebih lanjut sehingga dapat digunakan pula untuk melipatgandakan dan
melakukan kuantitas molekul mRNA.
1. RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)
RAPD merupakan metode perbanyakan genom yang paling sering digunakan karena sangat
mudah dan membutuhkan jumlah DNA genom yang tidak terlalu banyak. Metode dasarnya
hampir sama seperti PCR, tetapi fragmen genom yang diperbanyak bersifat acak dengan satu
atau banyak primer padaarbitrary sequence (sekuens tidak tentu). Polimorfisme yang terjadi
antara individual atau strain dikenali melalui perbedaan pada fragmen DNA yang diperbanyak
oleh primer yang tersedia.
RAPD memerlukan pasangan primer, biasanya berukuran antara 8-mer hingga 12-mer
(lihat oligo), karena menggunakan teknik PCR. Setiap pasangan primer akan menghasilkan
sejumlah pita (band) yang akan tampak pada hasil elektroforesis gel. Pasangan primer yang
dipilih (bisa sudah diketahui atau dipilih beberapa secara acak) diberikan pada sampelsampel DNA (disebut DNA

templat)

yang

sudah

dipersiapkan,

selanjutnya

PCR

dijalankan. Sewaktu proses PCR, primer akan menempel pada urutan-urutan basa yang
komplemen pada DNA templat. Di akhir PCR akan terdapat sejumlah besar fragmen-fragmen
pendek DNA hasil amplifikasi. Apabila terdapat delesiuntuk suatu lokasi templat, akan
terjadi polimorfisme. Dengan elektroforesis gel, akan terlihat pita yang terputus-putus apabila
terdapat polimorfisme (oleh karena itu bersifat dominan).
Metode RAPD memberikan kemudahan mereplikasi DNA yang tidak diketahui
sekuensnya dan dalam konsentrasi yang kecil (nanogram) dengan primer-primer yang bersifat
tidak

tentu

(arbitrary

primers).

Teknik

RAPD

yang

umum

dipakai

memerlukan oligonukleotida sintesis pendek, berukuran sekitar 10 basa dari sekuens acak.

Primer ini biasanya telah disiapkan dalam bentuk kit untuk analisis RAPD. Jika primer yang
dipakai berukuran kurang dari 10 basa maka lebih cocok digunakan untuk menampilkan
riwayat sidik jari DNA yang lebih kompleks (bidang forensik) dengan situs penempelan
primer pada sekuens DNA yang lebih banyak. Perlu diperhatikan bahwa panjang primer
menjadi faktor penentu berhasil tidaknya replikasi. Primer spesifik yang ideal berukuran tidak
lebih panjang dari 15 bp. Primer yang panjang akan menyebabkan peluangkomplemen dengan
utas DNA semakin kecil, bahkan nihil. Hal ini terjadi karena primer yang memiliki jangkauan
primer reverse dan forward yang besar tidak dapat diamplifikasi karena fragmennya terlalu
panjang.
Setelah dilakukan sintesis primer, tahapan selanjutnya adalah mereaksikan RAPD
dalam DNA thermal cycler, yaitu suatu perangkat PCR untuk menaikkan dan menurunkan
suhu dengan cepat. Reaksi ini bertujuan untuk mengamplifikasi (mereplikasi) fragmenfragmen DNA (amplikon) dengan riwayat khusus. Amplifikasi ini meliputi 3 tahapan besar,
yakni tahap denaturasi DNA 96oC selama 1 menit, tahap penempelan (annealing) 40oC selama
1 menit, dan tahap pemanjangan (ekstensi) 72oC selama 2 menit. Saat annealing, homologi
sekuens

antara

primer

dan utas

DNA turut

berperan

menentukan

keberhasilan

reaksi. Tahapan-tahapan yang ada akan berulang sebanyak 40 siklus hingga diperoleh
sejumlah produk amplikon yang memiliki sekuens acak. Adanya variasi urutan nukleotida
yang diakibatkan insersi atau delesi pada beberapa lokus gen nantinya akan dianggap sebagai
polimorfisme yang menjadi penanda diversitas genetik suatu galur (breed). Hal ini dapat
dilihat setelah divisualisasikan dengan elektroforesisgel agarosa. Keberadaan profil DNA unik
antar lokus gen akan terlihat berupa pita terang setelah pewarnaan gel dengan EtBr yang
dilihat di bawah pendaran sinar UV.
2. Allozyme
Alozim umumnya menyediakan sumber informasi perihal variasi genetik pada populasi alam.
Parameter variasi genetik seperti interbreeding antara populasi, aielheterosigositi, keragaman
genetik, diferensiasi genetik dan kondisi arus gen dapat menghasilkan informasi pada mutasi
gen, penyimpangan genetik, bottle-neck, bahkan kemungkinan populasi terancam punah.
Parameter ini tidak hanya dapat menghitung pad a level populasi dan antara populasi tetapi
juga antar spesies. Variasi genetik pada level populasi mencerminkan pada level spesies.

Hamrick and Godt (1990) menegaskan bahwa spesies dengan daerah geografik terbatas
cenderung mempunyai sedikit keragaman genetiknya, mereka berbagi variasi ini kebanyakan
dengan cara yang sama pada spesies yang tersebar luas.
Kunci untuk memilih yang alloenzyme untuk digunakan dalam perbandingan antara
beberapa spesies adalah memilih salah satu yang sebagai variabel mungkin sementara masih
hadir di semua organisme. Dengan membandingkan urutan asam amino dari enzim dalam
spesies, lebih banyak kesamaan asam amino harus dilihat dalam spesies yang lebih erat
terkait, dan lebih sedikit di antara mereka yang lebih jauh terkait. Yang kurang baik
dilestarikan enzim, semakin perbedaan asam amino akan hadir dalam spesies bahkan terkait
erat.
3. RFLP
RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) adalah sebuah metode yang digunakan
oleh ahli biologi molekuler untuk mengikuti urutan tertentu DNA seperti yang disampaikan
kepada sel-sel lain Sebuah RFLP adalah urutan DNA yang memiliki pembatasan situs pada
setiap ujungnya dengan "target" urutan di antara keduanya. Dalam analisis RFLP, genomik
DNA yang dipotong dengan enzim restriksi dipisahkan melalui gel elektroforesis. Dasar dari
transfer DNA dari gel ke pensupport yang lebih solid adalah untuk mengawetkan posisi
fragmen DNA dan menyebabkan hibridisasi dapat dilakukan.
Restriction Fragment Length polymorphism (RFLP) merupakan penanda molekul yang
pertama kali ditemukan dan digunakan. Penggunaannya dimungkinkan semenjak orang
menemukan enzim endonuklease restriksi (RE), suatu kelas enzim yang mampu mengenal
dan memotong seurutan pendek basa DNA (biasanya 4-6 urutan basa). Enzim ini dihasilkan
oleh bakteri dan dinamakan menurut spesies bakteri yang menghasilkannya.
4. Microsatellite
Karakterisasi genetik yang akurat adalah dengan menggunakan penanda molekul. Mikrosatelit
atau Simple Sequence Repeats (SSR) merupakan salah satu penanda genetik molekuler yang
didasarkan pada urutan DNA pendek yang tiap unit ulangannya terdiri dari satu sampai enam
nukleotida. Lokus mikrosatelit diapit oleh suatu urutan nukleotida yang terkonservasi,
sehingga urutan DNA pengapit ini dapat dijadikan primer spesifik yang bisa diamplifikasi

menggunakanPCR (Treuren, 2000). Penanda mikrosatelit ini banyak digunakan sebagai alat
dalam program pemuliaan atau studi evolusi, karena dapat memperlihatkan keragaman
genetik yang tinggi (Adato et al., 1995). Selain itu, mikrosatelit bersifat kodominan,
pewarisan mengikuti hukum Mendel, mudah diaplikasikan karena berbasis teknik PCR dan
mempunyai kandungan informasi polimorfisme (PIC) atau tingkat heterogenitas yang tinggi
(Joshi et al., 1999). Mikrosatelit bisa digunakan untuk membandingkan genotip dari individu
yang mempunyai hubungan kekerabatan yang dekat. Penanda mikrosatelit sudah digunakan
secara luas pada tanaman untuk fingerprinting, pemetaan gen dan analisis genetik (Crouch et
al., 1998).
5. SNP
Polimorfisme nukleotida tunggal, sering disebut SNPs (diucapkan "snips"), adalah jenis yang
paling umum dari variasi genetik antara orang-orang. Setiap SNP merupakan perbedaan
dalam sebuah blok bangunan DNA tunggal, yang disebut nukleotida. Misalnya, SNP dapat
menggantikan nukleotida sitosin (C) dengan timin nukleotida (T) di hamparan tertentu DNA.
SNP terjadi secara normal di seluruh DNA seseorang. Mereka terjadi sekali dalam
setiap 300 nukleotida rata-rata, yang berarti ada sekitar 10 juta SNP dalam genom manusia.
Paling umum, variasi ini ditemukan dalam DNA antara gen. Mereka dapat bertindak sebagai
penanda biologis, membantu para ilmuwan menemukan gen yang berhubungan dengan
penyakit. Ketika SNP terjadi dalam gen atau di daerah peraturan dekat gen, mereka mungkin
memainkan peran lebih langsung dalam penyakit dengan mempengaruhi fungsi gen.
Kebanyakan SNPs tidak berpengaruh pada kesehatan atau pembangunan. Beberapa
perbedaan-perbedaan genetik, bagaimanapun, telah terbukti sangat penting dalam studi
kesehatan manusia. Para peneliti telah menemukan SNP yang dapat membantu memprediksi
respon individu terhadap obat tertentu, kerentanan terhadap faktor lingkungan seperti racun,
dan risiko pengembangan penyakit tertentu. SNP juga dapat digunakan untuk melacak
pewarisan gen penyakit dalam keluarga. Studi masa depan akan bekerja untuk
mengidentifikasi SNP terkait dengan penyakit kompleks seperti penyakit jantung, diabetes,
dan kanker.

DAFTAR PUSTAKA

Adato, A., D. Sharon, U. Lavi, J. Hillel, and S. Gazit, 1995, Application of DNA Fingerprints for
Identification and Genetic Analyses of Mango Genotypes, J. Am. Soc. Hort. Sci., 120:2,
259- 264..
Joshi, S. P., P. K. Ranjekar, and V. S. Gupta. 1999. Molecular Markers in Plant Genome Analysis.
Current Sci., 77:2, 230-239.
Treuren, R. V. 2000. Genetic Marker. www.plant. wageningen-ur.nl/about/Biodiversity/cgn/
research/molgen.