Polimorfisme penggunaan DNA dalam forensik genetik

Pengenalan teknik biologi molekuler, terutama analisis DNA, untuk identifikasi manusia
adalah kemajuan terbaru dalam kedokteran hukum. Upaya substansial telah terus-menerus telah
dibuat dalam upaya untuk mengidentifikasi mayat dan sisa-sisa manusia setelah perang, masalah
sosial-politik dan bencana massal. Selain itu, karena dinamika sosial kota-kota besar, selalu ada
kasus orang hilang, serta mayat tak dikenal dan sisa-sisa manusia yang ditemukan. Dalam
beberapa tahun terakhir, ada juga peningkatan permintaan untuk penggalian sisa-sisa manusia
untuk menentukan hubungan genetik dalam gugatan perdata dan tindakan pengadilan.

Deteksi asam deoksiribonukleat (DNA) polimorfisme telah menjadi alat yang ampuh
dalam identifikasi, sejak penggunaan pertama dalam kerja kasus penyelidikan forensik, oleh
Jeffreys et.al (1985). Perkembangan teknologi untuk mendapatkan polimorfisme DNA dan studi
validasi mereka telah sangat cepat. Pada mayat, DNA degradasi sangat cepat, bahkan dalam
periode post-mortem awal. Degradasi jaringan lunak sangat jelas setelah interval waktu yang
singkat, konsekuensinya peningkatan bakteri cepat yang wajar dalam mayat membusuk, terutama
pada mereka yang terkena suhu panas di negara tropis seperti Brasil.

Ada beberapa teknologi DNA yang digunakan dalam penyelidikan forensik antara lain:

1. Polimorfisme Panjang Fragmen restriksi (RFLP)

RFLP adalah teknik untuk menganalisis variabel panjang fragmen DNA yang dihasilkan
dari mencerna sampel DNA dengan jenis khusus dari enzim. Enzim ini, sebuah endonuklease
pembatasan, memotong DNA pada pola urutan tertentu tahu sebagai situs endonuklease
pembatasan pengakuan. Ada atau tidak adanya pengakuan situs tertentu dalam sampel DNA
menghasilkan variabel panjang fragmen DNA, yang dipisahkan menggunakan elektroforesis gel.
Mereka kemudian hibridisasi dengan probe DNA yang mengikat urutan DNA komplementer
dalam sampel. RFLP adalah salah satu aplikasi pertama analisis DNA untuk penyidikan forensik.
Dengan perkembangan baru, teknik DNA-analisis yang lebih efisien, RFLP tidak digunakan
sebanyak dulu karena membutuhkan jumlah yang relatif besar DNA.Selain itu, sampel rusak
oleh faktor lingkungan, seperti kotoran atau cetakan, tidak bekerja baik dengan RFLP.

2. Analisis PCR
 Reaksi berantai polimerase (PCR) digunakan untuk membuat jutaan salinan tepat DNA
dari sampel biologis. amplifikasi DNA dengan PCR memungkinkan analisis DNA pada sampel
biologi sekecil beberapa sel-sel kulit. Dengan RFLP, sampel DNA harus tentang ukuran
seperempat. Kemampuan PCR untuk memperkuat jumlah kecil seperti DNA memungkinkan
bahkan sampel yang sudah terdegradasi untuk dianalisis. Great perawatan, bagaimanapun, harus
diambil untuk mencegah kontaminasi dengan bahan biologis lain selama mengidentifikasi,
mengumpulkan, dan memelihara sampel.

3. STR Analisis

Short tandem repeat (STR) teknologi yang digunakan untuk mengevaluasi daerah-daerah
tertentu (lokus) dalam DNA nuklir. Variabilitas di daerah STR dapat digunakan untuk
membedakan satu profil DNA dari yang lain. Federal Bureau of Investigation (FBI)
menggunakan satu set standar dari 13 daerah STR khusus untuk CODIS. CODIS adalah sebuah
program perangkat lunak yang beroperasi lokal, negara, dan database nasional profil DNA dari
pelaku dihukum, bukti TKP belum terpecahkan, dan orang hilang. Kemungkinan bahwa dua
individu akan memiliki profil DNA yang sama 13-lokus adalah sekitar satu dalam satu milyar.

4. Analisis DNA mitokondria

Analisis DNA mitokondria (mtDNA) dapat digunakan untuk menguji DNA dari sampel
yang tidak dapat dianalisis dengan RFLP atau STR. DNA nuklir harus diekstrak dari sampel
untuk digunakan dalam RFLP, PCR, dan STR, namun, analisis mtDNA menggunakan DNA
yang diekstraksi dari organel seluler lain yang disebut mitokondria yang. Sedangkan sampel
biologis yang lebih tua yang kekurangan bahan bernukleus seluler, seperti rambut, tulang, dan
gigi, tidak dapat dianalisis dengan STR dan RFLP, mereka dapat dianalisis dengan mtDNA.
Dalam penyelidikan kasus yang sudah terpecahkan selama bertahun-tahun, mtDNA sangat
berharga.

5. Y-Kromosom Analisis

Kromosom Y trurn langsung dari ayah ke anak, sehingga analisis penanda genetik pada
kromosom Y ini sangat berguna untuk menelusuri hubungan antara laki-laki atau untuk
menganalisis bukti biologis melibatkan kontributor beberapa laki-laki.
 Metode identifikasi yang sangat kuat ini bermanfaat dalam pemeriksaan paternitas, dalam
memecahkan maslah-masalah imigrasi, dalam penyelidikan kriminal, dan dalam memantau
transplantasi sumsum tulang. Penggunaan PCR untuk analisis sangat bermanfaat dalam analisa
forensik, karena identifikasi dapat dilakukan hanya dari sedikit sampel, darah, akar rambut, kulit,
atau jaringan lain.

SUMBER: https://www.academia.edu/7848330/FORENSIK_paper
Analisis DNA di Bidang Forensik
Metode analisis DNA di bidang forensik dimulai dengan pengambilan sampel. Ukuran
sampel yang dianjurkan adalah darah dengan kuantitas 50 ul; semen dengan kuantitas 10 ul;
hati, ginjal, dan kulit 15 ul; serta otot 25 ul. Dalam bentuk bercak sebaiknya berdiameter
lebih besar dari 18 mm. Sedangkan dengan menggunakan PCR (Polymerase Chain Reaction)
ukuran sampel pada dasarnya jauh lebih sedikit, bahkan hingga satu sel sekalipun. Sampel
harus dihindarkan dari kontaminasi dengan DNA asing dengan cara menempatkan sampel
pada secarik kertas guna mencegah DNA rusak karena infeksi oleh jamur. Keuntungan dari
DNA adalah materinya yang kuat, walaupun sudah berumur lebih dari 10 tahun. Jaringan
yang dibekukan atau spesimen yang difiksasi dengan etanol atau buffer formaldehid
digunakan untuk jaringan yang berasal dari autopsi.

Sampel kering ditempatkan pada tempat sejuk dengan dessicant atau dalam keadaan beku.
Jaringan autopsi dibungkus dengan alumunium foil dan ditempatkan dalam kantung plastik
untuk segera dibekukan pada temperatur -20oC hingga -80oC. Classic Restriction Fragment
Length Polymorphisms (RFLP) disebabkan karena perubahan sepasang basa pada DNA.
Perubahan pada suatu basa menyebabkan hilangnya atau bertambahnya sisi enzim restriksi,
selanjutnya terjadi suatu fragmen restriksi yang lebih panjang atau lebih pendek. DNA
marker dapat digunakan sebagai sidik jari DNA, DNA dapat diisolasi dari setiap sel yang
berinti dan DNA tersebut dapat dipotong dengan enzim restriksi. Biasanya digunakan enzim
dengan 4 recognition sites (Hinfi, Mbol, Alul, Ha III) untuk sidik jari DNA karena akan
dihasilkan distribusi fragmen DNA (panjang berkisar 1,2 – 30 kb) yang sesuai untuk teknik
pemisahan menggunakan sel elektroforesis dengan agarose (0,7%).

Sidik jari DNA dilihat melalui klasifikasi bentuk pita dari ukuran-ukuran fragmen pada
elektroforesis kemudian ditransfer dalam membran imobilisasi (Southern blots). Single locus
DNA markers dapat sangat potensial untuk identifikasi dalam sistem multialel, walaupun
analisis multilokus dapat lebih efektif. Untuk mendapat probabilitas identifikasi yang tinggi,
lokus poliformik yang diketahui frekuensinya dalam suatu populasi dappat dipilih sebagai
markers. Markers genetik sebanyak mungkin dapat digunakan sebagai contoh menggunakan
3 lokus VNTR (Variable Number Tandem Repeat) memberikan potensi rata-rata 1 dari 500
orang. Fiksasi DNA dengan PCR untuk sampel jumlah kecil dapat meningkatkan sensitifitas
 analisis DNA. PCR telah dipermudah dengan penggunaan heat-stable enzyme tag
polymerase dari Thermrophilus aquaticus dan dilengkapi dengan pengatur temperatur yang
otomatis. Untuk tujuan amplifikasi DNA dengan PCR, destruksi inti sel dan pemanasan
sampel biasanya sudah cukup. Kira-kira 25-1000 ng dari DNA manusia digunakan pada
setiap reaksi PCR yang dapat memproduksi jumlah sekuens target yang tidak terbatas.
Analisis DNA hanya dapat dipercaya bila menggunakan prosedur dasar genetik molekuler
yang dapat menunjukkan perbedaan antara individu.

Kesalah yang terjadi dalam kesalahan analisis DNA antara lain kontaminasi dari sampel oleh
DNA asing, destruksi DNA saat penyimpanan atau persiapan, dan kesalah dalam
perbandingan statistik terhadap populasi dan penetapan probabilitas identifikasi. Dari seluruh
kesalah tersebut, 2 sumber kesalahan pertama dapat dicegah dengan jalan melakukan
prosedur yang tepat dan hati-hati, baik dalam pengambilan sampel, penyimpanan dan
persiapan. Kesalahan yang terakhir biasanya hanya merupakan suatu ketidakpastian yang
relatif, yang tidak dapat secara total menghilangkan hasil dari suatu analisis DNA dalam
penentuan indentifikasi. Bank data DNA digunakan sebagai pelengkap atas data tradisional
dari identifikasi kriminal. Quality control dalam kriminalitas yang berhubungan dengan
analisis DNA dan bank data DNA sangat diperlukan. Karena hasil negatif semu mendorong
penyelidik mengambil kesimpulan yang salah yang menyebabkan pelaku kejahatan yang
sebenarnya dapat luput. Kelambatan dalam pembuatan profil bank data menyebabkan
ketidaktepatan yang akan meningkatkan kesalah dengan dimasukkannya target individu yang
tidak diperlukan. Hal ini karena pembuatan profil awal biasanya hanya oleh sedikit DNA
probe yang selanjutnya diperkuat dengan lokus DNA dalam jumlah yang lebih besar.

SUMBER:https://www.scribd.com/document/359120518/MAKALAH-BIOLOGI-
MOLEKULER