Yolan Novia Ulfah

DNA mitokondria dan Metode untuk Identifikasi Forensik

Perkembangan dari identifikasi DNA mitokondria (mtDNA) telah dihargai

oleh para ilmuwan forensik dan lembaga penegak hukum di banyak negara.
Penyidik TKP, lembaga penegak hukum, dan penuntut telah merekomendasikan
bahwa bentuk pengujian ini dapat berhasil memajukan dunia penyelidikan dan
penuntutan terhadap suatu kasus dengan bukti biologis yang terbatas, seperti
tulang, rambut, dan sisa kerangka yang rusak. Pengacara juga semakin sering
meminta pengujian sampel dengan menggunakan metode yang canggih yang
dapat membantu membebaskan klien mereka. MtDNA genom nuklir ekstra,
memiliki fitur tertentu yang membuatnya diinginkan dalam dunia forensik; yaitu,
penamaan, jumlah salinan tinggi, kurangnya rekombinasi, pewarisan matrilineal,
heteroplasmi, variabilitas ekspresi, dan segregasi mitosis.

Tipe MtDNA telah menjadi pemeriksaan rutin dalam biologi forensik

sejak pertengahan 1980 dan merupakan upaya terakhir untuk menguji sisa-sisa
bukti biologis yang sangat terdegradasi. Terlebih lagi, tingkat mutasi yang tinggi
dari genom mitokondria manusia (mtDNA) berpotensi menjadi biomarker yang
sangat menjanjikan bahkan untuk membedakan antara kembar monozigot dengan
SNP yang langka untuk lembaga penegak hukum karena kembar monozigot tidak
dapat dipisahkan dengan pengulangan tandem pendek (STR). Dengan kemajuan
Sanger Sequencing, Next-Generation Sequencing, Mass Spectroscopy, teknologi
MALDI-TOF, sekarang dimungkinkan untuk mengkarakterisasi bahkan
perbedaan kecil genom mtDNA dalam identifikasi rutin kerangka orang yang
hilang, korban bencana massal, dan identifikasi kembar.

DNA manusia adalah bahan genetik yang ditemukan di setiap sel kecuali
di eritrosit. Jejak DNA bisa ditemukan pada cairan tubuh; termasuk air liur, darah,
air mani, sekresi vagina, tulang, gigi, rambut dan keringat. DNA telah digunakan
sebagai bahan investigasi unik untuk tujuan forensik sejak setelah Alec Jeffrey
yang pertama kali memperkenalkan polimorfisme panjang fragmen restriksi
(RFLP) pada tahun 1985 untuk mengidentifikasi penanda unik dalam materi
genetik. Metode ini telah ditingkatkan dengan penemuan reaksi berantai
polimerase (PCR) pada pertengahan 1980-an. Dengan kemajuan teknologi, waktu
yang dibutuhkan untuk pengujian DNA telah berkurang yang awalnya selesai
dalam hari ke jam yang memungkinkan untuk mengurangi proses investigasi dan
penilaian dalam forensik.

Mitokondria adalah organel khusus sub seluler yang unik untuk sel-sel
hewan, tumbuhan, dan jamur. Mereka berfungsi sebagai pusat kekuatan untuk
berbagai fungsi kekuatan dari sel dan organisme secara keseluruhan. Mereka
terletak dekat dengan bagian sel yang menunjukkan kebutuhan energi tertinggi.
 Yolan Novia Ulfah

Mereka mereplikasi diri dan bertambah jumlahnya dengan pembelahan sepanjang

fase antar, dan pembelahan mereka tidak sinkron dengan siklus sel. Sequencing
Cambridge adalah urutan standar yang membandingkan semua mtDNA manusia.
Setiap variasi dalam genom mtDNA, dari sekuensing Cambridge, itu dinamai
sebagai polimorfisme.

Wilayah kontrol mtDNA disebut D-loop yang sangat polimorfik dan

karena itulah dapat digunakan untuk tujuan forensik dalam penyelidikan kriminal.
Panjang lokus ini adalah 1100 bp dan memiliki dua daerah yang disebut (daerah
hypervariable) HVR-I dan HVR-II. Mitokondria telah digunakan sebagai alat
untuk identifikasi forensik sejak tahun 1993. Mitokondria mengandung 2-10
salinan mtDNA, dan bahkan bisa ada sebanyak 1000 mitokondria per sel somatik.
Secara umum, sel-sel epitel darah lebih disukai untuk digunakan dalam kasus
forensik; sehingga deteksi menjadi sangat sensitif bahkan untuk jumlah sampel
yang sangat sedikit. Beberapa daerah genom mtDNA tampak berevolusi pada
tingkat 5-10 kali lebih tinggi daripada gen nuklir salinan tunggal. Daerah-daerah
ini menarik untuk dijadikan sebagai bahan pengujian untuk identitas manusia
karena hiper-variabilitas akibat tingkat mutasi yang sangat tinggi.

Sangat penting untuk mengamati TKP dengan perhatian yang optimal dan
spesimen yang berkaitan dengan sampel biologis, yang menentukan apakah
sampel ini dapat dijadikan analisis mtDNA atau tidak. Jika sampelnya adalah
darah atau cairan tubuh, sampel perlu diperiksa lagi dengan referensi yang sesuai
spesimen manusia untuk memastikan sampel adalah berasal dari manusia. Jika
sampel merupakan sisa kerangka, gigi, tulang atau tengkorak yang terdegradasi,
antropolog forensik perlu memeriksa sampel untuk membandingkan dengan
sampel referensi manusia untuk mengkonfirmasi. Jika TKP adalah daerah
terpencil di mana pendingin dan pengeringan tidak memungkinkan, sampel harus
dikeringkan dengan udara dan dibuat bebas dari kelembaban sebelum dikirim ke
laboratorium forensik. Sampelnya dimasukkan ke dalam kantong plastik yang
dikunci dengan penomoran sesuai jumlah tempat kejadian perkara. Apabila darah
ditemukan berada di atas kolam/air, maka harus diambil di atas kain kasa dan
dibiarkan kering di udara pada suhu kamar dan dibungkus kertas bening atau di
dalam kantong kertas cokelat. Sampel jaringan dapat diminta dari ahli patologi
untuk dikumpulkan bagian dari hati, tulang, dan / atau jaringan otot dalam.
Transfer barang bukti ke tempat yang aman dengan menggunakan identitas dan
informasi detail untuk pengambilan sampel sehingga dapat dilakukan di
lingkungan laboratorium yang dalam kondisi steril.

Setelah sampel diterima oleh ilmuwan forensik, pembersihan adalah

prosedur utama untuk mengurangi sampel DNA manusia eksogen. Sampel darah
 Yolan Novia Ulfah

dan jaringan disimpan -20oC sampai dilakukannya analisis. Tulang dan sampel
gigi diampelas untuk menghilangkan benda atau bahan-bahan yang tidak
diinginkan yang melekat pada sampel. Sampel rambut perlu dicuci dan disonikasi
setengahnya selama satu jam untuk menghilangkan debu, mikroba, dan partikel
halus lainnya. Bisa menggunakan forsep dan pisau bedah untuk memotong area
rambut setebal 2-3 cm atau batang rambut. Gambar pemotongan harus diambil
pada saat ini. Jika rambut juga akan diuji untuk DNA nuklir, pengambilan
mitokondria DNA harus berada jauh dari akar. Tempatkan bagian rambut yang
tidak digunakan ke bagian belakang kertas tempel dan kembalikan pada kemasan.
Sampel yang disiapkan diekstraksi dengan fenol / kloroform atau bahan kimia
alkali yang memisahkan DNA dari bahan biologis lainnya, seperti protein,
kofaktor, ion dll. Kemudian disentrifugasi, diendapkan, dan disaring untuk
mendapatkan DNA yang dimurnikan. Sampel ini selanjutnya mengalami reaksi
berantai polimerase dengan HVR-I dan Primer HVR-II, di mana sampel akan
diperkuat, dikuantifikasi dan diurutkan.
Beberapa metode telah diadopsi untuk sekuensing mtDNA tergantung
pada fasilitas laboratorium. Sequencing langsung biasanya dilakukan dengan
menggunakan ABI 310/3130/3730 / 3730xl atau Next Generasi Sequencer
(NGS)/MPS. Laboratorium yang berbeda diminta untuk mengurutkan wilayah
mtDNA HVR-1 (16024-16365) dari tiga noda darah, berjalan sesuai dengan
protokol dan strategi yang saat ini digunakan di masing-masing laboratorium oleh
Kelompok profil DNA Eropa (EDNAP). Urutannya dibandingkan untuk
menentukan apakah mereka cocok dengan garis keturunan ibu atau dengan basis
data yang dimiliki FBI. Para analis kemudian melaporkan jumlah pengamatan
berdasarkan jenis posisi nukleotida yang telah dibaca. Hasilnya menunjukkan
bahwa mtDNA typing berdasarkan pengurutan PCR otomatis merupakan cara
yang valid, kuat, dan andal dalam identifikasi forensik terlepas dari strategi dan
metodologi berbeda yang digunakan oleh berbagai laboratorium.
Namun sepuluh tahun terakhir, Next Generation Sequencing (NGS) atau
Massive parallel sequencing (MPS) oleh Illumine telah menjadi terkenal. NGS
menghadirkan platform dan alur kerja tunggal untuk mengatasi berbagai sampel
sulit yang ditemui terhadap orang hilang. Analisis genetik dengan NGS terhadap
bukti kematian massal, para ilmuwan dapat menggali informasi sebanyak
mungkin dari sampel yang sangat dikompromikan (rusak/terganggu). Database
populasi disarankan untuk menggunakan ini dalam menyampaikan informasi
tentang kelangkaan profil mtDNA dalam kasus pencarian bukti dan referensi
sampel yang ambigu.
Sequencing langsung memiliki beberapa keunggulan; lebih cepat dan
menghasilkan lebih banyak hasil diskrit. Urutannya bisa dilakukan pada jaringan
 Yolan Novia Ulfah

dengan formalin, pada darah yang terpapar pada suhu normal, pada jaringan
kadaver dan pada sampel rambut.
Namun heteroplasmi adalah masalah bagi penyidik karena sampel dari
TKP dapat berbeda dari sampel seorang tersangka oleh satu pasangan basa dan
perbedaan ini mungkin ditafsirkan sebagai bukti yang cukup untuk
menghilangkan bukti individu tersebut sebagai tersangka. Berdasarkan hasil
replikasi klonal dari mtDNA maternal, semua kopi genom mtDNA adalah identik
(homoplasmi). Oleh karena tingginya jumlah kopi mtDNA, terdapat mutasi pada
beberapa campuran varian genom mtDNA. Kondisi ini dikenal sebagai
heteroplasmi. Sampel rambut dari satu individu dapat mengandung mutasi
heteroplasmi pada konsentrasi yang sangat berbeda dan bahkan akar dan batang
rambut tunggal bisa saja berbeda, karena terjadinya penyimpangan genetik dan
terciptanya bottleneck karena semiklonal folikel rambut alami. Deteksi metode
yang saat ini tersedia untuk ahli biologi molekuler tidak bisa mendeteksi tingkat
heteroplasmi yang rendah. Selanjutnya, panjangnya heteroplasmi akan
mempengaruhi urutan out-of-frame yang tidak dapat ditafsirkan.
Fakta bahwa heteroplasmi lebih sering terjadi dibandingkan yang telah
diamati sebelumnya serta mekanisme dan laju heteroplasmi yang tidak
didefinisikan dengan baik, sering dimunculkan dalam upaya untuk meng-eksklusi
bukti-bukti mtDNA. Tetapi dengan evaluasi yang cermat, seseorang dapat
menghindari interpretasi yang salah. Dengan bantuan semua teknologi modern,
maka masih mungkin agar dapat menganalisis mtDNA untuk laboratorium
forensik dengan pertimbangan pengumpulan sampel yang cermat.