LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER

PCR DNA DAN RNA

Oleh :
VIKTORIUS KLAU NAHAK
NIM. P27834123148

POLITEKNIK KESEHATAN KEMENTERIAN KESEHATAN

SURABAYA
2023
 DASAR TEORI

A. POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)

Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah sebuah Teknik biologi
molekuler yang digunakanuntuk menggandakan (amplifikasi) secara cepat dan
spesifik tragmen DNA tertentu. Metode ini dikembangkan oleh Kary Mullis
pada tahun 1983 dan sejak itu menjadi salah satu alat paling penting dalam
biologi molekuler, diagnostik medis, dan berbagai bidang ilmu kehidupan.
PCR dapat dimanfaatkan dalam berbagai aplikasi, diantaranya:
a. Diagnostik penyakit
PCR digunakan untuk mendeteksi penyakit infeksius, penyakit genetik,
atau perubahan kromosom.
b. Analisis genetika
Dalam analisis genetika PCR digunakan untuk pemetaan gen, identifikasi
alel spesifik, dan studi variasi genetik.
c. Forensik
Dalam bidang forensik PCR digunakan untuk identifikasi individu
berdasarkan profil DNA.
d. Biologi evolusi
PCR digunakan untuk studi evolusi dan hubungan filogenetik antara
organisme.
Prinsip PCR untuk amplifikasi DNA dan RNA hampir sama, tetapi khusus
untuk RNA akan melibatkan tahap Reverse Transcription (RT-PCR) untuk
menghasilkan cDNA sebelum dilakukan amplifikasi. Pada umumnya tahapan
PCR untuk amplifikasi DNA dan RNA sebagai berikut:
a. Denaturasi
Denaturasi adalah proses pemisahan atau pelepasan pasangan basa yang
terbentuk antara rantai nukleotida di dalam molekul DNA atau RNA.
Proses ini merupakan salah satu tahap kunci dalam siklus PCR yang
memungkinkan amplifikasi dan pembuatan Salinan banyak dari fragmen
DNA atau RNA tertentu.

2
 Pada tahap ini, suhu sampel akan dinaikkan hingga 94-98 0C untuk DNA
dan sedikit lebih rendah untuk RNA. Peningkatan suhu ini akan memecah
ikatan hidrogen pada pasangan basa sehingga struktur rangkaian ganda
DNA atau RNA terpisah menjadi dua rantai tunggal.
Proses denaturasi ini sangat penting karena memungkinkan primer (sekuens
pendek DNA yang digunakan sebagai titik awalreplikasi) untuk berikatan
dengan target DNA atau RNA yang spesifik.
b. Annealing
Annealing merupakan tahap dimana primer DNA berikatan dengan sekuens
komplementer pada molekul target DNA atau RNA. Pada tahap ini, suhu
umumnya diturunkan menjadi 50-650C. Suhu ini dipilih berdasarkan
sekuens dan panjangprimer yang digunakan. Pada prinsipnya, suhu
annealing harus cukup lebih rendah untuk memastikan bahwa primer dapat
berikatan dengan target dengan kelonggaran yang cukup namuncukup
tinggi untuk memastikan spesifitas ikatan antara primer dan target. Selain
itu, suhu ini juga memastikanbahwa ikatan antara primer dan target
relatifkuat untuk mendukung aktivitas enzim DNA polimerase pada
Langkah selanjutnya. Selama tahap annealing primer DNA akan berikatan
dengan target DNA atau RNA melalui ikatan basa komplementer. Ikatan
ini membentuk dasar untuk sintesis salinan baru dari target pada tahap
berikutnya.
c. Extension
Extension merupakan tahap dimana enzim DNA polimerase mensintesis
rantai komplementer baru dari primer yang berikatan dengan target. Enzim
DNA polimerase akan menambahkan nukleotida secara berurutan pada
ujung 3’ primer. Pada tahp ini, suhu umumnya ditingkatkan menjadi 72-
750C. Suhu ini optimal unutk aktivasienzim DNA polimerase, khususnya
yang berasal dari bakteri tertentu seperti Thermus aquaticus yang tahan
terhadap suhu tinggi. Enzim DNA polimerase akan menambahkan
nukleotida secara berurutan pada rantai komplementer baru, mengikuti
sekuens nukleotida pada molekul target DNA atau RNA.

3
 Tahap ini memperpanjang fragmen DNA atau RNA target, menciptakan
salinan tambahan dari sekuens yang diinginkan. Panjang waktu ekstension
dapat bervariasi tergantung pada panjang fragmen DNA yang diamplifikasi
pada suhu optimal enzim DNA polimerase yang digunakan. Waktu ekstensi
yang cukup diperlukan untuk memastikan bahwa semua primer yang
berikatan dengan target dapat diubah menjadi fragmen DNA atau RNA
lengkap.
Rangkaian tahapan denaturasi, annealing, dan extension ini akan diulang
berkali-kali untuk mengamplifikasi fragmen DNA atau RNA target. Siklus
berulang-ulang ini disebut Cycling. Siklus ini memungkinkan penggandaan
cepat dan eksponensial dari sekuens genetik yang diinginkan.
Jumlah siklus yang diperlukan dapat bervariasi tergantung pada berbagai
faktor, termasuk jumlah awal DNA atau RNA target, kebutuhan aplikasi, dan
parameter lainnya. Seiring berjalannya siklus PCR, jumlah fragmen DNA atau
RNA target yang dihasilkan akan mencapai level yang dapat dideteksi dan
diukur oleh metode analisis tertentu, seperti elektroforesis gel atau deteksi
fluoresensi.

B. EKSTRAKSI
Ekstraksi adalah langkah kritis yang diperlukan untuk mengisolasi dan
memurnikan target DNA atau RNA dari sampel biologis sebelum amplifikasi.
Proses ekstraksi ini penting untuk memastikan bahwa hanya DNA atau RNA
target yang diinginkan yang akan direplikasi selama PCR. Terdapat beberapa
tahapan pada proses ekstraksi dalam konteks PCR yaitu sebagai berikut:
1. Pengumpulan Sampel
Sampel biologis yang mengandung DNA atau RNA target harus
dikumpulkan dengan hati-hati. Sampel biologis tersebut dapat berupa
darah, jaringan, saliva, atau kultur bakteri.
2. Lisis Sel atau Pecahan Mekanis
Sel atau jaringan dalam sampel harus dihancurkan atau dilisis untuk
melepaskan DNA. Ini dapat dilakukan dengan penggilingan mekanis,
pemecahan panas, atau penggunaan enzim lisis.

4
 3. Inaktivasi Enzim dan Penghilangan Kontaminan
Enzim-enzim yang dapat menghancurkan DNA (DNase) atau RNA
(RNase) harus dinonaktifkan dan kontaminan lainnya harus dihilangkan.
Penggunaan inhibitor enzim dan langkah-langkah pembersihan sangat
penting dalam tahap ini.
4. Ekstraksi dan Pemurnian
DNA atau RNA target diekstraksi dari campuran seluler menggunakan
metode tertentu seperti fenol-kloroform ekstraksi, ekstraksi dengan kit
komersial, atau teknik lainnya. Langkah ini bertujuan untuk memisahkan
DNA atau RNA target dari komponen lainnya dan untuk memperoleh
DNA atau RNA yang murni.
5. Elusi
DNA atau RNA yang telah diekstraksi biasanya terikat pada suatu material
pemurnian (seperti kolom filtrasi atau magnetic beads). Proses elusi
melibatkan pengambilan DNA atau RNA dari material pemurnian
menggunakan suatu larutan atau buffer khusus.
6. Penentuan konsentrasi DNA atau RNA dan kemurniannya
Sebelum melakukan PCR, penting untuk menentukan konsentrasi DNA
atau RNA yang diekstraksi. Ini dapat dilakukan dengan menggunakn
spektrofotometer atau metode lainnya.
7. Penyiapan DNA atau RNA untuk PCR
DNA atau RNA yang telah diekstraksi dan diukur konsentrasi dan
kemurniannya kemudian disiapkan untuk PCR
Proses ekstraksi harus dilakukan dengan hati-hati untuk menghindari
kontaminasi silang dan degradasi DNA atau RNA. Metode ekstraksi yang
digunakan dapat bervariasi tergantung pada jenis sampel, kebutuhan
eksperimen, dan peralatan yang tersedia. Kit ekstraksi komersial seringkali
digunakan karena dapat menyederhanakan dan mengotomatiskan langkah-
langkah ekstraksi.

C. KUANTIFIKASI dan UJI KEMURNIAN

1. Kuantifikasi

5
 Kuantifikasi adalah proses untuk menentukan konsentrasi relatif atau
absolut dari DNA atau RNA dalam sampel biologis. Pengetahuan tentang
konsentrasi asam nukleat dalam sampel sangat diperlukan untuk mengatur
reaksi atau eksperimen dengan benar dan memastikan hasil yang dapat
diandalkan. Sampel yang berkualitas baik memiliki konsentrasi DNA di atas
100 ng/ul
Pada umumnya proses kuantifikasi dapat dilakukan dengan beberapa
metode sebagai berikut:
a. Spektrofotometri UV
Metode ini menggunakan kemampuan DNA atau RNA untuk menyerap
cahaya pada panjang gelombang 260nm. Spektrofotometer UV dapat
digunakan untuk mengukur serapan cahaya, dan konsentrasi DNA atau
RNA dapat dihitung menggunakan koefisien absorpsi yang diketahui.
Sampel yang berkualitas baik memiliki konsentrasi DNA di atas 100
ng/ul.
b. Fluometri
Pewarna fluoresen khusus, seperti Hoechst atau SYBR green dapat
digunakan untuk mengikat DNA, sedangkan untuk RNA dapat
digunakan SYBR green atau RNA specific dyes. Intensitas fluoresensi
yang diukur secara spektrofotometrik atau dengan fluorimeter dapat
diubah menjadi konsentrasi DNA atau RNA.
c. Qubit Assay
System Qubit menggunakan teknologi fluorimetri yang sangat sensitif
untuk mengukur konsentrasi DNA atau RNA. Reagen fluorimetri
spesifik digunakan untuk mengikat DNA atau RNA dan menghasilkan
fluorisensi proporsional terhadap konsentrasinya.
Pilihan metode kuantifikasi harus disesuaikan dengan kebutuhan
eksperimen, kualitas sampel, dan peralatan yang tersedia. Penting untuk
menggunakan standar dengan konsentrasi yang diketahui untuk
mengkalibrasi metode kuantifikasi dan memastikan keakuratan hasil.
2. Uji Kemurnian

6
 Uji kemurnian bertujuan untuk memastikan bahwa sampel yang digunakan
hanya mengandung DNA atau RNA saja tanpa kontaminasi yang signifikan
oleh protein atau senyawa lain.
Adapun beberapa metode uji kemurnian sebagai berikut:
a. Elektroforesis
Elektroforesis pada gel agarose atau poliakrilamida dapat memisahkan
asam nukleat berdasarkan ukuran. Kemurnian dapat dinilai dengan
melihat jumlah dan posisi pita-pita dalam gel.
b. Spektrofotometri UV (A260/A280)
Rasio absorbansi pada panjang gelombang 260 nm dan 280 nm dapat
memberikan indikasi tentang kemungkinan kontaminasi protein. Rasio
ideal untuk uji kemurnian adalah 1,8-2,0.
c. Analisis Bioanalyzer atau Agilent TapeStation
Teknologi ini menggabungkan elektroforesis kapiler dan deteksi
fluoresen untuk memberikan profil elektroforesis yang memungkinkan
penilaian kualitas dan kemurnian asam nukleat.
d. Pemeriksaan Visual
Melihat karakteristik fisik sampel, seperti warna dan kejernihan, dapat
memberikan petunjuk awal tentang kemurnian. Contohnya, cairan DNA
harus jernih dan tidak berwarna.
e. Qubit Assay (Rasio Fluoresensi)
Pada beberapa platform, Qubit dapat memberikan informasi tentang
rasio floresensi yang dapat memberikan indikasi kemurnian.
Kemurnian yang tinggi sangat penting karena kontaminasi dapat
mempengaruhi hasil dan interpretasi. Pemilihan metode uji kemurnian
disesuaikan dengan jenis asam nukleat yang sedang dianalisis dan sifat sampel.

D. ELEKTROFORESIS
Elektroforesis adalah suatu teknik pemisahan partikel bermuatan, seperti
molekul DNA, RNA, atau protein, dalam suatu medium menggunakan medan
listrik. Teknik ini memanfaatkan sifat partake-partikel tersebut untuk bergerak
tergantung pada muatan listriknya dalam suatu medium.

7
1. Prinsip Dasar Elektroforesis
a. Muatan Listrik
Molekul-molekul seperti DNA, RNA, dan protein memiliki muatan
listrik yang dapat bersifat positif, negatif, atau netral tergantung pada
komposisi kimianya.
b. Medan Listrik
Elektroforesis melibatkan penerapan medan listrik menggunakan
elektroda positif dan negatif. Ini menciptakan suatu medan listrik di
sepanjang medium elektroforesis.
c. Pergerakan Partikel
Partikel bermuatan akan bergerak dalam respon terhadap medan listrik.
Partikel dengan muatan positif akan bergerak menuju elektroda
negatif, sedangkan partikel dengan muatan negatif akan bergerak
menuju elektroda positif.
d. Medium Elektroforesis
Medium elektroforesis dapat berupa gel (seperti gel agarosa atau
poliakrilamida). Medium tersebut memberikan hambatan terhadap
pergerakan partikel dan memungkinkan pemisahan berdasarkan ukuran
dan muatan.
2. Jenis Elektroforesis
a. Elektroforesis Gel
Dalam elektroforesis gel, sampel dimasukkan ke dalam lubang atau
sumur pada gel padat. Partikel bergerak melalui gel sesuai dengan
ukuran mereka, menciptakan polapemisahan.
b. Elektroforesis Kapiler
Elektroforesis kapiler menggunakan tabung kapiler yang sangat tipis
sebagai medium. Pemisahan terjadi karena partikel bermuatan
bergerak melalui tabung kapiler sesuai dengan muatan dan ukurannya.
3. Deteksi dan Analisis
a. Deteksi Visual
Hasil elektroforesis dapat terlihat secara visual melalui pewarnaan
menggunakan zat kimia tertentu, seperti bromofenol biru untuk DNA.

8
 b. Deteksi dengan Instrumen
Elektroforesis modern sering dikombinasikan dengan instrument
deteksi, seperti gel imaging systems atau elektroforesis kapiler
otomatis, untuk analisis kuantitatif dan pencitraan hasil.
4. Aplikasi Elektroforesis
a. Analisis DNA dan RNA
Elektroforesis digunakan untuk memisahkan dan menganalisis
fragmen DNA dan RNA, seperti dalam teknik agarosa gel
elektroforesis.
b. Pemisahan Protein
Elektroforesis protein memungkinkan pemisahan berdasarkan masa
atau muatan, digunakan dalam analisis struktur protein dan penentuan
konsentrasi relatif protein.
c. Pemisahan Molekul Kecil
Elektroforesis juga dapat digunakan untuk pemisahan molekul kecil
seperti asam amino, asam nukleat kecil, dan metabolit.

EKSTRAKSI DNA

Hari, Tanggal : Kamis, 09 November 2023

Kelompok :4
Materi : Ekstraksi DNA
Dosen Pembimbing : Anita Dwi Anggaini, S.ST., M.Si.

9
 Retno Werdiningsih, S.ST.

I. METODE
Metode Phenol-Chloroform
II. TUJUAN
Untuk memisahkan DNA dari patikel lain seperti protein, lemak, RNA,
dan material seluler lainnya sehingga didapatkan DNA murni dari
sampel.
III. PRINSIP
Pencampuran larutan fenol-kloroform dan sampel disertai dengan
sentrifugasi untuk memisahkan molekul DNA dari material seluler
lainnya.
IV. ALAT dan BAHAN
A. Alat
1 Biological safety cabinet ( BSC ) 7. Rak tabung
.
2 Sentrifuge kubota 8. Tube ependoff
.
3 Vortex 9. Micropipet
.
4 Cypruz pemanas air 10. Yellow dan blue tip
.
5 Termometer 11. Lampu Spirtus
.
6 Spuit 12. Ose
.

B. Bahan
Darah EDTA
Biakan Staphylococcus aureus
Reagen instagene matrix
Aquadest

10
 Desinfectan bayclin 10%

V. PROSEDUR
No PROSEDUR DOKUMENTASI
1 Lakukan prosedur
pengambilan darah vena,
kemudian darah
dimasukkan ke dalam
tabung EDTA
2 Siapkan 2 tube ependoff,
labeli salah satu tabung
ependoff dengan label S
(untuk sampel darah +
biakan)
3 Pipet @ 200 µl darah +
200 µl aquades dan
masukkan ke dalam
masing-masing tube
ependoff
4 Untuk sampel yang di
tambahkan 5 ose biakan
bakteri Staphylococcus
aures, di tambahkan di
luar BSC. Prosedur
penambahan :
- Nyalakan spirtus,
kemudian panaskan ose
dan tunggu beberapa
saat, lalu masukkan ose
ke dalam tabung biakan
Staphylococcus aureus
- Masukkan ose yang

11
 berisi biakan
Staphylococcus aureus
ke dalam tube ependoff
berisi sampel darah
EDTA + aquades yang
berlabel S
- Lakukan sebanyak 5x
(setelah ose dimasukkan
ke dalam tube ependoff
sampel biakan, ose harus
di panaskan terlebih
dahulu)
Proses ini harus di lakukan
di belakang spirtus yang
masih menyala.
5 Inkubasi di suhu ruang
selama 15-30 menit

6 Sentrifuge dengan
kecepatan 10.000 rpm
selama 5 menit

7 Buang supernatan dan

sisakan endapan

12
 8 Tambahkan 100 ul reagen
instagene

9 Vortex selama 10 detik

10 Panaskan tube dalam air

mendidih dengan suhu
100oC selama 8 menit

11 Vortex selama 10 detik

12 Sentrifuge dengan
kecepatan 10.000 rpm
selama 5 menit

13 Siapkan dua tube ependoff,

beri label. Kemudian
pisahkan supernatan
dengan mikro pipet dan
masukkan ke dalam tube
ependoff yang baru.

VI. HASIL PRAKTIKUM

13
VII. PEMBAHASAN
VIII. KESIMPULAN

KUANTIFIKASI DNA dan UJI KEMURNIAN

Hari, Tanggal : Kamis, 09 November 2023

Kelompok :4
Materi : Ekstraksi DNA
Dosen Pembimbing : Anita Dwi Anggaini, S.ST., M.Si.
Retno Werdiningsih, S.ST.

I. METODE
Spektrofotometer UV (Spektrofotometer nanodrop).
II. TUJUAN
Untuk mengetahui tingkat kemurnian dan konsentrasi DNA dalam
sampel yang sudah dilakukan ekstraksi.
III. PRINSIP
Pita ganda DNA dapat menyerap cahaya UV pada panjang gelombang
260 nm sedangkan kontaminan akan menyerap cahaya UV pada
panjanggelombang 280 nm.
IV. ALAT dan BAHAN
A. Alat
1. Spektrofotometer Nanodrop
2. Mikropipet

14
 3. White tip
4. Tisu
B. Bahan
1. Blanko DNase
2. Sampel yang sudah diekstraksi
V. PROSEDUR
No PROSEDUR DOKUMENTASI

1 Nyalakan alat
spektrofotometer nanodrop

2 Klik menu dsDNA kemudian

klik LED OFF yang tertera
pada bagian kanan atas layar
(untuk menyalakan lampu
pada bagian kuvet)

3 Buka penutup kuvet

4 Pipet 2 ul blanko, teteskan di

kuvet (teteskan tepat pada
lingkaran yang ada di tengah
kuvet), tutup, lalu pilih
blanko. Tunggu hingga
pembacaan blanko selesai.

15
 5 Buka penutup kuvet lalu
ersihkan kuvet dengan tisu
kering.

6 Pipet 2 ul sampel, teteskan di

kuvet, tutup, lalu pilih
sampel

7 Baca hasil konsentrasi DNA

dan kemurnian pada kolom
yang bertuliskan A 260 / A
280

8 Lakukan prosedur nomor 5-7

untuk sampel berikutnya

VI. HASIL PRAKTIKUM

VII. PEMBAHASAN
VIII. KESIMPULAN

16
 MIX REAGEN DNA

Hari, Tanggal : Kamis, 09 November 2023

Kelompok :4
Materi : Ekstraksi DNA
Dosen Pembimbing : Anita Dwi Anggaini, S.ST., M.Si.
Retno Werdiningsih, S.ST.

I. TUJUAN
II. PRINSIP
III. ALAT dan BAHAN
A. Alat
1. BSC (Biological Safety Cabinet)
2. PCR Tube
3. Mikropipet
4. Yellow + white tip
5. Vortex
6. Spindown
B. Bahan
1. DNA template
2. Reagen PCR mix
3. Primer R dan F
4. DdH₂O
5. Kontrol positif dari MRSA
6. Desinfektan bayclin 10%

17
IV. PROSEDUR
Perhitungan volume reagen yang akan di gunakan dengan
menggunakan 25 µl atau ½ reaksi

Reagen S1 S2 K

PCR mix 12,5 µl 12,5 µl 12,5 µl

Primer R 2 µl 2 µl 2 µl
Primer F 2 µl 2 µl 2 µl
DdH₂O Opsional Opsional 5 µl
DNA template 8,5 µl 8,5 µl 3,5 µl
Jumlah 25 µl 25 µl 25 µl
Ket: S1 : DNA template dari darah EDTA
S2 : DNA template dari darah EDTA + biakan Staphylococcus
aureus
K : Kontrol positif dari MRSA

No PROSEDUR DOKUMENTASI

1 Siapkan 3 PCR tube dan beri

label S1, S2 dan K

2 Pipet masing-masing reagen

sesuai tabel perhitungan di
atas pada masing-masing
PCR tube.

18
 3 Tutup PCR tube dengan rapat

4 Vortex selama 5 detik

5 Spindown selama 3 detik

6 Sampel siap untuk di PCR

V. HASIL PRAKTIKUM
VI. PEMBAHASAN
VII. KESIMPULAN

19
 PCR DNA

Hari, Tanggal : Kamis, 09 November 2023

Kelompok :4
Materi : Ekstraksi DNA
Dosen Pembimbing : Anita Dwi Anggaini, S.ST., M.Si.
Retno Werdiningsih, S.ST.

I. METODE
PCR Konvensional
II. TUJUAN
Untuk melakukan amplifikasi (penggandaan secara enzimatik dengan
cepat pada suatu segmen DNA
III. PRINSIP
Thermal cycler atau perubahan suhu dengan proses dan siklus yang
berulang meliputi denaturasi, annealing, dan ekstension oleh enzim
DNA polimerase.
IV. ALAT dan BAHAN
A. Alat
Alat CFX Opus 96
B. Bahan
DNA template yang sudah dicampur reagen (Hasil proses mix
reagen)
V. PROSEDUR
No PROSEDUR DOKUMENTASI

20
 VI. HASIL PRAKTIKUM
VII. PEMBAHASAN
VIII. KESIMPULAN

PEMBUATAN GEL AGAROSA

Hari, Tanggal : Kamis, 09 November 2023

Kelompok :4
Materi : Ekstraksi DNA
Dosen Pembimbing : Anita Dwi Anggaini, S.ST., M.Si.

I. TUJUAN
II. PRINSIP
III. ALAT dan BAHAN
A. Alat
1. Timbangan Metler toledo
2. Erlenmeyer
3. Gelas ukur
4. Pengaduk
5. Cawan petri
6. Cetakan agarose
7. Cetakan sumur agarose
8. Hot plate
B. Bahan
1. Aquades
2. TBE Buffer 5x
3. Agarose LE

IV. PROSEDUR
Pengenceran TBE Buffer
P1V1 = P2V2

21
 5 x V1 = ½ x 50
V1 = 5 ml

Keterangan
P1 = Konsentrasi Awal TBE
V1 = Volume TBE
P2 = Konsentrasi TBE yang diinginkan (TBE Buffer ½ x)
V2 = Volume larutan TBE Buffer ½ yang diinginkan
Perhitungan Agarose LE
Agarose : 2% x 50 = 1 gr
Keterangan:
2% = Konsentrasi agarosa yang diinginkan
50 = Volume agarosa yang diinginkan

No PROSEDUR DOKUMENTASI

1 Tuangkan 5 ml TBE buffer 5x

ke dalam gelas ukur

2 Tambahkan 45 ml aquades

3 Timbang 1 gr agarose LE

22
 4 Larutkan dengan 50 ml TBE
Buffer ½ x

5 Panaskan di atas hot plate

hingga mendidih

6 Tuangkan ke dalam cetakan

dan biarkan sampai mengeras

V. HASIL PRAKTIKUM
VI. PEMBAHASAN
VII. KESIMPULAN

23
 ELEKTROFORESIS DNA

Hari, Tanggal : Kamis, 09 November 2023

Kelompok :4
Materi : Ekstraksi DNA
Dosen Pembimbing : Anita Dwi Anggaini, S.ST., M.Si.
Retno Werdiningsih, S.ST.

I. METODE
II. TUJUAN
III. PRINSIP
IV. ALAT dan BAHAN
A. Alat
1. Biorad – Elektroforesis
2. Chamber elektroforesis
3. Micropipet
4. White tip
B. Bahan
1. Gel agarose
2. Sampel PCR
3. TBE Buffer ½ x
4. DNA Ladder 100 bp

V. PROSEDUR
No PROSEDUR DOKUMENTASI

24
1 Gel agarose yang sudah
mengeras dipotong setengah
bagian sesuai kebutuhan

2 Tempatkan gel agarose pada

chamber elektroforesis

3 Tambahkan TBE Buffer ½ x

hingga batas maksimal atau
hingga gel agarose terendam

4 Pipet 5 ul DNA Ladder dan

masukkan ke dalam sumur
pada gel agarose secara
perlahan

5 Pipet sampel yang sudah

diamplifikasi (S1, S2, dan K)
masing-masing sebanyak 5
ul, lalu masukkan ke dalam
sumur pada gel agarosa
secara perlahan. Setiap
sampel dimasukkan ke dalam
sumur yang berbeda.

25
 6 Tutup chamber elektroforesis
dengan posisi kutub yang
sesuai

7 Nyalakan power suply

Biorad-elektroforesis.
Atur power supply:
Volt : 70 V
Mili Ampere : 100 mA
Waktu : 45 menit

8 Tekan ‘Run’

9 Jika sebelum 45 menit, sudah

terbentuk warna dan bergerak
semakin mendekati kutub
positif (ujung gel agarose),
segera matikan power suplay
Biorad-elektroforesis.

VI. HASIL PRAKTIKUM

VII. PEMBAHASAN
VIII. KESIMPULAN

26
 PROSES PEWARNAAN

Hari, Tanggal : Kamis, 09 November 2023

Kelompok :4
Materi : Ekstraksi DNA
Dosen Pembimbing : Anita Dwi Anggaini, S.ST., M.Si.

I. TUJUAN
II. PRINSIP
III. ALAT dan BAHAN
A. Alat
1. Wadah tertutup
2. Gelas ukur
3. Mikropipet
4. Yellow tip
B. Bahan
1. Aquades
2. Gel Red

IV. PROSEDUR
No PROSEDUR DOKUMENTASI

27
 1 Ukur 100 ml aquades

2 Tuangkan 100 ml aquades ke

dalam wadah tertutup

3 Tambahkan 10 ul ke dalam
wadah tertutup, lalu
homogenkan

4 Masukkan gel agarose yang

telah dielektroforesis ke
dalam larutan pewarna
tersebut. Rendam selama 45
menit.

5 Baca pada alat UV

Transiluminateor

V. HASIL PRAKTIKUM
VI. PEMBAHASAN
VII. KESIMPULAN

28
 ELEKTROFORESIS DNA

Hari, Tanggal : Kamis, 09 November 2023

Kelompok :4
Materi : Ekstraksi DNA
Dosen Pembimbing : Anita Dwi Anggaini, S.ST., M.Si.

I. TUJUAN
II. PRINSIP
III. ALAT dan BAHAN
C. Alat
D. Bahan
IV. PROSEDUR
PROSEDUR DOKUMENTASI

V. HASIL PRAKTIKUM
VI. PEMBAHASAN
VII. KESIMPULAN

29
 PEMBACAAN HASIL ELEKTROFORESIS

Hari, Tanggal : Kamis, 09 November 2023

Kelompok :4
Materi : Pembacaan Hasil Elektroforesis
Dosen Pembimbing : Anita Dwi Anggaini, S.ST., M.Si.

I. METODE
Menggunakan alat UV Transiluminator
II. TUJUAN
III. PRINSIP
IV. ALAT dan BAHAN
A. Alat
1. UV – Transiluminator
2. Alkohol swab
3. Tisu kering
B. Bahan
Gel agarose hasil elektroforesis yang sudah diwarnai
V. PROSEDUR
No PROSEDUR DOKUMENTASI

30
1 Nyalakan CPU kemudian
tekan tombol ON/OFF pada
samping alat

Tunggu hingga muncul

tampilan layar.

2 Pilih UV View Gel

3 Pilih NUCLEID ACID GEL

4 Pilih UV View

5 Buka UV Safety For Door

6 Letakkan gel agarose di atas

GEL ALIGNMENT GUIDE
FOR SMALL GELS (posisi
cetakan lubang sumur ada di
atas)

31
 7 Tutup UV Safety For Door

8 Pilih PREVIEW

9 Hasil pewarnaan akan tampak

pada layar. Jika hasil di rasa
kurang jelas, maka waktu
untuk pewarnaan bisa
ditambah 15 menit.

10 Untuk menyimpan hasil

pembacaan di alat tekan
gambar kamera pada bagian
pojok bawah sebelah kanan.

VI. HASIL PRAKTIKUM

32
VII. PEMBAHASAN
VIII. KESIMPULAN

33