ISOLASI DNA PADA BERBAGAI MACAM BUAH

LAPORAN PRAKTIKUM
Untuk memenuhi salah satu tugas mata kuliah Genetika
yang dibimbing oleh Desi Kartikasari, M.Si.

Oleh
Kelompok 3

Ahmad Khoirofi Arozak (17208153038)

Lutfi Mufarida (17208153039)
Siti Miftachul. M (17208153043)
Sigma Maula Koirunnail (17208153051)
Beta Larasati (17208153070)

JURUSAN TADRIS BIOLOGI

FAKULTAS TARBIYAH DAN ILMU KEGURUAN
INSTITUT AGAMA ISLAM NEGERI TULUNGAGUNG
April 2017
 ISOLASI DNA PADA BERBAGAI MACAM BUAH

A. Dasar Teori
Asam nukleat berupa asam deoksiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA
(bahasa inggris : deoxyribonucleic acid), umumnya terletak di dalam inti sel.
Secara garis besar, peran DNA di dalam sebuah sel adalah materi genetik,
artinya DNA menyimpan cetak biru bagi segala aktivitas sel. Ini berlaku umum
bagi setiap organisme. DNA merupakan polimer yang terdiri dari tiga komponen
utama, yaitu gugus fosfat, gula deoksiribisa, dan basa nitrogen. Sebuah unit
monomer DNA yang terdiri dari ketiga komponen tersebut dinamakan
nukleotida, sehingga DNA tergolong sebagai polinukleotida. Rangka utama
untai DNA terdiri dari gugus fosfat dan gula yang berselang-seling. Gula pada
DNA adalah gula pentosa (berkarbon lima), yaitu 2-deoksiribosa. Dua gugus
gula terhubung dengan fosfat melalui ikatan fosfodiester antara atom karbon
ketiga pada cincin satu gula dan atom karbon kelima pada gula lainnya. Salah
satu perbedaan utama DNA dan RNA adalah penyusunnya; gula RNA adalah
ribosa.
DNA dapat diisolasi, baik dari sel manusia maupun sel tumbuhan. Teknik
isolasi DNA sederhana memfasilitasi ekstraksi DNA total dari bahan-bahan
yang dikehendaki tanpa memerlukan bahan dan peralatan yang khusus dan cara
pengerjaannya pun sangat sederhana. Dari teknik ini akan didapatkan DNA total
dari seluruh bahan organik yang dipakai. DNA yang diperoleh bukanlah DNA
murni, melainkan masih berupa kumpulan DNA yang bercampur dengan
berbagai molekul sel yang lainnya, sehingga bisa diamati dengan mata telanjang
atau dengan mikroskop sederhana.
Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini
bertujuan untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan.
Proses ini harus dilakukan dengan berhati-hati, sehingga tidak menyebabkan
kerusakan pada DNA. Untuk mengeluarkan DNA dari sel, dapat dilakukan
dengan memecahkan dinding sel baik dengan cara mekanik maupun cara
kimiawi. Dengan cara mekanik dapat dilakukan melalui penggerusan atau
pemblenderan dengan menggunakan mortal dan pistil, sedangkan secara

1
 kimiawi dapat dilakukan dengan menambahkan deterjen. Pada praktikum ini
akan dilakukan isolasi DNA dengan metode sederhana dengan menggunakan
sampel daging buah untuk mendapatkan DNA.
B. Tujuan Praktikum
1. Untuk mengetahui teknik yang benar dalam mengisolasi DNA dalam buah-
buahan.
2. Untuk mengetahui pengaruh keefektifan jenis buah dan deterjen terhadap
hasil isolasi DNA.
3. Mengetahui tahap-tahap dalam mengisolasi DNA dari buah-buahan.
4. Mengetahui maksud dari tahap-tahap dalam mengisolasi DNA dari buah-
buahan.
5. Untuk mengetahui informasi tentang hasil isolasi DNA pada berbagai
macam buah.
C. Alat dan bahan
Alat dan bahan yang digunakan dalam praktikum adalah:
Alat Bahan
- Mortal + Pistil - Tomat
- Blender - Semangka
- Gelas Ukur - Pepaya
- Tabung reaksi - Pisang
- Pipet tetes - Nanas
- Batang pengaduk - Jeruk
- Pisau - Alkohol absolut dingin
- Timbangan/Neraca digital - Aquades
- Kertas saring - Garam dapur
- Corong - Deterjen : Rinso, Sunlight
- Kertas saring
- Spatula
- Saringan tahu/kain saring
- Saringan teh
- Beaker glass

2
D. Cara Kerja
1. Membuat ekstrak buah
- Mengambil 100 gr buah yang sudah dikupas
- Menambahkan 100 ml aquades
- Memblendernya selama 1 menit atau menumbuknya menggunakan mortal
atau pistil
- Menyaring dengan menggunakan saringan tahu atau kain saring
- Menyaring lagi dengan kertas saring
2. Membuat larutan garam dan deterjen
- Mengambil deterjen sebanyak 1 sendok teh ke dalam tabung reaksi/beaker
glass
- Menambahkan 56 ml aquades
- Mengaduknya selama 15 menit sampai homogen dan tidak berbuih
- Menambahkan setengah sendok spatula garam
- Mengaduknya sampai homogen dan tidak berbuih
3. Mengekstrak DNA
- Mengambil 30 ml alikout (hasil ekstrak buah)
- Memasukkan alikout ke dalam beaker glass yang berisi larutan garam dan
deterjen
- Mengaduknya selama 10 menit tanpa berbuih
- Mengambil 15 ml hasil campuran tadi dalam tabung reaksi
- Menambahkan 5 ml alkohol absolut dingin melawati dinding tabung reaksi
E. Data Hasil Pengamatan
Data hasil pengamatan : kompilasi dari semua kelompok
Buah Deterjen Tingkat/Gradasi
kekeruhan pita DNA
Tomat Rinso ++++
Sunlight +
Pepaya Rinso ++
Sunlight +
Pisang Rinso ++
Sunlight +

3
 Semangka Rinso ++
Sunlight +
Nanas Rinso +
Sunlight +
Jeruk Rinso +
Sunlight +
Keterangan :
+ (tipis)
++ (sedang)
+++ (agak tebal)
++++ (sangat tebal)

F. Analisis Data
Pada praktikum isolasi DNA ini dilakukan pada 6 buah yaitu tomat, pepaya,
pisang, semangka, nanas dan juga jeruk dengan 2 reagen yaitu Rinso sebagai
deterjen bubuk dan Sunlight sebagai deterjen cair.
Pada buah pertama yaitu tomat dengan reagen Rinso tingkat kekeruhan pita
DNA nya terlihat sangat tebal. Namun pada reagen Sunlight kekeruhan pita
DNA nya tipis.
Pada buah kedua yaitu pepaya dengan reagen Rinso kekeruhan pita DNA
nya sedang, sedangkan untuk reagen Sunlight kekeruhan pita DNA nya tipis.
Pada buah ketiga yaitu pisang dengan reagen Rinso kekeruhan pita DNA nya
sedang dan dengan reagen Sunlight kekeruhan pita DNA nya tipis. Untuk buah
keempat yaitu semangka dengan reagen Rinso kekeruhan pita DNA nya tipis,
sedangkan dengan reagen Sunlight kekeruhan pita DNA nya tipis. Pada buah
kelima yaitu nanas kekeruhan pita DNA dengan reagen Rinso tipis, sedangkan
dengan reagen Sunlight kekeruhan pita DNA nya juga tipis. Dan pada buah yang
terakhir yaitu jeruk dengan reagen Rinso kekeruhan pita DNA nya tipis dan
dengan reagen Sunlight kekeruhan pita DNA nya juga tipis.

4
G. Pembahasan
Pada dasarnya prinsip isolasi DNA ada tiga yaitu pelisisan sel, ekstraksi dan
pemurnian. Pada praktikum kali ini yang pertama-tama dilakukan ialah
menghancurkan sampel buah dengan cara mekanik atau pemblenderan buah
untuk melisis atau merusak dinding sel.
Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain: preparasi
sektrak sel, pemurnian DNA dari ektrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun
isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis
atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini karena
adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi yang dapat
menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah,
maka kadar air yang pada masing-masing buah berbeda, dapat memberi hasil
yang berbeda pula. Buah dengan kadar air tinggi akan menghasilkan isolat yang
berbeda jika dibandingkan dengan buah berkadar air renda. Semakin tinggi
kadar air maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga
DNA yang terpresipitasi juga akan sedikit. Proses isolasi DNA diawali dengan
proses ekstraksi DNA.
Hal ini bertujuan untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak
diinginkan. Proses ini harus dilakukan dengan hati-hati, sehingga tidak
menyebabkan kerusakan pada dinding sel, membran sel membran plasma dan
membran inti baik dengan cara mekanik maupun secara kimiawi. Cara mekanik
bisa dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus menggunakan mortar dan
pistil. Sedangkan secara kimiawi dapat dengan pemberian yang dapat merusak
membran sel dan membran inti, salah satunya adalah detergen.
Teknik yang digunakan dalam praktikum ini yaitu menggunakan teknik
sederhana isolasi DNA. memfasilitasi ekstraksi DNA total dari bahan-bahan
yang dikehendaki tanpa memerlukan bahan dan peralatan yang khusus dan cara
pengerjaannya pun sangat sederhana. Dari teknik ini akan didapatkan DNA total
dari seluruh bahan organik yang dipakai. DNA yang diperoleh bukanlah DNA
murni, melainkan masih berupa kumpulan DNA yang bercampur dengan
berbagai molekul sel yang lainnya, sehingga bisa diamati dengan mata telanjang
atau dengan mikroskop sederhana.

5
 Langkah pertama yang dilakukan yaitu dengan menghancurkan sampel
berupa buah yaing telah disiapkan yang akan diuji dengan mortal dan pistis atau
blender. Penghancuran bertujuan untuk merusak jaringan yang ada pada sel
sehingga mempermudah bahan-bahan kimia lain yang akan digunakan untuk
masuk ke dalam organel-organel sel, dalam hal ini targetnya adalah inti sel
(untuk mengambil DNA nya). Hasil tumbukan yang sudah halus disaring dua
kali menggunakan saringan teh dan saringan kain. Hal ini bertujuan untuk
mendapatkan ekstrak yang benar-benar bersih dari serat-serat buah yang masih
tersisa. Kemudian ekstrak tersebut dimasukkan ke dalam beker glass yang telah
berisi larutan deterjen baik Rinso maupun Sunlight yang telah diberi garam
secara hati-hati melewati dinding gelas.
Penambahan detergen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena detergen
dapat menyebabkan ruaknya membran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui
sisi hidrofobik detergen dengan protein dan lemak pada membran membentuk
senyawa lipid protein-detergen kompleks. Senyawa tersebut dapat terbentuk
karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga
dengan detergen sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia. Kemudian
penambahan garam (NaCl) berfungsi untuk melarutkan DNA dan setelah
itu diberikan ethanol dingin 96% untuk mengumpulkan atau menggumpalkan
DNA.
Pencampuran antara garam dan deterjen ini bertujuan untuk memperbesar
pergerakan partikel sel dan detergen agar reaksi berlangsung cepat, karena
detergent merupakan bahan yang dapat merusak membran sel. Pada pengadukan
ini harus dilakukan dengan hati hati agar tidak menimbulkan buih. Apabila
terdapat buih maka akan menyebabkan penghambatan pada isolasi DNA. DNA
akan sulit diamati karena terhalangnya penyatuan DNA di daerah atas antara
alkohol dengan campuran ekstrak buah, detergent dan garam akibat adanya
rongga udara yang ditimbukan oleh adanya buih.
Setelah itu campuran antara ekstrak buah, garam dan juga detergen
dimasukkan ke dalam tabung reaksi dan ditetesi dengan alkohol dingin.
Penambahan alkohol dingin ini bertujuan untuk pengikatan pita DNA yang telah
terkumpul karena pemekatan oleh garam. Alkohol yang digunakan harus dalam

6
 keadaan dingin. Karena semakin dingin alkohol, maka konsentrasi DNA yang
akan terikat oleh alkohol tersebut akan semakin pekat atau tinggi sehingga DNA
yang terisolasi dapat terlihat dengan jelas.
Pada praktikum ini hasil yang didapatkan dari masing-masing sampel
memiliki hasil yang bervariasi. Tingkat kekeruhan pita DNA yang sangat tebal
terdapat pada sampel buah Tomat denga reagen detergen bubuk (Rinso).
Sedangkan dan yang paling sedikit adalah pada buah Pepaya, Semangka, Nanas,
dan Jeruk dengan deterjen cair (Sunlight). Adanya perbedan tersebut karena
pada buah terdapat perbedaan pigmen yang masih berikatan dengan DNA,
dimana pigmen ini memiliki ukuran kemampuan yang berbeda dalam
melepaskan diri dengan DNA pada setiap detergent, sehingga perbedaan tebal
tipis dan terpisahnya DNA dari sel tersebut juga menunjukkan bahwa
kemampuan setiap detergent dalam merusak membran sel tidak sama.
H. Hasil Diskusi
1. Isolasi DNA merupakan teknik untuk memisahkan DNA dalam suatu sel
dari zat-zat lain selain DNA. DNA tersebut dapat berasal dari hewan maupun
tumbuhan. DNA dapat diisolasi dari berbagai sel yang memiliki inti sel,
karena DNA terletak di dalam inti sel. Teknik isolasi DNA sederhana
memfasilitasi ekstraksi DNA total dari bahan-bahan yang dikehendaki tanpa
memerlukan bahan dan peralatan yang khusus dan cara pengerjaannya
sangat sederhana.
2. Fungsi penambahan garam adalah untuk memekatkan DNA. Pemekatan
DNA terjadi karena ion natrium pada garam dapur mampu membentuk
ikatan pada kutub negative pada ikatan fosfat DNA. Bila hal ini terjadi,
maka DNA akan berkumpul.
3. Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat menyebabkan rusaknya
membrane sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen
dengan protein dan lemak pada membrane membentuk senyawa lipid
protein-deterjen kompleks. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein
dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan
deterjen, sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia

7
4. Penambahan ethanol 96 %, penambahan ini bertujuan untuk mempermudah
terjadinya presipitasi pada benang-benang DNA.Ethanol tersebut mampu
membawa asam nukleat yang terdapat dalam campuran naik ke permukaan,
untuk kemudian diendapkan.
5. Karena busa yang yang ditimbulkan oleh detergen akan mengganggu
pengamatan, karena DNA yang berhasil diisolasi nampak tipis, dan dapat
dipastikan lapisan DNA tersebut akan tertutupi jika terdapat buih.
6. Karena jika diberikan alcohol dingin, konsentrasi DNA yang akan terikat
oleh alcohol tersebut akan semakin pekat. DNA tidak larut dalam etanol
tetapi larut dalam air. Ketika dalam air DNA akan tersebar dalam larutan,
sehingga tidak terlihat. Ketika dicampur dengan alcohol, DNA akan
memisahkan diri dan berkumpul atau menggumpal sehingga dapat dilihat.
Endapan DNA terlihat terlihat seperti serabut-serabut putih yang berkumpul
diatas atau melayang dipermukaan larutan karena massa jenis alcohol lebih
kecil dari massa jenis air
7. Kemungkinan terdapat kesalahan pada saat dilakukan pemblenderan buah
yang terlalu lama dan terlalu halus sehingga DNA yang di dalamnya
tercabik-cabik hancur dan menyebabkan kegagalan pada saat isolasi DNA.
Saat pengadukan, mengaduk antara larutan garam, ekstrak buah, dan
detergent atau sunlight terlalu cepat sehingga pada campuran homogen
terdapat busa yang banyak dan menutupi permukaan bahan uji. Inilah faktor
yang menurut praktikan paling fatal karena proses selanjutnya menjadi tidak
dapat dilaksanakan secara baik dan praktikan harus membuang gelembung
tersebut.
8. Untuk melakukan isolasi DNA metode atau teknik yang digunakan pada
dasarnya ada tiga yaitu: pelisisan sel, ekstraksi, dan pemurnian. Pelisisan
dapat dilakukan dengan cara mekanik maupun kimia, salah satunya dengan
cara diblender dan dicampur larutan detergen. Ekstraksi dapat dilakukan
dengan penambahan garam dapur (NaCl) dan pemurnian salah satu
metodenya adalah dengan memberikan larutan ethanol dingin 96%. Jenis
detergen dan buah yang dipakai untuk melakukan isolasi DNA sangat
berpengaruh pada DNA yang dihasilkan.

8
 I. Kesimpulan
Teknik yang digunakan dalam praktikum isolasi DNA ini yaitu
menggunakan teknik Isolasi DNA sederhana memfasilitasi ekstraksi
DNA total dari bahan-bahan yang dikehendaki tanpa memerlukan bahan
dan peralatan yang khusus dan cara pengerjaannya pun sangat sederhana.
Sampel yang digunakan berupa 6 buah yang berbeda yaitu tomat,
pepaya, pisang, semangka, nanas dan juga jeruk.
Ektrak buah yang telah didapat dari proses penghancuran dan
penyaringan ditambahkan dengan deterjen bubuk maupun deterjen cair
yang diletakkan di tempat yang berbeda, garam dan juga alkohol dingin.
Lapisan filtrasi buah selalu berada di bagian bawah karena filtrasi ini
cenderung untuk mengendap.Lapisan alkohol umumnya berada di
bagian tengah karena masa jenisnya lebih ringan.Sedangkan lapisan
DNA umumnya berada di bagian atas karena DNAsangat ringan dan
cenderung mengambangDetergen yang paling efektif digunakan dalam
isolasi DNA adalah Rinso
Tingkat kekeruhan pita DNA yang sangat tebal terdapat pada ekstak
buah tomat dengan deterjen bubuk (Rinso) dan hasil yang paling tipis
terdapat pada ekstrak buah Pepaya, Semangka, Nanas, dan Jeruk dengan
deterjen cair (Sunlight).

9
 Lampiran

Gambar 1 Penumbukan untuk memperoleh

ekstrak buah Gambar 2 ekstrak buah pepaya

Gambar 3 pencampuran larutan antara Gambar 4 pengadukan larutan homogen

ekstrak buah, deterejen, dan garam ektrak buah, deterjen, dan garam

Gambar 6 presipitasi DNA

Gambar 5 penambahan alkohol dingin ke
larutan homogen ekstrak buah, deterjen dan
garam

10
 DAFTAR RUJUKAN

Agus, Rosana dan Sjafaranain. 2014. Penuntun Praktikum Genetika. Makassar.

Dwi Listyorini, et al. 2015. Teknik Analisis Molekuler: Genetik A work Book. Malang:
UM Press.

Suryo. 2012. Genetika untuk Strata 1. Yogyakarta: Gadjah Mada University Press.

11