ISOLASI DNA SEDERHANA PADA BUAH DAN SAYUR

HESTIYANI
1605111326

Mata Kuliah : BIOTEKNOLOGI

Kelas : VI A

Program Studi Pendidikan Biologi FKIP Universitas Riau 28293

E-mail: 19hestiyani@gmail.com, Phone: +6282285484828

A. PENDAHULUAN
Deoxyribonucleic acid atau DNA merupakan senyawa kimia yang paling
penting dalam makhluk hidup.DNA merupakan senyawa yang mengandung
informasi genetik makhluk hidup dari satu generasi ke generasi selanjutnya.
Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom. Genom meliputi
bagian gen yang fungsional maupun non-fungsional dalam sel organisme. DNA
genom meliputi gen danintergen (Suryo, 2004).
Isolasi DNA merupakan langkah mempelajari DNA. Salah satu
prinsipisolasi DNA yaitu dengan sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik
untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul
yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan
molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung . Hasil sentrifugasi akan
menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu supernatan pada bagian atas
dan pelet pada bagian bawah.Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat
menyebabkan rusaknya membrane sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi
hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membrane membentuk
senyawa “lipid protein-deterjen kompleks”. Senyawa tersebut dapat terbentuk
karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga
dengan deterjen, sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia (hamdani 2018).
Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini
bertujuan untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan.
Proses ini harus dilakukan dengan hati-hati, sehingga tidak menyebabkan
kerusakan pada DNA. Untuk mengeluarkan DNA dari sel, dapat dilakukan
dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran inti baik dengan
cara mekanik maupun secara kimiawi. Cara mekanik bisa dilakukan dengan
pemblenderan atau penggerus menggunakan mortal dan pistil. Sedangkan secara
kimiawi dapat dengan pemberian yang dapat merusak membran sel dan membran
inti, salah satunya adalah deterjen cair(deterjen pencuci piring). Penambahan
deterjen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena deterjen dapat menyebabkan
rusaknya mebran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik
deterjen dengan protein dan lemak pada membran membentuk senyawa ”lipid
protein-deterjen kompleks”. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan
lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen,
sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia (Herdyastuti, 2009). Tujuan
praktikum yang dilaksanakan untuk mengetahui prosedur sederhana untuk isolasi
DNA dan mengetahui faktor-faktor yang mempengaruhi keberhasilan isolasi
DNA.

B. BAHAN DAN METODE

Praktikum ini dilaksanakan di Laboratorium PMIPA Universitas Riau
pada tanggal 5 Maret 2019. Alat dan bahan yang digunakan adalah baskom, gelas
beker, sendok makan, pipet tetes, tabung reaksi, mortal dan pasle, water bath, dan
pipet kaca. Sedangkan, bahan yang digunakan adalah air, garam dapur, deterjen
cair(sabun cuci piring cair), cairan pembersih lantai(sabun merek fixal), sayuran
dan buah, es batu, kertas saring, dan alcohol.
Metode yang di gunakan adalah metode eksperimen dengan membuat
larutan ekstraksi dengan cara memasukkan 100 ml air kedalam gelas dengan
menambahkan satu sendok makan garam dapur,satu sendok makan sunlight ,10
tetes sabun fixal, kemudian masukkan 20 ml larutan ekstraksi kedalam tabung
reaksi dan tambahkan bahan bahan-bahan sayuran atau buah yang telah di
haluskan sebanyak 3 sendok teh. Panaskan larutan dalam air bersuhu 60℃ selama
15 menit, dinginkan selama 10 menit kemudian saring larutan dengan
menggunakan kertas saring dan setelah itu masukkan alcohol secara hati-hati
melalui dinding tabung reaksi kedalam cairan hasil penyaringan. DNA akan
muncul di permukaan berwarna keputihan.adapun parameter yang di amati antara
lain adalah perubahan warna,bentuk,waktu,dan jumlah DNA yang terbentuk.

C. HASIL DAN PEMBAHASAN

Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan diperoleh data sebagai
berikut :
Tabel 1.Hasil pengamatan isolasi DNA sederhana dengan menggunakan
bahan buah dan sayuran
No Jenis buah/ Perlakuan Hasil pengamatan
sayuran
Warna Bentuk Jumlah

1 Bayam 1 cm Putih - ++++

2 cm Kekuningan Awan ++++

2 Selada 1 cm Bening - +

2 cm Kekuningan Kapas ++
transparan

3 Kangkung 1 cm Putih Serat ++++

2 cm Kuning Benang ++++

4 Apel 1 cm Bening - ++
 2 cm Bening Kapas +
transparan
5 Pisang 1 cm Putih Awan ++

2 cm Putih Benang +++

6 Mangga 1 cm Bening - ++

2 cm Bening Kapas +++

transparan
Keterangan :
+++++ : Sangat banyak
++++ : Banyak
+++ : Sedang
++ : Sedikit
+ : Tidak ada

Dari data diatas percobaan isolasi DNA terdapat perbedaan warna pada
masing-masing tabung reaksi. Perubahan warna yang terjadi diakibatkan oleh
perbedaan susunan DNA yang terdapat pada setiap buah dan sayur. Selain itu
perbedaan yang mencolok dari larutan tersebut adalah terdapat banyak atau sedikit
endapan asam nukleat pada dasar tabung reaksi. Hal ini terjadi akibat adanya
perbedaan kandungan air dari masing-masing buah dan sayur tidak sama. Dari
hasil percobaan tidak diperoleh DNA murni melainkan hanya DNA kasar atau
benang – benang halus (supernatant) dalam jumlah yang sedikit serta endapan
putih yang terlihat. Kandungan DNA yang sangat banyak terdapat pada bayam,
hal ini disebabkan karena memiliki kandungan protein yang tinggi. Protein
merupakan penyusun DNA. Sedangkan belimbing selada dan apel menghasilkan
ekstrak DNA yang paling sedikit karena kandungan protein sedikit. Endapan yang
terdapat pada tabung menunjukan jumlah ekstrak DNA yang ada. Semakin pekat
larutan didalam tabung maka semakin banyak pula ekstrak DNA nya. Pada selada
dan apel sangat berbeda nyata dengan isolasi DNA yang lainnya hal ini dapat
disebabkan dalam proses pembuatan sumber DNA untuk isolasi DNA hendaknya
jangan terlalu encer karena semakin encer sumber DNA, DNA yang terpresipitasi
akan semakin sedikit. Karena sel yang lisis di dalam air tentunya lebih sedikit jika
dibandingkan dengan sumber DNA yang lebih kental. Tetapi hal ini dapat diatasi
dengan pemberian aquades yang tidakterlalu banyak sehingga dapat diperoleh
sumber DNA.
Bentuk DNA yang dihasilkan pada pengamatan adalah bentuk benang, seperti
kapas, gumpalan awan dengan warna secara umum adalah putih. Adanya hasil
warna dan perbedaan lama waktu yang dibutuhkan untuk menghasilkan DNA
dipengaruhi oleh beberapa faktor, perbedaan waktu ini juga disebabkan oleh
kurang ketelitian praktikan dalam mengamati DNA yang terbentuk. Dari data
yang diperoleh juga menunjukkan bahwa buah dan sayur yang memiliki kadar air
paling rendah dapat terbentuk jumlah DNA yang paling banyak dan paling bagus.
Menurut Jamilah., 2005 adanya perbedan tersebut karena pada buah terdapat
perbedaan pigmen yang masih berikatan dengan DNA, dimana pigmen ini
memiliki ukuran kemampuan yang berbeda dalam melepaskan diri dengan DNA,
sehingga perbedaan waktu terpisahnya DNA dari sel tersebut juga menunjukkan
bahwa kemampuan setiap detergent dalam merusak membran sel tidak sama.
Penggunaan deterjen berfungsi untuk melisiskan membran (Marek et al.,
2009). Pelisisan sel dilakukan dengan menguraikan membrane sel yang
membatasi sel dengan lingkungan luar, dan melisiskan membrane inti. Sabun cuci
berfungsi untuk melisiskan membrane dan menghilangkan molekul lain selain
DNA yang diinginkan. Lipid akan terlarut dalam sabun cuci. Fosfolipid yang
terdapat pada membrane sel dan membrane inti akan terlarut dalam larutan sabun.
Molekul lain yang berikatan dengan lipid pun dapat ditangkap dan dilarutkan oleh
larutan sabun, sehingga yang tertinggal hanyalah DNA sel saja. Proses ini optimal
dengan membiarkannya selama 10-15 menit. Selain itu, deterjen juga berperan
dalam mengurangi aktivitas enzim nuklease yang merupakan enzim pendegradasi
DNA (Switzer, 1999). Garam berfungsi untuk menghilangkan protein dan
karbohidrat karena garam dapat menyebabkan keduanya terpresipitasi dan
bersama-sama dengan detergen berfungsi seperti lysing buffer.

D. KESIMPULAN
Prinsip-prinsip dasar dalam mengisolasi DNA yaitu:melisiskan sel secara fisik
dengan penggerusan; pemecahan dinding sel; pemecahan membrane sel;
pemisahan DNA dan bahan yang lain. Isolasi DNA pada dasarnya dapat dilakukan
dengan merusak dinding dan membrane sel dan juga membrane inti. Perusakan ini
dapat dilakukan dengan penggerusan, pemblenderan, atau yang lainnya. DNA
dapat diisolasikan dari sumber DNA berupa buah dan sayur dengan penambahan
larutan deterjen, etanol serta garam untuk membantu presipitasi DNA. Hasil
isolasi DNA sangat dipengaruhi oleh jenis buah dan sayur. Terbukti dari hasil
pengamatan, pada masing-masing buah dan sayur didapatkan hasil yang berbeda.

E. DAFTAR PUSTAKA
Hamdani rizki dkk. 2018. Isolasi Dan Uji Sensitifitas Bakteri Heterotrofik dari
Patogen. Universitas riau
Herdyastuti. 2009. Chitinase and Chitinolytic Microorgsnism Isolation,
Characterization, and Potential.ISSN 1411-9420.9(1):37-47
Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Detergen, Penambahan Enzim, dan
Ekstrak Nanasm (Ananas comusus (L) Merr) Terhadap Hasil Isolasi DNA
Berbagai Macam Buah Sebagai Topik Praktikum Matakuliah Genetika.
Malang: Universitas Negeri Malang
Suryo, 2004. Genetika Strata 1. Universitas Gadjah Mada. Yogyakarta
Marek, E., C. Mulvihill, dan D. Bell. 2009. Extracting The Max FromA DNA
Extraction. Science Scope. USA. 32 (5)
Switzer. 1999. Experimental Biochemistry.Blackwell Scientific Pub. Oxford.