LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI DASAR

“ISOLASI DNA”

Oleh:
Banyu Alam Purnama
1207020011
Biologi A
Kelompok 3
Praktikum Biologi Dasar

PROGRAM STUDI BIOLOGI

FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
UIN SUNAN GUNUNG DJATI
BANDUNG
2020
 BAB I
PENDAHULUAN
1.1. Tujuan

Tujuan dari praktikum ini adalah memahami penyebab variasi pada organisma

1.2. Dasar Teori

Pada dasarnya sel mengandung dua jenis asam nukleat, yaitu DNA dan RNA. DNA terletak
di kromosom, di nukleus, mitokondria, dan kloroplas. Pada saat yang sama, RNA ditemukan di
nukleus, sitoplasma, dan ribosom.
DNA ada di setiap sel organisme, dan DNA adalah penyebab yang diwarisi organisme dari
orang tuanya. Molekul DNA sangat panjang, biasanya mengandung ratusan atau bahkan ribuan
gen. DNA tersusun dari tiga komponen utama yaitu molekul organik yang disebut basa
nitrogen, pentosa (gula lima karbon) dan gugus fosfat (Campbell, 2002). Zat ini dinamakan
cetak biru kehidupan karena memiliki peran yang sangat penting yaitu sebagai pembawa
informasi yang menentukan struktur protein dan proses metabolisme lainnya, DNA dapat
didenaturasi dan direnaturasi. Banyak faktor yang mempengaruhi proses ini, antara lain suhu
tinggi, pH ekstrim, kandungan elektrolit Na + atau K +, dan komposisi alkali C-G (Erod, 2007).
Untuk memperoleh DNA murni dari sel-sel dalam jaringan biologis dapat dilakukan
teknologi isolasi DNA. Isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, namun pada setiap
jenis atau bagian tanaman, karena adanya konsentrasi senyawa polifenol dan polisakarida yang
tinggi. Menekan pemurnian dan karena itu menyebabkan masalah yang berbeda. DNA juga
dapat mempengaruhi enzim, seperti polimerase, ligase, restriksi endonuklease, atau enzim aktif
molekuler lainnya, yang dapat membuat DNA tidak dapat digunakan untuk aplikasi penelitian.
(Carboni, 2007).
Isolasi DNA dapat dilakukan dalam beberapa tahap, antara lain: persiapan ekstrak sel,
pemurnian DNA dari ekstrak sel, dan pengendapan DNA. Meskipun isolasi DNA dapat
dilakukan dengan berbagai cara, namun setiap jenis atau bagian tanaman dapat menghasilkan
hasil yang berbeda karena adanya senyawa. Polifenol dan polisakarida konsentrasi tinggi dapat
menghambat pemurnian DNA. Jika dilakukan isolasi DNA pada sampel buah maka kadar air
setiap buah akan berbeda sehingga memberikan hasil yang berbeda pula (Sweeney, 2008).
 BAB II
METODE

2.1. Waktu dan Tempat

Praktikum ini dilaksanakan dengan metode melakukan percobaan pada tanggal 1 Januari
2021 pukul 17.30 - 18.00 WIB. Tempat pelaksanaan di Rumah pribadi Jl. KH Usman Dhomiri
No 59, Kecamatan Cimahi Tengah, Kota Cimahi.

2.2. Alat dan Bahan

Alat:
- Pisau 1 buah
- Gelas 3 buah
- Plastik 2 buah
- Sendok 4 buah
- Alas potong 1 buah
- Mangkok kecil 2 buah
- Saringan 1 bauh

Bahan:
- Air (H2O) 6 sdm
- Alkohol 70% 8 sdm
- Ditergen cair 2 sdm
- Garam dapur 2 sdm
- Buah pepaya 4 potong kecil
- Buah stroberi 4 potong kecil
2.3. Cara Kerja

Disiapkan bahan dan alat

Dipotong buah menjadi empat bagian ukuran 2 cm, lalu

dimasukan ke dalam plastik dan hancurkan.

Disiapkan 1 sdm garam (lisis) dan 1 sdm detergen cair (denaturasi

protein) dicampurkan hingga homogen, lalu diberi air 3 sdm aduk
(hindari munculnya buih)

Dimasukan larutan kedalam plastik yang berisi buah lalu aduk dan
diamkan selama 2 menit.

Disaring buah, biarkan air mengalir kedalam gelas

Dialiri 4 sdm alkohol 70% dingin kedalam gelas melalui

dinding gelas, diamkan selama 2-3 menit. (presipitasi)

Amati
 BAB III
HASIL dan PEMBAHASAN

Setelah diekstraksi dan didiamkan selama 3 menit, maka larutan pada gelas terlihat
membentuk tiga lapisan, buah yang saya uji adalah buah pepaya dan buah stroberi, sedangkan yang
lainnya adalah data hasil kelompok yang masing-masing menguji dengan jenis buah yang berbeda.
3.1. Tabel Hasil Pengamatan

No Nama Buah Gambar Keterangan

1 Mangga Terlihat adanya kabut bewarna putih
di atas larutan alkohol, dan ekstrak
buah bewarna orange pucat.

2 Pisang Terlihat adanya kabut bewarna putih

di atas larutan alkohol, dan ekstrak
buah bewarna putih.

3 Nanas Terlihat adanya kabut bewarna putih

di atas larutan alkohol, dan ekstrak
buah bewarna kuning bening.

4 Salak Terlihat adanya kabut bewarna putih

di atas larutan alkohol, dan ekstrak
buah bewarna orange bening.

5 Pepaya Terlihat adanya kabut bewarna putih

di atas larutan alkohol, dan ekstrak
buah bewarna kuning pucat.
6 Stroberi Terlihat adanya kabut bewarna putih
di atas larutan alkohol, dan ekstrak
buah bewarna merah muda pucat.

7 Naga Terlihat adanya kabut bewarna putih

di atas larutan alkohol, dan ekstrak
buah bewarna magenta.

8 Jambu batu Terlihat adanya kabut bewarna putih

di atas larutan alkohol, dan ekstrak
buah bewarna merah muda.

Pada praktikum kali ini, kita mempelajari cara yang tepat untuk melihat DNA
suatu organisme dengan mengisolasinya dari lokasi awalnya, yaitu didalam nukleus.
Dalam proses isolasi DNA, umumnya terdapat tiga tahapan yang harus dilakukan oleh
seorang peneliti, yaitu:
a. Menghancurkan daging buah secara mekanik
Untuk melihat DNA pada buah, dinding sel, membrane sel, dan membrane nukleus
pada buah harus dihancurkan terlebih dahulu agar DNA keluar dan terlihat massanya.

b. Purifikasi (pemurnian larutan).

Ketika sel telah lisis, seluruh komponen selakan bercampur satu sama lain. Sebagian
besar proses manipulasi DNA mengharuskan agar DNA terpisah dan bebas dari
protein dan RNA, pemanasan ,penambahan bahan kimia tertentu atau larutan organik
seperti fenol untuk menonaktifkan enzim dan menghilangkan protein dari nukleus. Namun,
kita tidak melakukannya pada percobaan ini, karena kita tidak akanmenggunakan
DNA yang diperoleh untuk tujuan eksperimen khusus.

c. Presipitasi
Yaitu pemisahan DNA dari larutan, dengan cara mencampurkannya dengan suatu
bahan tidak dapat melarutkannya (DNA) sehingga ia dapat memisah/terpresipitasi.
Adapun penjelasan lebih lengkap dari setiap tahapan tersebut sebagai berikut
a. Pemilihan buah yang dipakai
Pemilihan jenis buah yang dipakai diusahakan untuk memilih buah yang mudah untuk
dihancurkan oleh sendok, hindari jenis buah yang daging buah terasa keras dan sulit untuk
di hancurkan. Karena dalam praktikum ini tidak digunakannya blander untuk menghaluskan
daging buah.

b. Penghancuran/penghalusan daging buah

Sel tumbuhan memiliki sistem proteksi berupa dinding sel dan membran sel.
Dinding sel tersusun dari polisakarida. Untuk mengisolasi DNA, maka hal pertama yang
dilakukan adalah mendegradasi dinding sel yang merupakan struktur paling luar darisel
tumbuhan dengan cara menggerus bagian buah yang dijadikan sampel hingga lumat
dan sehalus mungkin. Selain itu, penggerusan juga bertujuan untuk memisahkan sel
yang satu dengan lainnya sehingga memberikan hasil yang lebih baik pada proses
ekstraksi selanjutnya (Carboni, 2007).

c. Penambahan garam, ditergen cair, dan air

Untuk mengekstraksi DNA, maka DNA yang terdapat di dalam nukleus perlu
diuraikan dari protein-protein lain yangmengikatnya. Penambahan garam, khususnya
dengan konsentrasi tinggi sebanyak 1 sdm dapat memisahkan nuclear protein
(khususnya protein histo nsehingga gulungan DNA dapat terurai dan terlihat
sebagai gumpalan benang putih di permukaan larutan) dan juga memisahkan karbohidrat
(polisakarida) yang terkandung dalam esktrak. Penambahan garam juga dapat
membantu proses presipitasi DNA. Ion Na+ dari NaCl akan memasuki membran sel secara
difusi dan memasuki nukleus melalui pori-pori nukleus. Ion Na+ pada garam dapat
mengikat ion fosfat- pada DNA, sehingga molekul-molekul yang memiliki muatan yang
sama (negatif) dan bersifat polar kini tidak lagi saling tolak menolak karena tidak lagi
bermuatan (netral) atau nonpolar. Proses tersebut mempermudah pemekatan dan
pengumpulan massa DNA pada proses presipitasi DNA (Weising et al., 2005)
Membran sel tersusun atas fosfolipid, protein,glikogen, dan kolesterol. Komponen-
komponen membran sel tersebut adayang bersifat hidrofilik (glikoprotein, protein
ekstrinsik,‘kepala’ fosfolipid) dan hidrofobik (kolesterol, Sebagian protein instrinsik,‘ekor’
(fosfolipid) (Kimball, 1983).
Oleh karena itulah diperlukan deterjen yang dapat mendegradasi membrane sel
melalui mekanisme khusus. Sisi hidrofilik pada deterjen akan mengikat sisi protein
yang bersifat hidrofilik dan sisihi drofobik detergen akan mengikat lipid dan sisi
hidrofobik protein sehingga membentuk senyawa “lipid protein-deterjen kompleks”.
Peristiwa inilah menyebabkan interaksi polar yang menyatukan membrane sel, sehingga
membrane sel pun terdegradasi/lisis.
Untuk mempercepat proses penghancuran membrane sel, maka setelah detergen
dituang, perlu dilakukan homogenisasi antara gerusan buah dan larutan detergen dan
garam Oleh karena itu, campuran kedua keduanya lalu ditambahkan air dan diaduk
perlahan.

d. Penyaringan
Setelah dihomogenkan, maka larutan harus disaring dengan mengunakan
penyaring. Fungsi proses filtrasi ini ialah untuk mengumpulkan larutan yang kaya akan
DNA dan untuk memisahkannya dari sisa-sisa sel dan jaringan lainnya pada buah yang
kemudian akan dibuang.
e. Penambahan alkohol 70% dingin
Penambahan 4 sdm alkohol 70% pada larutan buah, dengan dialiri pada sisi gelas,
bertujuan untuk memisahkan berbagai komponen. Setelah beberapa saat, maka akan segera
terlihat bahwa alkohol berada di atas lapisan atas, sementara filtrat berada didasar,
hal ini terjadi karena alkohol memiliki densitas(kerapatan) yang lebih kecil dibandingkan
air. Setelah beberapa saat maka akan terlihat benang-benang putih di atas larutan alkohol.
Kumpulan benang-benang putih tersebut ialah DNA yang terpresipitasi dari filtrat. DNA
dapat memisah dari larutan campuran (alkohol+filtrat) karena DNA tidak larut dalam
alkohol.
DNA bersifat polar, karena adanya muatan arik ve dari gugus rangka fosfatnya. Sifat
polar ini, berdasarkan prinsip “like dissolve like” (sejenis terlarut dalam sejenis),
membuat DNA larut dalam air yang juga memiliki sifat polar yang tinggi. Sifat polar air
dibuktikan dengan tingginya nilai konstanta dielektriknya, yaitu 80,1 (pada suhu 20°C),
yang berarti bahwa kekuatan listrik antara dua muatan dalam larutan yang mengandung
air jauh berkurang jika dibandingkan dengan kekuatan yang terjadi di ruang hampa atau di
udara. Daya listrik pada ikatan ion pada Kristal NaCl akan melemah saat terlarut dalam
air, sehingga membiarkan ion Na+ yang dilindungi oleh pelindung hidrasi (hydration
shell) tersebar dalam air. Mekanisme yang sama terjadi antara muatan arik ve
fosfat DNA.Walaupun ion positif juga ada dalam larutan, kekuatan listrik yang
relatiflemah mencegahnya untuk membentuk ikatan ion yang stabil denganfosfat
pada DNA dan memisahkannya dari larutan.
Alkohol memiliki tingkat polar yang lebih rendah daripada air,konstanta
dielektriknya adalah 24.3 (pada suhu 25°C). Artinya, penambahan alkohol pada larutan
akan mengacaukan muatan oleh air. Jika alkohol dalam jumlah memadai ditambahkan ,
maka daya arik antara fosfat dan beberapa ion positif yang terlarut menjadi cukup kuat
untuk membentuk ikatan ion yang stabil dan mempresipitasikan/memisahkan DNA.
Hal ini umumnya terjadi jika jumlah alkohol telah mencapai 64% dari volume larutan,
dan mekanisme tersebut mengharuskan adanya ion positif yang terlarut. Suhu alkohol
yang dingin berperan dalam mempermudah proses pemekatan DNA, semakin
dingin suhu alkohol, maka DNA yang mengumpul dan terpresipitasi akan semakin
banyak.
 BAB IV
KESIMPULAN
Dari hasil praktikum yang telah dilakukan menghasilkan kesimpulan sebagai berikut :
Untuk memisahkan DNA pada buah diperlukan langkah sistematis yaitu menghancurkan
dinding sel dengan cara menghancurkan bahan, melisiskan membran sel dan membran inti dengan
campuran deterjen, dan menambahkan alkohol dingin dan ion NaCl Na + (kristal garam) untuk
membantu pengendapan DNA. DNA akan muncul dalam bentuk gugusan benang putih dan
perlahan naik ke permukaan gelas. Kadar air buah mempengaruhi waktu dan jumlah DNA yang
disimpan. Semakin banyak air dan semakin lama waktu yang dibutuhkan, semakin sedikit jumlah
DNA yang diendapkan. Sumber adanya variasi genetic antara lain mutasi, migrasi, dan
rekombinasi.
 DAFTAR PUSTAKA

Carboni. (2007). A new system for animal products traceability and authentication: use of DNA
analysis of natural tracers and example of application to dry cured hams. Italian Journal of
Animal Science.
Elrod. (2007). Genetika. Jakarta: Erlangga.
Kimball. (1983). Biologi. Bandung : Erlangga.
Sasmita, S. (2017). ISOLASI DNA BUAH. Diakses Januari 2, 2021, dari docplayer:
https://docplayer.info/46936098-Isolasi-dna-buah-i-tujuan-tujuan-dari-praktikum-ini-
adalah.html
Sweeney. (2008). Enzymes of Molecular Biology. New Jersey: Humana Press inc.
Weising. (2005). DNA fingerprinting in plants. USA: Taylor & Francis Group.