LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA

ISOLASI DNA DARI BUAH STRAWBERRY

Diajukan untuk memenuhi salah satu tugas mata kuliah Praktikum Biokimia

Dosen Pengampu:

Heli Siti Halimatul M., Ph.D.

Disusun Oleh:

Yurin Karunia Apsha Albaina Iasya (1800935)

Rekan kerja :

Allifiya Fauziah (1800721)

Novi Nurjanah (1800922)

PROGRAM STUDI KIMIA

DEPARTEMEN PENDIDIKAN KIMIA

FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMUPENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS PENDIDIKAN INDONESIA

2021
 Isolasi DNA dari Buah Strawberry
A. Tujuan
1. Mengisolasi DNA dari buah strawberry

B. Dasar Teori
Pada dasarnya, sel mengandung dua asam nukleat yaitu DNA dan RNA. DNA
terletak pada kromosom, dijumpai di nukleus (inti sel), mitokondria dan kloroplas. DNA
terdapat dalam setiap mahluk hidup. DNA adalah materi genetik yang diwarisi organisme
dari induknya.
Suatu molekul DNA sangat panjang dan umumnya terdiri dari ribuan deoksiribosa
nukleotida yang bergabung dalam suatu urutan yang bersifat khas bagi setiap organisme.
(Lehningher . 1982)
Struktur DNA pertama kali diungkap oleh JameWatson dan Franson Crick pada
tahun 1953 berdasarkan foto difraksi sinar-X milik Rosalind Franklin dan Maurice
Wilkins. Berdasarkan foto difraksi sinar-X tersebut Watson dan Crick membuat struktur
DNA yang disebut untai ganda (double helix). Untai ganda tersusun oleh dua rantai
polinukleotida yang terpilin. Kedua rantai tersebut berikatan dengan adanya ikatan
hidrogen antara basa adenin dengan timin sebanyak dua ikatan dan antara guanin dan
sitosin sebanyak tiga ikatan.
(Triwibowo . 2005)

Struktur DNA
Sebuah sel memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan bersifat herediter
pada seluruh sistem kehidupan. Genom adalah set lengkap materi genetik (DNA) yang
dimiliki satu organisme dan terorganisasi menjadi kromosom. DNA dapat diisolasi baik
dari sel hewan, manusia maupun pada tumbuhan.
(Arhan . 2009)
Isolasi deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan proses ekstraksi DNA dari
berbagai sumber. Sumber untuk isolasi DNA sangat beragam. DNA dapat diisolasi dari
organisme hidup atau mati.
(Sadikin . 2002)
Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA (ekstraksi atau lisis) biasanya
dilakukan dengan homogenasi dan penambahan buffer ekstraksi atau buffer lisis untuk
mencegah DNA rusak.
(Suryo . 2004)
Tujuan dari pengisolasian DNA ialah untuk mendapatkan DNA yang murni,
yakni tanpa adanya RNA. Isolasi DNA memiliki beberapa tahapan, yaitu :
1. Preparasi ekstrak sel
2. Lisis dinding dan membran sel
3. Ekstraksi dalam larutan
4. Purifikasi
5. Presipitasi

Langkah awal dalam isolasi DNA adalah pemecahan jaringan hingga menjadi sel-
sel tunggal yang dapat dilakukan dengan menggerus bahan menggunakan blender atau
mortar. Selanjutnya dilakukan lisis (pemecahan membran sel dan dinding sel DNA),
proses ini bertujuan untuk menghancurkan struktur protein dan memungkinkan untuk
pelepasan asam nukleat dari dalam inti. Lisis dilakukan dalam larutan garam dan detergen.

(Soewolo . 2000)

Kemudian dilanjutkan dengan pemisahan DNA dari berbagai bahan lainnya

yakni memakai alkohol berkonsentrasi 90%-95% dalam kondisi dingin, karena alkohol
memiliki berat jenis yang jauh lebih ringan dari air sehingga DNA akan naik ke
permukaan.

(Tohib . 2012)

Pada umumnya bahan yang digunakan dalam isolasi DNA ialah jaringan hewan
atau jaringan tumbuhan. Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara,
akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda
hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi
yang dapat menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sampel
buah maka kadar air pada masing-masing buah berbeda dapat memberikan hasil yang
berbeda-beda, semakin tinggi kadar air maka sel terlarut dalam ekstrak semakin sedikit
sehingga DNA yang terpretisipasi akan sedikit.

(Suryo . 2004)

Pada praktikum ini akan mengisolasi DNA dari tumbuhan jenis berry-berryan
yaitu strawberry. Buah khas strawberry berasal dari Amerika. Buah strawberry berwarna
hijau keputihan ketika sedang berkembang dan pada kebanyakan spesies berubah menjadi
merah ketika masak. Secara umum strawberry memiliki 81-87% air, 3-13% glukosa, bahan
lemak, vitamin C dan sedikit vitamin B, A, E, K. Selain itu strawberry memiliki kandungan
zat besi, sodium dan fosfor, belerang, kalsium, dan banyak lagi kandungan zat lainnya.

Buah strawberry

DNA dapat di karakterisasi menggunakan teknik elektroforesis. Elektroforesis

adalah suatu teknik yang mengukur laju perpindahan atau pergerakan partikel-partikel
bermuatan dalam suatu medan listrik. DNA bermuatan negatif sehingga akan bergerak
menuju kutub positif (anoda).

(Gaffar . 2007)

Elektroforesis digunakan untuk mengamati hasil amplifikasi dari DNA. Hasil

elektroforesis yang terlihat adalah terbentuknya band yang merupakan fragmen DNA hasil
amplifikasi dan menunjukkan potongan-potongan jumlah pasangan basanya. Teknik
elektroforesis mempergunakan medium yang terbuat dari gel. Perpindahan partikel pada
medium gel tersebut dipengaruhi oleh beberapa faktor, yaitu :

1. Ukuran partikel
2. Komposisi
3. Konsentrasi gel
4. Densitas muatan
5. Kuat medan listrik

(Suhartono . 1999)
C. Alat dan Bahan
Alat
1. Toples kaca kecil 2 buah
2. Gelas ukur 50 mL 1 buah
3. Batang pengaduk 1 buah
4. Spatula 1 buah
5. Saringan 1 buah
6. Botol timbang 2 buah
7. Plastik 1 buah
8. Timbangan 1 set
9. Kaca arloji 1 buah

Bahan

1. Aquadest secukupnya
2. Etanol 96% 50 mL
3. Detergen cair (rinso) 5 mL
4. Garam 5 gram
D. Langkah Kerja dan Pengamatan
No Langkah kerja Pengamatan
1. Persiapan Sampel Buah berry yang digunakan adalah
strawberry
Buah Berry
 Strawberry : berwarna merah
- Dicuci menggunakan air
mengalir  Air : berwujud cair tak berwarna,
- Dikeringkan tak berbau
- Ditimbang sebanyak 50 gram
Setelah dicuci dan dikeringkan buah
Hasil strawberry menjadi bersih

2. Pembuatan Larutan Buffer  Aquadest : berwujud cair, tak

berwarna, tak berbau
Toples Kaca
Detergen yang digunakan yaitu rinso cair
- Dibersihkan dan dikeringkan
- Dimasukkan 5 mL detergen cair  Rinso cair : berwujud cair, berwarna
- Dimasukkan 5 gram garam biru, berbau khas
- Dimasukkan 50 mL aquadest
- Diaduk hingga tercampur rata  Garam : berwujud padat berwana
putih, tak berbau
Larutan Buffer
 Aquadest + rinso cair + garam :
larutan berwarna biru berbau khas
3. Ekstraksi DNA Buah  Strawberry dimasukan ke dalam
zipper bag dan dihancurkan :
Buah Berry
terbentuk cairan berwarna merah
- Dimasukkan ke dalam zipper bag
- Dihancurkan buah berry hingga dan padatan strawberry yang hancur
halus  Strawberry + larutan buffer : larutan
- Ditambahkan larutan buffer
berwarna merah, terdapat padatan
- Diremas buah berry hingga
bercampur dengan larutan buffer strawberry dan berbau khas
Setelah di filtrasi diperoleh filtrat dan residu
Buah Berry + Larutan Buffer
sebagai berikut
- Difiltrasi
 Filrat : larutan berwarna merah,
Filtrat berbau khas
- Ditambahkan 50 mL etanol 96%  Residu : padatan strawberry
dingin
 Filtrat + etanol 96% dingin :
- Ditunggu hingga terbentuk 2
lapisan terbentuk 2 lapisan (lapisan atas
 - Didiamkan beberapa saat larutan tidak berwarna dengan
- Diamati hingga terbentuk benang panjang DNA diatasnya,
benang panjang (DNA)
lapisan bawah larutan berwarna
- Dipisahkan benang panjang
menggunakan tusuk gigi atau merah)
spatula ke dalam wadah terpisah  DNA strawberry : berwarna merah

DNA muda berwujud benang panjang

bertekstur seperti serat.

E. Data Pengamatan
Hasil

Buah

Larutan buffer lisis

Larutan buffer lisis

+ buah

Larutan buffer lisis

+ buah + etanol
96%
 DNA

F. Pembahasan
Pada praktikum Isolasi DNA dari Jenis Buah Berry bertujuan untuk mengisolasi
DNA dari jenis buah berry. Prinsip dari praktikum ini adalah pemecahan membran sel
dengan penghancuran buah dan penambahan sabun serta garam sehingga DNA dapat
dikeluarkan dari dalam sel. DNA merupakan persenyawaan kimia pada makhluk hidup,
yang membawa keterangan genetik dari sel khususnya atau dari makhluk dalam
keseluruhannya dari satu generasi ke generasi berikutnya. Molekul DNA terdapat pada
nukleus, mitokondria, plastida dan sentriol. Molekul DNA memiliki bentuk sebagai
benang lurus dan tidak bercabang. Isolasi DNA merupakan suatu teknik yang digunakan
untuk memperoleh DNA murni, yaitu tanpa protein dan RNA dari suatu sel dalam jaringan.
DNA pada makhluk hidup dapat diisolasi secara sederhana. Pengisolasian DNA secara
sederhana dapat dilakukan dengan memecah dinding sel, membran plasma dan membran
inti. Teknik-teknik isolasi DNA yang telah dikembangkan sangat mahal dan memerlukan
waktu yang lama. Modifikasi teknik isolasi DNA telah dilakukan pada beberapa
laboratorium, salah satunya isolasi DNA dengan metode kitchen preparation
menggunakan detergen sebagai alternatif pengganti EDTA dan SDS, garam dapur sebagai
pengganti NaCl.
Dalam praktikum isolasi DNA menggunakan metode kitchen preparation, tahap
pertama yang dilakukan adalah menyiapkan buah yang akan digunakan. Jenis buah berry
yang digunakan pada praktikum ini adalah strawberry, karena buah strawberry mudah
ditemukan, mudah dihancurkan dan strawberry matang menghasilkan enzim pectinase dan
selulase yang membantu memecah dinding sel serta strawberry umumya dibudidayakan
dengan octoploid dengan delapan sel genom. Hal ini sangat baik untuk menunjukan
ekstraksi DNA karena memiliki delapan dari setiap jenis kromosom yang juga dikatakan
jika strawberry memiliki DNA yang berlimpah. Strawberry yang sudah dibersihkan
disiapkan sebanyak 50 gram untuk dihancurkan, penghancuran berfungsi untuk merusak
atau menghancurkan dinding sel sehingga DNA dapat keluar. Penghancuran atau
perusakan dapat dilakukan dengan cara mekanik atau cara kimiawi. Dalam praktikum ini
strawberry dihancurkan dengan cara mekanin yaitu penggerusan.
Tahap selanjutnya yaitu pembuatan larutan buffer dengan memasukan 5 mL
detergen (detergen yang digunakan dalam praktikum ini berbentuk cair yaitu rinso cair),
50 mL aquadest dan 5 gram garam dapur ke dalam wadah kemudian diaduk secara
perlahan agar tidak terbentuk busa sehingga mempermudah dalam pengamatan munculnya
DNA. Larutan buffer yang sudah dibuat dimasukkan ke dalam wadah berisi buah
strawberry. Detergen berfungsi untuk merusak membran sel pada buah. Membran sel dapat
rusak karena detergen mengandung sodium dodesil sulfet (SDS) yang dapat menyebabkan
hilangnya molekul lipid pada membran sel sehingga struktur membran akan rusak dan
melisiskan isi sel. Sabun akan merusak membran sel melalui ikatan yang dibentuk melalui
sisi hidrofobik, sabun juga mempunyai ujung yang berbeda yaitu hidrofilik dan hidrofobik
sehingga dapat membentuk ikatan. Penambahan garam dapur bertujuan untuk
mengendapkan DNA di mana garam akan berikatan dengan phospat dan pada saat itulah
DNA berkumpul, penambahan garam menyebabkan protein dan karbohidrat terpresipitasi
ke dalam larutan yang kemudian tersaring pada proses penyaringan, garam dapur berfungsi
sebagai lysing buffer yaitu menjaga pH larutan agar tetap konstan sehingga tidak terjadi
denaturasi DNA, serta penambahan garam bertujuan agar pemisahan benang-benang DNA
dari campuran menjadi lebih mudah dengan begitu benang-benang DNA akan mudah
untuk diamati hal tersebut terjadi karena unsur NA+ pada garam membentuk ikatan pada
kutub negatif. Setelah dicampurkan dilakukan pengadukan. Pengadukan bertujuan untuk
mempercepat proses perusakan membran sel, membran inti dan dinding sel oleh detergen.
Kemudian dilakukan filtrasi untuk memisahkan endapan dengan filtratnya. Diperoleh hasil
filtrasi berupa endapan yang merupakan tubuh sel buah strawberry dan filtat berupa
larutan berwarna merah.
Filtrat hasil filtrasi ditambahkan dengan etanol 96% dingin yang bertujuan untuk
mempermudah proses presipitasi DNA, sehingga DNA yang terkumpul akan terpisah dari
larutan dan membentuk lapisan-lapisan yang dapat diidentifikasi unsur penyusunnya.
Etanol dapat menjadikan asam nukleat yang ada dalam campuran naik ke permukaan
campuran. Setelah penambahan etanol 96% dingin larutan didiamkan beberapa saat dan
terbentuk 2 lapisan di mana etanol berada pada lapisan atas karena etanol memiliki berat
molekul paling rendah. Di peroleh DNA stawberry di atas permukaan etanol berbentuk
benang-benang panjang berwarna merah muda. Berdasarkan hasil percobaan isolasi DNA
dari jenis buah berry, DNA pada 50 gram buah strawberry diperoleh lebih banyak
 dibandingkan 50 gram anggur dan 50 gram rapsberry. Karena kandungan air dalam
strawberry lebih sedikit dibandingkan anggur dan raspberry sehingga sel yang terlarut di
dalam ekstrak lebih banyak sehingga DNA yang terpresipitasi juga akan semakin banyak..
DNA yang diperoleh dapat di identifikasi menggunakan elektroforesis. Sampel yang
akan di elektrolisis dicampur dengan buffer yang mengandung bromofenol biru dan
sukrosa 40%. Penambahan larutan buffer mengandung bromofenol bertujuan untuk
pewarna DNA yang dianalisis dalam elektroforesis, agar dapat dilihat visualisasi
pemisahannya. Pencampuran buffer bromofenol dengan DNA menggunakan teknik
pipetting secara hati-hati. Sampel kemudian diletakan dalam sumur-sumur yang sudah
tersedia dalam gel agarosa kemudian dilakukan running elektroforesis dalam buffer TAE
pada tegangan tertentu. Mobilisasi molekul DNA yang diberi tegangan bergantung pada
ukuran partikelnya, molekul yang berukuran lebih kecil akan bermobilisasi lebih cepat
dibandingkan dengan molekul berukuran lebih besar. Kemudian dilakukan visualisasi
pemisahan DNA dengan elektroforesis menggunakaan sinar UV. Hasil elektroforesis yang
terlihat adalah terbentuknya band yang merupakan fragmen DNA hasil amplifikasi dan
menunjukkan potongan-potongan jumlah pasangan basanya

G. Kesimpulan
Pada praktikum Isolasi DNA dari Jenis Buah Berry bertujuan untuk mengisolasi
DNA dari jenis buah berry. Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA (ekstraksi atau
lisis) biasanya dilakukan dengan homogenasi dan penambahan buffer ekstraksi atau buffer
lisis untuk mencegah DNA rusak dapat dilakukan dengan merusak dinding sel dan
membran inti. Berdasarkan hasil praktikum diperoleh DNA buah strawberry pada bagian
atas karena DNA sangat ringan dan cenderung mengambang, DNA strawberry berwarna
merah muda berbentuk benang panjang.

H. Daftar Pustaka
Arhan . (2009) . Laporan Praktikum Isolasi DNA [daring]
Gaffar, Shabaarni . (2007) . Buku Ajar Bioteknologi Molekul . Bandung : Jurusan Kimia,
FMIPA UNPAD.
Lehninger . (1982) . Dasar-Dasar Biokimia . Jakarta : Erlangga.
Sadikin . (2001) . Biokimia Darah . Jakarta : Widya Medika.
Soewolo, Hafiz, dkk . (2000) . Biokimia Eksperimen Laboratorium . Jakarta : Widya
Medika.
 Suhartono, Putra . (1999) . Biologi Molekuler Kedokteran . Surabaya : Airlangga
University Press.
Suryo . (2004) . Biologi Sel . Malang : Universitas Negeri Malang.
Tohib . (2012) . Macam Metode Isolasi DNA [daring].
Triwibowo, Y . (2005) . Biologi Molekular . Jakarta : Erlangga.

I. Lampiran
Pralab
1. Gambarkan diagram alir kerja ekstraksi DNA dari buah atau sayuran
Jawab
1. Persiapan Sampel
Buah Berry
- Dicuci menggunakan air mengalir
- Dikeringkan
- Ditimbang sebanyak 50 gram

Hasil

2. Pembuatan Larutan Buffer

Toples Kaca
- Dibersihkan dan dikeringkan
- Dimasukkan 5 mL detergen cair
- Dimasukkan 5 gram garam
- Dimasukkan 50 mL aquadest
- Diaduk hingga tercampur rata

Larutan Buffer

3. Ekstraksi DNA Buah

Buah Berry
- Dimasukkan ke dalam zipper bag
- Dihancurkan buah berry hingga halus
- Ditambahkan larutan buffer
- Diremas buah berry hingga bercampur dengan larutan buffer

Buah Berry + Larutan Buffer

- Difiltrasi

Filtrat
 - Ditambahkan 50 mL etanol 96% dingin
- Ditunggu hingga terbentuk 2 lapisan
- Didiamkan beberapa saat
- Diamati hingga terbentuk benang panjang (DNA)
- Dipisahkan benang panjang menggunakan tusuk gigi atau spatula ke dalam
wadah terpisah

DNA

2. Tuliskan struktur DNA dan Jelaskan bagaimana DNA dapat menyimpan informasi
genetik
Jawab

Struktur DNA sangat cocok untuk menyimpan informasi genetik, rantai punggung
DNA resisten terhadap pembelahan kimia dan kedua unting dalam struktur DNA untai
ganda menyimpan informasi genetik yang sama di mana informasi genetik akan
direplikasi ketika dua untai DNA dipisahkan.
3. Mengapa anda memblender buah?
Jawab
Pemblenderan atau penghancuran buah berfungsi untuk merusak atau menghancurkan
dinding sel sehingga DNA dapat keluar
4. Jelaskan fungsi detergent dan alkohol pada percobaan ini?
Jawab
Detergen berfungsi untuk merusak membran sel pada buah. Membran sel dapat rusak
karena detergen mengandung sodium dodesil sulfet (SDS) yang dapat menyebabkan
 hilangnya molekul lipid pada membran sel sehingga struktur membran akan rusak dan
melisiskan isi sel. Alkohol berfungsi untuk mempermudah proses presipitasi DNA
sehingga DNA yang terkumpul akan terpisah dari larutan dan membentuk lapisan-
lapisan yang dapat diidentifikasi unsur penyusunnya dan juga menjadikan asam
nukleat yang ada dalam campuran naik ke permukaan campuran.
5. Mengapa alkohol membentuk lapisan pada bagian atas larutan?
Jawab
Etanol berada pada lapisan atas karena etanol memiliki berat molekul paling rendah
6. Apakah DNA yang anda peroleh sudah murni atau belum? Jelaskan
Jawab
Sampel DNA yang diperoleh tidak murni. Karena adaka kemungkinan padaa saat
melakukan tahap pelisisan dan ekstraksi menggunakan detergen dan garam dapur tidak
menghancurkan membran sel seluruhnya.