BIOMOLEKUL

Biomolekul adalah senyawa-senyawa organik sederhana pembentuk organisme hidup

dan bersifat khas sebagai produk aktivitas biologis. Biomolekul dapat dipandang sebagai
turunan hidrokarbon yang dari arah karbon dan hidrogen yang mempunyai kerangka dasar
yang tersusun dari atom karbon yang disatukan oleh ikatan kovalen.
Biomolekul bersifat poifungsional, memngandung dua atau lebih jenis gugus fungsi
yang berbeda pada molekul disetiap gugus. Fungsi mempunyai sifat dan reaksi kimia
terseendiri yang relatif besar.

BENTUK SENYAWA BIOMOLEKUL

Senyawa-senyawa biomolekul biasanya dikenal dalam empat bentuk, yaitu: protein,
asam nukleat, karbohidrat dan lipid. Keempat golongan biomolekul tersebut mempunyai sifat
umum memiliki struktur yang relatif besar.
a. Protein (polimer asam)
Polimer disintesis dari asam amino yang disatukan oleh ikatan peptida untuk
membentuk struktur tiga dimensi protein ada 20 jenis asam amino yang digunakan
untuk mensintesis protein dalam ribosom.
b. Asam nukleat
Polimer dengan monomer nukleotida. Fungsinya: Informasi genetik (DNA), sintesis
protein (RNA), transfer energi (ATP dan NAD)
c. Karbohidrat (Polimer Monosakarida)
Suatu polihidroksi aldehit atau keton. Nama karbohidrat berasal dari kenyataan
sebagian besar rumus empirisnya adalah karbon “hidrat” terhadap hidrogen dan oksigen
(CH2O).
d. Lipid
Kelompok heterogen yang mencakup lemak, minyak, steroid dan senyawa yang
berhubungan sifat fisik nya dibandingkan sifat kimianya.
Sifat lipid:
1) Relatif tidak dapat larut dalam air
2) Larut dalam pelarut non polar seperti eter, kloroform benzen dan alcohol.

FUNGSI BIOMOLEKUL
Biomolekul mempunyai fungsi tertentu dalam sel, misalnya :
1) Protein sebagai enzim, alat trasnport, anti bodi, hormon dan pembentuk membran.
2) Karbohidrat sebagai sumber energi, komponen pembentukan membran dan dinding sel.
3) Lipid sebagai sumber energi, hormon dan pembentukan sel.
4) Asam nukleat, sebagai faktor genetika koenzim, sebagai pembawa energi dan pengatur
biosentesis protein.

RIBOSOM
Salah satu organel yang berukuran kecil dan padat dalam sel yang berfungsi sebagai
tempat sintesis protein. Ribosom berdiameter sekitar 20nm serta terdiri 65% RNA (Ribosom)
(rRNA) dan 35% protein ribosom. Ribosom adalah komponen sel yang membuat protein dari
semua asam amino. Salah satu prinsip utama biologi sering disebut seabagai “dogma sentral”
adalah DNA yang digunakan untuk membuat RNA pada gilirannya, yaang digunakan untuk
membuat protein.
Proses ini disebut translasi,yaitu ribosom “Menerjemahkan” informasi genetik dari RNA
menjadi protein. Ribosom melakukan hal ini dengan mengikati sebuah mRNA dan
menggunakannya sebagai template untuk urutan yang benar asam amino pada protein
tertentu. Asam amino yang melekat pada RNA transfer tRNA molekul, yang masuk salah
satu bagian dari ribosom yang mengikat keurutan mesengger RNA. Asam amino terlampir
yang kemudian bergabung bersama oleh bagian lain dari ribosom. Ribosom bergerak
sepanjang mRNA “membaca” urutan dan menghasilkan rantai asam amino. Ribosom terbuat
dari kompleks dari RNA dan protein. Ribosom dibagi meniadi dua subunit, satu lebih besar
dari pada yang lain. Mengikat subunit kecil untuk mRNA sedangkan mengikat subunit yang
lebih besar kepada tRNA dan asam amino. Ketika selesai membaca mRNA ribosom, kedua
subunit terpecah. Ribosom telah diklasifikasikan sebagai ribozin, karena RNA ribosmal
tampaknya paling penting bagi aktifitas transferase peptidil yang mengandung asam amino
bersama.

NUKLEOTIDA
Adalah subunit yang terkait untuk membentuk asam nukleat, asam ribonukleat (RNA)
dan asam deokarbonukleat (DNA) yang berfungsi sebagai gudang sel informasi ginetik.
Nukleotida adalah monomer penyusun RNA, DNA dan berupa kofaktor, seperti CoA, FAD,
FMN, NAD dan NADP.
 Squence DNA/Sekuensing DNA adalah proses atau teknik pengurutan DNA dan
penentuan urutan basah nukleotida pada suatu molekul DNA. Squence DNA dapat
dimanfaatkan untuk menentukan identitas maupun fungsi gen atau fragmen. DNA
lainnya dengan cara membandingkan squencenya dengan squence DNA lain yang
sudah diketahui.
 RNA Ribosmal 16 S (16 S rRNA) adalah komponen dari 30 S subunit kecil ribosom
prokariot gen yang mengkode 16 S rRNA disebut sebagai 16 S rRNA dan digunakan
dalam merekontruksi filogeni, karena wialayah gen ini berevolusi dengan lambat. Pada
prokariot terdapat 3 jenis RNA ribosmal, yaitu 5 S, 16 S dan 23 S rRNA. Diantara
ketiganya, 16 S rRNA yang paling sering digunakan. Molekul 5 S rRNA memiliki
urutan basa terlalu pendek sehingga, tidak ideal dari segi analisis statistik, sementara
molekul 23 S rRNA memiliki struktur skunder dan tersier yang cukup panjang
sehingga menyulitkan analisis squence gen 16 S rRNA dapat digunakan untuk
identfikasi bakteri yang mengalami penyimpanan selain fenotipe.

PCR (Polymerase Chains Reaction)

Polymerase Chains Reaction (PCR) merupakan suatu proses sintesis enzimatik untuk
melipatgandakan suatu skuens nukleotida Fecara In Vitro. Metode ini digunakan untuk
melipatgandakan molekul DNA, tetapi kemudian dikembangkan lebih lanjut sehingga dapat
digunakan pula untuk melipatgandakan dan melakukan kuantitas molekul mRNA.
Dengan menggunakan PCR dapat mengikatkan jumlah urutan DNA ribuan bahkan
jutaan kali dari jumlah semula, seiktar 106-107 kali. Setiap urutan basa nukleotida yang
diamplifikasi akan menjadi dua kali jumlahnya. Sikus PCR akan diperoleh 2n kali banyak
DNA target. Kunci utama pengembangan PCR adalah menemukan bagaimana cara
amplifikasi hanya pada urutan DNA target dan meminimalkan amplifikasi urutan non-target
DNA cetakan yang digunakan juga tidak dimurnikan terlebih dahulu sehingga metode PCR
dapat digunakan untuk melipatgandakan suatu sekuens DNA dalam genom bakteri.
PCR addalah reaksi polimerase berantai yaitu reaksi yang melibatkan enzim polimerase
yang dilakukan secara berulang-ulang. Yang diulang adalah proses pemisahan untaian ganda
menajadi untai tunggal, hibridisasi primer untuk mengawali replikasi DNA dilanjutkan
dengan proses penambahan basa pada cetakan DNA oleh enzim polimerase untuk melakukan
kegiatan ini dibutuhkan tabung PCR yang bersifat reponsif dengan perubahan suatu suhu dan
mesin thermal cycler, suatu mesin yang mampu menaikan dan menurunkan suhu dengan
cepat dan bahan-bahan untuk membuat reaksi PCR. PCR merupakan metode perbanyakan
(replikasi) DNA secara enimati tanpa menggunakan organisme.
Tahap-Tahap Polymerase Chains Reaction (PCR)
Proses PCR terdiri dari tiga tahapan denatorasi DNA template penempelan (annealing)
primer, dan polimerisasi (extension) rantai DNA.
1. Denaturasi
Selama proses denaturasi, DNA untai ganda akan membuka menjadi dua untai tunggal.
Hal ini disebabkan karena suhu denaturasi yang tinggi menyebabkan putusnya ikatan
hidrogen diantara basa-basa yang komplemen. Seluruh reaksi enzim tidak berjalan,
misalnya reaksi polimerase pada siklus yang sebelumnya. Denaturasi biasanya
dilakukan antara suhu 90º - 95ºc.
2. Penempatan Primer
Pada tahap penempatan primer (annealing), primer akan menuju daerah yang spesifik
yang komplemen dengan urutan primer. Pada proses annealing ini, ikatan hidrgen akan
terbentuk antara primer dengan urutan komplemen pada template. Proses ini biasanya
dilakukan pada suhu 50-60º c. Selanjutnya, DNA polimerase akan berikatan sehingga
ikatan hidrogen tersebut akan menjadi sangat kuat dan tidak akan putus kembali
apabila dilakukan reaksi polimerisasi selanjutnya 72ºc
3. Reaksi Polimerisasi (Extension)
Umumnya, reaksi polimerisasi atau perpanjangan rantai terjadi pada suhu 72ºc. Primer
yang telah menempel tadi akan mengalami perpanjangan pada sisi-sisinya dengan
penambahan dNTP yang komplemen dengan template oleh DNA polimerase.
Jika siklus dilakukan berulang-ulang maka daerah yang dibatasi oleh dua primer akan
diamplifikasi secara eksponensial. Sehingga mencapai jumlah copy yang dapat
dirumuskan dengan 2 (n) x. Dimana n adalah jumlah siklus dan x adalah jumlah awal
molekul DNA. PCR dengan menggunakan enzim tag DNA polimerase pada akhir dari
setiap siklus akan menyebabkan penambahan satu nukleotida H pada ujung 3’ dari
potongan DNA yang dihasilkan, sehingga nantinya produk PCR ini dapat di clonning
dengan menggunakan metode suatu alat yang disebut Thermocycler.
Komponen-Komponen Polymerase Chains Reactions (PCR)
1. Enzim DNA polimerase
Di pakai enzim tag DNA polimerase yang memiliki keaktifan pada suhu tinggi.
2. Primer
Oligonukleotida pendek rantai tunggal yang mempuyai urutan synthesizer. DNA
template yang akan diperbanyak. Merancang unitan primer, urutan nukleotida pada
awal dan akhir DNA target. Primer Oligonukleotida di sintesis menggunakan suatu alat
yang disebut DNA
3. Reagen lainnya
Komponen dNTP untuk reaksi polimerisasi dan buffer yang mengandung Mgcl2.
Manfaat Polymerase Chains Reactions (PCR)
1) Amplifikasi urutan nukleotida
2) Menentukan kondisi urutan nukleotida suatu DNA yang mengalami mutasi
3) Bidang kedokteran forensik
4) Melacak asal-usul seorang dengan membandingkan “Finger Print”
PCR digunakan untuk berbagai macam kebutuhan diantaranya:
 Isolasi gen
 DNA squencing
 Identifikasi forensik
 Diagnosis penyakit
PENGERTIAN ISTILAH DALAM POLYMERASE CHAINS REACTIONS (PCR)
1. Squence/Sekuensing :Penguraian DNA, proses atau teknik penentuan urutan basa
nukleotida pada suatu molekul DNA yang merupakan informasi paling mendasar suatu
gen atau genom karena mengandung instruksi yang dibutuhkan untuk pembentukan
tubuh makhluk hidup.
2. Fasta : Format berbasis teks untuk mewakili urutan nukleotida atau urutan
peptida, dimana nukleotida atau asam amino diwakili menggunakan kode satu huruf.
Format ini juga memungkinkan untuk nama uruan dan komentar untuk mendahului
urutan. Formst ini berasal dari paket perangkat lunak fasta.
3. Bioedit : Softwere analisis squence DNA
4. Blast : Softwere analisis squence DNA
5. Clustal x : Softwere analisis squence DNA
6. Mega x : Softwere analisis filogenetik

ISOLASI DNA
Merupakan langkah mempelajari DNA. Salah satu prinsip isolasi DNA yaitu dengan
sentrifugr. Isolasi DNA merupakan kegunaan DNA untuk dianalisa atau dimanipulasi yang
harus diisolasi terlebih dahulu dan murni kandungannya.

TAHAP ISOLASI DNA

1. Isolasi jaringan
Isolasi jaringan adalah mengisolasi jaringan yang diinginkan
2. Pelisisan dinding dan membrane sel
Dengan cara penggerusan (homogenesi). Sentrifugasi dengan kecepatan lebih dari
10.000 rpm, dengan menggunakan larutan pelisis sel atau buffer ekstraksi inti sel
harus dilisiskan. Karena substansi gen yang diinginkan ada didalamnya penambahan
larutan pelisis ini bertujuan untuk melisiskan sel yang tidak mengandung DNA agar
sel yang mengandung inti sel dapat diisolasi atau dipisahkan dari komponen-
komponen sel lainnya yang tidak berfungsi
3. Pengekstraksian
Selanjutnya supernatant yang terbentuk dibuang dan kemudian dilakukan ekstraksi
didalam larutan. Hal tersebut bertujuan agar didiapat ekstrak
4. Punfikasi
Bertujuan untuk menghasilkan hasil ekstrak dari zat-zat lainnya. Pada larutan tersebut
kemudian diberikan RNAse dan diinkubasi selama 10 menit 1pada suhu 25°C
penambahan RNAse berguna untuk menyingkirkan kontaminasi RNA sehingga DNA
dapat diisolasi secara utuh.
5. Presipitasi
Bertujuan untuk mengendapkan protein-histon, sehingga untai-untai DNA tidak lagi
menggulang (colling) yang berbatasan dengan protein-histon, yang menyebabkan
DNA menjadi terlihat. Tahap ini dilakukan dengan cara menebaskan larutan
presipitasi protein dan kemudian divortex yang bertujuan untuk menghomogenkan
larutan-larutan presipitasi protein terdiri atas ammonium baru dengan kelarutan lebih
rendah sehingga menyebabkan protein menggendap.

MANFAAT ISOLASI
Isolasi DNA diperlukan untuk mengganalisa genetic yang digunakan untuk bertujuan
ilmiah,medis atau forensik