BAB III

PEMBAHASAN
Isolasi DNA
Pada praktikum isolasi DNA, dilakukan isolasi terhadap tanaman strawberry. Isolasi
DNA ini dilakukan melalui beberapa tahap. Tahap pertama yang dilakukan yaitu mengisolasi
jaringan yang ingin digunakan dengan mengambil beberapa bagian dagiang buah strawberry
yang dihancurkan didalam tabung. Tahap selanjutnya yaitu melisiskan dinding dan membran sel
dengan larutan pelisis, yaitu menggunakan larutan buffer ekstraksi.
Untuk mengisolasi jaringan buah strawberry, maka jaringan tanaman tersebut yang
masih memiliki komponen-komponen lengkap perlu dipisahkan satu dengan lainnya sehingga
yang tersisa hanya sel darah putih. Karena itu ke dalam tabung diberikan larutan pelisis sel yaitu
buffer ekstraksi seperti yang dipaparkan di atas yang merupakan larutan hipotonis. Karena
larutan tersebut hipotonis, maka akan terjadi hemolisis. Larutan pelisis sel terdiri atas EDTA
(ethylenediamine tetraacetic acid) yang akan membentuk kompleks (chelate) dengan ion logam,
seperti Mg2+ yang merupakan kofaktor DNAse. Selain itu dalam larutan tersebut juga terdapat
larutan NaCL yang berfungsi untuk menstabilkan larutan sehingga mempercepat reaksi-raksi
yang akan terjadi pada tahapan berikutnya.
Untuk melisiskan membran sel dan membran nukleus sel tanaman yang terisolasi tadi,
diberikan pula larutan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang berfungsi untuk merusak lipid pada
membran sel sehingga leukosit hancur. Pada saat proses destruksi jaringan tanaman dapat
menyebabkan degradasi pada DNA dengan adanya aktivitas enzim endonuklease, karena itu
digunakan buffer ekstraksi yang mengandung senyawa Tris, EDTA, CTAB, potassium asetat,
dan SDS. Senyawa CTAB dan SDS merupakan detergen, yang dapat melisis dinding sel dan
mendenaturasi protein. Selain itu CTAB dan EDTA adalah senyawa inhibitor yang dapat
menghambat aktivitas enzim nuclease. Kemudian sampel tersebut dihomogenkan dengan
menggunakan vortekx. Setelah dihomogenkan warna larutan berubah menjadi merah.
Sampel yang telah homogen kemudian diinkubasikan, setelah itu diberi larutan
Potassium asetat dan dihomogenkan, setelah homogeny sampel disimpan dalam wadah berisi es.
Potassium asetat adalah senyawa yang berikatan dengan debris sel dan protein sehingga
membentuk senyawa kompleks dengan CTAB-potassium aesta-protein- debris sel. Setelah itu
sampel disentrifuga pada kecepatan 14.000 rpm selam 10 menit.
Setelah sampel disentrifuga terbentuk 2 lapisan, fasa atas berupa larutan ekstrak dan
berwarna bening, sedangkan fasa bawah berupa endapan yang berwarna merah. Fasa atas yang
kemudian diambil untuk digunkan pada tahap selanjutnya. Tahap ini disebut juga dengan tahap
purifikasi. Tahap ini bertujuan untuk membersihkan sel tanaman dari zat-zat lainnya.
Kemudian, pada tahap berikutnya digunakan klorofom: isoamil alcohol (24:1) yang
berperan untuk mendenaturasi protein yang masih menempel pada kromosom, sedangkan untuk
mempresipitasi asam nukleat digunakan alkohol 100%. Pemberian alkohol bertujuan untuk
membersihkan DNA dari pengotor-pengotornya. DNA dalam alcohol akan terpresipitasi
(menggumpal) sedangkan DNA dalam air akan larut, tetapi protein tidak dapat larut dalam air.
Tahap tersebut merupakan terakhir, disebut juga tahap presipitasi presipitasi bertujuan untuk
mengendapkan protein histon, sehingga untai-untai DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan
berikatan dengan protein histon, yang menyebabkan DNA menjadi terlihat. Hal tersebut dapat
terlihat dengan adanya benang-benang endapan DNA pada dasar tabung.
Pembahasan Elektroforesis
\Pada praktikum elektroforesis kali ini digunakan gel agarose karena dengan
menggunakan gel agarose teknik yang digunakanpun cukup sederhana, mudah penanganannya
dan sederhana, selain itu gel agarose mempunyai kemampuan pemisahan dengan range yang
cukup luas yaitu mulai 70 pb (pasangan basa) sampai 800.000pb.
Selainitu penggunaan gel agarose juga mempunyai keuntungan, dimana lokasi dari DNA
dalam gel dapat diamati secara insitu dengan menggunakan Etidium Bromida sebagai pewarna.
Etidium bromide nantinya akan berinteraksi dengan basa dari molekuk DNA dan memberikan
warna orange Floresance dibawah lampu UV.
Hasil penyinaran dibawah lampu UV dapat dilihat berupa potongan pita-pita DNA, yang
mempunyai fragmen-fragmen.Gambar pada hasil pengamatan kami ditemukan salah satunya
potongan fragmen pita DNA yang banyak terurai dan kurang sempurna karena pengaruh
konsentrasi agarose yang menyebabkan DNA bermigrasi,sehingga fragmen-fragmennya lebih
besar.

Bab IV
Kesimpulan

DNA juga dapat diisolasi, baik pada manusia maupun pada tumbuhan. Pada praktikum
isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung sedikit kontaminan,
yaitu menggunakan daging buah. Prinsip-prinsip dalam melakukan isolasi DNA ada 2, yaitu
sentrifugasi dan presipitasi. Isolasi DNA memiliki beberapa tahapan, yaitu isolasi jaringan,
dinding dan membran sel dilisiskan, ekstraksi dalam larutan, purifikasi, dan presipitasi.
Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan. Isolasi
DNA telah berhasil dilakukan. Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang DNA yang
terbentuk. Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari proses tahapan-
tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya tertentu.