ISOLASI DNA

A. RUMUSAN MASALAH
Bagaimana pengaruh macam berbagai buah (melon, nanas, pear dan jeruk)
dan detergen (attack, bukrim, dan sunlight) terhadap hasil isolasi DNA?
B. TUJUAN
Untuk mengetahui pengaruh berbagai macam buah (melon, nanas, pear,
jeruk) dan detergen (attack, bukrim, dan sunlight) terhadap hasil isolasi DNA.
C. DASAR TEORI
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi
untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler
(Anonim ,tanpa hahun, wikipedia)

DNA juga bertanggung jawab terhadap

sintesis protein, mengatur metabolisme serta mengontrol sifat-sifat keturunan.

Menurut James D. Watson dan Francis H. Crick (1953), model DNA adalah
double helix dengan arah putaran heliks ke kanan, artinya bila ujung satu benang
adalah 3 (3-OH) maka ujung benang pasangannya adalah 5 (5-P). Dilihat dari
organismenya, struktur DNA prokariot berbeda dengan struktur DNA eukariot,
pada DNA prokariot tidak memiliki protein histon dan berbentuk sirkular,
sedangkan DNA eukariot berbentuk linear dan memiliki protein histon. DNA
dapat dijumpai dalam kromosom bersama-sama dengan protein histon yang
bersifat basa sehingga mampu menetralkan keasaman DNA.
Sel mengandung dua asam nukleat yaitu DNA dan RNA. DNA terletak
pada kromosom dan dijumpai pada nucleus, mitokondria, dan kloroplas
sedangkan RNA dapat dijumpai dalam nucleus, sitoplasma dan ribosom. DNA
bias

mengalami

denaturasi

dan

renaturasi.

Banyak

hal

yang

dapat

mempengaruhinya, antara lain suhu yang tinggi, pH ekstrim, kandungan elektrolit

Na+ atau K+ dan komposisi basa C-G(Hays dalam Jamilah 2005).
Untuk mempelajari DNA, dapat dilakukan dengan memisahkan DNA dari
sel suatu organisme yaitu dengan teknik isolasi DNA. Isolasi DNA dilakukan
pertama kali oleh F. Micher pada tahun 1869 dari sel spermatozoa dan nukleus sel

darah merah burung. Namun ia tidak dapat mengenali sifat zat kimia tersebut
secara pasti dan kemudian menyebutnya nuklein. Isolasi DNA memiliki beberapa
tahapan, yaitu Isolasi jaringan, dinding dan membran sel dilisiskan, diekstraksi
dalam larutan, dipurifikasi, dipresipitasi (Anonim 1, wikipedia).
Isolasi DNA merupakan teknik dasar untuk DNA rekombinan. Tujuan dari
isolasi yaitu untuk mendapatkan DNA tanpa debris sel. Organisme tingkat rendah
(bakteri atau prokariot) dan organisme tingkat tinggi (eukariot) seperti hewan dan
tumbuhan dapat dijadikan sebagai sumber DNA. Teknik isolasi DNA dapat
dilakukan dengan cara penghancuran sel, lisis, deproteinase, prepitasi DNA dan
resuspensi DNA. Penghancuran sel dapat dilakukan dengan cara penambahan
garam dapur. Proses lisis biasanya digabung dengan penambahan detergan yang
dimaksudkan untuk merusak membran inti tempat asam nukleat (Toha, Abdul
Hamid, 2001)
Jamilah (2005) menyebutkan terdapat tiga tahap dalam isolasi DNA, yaitu
preparasi ekstrak sel, pemurnian DNA dari ekstrak sel, dan presipitasi DNA.

Preparasi Ekstrak Sel

Langkah pertama yang harus dilakukan adalah mengeluarkan DNA dari

dalam sel dengan memecah dinding sel, membrane sitoplasma, dan membrane
inti. Usaha ini dapat dilakukan dengan cara fisik maupun kimiawi. Cara fisik
dapat dilakukan dengan kekuatan mekanis sepereti pemblenderan, penggerusan,
atau peremasan dengan tangan sedangkan cara kimiawi yaitu dengan melisiskan
barier sel menggunakan senyawa kimia etilendiamentetraasetat (EDTA), lisosin,
atau kombinasi keduanya, dan dapat pula menggunakan detergen karena bisa
menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membran sel sehingga merusak
struktur membran sel.
Berdasarkan superfaktannya, detergen dibedakan menjadi 3 kelompok
besar yaitu detergen anionik, kationik, dan nonionik. Detergen anionik yaitu ujung
muatan molekulnya yang berikatan dengan hidrokarbon adalah ion negatif.
Detergen anionik merupakan garam natrium dari sulfonat yang mengion menjadi
Na+ dan sisa garam. Umumnya sisa garam sulfat yang berfungsi sebagai
superfaktan adalah dodesil sulfat (SDS) dan laumil sulfat, contoh: LAS, DBS,
ABS.

Pemurnian DNA dari Ekstrak Sel

Pemurnian ini dilakukan karena selain DNA, ekstrak sel juga mengandung

sejumlah besar protein dan RNA sehingga diharapkan yang tertinggal adalah
DNA murni. Protein dari ekstrak sel dapat dihilangkan dengan penambahan fenol
atau campuran klorofom dengan perbandingan 1:1. pemurnian juga dapat
dilakukan dengan penyaringan menggunakan kertas saring.

Presipitasi DNA dengan Etanol

Cara pemekatan yang seringkali digunakan adalah presipitasi etanol.

Dengan adanya garam (kation kovalen seperti Na+) dan pada suhu di bawah 200C
atau kurang, etanol absolut akan mempresipitasikan asam nukleat polimerik
dengan baik. Pemekatan DNA dilakukan dengan penambahan etanol pada lapisan
atas sampel sehingga terjadi presipitasi DNA pada perbatasan kedua larutan.
Dalam proses ini ion Na+ akan memblokir (membentuk ikatan) dengan kutub
negatif fosfat DNA sehingga DNA akan terkumpul. Selain itu garam juga
berfungsi untuk menghilangkan protein dan karbohidrat.
.
D. ALAT DAN BAHAN
Alat:

Bahan:

Blender

Buah jeruk

Gelas piala

Buah pear

Tabung reaksi

Buah Melon

Kaca pengaduk

Buah nanas

Rak tabung reaksi

Alkohol absolut dingin

Gelas plastik

Detergen Attack

Pipet

Sabun bukrim

Gelas ukur

Sunlight cair

Stopwatch

Garam

Neraca

Aquades

Sendok teh
Spatula
Saringan teh
Kain saring

Kertas saring
E. PROSEDUR KERJA
1. Mengupas buah yang akan digunakan.
2. Memblender buah yang sudah dikupas tadi selama 1 menit, dengan
takaran 250 gram buah dicampur 250 ml Aquadest
3. Disaring dengan saringan santan
4. Disaring dengan saringan kain
5. Disaring dengan kertas saring
6. Membuat larutan deterjen dengan komposisi 1 sendok teh deterjen
ditambah 2 spatula garam NaCl ditambah 56 ml Aquadest, diaduk
selama 15 menit, jangan sampai berbuih
7. 2 ml Alikot (hasil saringan buah) ditambah 1 ml larutan deterjen,
diaduk jangan sampai berbuih
8. Campuran tadi diletakkan dalam tabung reaksi
9. Dimasukkan alkohol absolut dingin 6 ml melalui dinding tabung
10. Mengamati kecepatan terbentuknya DNA serta tebal tipisnya DNA
F. DATA HASIL PENGAMATAN
Kecepatan (detik)
Melon
Nanas
Pear
Jeruk
Melon
Nanas
Pear
Jeruk
Melon
Nanas
Pear
Jeruk

Sunlight
Sunlight
Sunlight
Sunlight
Attact
Attact
Attact
Attact
Bukrim
Bukrim
Bukrim
Bukrim

Tabel Hasil Pengamatan

Keterangan:

+
= sedikit
++ = sedang
+++ = banyak

I
6,19
3,2
7,4
2
1,90
0,98
13
3
1,98
4,83
3,7
3

II
4,12
2,35
6,9
3
5,19
0,85
8
3
2.08
2,1
3,9
2

III
3,36
5,69
5,3
3
3,19
0,87
9,3
6
2,65
3,5
4,3
3

Ketebalan
I
+
+++
+++
+++
+
+++
++
+++
+
++
++++
+++

II
+
++
+
+++
+
+++
+++
+++
+
+
++++
+++

III
+
+
+
+++
+
+
+
+++
+
+
+
+++

++++= sangat banyak

G. ANALISIS DATA
Dari data yang diperoleh pada percobaan isolasi DNA, dapat diketahui
bahwa dapat terbentuk DNA dengan reagen deterjen Sunlight dengan bahan buah
melon, diperoleh waktu berkisar antara 3.36-6.19 detik, pada buah nanas,
diperoleh waktu antara 2.35-5.69 detik, pada buah pear diperoleh waktu antara
5.30-7.40 detik, dan pada buah jeruk diperoleh waktu antara 2-3 detik.
Adapun yang menggunakan deterjen attact, pada buah melon, kecepatan
terbentuknya DNA berkisar antara 1.90-5.15 detik, pada buah nanas 0.85-0.98
detik, pada buah pear 8-13 detik, buah jeruk 3-6. Sedangkan yang menggunakan
deterjen bukrim pada buah melon, kecepatan terbentuknya DNA berkisar antara
1,98-2,65 detik, pada buah nanas 2,31-4,83 detik, pada buah pear 3,70-4,30
detik, dan pada jeruk 2-3 detik. Sehingga kecepatan yang paling cepat dalam
pembentukan DNA adalah pada buah nanas yang menggunakan deterjen attact
dan pembentukan DNA yang paling lambat pada buah pear dengan menggunakan
deterjen attact. Sedangkan ketebalan yang dibentuk dalam isolasi DNA ini
ditunjukkan oleh buah jeruk dengan berbagai larutan deterjen mengalami
penebalan yang cukup tebal sedangkan pada buah melon dengan berbagai deterjen
sangat tipis sekali.
H. PEMBAHASAN
Pada praktikum kali ini dilakukan pengamatan terhadap 4 jenis buah yaitu
melon, nanas, pear dan serta 3 jenis detergen yaitu attack, bukrimi, dan sunlight.
Setiap buah mempunyai kandungan zat warna dan struktur membran yang
berbeda-beda. Pada buah yang digunakan pada praktikum kali ini memiliki zat
warna yang terkandung didalamnya, hal ini terlihat pada warna buah ketika
dikupas pada buah-buah tersebut memiliki warna yang berbeda-beda.
Untuk melihat DNA dapat dilakukan dengan penambahan detergen.
Detergen yang merupakan senyawa berujung polar dan nonpolar dapat merusak
membran sel, sehingga protein dan lipidnya terlarut dalam air. Pemberian detergen
berfungsi untuk membuka atau memecah membran sel dan membran nukleus.
Molekul detergen terdiri dari dua bagian, yaitu bagian kepala yang suka dengan
air (hidrofil) dan bagian ekor yang benci dengan air (hidrofob). Bagian yang

hidrofob akan berikatan dengan molekul lemak dan protein yang menyusun
membran sel. Rusaknya membran ini juga dibantu dengan penambanahan NaCl
yang berupa garam. NaCl membantu memecah membran sel dan melepaskan sel
secara lisis (NaCl dapat melisiskan oligosakarida, glikoprotein sehingga menjadi
lisis).
Kemudian setelah penambahan alkohol dingin, DNA menjadi terkoagulasi,
melayang-melayang diatas aliqut yang terbentuk. Penambahan alkohol dingin ini
dimaksudkan agar komponen sel yang lain tidak larut. Alkohol akan ada pada
bagian atas sendiri kemudian DNA dan aliqut pada bagian bawah sendiri. Hal ini
dikarenakan alkohol memiliki berat jenis yang paling ringan. DNA memiliki berat
jenis sedangkan aliqut paling berat.
Adapun pengaruh dari detergen yang digunakan pada praktikum isolasi
DNA kali ini yaitu semakin banyak kandungan bahan aktif pada detergen tersebut
maka akan semakin cepat terbentuknya DNA. Hal ini karena detergen merupakan
sejenis SDS yang dapat merusak membran sel dan mengakibatkan lisisnya suatu
sel sehingga akan terbentuk DNA dengan cepat dan bergerak ke permukaan
terpisah dari larutannya. Melihat dari kandungan bahan aktif pada detergen yang
digunakan pada praktikum kali ini yaitu pada attack mengandung bahan aktif
LAS-NA 28%, bukrim berbahan aktif Fluorescent agent, dan sunlinght
mengandung bahan aktif LAS dan SLES 24%, urutan detergen yang dapat
membentuk DNA dari yang paling cepat adalah attack, sunlight dan bukrim. Pada
praktikum yang dilakukan mendapatkan hasil bahwa bukrim memiliki waktu yang
paling cepat dalam penbentukan DNA dan attack memiliki waktu yang paling
lama. Adanya perbedaan teori dengan hasil praktikum kali ini dikarenakan
kesalahan praktikan dalam melakukan pengamatan dan menghitung waktu atau
larutan yang digunakan telah terkontaminasi.
Kandungan lipoprotein pada membran sel masing-masing buah juga
mempengaruhi banyak sedikitnya jumlah DNA yang terbentuk. Semakin sedikit
kandungan lipoprotein dalam membran sel buah maka membran sel akan mudah
dihancurkan dan DNA yang terbentuk semakin banyak.

I. DISKUSI
Pertanyaan
1. Jelaskan apa yang dimaksud teknik isolasi DNA
2. Jelaskan fungsi reagen-reagen berikut:
a. detergen
b. garam dapur
c. alkohol dingin
3. Mengapa pada pembuatan larutan detergen pada saat mengaduk harus
dilakukan secara perlahan-lahan (tidak boleh sampai berbuih)? Jelaskan
jawaban saudara!
4. Jelaskan alasan mengapa waktu yang digunakan untuk memblender buah
hanya 1 menit!
5. Jelaskan mengapa alkohol yang ditambahkan dalam keadaan dingin?
6. Jelaskan bagaimana pengaruh jenis buah dan jenis detergen terhadap hasil
isolasi DNA!
Jawaban
a. Teknik Isolasi DNA adalah proses pemisahan DNA dari sel organisme
agar dapat dilihat dengan mata telanjang dikarenakan DNA terkumpul
dalam jumlah yang banyak. Proses pemisahan ini dilakukan dengan
cara penambahan detergen, garam dapur, dan alkohol dingin dengan
melalui 3 tahap, yaitu: preparasi ekstrak sel, pemurnian DNA dari
ekstrak sel, dan presipitasi DNA.
b. Fungsi dari reagen-reagen:
1) detergen: sifat detergen yang mampu melarutkan lemak dan
protein dapat berfungsi untuk merusak atau melisiskan membran
sel dan membran nukleus secara kimiawi. Detergen merupakan
sejenis SDS yang dapat merusak membran sel dan mengakibatkan
lisisnya suatu sel, sehingga akan terbentuk DNA dengan cepat dan
bergerak ke permukaan terpisah dari larutannya sebagai pengganti
senyawa kimia yang dapat merusak dinding sel, antara lain lisosin

dan EDTA.
2) garam dapur: membantu menghilangkan protein dan karbohidrat
sehingga sel menjadi lisis, selain itu juga berfungsi untuk
memekatkan dan memisahkan DNA dengan larutan.
3) alkohol dingin: berfungsi untuk merusak protein yang mengikat
DNA, memisahkan protein yang mengikat DNA dengan DNA itu
sendiri sehingga terjadi peningkatan konsentrasi DNA.
c. Pengadukan dapat membantu proses perusakan membran sel oleh
detergen. Selama proses pengadukan tidak boleh sampai berbuih
karena menyulitkan praktikan nantinya untuk membedakan antara
DNA yang terbentuk dengan buihnya. Selain itu, buih yang terbentuk
dapat disebabkan karena pengadukan yang terlalu keras, sehingga hal
ini dapat menyebabkan tidak hanya membran sel yang rusak
melainkan DNA buah juga ikut rusak. Dengan rusaknya DNA akan
sulit dalam mengamati proses isolasi DNA.
d. Waktu yang digunakan untuk memblender buah hanya 1 menit
bertujuan agar DNA buah tersebut tidak rusak. Pemblenderan
bertujuan untuk menghancurkan membran sel secara mekanik, tetapi
bila pemblenderan dilakukan dalam waktu yang lama, maka
dikhawatirkan juga akan merusak DNA dari buah.
e. Alkohol yang ditambahkan dalam proses isolasi DNA dalam keadaan
dingin karena alkohol dingin akan mengendapkan atau mendenaturasi
protein dan mempercepat fase gel, sehingga mempermudah proses
pemurnian DNA dari protein dan zat-zat lainnya. Alkohol absolut
dingin akan mempresipitasikan asam nukleat polimerik dengan baik.
Pemekatan DNA dilakukan dengan penambahan etanol pada lapisan
atas sampel sehingga terjadi presipitasi DNA pada perbatasan kedua
larutan.
f. Pengaruh jenis buah terhadap hasil isolasi DNA yaitu semakin mudah
membran sel dari buah tersebut mudah pecah atau lisis, semakin cepat
waktu pembentukan DNA yang dibutuhkan dan hasil dari isolasi
DNA. Mudah atau tidaknya proses pemecahan membran sel ini

dipengaruhi oleh kandungan lipoprotein pada tiap-tiap membran sel

masing-masing buah. Pengaruh detergen terhadap hasil isolasi DNA
tergantung pada kandungan dari detergen tersebut, semakin banyak
kandungan bahan aktif dalam detergen maka akan semakin cepat
waktu pengisolasian DNA dan hasil dari isolasi DNA.
I. KESIMPULAN
Pengaruh macam buah terhadap hasil isolasi DNA yaitu semakin sedikit
kandungan lipoprotein dalam membran sel buah, maka membran sel akan mudah
dihancurkan dan DNA yang terbentuk semakin banyak. Berdasarkan analisas data
dan pembahasan, buah yang mengandung paling sedikit lemak dan proteinnya
secara berurutan yaitu pear, melon, nanas, dan jeruk. Berdasarkan literatur yang
didapatkan (www.runasbuah.or.id) menyebutkan bahwa pear mengandung sangat
sedikit protein, dan jeruk mengandung banyak vitamin yang dibutuhkan tubuh.
Pengaruh macam buah terhadap hasil isolasi DNA, dilihat dari ketebalan
DNA yang terbentuk, maka dapat diurutkan DNA yang terbentuk paling tebal
yaitu dari buah jeruk, nanas, pear, dan melon untuk detergen Sunlight dan Attact,
sedangkan untuk yang menggunakan Bukrim urutannya jeruk, pear, nanas, dan
melon
Pengaruh

detergen

terhadap

waktu

pembentukan

DNA

adalah

berhubungan dengan kandungan bahan aktif dari detergen tersebut. Semakin

tinggi kandungan bahan aktif dalam detergen, maka akan semakin cepat proses
pelisisan membran sel, sehingga waktu yang dibutuhkan tidak banyak atau
semakin sedikit. Pada praktikum kali ini detergen yang digunakan beserta
kandungannya yaitu Attact, yang mengandung bahan aktif LAS-NA 28%, Bukrim
yang berbahan aktif Fluorescent agent, dan Sunlight yang mengandung bahan
aktif LAS dan SLES 24%.

DAFTAR PUSTAKA
Anonm . Tanpa tahun. Isolasi DNA. (Outline). http://id.wikipedia.arg/ wiki/
Isolasi DNA. Akses 5 maret 2008.
Anonymous. 2005. How to Extract DNA from Anything Living. (Outline).
http//glc.genetics.utah.edu/units/activities/extraction.
Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Detergen, Penambahan Garam, dan
Ekstrak Nanas (Ananas cumusus ( L) Merr.) Terhadap Hasil Isolasi DNA
Berbagai Macam Buah Sebagai Topik Praktikum Mata Kuliah Genetika.
Malang: Skripsi tidak diterbitkan.
Page, S. David. 1985. Prinsip-prinsip Biokimia. Jakarta: Erlangga
Toha, Abdul Hamid. 2001. Deoxyribosa Nuclear Acid. Bandung: Aliabeta

LAPORAN PRAKTIKUM

GENETIKA
ISOLASI DNA

OLEH:
KELOMPOK 3
Henik Farida k
Maya Fitriana
Dwi Yunita LFC

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS METEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
MARET 2008