ISOLASI DNA DI BIDANG FARMASI

Oleh :
Novita Sari

Deoksiribonucleid acid (DNA) merupakan suatu asam nukleat dengan monomer

berupa nukleotida yang mengandung urutan kode-kode genetik yang menentukan suatu sifat
pada makhluk hidup. DNA terdapat di inti, mitokondria, dan kloroplas (khusus tumbuhan).
Nukleotida tersusun atas molekul gula, basa nitrogen, dan fosfat. DNA terdiri atas gula
pentosa (mengandung 2’-deoksi-D-ribosa), fosfat, dan basa nitrogen. Basa nitrogen dalam
DNA terdiri atas basa purin (terdiri: adenin dan guanin) dan pirimidin (terdiri: sitosin dan
timin). RNA terdiri atas gula pentosa (mengandung D-ribosa), fosfat, dan basa nitrogen
(Nelson & Cox, 2008).
DNA dalam suatu sel dapat diekstraksi atau diisolasi untuk berbagai macam keperluan
seperti amplifikasi dan analisis DNA melalui elektroforesis, serta dapat dilanjutkan untuk
proses rekayasa genetika. Rekombinan deoxyribonucleic Acid adalah rekayasa genetika DNA,
diciptakan oleh penggabungan fragmen DNA dari organisme yang berbeda. Produk DNA
rekombinan contohnya DNA rekombinan insulin. Insulin adalah protein yang bertugas
mengontrol metabolisme gula dalam tubuh manusia. Gen insulin terletak pada daerah dalam
DNA manusia yang memiliki informasi untuk menghasilkan insulin. Contoh, penderita
diabetes tidak mampu membentuk insulin dalam jumlah banyak, untuk menyediakan insulin
secara cepat dapat dilakukan pemanfaatan sel bakteri melalui pencangkokan gen
(rekombinasi gen).

Gambar. Proses pembuatan insulin melalui rekayasa genetika

Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain seperti
protein, lemak, dan karbohidrat. Prinsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni
penghancuran (lisis), ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan
protein, serta pemurnian DNA (Corkill dan Rapley, 2008; Dolphin, 2008). Prosedur isolasi
DNA dapat dilakukan baik secara sederhana dengan menggunakan berbagai reagen yang
umum dalam kehidupan sehari-hari maupun secara kompleks dengan menggunakan kit
tertentu. Isolasi DNA secara sederhana mudah dilakukan dan tidak menggunakan bahan-
bahan berbahaya. Adapun reagen sederhana yang umum dipakai adalah buffer pengekstrak
yang mengandung detergen dan buffer cetyltrimetil ammonium bromide (CTAB). Di samping
itu, isolasi DNA juga dapat dilakukan dengan menggunakan kit yang kini sudah banyak
beredar di pasaran. Masing-masing reagen dalam kit tersebut pada dasarnya memiliki fungsi
yang sama dengan reagen sederhana yang biasa digunakan (Krizman et al., 2006; Majumder
et al., 2011).
Metode dalam proses perusakan membran sel dan dinding sel dapat dilakukan secara
mekanis melalui penggerusan, enzimatis, atau kimiawi. Dinding sel dapat didegradasi secara
enzimatis, sedangkan degradasi membran sel secara kimiawi dapat dilisiskan dengan
menggunakan deterjen. Beberapa tipe sel tumbuhan memerlukan metode perusakan yang
lebih kuat. Di dalam proses pembukaan dinding atau membran sel harus dilakukan secara
hati-hati sehingga dapat dicegah pengurangan atau rusaknya molekul DNA. Proses perusakan
membran sel atau dinding sel diikuti dengan tahap deproteinasi. Proses deproteinasi dapat
dilakukan dengan fenol atau campuran fenol-kloroform. Kloroform juga menghilangkan lipid
dan pada tahap akhir ekstraksi, membantu menghilangkan sisa fenol. Pemisahan senyawa
dalam campuran selanjutnya dapat dilakukan dengan sentrifugasi. Asam nukleat umumnya
berada di bagian atas dari campuran larutan dan dapat diendapkan (precipitated) dengan
larutan isopropanol atau ethanol (Nicholl, 2008).
Prosedur isolasi DNA juga harus memperhatikan sifat atau komponen sel yang akan
diisolasi, sehingga perlu dilakukan adanya modifikasi ataupun treatment tambahan. Sebagai
contoh, untuk menghilangkan senyawa polifenolik dan sejenisnya, prosedur isolasi dapat
dimodifikasi dengan penggunaan polyvinylpyrrolidone (PVP). Polifenol dihasilkan dari
vakuola selama proses pelisisan sel serta dapat teroksidasi oleh oksidase selular dan
mengalami interaksi ireversibel dengan asam nukleat, sehingga menyebabkan browning atau
pencoklatan pada pelet DNA. Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB) juga merupakan
metode yang umum digunakan dalam ekstraksi DNA tanaman yang banyak mengandung
senyawa polifenol, disamping juga berfungsi untuk menghilangkan polisakarida (Krizman et
al., 2006).
DNA ekstrak seringkali mengandung banyak RNA, protein, polisakarida, tannin, dan
pigmen. Sebagian besar protein dihilangkan dengan menambahkan enzim pendegradasi
protein (proteinase-K), denaturasi pada suhu 650, dan presipitasi menggunakan kloroform dan
isoamil alkohol. RNAse biasanya dihilangkan dengan enzim pendegradasi RNAse.
Polisakarida lebih sulit dihilangkan. NaCl, bersama dengan CTAB diketahui sebagai
penghilang polisakarida (Semagn, 2006). Klorofrom dan isoamilalkohol (CIAA) berfungsi
untuk mengekstrak dan dan mengendapkan komponen polisakarida di dalam buffer ektraksi
yang mengkontaminasi larutan DNA (Ningrum, 2008). Pemberian isopropanol dan etanol
dilakukan agar terjadi dehidrasi DNA sehingga terjadi presipitasi (Purwantara, 2001). Setelah
pemberian etanol, pellet yang dipeoleh dikeringanginkan. Hal ini bertujuan untuk
mengeringkan pellet dari sisa-sisa buffer maupun etanol.
Setelah pellet DNA dikeringanginkan, tahap selanjutnya adalah penambahan buffer
TE ke dalam tabung yang berisi pellet dan kemudian disimpan di dalam freezer dengan suhu
sekitar -20ºC. Verkuil et al. (2008) menyatakan bahwa buffer TE dan penyimpanan suhu pada
-20ºC bertujuan agar sampel DNA yang telah diekstraksi dapat disimpan hingga waktu
berminggu-minggu. Keller dan Mark (1989) juga menjelaskan bahwa pelarutan kembali
dengan buffer TE juga dapat memisahkan antara RNA yang mempunyai berat molekul lebih
rendah dibandingkan DNA sehingga DNA yang didapatkan tidak terkontaminasi oleh RNA
dan DNA sangat stabil ketika disimpan dalam keadaan terpresipitasi pada suhu -20ºC. 
DNA hasil isolasi selanjutnya dilakukan cek kuantitas dan kualitas untuk melihat
konsentrasi dan kemurniannya dengan menggunakan spektrofotometer dan elektroforesis gel.
Pengukuran konsentrasi DNA dengan spektrofotometer dilakukan pada panjang gelombang
260 nm, sedangkan protein diukur pada panjang gelombang 280. Kemurnian larutan DNA
dapat dihitung melalui perbandingan A260 nm dengan A280 nm. Batas kemurnian yang biasa
dipakai dalam analisis molekuler pada rasio A260/A280 adalah 1,8-2,0 (SAMBROOK et al.,
1989 dalam Syafarudin & Santoso, 2011 ), sedangkan jika harga perbandingan di bawah 1,8
maka DNA tersebut masih terkontaminasi dengan senyawa protein atau fenol (Yunita &
Krisnamurti, 2005).

DAFTAR PUSTAKA
Dolphin, W. D. 2008. Biological Investigations. 
Krizman, M., Jakse, J., Baricevic, D., Javornik, B., and Prosek, M. 2006. Robust CTAB-
activated charcoal protocol for plant DNA extraction. Acta agriculturae Slovenica
87(2): 427-433.
Majumder, D.A.N., Hassan, L., Rahim, M.A., and Kabir, M.A. 2011. Development of an
efficient protocol for genomic DNA extraction from mango (Mangifera indica).
Nusantara Bioscience 3(3): 105-111.
Nicholl, D. S. T. 2008. An Introduction to Genetic Engineering-Third Edition. Cambridge
University Press: Cambridge, New York, Madrid.
Semagn, Å. Bjørnstad and M. N. Ndjiondjop. 2006. Review An overview of molecular
marker methods for plants. African Journal of Biotechnology 5 (25) pp. 2540-2568
Surzycki, S. 2000. Basic techniques in molecular biology.
Syarfaruddin dan T. J. Santoso. 2011. Optimasi Teknik Isolasi dan Purifikasi DNA yang
Efisien dan Efektif pada Kemiri (Reutalis trisperma (Blanco) Airy Shaw. Jurnal Litri
17 (1)
Vinod K K (2004) Total genomic DNA extraction, quality check and quantitation. In:
Proceedings of the training programme on “Classical and modern plant breeding
techniques. pp. 109-121
Yunita, Oeke dan Kresnamurti, Angelica. 2005. Identifikasi Simplisia yang Dijual sebagai
Strychnos ligustrina Bl. Di Pasar Tradisional Surabaya dengan Metode Random
Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Berk. Penel. Hayati: 11 (19–24), 2005