ISOLASI DAN ELEKTROFORESIS DNA

(Metode CTAB)
LAPORAN PRAKTIKUM
diajukan untuk memenuhi salah satu tugas Mata Kuliah Genetika yang diampu
oleh Dr. Hj. Sri Anggraeni, M.Si. dan Dr. H. Riandi, M.Si.

oleh:
Kelompok 5
Kelas B
Maulisna Nur O. Hans

(1304975)

Rizka Trian Palupy

(1306100)

Siti Komariah Agustina

(1304395)

Uud Yanti

(1305993)

Widamayanti

(1304567)

DEPARTEMEN PENDIDIKAN BIOLOGI

FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS PENDIDIKAN INDONESIA
BANDUNG
2016

A. Judul Laporan
Isolasi dan Elektroforesis DNA (Metode CTAB)
B. Waktu Pelaksanaan
Hari, tanggal : Jumat, 20 Mei 2016
Waktu
: 09.00 16.00 WIB
Tempat
: Laboratorium Riset Gedung FPMIPA B UPI
C. Latar Belakang
Deoxyribonucleic acid atau DNA merupakan senyawa kimia yang
paling penting dalam makhluk hidup. DNA merupakan senyawa yang
mengandung informasi genetik makhluk hidup dari satu generasi ke generasi
selanjutnya. Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom.
Genom meliputi bagian gen yang fungsional maupun non-fungsional dalam
sel organisme. DNA genom meliputi gen dan intergen (Suryo, 2004).
Sampai pada awal tahun 1970an, DNA merupakan molekul seluler
yang paling sulit dianalisis. Hal ini dikarenakan strukturnya yang panjang dan
secara kimiawi monoton. DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang anti
parallel dengan komponen-komponennya, yaitu gula pentosa (deoksiribosa),
gugus fosfat dan pasangan basa. Sebuah sel memiliki DNA yang merupakan
materi genetik dan bersifat herediter pada seluruh sistem kehidupan.
Dalam mempelajari DNA bukanlah hal yang mudah karena DNA itu
terlalu kecil (tidak mungkin bisa dilihat dengan mata telanjang) dan konsepkonsep

mengenai

DNA

cukup

abstrak.

Kerja

laboratorium

yang

memungkinkan untuk anda lakukan terhadap DNA secara konkrit seperti

mengisolasi DNA total dengan menggunakan peralatan dasar dan juga metode
yang sama dengan yang digunakan para ilmuwan (Elrod, 2007).
Proses isolasi DNA dari suatu sel merupakan langkah awal bagi
banyak prosedur laboratorium dalam bioteknologi dan juga merupakan
langkah yang tepat untuk mempelajari DNA. DNA juga dapat diisolasi, baik
pada manusia, hewan maupun tumbuhan. Seorang ilmuwan harus mampuh
memisahkan DNA dari molekul lain yang tidak diinginkan dalam sel dengan
sangat cermat dan hati-hati sehingga DNA tidak rusak atau terpotong-potong.
Prinsipnya ada dua, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Sentrifugasi merupakan
teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya.

Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah
tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung. Hasil
sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu
supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah. Presipitasi
merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen
dari campuran (Tohib, 2012).
Oleh sebab itu, sangatlah menarik untuk melihat percobaan ini
dilakukan meskpun dengan menggunakan peralatan yang sederhana. Untuk
keperluan lanjut, tentu membutuhkan peralatan yang lebih memadai. Pada
praktikum kali ini, kami akan mencoba untuk mengisolasi DNA buah pisang
dengan metode CTAB.
D. Rumusan Masalah
1. Bagaimana cara melakukan isolasi DNA dari berbagai jenis tanaman?
2. Bagaimana cara kerja senyawa yang digunakan untuk mengisolasi DNA?
3. Bagaimana teknik pemisahan senyawa dengan metode elektroforesis?
4. Bagaimana cara mengukur fragmen DNA?
E. Tujuan
1. Dapat melakukan isolasi DNA dari berbagai jenis tanaman.
2. Dapat memahami cara kerja senyawa yang digunakan untuk mengisolasi
DNA.
3. Memahami dan melakukan teknik pemisahan senyawa dengan metode
elektroforesis.
4. Mengetahui cara mengukur fragmen DNA.

F. Dasar Teori
1. Isolasi DNA
Pada dasarnya isolasi DNA dapat dilakukan dari berbagai sumber,
antara lain organ manusia, darah, daun, daging buah, kalus, akar batang,
daging dan sisik ikan. Pada individu yang sama DNA yang diperoleh dari
berbagai sumber akan memiliki jenis jumlah dan ukuran yang sama
(Koesmadji, 2016).
DNA yang diisolasi dari tanaman seringkali terkontaminasi oleh
polisakarida dan metabolit sekunder seperti tanin, pigmen, alkaloid, dan
flavonoid. Salah satu kesulitan isolasi DNA dari tanaman tinggi adalah
proses destruksi dinding sel untuk melepaskan isi sel. Hal ini disebabkan
karena tanaman memiliki dinding sel yang kuat dan seringkali pada
beberapa jenis tanaman, kontaminasi tersebut sulit dipisahkan dari ekstrak
asam nukleat. Kehadiran kontaminasi diatas dapat menghambat aktivitas
enzim, misalnya DNA tidak sensitif oleh enzim restriksi dan mengganggu
proses amplifikasi DNA dengan PCR (Koesmadji, 2016).
Pada saat proses destruksi jaringan tanaman dapat menyebabkan
degradasi pada DNA dengan adanya aktivitas enzim endonuklease, karena
itu digunakan buffer ekstraksi yang mengandung senyawa tris, EDTA,
CTAB, potassium asetat dan SDS. Senyawa CTAB dan SDS merupakan
detergen, yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi protein. Selain
itu, CTAB dan EDTA adalah senyawa inhibitor yang dapat menghambat
aktivitas enzim nuklease. Potassium asetat adalah senyawa yang dapat
berikatan dengan debris sel dan protein sehingga membentuk senyawa
kompleks dengan CTAB-Potassium asetat-protein-debris sel (Koesmadji,
2016).
Metode ekstraksi DNA dengan CTAB akan menghasilkan pita
DNA yang berukuran tebal dan dapat memisahkan DNA dari polisakarida
karena adanya perbedaan karakteristik kelarutan (differensial of solubility).
Disamping deperoleh fragmen DNA, dengan metode CTAB juga akan
diperoleh RNA dengan pita tipis yang terletak jauh berada di bawah pita
DNA. Keberadaan pita RNA tergantung bahan yang diekstraksi (Prasetyo
dalam Paradisa, 2010).

2. Elekroforesis
Elektroforesis dengan Agarose merupakan metode standar untuk
memisahkan, mengidentifikasi, mengkarakterisasi, dan purifikasi dari
molekul DNA/RNA. Cara pemisahan dengan elektroforesis ini merupakan
alat pendukung yang sangat pokok dalam teknologi DNA rekombinan,
dengan aplikasi yang begitu luas baik untuk pemisahan untai tunggal atau
untai ganda molekul DNA (Koesmadji, 2016).
Pada pH mendekati netral, DNA bermuatan negatif akan
bermigrasi dari anoda ke katoda, dengan mobilitas yang terutama
ditentukan oleh ukuran serta konformasi potongan atau fragmen
DNA/RNA, elektron buffer dan gradien voltage yang diberikan. Gel
agarose mempunyai kemampuan pemisahan dengan range yang cukup luas
yaitu mulai dari 70 pb (pasangan basa) sampai 800.000 pb (Koesmadji,
2016).
Elektroforesis dengan gel agarose termasuk teknik yang sederhana,
mudah penanganannya, cepat dikerjakan, murah, dan memerlukan sampel
yang relatif sedikit (1 ng DNA dapat dideteksi dalam gel). Penggunaan gel
agarose juga mempunyai keuntungan lain, dimana lokasi dari DNA
(fragmen DNA) dalam gel dapat diamati secara in situ dengan
menggunakan etidium bromida sebagai pewarna, baik dengan mencampur
langsung dalam gel, gel buffer ataupun kemudian setelah elektroforesis
berakhir. Etidium bromida akan berinteraksi dengan basa dari molekul
DNA dan akan memberikan warna orange fluoresance dibawah lampu
ultra violet (UV). Disamping faktor-faktor yang telah disebutkan diatas
kecepatan migrasi DNA dalam gel agarose juga ditentukan oleh
konsentrasi agar, komposisi DNA dan temperatur (Koesmadji, 2016).
Molekul DNA dalam bentuk linier ataupun duplek akan bermigrasi
sepanjang gel matriks yang proposional dengan log dari berat molekul.
Dengan demikian penggunaan molekul standar dari DNA (yang sudah
diketahui ukurannya) dapat sebagai pembanding dari DNA dalam
penentuan besar molekul (Koesmadji, 2016).
Sebagai DNA standar biasanya digunakan

fragmen

hasil

pemotongan dari DNA bakterifag lambda dengan enzim HindIII dan

EcoRV ataupun fragmen-fragmen DNA yang sudah diketahui ukurannya

(Koesmadji, 2016).
Untuk mendapatkan resolusi yang optimal dalam separasi fragmen
DNA, sesuai dengan fragmen yang hendak dipisahkan, diperlukan
pemilihan

konsentrasi

agarose

yang

tepat.

Konsentrasi

agarose

menentukan besar pori-pori dari matriks gel, makin tinggi konsentrasi

agarose maka pori yang akan terbentuk akan semakin kecil. Pori-pori gel
tersebut berfungsi sabagai saringan molekul, dimana DNA dengan
fragmen kecil atau besar molekul akan bermigrasi lebih cepat dari fragmen
yang besar. Dibawah ini adalah tabel yang menunjukkan konsentrasi
agarose yang tepat yang dapat memisahkan DNA pada range molekul
tertentu (Koesmadji, 2016).
Range pemisahan molekul DNA dengan agarose gel:
Agarose %
0,3
0,6
0,7
0,9
1,2
1,5
2,0

G. Metode Penelitian
1. Prinsip Kerja
Prinsip utama

Separasi optimal dari molekul

DNA (Kb)
5,0-60
1,0-20
0,8-10
0,5-7,0
0,4-6,0
0,2-4,0
0,1-3,0

dalam

isolasi

DNA

adalah

sentrifugasi,

penghancuran (lisis), ekstraksi, pemurnian dan presipitasi. Sentrifugasi

merupakan teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul
komponennya. Isolasi DNA di dalam cara kerjanya banyak menggunakan
sentrifuge. Prinsip lisis dalam isolasi DNA adalah melisiskan dinding sel
yang terdapat di sel dengan menggunakan senyawa CTAB dan SDS yang
merupakan senyawa detergen. CTAB dan SDS juga sebagai inhibitor bagi
enzim nuklease.
Pada tahap berikutnya digunakan klorofom yaitu isoamil alkohol
(24:1) yang membantu mendenaturasi protein yang masih menempel pada
kromosom, sedangkan untuk mempresipitasikan asam nukleat digunakan

alkohol 100%. DNA dalam alkohol akan terpresipitasi (menggumpal)

sedangkan DNA dalam air akan lrut, tetapi protein tidak dapat larut dalam
air (Koesdmadji, 2016).
2. Alat dan Bahan
a. Alat
Tabel 1. Alat-alat Praktikum Isolasi DNA Tanaman
No.
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13

Nama Alat
Mikropipet ukuran 0,5-10 L
Mikropipet ukuran 20-200 L
Mikropipet ukuran 100-1000 L
Tabung 1,5 ml (mikrotube)
Tips mikropipet kuning
Tips mikropipet biru
Tips mikropipet putih
Sendok
Penangas
Vortex
Mini sentrifuge
Pendingin
Oven

Jumlah
1 buah
1 buah
1 buah
3 buah
Secukupnya
Secukupnya
Secukupnya
1 buah
1 buah
1 buah
1 buah
1 buah
1 buah

Tabel 2. Alat-alat Elektroforesis DNA

No.
1
2
3

Nama Alat
Elektroforesis (comb dan tray)
Power supply
Transilluminator UV

Jumlah
1 unit
1 unit
1 unit

b. Bahan
Tabel 3. Bahan-bahan Isolasi DNA Tanaman
No.
1
2
3
4
5
6
7
8
9

Nama Bahan
Buah pisang
CTAb
SDS 20%
Potassium asetat
Es
Chloroform: isoamil alkohol (24:1)
Alkohol absolut 100%
Alkohol 70%
TE

Jumlah
Secukupnya
400 L
20 L
100 L
Secukupnya
Secukupnya
Secukupnya
Secukupnya
30 L

Tabel 4. Bahan-bahan Elektroforesis DNA

No.
1
2
3
4
5
6
7

Nama Bahan
Loading dye
Buffer TAE 1x
Agarose 1% : TAE
Etidium Bromida
Alkohol 70%
TE (10mm Tris-HCl, 1mm EDTA pH 8)
DNA marker

Jumlah
1L
Secukupnya
30 ml
Secukupnya
100 L
30 L
0,5kb

3. Cara Kerja
Buah pisang yang sudah matang dan dimasukkan ke dalam satu mikrotube sebanyak
100 L.
Ditambahkan 400L CTAB dan SDS 20% 20L.

Dihomogenkan dengan vortex selama 5 menit.

Dipanaskan dalam penangas 65oC selama 20 menit.

Ditambahkan potassium asetat 5 M sebanyak 100 L.

Dihomogenkan 50 kali dengan cara dibolak-balikkan membentuk angka 8.

Disimpan di dalam pendingin selama 10 menit.

Dipisahkan dengan sentrifugasi 14.000 rpm sehingga didapatkan hasil ada yang
mengendap dan tidak selama 10 menit.
Dipisahkan bagian yang tidak mengendap ke mikrotube kedua dan ditambahkan
chloroform: isoamil alkohol sebanyak setengah volume total.
Dihomogenkan kembali dengan dibolak-balikkan sebanyak 50 kali dan
disentrifugasi 14.000 rpm selama 10 menit.
Dipindahkan kembali hasil yang tidak mengendap ke mikrotube ketiga dan
ditambhakan alkohol absolut sebanyak 2x volume total.
Dipisahkan dengan sentrifugasi 14.000 rpm selama 10 menit lalu dibuang
alkoholnya.
Ditambah alkohol 70% 100L dan dikeringkan di oven dengan suhu 50oC selama 10
menit.
Ditambahkan TE 30L dan dibiarkan mengendap selama 30 menit dan sampe siap
dielektroforesis.

n 1. Cara Kerja Isolasi DNA Tanaman

Baga

Disiapkan tray/cetakan gel dan ditutup rapat sisi-sisi yang terbuka dengan solatip.

Dibuat agarose dengan konsentrasi 1% dalam buffer TAE 1x dan dididihkan hingga
campuran tersebut kelihatan bening/terpolarisasi.

Dibiarkan agarose suhunya hangat (50o-60oC).

Dituangkan gel agarose ke dalam cetakan gel yang sudah disiapkan.

Disisir (untuk tempat aplikasi sampel) dipasang dengan posisi tegak dan berjarak
0,3-0,5 mm dari dasar.

Gel dibiarkan mengeras pada suhu ruangan selama 12-45 menit.

Disiapkan sampel yang akan dielektroforesis.

ditambahkan loading dye ke dalam sampel dengan perbandingan 5 bagian sampel

DNA dan bagian loading dye.
Dimasukkan ke dalam sumur yang terdapat dalam gel lalu dimasukkan gel tersebut
ke dalam buffer.

Dipasang alat dan disambungkan ke sumber listrik.

Dilakukan elektroforesis pada daya 100volt selama 30 menit lalu diberi pewarna dan
dicuci dengan larutan H2O.

Diamati dengan bantuan sinar ultraviolet (UV).

Bagan 2. Elektroforesis DNA

H. Hasil Pengamatan
I. Tabel 5. Hasil Pengamatan Isolasi DNA Pisang

E. J

C. W
a
r
n
a

A.
N

H.
1

B. Tahap

I.

Setelah
ditambahkan
Buffer ekstraksi
dan SDS 20%.

L
a
r
u
t
a
n

D. Wa
rna
En
dap
an

J. K

K. Ku

u
n
i
n
g

nin
g

u
m
l
a
h
L
a
p
i
s
a
n
L. 1

F. Foto Pengamatan

G. Keterangan
J.

P. Terdapat sedikit busa pada

larutan. Setelah tahap ini,
sampel dihomogenkan dan
di inkubasi pada suhu 60oC.
Pada
tahap
tersebut
penampakan sampel hampir
sama
dengan
ketika
ditambahkan
Buffer
ekstraksi dan SDS 20%.

M.
N. Gambar

1.
Tahap
Penambahan
Buffer
ekstraksi dan SDS 20%
O. (Dokumentasi
Kelompok
5B, 2016)

Q.
2

R. Setelah
ditambahkan
potasium asetat.

S. S

T. Sed

e
d
i
k
i
t

ikit
kun
ing

U. 2

k
u
n
i
n
g

V.
W. Gambar
Penambahan
Asetat.
X. (Dokumentasi
5B, 2016)

AE. J
AC.
War
n

Y. Terbentuk 2 lapisan namun

u
m
l

2.

Tahap
Potasium
Kelompok

lapisannya
belum
jelas
terlihat. Setelah tahap ini,
sampel
dihomogenkan
dengan cara dibolak-balik
50x dan disimpan di wadah
berisi es selama 10 menit.
Adapun
penampakan
sampelnya
yaitu
sama
dengan ketika ditambahkan
potasium asetat.
Z.

BB. W
a
r
n
a

AZ.
N

BA.

BG.

BH.

Tahap

Setelah
larutan endapan
dilarutkan dengan
TE

L
a
r
u
t
a
n
BI. B
e
n
i
n
g

BD.

BC. Wa

Jum
l
a
h

rna
En
dap
an

BJ. Ben
ing

L
a
p
i
s
a
n

BE. Foto Pengamatan

BK.

BO.

BL.
BM.

Gambar 5. Tahap
Pelarutan dengan TE
BN.
(Dokumentasi
Kelompok 5B, 2016)

K. Tabel 6. Hasil Pengamatan Elektroforesis DNA Pisang

L. Foto Pengamatan
N.

O. Gambar 6. Hasil Elektroforesi

DNA Pisang
P. (Dokumentasi Kelompok 5B, 2016)

R.
S. Pembahasan

BF. Keterangan

M. Keterangan
Q. Pada hasil pengamatan
elektroforesis
yang
dilakukan pada kelas
kami
mengalami
kegagalan. Tidak ada
benang
DNA
yang
tampak setelah dilihat
dengan sinar UV.

Sebelum
endapan dilarutkan
di cuci terlebih
kemudian
dikeringkan
pada
selama 10 menit
susu 50oC.
BP. Setelah
itu
dilarutkan
denga
kemudian sampel
pada suhu 4oC k
dilakukan
elektroforesis.

T. Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari

bahan lain seperti protein, lemak, dan karbohidrat. Dalam isolasi DNA ini
digunakan berbagai macam bahan-bahan yang masing-masing memiliki fungsi
tertentu. Tris berfungsi untuk mendenaturasi protein. EDTA berfungsi sebagai
penghancur sel dengan cara mengikat ion magnesium yang diperlukan oleh sel
untuk menjaga keutuhan selubung sel secra keseluruhan. SDS berperan dalam
melisiskan membran sel juga dapat berperan dalam mengurangi aktivitas
enzim nuklease yang merupakan enzim pendegradasi. NaCl berfungsi sebagai
bahan penetral pada gula fosfat DNA. Alkohol 70% berperan dalam
pemurnian DNA, garam-garam yang terlibat dalam proses ekstraksi bersifat
kurang larut dalam isopropanol sehingga dapat teresipitasi bersama DNA, oleh
sebab itu dibutuhkan presipitasi kembali dengan alkohol (Lubis dan
Gurusinga, 2013).
U. Berdasarkan praktikum isolasi DNA yang telah dilakukan, langkah
pertama yaitu penghancuran membran dan dinding sel pada buah pisang.
Isolasi DNA buah ini digunakan buah pisang yang sudah matang, agar lebih
mudah hancur. Penghancuran bertujuan untuk merusak jaringan yang ada
pada sel sehingga mempermudah bahan-bahan kimia lain yang akan
digunakan untuk masuk ke dalam organel-organel sel.
V. Salah satu kesulitan isolasi DNA dari tanaman adalah proses
destruksi dinding sel untuk melepaskan isi sel. Hal ini disebabkan karena
tanaman (termasuk buah ini) memiliki dinding sel yang kuat dan seringkali
pada beberapa jenis tanaman sulit dipisahkan dari ekstrak asam nukleat
(Setyawati, 2014).
W. Ketika akan melakukan elektroforesis agarose, agar-agar yang
digunakan tidak terlalu panas saat dituang ke dalam cetakan karena akan
membuat cetakan retak, namun juga tidak boleh terlalu dingin karena agaragar akan mengental dan tidak dapat menjadi sumur. Saat menuang agar-agar
ke dalam cetakan yang harus diperhatikan adalah gelembung udara karena
tidak boleh ada gelembung udara pada saat mencetak agar-agar (Tarigan dan
Siahaan, 2012).

X. Dari hasil elektroforesis DNA agarose dapat dilihat migrasi

elektroforesis DNA melalui gel agarose dipengaruhi oleh faktor ukuran dan
konformasi molekul DNA, konsentrasi agarose, arus listrik, dan temperatur
(Lubis, et. al., 2013). Namun, pada praktikum ini terjadi kegagalan pada hasil
akhir. Kegagalan ini kemungkinan karena gagalnya proses pemecahan dinding
sel.

Proses pemecahan dinding inilah yang membuat isolasi DNA pada

tanaman lebih sulit dibandingkan isolasi DNA bakteri karena tanaman

memiliki dinding sel yang kuat dan tebal. Hal ini menyebabkan tidak adanya
band DNA yang teramati setelah proses elektroforesis selesai.
Y.
Z. Jawaban Pertanyaan
1. Isolasi DNA
a. Hitunglah jumlah senyawa yang dimasukkan pada tahapan kerja nomer
5, 14 dan 18!
AA.
Jawab:
1) Buffer ekstraksi sebanyak 4 kali volume total sampel (banyak
sampel menjadi 0,4 l).
2) Kloroform: Isoamil Alkohol sebanyak x volume total sampel
(banyak sampel menjadi 0,5 l).
3) Alkohol sebanyak 2 x volume total sampel (banyak sampel
menjadi 0,3 l).
a. Jelaskan apa fungsi senyawa-senyawa yang digunakan dalam isolasi
DNA!
AB.
Jawab:
1) Buffer ekstraksi berperan dalam proses destruksi jaringan tanaman
sehingga terjadi degradasi pada DNA.
2) SDS berfungsi sebagai detergent yang dapat melisiskan dinding sel
dan mendenaturasi protein.
3) Kloroform: Isoamil Alkohol membantu proses denaturasi protein
yang masih menempel pada kromosom. Selain itu juga kloroform
berfungsi untuk mempurifikasi selain DNA dan Isoamil Alkohol
berfungsi untuk mempurifikasi protein.
4) Potasium Asetat berfungsi untuk mengikat debris sel dan protein.
5) Alkohol 100% digunakan untuk mempresipitasi asam nukleat.
6) Alkohol 70% digunakan untuk purifikasi.
2. Elekroforesis

a. Coba sebutkan manakah yang disebut DNA pada hasil elektroforesis

anda!
AC.

Jawab: Pada hasil elektroforesis yang dilakukan, benang

DNA tidak tampak (gagal).

b. Mengapa DNA hanya dapat diamati dengan bantuan sinar UV?
Jelaskan!
AD.
Jawab: DNA berukuran sangat kecil dan sulit untuk
diamati, oleh karena itu untuk memudahkan pengamatan DNA
diwarnai menggunakan Etidium bromida. Etidium bromida ini akan
berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika
di bawah lampu UV, warnanya orange fluoresence. Selain itu juga
panjang gelombang sinar UV dapat oleh DNA sehingga untuk melihat
DNA yang sangat kecil perlu bantuan sinar UV.
c. Apakah Etidium Bromide? Bagaimana cara kerja Etidium bromida
dalam proses pewarnaan DNA?
AE.
Jawab: Etidium bromida adalah pewarna yang digunakan
untuk mempermudah pengamatan DNA dalam gel. Etidium bromida
akan berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan
tampak jika di bawah lampu UV, warnanya orange fluoresence.
AF.
AG. Kesimpulan
1. Teknik isolasi dna terbagi menjadi dua tahap umum, yaitu tahap lisis dan
tahap purifikasi atau pemurnian. Tahap lisis menggunakan meteode CTAB
dan SDS merupakan tahap memecah dinding sel dan mengeluarkan isi sel,
khususnya sitoplasma dan organel-organel. Tahap berikutnya adalah
purifikasi menggunakan teknik sentrifugasi dan kemudian dipresipitasi
menggunakan alkohol.
2. Cara Kerja senyawa yang dihunakan dalam praktikum ini yaitu:
a. Buffer ekstraksi berperan dalam proses destruksi jaringan tanaman
sehingga terjadi degradasi pada DNA.
b. SDS berfungsi sebagai detergent yang dapat melisiskan dinding sel dan
mendenaturasi protein.
c. Kloroform: Isoamil Alkohol membantu proses denaturasi protein yang
masih menempel pada kromosom. Selain itu juga kloroform berfungsi

untuk mempurifikasi selain DNA dan Isoamil Alkohol berfungsi untuk

mempurifikasi protein.
d. Potasium Asetat berfungsi untuk mengikat debris sel dan protein.
e. Alkohol 100% digunakan untuk mempresipitasi asam nukleat.
f. Alkohol 70% digunakan untuk purifikasi.
3. Pada elektroforesis prinsip yang digunakan yaitu migrasi, dimana pada
keadaan netral DNA akan berpindah dari katoda ke anoda.
4. Panjang fragmen DNA dapat terlihat dengan menggunakan gel doc yang
pada saat di dalamnya disinari sinar UV, setelah sebelumnya dilakukan
tahap elektroforesis. Setelah itu panjang fragmen DNA dapat diukur
menggunakan kurva regresi linier.

AH.
AI.

DAFTAR PUSTAKA

Koesmadji., Resna W., Fransisca S., Riandi, Sri A. Sariwulan D., Suhara,
Diah K., Ani A. (2016). Pedoman Praktikum Genetika. Bandung:
Departemen Pendidikan Biologi FPMIPA UPI.

AJ.

Lubis, N. A. & Gurusinga, F. P. (2013). Isolasi DNA Manusia (Epitelial

Mulut dan Darah) dan Teknik PCR dan Isolasi Protein dari Darah,
Elektroforesis Agarose Dan Sds-Page. [Online]. Tersedia:
http://openwetware.org/images/8/8f/

AK. Paradisa. (2010). Ekstraksi DNA dengan Menggunakan Metode. [Online].

Tersedia:

http://www.paradisanetwork.com/2010/10/ekstraksi-dna-dengan-

menggunakan-metode.html
AL.

Setyawati, A.P. (2014). Isolasi DNA Tanaman. [Online]. Tersedia:

http://adepujisetyawati.blogspot.co.id/2014/11/isolasi-dna-tanaman.html

AM.

Tarigan, R.V. & Siahaan, J.M. (2012). Isolasi DNA, Teknik PCR, dan
Elektroforesis Agarose. [Online]. Tersedia:
http://openwetware.org/images/d/d8/

AN.
AO.