APLIKASI INFORMASI

BIOLOGI DALAM
PENELITIAN

KELOMPOK 5
Anggota:
ANIS FITRIANA P./ 140341606809
ATIKA EKA R. / 160341606084
FARIDA SULVIANA D. / 160341606046
 BIOINFORMATIKA

Bioinformatika berasal dari bahasa yaitu bioinformatics yang

artinya ( ilmu yang mempelajari ) penerapan teknik komputasional
untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini
mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan
informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis,
terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino
serta informasi yang berkaitan
. Bioinformatika merupakan ilmu terapan yang lahir dari
perkembangan teknologi informasi dibidang molekular.
Pembahasan dibidang bioinformatik ini tidak terlepas dari
perkembangan biologi molekular modern, salah satunya
peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang
terdapat dalam molekul DNA ( James, 2001 ).
 SEJARAH BIOINFORMATIKA
Istilah bioinformatics awal dikemukakan di era 1980-an untuk
mengolah data analisis biologi dengan menggunakan computer.
Bioinformatika sering diterapkan dalam bidang bidang sekuen
DNA, pembuatan basis data pada tahun 1960-an. Paulien Hogeweg
merupakan tokoh yang menciptakan istilah bioinformatika pada
tahun 1970. Komputer menjadi penting dalam ilmu biologi molekuler
seiring penemuan urutan insulin di awal tahun 1950an oleh
Frederick Sanger.
Pelopor Bioinformatika di lapangan adalah Margaret Oakley
Daydoff, yang dipuji oleh David Lipman (National Center for
Biotechnology Information). Daydof berhasil menyusun salah satu
database urutan protein pertama. Pelopor lain, Elvin A Kabat,
berhasil memelopori analisis urutan biologis pada tahun 1970
( James, 2001 ).
 CONTOH-CONTOH PENGGUNAAN
BIOINFORMATIKA
Bioinformatika dalam Bidang Klinis
Aplikasi dari informatika klinis ini berbentuk manajemen data-data klinis dari
pasien melalui Electrical Medical Record (EMR) yang dikembangkan oleh
Clement J. McDonald dari Indiana University School of Medicine pada tahun
1972. McDonald pertama kali mengaplikasikan EMR pada 33 orang pasien
penyakit gula (diabetes). Sekarang EMR ini telah diaplikasikan pada berbagai
penyakit
Bioinformatika untuk Identifikasi Agent Penyakit Baru
Banyak sekali penyakit baru yang muncul dalam dekade ini, dan diantaranya
yang masih hangat adalah SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome).
Dalam rentetan proses ini, Bioinformatika memegang peranan penting. Pertama
pada proses pembacaan genom virus Corona. Karena di database seperti
GenBank, EMBL (European Molecular Biology Laboratory), dan DDBJ (DNA Data
Bank of Japan) sudah tersedia data sekuen beberapa virus Corona, yang bisa
digunakan untuk mendisain primer yang digunakan untuk amplifikasi DNA virus
SARS ini
 Bioinformatika untuk Diagnosa Penyakit Baru
Ada beberapa cara untuk mendiagnosa suatu penyakit,
antara lain: isolasi agent penyebab penyakit tersebut dan
analisa morfologinya, deteksi antibodi yang dihasilkan dari
infeksi dengan teknik enzyme-linked immunosorbent assay
(ELISA), dan deteksi gen dari agent pembawa penyakit
tersebut dengan Polymerase Chain Reaction (PCR).
Bioinformatika untuk Penemuan Obat
Cara untuk menemukan obat biasanya dilakukan dengan
menemukan zat/senyawa yang dapat menekan
perkembangbiakan suatu agent penyebab penyakit.
 Memasuki abad ke-20 ditemukan penemuan-penemuan
baru tentang biologi molekular. Pada awal abad ini pula,
diketahui bahwa setiap makhluk hidup menggunakan DNA
dan RNA untuk menyimpan dan metransfer informasi
genetiknya, bahwa setiap makhluk hidup menggunakan kode
genetik yang sama untuk membuat proteinnya. Pada saat itu
pula, para ilmuwan-ilmuwan di bidang teknologi, berpikir
mengenai bisa tidaknya materi gen ini dimanipulasi
sedemikian rupa sehingga bisa didapatkan DNA dan RNA
yang sifat genetiknya sesuai dengan yang kita inginkan.
Muncullah ilmu yang mempelajari mengenai pembentukan
kombinasi materi genetik yang baru dengan cara penyisipan
molekul DNA ke dalam suatu vektor sehingga
memungkinkannya untuk terintegrasi dan mengalami
perbanyakan dalam suatu sel organisme lain yang berperan
sebagai sel inang yang dikenal sebagai teknologi DNA
rekombinan atau biasa disebut rekayasa genetika.
 TAHAP PENTING PERKEMBANGAN
BIOTEKNOLOGI MODERN
1944 DNA pembawa informasi genetik
1953 struktur DNA
1961 kodon
1968 ditemukan enzim endonuklease restriksi
1973 teknik kombinasi gen berhasil dilakukan
1977 hormon tumbuh diproduksi di bakteri dengan
teknik rekombinasi DNA
1978 gen untuk insulin diperbanyak
1982 Humulin mulai dijual
1983 Polymerase Chain Reaction(PCR)
1985 PCR dipublikasikan
1990 Human Genom Project
1990 terapi gen pertama kali diaplikasikan
2000 Human Genom Projectselesai
 Bagian Penting dalam Rekayasa Genetika

1. Cellular Enzymes / Enzim seluler

a. enzim Endonuklease, yaitu enzim yang mengenali
batas-batas sekuen nukleotida spesifik dan berfungsi
dalam proses restriction atau pemotongan bahan-bahan
genetik
b. DNA polimerisasi, yaitu enzim yang biasa dipakai
untuk meng-copy DNA. Enzim ini mensintesis DNA
dari sel induknya dan membentuk DNA yang sama
persis ke sel induk barunya.
c. RNA polimerisasi yaitu enzim yang berfungsi untuk
membaca sekuen DNA dan mengsintesis molekul RNA
komplementer.
d. DNA ligase merupakan suatu enzim yang
berfungsi untuk menyambungkan suatu bahan
genetik dengan bahan genetik yang lain.
e. Reverse transcriptases adalah enzim yang
berfungsi membentuk blue-print dari molekul
RNA membentuk cDNA (DNA
komplementer).
2. Natural Vectors / Vektor natural
Sebagai salah satu cara untuk memanipulasi DNA di
luar sel, para ilmuwan dalam bioteknologi harus bisa
membuat suatu tempat yang keadaannya stabil dan
cocok dengan tempat DNA yang dimanipulasi. Vektor
disini bisa diartikan sebagai alat yang membawa DNA
ke dalam sel induk barunya. Vektor adalah molekul
DNA yang berfungsi sebagai wahana atau kendaraan
yang akan membawa suatu fragmen DNA masuk ke
dalam sel inang dan memungkinkan terjadinya
replikasi dan ekspresi fragmen DNA asing tersebut.
Ada beberapa vektor yang dapat digunakan khususnya
pada sel inang E.coli yaitu plasmid, bakteriofag,
kosmid dan fasmid.
 Tahapan Rekayasa Genetika
Isolasi DNA
Isolasi DNA diawali dengan perusakan dan atau pembuangan
dinding sel, yang dapat dilakukan baik dengan cara
mekanis seperti sonikasi, tekanan tinggi, beku-leleh,
maupun dengan cara enzimatis seperti pemberian lisozim.
Langkah berikutnya adalah lisis sel.setelah sel mengalami
lisis, remukan-remukan sel harus dibuang, biasanya
dilakukan dengan sentrifugasi. Protein yang tersisa
dopresipitasi menggunakan fenol atau pelarut organik
seperti kloroform untuk kemudian disentrifugasi dan
dihancurkan secara enzimatis dengan proteinase. DNA
yang telah dibersihkan dari protein dan remukan sel masih
tercampur dengan RNA sehingga perlu ditambahkan
RNAse untuk membersihkan DNA dari RNA.
Pemotongan molekul DNA
 Manfaat teknologi rekayasa genetika

Rekayasa genetika mempunyai dua segi manfaat.

Pertama, dengan mengisolasi dan mempelajari
masing-masing gen akan diperoleh pengetahuan
tentang fungsi dan mekanisme kontrolnya. Kedua,
teknik ini memungkinkan diperolehnya produk gen
tertentu dalam waktu lebih cepat dan jumlah lebih
besar daripada produksi secara konvensional.
Rekayasa genetika pada mikroba bertujuan untuk
meningkatkan efektivitas kerja mikroba tersebut
(misalnya mikroba untuk fermentasi, pengikat nitrogen
udara, meningkatkan kesuburan tanah, mempercepat
proses kompos dan pembuatan makanan ternak, mikroba
prebiotik untuk makanan olahan), dan untuk
menghasilkan bahan obat-obatan dan kosmetika, serta
Pembuatan insulin manusia dari bakteri ( Sel pancreas
yang mempu mensekresi Insulin digunting , potongan
DNA itu disisipkan ke dalam Plasmid bakteri ) DNA
rekombinan yang terbentuk menyatu dengan Plasmid
diinjeksikan lagi ke vektor, jika hidup segera di
kembangbiaakan.
 KLONING
Kloning berasal dari kata "Klon" dalam bahasa
Yunani yang berarti tangkai. Sebelum klon
sebagai kata benda berarti suatu individu yang
dihasilkan secara aseksual, suatu individu yang
berasal dari sel somatik tunggal orang tuanya
dan secara genetik dia identik (Mahjudin, 2010).
Klon dalam kata kerja adalah suatu populasi sel
atau organism yang terbentuk dari pembelahan
yang berulang (aseksual) dari satu sel atau
organisme (Rohman, 2010)
 Hormon Insulin
Insulin pertama kali di Pada tahun 1965 insulin
ekstraksi dari jaringan manusia telah berhasil
pankreas anjing pada tahun
1921 oleh para ahli fisiologi
disintesis secara kimia.
asal kanada Sir Federick Glant Insulin merupakan protein
Banting dan Charles Hebert manusia pertama yang
Best serta ahli fisiologi asal disintesis secara kimia.
Inggris John James Richard Secara tradisional, insulin
Macleod. Seorang ahli
boikimia James Betram Collip
untuk pengobatan pada
kemudian memproduksi manusia diisolasi dari
dengan tingkat kemurnian pankreas sapi atau babi
yang cukup baik untuk
digunakan sebagai obat pada
manusia.
 Pada tahun 1981 telah terjadi perbaikan
secara berarti cara produksi insulin
melalui rekayasa genetika. Insulin yang
diperoleh dengan cara ini mempunyai
struktur mirip dengan insulin manusia.
Melalui teknologi DNA rekombinan, insulin
diproduksi menggunakan sel mikroba
yang tidak patogen
 Struktur Insulin
Secara kimia, insulin adalah
protein kecil sederhana yang
terdiri dari 51 asam amino, 30
di antaranya merupakan satu
rantai polipeptida, dan 21
lainnya yang membentuk
rantai kedua. Kedua rantai
dihubungkan oleh ikatan
disulfida. Kode genetik untuk
insulin ditemukan dalam DNA
di bagian atas lengan pendek
dari kromosom kesebelas
yang berisi 153 basa nitrogen
(63 dalam rantai A dan 90
dalam rantai B)
Insulin adalah suatu
hormon polipeptida yang
diproduksi dalam sel-sel
kelenjar Langerhaens
pankreas.Insulin
berperan penting dalam
regulasi kadar gula darah
(kadar gula darah dijaga
3,5-8,0 mmol/liter).
Hormon insulin yang
diproduksi oleh tubuh kita
dikenal sebagai sebutan
insulin endogen
Struktur kimia insulin
Proses Pembuatan Insulin
 Proses pembuatan insulin dengan teknik
DNA recombinan adalah sebagai berikut:
1) Mengidentifikasi dan mengisolasi gen penghasil insulin dari sel
pancreas manusia:
a) Mula-mula mRNA yang telah disalin dari gen penghasil insulin
diekstrak dari sel pancreas.Kemudian enzim transcriptase
ditambahkan pada mRNA bersamaan dengan nukleotida penyusun
DNA.
b) Enzim ini menggunakan mRNA sebagai cetekan untuk membentuk
DNA berantai tunggal.
c) DNA ini kemudian dilepaskan dari mRNA.
d) Enzim DNA polymirase digunakan untuk melengkapi DNA rantai
tunggal menjadi ranati ganda,disebut DNA komplementer (c- DNA),
yang merupakan gen penghasil insulin.
 2) Melepaskan salinan gen penghasil insulin tersebut dengan cara
memotong kromosom secara khusus menggunakan enzim retrikasi.
3) Mengekstrak plasmid dari sel bakteri, kemudian membuka plasmid dari
sel bakteri dengan menngunakan enzim retrikasi lain. Sementara itu, di
dalam serangkain tabung reaksi atau cawan petri, gen penghasil insulin
manusia (dalam bentuk c- DNA disiapkan untuk dipasangkan pada plasmid
yang terbuka tersebut.
4) Memasang gen penghasil insulin kedalam cincin plasmid. Mula-mula
ikatan yang terjadi masih lemah, kemudian enzim DNA ligase memperkuat
ikatan ini sehingga dihasilkan molekul DNA recombinan/plasmid recombinan
yang bagus.
5) Memasukkan plasmid recombinan kedalam bakteri E.coli.Di dalam sel
bakteri ini plasmid mengadakan replikasi
6) Mengultur bakteri E.coli yang akan berkembang biak dengan cepat
menghasilkkan klon-klon bakteri yang mengandung plasmid recombinan
penghasil.
PCR (Polymerase Chain Reaction)
teknik atau metode perbanyakan (replikasi)
DNA secara enzimatik tanpa menggunakan
organisme. DNA dapat dihasilkan dalam
jumlah besar dengan waktu relatif singkat
sehingga memudahkan berbagai teknik lain
yang menggunakan DNA.
Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah
reaksi penggandaan DNA menggunakan
mesin thermal cycler (mesin PCR).Prinsip
kerja alat ini adalah dengan menaikan dan
menurunkan temperatur dalam periode
waktu tertentu untuk mendenaturasi DNA,
menempelkan primer pada DNA (annealing)
dan menggandakannya (elongasi atau
ekstensi).
 Komponen-komponen pada
PCR
DNA template
DNA template merupakan cetakan DNA atau DNA yang menjadi
patokan untuk menggandakan DNA yang lain.
Enzim DNA polimerase
DNA polimerase adalah enzim penting dalam replikasi DNA maupun
dalam reparasi DNA. DNA polimerase merupakan sebuah enzim yang
mengkatalisasi reaksi polimerisasi deosiribonukleotida menjadi rantai
DNA, dengan kata lain enzim ini mengkatalisasi reaksi pembentukan
DNA.
Primer
Primer adalah sepasang DNA utas tunggal atau oligonukleotida
pendek yang menginisiasi sekaligus membatasi reaksi pemanjangan
rantai atau polimerisasi DNA
 dNTP
dNTP merupakan building blok atau bisa disebut batu bata penyusun
DNA yang baru. dNTP terdiri atas 4 macam sesuai dengan basa
penyusun DNA,yaitu dATP, dCTP, dGTP dan TTP
Buffer
Buffer yang biasanyaterdiri atas bahan-bahan kimia untuk
mengkondisikan reaksi agar berjalan optimum dan menstabilkan enzim
DNA polymerase.
Ion logam
Ion logam bivalen, umumnya Mg++, fungsinya sebagai kofaktor bagi
enzim DNA polymerase. Tanpa ion ini enzim DNA polymerase tidak
dapat bekerja.
Ion logam monovalen, kalsium (K+).
 Tahap-Tahap pada PCR
Proses PCR terdiri dari tiga tahapan, yaitu
denaturasi DNA templat, penempelan
(annealing) primer, dan polimerisasi
(extension) rantai DNA.
 Denaturasi
Denaturasi dilakukan pada suhu 90-95C, sehingga terjadi pemisahan utas ganda DNA
menjadi dua utas tunggal DNA yang menjadi cetakan (template) tempat penempelan
primer dan tempat kerja DNA polimerase.

Annealing
Selanjutnya, suhu diturunkan untuk penempelan primer oligonukleotida pada sekuens
yang komplementer pada molekul DNA cetakan. Tahap ini disebut annealing. Suhu
campuran diturunkan sampai mencapai ~55C atau sesuai melting temperature (Tm)
dari primer oligonukleotida (Glick & Pasternak, 2003). Selama tahap ini, primer
berpasangan dengan sekuens komplementernya di dalam DNA cetakan. Primer
oligonukleotida melekat pada masing-masing utas tunggal DNA dengan arah yang
berlawanan; satu primer melekat pada ujung untai DNA sense, sedangkan primer yang
lain melekat pada ujung utas DNA antisense.
Ekstensi
Tahap selanjutnya adalah tahap ekstensi yang dilakukan pada suhu 72C. Suhu ini
merupakan suhu optimum untuk kerja enzim Taq DNA polimerase. Pada tahap ini enzim
Taq DNA polimerase mengkatalis reaksi penambahan mononukleotida pada primer yang
sesuai dengan utas DNA komplemen yang berada di sebelahnya. Suhu pada setiap
tahap diatur sedemikian rupa sehingga dihasilkan amplifikasi sekuens target DNA yang
efisien.
 Selain ketiga proses tersebut, secara umum PCR
didahului dan diakhiri oleh tahapan berikut:
a). Pra-Denaturasi
Dilakukan selama 1-9 menit di awal reaksi untuk
memastikan kesempurnaan denaturasi dan mengaktifasi
DNA Polymerase (jenis hot-start alias baru aktif kalau
dipanaskan terlebih dahulu).
b). Final Elongasi
Biasanya dilakukan pada suhu optimum enzim (70o C
-72oC) selama 5-15 menit untuk memastikan bahwa
setiap utas tunggal yang tersisa sudah diperpanjang
secara sempurna. Proses ini dilakukan setelah siklus
PCR terakhir.
 Aplikasi teknik PCR
Isolasi Gen
DNA Sequencing
Forensik
Diagnosa Penyakit