MAKALAH

METABOLISME BIOMOLEKUL

“BIOSINTESIS DNA DAN RNA TANAMAN”

OLEH:

KELOMPOK III

MUHAJIR 60500120005

SHOPIA RIDHA ISLAMI 60500120053

SINDY NURHAYATI 60500120029

JURUSAN KIMIA

FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI

UNIVERSITAS ISLAM NEGERI ALAUDDIN MAKASSAR

 BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Asam nukleat dan protein ditemukan dalam setiap kromosom organisme

kompleks. Makromolekuler asam nukleat dalam makhluk hidup ini ditemukan

pertama kali oleh Friedrich Miescher yang berasal dari Jerman pada tahun 1869. Ia

berhasil menemukan senyawa yang mengandung fosfat dalam inti sel darah putih,

disebut nuklein. Selanjutnya pada tahun 1928, Frederick Griffith melakukan

penelitian mengenai transformasi pada bakteri Streptococcus pneumoniae pada tikus.

Tipe alami bakteri ini berbentuk sel bulat, diselubungi senyawa berlendir disebut

kapsula. Sel-sel tipe alami akan membentuk koloni yang berkilap sebagai koloni

halus (smooth, S). Tipe sel semacam ini bersifat virulen, dapat menyebabkan

kematian jika disuntikkan dengan sel yang masih hidup. Selain itu ada strain mutan,

tidak berkapsula, ukuran sel lebih kecil, dan membentuk koloni yang lebih besar

(rough, R). Sel semacam ini bersifat avirulen, tidak menyebabkan kematian jika

disuntikkan oleh selmutan. Hasil penelitianmenunjukkan bahwa sel-sel avirulen

dapat bertransformasi (berubah) menjadi sel virulen.

B. Rumusan Masalah

Bagaimana biosintesis DNA dan RNA Tanaman.

C. Tujuan

Untuk mengetahui biosintesis DNA dan RNA tanaman.

 BAB II

ISI

1. DNA

Replikasi terjadi karena putusnya ikatan Hidrogen yanmenghubungkan

pasangan-pasangan basa, diikuti terlepasnya kedua pita DNA dan terbentuknya pita

komplemen DNA tersebut. Proses replikasi DNA memerlukan:

1. Rantai DNA asli

2. Enzim helicase

3. Nukleotida-nukleotida bebas

4. Enzim DNA polimerase

Rantai DNA asli dibantu oleh enzim helicase akan memisah. Enzim ini

bertugas untuk memutuskan ikatan hidrogen dari pasangan basa sehingga rantai

DNA terpisah. Kemudian dengan adanya enzim DNA polimerase, nukleotida bebas

yang terdapat dalam sitoplasma dipasangkan pada rantai DNA yang terbuka sebagai

komplemennya. Enzim ini berperan selain untuk memasangkan pasangan basa juga
memperbaiki nukleotida rusak di rantai DNA.

1.1 DNA Berkode Tumbuhan

DNA barcode merupakan suatu Teknik menggunakan sekuen DNA yang

berukuran pendek, yang digunakan untuk mempercepat dan mempermudah proses

identifikasi suatu spesies. Identifikasi organisme yang pada awalnya hanya

berdasarkan karakter morfologi saat ini telah berkembang kearah taksonomi

molekular, dimana pengelompokan dilakukan berdasarkan kemiripan gen yang

dimiliki organisme. Namun, DNA barcode yang telah ada saat ini tidak bisa dipakai

bagi tumbuhan secara universal, karena adanya keragaman yang sangat tinggi pada
tumbuhan. DNA barcode merupakan salah satu pendekatan yang dapat digunakan

untuk menganalisis variasi genetik. DNA barcode dapat memberikan kontribusi kuat

untuk penelitian keanekaragaman hayati dan taksonomi.

Karakteristik DNA barcode yaitu sekuen DNA bersifat ortolog, memiliki

variablitas yang cukup untuk membedakan antar spesies, dan dapat menunjukkan

variablitas rendah dalam individu yang termasuk spesies yang sama. Pemilihan jenis

DNA barcode dalam studi taksonomi harus memperhatikan beberapa hal yaitu harus
ada dalam semua taksa yang dibandingkan, memiliki pengetahuan tentang gen atau

wilayah genom lainnya untuk mengembangkan primer, tingkat evolusi gen harus

sesuai dengan tingkat takson yang diteliti, mudah dilakukan alignment, dan bersifat

homolog.

DNA barcode dapat diperoleh dari inti (nDNA), kloroplas (cpDNA) dan

mitokondria (mtDNA). Masing-masing sekuen DNA barcode memiliki karakteristik

yang spesifik. DNA barcode inti (nDNA) antara lain ITS, 18S, 26S, adh; sedangkan

DNA barcode klroplas antara lain rbcL, ndhF, atpB, matK, rpl16.

DNA kloroplas (cpDNA) memiliki karakteristik yaitu: mempunyai genom

berukuran kecil dan struktur yang stabil, (2) genom lebih konservatif dengan rata-rata

subtitusi nukleotida yang rendah dan (3) genom tidak mengalami rekombinasi dan
diturunkan secara uniparental. DNA kloroplas (cpDNA) berbentuk lingkaran dengan

rentang ukuran 85-2000 kilobasa (kb). cpDNA mengontrol produksi RNA transfer

(tRNA), RNA ribosomal (rRNA), dan sebagian besar protein yang terdapat di dalam

organel kloroplas.

Gen rbcL berukuran panjangs ekitar 1400 bp sehingga menyediakan banyak

karakter untuk kajian filogenetik. Peranan gen rbcL yang mengkode protein

RuBisCO diduga menyebabkan sekuen gen ini memiliki tingkat mutasi yang rendah
dibandingkan dengan gen barcode lain dalam cpDNA sehingga tingkat kesamaan

antar spesies cukup tinggi. Tingkat mutasi yang rendah ini memberikan keuntungan

untuk kajian mendalam tentang variasi genetik dan filogenetik interspesies.

Gen matK banyak digunakan dalam studi taksonomi dan filogenetik baik

intraspesies maupun interspesies pada angiospermae. Gen ini memiliki peran dalam

pemasakan, memiliki Panjang sekuen ± 1500 bp dan terletak diantara intron

kloroplas pada gen trnK (Simpson, 2006). Kecepatan substitusi gen matK 3 kali lebih
tinggi pada level nukleotida dan 6 kali lebih tinggi pada level asam amino bila

dibandingkan dengan gen rbcL.

1.2 Alur Kerja DNA Berkode

Identifikasi spesies melalui DNA Barcode biasanya dilakukan dengan

pengambilan sekuen pendek (sebagai barcode) dari suatu bagian genome yang

terstandar (yaitu wilayah gen yang spesifik). Sekuen barcode dari spesimen yang

tidak diketahui kemudian dibandingkan dengan pustaka sekuen barcode yang berasal

dari individu yang sudah diketahui identitasnya. Menunjukkan bagaimana “pustaka”

barcode dapat mendukung alur kerja taksonomi melalui “high throughput

identification” spesimen yang belum diketahui dan melalui bantuan pemberian

gambaran spesies baru atau spesies criptic’. Sekuen barcode dan data tambahan
untuk setiap spesimen dapat diakses melalui database secara online (BOLD system:

www. barcodinglife.org). Informasi tersebut dapat berguna untuk filogenetika

(proyek tree of life) dan kajian tingkat populasi. Sebagai tambahan, arsip DNA dan

jaringan spesimen dikoleksi oleh proyek Barcoding guna menyediakan sumber daya

penelitian lain. Sebuah spesimen dapat diidentifikasi jika cocok dengan salah satu

pustaka barcode. Jika tidak akan menjadi catatan sekuen barcode baru pada spesies
tertentu (yaitu suatu haplotipe baru atau varian geografis), atau dapat diduga sebagai

suatu spesies baru.

2. RNA

Secara umum proses replikasi RNA hampir sama dengan proses replikasi

DNA. Molekul RNA dapat dijumpai pada beberapa jenis virus seperti virus TMV

(Tobacco Mosaic Virus). Replikasi rantai tunggal RNA TMV membutuhkan:

1. Rantai cetakan RNA asli untuk direplikasi.

2. Enzim polimerase yang dikendalikan oleh RNA atau disebut replikase.

Sintesis RNA virus akan mengarah dari 5’ menjadi 3’, sama seperti DNA.

Dimulai dari ujung 3’ molekul asli. Replikasi RNA tidak memiliki mekanisme

reparasi menyebabkan laju mutasi pada virus TMV tinggi. Replikasi RNA TMV

dimulai pada saat inang terinfeksi oleh virus. Selanjutnya RNA inang yang masuk ke

dalam sel ditranslasi untuk menghasilkan beberapa kopi enzim replikase dan protein

selubung. Replikase mensintesis rantai pelengkap atau komplementer (rantai negatif)

dengan menggunakan rantai induk (rantai positif). Sintesis rantai baru (-) dilakukan

pada ujung 3’ molekul cetakan sehingga arah sintesis adalah dari 5’ 3’. Rantai baru

(-) digunakan sebagai cetakan rantai (+) dengan arah 5’ke 3’. Rantai (+) ini memiliki

rantai nukleotida yang sama dengan urutan nukleotida RNA virus yang menginfeksi
sel inang pertama kali.
 BAB III

PENUTUP

A. Kesimpulan

DNA barcode merupakan suatu Teknik menggunakan sekuen DNA yang

berukuran pendek, yang digunakan untuk mempercepat dan mempermudah proses

identifikasi suatu spesies. Identifikasi organisme yang pada awalnya hanya

berdasarkan karakter morfologi saat ini telah berkembang kearah taksonomi

molekular, dimana pengelompokan dilakukan berdasarkan kemiripan gen yang

dimiliki organisme. Namun, DNA barcode yang telah ada saat ini tidak bisa dipakai

bagi tumbuhan secara universal, karena adanya keragaman yang sangat tinggi pada

tumbuhan. DNA barcode merupakan salah satu pendekatan yang dapat digunakan

untuk menganalisis variasi genetik. DNA barcode dapat memberikan kontribusi kuat

untuk penelitian keanekaragaman hayati dan taksonomi.

B. Saran