REKAYASA GENETIKA

Rekayasa genetika adalah manipulasi atas materi genetik dengan cara

mengubah atau menghilangkan gen tertentu dengan memanfaatkan vektor maupun
sarana lain (seperti injeksi mikro, fusi protoplas, elektroporasi, kopresipitasi
kalsium fosfat, endositosis, proyektilmikro) untuk pemindahan gen atau fragmen
DNA. Klon rekombinan hasil rekayasa dipertahankan, diseleksi, dan
didayagunakan sebagai analisis genetik, diagnosa molekuler atas penyakit
manusia, terapi gen, sidik jari DNA, serta bioteknologi. Berbagai fenomena
genetik alami sebagai model alami dari teknologi rekayasa genetika antara lain
crossing over, gene pick up, tranduksi,-insersi, delesi, translokasi, fusi, dan fisi.

Teknik-teknik rekayasa genetika

1.Transfer vektor

Transfer vektor merupakan cara memasukan suatu gen ke sel baru dengan
menggunakan pembawa (carrier) khusus yang memanfaatkan proses alami seperti
pada transfer DNA oleh bakteri dan virus. Vektor yang digunakan adalah plasmid,
bakteriofage dan cosmid. Secara kimiawi vektor-vektor tersebut adalah molekul
DNA. Sebagai vektor suatu molekul DNA harus memiliki sifat-sifat yang harus
dimiliki DNA seperti di bawah ini :

1. Molekul DNA mampu melekukan replikasi sendiri maupun

replikasi segmen DNA yang diinsersikan bebas dari replikasi
kromosom sel inang dengan cara membuahi suatu “ori”
2. Molekul DNA harus mengandung sejumlah tapak pemutusan
enzim restriksi khusus yang bermanfaat untuk insersi segmen-
segmen DNA.
3. Molekul DNA harus membuhai suatu penenda yang dapat
dimanfaatkan (biasanya berupa gen-gen yang bertanggung jawab
terhadap resistansi) untuk identifikasi sel-sel inang yang
mengandungnya.
4. Molekul DNA harus mudah terbebas kembali dari sel inang.
 Selain sifat-sifat itu ada pula sifat lain yang diharapkan

1. Berat molekul rendah

2. Adanya kemampuan untuk memberikan sifat fenotip yang dipilih
dengan segera pada sel inang.
a. Plasmid

Contoh plasmid misalnya pSC101 (58M dal), ColE1 (4,2 M dal), dan
RSF2124 (7,4 M dal). Plasmid terbentuk secara alami invivo. Plasmid terdapat
pada E. coli (plasmid RSF2124 merupakan derifat dari plasmid ColE1). Plasmid-
plasmid itu terdapat pada E.coli (plasmid RSF2124 merupakan derivat dari
plasmid CoE1).

b. Bakteriofag

Bakteriofag yang banyak digunakan dalam teknologi DNA rekombinan

pada E.coli adalah fag ƛ. Derivat fag ƛ yang digunakan sebagai vektor transfer
sudah direkayasa sehingga hanya siklus titik saja. Derivat-derivat fag ƛ lebih dari
100 derivat yang dimanfaatkan sebagai vektor dibuat dengan cara membuang
berbagai bagian kelompok gen di daerah tengah.

Bakteriofag lain yang digunakan sebagai vektor salah satunya adalah M

13. Materi genetik pada M 13 berupa DNA unting tunggal. Jika M 13 menginfeksi
suatu sel bakteri, DNA unting tunggal bereplikasi menghasilkan suatu model
DNA unting ganda yang disebut RF (Replication Form). Molekul RF setara
dengan plasmid dan DNA asing dapat diinsersikan ke tapak-tapak pemutusan
enzim retriksi tunggal yang ada pada genom. Susunan dari molekul RF terdiri
dari suatu unting tunggal (+) yang mengandung satu unting segmen DNA yang
diinsersikan. Klon DNA unting tunggal yang di hasilkan oleh M 13 dapat
digunakan untuk pengurutan DNA atau sebagai templet untuk perubahan urut-
urutan klon akibat mutasi.

c. Kosmid (cosmid)

Kosmid adalah vektor yang dibangun/dibuat di laboratorium

memanfaatkan urut-urutan cos dan fag ƛ yang berguna untuk
pemasukan/pegumpulan kromosom ke dalam kepala fag dan memanfaatkan pula
urut-urutan (bagian tengah kosmid) untuk fungsi resistensi terhadap antibiotik
serta replikasi. Kosmid dirakit dari plasmid dan fag ƛ, contoh plasmid yang
digunakan Pbr322. Terikat dengan dasar rakitan plasmid suatu kosmid memliki
sebuah-urut-urutan on suatu penanda dominan yang dapat dipilih seperti amp.

d. Vektor ulang-alik (Shuttle vectors)

Vektor ulang alik atau shuttle vectors adalah vektor pengklon yang dapat
bereplikasi di dalam dua atau lebih mahkluk hidup inang.

3. Injeksi mikro, fusi protoplas, elektroporasi, kopresipitasi kalsium fosfat

dan endositosis, serta proyeksi mikro
 Pada injeksi mikro menggunakan jarum mikroskopis untuk memasukkan
DNA melalui membran sel sasaran, termasuk ke dalam inti sel. Pada fusi
protoplas terjadi pelarutan dua membran sel dari sel-sel yang berbeda sehingga
dua sel dapat di gabung menjadi satu, misalnya fusi antara sel sel-sel yang di
kultur dengan protoplas bakteri yang mengandung DNA eksogen. Suatu sistem
transformasi sederhana dikembangkan yang memanfaatkan liposom yang tersusun
dari suatu lipida kationik. Pemanfaatan liposom sebagai suatu sistem transformasi
atau transfeksi yang disebut sebagai lipofeksi (lipofection).

Pada teknik elektroporasi menggunakan listrik untuk menciptakan lubang

kecil di membran sel yang akan dimanfaatkan untuk pemindahan DNA ke dalam
sel. Berkenaan dengan elektroporasi informasi dari Old dan Primrose (1989)
menyebutkan bahwa pada pendedahan singkat kejutan listrik berkekuatan antara
4000-8000 V, sel-sel memperoleh DNA eksogen dan larutan sekitar (tampaknya
melalui lubang-lubang yang terbentuk sesaat pada membran plasma). Perlakuan
dengan coslmid sebelum kejutan listrik akan meningkatkan frekuensi efisien
transformasi. Teknik elektroporasi sukses pada tipe-tipe sel hewan.

Pada teknik kopresipitasi kalsium fosfat dan endositosis tampaknya butir-

butir kopresipitas kalsium fosfat dan DNA masuk ke dalam sel melalui
endositosis fagositosis. Pada teknik ini merupakan cara umum memasukkan suatu
DNA ke dalam sel-sel mamalia.

Pada teknik proyektil mikro, DNA ataupun RNA ditembakkan ke dalam

sel, teknik ini merupakan suatu cara yang sama sekali baru untuk memasukkan
asam nuklet ke dalam sel tumbuhan memanfaatkan kecepatan tinggi. Pada teknik
proyeksi mikro membutuhkan kultur sel ataupun perlakuan jaringan resipien.

Prosedur Dasar Teknologi DNA Rekombinan

Urutan proses yang menjadi prosedur dasar pada teknik DNA rekombinan
yang diperantai vektor akan dikemukakan lebih lanjut.
 1. Pembuatan fragmen DNA dengan bantuan enzim nuklease retriksi yang
mengenal dan memotong molekul DNA pada urut-urutan nukleotida yang
spesifik

2. Segmen-segmen digabung ke molekul DNA lain dengan bantuan vektor.

Vektor dapat bereplikasi secara otonom sehingga memfasilitasi manipulasi
dan identifikasi molekul DNA yang baru terbentuk.

3. Vektor yang sudah terinsersi segmen DNA ditransfer ke suatu sel inang.
Molekul DNA rekombinan direplikasi menghasilkan berlusin-lusin yang
disebut klon-klon.

4. Segmen-segmen DNA yang diklon dapat diambil dari sel inang,

dimurnikan dan dianalisis.

5. Sel-sel inang yang mengandung DNA rekombinan mewariskan kepada

seluruh sel turunan, menghasilkan suatu populasi sel-sel identik yang
semua membawahi urut-urutan yang diklon.

6. Secara potensial, DNA diklon dapat ditranskripsikan, RNA-d

ditranslasikan serta produk-produk gen diisolasi dan di kaji.

Peran Enzim Endonuklease Retristik

Prosedur dasar teknik DNA rekombinan yang diperantai oleh vektor enzim
endonuklease dibutuhkan untuk memotong molekul DNA dalam rangka
pembuatan fragmen DNA. Molekul DNA rekombinan tidak dapat dibentuk tanpa
bantuan enzim endunuklease restiksi. Enzim endonuklease retriksi terbagi
menjadi dua kelompok atau tipe (Russel, 1992).

Tipe I akan mengenali suatu urutan pasangan nukelotida yang spesifik

pada DNA dan selanjutnya memotong DNA pada suatu tapak tidak spesifik jauh
dari urutan. Enzim endonuklease restiksi tipe I tidak terlalu bermanfaat untuk
pembentukan molekul DNA rekombinan. Enzim endonuklease restiksi tipe II
suatu urutan pasangan nukleotida spesifik pada DNA namun tipe ini memotong
DNA di dalam urutan (Russel,1992). Enzim endonuklease restriksi bermanfaat
untuk pembentukan molekul DNA rekombinan.

Untuk pengenalan ezim endonuklease restriksi tipe II memeliki suatu

sumbu simetri yang melewati titik tengah urutan pengenalan (Russel, 1992).
Dalam urutan basa 5’- 3’ pada unting DNA sama dengan urutan basa 5’- 3’ pada
komplementernya.

Enzim endonuklease restriksi sudah diisolasi dari sejumlah besar strain

bakteri yang berbeda (Russel, 1992). Oleh karena itu setiap enzim memotong
DNA pada suatu pasangan nukleotida yang spesifik untuk enzim yang
bersangkutan, jumlah potongan yang dibuat enzim pada suatu molekul DNA
tertentu tergantung pada jumlah berapa kali urutan pengenalan ditemukan pada
DNA.

Enzim endonuklease restriksi tipe II menghasilkan ujung-ujung lancip

yang memiliki nilai khusus pada pengklonal fragmen-fragmen DNA jika kedua
ujung tajam hasil pemotongan bertemu dalam larutan, maka akan berbentuk
pasangan basa yang sempurna.

Peluang jumlah tapak pemutusan pada suatu DNA oleh enzim

endonuklease restriksi II dapat dihitung dalam kaitannya dengan jumlah pasangan
nukleotida pada setiap urutan pengenal, sepanjang keberadaan tiap pasangan
nukleotida bersifak acak.

Seleksi Klon Rekombinan

Southern mengembangkan suatu metode untuk mendeteksi fragmen-

fragmen di dalam sel agarose yang komplementer dengan urutan DNA atau RNA
tertentu. Metode ini dinamakan Soouthern Blotting. Pada Soouthern Blotting
dikembangkan untuk menganalisis RNA dan protein yang dikenal dengan
Nothern dan Western Blotting. Pada intinya, teknik blotting ini mentransfer makro
molekul dari gel yang berarti mereka telah dipisahkan secara elektroferesis ke
permukaan suatu membran. Sekali ditransformasi, makro molekul ini akan atau
dapat difiksasi secara permanen pada membran. Membran ini relatif mudah
ditangani dan dapat dipakai untuk berbagai macam teknik analisis. Sebagai
akibatnya, membran ini juga luas pemakaiaannya dalam mendeteksi dan
menganalisis asam dan protein.

Manfaat dan Resiko Rekayasa Genetika

Manfaat rekayasa genetika dapat dilihat kaitannya dengan analisis genetik,

diagnosis atas penyakit manusia, terapi gen, sidik jari DNA, serta bioteknologi
(Klug dkk, 1994).

Analisis Genetika

Para ahli genetika menggunakan teknik-teknik DNA rekombinan untuk

analisis genetik (Klug dkk, 1994). Teknik-teknik ini memungkinkan pengadaan
suatu kumpulan klon yang meliputi keseluruhan klon, demikian pula
memungkinkan pemetaan genetika maupun fisik yang lengkap, serta
memungkinkan penetapan urutan nukleotida dari keseluruhan kromosom. Peta
fisik yang dihasilkan memperlihatkan seluruh gen pada genom yang di tandai oleh
urutan nukleotida, tanpa pula memperhatikan mutan bahkan sering tanpa
dukungan pengetahuan awal tentang fungsi atau fenotip dari gen-gen yang
dipetakan. Hal ini menunjukkan kerja selanjutnya dapat dimulai dari tingkat
nukleotida hingga ke tingkat fenotip.

Analisis genetic manusia jika sudah memangkinkan orang membuat peta

kelamin genetic manusia antara lain dengan bantuan RFLP. Selanjutnya orang
juga sudah mencoba meneliti untuk mengklon gen-gen yang bertanggung jawab
terhadap kelamin genetik.

Diagnosis Moleculer atas Penyakit Manusia

Pemanfaatan urutan DNA yang diklon digunakan untuk pengamatan

langsung terhadap genotip dari pada pengamatan atas suatu produk gen yang
belum di kenal atau yang tidak terekspresi. Sebagai contoh deteksi molekuler
dapat dilakukan atas Thelessemia dan Sickle cell anemia.

Terapi Gen
 Kemampuan mengisolasi dan mengklon gen-gen spesifik manusia yang
pada mulanya dikembangkan sebagai suatu penelitian. Proses terapi semacam ini
di sebut terapi gen. Metode ini dikembangkan untuk memasukkan gen ke dalam
sel manusia, termasuk pemanfaatan vektor virus maupun fusi sel dengan vesikula
buatan yang mengandung urutan DNA yang diklon, transfer kimiawi yang
mendorong pengangkutan gen melewati membran sel jika sudah dilakukan.

Panduan terapi gen sudah disusun dan mencakup beberapa persyaratan

(Klug dkk., 1994) yang akan dikemukan lebih lanjut.

1) Gen harus diisolasi dan ditransfer.

2) Cara transfer gen yang efektif harus ada.
3) Jaringan target harus dapat dicapai, sebagai contoh percobaan terapi gen
yang pertama menggunakan sel-sel darah putih ataupun prekursornya
sebagai jaringan target.
4) Terapigen tidak boleh menyakiti pasien dan sudah tidak ada cara terapi
lain yang efektif.

Sidik Jari DNA

RFLP sudah digunakan untuk membedakan salinan gen yang normal dari
yang mutan dan dapat digunakan sebagai penanda polimorfisme tersebut
diwariskan dalam pola kodomain. Fenotip penanda dapat berupa susunan atau
deretan fragmen DNA berbagai ukuran yang ada pada southern blott, sesudah
DNA dipotong dengan suatu enzim endonuklease retriksi. Suatu tipe RFLP kedua
muncul dari variasi jumlah urutan berulang tandem. Urutan tersebut berasal dari
dua hingga dua puluh nukleotida. Urutan semacam itu tersebar luas pada genom
manusia, dan jumlah alela pada lokus-lokus tersebut berkisar antara dua hingga
lebih dari dua puluh. Lokus-lokus itu disebut VNTR (Variabel Number Tandem
Repeats).

Pola pita yang dihasilkan antatra lain urutan VNTR dipotong dengan
menggunakan enzim endonuklease retriksi dan divisualisasikan dengan southern
blotting itulah yang dikenal sebagai sidik jari DNA. RFLP tersebut ekuivalen
dengan sidik jari konvesional karena pola pita yang dihasilkan berbeda dari orang
ke orang.

Bioteknologi

Masing-masing jaringan dikendalikan oleh banyak gen. Jadi mengubah

bentuk tubuh maupun intelegensi manusia pada saat sekarang masih jauh dari
jangkauan teknologi genetika yang diketahui.

Catatan Lain Tentang Bioteknologi di Bidang Pertanian

Menurut Miklos dan Freyer (1990) kesulitan analitis genetis tanaman

disebaban oleh: (1) Pertumbuhan tanaman yang lambat dan umur pergantian
generasi yang lama, (2) besarnya genom tanaman, termasuk banyaknya
kromosom poliploidi, dan (3) dimilikinya “kotak kayu” yaitu dinding sel berupa
selulosa yang mengelilingi tanaman. Sehingga perlu dilakukan penelitian
mengenai sifat-sifat yang dikendalikan oleh gen tunggal.misalnya, seperti sifat
yang dikendalikan oleh banyak gen (Mutagen) sehingga sangat sulit direkayasa
dan di kendalikan.

Salah satu contoh mutagen ialah seperti fiksasi nitrogen yang dikendalikan
oleh lebih dari 15 gen yang berbeda dalam sistem bakteri/tanaman. Banyak gen
yang belum berhasil diisolasi (dipisahkan), bahkan ketika berhasil dipisahkan
ilmuwan masih harus mengatasi kesulitan dalam memindahkan gen-gen itu ke
dalam tubuh tanaman budidaya. Gen-gen itu harus diletakkan pada tempat tertentu
dalam kromosom tanaman agar dapat berfungsi. Kemudian meskipun tanaman
budidaya dapat menerima gen pemfiksasi nitrogen, masih belum diketahui
bagaimana caranya mengatur “kerja” dan “tidak kerja” gennya (“on” dan “off”).
Peneliti tumbuhan memiliki masalah dalam merekayasa secara genetis
pengembangan kemampuan tanaman dalam fotosintesis untuk mengatasi
kekeringan agar panen tetap meningkat.

Menciptakan Dasar yang Kokoh Bagi Keberhasilan Pengembangan

Rekayasa Genetika di Indonesia

Gagasan ini pernah dikemukakan pada Semnas Bioteknologi Pertanian di

IPB. Keinginan kita adalah supaya rekayasa genetika sebagai ilmu terapan biologi
dapat dikuasai dan dikembangkan. Usahanya adalah secepat mungkin
menciptakan dasar yang lebih kokoh bagi pengembangan rekayasa genetika yang
dilakukan, diharapkan lebih berhasil sehingga kita tidak hanya mampu melakukan
alih teknologi saja.

Dasar yang kokoh dalam pengembangan rekayasa di Indonesia tumbuh

dan berkembang bersama ilmu murni pendukungnya. Artinya ilmu murni
genetika, biokimia, biologi molekuler dan sebagainya harus tumbuh dan
berkembang. Hal tersebut harus ditunjang oleh tenaga handal dan prasarana yang
dibutuhkan

Upaya pengadaan tenaga handal yaitu dengan perbaikan dan pembenahan

jalur sekolah (pendidikan). Agar tenaga handal tersebut memiliki ilmu murni yang
kuat, sehingga banyak muncul karya penelitian murni yang dapat mendorong
pertumbuhan dan perkembangan ilmu murni dalam genetika, biokimia, biomol
dan lainnya. Atas dasar ilmu murni yang sudah berkembang diharapkan laju
pertumbuhan dan perkembangan ilmu terapam termasuk rekayasa genetika
semakin dipercepat.

Pertanyaan

1. Bagaimana perbedaan dari Enzim endonuklease retriksi tipe 1 dan tipe 2?

Jawab : Tipe I akan mengenali suatu urutan pasangan nukelotida yang
spesifik pada DNA dan selanjutnya memotong DNA pada suatu tapak
tidak spesifik jauh dari urutan. Enzim endonuklease restiksi tipe II suatu
urutan pasangan nukleotida spesifik pada DNA namun tipe ini memotong
DNA di dalam urutan. Enzim endonuklease restriksi tipe II menghasilkan
ujung-ujung lancip yang memiliki nilai khusus pada pengklonal fragmen-
fragmen DNA jika kedua ujung tajam hasil pemotongan bertemu dalam
larutan, maka akan berbentuk pasangan basa yang sempurna.
2. Jelaskan yang dimaksud dengan kosmid !
Jawab: Kosmid merupakan vektor yang dibangun di laboratorium
memanfaatkan urut-urutan cos dan fag ƛ yang berguna untuk
pemasukan/pegumpulan kromosom ke dalam kepala fag dan
memanfaatkan pula urut-urutan (bagian tengah kosmid) untuk fungsi
resistensi terhadap antibiotik serta replikasi. Kosmid dirakit dan plasmid
dan fag.
 RESUME

STRUKTUR GENETIKA POPULASI

Disusun Untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Genetika II yang dibimbing oleh

Ibu Prof. Dr. Hj. Siti Zubaidah, M.Pd dan bapak Deny Setiawan, M.Pd

Oleh:
Kelompok 2/Off B
S1 Pendidikan Biologi
Binazir Tuza Qiyah Ma’rufah 170341615065
Nida Layli Asfia 170341615020

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

JURUSAN BIOLOGI

November 2019