LKM PERTEMUAN 6

METABOLISME DAN INFORMASI GENETIKA

DNA SEBAGAI MATERI GENETIK, REPLIKASI

Kelompok 2

1. Wahid Miftahuddin (06101281823029)

2. Dwi Fitri Surya Desita (06101181823001)

3. Galluh Apda (06101181823067)

1. ORIENTASI MASALAH

Bacalah materi dan amatilah video pembelajaran pertemuan 6 yang telah disajikan. Dari
tayangan percobaan Grififith apa yang saudara dapat analisis ? Selanjutnya dari percobaan
Matthew Meselson dan Franklin Stahl apa yang dapat saudara analisis ?

Jawab :
Dari video percobaan Grififith yang dapat dianalisis adalah Grififth meenyimpulkan
bahwa ada sesuatu (materi genetik) dari komponen penyusun sel virus S yang dapat
mengubah virus R yang awalnya tidak ganas menjadi ganas dan menyebakan tikus mati.

Dengan hasil percobaan Griffith menyimpulkan bahwa telah terjadi perubahan

(transformasi) sifat strain R menjadi S. transformasi terjadi karena ada sesuatu yang
dipindahkan dari sel-sel strain S yang telah mati (dipanaskan) ke strain R yang masih hidup
sehingga strain R yang semula tidak dapat membentuk kapsul berubah menjadi strain S yang
dapat membentuk kapsul dan bersifat virulen.

Analisis yang dilakukan pada percobaan Matthew Meselsonand Franklin Stahl adalah
replikasi DNA mengikuti semikonservasi pada 1958 oleh M.S. Meselson dan F. W. Stahl.
Hasil mereka menunjukkan bahwa kromosom (sekarang diketahui sebagai bagian dari seuntai
dari double helix-DNA Watson Crick) dari daerah colon yaitu Escherichia coli adalah
replikasi semikonservatif.

2. PENCETUSAN IDE
Berdasarkan pengamatan saudara diskusikan dengan kelompok saudara hal-hal berikut ini :
Penjelasan dari percobaan Grififith dan penjelasan dari percobaan Matthew Meselson dan
Franklin Stahl.

Jawab :
Dari video percobaan Grififith yang dapat dijelaskan adalah bahwa ada dua jenis
strain yaitu strain S dan strain R, yang keduanya merupakan strain dari streptococcus
pneumonia yang menyebabkan penyakit pneumonia. Dia mempunyai 2 strain bakteri, yaitu
yang dapat menyebabkan penyakit dan lainnya tidak. Adanya selubung kapsul menyebabkan
permukaan bakteri tersebut halus (smooth). Bakteri ini disebut juga bakteri tipe S (singkatan
dari smooth). Bakteri yang tidak berbahaya, mempunyai permukaan sel yang kasar, karena
tidak diselubungi oleh kapsul. Bakteri ini disebut bakteri tipe R (singkatan dari rough).

Berikut ringkasan penjelasan dari percobaan Grififth :

1. Pada percobaan pertama, Grififth menyuntikkan strain S kepada tikus dan hasilnya
tikus tersebut mati.
2. Kemudian pada percobaan kedua, dia menyuntikkan strain R pada tikus dan hasilnya
tikus tersebut tetap hidup.
3. Lalu pada percobaan dengan melakukan pemanasan terlebih dahulu pada strain S
dengan tujuan mematikan bakteri tersebut dan selanjutnya disuntikkan pada tikus
maka hasilnya tikus tersebut tetap hidup. Dari sini dia menyimpulkan bahwa strain S
dapat menyebabkan tikus mati apabila dalam keadaan hidup.
4. Lalu percobaan terakhir dengan mencampurkan strain S yang telah dipanaskan tadi
dengan strain R, setelah itu disuntikkan kepada tikus maka hasilnya tikus tersebut
mati.
 Pada akhirnya Grififith menyimpulkan bahwa bakteri kasar (R) itu menyerap materi
genetik dari bakteri halus (S) yang dipanaskan tadi, serta diprediksi adanya transformasi,
yaitu perubahan genotip dan fenotip yang disebabkan oleh asimilasi DNA eksternal. Namun
grififith belum tahu materi genetik apa yang menyebabkan terjadinya proses transformasi saat
itu.

Percobaan Matthew Meselson and Franklin Stahl

Pada tahun 1957 oleh M.S Meselson dan F.W Stahl berhasil menujukkan secara
empirik bahwa replikasi DNA berlangsung dengan mekanisme secara semikonservatif
menggunakan percobaan yang disebut density transfer experiments. Pertama, E. Coli
ditumbuhkan dalam medium yang mengandung nitrogen berat, yakni isotop 15
N selama
beberapa generasi. Efeknya, basa-basa nitrogen pada molekul DNA akan terlabel isotop
berat. Setelah itu bakteri ditumbuhkan kembali pada medium yang mengandung 14N (nitrogen
ringan). Pada waktu tertentu setelah dipanen dan DNA-nya diisolasi. Isolat DNA kemudian
disentrifugasi dengan ultrasentrifugasi gradien CsCl (prosedur equilibrium density-gradient
centrifugation) untuk menentukan densitas molekul DNA-nya. Hasil pengukuran
memperlihatkan pada generasi pertama semua DNA memiliki densitas molekul hibrid, yaitu
densitas yang dihasilkan gabungan molekul DNA yang mengandung 14N dan 15N, sedangkan
pada generasi selanjutnya, densitas molekul DNA terdiri dari kelompok DNA dengan
densitas molekul hibrid dan kelompok DNA dengan densitas yang lebih rendah dari molekul
hibrid. Kelompok kedua ini terdiri dari molekul DNA yang mengandung 14
N. Hal ini
membuktikan terjadinya replikasi DNA secara semikonservatif. Pada replikasi
semikonservatif ini, tangga berpilin DNA mengalami pembukaan terlebih dahulu sehingga
kedua untai polinukleotida akan saling terpisah. Masing-masing untai polinukleotida tetap
dipertahankan dan akan bertindak sebagai cetakan bagi pembentukan untai polinukleotida
baru.

Percobaan yang dapat membuktikan bahwa replikasi DNA berjalan secara semi
konservatif ini dilakukan dengan menggunakan bakteri E. coli. Berikut adalah langkah-
langkah percobaan yang dilakukan oleh Meselson dan Stahl.

1. Meselson dan Stahl menumbuhkan E. coli selama bergenerasi pada medium yang
mengandung isotop 15N sebagai pengganti isotop normalnya yaitu 14Nyang lebih
ringan. Purin dan pirimidin mengandung nitrogen, sehingga nantinya  semua purin
dan pirimidin dari bakteri yang dibiakkan ini mengandung isotop15N. Dengan
demikian massa jenis bakteri 15N akan lebih besar dari massa jenis bakteri 14N.
2. Saat dilakukan percobaan ini telah diketahui adanya prosedur teknik pemisahan
molekul berdasarakan massa jenisnya yang dikenal dengan sebutan equilibrium
density centrifugation.
3. Untuk mengetahui teori mana yang berlaku dalam replikasi DNA, maka Meselson dan
Stahl dapat mengetahuinya dari pencatatan perubahan komponen massa jenus DNA
sel yang ditumbuhkan pada medium 15N dan kemudian di pindahkan ke medium 14N.
Massa jenis DNA kurang lebih sama dengan massa jenis larutan garam berat.seperti
Cesium Klotida (CsCl). Massa jenis DNA yang memiliki isotop 14N sebesar 1,710
g/cm3, sedangkan DNA dengan isotop 15Nmemiliki massa jenis 1,724 g/cm 3. Dengan
sentrifugasi kecepatan tinggi dan waktu tertentu maka dapat dipisahkan antara
molekul dengan massa jenis tinggi dan molekul dengan massa jenis rendah secara
bergradien dari bagian atas tabung sampai ke bagian bawahnya
4. Setelah membiakkan bakteri bakteri dalam medium dengan isotop 15N, maka
Meselson dan Stahl memindahkan bakteri untuk dibiakkan di medium dengan
isotop14N.
5. Setelah dibiakkan dalam waktu tertentu maka sebagian bakteri dianalisis dengan
teknik CsCl equilibrium density centrifugation. Analisis dilakukan pada berbagai
generasi.
3. PENSTRUKTURAN IDE

Dari pencetusan ide tersebut diskusikan dalam kelompok saudara. Bagaimana Grififith
melakukan percobaan tersebut ? Mengapa pada percobaan Matthew Meselson dan Franklin
Stahl menggunakan radioaktif ?

Jawab :

Berikut ringkasan dari percobaan Grififth :

1. Pada percobaan pertama, Grififth menyuntikkan strain S kepada tikus dan hasilnya
tikus tersebut mati.
2. Kemudian pada percobaan kedua, dia menyuntikkan strain R pada tikus dan hasilnya
tikus tersebut tetap hidup.
3. Lalu pada percobaan dengan melakukan pemanasan terlebih dahulu pada strain S
dengan tujuan mematikan bakteri tersebut dan selanjutnya disuntikkan pada tikus
maka hasilnya tikus tersebut tetap hidup. Dari sini dia menyimpulkan bahwa strain S
dapat menyebabkan tikus mati apabila dalam keadaan hidup.
4. Lalu percobaan terakhir dengan mencampurkan strain S yang telah dipanaskan tadi
dengan strain R, setelah itu disuntikkan kepada tikus maka hasilnya tikus tersebut
mati.

Kromosom terdapat di dalam gen. Komponen kimiawi kromosom, DNA dan protein,
perlu pembuktian yang mana yang merupakan materi genetik. Seorang ahli kesehatan dari
Inggris, Frederick Griffith, mempelajari penyebab penyakit pneumonia pada mamalia, yaitu
bakteri Streptococcus pneumoniae. Ia mempunyai 2 strain bakteri, yaitu yang dapat
menyebabkan penyakit dan lainnya tidak. Bakteri penyebab penyakit mempunyai ciri
spesifik, yaitu adanya kapsul yang menyelubungi seluruh sel. Selubung kapsul menyebabkan
permukaan bakteri tersebut halus (smooth), bakteri yang memiliki selubung ini disebut juga
bakteri tipe S (singkatan dari smooth).

Pada percobaan Matthew Meselson dan Franklin Stahl mengenai replikasi DNA yang
berlangsung secara semikonservatif, mereka menggunakan radioaktif adalah bertujuan untuk
memudahkan mereka dalam mengenali masing-masing untai DNA yang mengalami replikasi.

4. APLIKASI

Berdasarkan penstrukturan ide tersebut bahaslah bersama kelompok saudara hal-hal berikut
dibawah ini :
a. Mengapa DNA dikatakan sebagai materi genetik ?

Jawab :

DNA dapat dikatakan sebagai materi genetik adalah berdasarkan percobaan yang
terkenal yaitu percobaan Grififith yang menyatakan bahwa ada sesuatu dari bakteri S yang
dapat ditransformasikan ke bakteri R sehingga dapat menghasilkan bakteri baru yang
memiliki sifat ganas seperti bakteri S. Namun, pada saat itu Grififith belum mengetahui
apakah yang dapat menyebabkan bakteri R menjadi bersifat seperti bakteri S. Maka sekitar 14
tahun kemudian, percobaan Griffith dilanjutkan oleh Oswald Avery, Colin MacLeod dan
McCarty. Bersama-sama teman-temannya dia menggunakan kultur bakteri tipe S yang telah
mati karena pemanasan. Mereka memecah sel bakteri dengan detergen dan menggunakan
sentrifus memisahkan komponen sel (ekstrak sel) dengan penyusun sel lainnya. Ekstrak sel
bakteri tersebut kemudian diinkubasi bersama kultur bakteri R yang hidup, kemudian
ditumbuhkan pada media kultur di petridish. Adanya pertumbuhan bakteri S pada media
kultur menunjukkan bahwa ekstrak mengandung prinsip transformasi, yaitu materi genetik
dari bakteri S mengubah bakteri R menjadi bakteri S. Avery dkk menduga bahwa satu
diantara komponen makromolekul yang terdapat di dalam ekstrak polisakarida, protein,
RNA, dan DNA adalah penyebab transformasi.
Untuk menentukan penyebab transformasi, komponen penyusun sel dirusak satu per
satu dengan menggunakan enzim yang spesifik untuk substansi tersebut. Contoh : untuk
merusak protein menggunakan enzim protease, untuk merusak RNA menggunakan enzim
ribonuklease. Hasil percobaan Avery dkk membuktikan bahwa degradasi komponen–
komponen penyusun sel tidak menghalangi berlangsungnya prinsip transformasi, kecuali
ketika molekul DNA dirusak dengan menggunakan enzim deoksiribonuklease. Maka dari hal
tersebut disimpulkan bahwa DNA berperan sebagai penyimpan informasi genetik.

b. Mengapa replikasi terjadi secara semikonservatif ?

Jawab :

Replikasi DNA terjadi secara semikonservatif berawal dari hipotesa Watson-Crick

yang mengusulkan bahwa tiap untaian ganda DNA dapat digunakan sebagai suatu cetakan
bagi repliksai DNA keturunana/anak yang bersifat komplementer. Dengan cara ini, dua
dupleks keturunan molekul-molekul DNA yang sama dengan DNA induk akan terbentuk,
masing-masing mengandung satu untaian utuh dari DNA induk. Hipotesis ini kemudian
dibuktikan oleh Matthew Meselson dan Franklin Stahl pada tahun 1957 seperti yang
dijelaskan sebelumnya.

c. Bagaimana Polymerase Chain Reaction (PCR) memperbanyak DNA ?

Jawab :

Teknik PCR adalah teknik untuk memperbanyak DNA secara in Vitro. Mesin ini ditemukan
oleh Kary Mulis dkk yang mendapatkan nobel pada tahun 1993. Proses PCR terdiri dari tiga
tahap yaitu :

1. Denaturasi
Pada denaturasi, DNA untai ganda dipisahkan pada suhu 95℃ sehingga menjadi
DNA untai tunggal. Diperlukan adanya suatu primer sebagai pemicu dalam
pembuatan rantai DNA. Primer yang digunakan umumnya adalah berupa
oligonukleotida dengan panjang 15-20 pasang basa.
2. Annealing
Pada tahap annealing temperatur diturunkan sampai 55℃ , sehingga primer tadi dapat
menempel pada DNA target.
3. Ekstensi
Pada tahap ini temperatur dinaikkan kembali pada suhu 72℃ agar terjadi
pemanjangan DNA oleh enzim polimerase.

Siklus 1 dapat menghasilkan 2 amplikon (DNA target yang telah digandakan). Kemudian
pada siklus 2 menghasilkan 4 amplikon serta pada siklus 3 menghasilkan 8 amplikon. Hal
tersebut dapat berjalan berulang-ulang. Dalam beberapa jam dapat dihasilkan miliaran salinan
segmen DNA target.

5. REFLEKSI

Buatlah kesimpulan materi yang telah saudara bahas.

Jawab :

Dapat diambil kesimpulan bahwa DNA dikatakan sebagai materi genetik berkat pembuktian
yang dilakukan pada percobaan Grififth dan dilanjutkan oleh percobaan Oswald Avery dkk.
Replikasi DNA terjadi secara semikonservatif, hal ini didukung oleh percobaan yang
dilakukan oleh Matthew Meselson dan Franklin Stahl. Salinan DNA juga dapat diproduksi
cepat dengan cara menggunakan alat PCR.
Sumber Referensi

Henuhili, Victoria. 2013. Genetika Molekular. Yogyakarta : FMIPA Jurdik Biologi UNY.

Lehninger, A.L. Dasar-Dasar Biokimia Jilid 3 (Terjemahan Maggy Thenawijaya). Jakarta :

Erlangga.

Nusantari, Elya. 2014. Genetika. Yogyakarta : Deepublish.