Fungsi Bahan Genetik

Pada tahun 1865, Mendel menunjukkan bahwa "Merkmalen" (sekarang "gen") mentransmisikan informasi
genetik, dan pada bagian pertama abad kedua puluh, pola penularannya dipelajari secara luas. Meskipun studi
genetik klasik ini memberikan sedikit wawasan tentang sifat molekuler gen, mereka menunjukkan bahwa
materi genetik harus melakukan tiga fungsi penting: 1. Fungsi genotipik, replikasi. Materi genetik harus
menyimpan informasi genetik dan secara akurat mentransmisikan informasi tersebut dari orang tua kepada
keturunannya, generasi ke generasi. 2. Fungsi fenotipik, ekspresi gen. Bahan genetik harus mengendalikan
perkembangan fenotip organisme. Artinya, materi genetik harus menentukan pertumbuhan organisme dari
zigot bersel tunggal hingga orang dewasa yang matang. 3. Fungsi evolusi, mutasi. Materi genetik harus
mengalami perubahan untuk menghasilkan variasi yang memungkinkan organisme beradaptasi dengan
modifikasi di lingkungan sehingga evolusi dapat terjadi. Studi genetik awal lainnya membentuk korelasi yang
tepat antara pola penularan gen dan perilaku kromosom selama reproduksi seksual, memberikan bukti kuat
bahwa gen biasanya terletak pada kromosom. Dengan demikian, upaya lebih lanjut untuk menemukan dasar
kimia hereditas difokuskan pada molekul yang ada dalam kromosom. Kromosom terdiri dari dua jenis molekul
organik besar (makromolekul) yang disebut protein dan asam nukleat. Asam nukleat terdiri dari dua jenis:
asam deoksiribonukleat (DNA) dan asam ribonukleat (RNA). Selama tahun 1940-an dan awal 1950-an, hasil
percobaan elegan dengan jelas menetapkan bahwa informasi genetik disimpan dalam asam nukleat, bukan
dalam protein. Pada sebagian besar organisme, informasi genetik dikodekan dalam struktur DNA. Namun,
pada banyak virus kecil, informasi genetik dikodekan dalam RNA.

Bukti Bahwa Informasi Genetis Tersimpan dalam DNA

Beberapa baris bukti tidak langsung menunjukkan bahwa DNA menyimpan informasi genetik organisme hidup.
Sebagai contoh, sebagian besar DNA sel terletak di kromosom, sedangkan RNA dan protein juga berlimpah di
sitoplasma. Juga, ada korelasi yang tepat antara jumlah DNA per sel dan jumlah set kromosom per sel.
Sebagian besar sel somatik dari organisme diploid mengandung dua kali jumlah DNA sebagai sel kuman
haploid (gamet) dari spesies yang sama. Komposisi molekul DNA adalah sama (dengan pengecualian langka) di
semua sel organisme, sedangkan komposisi RNA dan protein sangat bervariasi dari satu jenis sel ke yang lain.
DNA lebih stabil daripada RNA atau protein. Karena materi genetik harus menyimpan dan mengirimkan
informasi dari orang tua ke anak, kita mungkin mengharapkannya stabil, seperti DNA. Meskipun korelasi ini
sangat menunjukkan bahwa DNA adalah bahan genetik, mereka tidak membuktikannya.

BUKTI BAHWA DNA MEMAHAMI TRANSFORMASI

Penemuan transformasi Frederick Griffith di Streptococcus pneumoniae dibahas dalam Bab 8. Ketika Griffith
menyuntikkan bakteri Tipe IIIS yang terbunuh secara panas (virulen ketika hidup) dan bakteri hidup Tipe IIR
(avirulent) ke dalam tikus, banyak dari tikus yang dikembangkan pneumonia dan mati, dan sel hidup Tipe IIIS
pulih dari bangkainya. Sesuatu dari sel-sel yang terbunuh dengan panas — “prinsip transformasi” —telah
mengubah sel Tipe IIR langsung menjadi Tipe IIIS. Pada tahun 1931, Richard Sia dan Martin Dawson melakukan
percobaan yang sama secara in vitro, menunjukkan bahwa tikus tidak memainkan peran dalam proses
transformasi (Gambar 9.1). Eksperimen Sia dan Dawson mengatur panggung untuk demonstrasi Oswald Avery,
Colin MacLeod, dan Maclyn McCarty bahwa "prinsip transformasi" pada S. pneumoniae adalah DNA. Avery dan
rekannya menunjukkan bahwa DNA adalah satu-satunya komponen sel Tipe IIIS yang diperlukan untuk
mengubah sel Tipe IIR menjadi Tipe IIIS (Gambar 9.2). Tetapi bagaimana mereka bisa yakin bahwa DNA itu
benar-benar murni? Membuktikan kemurnian zat makromolekul sangat sulit. Mungkin persiapan DNA
mengandung beberapa molekul protein, dan protein yang terkontaminasi ini bertanggung jawab untuk
transformasi yang diamati. Eksperimen yang paling pasti dalam bukti Avery, MacLeod, dan McCarty bahwa
DNA adalah prinsip transformasi melibatkan penggunaan enzim yang mendegradasi DNA, RNA, atau protein.
Dalam percobaan terpisah, DNA yang sangat murni dari sel Tipe IIIS diperlakukan dengan enzim (1)
deoksiribonuklease (DNase), yang mendegradasi DNA, (2) ribonuklease (RNase), yang mendegradasi RNA, atau
(3) protease, yang mendegradasi protein; DNA kemudian diuji kemampuannya untuk mengubah sel Tipe IIR
menjadi Tipe IIIS. Hanya pengobatan DNase yang memiliki efek pada aktivitas transformasi dari persiapan DNA
- ini menghilangkan semua aktivitas transformasi (Gambar 9.2). Meskipun mekanisme molekuler dimana
transformasi terjadi tetap tidak diketahui selama bertahun-tahun, hasil dari Avery dan rekan kerja dengan jelas
menetapkan bahwa informasi genetik dalam Streptococcus hadir dalam DNA. Para ahli genetika sekarang tahu
bahwa segmen DNA dalam kromosom Streptococcus yang membawa informasi genetik yang menetapkan
sintesis kapsul Tipe III secara fisik dimasukkan ke dalam kromosom sel penerima Tipe IIR selama proses
transformasi.

BUKTI BAHWA DNA MEMBAWA INFORMASI GENETIK DI BACTERIOPHAGE T2

Bukti tambahan yang menunjukkan bahwa DNA adalah bahan genetik diterbitkan pada tahun 1952 oleh Alfred
Hershey (pemenang Hadiah Nobel 1969) dan Martha Chase. Hasil percobaan mereka menunjukkan bahwa
informasi genetik dari virus bakteri tertentu (bacteriophage T2) hadir dalam DNA-nya. Hasil mereka memiliki
dampak besar pada penerimaan ilmuwan akan DNA sebagai bahan genetik. Dampak ini adalah hasil dari
kesederhanaan percobaan Hershey-Chase. Virus adalah organisme hidup terkecil; mereka hidup, setidaknya
dalam arti bahwa reproduksi mereka dikendalikan oleh informasi genetik yang disimpan dalam asam nukleat
melalui proses yang sama seperti pada organisme seluler (Bab 8). Namun, virus adalah parasit aselular yang
hanya dapat bereproduksi dalam sel inang yang sesuai. Reproduksi mereka sepenuhnya tergantung pada
mesin metabolisme (ribosom, sistem penghasil energi, dan komponen lainnya) dari inang. Virus sangat
berguna dalam mempelajari banyak proses genetik karena strukturnya yang sederhana dan komposisi
kimianya (banyak mengandung hanya protein dan asam nukleat) dan reproduksi yang sangat cepat (15 hingga
20 menit untuk beberapa virus bakteri dalam kondisi optimal). Bacteriophage T2, yang menginfeksi basil kolon
yang umum, Escherichia coli, tersusun atas sekitar 50 persen DNA dan sekitar 50 persen protein (Gambar 9.3).
Eksperimen sebelum 1952 menunjukkan bahwa semua reproduksi bakteriofag T2 terjadi di dalam sel E. coli.
Karena itu, ketika Hershey dan Chase menunjukkan bahwa DNA partikel virus memasuki sel, sedangkan
sebagian besar protein virus tetap teradsorpsi ke bagian luar sel, implikasinya adalah bahwa informasi genetik
yang diperlukan untuk reproduksi virus ada dalam DNA. . Dasar dari percobaan Hershey-Chase adalah bahwa
DNA mengandung fosfor tetapi tidak ada sulfur, sedangkan protein mengandung sulfur tetapi hampir tidak ada
fosfor. Dengan demikian, Hershey dan Chase mampu memberi label secara spesifik baik (1) DNA fag dengan
pertumbuhan dalam media yang mengandung isotop radioaktif fosfor, 32P, sebagai pengganti isotop normal,
31P; atau (2) mantel protein fag dengan pertumbuhan dalam medium yang mengandung sulfur radioaktif, 35S,
menggantikan isotop normal, 32S (Gambar 9.3). Ketika partikel fag T2 berlabel 35S dicampur dengan sel E.coli
selama beberapa menit dan sel yang terinfeksi fag kemudian dikenakan kekuatan geser dalam blender Waring,
sebagian besar radioaktivitas (dan dengan demikian protein) dapat dihilangkan dari sel tanpa mempengaruhi
produksi fag progeni. Ketika partikel T2 di mana DNA diberi label dengan 32P digunakan, pada dasarnya,
semua radioaktivitas ditemukan di dalam sel; artinya, DNA tidak dapat dihilangkan dengan mencukur dalam
blender. Mantel fag yang dicukur dipisahkan dari sel yang terinfeksi oleh sentrifugasi kecepatan rendah, yang
pelet (sedimen) sel sambil meninggalkan partikel fag ditangguhkan. Hasil ini menunjukkan bahwa DNA virus
memasuki sel inang, sedangkan mantel protein tetap berada di luar sel. Karena virus progeni diproduksi di
dalam sel, hasil Hershey dan Chase menunjukkan bahwa informasi genetik yang mengarahkan sintesis molekul
DNA dan mantel protein dari progeni virus harus ada dalam DNA induk. Selain itu, partikel progeni terbukti
mengandung sebagian 32P, tetapi tidak ada 35S fag induk. Ada satu masalah dengan bukti Hershey dan Chase
bahwa materi genetik fag T2 adalah DNA. Hasil mereka menunjukkan bahwa sejumlah besar 35S (dan dengan
demikian protein) disuntikkan ke dalam sel inang dengan DNA. Dengan demikian, dapat diperdebatkan bahwa
fraksi kecil protein fag ini mengandung informasi genetik. Baru-baru ini, para ilmuwan telah mengembangkan
prosedur di mana protoplas (sel dengan dinding dihilangkan) dari E. coli dapat terinfeksi dengan DNA fag
murni. Fag progeni infektif normal diproduksi dalam percobaan ini, yang disebut eksperimen transfeksi,
membuktikan bahwa bahan genetik virus bakteri tersebut adalah DNA.

BUKTI BAHWA RNA MENYIMPAN INFORMASI GENETIK DALAM BEBERAPA VIRUS

Ketika semakin banyak virus diidentifikasi dan dipelajari, menjadi jelas bahwa banyak di antara mereka
mengandung RNA dan protein, tetapi tidak ada DNA. Dalam semua kasus yang diteliti hingga saat ini, jelas
bahwa virus RNA ini - seperti semua organisme lain - menyimpan informasi genetik mereka dalam asam
nukleat daripada dalam protein, meskipun dalam virus ini asam nukleatnya adalah RNA. Salah satu percobaan
pertama yang menetapkan RNA sebagai bahan genetik dalam virus RNA adalah apa yang disebut sebagai
percobaan pemulihan Heinz Fraenkel-Conrat dan rekan kerja, yang diterbitkan pada tahun 1957. Eksperimen
mereka yang sederhana, tetapi pasti, dilakukan dengan virus tembakau mosaik (TMV) , virus kecil yang
tersusun atas molekul tunggal RNA yang dienkapsulasi dalam lapisan protein. Strain TMV yang berbeda dapat
diidentifikasi berdasarkan perbedaan komposisi kimia dari mantel protein mereka. Fraenkel-Conrat dan
rekannya memperlakukan partikel TMV dari dua strain berbeda dengan bahan kimia yang memisahkan mantel
protein dari virus dari molekul RNA dan memisahkan protein dari RNA. Kemudian mereka mencampurkan
protein dari satu galur dengan molekul RNA dari galur lain dalam kondisi yang menghasilkan rekonstitusi virus
infektif komplit yang terdiri dari protein dari satu galur dan RNA dari galur lainnya. Ketika daun tembakau
terinfeksi dengan virus campuran yang dilarutkan ini, virus progeni selalu identik secara genotip dan genotip
dengan strain induk dari mana RNA diperoleh (Gambar 9.4). Dengan demikian, informasi genetik TMV
disimpan dalam RNA, bukan dalam protein.

Struktur DNA dan RNA

Informasi genetik semua organisme hidup, kecuali virus RNA, disimpan dalam DNA. Apa struktur DNA, dan
dalam bentuk apa informasi genetik disimpan? Apa ciri-ciri struktur DNA yang memfasilitasi transmisi akurat
informasi genetika dari generasi ke generasi? Jawaban atas pertanyaan-pertanyaan ini tanpa diragukan lagi
adalah tiga aspek terpenting dari pemahaman kita tentang hakikat kehidupan.

SIFAT DARI SUBUNIT KIMIA DALAM DNA DAN RNA

Asam nukleat, komponen utama nuklein Miescher, adalah makromolekul yang terdiri dari subunit berulang
yang disebut nukleotida. Setiap nukleotida terdiri dari (1) gugus fosfat, (2) gula lima karbon, atau pentosa, dan
(3) senyawa yang mengandung nitrogen siklik yang disebut basa (Gambar 9.5). Dalam DNA, gula adalah 2-
deoksiribosa (demikian nama asam deoksiribonukleat); dalam RNA, gula adalah ribosa (asam ribonukleat).
Empat basa yang berbeda umumnya ditemukan dalam DNA: adenin (A), guanin (G), timin (T), dan sitosin (C).
RNA juga biasanya mengandung adenin, guanin, dan sitosin tetapi memiliki basa yang berbeda, urasil (U),
sebagai pengganti timin. Adenin dan guanin adalah basa cincin ganda yang disebut purin; sitosin, timin, dan
urasil adalah basa cincin tunggal yang disebut pirimidin. Baik DNA dan RNA, oleh karena itu, mengandung
empat subunit yang berbeda, atau nukleotida: dua nukleotida purin dan dua nukleotida pirimidin (Gambar
9.6). Dalam polinukleotida seperti DNA dan RNA, subunit-subunit ini bergabung bersama dalam rantai panjang
(Gambar 9.7). RNA biasanya ada sebagai polimer beruntai tunggal yang tersusun dari urutan panjang
nukleotida. DNA memiliki satu tambahan — dan sangat penting — tingkat organisasi: biasanya molekul
beruntai ganda.

STRUKTUR DNA: THE DOUBLE HELIX

Salah satu terobosan paling menarik dalam sejarah biologi terjadi pada tahun 1953 ketika James Watson dan
Francis Crick (Gambar 9.8) menyimpulkan struktur DNA yang benar. Model double-helix molekul DNA mereka
segera menyarankan mekanisme elegan untuk transmisi informasi genetik (lihat Milestone dalam Genetika:
Helix Ganda pada situs Sahabat Siswa). Struktur heliks ganda Watson dan Crick didasarkan pada dua jenis bukti
utama: 1. Ketika Erwin Chargaff dan rekannya menganalisis komposisi DNA dari banyak organisme yang
berbeda, mereka menemukan bahwa konsentrasi timin selalu sama dengan konsentrasi adenin dan
konsentrasi sitosin selalu sama dengan konsentrasi guanin (Tabel 9.1). Hasil mereka sangat menyarankan
bahwa timin dan adenin serta sitosin dan guanin hadir dalam DNA dalam beberapa hubungan yang tetap. Data
mereka juga menunjukkan bahwa konsentrasi total pirimidin (timin ditambah sitosin) selalu sama dengan
konsentrasi total purin (adenin plus guanin; lihat Tabel 9.1). 2. Ketika sinar X difokuskan melalui serat molekul
yang dimurnikan, sinar tersebut dibelokkan oleh atom-atom molekul dalam pola tertentu, yang disebut pola
difraksi, yang memberikan informasi tentang pengorganisasian komponen-komponen molekul. Pola difraksi
sinar-X ini dapat direkam pada film sinar-X yang sensitif seperti halnya pola cahaya dapat direkam dengan
kamera dan film yang peka terhadap cahaya. Watson dan Crick menggunakan data difraksi sinar-X pada
struktur DNA (Gambar 9.9) yang disediakan oleh Maurice Wilkins, Rosalind Franklin (lihat Gambar 9.8), dan
rekan kerja mereka. Data ini menunjukkan bahwa DNA adalah struktur dua untai yang sangat teratur dengan
substruktur berulang yang berjarak setiap 0,34 nanometer (1 nm 109 meter) di sepanjang sumbu molekul.
Berdasarkan data kimia Chargaff, data difraksi sinar-X Wilkins dan Franklin, dan kesimpulan dari pembangunan
model, Watson dan Crick mengusulkan bahwa DNA ada sebagai heliks ganda tangan kanan di mana kedua
rantai polinukleotida saling melingkar satu sama lain secara spiral (Gambar 9.10). Watson, Crick, dan Wilkins
membagikan Hadiah Nobel 1962 dalam Fisiologi atau Kedokteran untuk pekerjaan mereka pada model heliks
ganda. Sayangnya, Franklin meninggal prematur (usia 37) pada tahun 1958, dan Hadiah Nobel tidak dapat
diberikan secara anumerta. Masing-masing dari dua rantai polinukleotida dalam heliks ganda terdiri dari
urutan nukleotida yang dihubungkan bersama oleh ikatan fosfodiester, bergabung dengan gugus deoksiribosa
yang berdekatan (Tabel 9.2). Dua untaian polinukleotida disatukan dalam konfigurasi heliksnya dengan ikatan
hidrogen (Tabel 9.2) antara basa dalam untaian yang berlawanan; pasangan basa yang dihasilkan ditumpuk
antara dua rantai yang tegak lurus terhadap sumbu molekul seperti langkah-langkah tangga spiral (Gambar
9.10). Pasangan basa spesifik: adenin selalu dipasangkan dengan timin, dan guanin selalu dipasangkan dengan
sitosin. Dengan demikian, semua pasangan basa terdiri dari satu purin dan satu pirimidin. Spesifisitas hasil
pasangan-basa dari kapasitas ikatan hidrogen dari basa dalam konfigurasi normal mereka (Gambar 9.11).
Dalam konfigurasi struktural umumnya, adenin dan timin membentuk dua ikatan hidrogen, dan guanin dan
sitosin membentuk tiga ikatan hidrogen. Ikatan hidrogen tidak mungkin antara sitosin dan adenin atau timin
dan guanin ketika mereka ada dalam keadaan struktural umum mereka. Setelah urutan basa dalam satu untai
DNA heliks ganda diketahui, urutan basa pada untai lainnya juga diketahui karena pasangan-basa spesifik (lihat
Keterampilan Pemecahan Masalah: Menghitung Konten Basa dalam DNA). Dua helai heliks ganda DNA dengan
demikian dikatakan saling melengkapi. Sifat ini, yang saling melengkapi dari dua helai heliks ganda, membuat
DNA secara unik cocok untuk menyimpan dan mengirimkan informasi genetik dari generasi ke generasi (Bab
10). Pasangan basa dalam DNA ditumpuk sekitar 0,34 nm terpisah, dengan 10 pasangan basa per putaran (360)
dari heliks ganda (Gambar 9.10). Tulang punggung gula-fosfat dari dua untai komplementer bersifat antiparalel
(Gambar 9.11). Tanpa ikatan di sepanjang heliks ganda DNA, ikatan fosfodiester dalam satu untai berubah dari
3 karbon dari satu nukleotida ke 5 karbon nukleotida yang berdekatan, sedangkan yang di untai komplementer
bergerak dari 5 karbon menjadi 3 karbon. “Polaritas berlawanan” dari untaian pelengkap heliks ganda DNA ini
memainkan peran penting dalam replikasi, transkripsi, dan rekombinasi DNA. Stabilitas heliks ganda DNA
sebagian disebabkan oleh banyaknya ikatan hidrogen antara pasangan basa (meskipun masing-masing ikatan
hidrogen dengan sendirinya lemah, jauh lebih lemah dari ikatan kovalen) dan sebagian dari ikatan hidrofobik
(atau gaya susun) antara pasangan basa yang berdekatan (Tabel 9.2). Sifat susun pasangan basa paling baik
diilustrasikan dengan diagram struktur DNA ruang-mengisi (Gambar 9.12). Sisi planar dari pasangan basa relatif
nonpolar dan dengan demikian cenderung bersifat hidrofobik (tidak larut air). Karena ketidaksuburan dalam air
ini, inti hidrofobik dari pasangan basa yang ditumpuk berkontribusi stabilitas yang cukup besar bagi molekul
DNA yang ada dalam protoplasma berair sel hidup. Gambar yang mengisi ruang juga menunjukkan bahwa dua
alur heliks ganda DNA tidak identik; satu, alur utama, jauh lebih luas daripada yang lain, alur minor. Perbedaan
antara alur utama dan alur kecil penting ketika kita meneliti interaksi antara DNA dan protein yang mengatur
ekspresi gen. Beberapa protein berikatan dengan alur utama; yang lain mengikat alur kecil. Uji pemahaman
Anda tentang struktur DNA dengan menjawab pertanyaan yang diajukan dalam Memecahkannya: Apa
Beberapa Fitur Penting dari DNA Terdampar Ganda?

STRUKTUR DNA: BENTUK ALTERNATIF DARI HELIX GANDA

Struktur heliks ganda Watson-Crick yang baru saja dideskripsikan disebut B-DNA. B-DNA adalah konformasi
yang diambil DNA dalam kondisi fisiologis (dalam larutan encer yang mengandung garam dengan konsentrasi
rendah). Sebagian besar molekul DNA hadir dalam protoplasma berair sel hidup yang ada dalam konformasi B.
Namun, DNA bukanlah molekul statis dan invarian. Sebaliknya, molekul DNA menunjukkan fleksibilitas
konformasi yang cukup besar. Struktur molekul DNA berubah sebagai fungsi lingkungannya. Konformasi yang
tepat dari molekul DNA atau segmen tertentu dari molekul DNA akan tergantung pada sifat molekul yang
berinteraksi dengannya. Faktanya, B-DNA intraseluler tampaknya memiliki rata-rata 10,4 pasangan nukleotida
per putaran, bukan 10 seperti yang ditunjukkan pada Gambar 9.10. Dalam konsentrasi garam yang tinggi atau
dalam keadaan dehidrasi parsial, DNA ada sebagai A-DNA, yang merupakan heliks tangan kanan seperti B-DNA,
tetapi dengan 11 pasangan nukleotida per giliran (Tabel 9.3). A-DNA adalah heliks ganda yang lebih pendek,
lebih tebal dengan diameter 2,3 nm. Molekul DNA hampir pasti tidak pernah ada sebagai A-DNA in vivo.
Namun, konformasi A-DNA penting karena heterodupleks DNA-RNA (heliks ganda yang mengandung basis
untai DNA-dipasangkan dengan untai RNA komplementer) atau dupleks RNA-RNA ada dalam struktur yang
sangat mirip in vivo. Sekuens DNA tertentu telah terbukti ada dalam bentuk kidal, heliks ganda yang disebut Z-
DNA (Z untuk jalur ber-zig-zag dari tulang punggung gula-fosfat struktur). Z-DNA ditemukan dengan analisis
difraksi sinar-X kristal yang dibentuk oleh oligomer DNA yang mengandung pasangan basa G: C dan C: G. Z-
DNA terjadi dalam heliks ganda yang kaya G: C dan mengandung residu purin dan pirimidin bergantian. Selain
struktur heliks kidal yang unik, Z-DNA (Tabel 9.3) berbeda dari konformasi A dan B dalam memiliki 12 pasangan
basa per putaran, diameter 1,8 nm, dan alur tunggal yang dalam. Fungsi Z-DNA dalam sel hidup masih belum
jelas.

STRUKTUR DNA: SUPERCOIL NEGATIF DI VIVO

Semua molekul DNA fungsional yang ada dalam sel-sel hidup menampilkan satu tingkat organisasi yang sangat
penting lainnya — mereka superkoil. Supercoil dimasukkan ke dalam molekul DNA ketika satu atau kedua helai
dibelah dan ketika untaian komplementer di satu ujung diputar atau diputar satu sama lain dengan ujung
lainnya tetap di ruang — dan dengan demikian tidak diizinkan untuk berputar. Supercoiling ini menyebabkan
molekul DNA runtuh ke dalam struktur melingkar yang mirip dengan kabel telepon melingkar atau karet gelang
bengkok (Gambar 9.13, kanan bawah). Supercoil dimasukkan ke dalam dan dikeluarkan dari molekul DNA oleh
enzim yang memainkan peran penting dalam replikasi DNA (Bab 10) dan proses lainnya. Supercoiling hanya
terjadi pada molekul DNA dengan ujung yang tetap, ujung yang tidak bebas untuk diputar. Jelas, ujung-ujung
molekul DNA sirkular (Gambar 9.13) hadir di sebagian besar kromosom prokariotik dan dalam kromosom
organel eukariotik seperti mitokondria tetap. Molekul DNA linier besar hadir dalam kromosom eukariotik juga
ditetapkan oleh lampiran mereka pada interval dan di ujung komponen non-DNA kromosom. Lampiran ini
memungkinkan enzim untuk memasukkan superkoil ke dalam molekul DNA linier yang ada dalam kromosom
eukariotik, seperti halnya mereka dimasukkan ke dalam molekul DNA sirkular yang ada di sebagian besar
kromosom prokariotik. Kita mungkin dapat memvisualisasikan supercoiling dengan paling mudah dengan
mempertimbangkan molekul DNA sirkular. Jika kita membelah satu untai DNA ganda yang tertutup secara
kovalen, melingkar, dan memutar satu ujung untai yang dibelokkan menjadi satu putaran (360) di sekitar untai
komplementer sambil menahan ujung lainnya tetap, kita akan memasukkan satu superkoil ke dalam molekul
( Gambar 9.14). Jika kita memutar ujung bebas ke arah yang sama dengan heliks ganda DNA adalah luka
(tangan kanan), akan dihasilkan supercoil positif (overwound DNA). Jika kita memutar ujung bebas ke arah
yang berlawanan (kidal), akan dihasilkan supercoil negatif (DNA underwound). Meskipun ini adalah cara paling
sederhana untuk mendefinisikan supercoiling dalam DNA, itu bukan mekanisme di mana supercoil diproduksi
dalam DNA in vivo. Mekanisme itu dibahas pada Bab 10. Molekul DNA dari hampir semua organisme, dari virus
terkecil hingga eukariota terbesar, menunjukkan supercoiling negatif in vivo, dan banyak fungsi biologis
kromosom dapat dilakukan hanya ketika molekul DNA yang berpartisipasi superkoil negatif. (DNA beberapa
virus yang menginfeksi Archaea adalah superkoil positif). Bukti yang cukup menunjukkan bahwa superkoil
negatif terlibat dalam replikasi (Bab 10), rekombinasi, ekspresi gen, dan regulasi ekspresi gen. Jumlah yang
sama dari supercoiling negatif ada dalam molekul DNA yang ada dalam kromosom bakteri dan kromosom
eukariotik.

Struktur Kromosom pada Prokariota dan Virus

Banyak informasi tentang struktur DNA berasal dari penelitian prokariota, terutama karena mereka kurang
kompleks, baik secara genetik maupun biokimia, daripada eukariota. Prokariota adalah monoploid (mono
satu); mereka hanya memiliki satu set gen (satu salinan genom). (“Monoploid” tidak boleh disamakan dengan
“haploid,” yang merujuk secara spesifik pada jumlah kromosom yang berkurang pada gamet.) Pada sebagian
besar virus dan prokariota, satu set gen disimpan dalam satu kromosom tunggal, yang pada gilirannya berisi
satu molekul asam nukleat (baik RNA atau DNA). Virus RNA terkecil yang diketahui hanya memiliki tiga gen,
dan urutan nukleotida lengkap dari genom banyak virus diketahui. Sebagai contoh, molekul RNA tunggal dalam
genom bakteriofag MS2 terdiri dari 3569 nukleotida dan mengandung 4 gen. Virus DNA terkecil yang diketahui
hanya memiliki 9 hingga 11 gen. Sekali lagi, urutan nukleotida lengkap diketahui dalam beberapa kasus.
Misalnya, genom bakteriofag X174 adalah molekul DNA tunggal dengan panjang 5386 nukleotida yang berisi
11 gen. Virus DNA terbesar, seperti bacteriophage T2 dan virus cacar hewan, mengandung sekitar 150 gen.
Bakteri seperti E. coli memiliki 2.500 hingga 3.500 gen, yang sebagian besar hadir dalam satu molekul DNA. Di
masa lalu, kromosom prokariotik sering ditandai sebagai "molekul telanjang DNA," berbeda dengan kromosom
eukariotik dengan protein terkait dan morfologi kompleks. Kesalahpahaman ini sebagian disebabkan karena
(1) sebagian besar gambar "kromosom" prokariotik yang dipublikasi adalah mikrograf elektron dari molekul
DNA yang diisolasi, bukan kromosom yang aktif secara metabolik atau fungsional, dan (2) sebagian besar foto
kromosom eukariotik yang dipublikasi sangat padat. kromosom meiotik atau mitosis — sekali lagi, keadaan
kromosom yang tidak aktif secara metabolik. Kromosom prokariotik fungsional, atau nukleoid (nukleoid
daripada nuklei karena tidak tertutup dalam membran nuklir), sekarang diketahui memiliki sedikit kemiripan
dengan molekul DNA bakteri dan bakteri yang terisolasi yang terlihat dalam mikrograf elektron, seperti halnya
kromosom interphase aktif secara metabolik dari eukariota memiliki sedikit kemiripan morfologis dengan
kromosom metafase mitosis atau meiotik. Panjang kontur molekul DNA sirkular yang ada dalam kromosom
bakteri Escherichia coli adalah sekitar 1500
m. Karena sel E. coli memiliki diameter hanya 1 hingga 2
m, molekul DNA besar yang ada di setiap bakteri harus ada dalam konfigurasi yang sangat terkondensasi
(dilipat atau digulung). Ketika kromosom E. coli diisolasi dengan prosedur yang lembut tanpa adanya deterjen
ionik (biasanya digunakan untuk melisiskan sel) dan disimpan di hadapan kation konsentrasi tinggi seperti
poliamina (protein dasar kecil atau bermuatan positif) atau garam 1M untuk menetralkan gugus fosfat
bermuatan negatif dari DNA, kromosom tetap dalam keadaan sangat terkondensasi sebanding dengan ukuran
nukleoid in vivo. Struktur ini, yang disebut genom terlipat, adalah keadaan fungsional dari kromosom bakteri.
Meskipun lebih kecil, kromosom intraseluler fungsional dari virus bakteri sangat mirip dengan genom bakteri
yang terlipat. Dalam genom terlipat, molekul DNA besar dalam kromosom E. coli disusun dalam 50 hingga 100
domain atau loop, yang masing-masing secara independen superkoil (Gambar 9.15). RNA dan protein adalah
kedua komponen genom terlipat, yang sebagian dapat dikendurkan dengan pengobatan dengan
deoksiribonuklease (DNase) atau ribonuklease (RNase). Karena setiap domain kromosom secara independen
supercoiled, pengenalan "torehan" untai tunggal dalam DNA dengan pengobatan kromosom dengan DNase
yang memotong DNA di situs internal akan mengendurkan DNA hanya dalam domain yang ditandai, dan
semua loop yang tidak jahat akan tetap supercoiled. Penghancuran konektor RNA oleh RNase akan membuka
genom terlipat sebagian dengan menghilangkan organisasi molekul DNA menjadi 50 hingga 100 loop. Namun,
pengobatan RNase tidak akan mempengaruhi supercoiling domain kromosom.

Struktur Kromosom pada Eukariota

Genom eukariotik mengandung tingkat kompleksitas yang tidak dijumpai pada prokariota. Berbeda dengan
prokariota, kebanyakan eukariota diploid, memiliki dua set gen lengkap, satu dari masing-masing orangtua.
Seperti yang kita diskusikan di Bab 6, beberapa tanaman berbunga adalah poliploid; yaitu, mereka membawa
beberapa salinan genom. Meskipun eukariota hanya memiliki sekitar 2 hingga 15 kali lebih banyak gen
daripada E. coli, mereka memiliki urutan lebih banyak DNA. Selain itu, banyak dari DNA ini tidak mengandung
gen, paling tidak gen yang mengkode protein atau molekul RNA. Tidak hanya sebagian besar eukariota
mengandung banyak kali jumlah DNA dalam prokariota, tetapi juga DNA ini dikemas dalam beberapa
kromosom, dan setiap kromosom hadir dalam dua (diploid) atau lebih banyak (poliploid) salinan. Ingatlah
bahwa kromosom E. coli memiliki panjang kontur 1500
m, atau sekitar 1,5 mm. Sekarang perhatikan bahwa komplemen kromosom haploid, atau genom, dari manusia
mengandung sekitar 1000 mm DNA (atau sekitar 2000 mm per sel diploid). Selain itu, meter DNA ini dibagi lagi
di antara 23 kromosom dengan berbagai ukuran dan bentuk, dengan masing-masing kromosom berisi 15
hingga 85 mm DNA. Di masa lalu, para ahli genetika hanya memiliki sedikit informasi tentang bagaimana DNA
ini diatur dalam kromosom. Apakah ada satu molekul DNA per kromosom seperti pada prokariota, atau ada
banyak? Jika banyak, bagaimana molekul disusun relatif satu sama lain? Bagaimana 85 mm (85.000
m) DNA dalam kromosom manusia terbesar dapat terkondensasi menjadi struktur metafase mitosis
yangsekitar 0,5
berdiameterm dan10
panjangm? Apa struktur kromosom interfase aktif secara metabolik? Kami mempertimbangkan jawaban atas
beberapa pertanyaan ini di bagian berikut.

KOMPOSISI KIMIA CHROMOSOM EUKARYOTIKinterfase

Kromosombiasanya tidak terlihat dengan mikroskop cahaya. Namun, analisis kimia, mikroskop elektron, dan
studi difraksi sinar-X kromatin terisolasi (kompleks DNA, protein kromosom, dan konstituen kromosom lainnya
yang diisolasi dari inti) telah memberikan informasi berharga tentang struktur kromosom eukariotik. Ketika
kromatin diisolasi dari inti interphase, kromosom individu tidak dikenali. Sebagai gantinya, seseorang
mengamati agregat nukleoprotein yang tidak teratur. Analisis kimia kromatin terisolasi menunjukkan bahwa
kromatin terutama terdiri dari DNA dan protein dengan jumlah RNA yang lebih sedikit (Gambar 9.16). Protein
terdiri dari dua kelas utama: (1) protein dasar (bermuatan positif pada pH netral) yang disebut histones dan (2)
kelompok protein yang heterogen, sebagian besar bersifat asam (bermuatan negatif pada pH netral) secara
kolektif disebut sebagai protein kromosom nonhistone. Histon memainkan peran struktural utama dalam
kromatin. Mereka hadir dalam kromatin semua eukariota dalam jumlah yang setara dengan jumlah DNA.
Hubungan ini menunjukkan bahwa interaksi terjadi antara histones dan DNA yang dilestarikan pada eukariota.
Histones semua tanaman dan hewan terdiri dari lima kelas protein. Lima tipe histon utama ini, disebut H1,
H2a, H2b, H3, dan H4, ada di hampir semua jenis sel. Ada beberapa pengecualian, terutama beberapa sperma,
di mana histone digantikan oleh kelas lain protein dasar kecil yang disebut protamines. Kelima tipe histone
hadir dalam rasio molar sekitar 1 H1: 2 H2a: 2 H2b: 2 H3: 2 H4. Empat dari lima jenis histon secara khusus
dikomplekskan dengan DNA untuk menghasilkan subunit struktural dasar kromatin, kecil (berdiameter sekitar
11 nm dengan tinggi 6,5 nm) ellipsoidal yang disebut nukleosom. Histon telah sangat dilestarikan selama
evolusi — empat dari lima jenis histon sama pada semua eukariota. Sebagian besar dari 20 asam amino dalam
protein bersifat netral; yaitu, mereka tidak memiliki muatan pada pH 7. Namun, beberapa bersifat basa dan
beberapa bersifat asam. Histon adalah basa karena mengandung 20 hingga 30 persen arginin dan lisin, dua
asam amino bermuatan positif (lihat Gambar 12.1). Kelompok NH3 yang terpapar dari arginin dan lisin
memungkinkan histones bertindak sebagai polikasi. Gugus samping bermuatan positif pada histones penting
dalam interaksi mereka dengan DNA, yang bersifat polianionik karena gugus fosfat bermuatan negatif.
Keteguhan histon, H2a, H2b, H3, dan H4 yang luar biasa pada semua jenis sel organisme dan bahkan di antara
spesies yang sangat berbeda konsisten dengan gagasan bahwa mereka penting dalam struktur kromatin
(pengemasan DNA) dan hanya tidak terlibat secara spesifik dalam regulasi tersebut. ekspresi gen. Namun,
seperti yang akan didiskusikan nanti, modifikasi kimia dari histones dapat mengubah struktur kromosom, yang,
pada gilirannya, dapat meningkatkan atau mengurangi tingkat ekspresi gen yang terletak di kromatin yang
dimodifikasi. Sebaliknya, fraksi protein nonhistone dari kromatin terdiri dari sejumlah besar protein heterogen.
Selain itu, komposisi fraksi protein kromosom nonhistone sangat bervariasi di antara berbagai jenis sel dari
organisme yang sama. Dengan demikian, protein kromosom nonhistone mungkin tidak memainkan peran
sentral dalam pengemasan DNA menjadi kromosom. Sebaliknya, mereka cenderung menjadi kandidat untuk
peran dalam mengatur ekspresi gen tertentu atau set gen.

SATU MOLEKULE DNA BESAR PER KROMOSOM

Kromosom eukariotik tipikal mengandung 1 hingga 20 cm (104 hingga 2 105

m) DNA. Selama metafase meiosis dan mitosis, DNA ini dikemas dalam kromosom dengan panjang hanya 1
hingga 10
m. Bagaimana semua DNA ini terkondensasi ke dalam kromosom kompak yang ada selama mitosis dan
meiosis? Apakah banyak molekul DNA berjalan paralel di seluruh kromosom — model multinem atau
“multistrand” —atau hanya ada satu heliks ganda DNA yang membentang dari satu ujung kromosom ke ujung
lainnya — model unineme atau untai tunggal? (Perhatikan bahwa "untai" di sini mengacu pada heliks ganda
DNA, bukan rantai polinukleotida individu dari DNA.) Bukti yang cukup sekarang menunjukkan bahwa setiap
kromosom mengandung molekul tunggal DNA raksasa yang memanjang dari satu ujung melalui sentromer
sampai ke ujung kromosom yang lain. Namun, seperti yang akan kita bahas di bagian berikut, molekul DNA
raksasa ini sangat terkondensasi (melingkar dan terlipat) di dalam kromosom.

TIGA TINGKAT KEMASAN DNA DALAM KROMOSOM EUKARYOTIK

Kromosom terbesar dalam genom manusia mengandung sekitar 85 mm (85.000

m, atau 8,5 107 nm) DNA yang diyakini ada sebagai satu molekul raksasa. Molekul DNA ini entah bagaimana
dikemas menjadi struktur metafase yang sekitar 0,5
berdiameter dan sekitar 10
panjangnyam — suatu kondensasi yang panjangnya hampir 104 kali lipat dari molekul DNA telanjang ke
kromosom metafase. Bagaimana kondensasi ini terjadi? Komponen kromosom apa yang terlibat dalam proses
pengemasan? Apakah ada skema pengemasan universal? Apakah ada tingkat kemasan yang berbeda? Jelas,
kromosom meiotik dan mitosis lebih banyak terkondensasi daripada kromosom interphase. Tingkat kondensasi
tambahan apa yang terjadi dalam struktur khusus ini yang dirancang untuk memastikan pemisahan yang tepat
dari bahan genetik selama pembelahan sel? Apakah urutan DNA gen yang diekspresikan dikemas berbeda dari
gen yang tidak diekspresikan? Mari kita selidiki beberapa bukti yang menetapkan keberadaan tiga tingkat
pengemasan DNA yang berbeda ke dalam kromosom. Ketika kromatin terisolasi dari sel-sel interfase diperiksa
dengan mikroskop elektron, ditemukan terdiri dari serangkaian manik-manik ellipsoidal (berdiameter sekitar
11 nm dan tinggi 6,5 nm) bergabung dengan benang tipis (Gambar 9.17a). Bukti lebih lanjut untuk pengemasan
DNA berkala dan berkala telah datang dari penelitian pada pencernaan kromatin dengan berbagai nukleasi.
Pencernaan sebagian kromatin dengan nuklease ini menghasilkan fragmen DNA dalam satu set ukuran
terpisah yang merupakan kelipatan integral dari fragmen ukuran terkecil. Hasil ini dijelaskan dengan baik jika
kromatin memiliki struktur berulang, konon manik dilihat oleh mikroskop elektron (Gambar 9.17a), di mana
DNA dikemas dalam bentuk tahan nuklease (Gambar 9.17b). Subunit "manik" atau kromatin ini disebut
nukleosom. Menurut konsep struktur kromatin saat ini, penghubung, atau jalinan DNA interbead, rentan
terhadap serangan nuklease. Setelah pencernaan sebagian DNA dalam kromatin dengan endonuklease (enzim
yang memotong DNA secara internal), panjang DNA sekitar 200 pasang nukleotida dikaitkan dengan masing-
masing nukleosom (dihasilkan oleh pembelahan di setiap wilayah penghubung). Setelah pencernaan nuklease
yang luas, segmen DNA dengan panjang 146 pasangan-nukleotida tetap ada di setiap nukleosom. Struktur
tahan nuklease ini disebut inti nukleosom. Strukturnya — pada dasarnya invarian dalam eukariota — terdiri
atas DNA berpasangan 146-nukleotida dan dua molekul masing-masing dari histone H2a, H2b, H3, dan H4.
Histon melindungi segmen DNA dalam inti nukleosom dari pembelahan oleh endonukleas. Studi fisik (difraksi
sinar-X dan analisis serupa) kristal nukleosom-inti telah menunjukkan bahwa DNA dilukai dengan 1,65 putaran
superhelix di sekitar bagian luar histon octamer (Gambar 9.18a). Subunit kromatin lengkap terdiri dari inti
nukleosom, DNA penghubung, dan protein kromosom nonhistone yang terkait, semua distabilkan dengan
pengikatan satu molekul histone H1 ke luar struktur (Gambar 9.18b). Ukuran DNA penghubung bervariasi dari
spesies ke spesies dan dari satu jenis sel ke yang lain. Linker sesingkat delapan pasangan nukleotida dan
selama 114 pasangan nukleotida telah dilaporkan. Bukti menunjukkan bahwa nukleosom lengkap (bukan inti
nukleosom) mengandung dua putaran penuh DNA superhelix (panjang DNA berpasangan 166-nukleotida) pada
permukaan octamer histone dan stabilisasi struktur ini dengan pengikatan satu molekul histone H1 (Gambar
9.18b). Struktur inti nukleosom telah ditentukan dengan resolusi 0,28 nm oleh studi difraksi sinar-X. Peta
resolusi tinggi dari inti nukleosom menunjukkan lokasi yang tepat dari semua delapan molekul histone dan 146
pasangan nukleotida dari DNA superkoil negatif (Gambar 9.19a dan b). Beberapa segmen terminal histon
melewati dan di antara putaran superhelix DNA untuk menambah stabilitas nukleosom. Interaksi antara
berbagai molekul histone dan antara histone dan DNA terlihat paling jelas dalam struktur setengah dari inti
nukleosom (Gambar 9.19c), yang hanya mengandung 73 pasang nukleotida dari DNA superkoil. Coba
Selesaikan: Berapa Banyak Nukleosom dalam Satu Kromosom X Manusia? untuk menguji pemahaman Anda
tentang struktur nukleosom. Komponen struktural dasar kromatin eukariotik adalah nukleosom. Tetapi apakah
struktur semua nukleosom sama? Apa peran, jika ada, yang dimainkan oleh struktur nukleosom dalam ekspresi
gen dan regulasi ekspresi gen? Struktur nukleosom di daerah aktif transkripsi kromatin diketahui berbeda dari
nukleosom di daerah tidak aktif transkripsi. Tetapi apa rincian dari hubungan struktur-fungsi ini? Ekor dari
beberapa molekul histone menonjol dari nukleosom dan dapat diakses oleh enzim yang menambah dan
menghilangkan kelompok kimia seperti metil (-CH3) dan kelompok asetil. Penambahan kelompok-kelompok ini
dapat mengubah tingkat ekspresi gen yang dikemas dalam nukleosom yang mengandung histone yang
dimodifikasi (lihat Bab 19). Mikrograf elektron dari kromosom metafase yang terisolasi menunjukkan massa
serat kumparan yang terlilit atau terlipat (Gambar 9.20). Serat kromatin ini memiliki diameter rata-rata 30 nm.
Ketika struktur yang dilihat oleh mikroskop cahaya dan elektron selama tahap-tahap awal meiosis
dibandingkan, menjadi jelas bahwa mikroskop cahaya hanya memungkinkan seseorang untuk melihat daerah-
daerah di mana serat 30-nm ini dikemas rapat atau terkondensasi. Memang, ketika interphase chromatin
diisolasi menggunakan prosedur yang sangat lembut, itu juga terdiri dari serat 30-nm (Gambar 9.21a). Namun,
struktur serat ini tampaknya sangat bervariasi dan tergantung pada prosedur yang digunakan. Ketika diamati
dengan mikroskop cryoelectron (mikroskop menggunakan kromatin yang dibekukan dengan cepat daripada
kromatin yang diperbaiki), serat 30-nm menunjukkan struktur “zigzag” yang kurang padat (Gambar 9.21b). Apa
substruktur serat 30-nm yang terlihat pada kromosom? Dua model yang paling populer adalah model solenoid
(Gambar 9.21c) dan model zigzag (Gambar 9.21d). Secara in vivo, nukleosom jelas berinteraksi satu sama lain
untuk memadatkan nukleosom 11-nm menjadi serat kromatin 30-nm. Apakah ini memiliki struktur solenoid
atau struktur zigzag, atau keduanya, tergantung pada kondisinya, masih belum pasti. Yang pasti adalah bahwa
struktur kromatin tidak statis; kromatin dapat meluas dan berkontraksi sebagai respons terhadap modifikasi
kimia histone H1 dan ekor histone yang menonjol dari nukleosom. Kromosom metafase adalah kromosom
eukariotik normal yang paling pekat. Jelas, peran kromosom yang sangat terkondensasi ini adalah untuk
mengatur dan mengemas molekul DNA raksasa kromosom eukariotik ke dalam struktur yang akan
memudahkan pemisahan mereka ke inti anak tanpa molekul DNA dari kromosom yang berbeda menjadi
terjerat dan, akibatnya, dipecah selama pemisahan anafase dari kromosom anak perempuan. Seperti yang
kami catat di bagian sebelumnya, unit struktural dasar dari kromosom metafase adalah serat kromatin 30-nm.
Namun, bagaimana serat 30-nm ini lebih lanjut terkondensasi ke dalam struktur metafase yang diamati?
Sayangnya, masih belum ada jawaban yang jelas untuk pertanyaan ini. Ada bukti bahwa struktur kasar
kromosom metafase tidak tergantung pada histones. Mikrograf elektron dari kromosom metafase terisolasi
yang darinya histone telah dihapus mengungkapkan sebuah perancah, atau inti pusat, yang dikelilingi oleh
kumpulan besar atau halo DNA (Gambar 9.22). Perancah kromosom ini harus terdiri dari protein kromosom
nonhistone. Perhatikan tidak adanya ujung molekul DNA dalam mikrograf yang ditunjukkan pada Gambar 9.22;
Temuan ini sekali lagi mendukung konsep satu molekul DNA raksasa per kromosom. hingga 105
m DNA dalam kromosom eukariotik ke dalam struktur metafase yang panjangnya beberapa mikron (Gambar
9.23). 1. Tingkat kondensasi pertama melibatkan pengemasan DNA sebagai supercoil negatif menjadi
nukleosom, untuk menghasilkan serat kromatin interphase berdiameter 11 nm. Ini jelas melibatkan satu
oktamer molekul histon, masing-masing dua histon H2a, H2b, H3, dan H4. 2. Tingkat kondensasi kedua
melibatkan pelipatan tambahan atau supercoiling serat nukleosom 11-nm, untuk menghasilkan serat kromatin
30-nm. Histone H1 terlibat dalam supercoiling serat nukleosom 11-nm ini untuk menghasilkan serat kromatin
30-nm. 3. Akhirnya, protein kromosom nonhistone membentuk perancah yang terlibat dalam kondensasi serat
kromatin 30-nm ke dalam kromosom metafase yang padat. Tingkat kondensasi ketiga ini tampaknya
melibatkan pemisahan segmen molekul DNA raksasa yang ada dalam kromosom eukariotik ke dalam domain
atau loop yang superkoil secara independen. Mekanisme dimana kondensasi tingkat ketiga ini terjadi tidak
diketahui.

PUSAT DAN TELOMER

Seperti yang telah kita bahas pada Bab 2, kedua kromosom homolog (masing-masing berisi dua saudara
perempuan kromatid) dari masing-masing pasangan kromosom terpisah dengan kutub yang berlawanan dari
spindel meiotik selama anafase I dari meiosis. Demikian pula, selama anafase II meiosis dan anafase tunggal
mitosis, kromatid saudara perempuan dari masing-masing kromosom bergerak ke kutub gelendong yang
berlawanan dan menjadi kromosom anak perempuan. Pergerakan anafase ini bergantung pada perlekatan
mikrotubulus spindel ke daerah spesifik kromosom, yaitu sentromer. Karena semua sentromer melakukan
fungsi dasar yang sama, tidak mengherankan bahwa sentromer dari kromosom yang berbeda dari suatu
spesies mengandung komponen struktural yang sama. Sentromer kromosom metafase biasanya dapat dikenali
sebagai daerah terbatas (lihat Gambar 9.20). Faktanya, produksi dua sentromer fungsional adalah langkah
kunci dalam transisi dari metafase ke anafase, dan sentromer fungsional harus ada pada setiap kromosom
anak perempuan untuk menghindari efek buruk dari ketidakselarasan. Fragmen kromosom asentrik biasanya
hilang selama pembelahan mitosis dan meiosis. Struktur sentromer pada tanaman dan hewan multisel sangat
bervariasi dari satu spesies ke spesies lainnya. Satu fitur yang sama-sama mereka miliki adalah adanya urutan
DNA spesifik yang diulang berkali-kali, sering kali dalam tandem array panjang. Sekuens DNA lainnya sering
ditemukan tertanam dalam array tandem ini. Setiap sentromer kromosom manusia, misalnya, mengandung
5.000 hingga 15.000 salinan dari sekuens 171 basis-pasangan-panjang yang disebut urutan satelit alfa (kadang-
kadang “alfoid”) (Gambar 9.24). (Urutan satelit membentuk band "satelit" yang berbeda selama sentrifugasi
dalam gradien kepadatan (lihat Bab 10). Huntington Willard dan rekannya telah menunjukkan bahwa segmen
pasangan berpasangan 450.000 sentromer dari kromosom X manusia cukup untuk fungsi sentromer. Segmen
ini terdiri dari sebagian besar urutan satelit alfa tetapi mengandung situs pengikat protein sentromer diselingi
(CENP) yang disebut kotak CENP-B. Kedua komponen ini penting untuk fungsi centromere. Telah diketahui
selama beberapa dekade bahwa telomer (dari bahasa Yunani istilah telos dan mero, artinya " end "dan" part,
"masing-masing), atau ujung kromosom eukariotik, memiliki sifat unik. Hermann J. Muller, yang
memperkenalkan istilah telomer pada tahun 1938, menunjukkan bahwa kromosom Drosophila tanpa ujung
alami - diproduksi dengan memecah kromosom dengan sinar X - adalah tidak ditransmisikan ke keturunan.
Dalam sebuah studi klasik tentang kromosom jagung, Barbara McClintock menunjukkan bahwa ujung-ujung
baru kromosom yang rusak lengket dan cenderung menyatu satu sama lain. Sebaliknya, ujung alami kromosom
normal (tidak terputus) stabil dan tidak menunjukkan kecenderungan untuk menyatu dengan ujung asli atau
patah lainnya. Hasil McClintock menunjukkan bahwa telomer harus memiliki struktur khusus yang berbeda
dari ujung yang dihasilkan oleh kerusakan kromosom. Alasan lain untuk mendalilkan bahwa telomer memiliki
struktur unik adalah bahwa mekanisme replikasi molekul DNA yang diketahui tidak memungkinkan duplikasi
kedua untai DNA di ujung molekul (Bab 10). Dengan demikian, telomer harus memiliki struktur unik yang
memfasilitasi replikasi mereka, atau harus ada beberapa enzim replikasi khusus yang menyelesaikan teka-teki
ini. Apa pun strukturnya, telomer harus menyediakan setidaknya tiga fungsi penting. Mereka harus (1)
mencegah deoksiribonukleasis dari merendahkan ujung molekul DNA linier, (2) mencegah penggabungan
ujung dengan molekul DNA lainnya, dan (3) memfasilitasi replikasi ujung molekul DNA linier tanpa kehilangan
bahan. Telomer dari kromosom eukariotik memiliki struktur unik yang meliputi sekuens nukleotida pendek
yang hadir sebagai pengulangan tandem. Meskipun urutannya agak berbeda pada spesies yang berbeda, unit
pengulangan dasar memiliki pola 5 T1–4A0–1G1–8-3 pada semua kecuali beberapa spesies. Sebagai contoh,
urutan berulang pada manusia dan vertebrata lainnya adalah TTAGGG, yaitu dari tetrahymena thermophila
protozoa adalah TTGGGG, dan bahwa tanaman Arabidopsis thaliana adalah TTTAGGG. Pada kebanyakan
spesies, sekuens DNA berulang tambahan hadir berdekatan dengan telomer; ini disebut sebagai urutan yang
berhubungan dengan telomer. Pada vertebrata, pengulangan TTAGGG sangat kekal; telah diidentifikasi di lebih
dari 100 spesies, termasuk mamalia, burung, reptil, amfibi, dan ikan. Jumlah salinan unit pengulangan dasar
dalam telomer ini bervariasi dari spesies ke spesies, dari kromosom ke kromosom dalam suatu spesies, dan
bahkan pada kromosom yang sama dalam jenis sel yang berbeda. Dalam sel somatik manusia normal (bukan
kanker), telomer biasanya mengandung 500 hingga 3000 TTAGGG berulang dan secara bertahap memendek
seiring bertambahnya usia. Sebaliknya, telomer sel kuman dan sel kanker tidak memendek seiring
bertambahnya usia (lihat Panjang Telomer dan Penuaan Manusia pada Bab 10). Telomer dari beberapa spesies
tidak terdiri dari pengulangan tandem pendek dari jenis yang dijelaskan sebelumnya. Dalam D. melanogaster,
misalnya, telomer terdiri dari dua sekuens DNA khusus yang dapat berpindah dari satu lokasi dalam genom ke
lokasi lain. Karena mobilitasnya, sekuens semacam itu disebut elemen genetik transposable (lihat Bab 17).
Sebagian besar telomer berakhir dengan daerah untaian tunggal kaya G dari untai DNA dengan ujung 3
(disebut 3 overhang). Overhang ini pendek (12 hingga 16 pangkalan) pada ciliata seperti Tetrahymena, tetapi
mereka cukup panjang (50 hingga 500 pangkalan) pada manusia. Urutan pengulangan telomere yang kaya
guanin memiliki kemampuan untuk membentuk struktur ikatan hidrogen yang berbeda dari yang diproduksi
oleh Watson-Crick yang berpasangan pada DNA. Oligonukleotida yang mengandung urutan berulang telomer
berulang membentuk struktur khusus ini dalam larutan, tetapi apakah mereka ada secara in vivo masih belum
diketahui. Telomer manusia dan beberapa spesies lainnya telah terbukti membentuk struktur yang disebut t-
loop, di mana untai tunggal pada 3 terminal menginvasi pengulangan telomerik hulu (TTAGGG pada mamalia)
dan berpasangan dengan untai komplementer, menggeser untai setara. (Gambar 9.25). DNA dalam t-loop ini
dilindungi dari degradasi dan / atau modifikasi oleh proses perbaikan DNA oleh kompleks protein spesifik-
telomer yang disebut shelterin. Shelterin terdiri dari enam protein berbeda, tiga di antaranya berikatan secara
khusus dengan urutan berulang telomer. TRF1 dan TRF2 mengikat urutan pengulangan double-stranded, dan
POT1 (Perlindungan Telomere 1) mengikat urutan pengulangan single-stranded. Subunit TIN2 dan TPP1 tether
POT1 ke TRF1 dan TRF2 yang terikat DNA, dan protein Rap1 yang terkait TRF2 membantu mengatur panjang
telomer. Shelterin hadir dalam jumlah yang cukup di sebagian besar sel untuk melapisi semua urutan
pengulangan telomer tunggal dan ganda di komplemen kromosom. Sampai saat ini, t-loop telah diidentifikasi
dalam telomer vertebrata, Oxytricha fallax ciliate, protozoa Trypanosoma brucei, dan tanaman Pisum sativum
(kacang polong). Dengan demikian, mereka mungkin merupakan komponen penting dari telomer dari sebagian
besar spesies.

URUTAN DNA YANG DIulangi

Sentromer dan telomer yang dibahas dalam bab ini berisi urutan DNA yang diulang berkali-kali. Memang,
kromosom eukariota mengandung banyak sekuens DNA yang diulang dalam komplemen kromosom haploid,
kadang-kadang sebanyak satu juta kali. DNA yang mengandung sekuens berulang seperti itu, yang disebut DNA
berulang, merupakan komponen utama (15 hingga 80 persen) genom eukariotik. Bukti pertama untuk DNA
berulang berasal dari studi sentrifugasi DNA eukariotik. Ketika DNA prokariota, seperti E. coli, diisolasi,
terfragmentasi, dan disentrifugasi dengan kecepatan tinggi untuk jangka waktu yang lama dalam larutan
cesium klorida (CsCl) 6M, DNA akan membentuk satu pita tunggal dalam tabung centrifuge di posisi di mana
densitasnya sama dengan densitas larutan CsCl (Bab 10). Untuk E. coli, pita ini akan terbentuk pada posisi di
mana kerapatan CsCl sama dengan kerapatan DNA yang mengandung sekitar 50 persen A: T dan 50 persen
pasangan dasar G: C. Kepadatan DNA meningkat dengan meningkatnya konten G: C. Ikatan hidrogen ekstra
dalam pasangan basa G: C menghasilkan hubungan yang lebih erat antara basa dan dengan demikian
kepadatan lebih tinggi daripada pasangan basa A: T. Sentrifugasi DNA dari eukariota ke kondisi kesetimbangan
dalam larutan CsCl tersebut biasanya mengungkapkan adanya satu pita utama besar DNA dan satu hingga
beberapa pita kecil. Pita-pita kecil DNA ini disebut pita satelit (dari kata Latin satel, yang berarti "pelayan" atau
"bawahan") dan DNA dalam pita ini sering disebut sebagai DNA satelit. Sebagai contoh, genom Drosophila
virilis, kerabat jauh dari Drosophila melanogaster, mengandung tiga DNA satelit yang berbeda, masing-masing
terdiri dari urutan berulang tujuh pasangan basa. DNA satelit lain dalam eukariota memiliki urutan berulang
yang panjang. hromosom dari berbagai spesies eukariotik dihasilkan dari percobaan renaturasi DNA. Dua untai
heliks ganda DNA disatukan oleh sejumlah besar ikatan hidrogen yang relatif lemah di antara basa pelengkap.
Ketika molekul DNA dalam larutan air dipanaskan hingga mendekati 100C, ikatan ini terputus dan untaian DNA
komplementer terpisah. Proses ini disebut denaturasi. Jika untaian tunggal komplementer dari DNA
didinginkan secara perlahan di bawah kondisi yang tepat, sekuens basa komplementer akan saling
menemukan dan akan membentuk kembali heliks ganda berpasangan. Reformasi heliks ganda dari untaian
tunggal DNA pelengkap ini disebut renaturasi. Jika sekuens DNA diulang berkali-kali, denaturasi akan
menghasilkan sejumlah besar untaian tunggal komplementer yang akan berubah bentuk dengan cepat, lebih
cepat daripada laju renaturasi urutan yang hanya ada satu kali dalam genom. Memang, laju renaturasi DNA
berbanding lurus dengan jumlah salinan (jumlah salinan urutan dalam genom) - semakin tinggi jumlah salinan,
semakin cepat laju dan semakin sedikit waktu yang diperlukan untuk renaturasi. Analisis matematis tentang
tingkat renaturasi sekuens DNA dalam genom eukariotik memberikan bukti kuat untuk kehadiran kelas
sekuens DNA berulang yang berbeda, atau DNA berulang, dalam kromosom eukariotik. Proyek sekuensing
genom baru-baru ini telah memberikan informasi tambahan tentang berbagai jenis sekuens DNA berulang
dalam genom eukariotik, dan proyek sekuensing yang sedang berlangsung memberikan informasi tentang
variabilitas urutan yang terjadi pada populasi manusia (lihat Pada Ujung Tombak: Proyek 1000 Genom). Lokasi
urutan DNA yang berbeda dalam kromosom dapat ditentukan secara langsung dengan prosedur yang mirip
dengan eksperimen renaturasi yang dijelaskan di sini. Dengan prosedur ini, yang disebut hibridisasi in situ,
untaian berlabel DNA membentuk heliks ganda dengan DNA terdenaturasi masih ada dalam kromosom (lihat
Lampiran C: Hibridisasi In Situ). Urutan yang paling tinggi diulang dalam genom eukariotik tidak menyandikan
protein. Bahkan, mereka bahkan tidak ditranskripsikan. Sekuens lain yang kurang repetitif menyandikan
protein, seperti protein ribosom dan protein otot aktin dan miosin yang dibutuhkan dalam jumlah besar dan
masing-masing dikodekan oleh beberapa gen. Gen-gen yang menentukan RNA ribosom juga gen multikopi
karena sel-sel membutuhkan sejumlah besar RNA ribosom untuk menghasilkan ribosom yang diperlukan untuk
sintesis protein. Sekuens DNA berulang yang paling umum adalah elemen genetik transposable, sekuens DNA
yang dapat berpindah dari satu lokasi dalam kromosom ke yang lain atau bahkan ke kromosom yang berbeda
(Bab 17), atau sekuens tidak aktif yang berasal dari elemen transposable. Dalam D. melanogaster, sekitar 90
keluarga elemen transposable yang berbeda telah dikarakterisasi dan diberi nama yang menarik seperti hobo,
pogo, dan gipsi yang menunjukkan mobilitas mereka. Proporsi yang jauh lebih besar — antara 40 dan 50
persen — dari genom manusia mengandung unsur-unsur atau sekuens transposable yang berasal darinya.
Sebanyak 80 persen genom jagung dapat terdiri dari unsur-unsur genetik transposabel atau turunannya.