PROSES TRANSKRIPSI EUKARIOT

 Inisiasi

Proses inisiasi transkripsi eukariot membutuhkan tiga enzim polimerase yaitu RNA
polimerase I, II dan III. RNA polimerase I dan III berperan dalam mentranskripsikan gen yang
mengkode RNA transfer, RNA ribosomal dan berbagai sRNA (small RNA). RNA polimerase
berperan dalam mentranskripsikan banyak gen, termasuk semua gen yang mengkode protein.
Secara struktur RNA polimerase pada eukariot mirip dengan RNA polimerase pada prokariot.
Hanya saja pada RNA polimerase memerlukan banyak faktor yang disebut faktor transkripsi
umum. Faktor transkripsi umum membantu RNA polimerase II berada pada posisi yang tepat
dipromoter, membantu memisahkan 2 untai DNA untuk memu ngkinkan memulai transkripsi
dan melepaskan RNA polimerase dari promoter untuk memulai proses elongasi. TFII (faktor
transkripsi polimerase II) terdiri dari TFIIA, TFIIB, TFIIC, TFIID, TFIIE, TFIIF dan TFIIH.
TFIID mengikat sekuens DNA yang terdiri dari nukleotida T dan A. Sekuens ini disebut sekuens
TATA atau TATA box yang terletak pada nukleotida ke-25 dari titik awal transkripsi menuju
wilayah upstream. TFIID memiliki subunit TATA binding protein (TBP) yang secara langsung
dapat berikatan dengan sekuens TATA. Pengikatan TFIID menyebabkan distorsi DNA dalam
TATA box. Selanjutnya faktor transkripsi yang lain ikut berikatan bersama RNA polimerase II
membentuk kompleks inisiasi transkripsi (closed complex) dan akan diaktifkan oleh protein
aktivator transkripsi yang berikatan pada sekuens spesifik DNA yang disebut enhancer. Selain
membutukan protein aktivator, dibutuhkan juga protein kompleks yang disebut mediator yang
berperan dalam menjaga komunikasi antara protein aktivator dengan RNA polimerase II dan
faktor transkripsi. Setelah terbentuk kompleks inisiasi pada promoter, TFIIH memiliki subunit
yang bertindak seperti helikase dan menghidrolisis ATP untuk membuka untai ganda DNA di
titik awal replikasi. TFIIH juga melakukan fosforilasi terhadap domain ujung C atau domain C-
terminal atau Carboxyl Tail Domain (CTD) pada RNA polimerase II. Fosforilasi tersebut
menyebabkan RNA polimerase II mengalami perubahan konformasi dan faktor transkripsi umu
akan terlepas (open complex). Perubahan konformasi tersebut memungkinkan RNA polimerase
II bergerak menjauh dari promoter dan memulai proses elongasi transkripsi.

 Elongasi dan Terminasi

Elongasi transkripsi terjadi karena fosforilasi RNA polimerase II menyebabkan ikatan

antara CTD dan TBP menjadi lemah, sehingga RNA polimerase dapat bergerak sepanjang untai
DNA. Pada proses elongasi, RNA polimerase berasosiasi dengan faktor elongasi yang
merupakan protein yang mengurangi kemungkinan RNA polimerase terlepas dari untai DNA
sebelum mencapai akhir transkripsi. Faktor elongasi biasanya berhubungan dengan RNA
polimerase sesaat setelah inisiasi dan membantu RNA polimerase berpindah sepanjang sekuens
DNA. Terdapat kompleks kromatin ATP-dependent yang membantu RNA polimerase saat
sesekali terhenti pada proses elongasi. Proses elongasi akan terjadi hingga RNA polimerase
mencapai daerah terminator. Terminasi transkripsi dapat terjadi karena adanya aktivitas fosfatase
yang spesifik pada domain C-terminal atau CTD sehingga RNA polimerase tidak lagi mengalami
fosforilasi dan tidak mengalami perubahan konnformasi. Akibatnya RNA polimerase akan
melepaskan untai RNA yang telah terbentuk dari untai DNA dan selanjutnya RNA polimerase
akan terlepas dari untai DNA template.

PASCA TRANSKRIPSI

Secara khusus, transkripsi hanya beberapa langkah awal untuk menghasilkan molekul
mRNA yang mature. Langkah penting lainnya yaitu modifikasi ujung-ujung untai RNA dan
menghapus sekuens intron dari untai RNA melalui proses RNA splicing.

a. RNA capping

Setelah RNA polimerase menghasilkan sekitar 25 nukleotida RNA, ujung 5’ RNA akan
dimodifikasi dengan penambahan cap (tudung) yang terdiri dari modifikasi nukleotida guanin.
Pada proses capping, terdapat 3 enzim yang berperan yaitu:

 Enzim fosfatase yang berperan menghilangkan gugus fosfat pada ujung 5’ dari RNA yang
baru dihasilkan.

 Enzim guanyl transferase yang berperan menambahkan GMP (guanosin monophosphat).

 Enzim metil transferase yang berperan menambahkan gugus metil guanosin.

Cap (tudung) 5’ metil ini menandakan berakhirnya proses modifikasi 5’ pada mRNA
eukariotik. Proses capping ini berfungsi untuk melindungi mRNA dari degradasi, meningkatkan
efesiensi translasi mRNA disitosol.

b. Poliadenilasi mRNA

Transkrip mRNA juga mengalami modifikasi pada ujung 3’ melalui penambahan

nukleotida adenin sepanjang kurang lebih 200-250 nukleotida (poli A). Tempat terjadinya
poliadenilasi dicirikan oleh adanya sinyal poliadenilasi yang terdiri dari rangkaian nukleotida
AATAA, yang diikuti sekitar 20 nukleotida yang kaya akan residu GT serta motif yang kaya T.
Penambahan nukleotida A tersebut dilakukan dengan menggunakan aktivitas enzim poli (A)
polimerase yang ada dalam nukleus. Poliadenilasi dilakukan pada prekursor mRNA dengan cara
memotong pada bagian prekursor yang nantinya akan menjadi bagian mRNA yang matang
kemudian dilanjutkan dengan penambahan poli A pada ujung 3’ yang terbuka.

c. Splicing

Proses translasi pada eukariotik biasanya akan terganggu oleh adanya sekuens noncoding
yaitu intron. Proses penghapusan atau penghilangan sekuens intron tersebut dinamakan proses
RNA splicing atau prekursor mRNA (pre-mRNA). Umumnya proses RNA splicing yang
berlangsung dalam nukleus ini berfungsi untuk memproduksi mRNA. Proses splicing ini dapat
berlangsung hanya setelah ujung 5’ dan 3’ RNA selesai dimodifikasi dan disebut mRNA. Proses
splicing dilakukan oleh molekul RNA khusus yang dapat mengenali sekuens nukleotida proses
splicing terjadi dan mengkatalisis reaksi kimia splicing. Molekul RNA tersebut relatif pendek
(kurang dari 200 nukleotida) yang terdiri dari U1, U2, U4, U5 dan U6 yang dikenal sebagai
snRNAs (small nuclear RNAs) yang masing-masing disatukan dengan tujuh subunit protein dan
membentuk snRNP (small nuclear ribonucleoprotein). snRNPs tersebut kemudian membentuk
spliceosome, yang terdiri dari RNA dan protein yang dapat melakukan proses splicing pre-
mRNA. Tahap pertama yaitu, gugus 2-OH nukleotida adenin ujung 3’ pada intron akan
menempel pada ujung 3’ ekson 1 dan memotong ikatan fosfodiester antara gula-fosfat.
Selanjutnya ujung 5’ intron akan berikatan dengan nukleotida adenin dan terbentuk struktur loop
pada molekul pre-mRNA. Ujung 3’-OH pada ekson 1 akan berikatan dengan sekuens ekson 2.
Setelah kedua ekson bergabung, sekuens intron akan dilepaskan dan membentuk struktur lariat
yang nantinya akan dirusak menjadi nukleotida tunggal kemudian didaur ulang. Dua sekuens
ekson yang bergabung kemudian akan menjadi sekuens coding.