Elemen Transposabel Bagian 1

Resume

Disusun untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Genetika Lanjut

yang dibina oleh Prof. Dr. Siti Zubaidah, M.Pd

Oleh:
Kelompok II / Kelas A
1. Andi Besse Tenriawaru 140341807323
2. Diandara Oryza 140341807253

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

PASCASARJANA
PROGRAM MAGISTER PENDIDIKAN BIOLOGI
Januari 2015
A. Gambaran Umum mengenai Elemen Transposabel
Ada sebuah kearifan lokal di Amerika Barat Daya, mereka mempercayai warna biji
jagung mewakili kepercayaan tertentu, misalnya warna biru dianggap suci sedangkan warna
lain menjadi tanda kekuatan dan semangat. Pola warna warni pada jagung, secara ilmiah
karena adanya fenomena genetik yang disebut transposisi yaitu urutan DNA pada genom
yang dapat berpindah dari satu posisi ke posisi lainnya. Elemen yang dapat berpindah disebut
transposon, pada jagung ada 85% transposon dari keseluruhan DNA.
Berdasarkan proses perpindahannya, maka elemen transposabel dibagi dalam 3
kategori yaitu:
1) Dalam kategori pertama, transposisi dilakukan dengan mengeluarkan sebuah elemen
dari posisinya di kromosom dan memasukkannya ke posisi lain. Peristiwa
pengeluaran dan penyisipan dikatalisasi oleh enzim yang disebut transposase, yang
biasanya dikodekan oleh elemen itu sendiri. Ahli genetika menyebut mekanisme ini
sebagai cut dan paste transposition karena elemen secara fisik dipotong dari satu situs
di kromosom dan disisipkan ke situs baru, yang bahkan mungkin pada beberapa
kromosom yang berbeda. Transposisi ini termasuk dalam kategori cut dan paste
transposon.
2) Pada kategori kedua, transposisi dicapai melalui proses yang melibatkan replikasi
DNA elemen transposabel itu. Sebuah transposase dikodekan oleh elemen yang
menengahi interaksi antara elemen dan situs penyisipan potensial. Selama interaksi
ini, unsur transposabel direplikasi, dan satu salinannya dimasukkan pada situs baru;
satu salinan tetap di lokasi aslinya. Karena ada tambahan satu salinan dari elemen,
ahli genetika menyebut mekanisme ini sebagai transposisi replikatif atau transposon
replikatif.
3) Dalam kategori ketiga, transposisi dilakukan melalui proses yang melibatkan
penyisipan salinan elemen yang disintesis dari elemen RNA. Enzim yang disebut
reverse transcriptase menggunakan elemen RNA sebagai cetakan untuk sintesis
molekul DNA, yang kemudian disisipkan dalam situs kromosom yang baru. Karena
mekanisme ini berbalik arah dari arah bisanya dimana arus informasi genetik adalah
dari RNA ke DNA bukan dari DNA ke RNA, ahli genetika mengkategorikan sebagai
retrotransposisi dan elemennya disebut retrotransposon. Beberapa elemen dari
perpindahan ini berhubungan dengan kelompok khusus dari virus yang memanfaatkan
reverse transcriptase dari retrovirus yang disebut elemen retrovirus. Elemen lainnya
yang terlibat dalam retrotransposisi disebut retroposons.

Katergori contoh Organisme

Cut dan paste transposons Elemen IS (fe.g.IS 50) Bakteri
Transpososn gabungan Bakteri
Elemen Ac/Ds Jagung
Elemen P Drosophila
Elemen hobo Drosophila
Piggy bac Ngengat
Sleeping beauty Salmon
Transposon replikatif Elemen Tn3 bakteri
Retrotransposon
a. Elemen mirip retrovirus Ty1 Kapang
(pengulangan panjang dari Copia Drosophila
terminal, LTR, Gypsi Drosophila
retrotransposon)
b. Retroposons F.G dan elemen I Drosophila
Retroposons telomerik Drosophila
LINES (misalnya: L1) Manusia
SINES (misalnya: Alu) Manusia

B. Elemen Transposabel pada Bakteri

Ada tiga jenis tipe utama: insertion sequences, atau elemen IS, transposon gabungan
dan elemen TN3. Ketiga jenis transposon berbeda dalam ukuran dan strukturnya. Elemen IS
merupakan elemen yang paling sederhana, hanya berisi gen yang mengkode protein yang
terlibat dalam transposisi. Transposon gabungan dan elemen TN3 lebih kompleks,
mengandung beberapa gen yang mengkodekan produk yang tidak terkait dengan proses
transposisi.

1) Elemen Insertion Sequences (IS)

Dinamakan demikian karena elemen ini dimasukkan diberbagai situs di kromosom
bakteri maupun plasmid. Elemen IS biasanya memiliki kurang dari 2500 pasang nukleotida
dan hanya berisi gen yang produknya terlibat dalama mengawali dan mengatur transposisi.
Elemen ini memiliki ciri khusus dengan adanya terminal inverted repeats yaitu sekuen akhir
yang arahnya terbalik dengan panjang 9 hingga 40 pasang nukleotida. Bagian ini penting,
karena jika terjadi mutasi pada bagian ini maka transposon akan kehilangan kemampuannya
untuk berpindah. Elemen IS mengkode protein yang disebut transposase yang dibutuhkan
untuk transposisi. Transposase ini terikat dan berada pada bagian akhir dari elemen dan
kemudian memotong kedua untai DNA. Proses ini lebih jelas dapat diamati pada gambar
berikut:
 Selain itu, elemen IS dapat membentuk rekomendasi antara 2 jenis plasmid. Seperti
gambar berikut:

Saat plasmid membawa gen yang resisten untuk antibiotik streptomycin (str’)
direkombinasi dengan sebuah plasmid yang dapat dipindahkan antar sel selama konjugasi
(sebuah plasmid konjugasi). Peristiwa rekombinasi ini domediasi oleh IS 1 yang ditunjukkan
oleh kedua plasmid, dan menghasilkan plasmid yang lebar dimana keduanya mempunyai gen
str’ dan mampu untuk dipindahkan selama konjugasi. Plasmid yang mentransfer gen untuk
antibiotik resistensi antara sel disebut plasmid R konjugatif. Plasmid ini memiliki dua
komponen: faktor transfer resistensi atau RTF, yang berisi gen yang diperlukan untuk transfer
konjugasi antara sel-sel, dan R-determinan, yang mengandung gen atau gen untuk antibiotik
resistensi. Plasmid R konjugatif dapat ditransfer dengan cepat antara sel-sel dalam populasi
bakteri, bahkan antara jenis sel yang cukup misalnya, antara coccus dan bacillus. Beberapa
plasmid R konjugatif membawa beberapa antibiotik resistensi yang berbeda gen. Plasmid ini
dibentuk oleh integrasi berturut gen resistensi melalui IS-yang dimediasi oleh peristiwa
rekombinasi. Evolusi beberapa obat resistensi telah terjadi pada beberapa spesies patogen
bagi manusia, termasuk jenisStaphylococcus, Enterococcus, Neisseria, Shigella, dan
Salmonella. Sekarang banyak infeksi bakteri menyebabkan penyakit seperti disentri, TBC,
dan gonore yang sulit untuk diobati karena patogen telah memperoleh resistensi terhadap
beberapa antibiotik yang berbeda. Untuk mengeksplorasi evolusi plasmid multiresistensi
terhadap obat dipecahkan dengan : Mengumpulkan Gen Obat-Resisten.

2) Transposon Gabungan
Transpososn gabungan adalah transposon yang terbentuk saat 2 elemen IS disisipkan
didekat satu sama lainnya. Transposon gabungan, masing-masing dilambangkan dengan
simbol Tn. Pada Tn9, elemen IS mengapit dalam orientasi yang sama satu sama lain,
sedangkan di Tn5 dan Tn10, orientasinya terbalik. Daerah antara elemen IS di setiap
transposon ini mengandung gen yang tidak ada hubungannya dengan transposisi, dapat
diamati pada gambar berikut ini:

Kadang-kadang elemen IS yang mengapit dalam transposon gabungan tidak cukup

identik. Misalnya, di Tn5, unsur di sebelah kanan, yang disebut IS50R, mampu menghasilkan
transposase untuk merangsang transposisi, namun unsur di sebelah kiri, yang disebut IS50L,
tidak. Perbedaan ini disebabkan perubahan pasangan nukleotida tunggal yang mencegah
IS50L mengkode transposase yang aktif.

3) Elemen TN3
Bakteri mengandung transposon besar lainnya yang tidak memiliki elemen IS di
masing-masing ujungnya. Sebaliknya, transposon ini berakhir pada pengulangan terbalik
yang sederhana sepanjang 38-40 pasang nukleotida. Namun, seperti transposon cut-dan-paste,
mereka menghasilkan situs target duplikasi ketika mereka masuk ke dalam DNA.

Organisasi genetik Tn3 ditunjukkan pada Gambar 17.5. Di sana ada tiga gen, tnpA,
tnpR, dan bla, masing-masing mengkode sebuah transposase, resolvase/represor, dan enzim
yang disebut beta laktamase. Beta lac-TAMASE memiliki kemampuan resiten terhadap
antibiotik ampisilin, dan dua protein lainnya memainkan peran penting dalam transposisi.
Tn3 adalah sebuah transposon replikatif yang bergerak dalam proses dua tahap, yaitu:
a) Pada tahap pertama, transposase yang memediasi fusi dua molekul-untuk melingkar
misalnya, dua plasmid, satu membawa TN3 (donor plasmid) dan yang lainnya tidak
membawa itu (plasmid penerima). Struktur hasilnya disebut cointegrate. Selama
pembentukan cointegrate tersebut, Tn3 direplikasi, dan satu salinan dimasukkan pada
setiap titik di mana dua plasmid telah menyatu; dalam cointegrasi ini dua salinan dari
Tn3 memiliki orientasi yang sama.
b) Pada tahap kedua dari transposisi, tnpR yang mengkode resolvase menengahi sebuah
rekombinasi pada daerah spesifik antara kedua salinan Tn3. Peristiwa ini terjadi pada
urutan Tn3 yang disebut res atau situs resolusi, dan ketika selesai, cointegrate yang
diselesaikan dalam dua plasmid penyusunnya, masing-masing dengan salinan TN3.
C. Elemen Transposabel pada Eukariot
1) Elemen Cut dan Paste
a) Elemen Ac dan Ds pada Jagung
Elemen Ac dan ds pada jagung ditemukan oleh ilmuwan Amerika yaitu Barbara
McClintock. Berdasarkan analisis genetik, aktivitas dari elemen ini bertanggung jawab untuk
memberi warna pada jagung. Beberapa tahun selanjutnya Nina federoff, Joachim Messing,
Peter Starlinger, Heinsz Saedler, Suzan Wessler dan teman-temannya mengisolasi elemen
dan membedakan struktur masing-masing elemen.
McClintock menemukan elemen Ac dan Ds dengan mempelajari kerusakan kromosom.
Dia menggunakan penanda genetik yang mengendalikan warna biji pada jagung untuk
mendeteksi kerusakan. Saat sebuah partikel penanda hilang, McClintock berkesimpulan
bahwa segmen kromosom yang ada d lokasi tersebut hilang, yang mengindikasikan peristiwa
kerusakan telah terjadi. Penanda yang hilang dideteksi dengan penggantian warna pada
aleuron, lapisan terluar dari 3 lapisan endosperm dari biji jagung. Pada satu eksperimen,
penanda genetis yang digunakan McClintock adalah alel dari lokus C pada lengan pendek
kromosom 9. Karena alel ini, C1 adalah inhibitor dominan dari pewarnaan aleuron, beberapa
biji lainnya tidak memiliki warna. McClintock mengabungkan antara CC dengan polen dari
C1 C1, produknya adalah C1CC (triploid endosperm dengan 2 alel dari induk betina dan 1 alel
induk jantan. Walaupun McClintock menemukan kebanyakan dari biji jagung adalah tidak
berwarna, seperti yang diperkirakan, beberapa memiliki warna seperti potongan pigmen ungu
kecoklatan. McClintock mengira, alel penghambat C1 kemungkinan hilang sewaktu-waktu
selama perkembangan endosperm, mengawali menggandaaan dari jaringan yang
memungkinkan untuk pembuatan pigmen. Genotip ganda harusnya –CC, dimana garis
menandakan kehilangan alel C1.
Kedua faktor ini Ac/Ds mampu menjelaskan ketidakstabilan genetik pada kromosom 9
yang diteliti oleh McClintock. Eksperimen lanjutan menjelaskan bahwa cara ini hanyalah
satu dari banyak cara yang menunjukkan ketidakstabilan dari genom jagung. McClintock
menemukan kerusakan bagian lainnya pada sisi yang berbeda dari kromosom 9 dan juga pada
kromosom lainnya. Karena kerusakan pada bagian ini secara terpisah diaktivasi oleh Ac, dia
menyimpulkan bahwa faktor Ds dapat muncul pada daerah berbeda pada genom dan dapat
berpindah dari satu sisi ke sisi lainnya.
Kedua faktor ini Ac/Ds mampu menjelaskan ketidakstabilan genetik pada kromosom 9
yang diteliti oleh McClintock. Eksperimen lanjutan menjelaskan bahwa cara ini hanyalah
satu dari banyak cara yang menunjukkan ketidakstabilan dari genom jagung. McClintock
menemukan kerusakan bagian lainnya pada sisi yang berbeda dari kromosom 9 dan juga pada
kromosom lainnya. Karena kerusakan pada bagian ini secara terpisah diaktivasi oleh Ac, dia
menyimpulkan bahwa faktor Ds dapat muncul pada daerah berbeda pada genom dan dapat
berpindah dari satu sisi ke sisi lainnya.
Penjelasan ini menunjukkan analisis subsekuen. Elemen Ac dan Ds merupakan keluarga
dari transposon. Elemen ini secara struktur saling berhubungan satu sama lainnya dan dapat
disisipkan pada bagian berbeda pada kromosom. Salinan yang banyak dari elemen Ac dan Ds
sering ditunjukkan pada genom jagung. Berdasarkan analisis genetik, McClintock
mendemosntrasikan bahwa Ac dan Ds dapat berpindah. Ketika satu dari elemen ini disisipkan
dalam atau didekat gen, mcClintock menemukan bahwa fungsi gen tersebut berubah dan
bahkan hilang sama sekali. Kemudian, Ac dan Ds dapat memicu mutasi dengan menyisipkan
ke dalam gen. Untuk menegaskan efek pada ekspresi gen, Ac dan Ds disebut elemen
pengontrol transposon.
Sekuen DNA menunjukkan bahwa elemen Ac terdiri dari 4563 pasang nukleotida yang
pengulangannya terbalik ada sepanjang 11 pasang nukleotida. Akhir dari pengulangan
terbalik adalah penting untuk transposisi. Setiap elemen Ac juga diapit oleh 8 pasang
nukleotida. Karena arah dari pengulangan dimunculkan saat elemen disisipkan pada
kromosom, maka daerah target duplikasi bukan bagian integral dari elemen. Tidak seperti Ac,
elemen Ds secara struktur adalah heterogen. Mereka memiliki terminal pengulangan yang
sama dengan elemen Ac, yang menunjukkan bahwa mereka berasal dari keluarga transposon
yang sama, tapi sekuen internal mereka berbeda. Beberapa elemen ds muncul sebagai turunan
dari elemen Ac yang hilang dari sekuen internal. kehilangan dari elemen ini dapat disebabkan
oleh tidak selelsainya sintesis DNA selama proses replikasi dan transposisi. Elemen lain yang
mengandung non-Ac DNA antara pengulangan terminal. Anggota yang tidak biasa dari
keluarga Ac/Ds disebut penyimpangan elemen Ds. Kelas ketiga dari elemen Ds ditandai
dengan susunan aneh piggybacking (gambar 17.9d), satu dari elemen ini disisipkan pada
bagian lainnya tapi dalam orientasi yang sebaliknya. Hal ini disebut juga dengan elemen Ds
ganda yang muncul yang mempunyai peranan dalam kerusakan kromosom yang diteliti oleh
McClintock.
Aktivitas dari elemen Ac/Ds , penghilangan dan perpindahan posisi dan proses genetik
lainnya termasuk mutasi dan kerusakan kromosom disebabkan oleh transposase yang dikode
oleh elemen Ac. Transposase berhubungan dengan sekuen yang ada pada dan dekat dengan
bagian akhir dari elemen Ac dan Ds, dengan fungsi mempercepat perpindahan. Delesi atau
mutasi dalam gen yang mengkode transposase menghilangkan fungsi katalis ini. Kemudian
elemen Ds, secara jelas tidak bisa mengaktivasi diri. Walaupun mereka dapat teraktivasi jika
trasnposase diproduksi oleh elemen Ac pada beberapa tempat pada genom. Transposase
dibuat pada elemen ini dapat bergabung melewati nukleus, berikatan dengan elemen ds dan
mengaktifkannya. Transposase Ac adalah protein transacting.
Transposon berhubungan dengan elemen Ac/Ds yang ditemukan pada spesie lainnya,
termasuk hewan. Ada satu elemen yang disebut bobo, yang dinamakan demikian sesuai
kemampuannya untuk berpindah. Dapat ditemykan pada beberapa spesies dari Drosophilla.
Untuk lebih memahaminya kita akan melakukan keterampilan memecahkan masalah melalui
analis aktivitas transposon pada jagung.

C. Elemen P dan Hibrida Disgenesis pada Drosophilla

Elemen P adalah tranposon yang menyebabkan terjadinya disgenesis hibrid pada
Drosophila. Penemuan Margaret dan Kidwell (1977): Drosophila yang disilangkan
menghasilkan bermacam-macam sifat menyimpang, termasuk mutasi, kerusakan kromosom
dan kemandulan. Istilah Disgenesis hibrid atau: “penurunan kualitas” yang digunakan untuk
menunjukkan kelainan sindrom ini adalah suatu fenomena dimana persilangan antara induk
yang mempunyai tipe sel (sitotipe) M dengan sel induk tipe sel P akan menghasilkan hibrid
yang disgenik.
 Kidwell dan rekan-rekannya menemukan bahwa mereka bisa mengklasifikasikan
galur Drosophila menjadi dua jenis utama berdasarkan pada ada atau tidaknya produksi
persilangan disgenesis pada uji silang. Kedua jenis galur dilambangkan M dan P. Hanya
persilangan antara M dan P strain menghasilkan hibrida disgenesis, dan mereka
melakukannya hanya jika jantan yang di silangkan adalah dari galur P. Persilangan antara dua
galur P yang berbeda, atau antara dua strain M yang berbeda, menghasilkan hibrida yang
normal. Kita dapat meringkas fenotip keturunan hibrida dari persilangan ini berbeda dalam
tabel sederhana:
Female Parent
M P
Male Parent M Normal Normal
P disgenik Normal
Induk dari galur yang berbeda akan mempengaruhi bentuk hibrida disgenik yang maternal
ataupun paternal, yang ditandai dengan M dan P.
Bagi Kidwel dan rekannya, penemuan ini menunjukkan bahwa kromosom dari galur P
membawa faktor genetik yang telah aktif ketika memasuki telur yang dibuat oleh betina M,
dan hanya teraktiviasi sekali. Faktor ini memicu mutasi dan kerusakan kromosom.
Analisis sekuen DNA menunjukkan elemen P berbeda ukuran. Elemen yang terbesar
adalah 2907 pasang nukleotida, termasuk bagian terminal yang berulang, yaitu 31 pasang
basa. Elemen P yang komplit membawa gen mengkode transposase. Saat transposase P
memotong DNA di dekat akhir dari elemen P, bagian ini dapat memindahkan elemen pada
lokasi baru dalam genom. Elemen p yang tidak komplit kehilangan kemampuan untuk
menghasilkan transposase karena beberapa dari sekuen internalnya hilang, bagaimanapun
akan mempengaruhi sekuen terminal dan subterminal yang dikenali oleh tranposase. Elemen
ini dapat berpindah jika transposase memproduksi elemen komplit pada bagian lain di
kromosom.
Kesimpulan:
1. Elemen transposabel Ds pada jagung, ditemukan karena kemampuannya untuk merusak
kromosom yang aktif oleh elemen transposon lainnya Ac yang mengkode transposase.
2. Elemen transposabel P berperan dalam hibrida disgenesis, sebuah sindrom dari germ line
yang tidak normal yang terjadi pada keturunan yang disilangkan antara galur P dan M dari
Drosophila.
3. Antara germ line, aktivitas elemen P dikontrol oleh RNA kecil (piRNA) yang merupakan
turunan dari elemen P itu sendiri.

Pertanyaan Andi Besse Tenriawaru (140341807323):

1. Apa yang mendasari pengklasifikasian galur Drosophila menjadi dua jenis utama?
Jawaban: Kidwell dan rekan-rekannya menemukan bahwa mereka bisa
mengklasifikasikan galur Drosophila menjadi dua jenis utama berdasarkan pada ada atau
tidaknya produksi persilangan disgenesis pada uji silang. Kedua jenis galur dilambangkan
M (maternal) dan P (paternal). Hanya persilangan antara M dan P strain menghasilkan
hibrida disgenesis, dan mereka melakukannya hanya jika jantan yang di silangkan adalah
 dari galur P. Persilangan antara dua galur P yang berbeda, atau antara dua strain M yang
berbeda, menghasilkan hibrida yang normal.
2. Bagaimana proses tahap replikatif genetif pada elemen Tn3?
Jawaban:
a) Pada tahap pertama, transposase yang memediasi fusi dua molekul-untuk melingkar
misalnya, dua plasmid, satu membawa TN3 (donor plasmid) dan yang lainnya tidak
membawa itu (plasmid penerima). Struktur hasilnya disebut cointegrate. Selama
pembentukan cointegrate tersebut, Tn3 direplikasi, dan satu salinan dimasukkan pada
setiap titik di mana dua plasmid telah menyatu; dalam cointegrasi ini dua salinan dari
Tn3 memiliki orientasi yang sama.
b) Pada tahap kedua dari transposisi, tnpR yang mengkode resolvase menengahi sebuah
rekombinasi pada daerah spesifik antara kedua salinan Tn3. Peristiwa ini terjadi pada
urutan Tn3 yang disebut res atau situs resolusi, dan ketika selesai, cointegrate yang
diselesaikan dalam dua plasmid penyusunnya, masing-masing dengan salinan TN3

Pertanyaan: Diandara Oryza (140341807253)

1. Bagaimanakah rekombinasi antara elemen IS pada bakteri dapat dijelaskan? Kenapa perlu
rekombinasi?
Jawaban: Rekombinasi pada 2 jenis elemen IS merupakan salah satu bentuk pertahanan
dalam populasi. Dimana rekombinasi memungkinkan bakteri untuk memindahkan gen
resisten terhadap antibiotik. Rekombinasi terjadi antra 2 plasmid bakteri, yang 1 memiliki
gen resisten antibiotik sedangkan yang lain tidak (plasmid yang berperan dalam konjugasi
adalah yang tidak memiliki gen antibiotik, kemudian karena memiliki elemen IS yang
sama maka terjadilah rekombinasi sehingga terjadi perpindahan elemen IS juga sekuen
yang mengandung gen resisten antibiotik. Fungsi dari rekombinasi ini adalah
menghasilkan bakteri yang tahan terhadap antibiotik sehingga populasinya terus bertahan.

2. Pada, eksperimen yang dilakukan oleh Barbara McClintock pada biji jagung yang
disilangkan dengan alel yang mengandung gen inhibitot warna tetap terdapat bercak coklat
keunguan, bagaimana hal ini dapat dijelaskan?
Jawaban: hal ini disebabkan adanya kerusakan pada kromosom dimana gen yang
membawa gen inhibitor menghilang akibat adanya komponen Ds yang dipicu oleh
komponen Ac.