Peranan plasmid diketahui sejak dua decade terakhir. Plasmid telah diidentifikasi pada
hampir semua jenis bakteri yang diuji. Plasmid diketahui memiliki peranan penting : (1)
penyebaran antibiotic dan pertahanan terhadap pemberian obat bakteri pathogen dan
menentukan stabil atau tidaknya microorganism.
Terdapat 3 jenis plasmid bakteri yang telah dipelajari : (1) F dan F’ plasmid
merupakan faktor yang berkaitan dengan reproduksi bakteri yakni konjugasi.(2) R plasmid
(sebelunya disebut RTF) merupakan plasmid yang membawa gen untuk resistensi terhadap
antibiotic atau obat antibakteri lainya.(3) Col plasmid (sebelumnya disebut colicinogenic
faktor) merupakan protein yang mampu membunuh sel bakteri E.coli. Plasmid pada bakteri
dapat mengkode bakteriocin selain colicin. Misalnya, plasmid diketahui dapat mengkode
vibriocin. Vibriocin merupakan protein yang dapat membunuh bakteri Vibrio cholerae.
Kromosom mitokondria dan kloroplas pada eukariota juga memilki plasmid. Plasmid
dapat dibagi menjadi 2 kelompok berdasarkan kemampuanya untuk melakukan konjugasi. (1)
Plasmid konjugatif mampu melakukan transfer DNA. Plasmid R memiliki sifat konjugatif
sehingga memiliki kemampuan dalam penyebaran gen serta kemampuan pertahanan terhadap
obat bakteri pathogen. (2) Plasmid non konjugatif (non transmissible) merupakan plasmid
yang tidak dapat melakukan transfer DNA. Beberapa plasmid R dan Col plasmid bersifat non
konjugatif.
Episom
Beberapa plasmid memiliki elemen genetic yang disebut episom. Episom merupakan
materi genetic yang dapat melakukan replikasi dengan cara (1) menyisipkan secara kovalen
pada kromosom inang (2) sebagai elemen genetic autonom (menggandakan diri dan
dipindahkan tanpa bergantungkepada kromosom bakteri) maupun pada keadaan integrasi
(melekat pada kromosom bakteri, berperan serta bersamanya dalam rekombinasi genetika dan
dipindahkan bersama kromosom bakteri tersebut).
Percobaan M.S Fox dan M.K mants Allen penyisipan secara kovalen dari untai
tunggal DNA pada kromosom bakteri Diplococcus pneumoniae. Sel yang menyisipkan gen
secara kovalen tadi, kemudian ditumbuhkan dalam medium yang mengandung fosfor, isomer
hydrogen dan nitrogen. Apabila DNA sel yang disisipkan tersebut mengandung radioaktif
menunjukkan warna oranye. Selanjutnya, sel penerima ditumbuhkan dalam medium normal
(non radioaktif) hasilnya menunjukkan warna hijau. Sel yang disisipi DNA bersifat
radioaktif dapat dianalisis menggunakan gradien cessium klorida. (1) ketika DNA diekstrak
dan dianalisis menggunakan gradien cessium klorida akan berubah menjadi warna oranye hal
tersebut menunjukkan bahwa DNA mengandung radioaktif. Warna oranye ditimbulkan akibat
masa jenis cessium klorida lebih besar daripada masa jenis DNA. Apabila masa jenis DNA
lebih besar dari cessium klorida maka akan menunjukkan warna hijau. Hal tersebut berkaitan
dengan panjang pendeknya segmen DNA yang menerima cahaya.
Apabila DNA transformasi diberi paparan gelombang suara, massa jenis satu rantai
DNA tidak berubah. Denaturasi dari sel DNA yang ditransformasikan tidak mengalami
perubahan yang signifikan terhadap masa jenis DNA pemberi. Jika terjadi denaturasi pada
rantai tunggal DNA serta masa jenis rantai tunggal DNA lebih besar dari rantai double heliks
DNA, hal tersebut menunjukkan hasil DNA pemberi yang disisipkan secara kovalen pada
kromosom penerima. Hanya setelah DNA transformasi mengalami denaturasi, DNA pemberi
akan kembali massa jenisnya. Peristiwa tersebut dapat dijelaskan pada proses penyisipan
kromosom pada transformasi bakteri pneumococcus.
Kelompok Ac/Ds dari jagung awalnya ditemukan oleh McClintock. Struktur yang
paling menarik adalah urutan dengan 11 nukleotida berulang dengan orientasi berkebalikan
yang disebut inverted terminal repeats. Elemen Ac bersifat identik sedangkan Ds bersifat
heterogen. Salah satu kelas dari elemen Ds merupakan elemen Ac yang mengalami delesi,
disebut Ds aberrant. Fungsi aktivasi Ac berhubungan dengan protein yang mereka sintesis.
Karena Ds tealah mengalami delesi yang mengkode protein tersebut maka sinyal aktivasi
menjadi terhenti dan Ds tidak dapat mengaktivasi diri sendiri. Ac mengaktivasi Ds dan ini
disebut trans-acting.
Pada family transposon jagung lainnya yang ditemukan oleh Mc Clinktock adalah
famili “suppressor mutator”. Pada family ini, elemen otonom disebut Spm dan elemen non-
otonom disebut dSpm (“d” = terhapus atau cacat). Elemen dSpm lebih kecil dari elemen Spm
karena bagian dari rantai DNA nya telah dihapus/hilang. Hal tersebut mengganggu fungsi gen
yang dibawa oleh elemen Spm lengkap sehingga mencegah sintesis produk gen. Karena
produk tersebut penting untuk transposisi, elemen dSpm tidak mampu merangsang
perpindahannya sendiri.
Elemen Spm memiliki fungsi sebagai suppresor fungsi gen dimana telah
ditransformasikan. Ini terjadi ketika elemen dSpm yang dimasukkan berinteraksi dengan
elemen Spm yang terletak di tempat lain di dalam genom.
Gambar diatas menunjukkan bahwa elemen dSpm telah disisipkan ke dalam salah satu gen
yang mengendalikan pigmentasi di dalam kernel. Meskipun penyisipan dSpm mengurangi
ekspresi gen tersebut, hal tersebut tidak menghambat sepenuhnya. Namun, ketika disisipkan
elemen Spm, ekspresi gen pigmentasi sepenuhnya terhambat. Hal ini menunjukkan bahwa
yang dimaksud dengan supresor adalah elemen Spm. Elemen Spm menstimulasi adanya
eksisi pada elemen dSpm di beberapa sel yang mengarah pada klon, dimana fungsi gen
dikembalikan. Sehingga hal tersebut menunjukkan bahwa perisriwa trans-acting dimana
elemen S.P, sebagai mutator.
Trasposon Drosophila
1. Retrotransposon
Banyak famili retrotransposon yang berbeda ada di Drosophila, tetapi mungkin tidak
lebih dari 30. Studi dengan strain yang berbeda menunjukkan bahwa ukuran masing-masing
famili bervariasi. beberapa drosophila hanya memiliki beberapa elemen gipsi, sedangkan
yang lain memiliki lebih dari 100. Selain itu, elemen ini dapat tersebar di seluruh genom yang
menempati posisi berbeda pada strain yang berbeda. Retrotransposon bertanggungjawab pada
mutasi genetic klasik Drosophila.
Survei menunjukkan bahwa terdapat variasi elemen P yang beragam pada genom
Drosophila. Beberapa lalat memiliki 50, sedangkan lainnya hanya memiliki beberpa.
Penemuan yang paling mengejutkan yaitu bahwa lalat yang berasal dari strain yang ditangkap
sebelum tahun 1950 tidak memiliki unsur P sama sekali. Studi terperici menunjukkan bahwa
strain “kosong” ini mewakili kondisi primitive dan elemen P telah menginvasi populasi alami
dari Drosophila selama beberapa waktu terakhir. Dalam hal ini, menarik untuk dicatat bahwa
kerabat terdekat D melanogaster telah melestarikan kondisi “kosong”, sedangkan spesies lain
yang jaraknya lebih jauh telah memperoleh elemen P. Pada saat ini tidak mungkin bahwa
elemen-elemen ini dimasukkan ke dalam banyak spesies Drosophila yang berbeda. Namun,
beberpa peneliti berspekulasi bahwa terdapat virus yang menginveksi Drosophila. Proses
seperti itu akan analog denagn transduksi sel E-Coli oleh bakteriofag.
Ada sedikit keraguan bahwa elemen transpos bertanggung jawab terhadap mutasi pada
varietas yang luas dari organisme. Bukti terbaik dari Drosophila yang mana banyak alel
mutan meliputi sisipan transposon. Bagaimanapun eksperimen ini dengan perbedaan dari
beberapapa elemen transposable, bahwa kejadian dari mutasi insersi adalah kejadian yang
jarang, karena family transposon diatur dengan ketat. Ini merupakan kejadian yang Nampak
ketika elemen P dimobilisasi di dysgenic hybrid dari Drosophila.
Gen dapat dimutasi dengan sisipan elemen transposable. Elemen transposable berguna
untuk transformasi genetic pada organisme tingkat tinggi.
Isu Evolusi
Elemen transposable berperan dalam evolusi. Hipotesis menunjukan bahwa elemen ini
merupakan alat alami untuk pengaturan gen yang memiliki kemampuan untuk
menggandakan, transpose, dan menyusun ulang sisipan DNA lain seperti gen untuk
kekebalan antibiotic. Elemen transposable telah menyebar karena telah memberikan
keuntungan selektif untuk membawanya. Hipotesis lain menunjukkan bahwa elemen
transposable telah menyebar dengan sederhana karena memiliki kemampuan untuk
melipatgandakan dengan bebas pada perlengkapan replikasi normal. Hal tersebut tidak bisa
pada semua transposon, tetapi hanya pada beberapa, seperti elemen bakteri yang mana dapat
men transpose dengan mekanisme replikasi. Elemen transposable adalah sedikit dari banyak
segmen parasite genetic dari DNA yang mana dapat mereplikasi dengan sendirinya, kadang
ketika rusaknya host.
2. Analisislah mengapa terkadang elemen IS pengapit pada transposon gabungan tidak identik !
Jawab : Tansposon gabungan terbentuk ketika dua elemen IS saling menginsersi.
Urutan ini dapat diubah oleh kerja sama dari elemen yang mengapitnya. Sebagai
contoh, pada Tn9, elemen IS yang mengapit langsung berorientasi dengan yang
lainnya sedangkan Tn5 dan Tn10 berorientasi terbalik. Masing-masing transposon
gabungan ini membawa gen yang tahan terhadap antibiotik. Tn9 tahan terhadap
chloraphenicol, Tn5 tahan terhadap kanamycin dan Tn10 tahan terhadap tetracycline.
Pada Tn5, elemen yang terletak di kiri, disebut IS50L tidak mampu untuk
menstimulasi transposisi namun elemen yang berada di kanan yaitu IS50R mampu
melakukannya. Perbedaannya adalah perubahan pasangan nukleotida tunggal
menghalangi IS50L untuk mensintesis faktor transposisi yang penting. Faktor ini
merupakan protein yang disebut transposase yang disintesis oleh IS50R.