PLASMID & EPISOM

1. PLASMID
Materi genetik pada bakteri dibawa oleh kromosom utama yang disebut dengan
plasmid. Plasmid merupakan molekul DNA ekstrakromosomal yang dapat bereplikasi
secara bebas. Umumnya, bakteri memiliki 1 kromosom berupa DNA sirkuler. Selain
memiliki 1 kromosom, bakteri memiliki DNA sirkuler yang ukurannya lebih kecil
daripada DNA kromosomnya, DNA sirkuler ini disebut dengan Plasmid.
Plasmid dapat dikelompokkan berdasarkan sifat yang disandi oleh gen yang
dikandungnya, yaitu :
1. Plasmid F (fertilitas) membawa gen tra, yang bertanggung jawab terhadap proses
konjugasi.
2. Plasmid R (resistensi) mengandung gen resistensi terhadap antibiotic atau logam
berat.
3. Plasmid Col, yakni plasmid yang mencode colicins yang sensitif membunuh sel
bakteri E.coli.
Selain sebagai materi genetik ekstrakromosom yang autonom, sebagian plasmid
ditemukan dalam bentuk terintegrasi dalam genom bakteri.
Plasmid memiliki sifat yang sama seperti sequences gen lain yang ada pada kromosom
bakteri. Plasmid yang terintegrasi dalam genim bakteri disebut dengan Episome.

EPISOME
Bberapa plasmid seperti faktor F, juga memenuhi definisi sebagai element genetik yang
disebut dengan episome. Episome adalah element genetik yang dapat bereplikasi dalam 2
alternatif cara,
1. Sebagai plasmid yang terintegrasi kedalam kromosom
2. Sebagai materi genetik yang autonom (tersendiri)
Plasmid tidak sama seperti episome-> PLASMID tidak ditemukan saat sudah
berkembang.

- Perbedaan PLASMID dengan EPISOME

PLASMID EPISOM
1. Molekul DNA Setiap jenis DNA ekstrakromosom
ekstrakromosom
2. Tidak dapat bergabung Yang dapat berikatan dengan DNA kromosom
dengan DNA kromosom
3. Berisi informasi genetik
untuk replikasi plasmid
 4. Plasmid merupakan
bagian dari episom

- Kegunaan plasmid dan episom bagi bakteri yakni:

1. Colicin yang diproduksi oleh E.coli dapat dibunuh dengan memproduksi
protein
2. Plasmid membawa sifat virulensi bagi bakteri. Contohnya Agrobacterium
tumefaciens yang membawa plasmid yang disebut dengan TI yang bersifat
patogen0> menyebabkan tumor pada tumbuhan dan rhizobium pada akar
kacang-kacangan untuk fiksasi nitrogen.
3. Plasmid sebagai vektor dalam teknik rekayasa genetika.
Contohnya, bakteri penghasul insulin yang dihasilkan dengan menanamkan
plasmid yang tekah dimodifikasi dengan disiipkan gen pengkode insulin,
dengan adanya plasmid bakteru dapat menghasilkan insulin.
Dalam rekayasa genetika, episome digunakan untuk menyuntikkan gen-gen
tertentu kedalam kromosom sel target, sehingga sel target memiliki sifat-sifat
yang dibawa gen. Gen yang disuntikkan akan berjuan dengan DNA induk sel
target.

TRANSPOSABLE ELEMENT
 Bagian terpenting dari analisis genetika klasik telah disediakan untuk penempatan gen
pada kromosom. Pembahasan pada bab sebelumnya, pemetaan genetik bergantung pada
perkiraan, bahwa gen tidak dapat berpindah dari satu posisi ke posisi yang lain. Secara luas,
anggapan ini telah memuaskan. Hampir seluruh gen menempati tempat yang telah ditentukan
di dalam kromosom, dan keseluruhan dari struktur pemetaan gen adalah bermacam-macam.
Namun, pada awal tahun 1940, peneliti telah menemukan bahwa beberapa deretan DNA
sebenarnya dapat berpindah posisi.
Perpindahan urutan ini dinamakan sebagai transporsable element atau transposons.
Ciri khasnya adalah berukuran sangat kecil, tersusun atas 500 sampai 10000 pasang
nukleotida, namun ada beberapa yang berukuran lebih besar. Pengkajian atas bermacam-
macam organisme, termasuk bakteria, fungi, nematoda, insect, tumbuhan, dan hewan,
mengesankan bahwa transporsable elements tersebar luas diantara prokariot dan eukariot.
Pada tingkat molekul, elemen ini sangat memperlihatkan variasi pada struktur dan fungsinya.

KETIDAKSTABILAN GEN DAN PENEMUAN TRANSPORSABLE ELEMEN

Transporsable elements ditemukan oleh B. Mc-Cintock karena ditemukan analisis
ketidakstabilan genetik pada jagung. Ketidakstabilan ini melibatkan kerusakan kromosom
dan ditemukan pada tempat dimana transporsable elements itu berada. Pada analisi Mc-
Clintock, kerusakan ini ditemukan dengan hilangnya penanda gen khusus. Pada beberapa
penelitian, Mc-Clintock menggunakan penanda yang mengkontrol pewarnaan pigmen dalam
aleuron, lapisan terluar dari endosperem biji jagung. Mengingat bahwa endosperm adalah
triploid, yang dihasilkan dari dua inti maternal dan satu inti paternal. Penanda Mc-Clintock
adalah sebuah lokus C pada lengan pendek dari kromosom 9. Sejak itu, alel dinamakan C 1
menjadi inhibitor dominan dari pewarnaan aleuron, sebagai hasilnya banyak biji jagung yang
seharusnya bewarna pucat. Mc-Clintock mengawinkan ovum CC bunga betina dengan polen
C1C1 dari bunga jantan, dan menghasilkan biji dimana endosperermnya adalah C 1CC.
Meskipun banyak biji yang bewarna pucat seperti yang diharapkan, beberapa bidang
memperlihatkan pigmen ungu kecoklatan. Mc-Clintock menebak itu adalah semacam
mozaik, inhibitor C1 telah hilang selama perkembangan endosperm, memimpin klon dari
jaringan yang mampu untuk memproduksi pigmen. Genotip dari klon seharunya CC, tanda
yang mengindikasikan hilangnya alel C1. Penelitian ini memperlihatkan bahwa alel ini telah
hilang karena kerusakan kromosom.
Situasi ini digambarkan dalam diagram Fig. 9.2 (Gardner hal 231). Sebuah
kerusakan pada tempat yang ditandai dengan tanda panah akan melepaskan segmen
kromosom dari sentomernya, membuat bagian yang dinamakan asentric fragment. Seperti
fragmen yang menjaga dari hilangnya fragmen selama terjadinya pembelahan sel, sehingga
seluruh keturunan sel ini akan kekurangan bagian dari kromosom paternal. Sejak hilangnya
fragmen yang membawa alel C1, tidak ada sel dari klon yang akan menghalangi
pembentukan pigmen, dan jika sebagian dari mereka memproduksi aleuron, maka sebuah
warna tambahan akan timbul. Hal ini diperlihatkan pada biji dalam fig.9.1.
 Mc-Clintock menemukan bahwa mozaik biji ini sering kali dihasilkan dari rusaknya
bagian dari daerah kromosom 9. Beliau menamakan faktor penyebab kerusakan ini dengan
Ds untuk Dissociation. Dalam penelitiannya kromosom yang membawa alel C1 juga
membawa faktor Ds. Namun, dirinya sendiri tidak mampu menginduksi kerusakan
kromosom. Sampai sebuah pekerjaan yang teliti, Mc-Clinktock menemukan bahwa Ds
diaktivkan ileh faktor lain, yang dinamakan Ac untuk Activator. Faktor Ac ini hadir dalam
beberapa biji jagung, dan tidak ada pada sebagiannya. Dengan perbedaan penyilangan, Ac
dapat dikombinasikan dengan Ds, membentuk kondisi yang meminpin kerusakan kromosom.
Dua sistem faktor ini memberikan sebuah penjelasan tentang ketidakstabilan genetik
yang diteliti Mc-Clintok pada kromosom 9. Namun, pada penelitian lanjutan memperlihatkan
bahwa ini hanya satu dari banyak kestabilan yang ada pada genome jagung. Mc-Clintock
menemukan hal lain dari kerusakan yang bertempat pada daerah lain di dalam kromosom.
Sejak kerusakan pada daerah itu yang dibantu dari aktivasi Ac, Mc-Clintock menarik sebuah
hipotesis bahwa faktor Ds juga terlibat. Penjelasan sederhananya, bahwa faktor Ds ada pada
banyak tempat yang brebeda dalam genome, dan memungkinkan Ds untuk berpindah posisi.
Penjelasan yang terlahir dari analisi berikut. Ac dan Dc, kedua-duanya adalah
anggota keluarga dari trensporsable element.elemen ini secara struktur memiliki hubungan
satu sama lain dan dapat dimasukkan pada banyak daerah yang berbeda pada kromosom.
Pada kenyataannya, sering kali terjadi penggandaaan yang banyak dari elemen Ac dan Dc ada
pada genom maize. Hingga analisi genetikaa, Mc-Clitock memperlihatkan bahwa keduanya
dapat berpindah. Ketika elemen ini domasuki di dalam atau didekat sebuah gen, Mc-Clintock
menjumpai bahwa fungsi gen tersebut berubah. Bahkan fungsi tersebut sama sekali
dihilangkan. Oleh karena itu berpengaruh pada ekspresi genetik, Mc-Clintock pun mengganti
Ac dan Dc sebagai controling element.
Kadang-kadang mutasi hasil dari penyisipan controling element ini tidak stabil (fig.
9.3). sebagai contoh, suatu mutasi dari lokus merah tua (bz-m2), secara spontan kembali
dengan sangat cepat. Mutasi ini mengandung penyisipan elemen Ac dan kembali ketika
elemen Ac dihilangkan. Mutasi lain (bz-m1), terdiri dari penyisipan Ds, namun pengambalian
hanya terjadi padan elemen Ac yang berada pada daerah lain di dalam genom. Perbedaan
diantara dua alel yang dapat bermutasi ini, telah memperlihatkan sebuah keistimewaan dari
sistem Ac/Dc. Elemen Ac dapat mengaktifkan dirinya sendiri, sedangkan elemen Dc tidak
dapat. Ketika, sebuah transposon dapat mengaktifkan dirinya sendiri, dapat dikatana sebagai
fungsi autonom, ketika tidak dapat mengaktifkan diri dianggap sebagai nonautonom.

TRANSPORSABLE ELEMEN PADA BAKTERI

Ketidakstabilan genetik juga ditemukan pada bakteri, dan pada banyak kasus telah
memudahkan dalam pengidentifikasian transporsable element. Tranposon bakteri ini
merupakan hal yang pertama kali dipelajari pada tingkat molekul dan memberikan petunjuk
penting tentang pengaturan dan tingkah laku dari transposon eukariot. Transposon bakteri
tersederhana adalah IS element, yang telah diperkenalkan pada bab 8. Benda ini panjangnya
kurang dari 1500 pasangan nukleotida, dan tersusun atas satu gen yang terlibat dalam
penyelenggaraan atau pengaturan tranposisi. Terkadang, dua homolog elemen IS bergabung
dengan gen lain ke dalam bentuk transposon campuran, dan ditunjukkan dengan tanda Tn.
Tanda ini juga digunakan untuk menunjukkan transposon yang tidak berisi elemen IS, seperti
elemen yang dikenal sebagai Tn3. Transposon gabungan, terdiri atas gen yang
tidakdiperlukan dalam tranposisi. Pada penggbungan bakteriofage (Bab 8 pp. 210-213) juga
dianggap sebagai tranporsable element karena dapat menyisipkan diri pada kromosom
bakteri. Namum faga ini menunjukkan ukuran transposon yang melebihi batas dan secara
jelas terdiri dari banyak gen yang tidak diperlukan dalam tingkah laku penyisipan.
IS Elemen
Elemen IS diorganisasikan dengan kompak. Dicirikan degnan adanya urutan kode
tunggal yang berurutan, sama, atau hampir mirip dengan kedua ujung urutan (Fig. 9.4).
Urutan terminal selalu dibalikkan arahnya dengan saling mematuhi satu sama lain, sehingga
mereka dikenal sebagai interval terminal repeat. Panjanganya berkisar dari 9 sampai 40
pasang nukleotida.
Ketika elemen IS disisipkan pada kromosom atau plasmid, mereka membentuk
sebuah urutan replikasi DNA yang bertempat pada tempat penyisipan. Satu salinan duplikasi
berada pada sisi yang lain dari elemen ini. Pada urutan 3-12 pasang nukleotida, secara
langsung mengulangi urutan yang kemudian disebut target site diplication dan sampai
kemunculannya pada karusakan urutan DNA rantai ganda (Fig. 9.5). seperti pembahasan pada
bab 8, elemen IS bertindak pada penggabunga episom ke dalam kromosom bakteri. Proses ini
berhubungan dengan penggabungan kembali antara elemen IS pada episo dan pada
kromosom.
Composite transposons dibuat ketika dua elemen IS disisipkan secara berdekatan.
Urutan yang terdapat diantaranya kemudian dapat diubah oleh aksi penggabungan sisi
elemen. Figure 9.6 memberaikan tiga contoh. Pada TN9, sisi elemen IS secara langsung
mengarah dengan berhubungan satu sama lain, sedangkan pada Tn5 dan Tn10 arahnya
dibalikkan.
TN3

Element dalam kelompok transposons ini arah terminalnya terbalik yakno 38-
40 pasang nukleotida yang panjang dan memproduksi daerah target duplikasi dari 5
pasang nukleotida diatas penyisipan. Daerah target ini luas dari pada IS element dan
biasanya mengandung gen-gen perlengkapan yang dibutuhkan untuk transposisi.
Organisasi genetik Tn3
Terdapat 3 gen, yakni tnpA, tnpR dan bla yang mengkode sebuah transposase,
sebuah repressor dan sebuah enzim yang disebut dengan beta laktase. Beta laktase ini
tahan terhadap ampicilin antibiotik, dimana ada 2 protein lain yang penting untuk
proses transposisi. Transposisi oleh Tn3 terjadi dalam 2 tahap. Pertama, transposase
memperantarai terfusinya 2 molekul yang membentuk sebuah struktur yang disebut
 dengan kontegrasi. Selama proses ini, transposon tereplikasi dan salah satu salinannya
tersisipkan pada persimpangan dari kointegrasi. Perhatikan bahwa, kedua element Tn3
ini terorientasi dalam arah yang sama. Pada tahap kedua dari transposisi, tnpR
mengkode sebuah resolvase untuk memperantarai rekombinan antara dua element Tn3.

Peristiwa ini
Transposisi Tn3.
terjadi pada rantai Tn3 yang disebut dengan
daerah resolusi, dan menghasilkan dua
molekul yang masing-masing merupakan salinan dari transposon.

Gen tnpR memiliki fungsi lain untuk penahanan sintesisi kedua transposase
dan protein resolvase. Penahanan ini terjadi karena daerah res bertempat diantara gen
tnpA dan tnpR. Dengan ikatan pada daerah ini, tnpR protein mengganggu sintesis
kedua gen, dan meninggalkannya dalam keadaan kronis. Akibatnya Tn3 element tidak
dapat bergerak.
TY ELEMENT
Kumpulannya menyerupai retrovirus eukariot. Rantai tunggal virus dibentuk
DNA dari RNA yang masuk ke sel. DNA akan memasukkan dirinya kedalamsebuah tempat
genom, dan membentuk tempat terget duplikasi. Penyisipan ini juga terjadi pada seluruh
element Ty yang disebut dengan provirus. Provirus paling sederhana ada 3 bentuk -> gag, pol
dan env. Ty element ini hanya memiliki dua gen A dan B yang analog dengan gag dan pol
dari retrovirus. Retrovirus ini juga turut menghasilkan DNA agar mampu menyisip pada
inang.

Transpositin of Ty

Ty element memasukkan RNA

intermediet

RNA tersintesis dari Ty DNA yang merupakan produk

dari gen TyB yang menggunakan RNA untuk
membuat DNA double helix, proses ini disebut
transkripsi

Hasil DNA sintase dimasukkan

kedalam genom, membentuk Ty
element baru

TRANSPOSON JAGUNG
- Seluruh element Ac pada genom jagung muncul dengan struktur yang sama tapi
tidak identik
- Berbeda dengan element Ds yang mana strukturnya berbeda.
- Salah satu lement Ds terbawa dari element Ac dengan cara delesi dari segmen
didalamnya, kelas lain yang mempengaruhi karakteristik baris ulagan yang
tersisipkan dari Ac, seperti yang diketahui pada beberasa baris.

Pertanyaan
1. Apakah elemen-elemen transposabel melakukan apapun fungsi yang berguna, atau hanya
sebagai parasit genetik?
Jawab:
 Elemen transposabel tidak hanya membawa dampak negatif, melainkan juga memiliki
dampak positif. Salah satu dampak positif itu ialah elemen transposabel memiliki
keterlibatan dalam penyusunan ulang kromosom. Elemen transposabel digunakan
sebagai alat oleh para ahli genetika untuk mempelajari evolusi genom.

2. Apakah perbedaan mekanisme dari ketiga tipe transposisi?

Jawab:
Pada proses Cut-and-Paste transposisi, elemen transposable dari satu sisi kromosom
dipotong dan disisipkan ke dalam sisi kromosom yang lain. Pada proses Replicative
transposisi, elemen transposable di replikasi terlebih dahulu, satu salinan dimasukkan ke
dalam site baru dan satu salinan juga tetap ada di site aslinya. Pada proses
retrotransposisi, sebuah elemen RNA digunakan sebagai template/cetakan untuk
mensintesis molekul DNA yang kemudian dimasukkan ke dalam site kromosom baru.
3. Apakah plasmid memiliki manfaat? Jelaskan.

Jawab: Plasmid memiliki manfaat, baik untuk dirinya sendiri maupun inangnya.
Fungsi dari plasmid antara lain memproduksi protein yang berfungsi sebagai zat
antimikrobial untuk melawan organisme bakteri yang saling berdekatan. Terkadang
plasmid juga merugikan bagi inangnya, seperti agrobakterium tumafascien membawa
plasmid yang disebut TI yang bersifat patogen dan dapat menyebabkan tumor pada
tumbuhan.

4. Jelaskan secara singakt perbedaan yang mendasar antara plasmid dan episom.
Jawab : Plasmid merupakan molekul DNA ektra kromosom, plasmid tidak dapat
bergabung dengan DNA kromosom dan plasmid berisi informasi genetik yang
diperlukan untuk replikasi plasmid itu sendiri. Sedangkan, episom merupakan setiap
jenis DNA ekstra kromosom yang dapat berhubungan dengan DNA kromosom.
Episom biasanya lebih besar dari DNA ekstra kromosom lainnya. Contoh eisom
adalah virus, karena dapat mengintegrasikan materi genetik ke dalamDNA kromosom
inang dan bereplikasi bersama dengan replikasi kromosom DNA inangnya.