ANTIBODY DIVERSITY: VARIABLE JOINING SITES AND SOMATIC

MUTATIONS
Perbandingan dari keanekaragaman dari untaian asam amino yang ada didalam molekul
antibodi dengan memprediksi dari untaian segmen gen yang mengkoode antibodi,
mengungkapkan bahwa ada variasi lebih dalam untaian asam amino pada sumpangan V-J
daripada prediksi dengan untaian nukleotida. Banyak keanakeragaman tambahan dapat
dijelaskan dengan variasi dalam daerah yang tepat dari rekombinasi selama V-J
bergabung. Contoh pada gambar 16.9, daerah alternatif dari bergabungnya gen Vk dan Jk dalam
tikus. Selama proses penggabungan, rekombinasi ditunjukkan terjadi diantara 4 nukleotida
pada daerah simpangan. 16.9 d menunjukkan rekombinasi membproduksi 4 untaian nukleotida
berbeda yang mengkode 3 asam amino berbeda pada posisi 96 dalam rantai kappa light tikus.
Asam amino pada posisi 96 dalam antibodi kemudian terlibat dalam antigen binding, alternatif
V-J yang bergabung ini pastinya berkontribusi dari keanekaragaman antibodi yang ada dalam
vertebrata.
Susunan luas dari keanekaragaman antibody diproduksi oleh

1. Bergabungnya anggotta dari segmen gen dari V,D dan J

2. Penggunaan posisi alternatif dari rekombinasi selama reaksi penggabungan, data yang
banyak menunjukkan bahwa masih ada mekanisme lain yang harus terlibat dalam
generasi keanekaragaman antibodi. Hal ini dikuatkan dengan
a. Perbandingan untaian dari pasangan nukleotida dari ekspresi gen dengan
untaian segmen gen dari germ line
b. Untaian asam amino dari rantai antibodi dengan untaian asam amino yang
diprediksi dari untaian nukleotida gen. Contoh: ketika untaian asam amino
dari tikus yang berbeda , rantai 1 yang dibandingkan dengan prediksi
untaian asam amino (dari untaian pasangan nukleotida gen segmen 1) dari
light chains 1, perbedaan ditemukan dalam variable regions yang jauh dari
daerah penggabungan.

Somatic mutation, adalah perubahan yang diakibatkan oleh subsitusu pasangan

nukleotida . subsitusi akan terjadu 1-2 persent dari pasangan nukleotida dari segmen
gen yang mengkode variable region dari antibodi. Proses subsitusi dari pasangan
nukleotida inilah yang disebut dengan somatic mutation yang terbatas untuk untaian
DNA pengkode variable regions dari rantai antibodi. Akibat terjadinya perubahan
dalam segmen variable dari gen antibodi pada level yang tinggi, proses yang
menyertai ini disebut dengan somatic hypermutation.
Somatic hypermutation dari daerah pada gen antibodi pngkode antigen-
binding sites merupakan hal penting bagi organisme. Tanpa adanya mekanisme ini
untuk meneruskan keankearagaman antibody, tingkat ketersediaan antibodi spesifik
dapat tetap dalam urutan didalam genom pada saat kelahiran dan kombinasi dapat
memproduksi macam-macam tingkat darii reaksi penggabungan segmen gen. Virus
dan patogen lain, terlibat dan memproduksi variasi baru dengan antigen baru. Untuk
memberikan pertahanan yang memadai terhadap perubahan komposisi antigen dari
 virus dan komponen lain dalam lingkungan, sistem imun harus mampu secara cepat
merespin perubahan ini. Cara apakah yang lebih baik untuk mempertahankan daripada
memberikan gen antibodi dengan mekanismenya sendiri untuk adaptasi secara cepat
pada antigen yang baru yang mungkin berkembang di masa depan?

HOW MANY COMBINATIONS?

Jumlah besar dari keanekaragaman dapat diwujudkan dengan penggabungan segen gen
antibodi yang telah dijelaskan. Contohnya, jumlah besar dari perbedaan kappa light chains pada
manusia : 300 Vk segmen gen x 5 Jk segmen gen = 1500 fusi dari gen segment Vk Jk. Variabel
heavy chain region mendukung keanekaragaman karena multiple D gene segments. Gen
segment antibodu yang berfusi mendukung jumlah besar dari keanekaragaman antobodi.
Sehingga kita memahami bahwa keanekaragaman dapat diperoleh melalui 2 cara,

1. Somatic mutation
2. Variabel dalam daerah yakni V-J, V-D, dan D-J yang bergabung, memungkinkan
tingkat dari keankeragaman antibodi hampir tidak bisa terhitung.

REGULATION OF TRANSCRIPTION A TISSUE ENHANCER

Germ line dari gen antibodi tidak dapat ditranskripsi pada tingkat yang rendah. Namun,
pada antiobody yang menghasilkan beta limfosit, 10-20% dari mRNA molekul adalah gen
antibodi transkripsi. Sehingga mungkinkah untuk mengaktivasi transkripsi dari gen
antibody yang mengalami perubahan susuanan untuk menjadi aktiv?dalam kasus dari gen
heavy chains, jawabannya adalah bahwa proses perubahan susuanan membawa promotor
yang ada pada upstream dari gen segmen Lh- Hh kedalam jarak dari enhancer element yang
ada pada bagian intron diantara segmen gen Jh dan segmen gen Ch. Lihat gambar 16.10.
setiap segmen gen Lh- Vh mengandung promotor upstream. Priotitas dari perubahan
susuanan pada sintesis heavy chains, enhancer disini jauhnya sekitar 100.000
pasangan nukleotida dari promotor Lh- Vh. Enhancer tidak dapat mengaktivasi
transkripsi dari promotr yang lokasinya sangat jauh. Namun penyusunan kembali
yang terjadi selama diferensiasi dari Bcell, memindahkan promotor dari segment gen
Lh- Vh ke dalam jarak yang kurang dari 200 pasangan nukleotida dari enhancer.
Sehingga enhancer sekarang dapat mengaktifvasi transkripsi dari promotr yang
lokasinya ada di upstream daru segmen gen Lh- Vh. Enhancher terlibat alam aktivasi
transkripsi dari sintesis heavy chains jaringan spesifik. Enhancer mengkativasi
transkripsi hanya dalam limfosit dan tidak memberikan efek dalam sel yang terbawa dari
jaringan lain. Proses aktivasi membutuhkan adanya aktivator transkripsi factor yang
disintesis didalam limfosit, namun tidak pada sel lain.

CLONAL SELECTION
Bagaimana organisme menginisiasi sintesis dari antibodi spesifik ke antigen yang
sebelumnya tidak ditemui/dikenali? Hal ini dijelaskan dengan teori clonal selecion. Ingat
bahawa selutuh antibodi diproduksi oleh beta limfosit tunggalyang memiliki antigen
binding spesifik yang sama. Namun, perbedaan sel dalam populasi dari beta limfosit
mampi mengalami perbedaan penyusunan kembali genom dalam memproduksi variasi
 antibodi dalam jumlah besar. Clonal selection teori inii menjelaskan bahwa ikatan dari
partikel asing antigen ke sebuah antibodi pada permukaan beta limfosit akan menstimulasi
sel untuk membelah/ terbagi, memproduksi beta limfosit dalam jumlah banyak dan jumlah
yang banyak dari partikel antibodi yang mengatur antigen asing. Lihat gambar 16.11
PENGECUALIAN ALELIC

Mamalia mempunyai jenis sel yang diploid (dua set informasi genetic) tapi hanya satu produktif
genom yang mengalami penataan kembali dari code rantai ringan sequen dan penataan satu genom
produktif dari sequen coding rantai berat. Fenomena ini disebut Allelic exclusion, karena alel tidak
diikutsertakan untuk diekspresikan. Mekanisme penangkapan balik pada proses rekombinasi terlibat di
gen antibody penyusunan kembali dan sel memulai untuk sintesis antibody fungsional.

T CELL RECEPTOR VARIABILITY

Limfosit T memperantarai respon imun. Sel t mengatur antigen pada permukaan dari
sel dan membunuh sel yang membawa antigen. Seperti halnya antibody yang diproduksi b
limfosit, sel t dapat mengatur dan membunuh sel yang membawa sebuah variasi amazing dari
antigen. Jadi, respon dari sel t juga bmembuktikan sebuah tingkat fenomenal spesifik.
Bagaimana spesifik ini diproduksi? Jawabannya adalah sel T memproduksi ikatan membrane
reseptor yang sangat mirip dengan antibody yang diproduksi oleh b limfosit. Sehingga,
keanekaragaman dari sel t reseptor spesifik ini diproduksi oleh penyusunan kembali genome
yang analog dengannya dalam produksi antibody. Bagaimana limfosit t menghindari
interaksi dengan antigen bebas untuk menhindari duplikasi fungsi dari sel b dalam
respon imun? Jawabannya, sel T harus secara simultan mengatur kedua antigen pada
permukaan sel dan protein lain yang terjadi hanya terikat pada bagian permukaan sel.
permukaan sel kedua protein yakni sel t harus mengatur produksi satu dari banyak gen dalam
MHC. Lokus MHC mengkode sebuah kelompok kompleks dari protein yang ada pada seluruh
sel dalam tubuh manusia. Jadi, sel t mampu mengatur dan menghancurkan seluruh sel yang
memproduksi antigen ( contohnya selubung protein dari virus) dalam seluruh jaringan dalam
tubuh. Interaksi dari sel t reseptor dengan 2 tipe permukaan sel antigen yang diilustrasikan
gambar 16.1.

Sel t reseptor mengandung 1 rantai polipeptida, alfa dan beta yang amsing-masing
dikode oleh gen segmen L-V, D,J, dan C seperti rantai antibody. Rantai alfa polipeptida, dan
beta polipeptida, seperti rantai antibody, mengandung variabel region yang mengkaitkan
reseptor pada permukaan sel. variael regions dari sel t reseptor yang dikode oleh segment gen
L-V, D dan J: constant region dikode oleh semua jumlah kecil dari segmen gen C. Gen sel t
reseptor dirakit oleh penyusunan kembali genom yang terjadi selama diferensiasi dari limfosit
T dari stem cell seperti pada kasus dari gen antibody dalam perkembangan limfosit b. gambar
16.12b menunjukkan segmen dari beta dan alta sel t seceptor polipeptida yang dikode oleh
segmen gen L-V, D,J, dan C . reseptor protein alfa dan beta yang dikode oleh segmen gen
yang berbaris pada permukaan kromosom mirip pada rantai antibody yang dikode. Dalam
manusia, kelompok gen segment alfa dan beta terletak pada kromosom 14 dan 7.
Struktur dari kelompok reseptor gen sel t mirip pada manusia dan mencit. Pengaturan
germ line dari segment gen yang mengkode reseptor beta polipeptida sel t ditunjukkan pada
gambar 16.13 a. Pengaturan dari sebuah penyusunan kembali gen beta polipeptida fungsional
ditunjukkan gambar 16.13b. untaian sinyal heptamer dan nonamer yang sangat mirip pada gen
control antibody rearrangements juga hadir pada lokasi yang sama dalam kelompok gen
reseptor sel t. kehaditannya dalam kedua tipe dari kemolpok gen menggambarkan bahwa
mekanisme yang sama dari segment gen gabungan ini bekerja selama penyusunan kembali
kedua gen antibody dan gen reseptor sel t. sel t reseptor pada variabel regions dikode oleh gen
30 V, yang mana 300v gen segment untuk kedia kappa light chains dan heavy antibody chains.
Terdapat banyak segmen gen J dalam gen sel t reseptor . contohnya 12 segment gen J
fungsional untuk beta reseptor polipeptida. Sel t reseptor membuktikan sebuah jumlah yang
baik dari keanekaragaman, dan keanekaragaman dihasilkan oleh penyusunan kembali genome
selama fiderensiasi limfosit T dalam sebuah cara yang analog dalam produksi dari
keanekaragaman dalam limfosit B.
MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX

Imun mamalia sangat memiliki proses kompleks termasuk perbedaan makromolekul dan tipe
diferensiasi sel yang mengandung reseptor T berbeda. Banyak komponen imun termasuk transplantasi
antigen yang mereka bertanggung jawab menolak jarigan asing pada operasi transplant, mereka
dikontrol oleh multigen kompleks yang disebut major histocompatibility complex (MHC). Pada
manusia multigen ini dikode oleh HLA ( Human Leukocyte Antigen Complex) pada lokus kromosom 6,
pada tikuslocus MHC terletak pada lokus 2 kromosom 17. MHC gen dikatakan menjadi polimorfik
tinggi karena sebagian besar alel dari individual gen selalu memisah dalam populasi tertentu.

Gen MHC dikode 3 kelas berbeda dari protein yang terlibat di sapek berbeda pada respon imun.
klas I gen mengkode transplantion antigen (glikoprotein) yang hadir pada semua sel, antigen
memainkan kunci aturan pengakuan dan perusakan dari sel yang membawa antigen asing untuk
cytotoxic T limfosit.

Gen MHC kelas II mengkode polipeptida yang berlokasi pada permukaan limfosit B dan
makrofage. MHC kelas III mengkode protein complement yang berinteraksi dengan antibody-antigen
kompleks dan menginduksi sel lisis. MHC I dan II antigen berlabuh pada sel membrane dan mempunyai
struktur mirip dengan sel T reseptor.

PERTANYAAN

1. Apakah gen antibody mengalami transkripsi juga?

Jawaban: ya, gen antibodi juga mengalami transkripsi namun harus menagalami
penyusunan kembali. Dalam kasus dari gen heavy chains, proses perubahan susuanan
membawa promotor yang ada pada upstream dari gen segmen Lh- Hh kedalam jarak dari
enhancer element yang ada pada bagian intron diantara segmen gen J h dan segmen gen Ch.
setiap segmen gen Lh- Vh mengandung promotor upstream. Priotitas dari perubahan
susuanan pada sintesis heavy chains, enhancer disini jauhnya sekitar 100.000 pasangan
nukleotida dari promotor Lh- Vh. Enhancer tidak dapat mengaktivasi transkripsi dari
promotr yang lokasinya sangat jauh. Namun penyusunan kembali yang terjadi selama
diferensiasi dari Bcell, memindahkan promotor dari segment gen Lh- Vh ke dalam jarak
yang kurang dari 200 pasangan nukleotida dari enhancer. Sehingga enhancer sekarang
dapat mengaktifvasi transkripsi dari promotr yang lokasinya ada di upstream daru segmen
gen Lh- Vh. Enhancher terlibat alam aktivasi transkripsi dari sintesis heavy chains jaringan
spesifik. Enhancer mengkativasi transkripsi hanya dalam limfosit dan tidak memberikan
efek dalam sel yang terbawa dari jaringan lain. Proses aktivasi membutuhkan adanya
aktivator transkripsi factor yang disintesis didalam limfosit, namun tidak pada sel lain.

2. Bagaimana limfosit t menghindari interaksi dengan antigen bebas untuk menhindari

duplikasi fungsi dari sel b dalam respon imun?
Jawaban: sel T harus secara simultan mengatur kedua antigen pada permukaan sel dan
protein lain yang terjadi hanya terikat pada bagian permukaan sel. permukaan sel kedua
protein yakni sel t harus mengatur produksi satu dari banyak gen dalam MHC. Lokus
MHC mengkode sebuah kelompok kompleks dari protein yang ada pada seluruh sel
dalam tubuh manusia. Jadi, sel t mampu mengatur dan menghancurkan seluruh sel yang
memproduksi antigen ( contohnya selubung protein dari virus) dalam seluruh jaringan
dalam tubuh.