Nama : Anton Setia Budi

NIM : 140341807723

Transposable Element

A. Unsur Transposable Genetik

Analisis genetik klasik sebagian besar mengkususkan lokalisasi gen pada

kromosom.pada dasarnya pemetaan genetik tergantung pada asumsi bahwa gen
tidak bergerak dari satu posisi ke posisi lain. sebagian besar, asumsi tersebut
dianggap benar. Kebanyakan gen tetap menempati lokasi pada kromosom, serta
struktur keseluruhan dari peta genetik praktis invarian. Akan tetapi, pada tahun
1940-an, para peneliti telah menemukan bahwa beberapa sekuens DNA benar-
benar dapat mengubah posisinya.

Transposable genetik merupakan Urutan yang bergerak pada beberapa

skuens DNA, Biasanya mereka cukup pendek, berkisar antara 500 sampai 10.000
pasang nukleotida, tapi ada pula yang lebih besar. Melalui Studi dengan
organisme yang beragam, termasuk bakteri, jamur, nematoda, serangga, tanaman
dan mamalia, menunjukkan bahwa unsur berpindah tersebar luas di kalangan
prokariota dan eukariota. Pada tingkat molekul, elemen ini menunjukkan variasi
yang cukup besar dalam struktur dan fungsi.

B. Ketidakstabilan Genetik serta Penemuan Unsur Transposable

B. Mc Clintock menemukan Unsur transposable melalui analisis
ketidakstabilan genetik pada jagung. Ketidakstabilan ini melibatkan kerusakan
kromosom yang terjadi pada unsur transposable berada. Dalam analisis
McClintock peristiwa terjadinya kerusakan terdeteksi dengan mengikuti
hilangnya penanda genetik tertentu. Dalam beberapa percobaan, McClintock
menggunakan penanda yang mengontrol pengendapan pigmentasi di aleuron,
lapisan terluar dari endosperm biji jagung.. Penanda McClintock merupakan
sebuah alel dari lokus C pada lengan pendek kromosom 9. Alel ini disebut C1
yang menrupakan inhibitor dominan warna aleuron. Mc Clintock dibuahi serbuk
sari CC dengan serbuk sari dari C1C1 jumbai, yang menghasilkan kernel
endosperm adalah C1CC. Meskipun banyak dari kernel ini tidak memiliki
berwarna, seperti yang diharapkan, beberapa menunjukkan bercak pigmen
kecoklatan ungu. McClintock menduga bahwa dalam mosaik tersebut,
penghambatan alel C1 telah hilang beberapa waktu selama pengembangan
endosperm, sehingga menyebabkan tiruan dari jaringan yang mampu
menghasilkan pigmen. Genotipe di kloning tersebut akan menjadi CC, di mana
dasbor menunjukkan hilangnya alel C1 melalui kerusakan kromosom. McClintock
menemukan bahwa mosaik kernel tersebut dapat menyebabkan mosaik dari masa
istirahat pada bagian tertentu di kromosom 9. Ia menamai faktor yang dihasilkan
Ds ini, untuk "Pemisahan" dalam eksperimen itu, kromosom yang membawa alel
C1 juga melakukan faktor Ds. Namun, dengan sendirinya, faktor ini tidak mampu
mendorong kerusakan kromosom. McClintock menemukan bahwa Ds harus
diaktifkan oleh faktor lain, yang disebut Ac, untuk "Activator". Faktor Ac hadir di
beberapa bagian jagung, Ac dapat dikombinasikan dengan Ds, menciptakan
kondisi yang menyebabkan kerusakan kromosom.
Pada sistem dua-faktor memberikan penjelasan ketidakstabilan genetik
yang McClintock telah diamati pada kromosom 9. Akan tetapi, eksperimen
tambahan menunjukkan bahwa ini hanya salah satu dari banyak ketidakstabilan
hadir dalam genom jagung. McClintock menemukan contoh lain dari kerusakan di
lokasi yang berbeda pada kromosom 9, dan juga pada kromosom lainnya. Karena
kerusakan pada bagian-bagian tersebut bergantung pada aktivasi oleh Ac,
McClintock hipotesis bahwa faktor Ds juga terlibat. Penjelasan sederhana adalah
bahwa Ds bisa ada di berbagai situs dalam genom serta ada kemungkinan bagi Ds
untuk mengubah posisinya.
Biasanya ada mutasi yang disebabkan pengendalian sisipan unsur yang tidak
stabil contohnya, salah satu mutasi lokus perunggu, bz-m2, berubah dengan
spontan pada tingkatan yang sangat tinggi. Mutasi ini berisi penyisipan unsur Ac
dan berubah saat unsur Ac yang dipotong. Mutasi lain, bz-m1, berisi penyisipan
Ds; Namun, dalam kasus ini, pembentukan terjadi hanya jika elemen Ac hadir di
tempat lain dalam genom. Perbedaan antara dua alel ini bisa berubah
menunjukkan fitur penting dari sistem Ac / Dc. Unsur Ac dapat mengaktifkan
sendiri, tetapi elemen Ds tidak bisa. setiap kali transposon mengaktifkan diri,
dikatakan secara fungsional otonom; bilamana tidak mengaktifkan diri, itu
dianggap nonautonomous.
C. Unsur Transposable Pada Bakteri
Pada bakteri ketidakstabilan genetik juga terlihat, dalam banyak kasus
menyebabkan identifikasi unsur transposabel.. Transposon bakteri yang paling
sederhana adalah urutan penyisipan, biasanya kurang dari 1500 pasangan
nukleotida panjang dan hanya berisi gen yang terlibat dalam mengatur
transposisi. Seringkali dua homolog menggabungkan dengan gen lain untuk
membentuk transposon komposit, dilambangkan dengan simbol Tn. Simbol ini
juga digunakan untuk menunjukkan transposon yang tidak mengandung unsur
adalah, seperti unsur yang dikenal sebagai Tn3.
1. IS elemen
IS elemen yang terorganisir dengan kompak. Biasanya terdapat coding
urutan tunggal dengan urutan pendek, identik atau hampir identik di kedua
ujungnya. Saat IS elemen dimasukkan ke kromosom atau plasmid dapat
membuat duplikasi urutan DNA di lokasi penyisipan. Satu salinan duplikasi
terletak pada setiap sisi dari elemen.. IS elemen memediasi integrasi episomes ke
kromosom bakteri. Proses ini melibatkan rekombinasi homolog antara unsur-
unsur IS yang terletak di episom dan kromosom.
Transposon komposit dibuat saat terdapat dua IS dimasukan dekat satu sama
lain. Pada Tn9, diantarat IS elemen dalam orientasi langsung dengan berhubungan
satu sama lain, sedangkan di Tn5 dan Tn10, orientasi terbalik. masing-masing
transposon komposit membawa gen untuk resistensi antibiotik resistensi-
kloramfenikol di Tn9, resistensi kanamisin di Tn5, dan resistensi tetrasiklin di
Tn10. Perlu dicatat bahwa kadang-kadang unsur diantara IS elemen dalam
transposon komposit tidak cukup identik. misalnya, di Tn5, unsur di sebelah kiri,
yang disebut IS 50L, tidak mampu merangsang transposisi, tetapi unsur di sebelah
kanan, yang disebut IS 50R, mampu. Perbedaan ini disebabkan oleh perubahan
nukleotida tunggal pasangan yang mencegah IS 50L dari sintesis faktor transposisi
yang diperlukan. Namun, karena faktor ini, protein yang disebut transposase
tersebut, disintesis oleh IS 50 R, seluruh transposon komposit dapat bergerak.
 Tn5 juga menunjukan keutamaan lain dari unsur IS yaitu pengaturan
aktivitas transpositional. Dapat dilihat ketika sel bakteri terinfeksi dengan
bakteriofag non litik yang membawa Tn5 pada kromosomnya. Dalam infeksi
tersebut, frekuensi Tn5 transposisi secara dramatis berkurang setiap kali sel yang
terinfeksi sudah membawa salinan Tn5. Pengurangan ini menyiratkan bahwa
warga transposom menghambat transposisi dari transposon masuk, mungkin
dengan sintesis represor. analisis rinci menunjukkan bahwa hipotesis ini benar.
Unsur IS 50R dari bebera Tn5 menghasilkan dua protein. Satu, transposase itu,
mengkatalisis transposisi, sedangkan yang lain, versi singkat dari transposase,
mencegah transposisi. karena protein yang lebih pendek adalah lebih berlimpah,
Tn5 transposisi cenderung didorong.

2. Kelompok TN3
Elemen-elemen pada kelompok ini transposon mengulangi terminal terbalik
dengan panjang 38-40 pasang nukleotida dan menghasilkan situs target untuk
duplikasi dari 5 pasang nucleotide penyisipan atas.

Gambar 1. Elemen IS , Adanya Produksi Situs Target Duplikasi oleh Insersi

Sebuah Elemen IS.

Organisasi genetik Tn3 terdapat tiga macam gen, tnpA, tnpR, dan bla,
yang mengkode masing-masing, transposase, sebuah resolvase / represor, dan
enzim yang disebut beta laktamase. Laktamase beta menggambarkan perlawanan
terhadap ampisilin antibiotik, sedangkan dua protein lain berperan dalam
transposisi.
Transposisi dari Tn3 terjadi melalui dua tahapan. pertama, transposase yang
memediasi fusi dua molekul, membentuk struktur yang disebut cointegrate.
Selama proses ini, transposon direplikasi, dan satu salinan dimasukkan pada setiap
persimpangan di cointegrate tersebut. melihat bahwa dua elemen TN3 berorientasi
pada arah yang sama. Pada tahap kedua dari transposisi, yang resolvase tnpR
dikodekan menengahi peristiwa tempat rekombinasi spesifik antara dua elemen
TN3. Peristiwa ini terjadi pada urutan di TN3 disebut res, situs resolusi, dan
menghasilkan dua molekul, masing-masing dengan salinan transposon.
Sedangkan Produk gen tnpR juga memiliki fungsi lain, yakni, untuk menekan
sintesis dari kedua transposase dan protein resolvase. represi ini terjadi karena
situs res terletak di antara protein tnpR mengganggu sintesis dari kedua produk
gen, meninggalkan mereka dalam pasokan pendek kronis. akibatnya, elemen TN3
menjadi tetap bergerak.

D. Kegunaan dari bakteri transposon dalam dunia medis

Bakteri transposon bertanggung jawab terhadap transposisi atau perubahan
dari gen yang mengontrol resistensi terhadap antibiotik dari satu molekul ke
molekul yang lainnya. Semua plasmid R konjugatif memiliki paling tidak dua
komponen satu bagian membawa serangkaian gen yang termasuk dalam
pertukaran DNA konjugatif dan bagian yang kedua membawa antibiotik dan
ketahanan terhadap obat. Bagian yang membawa gen yang ditransfer disebut
dengan komponen RTF (Resistanse Transfer Factor) yang merupakan bagian yang
membawa gen resisten atau banyak gen disebut dengan R-determinant. Pada
beberapa plasmid R, R-determinant diapit oleh elemen IS yang homolog. Elemen
IS ini hampir sepenuhnya bertanggung jawab untuk evolusi yang cepat dari
bakteri plasmid yang membawa antibiotik ganda dan faktor ketahanan terhadap
obat.
Kemampuan dari plasmid R melintas, kemampuan R-determinant berubah
urutan dan gabungan plasmid R melalui banyak evolusi yang membawa gen untuk
resistensi berupa antibiotik dan obat yang efektif merupakan fokus utama bagi
praktisi kesehatan. Tidak hanya plasmid R yang secara cepat beredar dalam
spesies bakteri, namun mereka juga ditransmisikan antar spesies dan bahkan
dalam jalur generik. Seperti contohnya plasmid E.Coli dikenal dapat ditransferkan
pada beberapa genera termasuk proteus, salmonella, Homophillus, pasturela dan
shigella, dimana semuanya termasuk dalam spesie patogen. Meningkatnya
frekuensi bakteri yang membawa plasmid dengan R-determinant yang
menghasilkan ketahanan terhadap antibiotik seperti penisilin, tetrasilin,
streptomycin, dan kanamycin pada populasi rumah sakit telah didokumentasikan
secara ekstensif. Setiap fokus yang lebih utama merupakan hasil studi di Jepang
yang menunjukkan bahwa kurang dari 10 tahun, populasi alami bakteri (diselokan
dan danau tercemar dan aliran ) telah berevolusi dari frekuensi rendah (kurang
dari 1 persent) plasmid R yang dimediasi oleh antibiotik resisten ke frekuensi
yang cukup tinggi (50-80 persen)
Hasil penelitian tersebut menunjukan bahwa perlu pembatasan dalam
penggunaan antibiotik terhadap infeksi bakteri yang serius dan tidak
menggunakannya untuk infeksi minor yang ditemui. Jika pembatasan tidak
dilakukan dalam penggunaan antibiotik dan obat dapat menjadi permasalahan
dimasa yang akan datang

E. ELEMEN TRANSPOSABLE PADA EUKARYOT

1. Elemen TY pada ragi/ yeast
Ragi Saccharomyces cerevisiae mempunyai sekitar 35 kopi macam elemen
transposable yang disebut Ty dalam genom haploidnya. Transposon-transposon ini
panjangnya sekitar 5900 pasangan-nukleotida dan saling berikatan pada setiap
ujungnya dengan suatu segmen DNA yang disebut sekuens , yang panjangnya
sekitar 340 pasangan-nukleotida. Setiap sekuens menuju ke arah yang sama,
membentuk pengulangan ujung panjang langsung (Long Terminal Repeats/
LTRs). Terkadang suatu LTR terpisah dari elemen Ty, membentuk solo.
Diperkirakan bahwa solo dihasilkan dari rekombinasi antara LTR dari elemen
Ty lengkap.
 elemen Ty memiliki Organisasi genetik serupa dengan retrovirus
eukaryot. RNA virus rantai tunggal mensintesis DNA dari RNA setelah
memasuki sel. Sedangkan DNA kemudian menyisipkan dirinya ke dalam suatu
situs dalam genom, membentuk target duplikasi. Bahan yang disisipkan ini
mengandung struktur keseluruhan menyerupai elemen Ty suatu sekuens DNA
yang dibatasi oleh LTR dan disebut provirus. Provirus yang paling sederhana
memiliki 3 gen: gag, pol, dan env, yang berturut-turut mengkode struktural,
katalitik, dan protein membran. Elemen Ty hanya memiliki 2 gen, A dan B, yang
analog dengan gag dan pol pada retrovirus. Penelitian bikimiawi telah
menunjukkan bahwa produk dari kedua gen ini dapat membentuk partikel
menyerupai virus di dalam sel ragi. Namun demikian, belum diketahui apakah
partikel-partikel tersebut benar-benar menular. Satu hipotesis adalah bahwaelemen
Ty ragi adalah retrovirus primitif, dapat berpindah dari satu situs ke situs yang lain
di dalam sel, tetapi tidak mampu berpindah antar sel. Dalam hal ini, telah
ditunjukkan bahwa transposisi elemen Ty melibatkan RNA intermediet. setelah
RNA disintesis dari DNA Ty, suatu produk dari gen TyB menggunakan RNA untuk
membuat DNA, yaitu melalui proses reverse transcription. Kemudian DNA yang
baru disintesis disisipkan pada genom, membentuk elemen Ty baru. Dikarenakan
kesamaan secara keseluruhan denganretrovirus, maka elemen Ty ragi seringkali
disebut dengan retrotransposon.

2. Transposon-transposon Drosophila
a. Retrotransposon
Kelompok terbesar dari transposon Drosophila meliputi elemen-elemen
serupa retrovirus, atau disebut retrotransposon. Elemen-elemen ini panjangnya
5000 sampai 15.000 pasangan nukleotida dan menyerupai bentuk retrovirus
terintegrasi, mirip dengan elemen TY pada ragi. Setiap retrotransposon dibatasi
pada salah satu ujungnya dengan sebuah sekuens LTR (Long Terminal Repeat),
yang mengandung beberapa ratus pasangan-nukleotida. Kedua LTR berorientasi
pada arah yang sama. Dan lagi, LTR dibatasi oleh sekuens berulang pendek yang
berorientasi pada arah berlawanan. Ketika suatu retrotransposon disisipkan ke
dalam kromosom, retrotransposon tersebut membentuk suatu duplikasi situs
target, dengan satu copy pada setiap sisi transposon. Ukuran dari duplikasi ini
merupakan karakteristik dari setiap famili retrotransposon. Misalnya anggota
famili copia membuat sebuah duplikasi 5-pasangan-nukleotida, sementara
anggota famili gypsy membuat sebuah duplikasi 4 pasangan-nukleotida. Duplikasi
situs target selalu berorientasi pada arah yang sama. Retrotransposon bertanggung
jawab untuk beberapa mutasi genetik klasik Drosophila. Empat alel dari X-linked
lokus putih karena adanya insersi/ penyisipan retrotransposon. Pada satu kasus,
ekspresi dari lokus ditiadakan secara esensial, sementara pada kasus yang lain
hanya dikurangi dari level tipe wild.
b. Elemen P dan Disgenenis Hibrid
Anggota elemen P bervariasi dalam hal ukuran. Elemen terbesar
panjangnya 2907 pasangan-nukleotida, termasuk pengulangan ujung terbalik, tapi
tidak termasuk duplikasi situs target. Elemen-elemen lengkap ini bergerak secara
autonomus karena membawa gen yang mengkode protein transposable. Ketika
protein ini menempel pada elemen, protein mampu memindahkan elemen ke
posisi lain dalam genom. Elemen P yang secara struktural tidak lengkap (gambar
9.20b). Walaupun elemen ini tidak mempunyai kemampuan untuk menghasilkan
transposase, tetapi elemen ini memiliki sekuens terminal dan subterminal yang
dibutuhkan untuk transposisi. Oleh karena itu, elemen-elemen ini dapat
dipindahkan jika suatu elemen penghasil-transposase ada pada suatu tempat di
dalam genom. Populasi Drosophila yang memiliki elemen P telah melibatkan
mekanisme untuk mengatur pergerakannya. Pada banyak strain, regulasi
tergantung pada sifat yang diturunkan secara maternal yang disebut P cytotype.
Drosophila dengan kondisi ini menekan pergerakan elemen P secara lebih
atau kurang lengkap. Hal ini dapat dilihat dengan menyilangkan lalat P cytotype
dengan lalat yang tidak memiliki elemen P atau kemampuan untuk mengatur
pergerakan elemen P (gambar 9.21). Ketiadaan kemampuan regulatori dinamakan
M cytotype. Hibrid dari persilangan antara P cytotype betina dengan M cytotype
jantan mewarisi elemen P dari induknya; akan tetapi karena keturunan tersebut
juga mewarisi P cytotype melalui sitoplasma maternal, maka pergerakan dari
elemen-elemen ini ditekan.

Signifikansi Genetik Dan Evolusioner Dari Elemen-Elemen Transposable

Mutasi dan kerusakan kromosom
Terdapat sedikit keraguan bahwa e. Bukti bahwa elemen transposable
bertanggung jawab untuk mutasi pada berbagai organisme, berasal dari
Drosophila, yang mana alel mutannya telah ditunjukkan untuk melibatkan
penyisipan transposon. Namun demikian, kerja eksperimental dengan jenis
elemen transposable yang berbeda memberi kesan bahwa kemunculan sebuah
mutasi insersi merupakan peristiwa yang jarang terjadi, barangkali karena
beberapa famili transposon diregulasi secara ketat.
Elemen transposable dapat pula menyebabkan kerusakan kromosom. Hal
ini terlihat oleh perilaku elemen-elemen Ds ganda pada jagung dan oleh elemen P
pada Drosophila. Pada kedua kasus, kerusakan dapat memicu hilangnya atau
penyusunan ulang materi kromosomal.

PERTANYAAN
1. Pada dunia medis, penggunaan obat yang bersifat antibiotik sering kali
dimanfaatkan dalam fase pengobatan, namun dalam pengunanya perlu
dibatasi, jelaskan kenapa hal tersebut perlu dilakukan?
Jawaban:
Penggunaan obat yang bersifat antibiotik harus dibatasi hal ini karena
Gabungan R plasmid menyediakan banyak antibiotik resisten dan obat
resisten pada sel bakteri. R plasmid conjugative sederhana terdiri dari dua
komponen utama (1) komponen RTF yang terdiri atas gen tra yang
bertanggung jawab untuk transfer conjugative plasmid dan komponen R-
determinan yang membawa gen atau gen yang bertanggung jawab untuk
antibiotik atau resistensi obat. Beberapa R-determinan yang dikarakterisasi
konjugatif plasmid R diapit oleh elemen IS yang identik. Elemen IS ini
dipercaya untuk memediasi transposisi R-determinan dari satu plasmid R
ke yang lain (atau ke elemen genetik yang lain). Proses ini kemungkinan
berlanjut dengan R-determinan yang membawa gen untuk resistensi untuk
antibiotik yang lain dan obat sampai conjugative plasmid R yang telah
berevolusi yang mana menyediakan sel inang dengan resistensi ke daya
baru. Karena ada kemampuan berpindah atau berubah urutan sehingga
jika digunakan berkali-kali maka resistensinya dikhawatirkan akan
berkurang. Sehingga jangan sering menggunakan antibiotik