PLASMID DAN Wabah

Pada bagian pengantar bab ini, kami menyatakan bahwa materi genetik bakteri dibawa dalam satu
kromosom utama plus, dalam banyak kasus, dari satu ke beberapa molekul DNA ekstrachromosomal
atau "kromosom mini" yang disebut plasmid. Menurut definisi, plasmid adalah replikon (unit materi
genetik yang mampu mereplikasi independen) yang diwariskan secara stabil (dipertahankan tanpa
seleksi khusus) dalam keadaan ekstrachromosomal. Sebagian besar, tetapi tidak semua,
plasmid dapat dibuang, artinya, mereka tidak diperlukan untuk kelangsungan hidup sel tempat mereka
berada. Dalam banyak kasus, bagaimanapun, mereka penting dalam kondisi lingkungan tertentu, seperti
dengan adanya antibiotik.
Pentingnya plasmid semakin dikenal selama dua dekade terakhir. Plasmid telah diidentifikasi di hampir
semua strain bakteri yang diuji. Mereka dikenal memiliki practi besar kal ; signifikansi dalam dua bidang:
(1) penyebaran beberapa antibiotik dan resistensi obat pada bakteri patogen dan (2) ketidakstabilan
mikroorganisme yang penting secara industri. Beberapa antibiotik dan ketahanan obat akan dibahas
secara rinci di Bab 9. Dalam Streptococcus lactisdan bakteri terkait yang digunakan dalam pemrosesan
keju, beberapa plasmid telah diidentifikasi dan terbukti membawa gen yang mengkode enzim penting
dalam proses fermentasi yang terlibat dalam pembuatan keju. Pengamatan ini sebagian menjelaskan
mengapa “kultur starter” keju dari bakteri ini tidak stabil dan sering kali harus dibuang, dengan biaya
yang cukup besar untuk industri pembuatan keju .
Tiga tipe utama dari plasmid bakteri telah dipelajari secara ekstensif: (1) Plasmid F dan F ', faktor
kesuburan konjugasi yang telah didiskusikan sebelumnya; (2) Plasmid R (sebelumnya disebut RTF, atau
faktor transfer resistensi), gen pembawa plasmid untuk resistansi terhadap antibiotik atau obat
antibakteri lainnya; dan (3) Plasmid kol (sebelumnya disebut faktor kolisinogenik ), plasmid yang
mengkode kolisin, yaitu protein yang membunuh sel E. coli yang  sensitif . Plasmid juga dikenal
pada bakteri yang menyandi bakteriosin selain kolisin. Misalnya, plasmid yang dikenal sebagai kode
untuk vibriosin ; ini adalah protein yang membunuh sel Vibrio cholerae yang  sensitif . Mereka tampak
analog dengan plasmid Col .
Dalam beberapa hal, kromosom mitokondria dan kloroplas pada eukariota juga sesuai dengan definisi
plasmid. Mereka akan dibahas dalam Bab 20, bersama dengan contoh ineukariota ekstranuklir lainnya .
Plasmid dapat dibagi menjadi dua kelompok berdasarkan apakah mereka memediasi transfer diri
konjugatif atau tidak. Konjugasi dari transfer DNA yang dimediasi plasmid yang dapat ditransmisikan
melalui konjugasi (seperti pada F + dengan F- kawin).   Semua plasmid F dan F 'kawin, banyak plasmid R,
dan beberapa plasmid Col bersifat konjugatif. Konjugatif. Sifat konjugatif dari banyak plasmid R memiliki
arti penting dalam penyebaran cepat gen antibiotik dan resistensi obat melalui populasi bakteri
patogen. Plasmid nonkonjugatif atau nontransmissible adalah mereka yang tidak memediasi transfer
DNA melalui konjugasi  . Banyak plasmid R dan Col yang nonkonjugatif
Beberapa plasmid, seperti faktor F, juga sesuai dengan definisi elemen genetik yang
disebut episom . Episomes  adalah elemen genetik yang dapat bereplikasi dalam salah satu dari dua
negara alternatif: (1) sebagai  terintegrasi  (  kovalen dimasukkan) bagian dari utama  bost  kromosom
atau (2) sebagai independen unsur genetik otonom dari kromosom inang utama.  Istilah plasmid dan
episode bukanlah sinonim. Banyak plasmid tidak ada dalam keadaan terintegrasi dan karenanya
tidak episom . Serupa , banyak kromosom fag sedang, seperti genom fag A, adalah episom tetapi bukan
plasmid.
Kemajuan spektakuler telah dibuat dalam pemahaman kita tentang struktur dan sifat plasmid
dan episom selama dua dekade terakhir. Banyak dari propertinya sekarang diketahui bergantung pada
keberadaan sekuens DNA pendek yang disebut unsur IS  atau sekuens penyisipan. Elemen IS ini juga ada
di kromosom inang utama. Urutan pendek ini (panjangnya dari sekitar 800 hingga 1400 pasangan
nukleotida) dapat ditransposisi,  yaitu, mereka dapat berpindah dari satu posisi ke posisi lain dalam
sebuah kromosom , atau berpindah dari satu kromosom ke kromosom lain. Selain itu, elemen IS
memediasi rekombinasi antara elemen genetik nonhomolog yang berada di dalamnya. Bukti yang cukup
besar menunjukkan bahwa elemen IS memediasi integrasi episode ke dalam kromosom inang. Hal ini
sangat jelas dalam kasus integrasi plasmid E.coli  K12 F (faktor F) selama pembentukan Hfr .
Empat elemen IS pertama yang akan dikarakterisasi secara ekstensif dan urutan-IS1, IS2, IS3, dan IS4-
masing-masing memiliki panjang 768,1327,1300, dan 1426 pasangan nukleotida. Beberapa elemen IS
lainnya kemudian telah diidentifikasi, dikarakterisasi, dan dalam beberapa kasus, diurutkan.
The E.coli  K12 kromosom ternyata berisi delapan salinan IS1 dan lima salinan IS2, ditambah satu atau
lebih salinan IS3 dan IS4. Faktor E.coli  K12 berisi satu salinan IS2 dan dua salinan IS3. Posisi elemen IS
dalam berbagai faktor F dan dalam kromosom berbagai strain E.coli dipercaya untuk menentukan
tempat integrasi faktor F selama pembentukan strain Hfr .
UNSUR GENETIK YANG DAPAT DIPERHATIKAN
Sebuah besar bagian dari analisis genetik klasik telah dikhususkan untuk lokalisasi gen pada
kromosom. Sebagaimana dibahas pada bab-bab sebelumnya, pemetaan genetik bergantung pada
asumsi bahwa gen tidak berpindah dari satu posisi ke posisi lain. Untuk besar etent , asumsi ini telah
puas. Sebagian besar gen menempati situs tetap pada kromosom, dan keseluruhan struktur peta genetik
praktis tidak berubah. Bagaimanapun , mulai tahun 1940-an, penelitian telah menemukan bahwa
beberapa urutan DNA sebenarnya dapat mengubah posisi .
Urutan seluler ini disebut elemen genetik transposabel  , atau hanya transposon  . Biasanya mereka
cukup kecil, berkisar dari 500 hingga 10.000 pasangan nukleotida, tetapi beberapa lebih besar.  Studi
dengan beragam organisme, termasuk bakteri, jamur, nematoda, serangga, tumbuhan, dan mamalia,
menunjukkan bahwa unsur transposabel tersebar luas di antara prokariota dan eukariota. Pada tingkat
molekuler, unsur-unsur ini menunjukkan variasi struktur dan fungsi yang cukup besar.
KETIDAKSTABILAN GENETIK DAN PENEMUAN UNSUR YANG DAPAT DIKELUARKAN.
Unsur transposabel ditemukan oleh  B.  Mc.CLintock  melalui analisis ketidakstabilan genetik  pada
jagung.  Ketidakstabilan melibatkan kerusakan kromosom dan ditemukan terjadi di situs di mana elemen
transposabel berada. Dalam analisis McClintock, peristiwa kerusakan dideteksi dengan mengikuti
hilangnya penanda genetik tertentu. Dalam beberapa percobaan, Mc Clintock menggunakan penanda
yang mengontrol pengendapan pigmentasi di aleuron, lapisan paling luar dari endosperm biji
jagung. Ingatlah bahwa endosperma adalah triploid, diproduksi oleh penyatuan dua inti ibu dan satu inti
paternal. Penanda McClintock adalah alel lokus C pada lengan pendek Kromosom 9. Karena alel ini, yang
disebut C1, adalah penghambat dominan pewarnaan aleuron, kernel apa pun yang memilikinya
seharusnya tidak berwarna . McClintock membuahi CC telinga dengan serbuk sari dari jumbai C1C1,
menghasilkan biji dengan endosperm C1CC. Sebuah lthough banyak dari kernel s adalah tidak berwarna,
seperti yang diharapkan, beberapa patch menunjukkan pigmen kecoklatan-ungu. McClintock menduga
bahwa dalam mosaik seperti itu, alel penghambat C1 telah hilang selama perkembangan endosperm,
yang mengarah ke jaringan tiruan yang mampu menghasilkan pigmen. Genotipe dalam klon tersebut
adalah -CC, di mana tanda hubung menunjukkan hilangnya alel C1. Analisis lebih lanjut menunjukkan
bahwa alel ini telah hilang melalui kerusakan kromosom. Situasinya digambarkan pada Gambar 9.2. Jeda
di situs yang diberi tanda panah akan melepaskan segmen kromosom dari sentromernya, menciptakan
apa yang disebut ahli sitologi sebagai fragmen asentrik.  Fragmen seperti itu cenderung hilang selama
pembelahan sel, sehingga seluruh keturunan sel ini akan kekurangan bagian dari kromosom yang
diturunkan dari ayah. Karena fragmen yang hilang membawa alel C1, tidak ada sel dalam klon ini yang
akan terhambat dari pembentukan pigmen, dan jika ada, yang menghasilkan bagian dari aleuron,
sepetak warna akan muncul. Ini adalah hasil yang terlihat di kernel yang ditunjukkan pada Gambar 9.1.
McClintock menemukan bahwa mosaik kernel seperti itu sering kali dihasilkan dari kerusakan di situs
tertentu pada kromosom 9. Dia menamai faktor yang menghasilkan kerusakan ini D,
untuk disosiasi.  Dalam eksperimennya, kromosom yang membawa alel C1 juga membawa faktor
Ds. Namun, dengan sendirinya, faktor ini tidak mampu menyebabkan kerusakan kromosom. Melalui
kerja yang cermat, McClintock menemukan bahwa Ds harus diaktifkan oleh faktor lain, yang disebut Ac,
untuk aktivator.  Faktor Ac ada di beberapa stok jagung, tapi tidak ada di stok lain. Dengan menyilangkan
stok yang berbeda, Ac dapat dikombinasikan dengan Ds, menciptakan kondisi yang menyebabkan
kerusakan kromosom.
Sistem dua faktor ini memberikan penjelasan untuk ketidakstabilan genetik yang diamati McClintock
pada kromosom 9. Namun, percobaan tambahan menunjukkan bahwa ini hanyalah salah satu dari
banyak ketidakstabilan yang ada dalam genom jagung. McClintock menemukan contoh kerusakan lain di
tempat berbeda pada kromosom 9, dan juga pada kromosom lain. Sejak kerusakan di situs ini
bergantung pada aktivasi oleh Ac, McClintock berhipotesis bahwa faktor Ds juga terlibat.  Penjelasan
sederhananya adalah bahwa Ds dapat ada di banyak situs berbeda dalam genom, dan Ds dapat
mengubah posisinya.
Penjelasan ini didukung oleh analisis selanjutnya. Baik ac dan Ds adalah anggota keluarga elemen
transposabel.  Unsur-unsur ini secara struktural terkait satu sama lain dan dapat disisipkan di banyak
tempat berbeda pada kromosom. Faktanya, seringkali terdapat banyak salinan dari elemen Ac dan Ds
yang ada dalam genom jagung. Melalui analisis genetik, McClintock menunjukkan bahwa Ac dan Ds
dapat bergerak. Ketika salah satu elemen ini dimasukkan ke dalam gen dekat kita , McClintock terkadang
menemukan bahwa fungsi gen tersebut telah diubah. Dalam kasus ekstrim, fungsi tersebut benar-benar
dihapuskan. Karena pengaruhnya terhadap ekspresi gen ini, McClintock menyebut As dan Ds sebagai
elemen pengontrol.
Terkadang mutasi yang disebabkan oleh penyisipan elemen pengontrol tidak stabil.  Untuk contoh salah
satu mutasi dari perunggu lokus, bz-m2, kembali secara spontan pada tingkat yang sangat tinggi, mutasi
ini berisi penyisipan elemen Ac dan muallaf ketika elemen Ac yang dipotong. Mutasi lain, bz-m1, berisi
penyisipan Ds; bagaimana pernah , dalam hal ini, reversions terjadi hanya jika Ac e lements dapat
mengaktifkan sendiri, tetapi elemen Ds tidak bisa. Setiap kali transposon aktif sendiri, dikatakan  otonom
secara fungsional, jika tidak aktif sendiri, transposon dianggap nonautonomous.
UNSUR YANG DAPAT DIPERHATIKAN DI BAKTERI
Ketidakstabilan genetik juga telah ditemukan pada bakteri, dan dalam banyak kasus telah mengarah
pada identifikasi elemen transposabel. Transposon bakteri ini adalah yang pertama dipelajari pada
tingkat molekuler dan oleh karena itu memberikan petunjuk penting tentang organisasi dan perilaku
atau transposon eukariotik. Transposon bakteri yang paling sederhana adalah urutan  penyisipan  atau
elemen IS  , yang diperkenalkan pada Bab 8. Ini biasanya kurang dari 1.500 pasangan nukleotida dan
hanya mengandung gen yang terlibat dalam mempromosikan atau mengatur transposisi. Kadang-kadang
dua elemen IS homolog bergabung dengan gen lain untuk membentuk transposon komposit,
dilambangkan dengan simbol Tn. Simbol ini juga digunakan untuk menunjukkan transposon yang tidak
mengandung elemen IS, seperti elemen yang dikenal sebagai Tn3. Seperti transposon komposit, elemen
ini mengandung gen yang tidak diperlukan untuk transposisi. Bakteriofag A yang berintegrasi juga
dianggap sebagai unsur transposabel karena dapat menyisipkan dirinya ke dalam kromosom
bakteri. Namun, fag ini mewakili batas atas ukuran transposon dan jelas mengandung banyak gen yang
tidak diperlukan untuk perilaku penyisipan.
ADALAH ELEMEN
Elemen IS diatur dengan kompak. Biasanya ada urutan pengkodean tunggal dengan urutan pendek,
identik, atau hampir identik di kedua ujungnya. Urutan terminal ini selalu dalam orientasi terbalik
terhadap satu sama lain, sehingga disebut pengulangan terminal terbalik.  Panjangnya berkisar dari 9
hingga 40 pasangan nukleotida.
Ketika elemen Is dimasukkan ke dalam kromosom atau plasmid, membuat duplikasi urutan DNA di
tempat penyisipan. Satu salinan duplikasi terletak di setiap sisi elemen. Oleh karena itu, urutan pendek
(3-12 pasangan nukleotida) yang diulang secara langsung ini disebut duplikasi lokasi target  dan dianggap
muncul dari pemutusan yang terhuyung-huyung pada DNA untai ganda. Elemen IS memediasi
integrasi episom ke dalam kromosom bakteri. Proses ini melibatkan rekombinasi homolog antara
elemen IS yang terletak di episom dan di kromosom.
Transposon komposit  dibuat ketika dua elemen Is menyisipkan berdekatan. Urutan di antara mereka
kemudian dapat dialihkan oleh aksi bersama dari elemen mengapit. Gambar 9.6 memberikan tiga
contoh. Di Tn9, elemen IS yang mengapit berada dalam orientasi langsung satu sama lain, sedangkan di
Tn5 dan Tn10, orientasinya terbalik. Masing-masing transposon komposit ini membawa gen resistensi
antibiotik-resistensi kloramfenikol di Tn9, resistensi kanamycin di Tn5, dan resistensi tetrasiklin di
Tn10. Perlu dicatat bahwa terkadang elemen IS yang mengapit dalam transposon komposit tidak cukup
identik. Misalnya, di Tn5, elemen di kiri, disebut IS50L, tidak mampu merangsang transposisi, tetapi
elemen di kanan, disebut IS50R, mampu. Perbedaan ini disebabkan oleh perubahan pasangan
nukleotida tunggal yang mencegah IS50L mensintesis faktor transposisi yang diperlukan. Namun, karena
faktor ini, protein yang disebut transposase  , disintesis oleh IS50R, seluruh transposon komposit dapat
dimobilisasi.
Tn5 juga mengilustrasikan fitur lain dari kelas elemen IS: aktivitas transposisional diatur. Hal ini dapat
dilihat ketika sel bakteri terinfeksi bakteriofag nonlytic yang membawa Tn5 pada kromosomnya. Pada
infeksi semacam itu, frekuensi transposisi Tn5 berkurang drastis setiap kali sel yang terinfeksi sudah
membawa salinan Tn%. Penurunan ini menyiratkan bahwa transposon residen menghambat transposisi
transposon yang masuk, kemungkinan dengan mensintesis sebuah penekan. Analisis terperinci telah
menunjukkan bahwa hipotesis ini benar. Unsur IS50R dari Tn5 sebenarnya menghasilkan dua
protein. Satu, transposase, mengkatalisis transposisi, sedangkan yang lainnya, versi singkat dari
transposase, mencegah transposisi. Karena protein yang lebih pendek lebih melimpah, transposisi Tn5
cenderung ditekan.
KELUARGA Tn3
Unsur-unsur dalam kelompok transposon ini memiliki pengulangan terminal terbalik yang panjangnya
38-40 pasang nukleotida dan menghasilkan duplikasi lokasi target dari% pasangan nukleotida pada saat
penyisipan. Mereka lebih besar dari elemen IS (biasanya 5000 pasangan nukleotida, atau lebih panjang)
dan biasanya mengandung gen pelengkap serta gen yang dibutuhkan untuk transposisi. Tn3 adalah
contoh yang paling banyak dipelajari.
Organisasi genetik Tn3 ditunjukkan pada Gambar 9.8. ada tiga gen, tnpa  ,  tnpR  , dan  bla  ,  encoding,
masing-masing, transposase, sebuah  resolvase, represor  , dan  sebuah  enzim yang disebut beta
laktamase.  Beta laktamase memberikan resistensi terhadap antibiotik ampisilin, sedangkan dua protein
lainnya memainkan peran penting dalam transposisi. Transposisi Tn3 terjadi dalam dua tahap. Pertama,
transposase memediasi penggabungan dua molekul, membentuk struktur yang
disebut kointegrasi.  Selama proses ini, transposon direplikasi dan masing-masing membentuk
sambungan pada kointegrasi. Pada tahap kedua transposisi, pengkode tnpR memutuskan mediasi
rekombinasi pada lokasi yang spesifik anatara dua Tn3 elemen. Tahapan ini muncul pada urutan di Tn3
yang disebut res, lokasi resolusi, dan menyebabkan timbulnya dua molekul, masing-masing dengan
kopian dari transposon.
Produk gen tnpR  juga memiliki fungsi lain yaitu menekan sintesis protein transposase dan
resolvase. Represi ini terjadi karena situs res  terletak di antara gen tnp  A  dan tnpR  . Dengan mengikat
ke situs ini, tnpR  protein ikut campur dengan sintesis dari kedua gene- prodcts , meninggalkan mereka
dalam pasokan shorth kronis. Akibatnya, elemen Tn3 cenderung tidak bergerak.
PENTINGNYA MEDIS TRANSPOSON BAKTERI
Transposon bakteri jelas bertanggung jawab atas transposisi gen yang mengendalikan resistensi
terhadap antibiotik (dan obat lain) dari satu molekul ke molekul lain. Mereka diyakini berperan dalam
evolusi cepat yang diamati dari plasmid R (Bab 8). Semua plasmid R konjugatif memiliki setidaknya dua
komponen, satu segmen membawa satu set gen yang terlibat dalam transfer DNA konjugatif (mungkin
analog dengan gen tra  dari plasmid F) dan segmen kedua membawa gen atau gen antibiotik dan / atau
resistensi obat. Segmen yang membawa gen transfer disebut RTF  (resistensi transfer
factor) komponen  ; segmen yang membawa gen atau gen resistensi disebut determinan-R  . Komponen
RTF dari beberapa plasmid R konjugatif yang berbeda tampaknya memiliki homologi dalam jumlah
besar, berdasarkan percobaan hibridisasi silang DNA-DNA. Komponen R- deteminant menunjukkan lebih
banyak divergensi. Dalam beberapa plasmid R, determinan R diapit oleh elemen IS homolog. Dalam
beberapa kasus, ini hadir dalam orientasi yang sama, dan dalam kasus lain mereka disisipkan dengan
orientasi berlawanan. Dalam kedua kasus tersebut, mereka dapat memediasi transposisi determinan-R
dari satu plasmid R ke yang lain. Beberapa senyawa R plasmid telah dikarakterisasi membawa dua atau
lebih determinan-R, masing-masing diapit oleh elemen-elemen Is. Unsur-unsur Is ini hampir pasti
bertanggung jawab atas evolusi cepat plasmid bakteri yang membawa banyak faktor resistensi antibiotik
dan obat.
Penularan plasmid R, transposabilitas determinan-R, dan evolusi cepat plasmid senyawa R, yang
membawa gen untuk resistansi terhadap seluruh baterai antibiotik dan obat-obatan kami yang paling
efektif, menjadi perhatian besar bagi praktisi medis. Plasmid ini tidak hanya menyebar dengan cepat di
dalam spesies bakteri, tetapi juga ditularkan melintasi spesies dan bahkan garis
generik. Misalnya, plasmid E.coli R diketahui ditransfer ke beberapa genera, termasuk Proteus,
Salmonella, Hemophilus,  Pasturella  dan  Sigella  ,  semuanya termasuk spesies patogen. Meningkatnya
frekuensi bakteri yang membawa plasmid dengan determinan R, yang mengakibatkan resistensi
terhadap antibiotik seperti penisilin, tetrasiklin, streptomisin, dan kanamisin, pada populasi rumah sakit
(yang terus menerus terpapar antibiotik ini) telah didokumentasikan secara ekstensif. Yang lebih
memprihatinkan adalah hasil penelitian di Jepang yang menunjukkan bahwa, dalam waktu kurang dari
10 tahun, populasi alami bakteri (di selokan dan di danau serta sungai yang tercemar) telah berevolusi
dari frekuensi yang sangat rendah (kurang dari 1%) atau R plasmid. resistensi antibio tic dimediasi ke
frekuensi yang relatif tinggi (50-80%).
Hasil penelitian ini sangat memperjelas bahwa kita harus membatasi penggunaan antibiotik untuk
infeksi bakteri yang serius dan tidak menggunakannya untuk setiap infeksi kecil yang datang. Jika kita
tidak membatasi penggunaan, antibiotik dan obat-obatan yang begitu efektif saat ini mungkin memiliki
sedikit kegunaan, jika ada, di masa depan.
UNSUR YANG DAPAT DIPERHATIKAN DI EUKARIOT
Meskipun beberapa studi yang paling rinci od unsur berpindah telah dilakukan w i th bakteri, ada juga
penelitian yang luas pada transposon pada eukariota , dimulai dengan karya klasik McClintock. Beberapa
penemuan terbaru dengan transposon ragi, jagung, dan Drosophila  dibahas selanjutnya.
UNSUR TY YEAST
Ragi S. cerevisiae  membawa sekitar 35 salinan elemen transposabel yang disebut Ty dalam genom
haploidnya. Transposon ini panjangnya sekitar 5.900 pasangan nukleotida dan di setiap ujungnya
dibatasi oleh segmen DNA yang disebut urutan  δ ,  yang panjangnya kira-kira 340 pasangan basa. Setiap
urutan δ berorientasi ke arah yang sama, membentuk apa yang dikenal sebagai pengulangan terminal
panjang  langsung , atau LTR. Terkadang LTR terlepas dari elemen Ty, menciptakan apa yang disebut solo
δ. Diperkirakan bahwa δ ini dihasilkan oleh rekombinasi antara LTR dari elemen Ty lengkap, seperti yang
ditunjukkan pada Gambar 9.12. Nasib molekul melingkar yang terbentuk sebagai produk sampingan dari
peristiwa ini tidak diketahui, tetapi molekul tersebut telah dideteksi dalam sel ragi, memberikan model
yang masuk akal. Elemen Ty diapit oleh lima pengulangan langsung pasangan nukleotida yang dibuat
oleh duplikasi DNA di lokasi penyisipan Ty. Duplikasi situs target ini tidak memiliki urutan standar, tetapi
cenderung berisi pasangan basis AT. Ini mungkin menunjukkan bahwa elemen Ty secara istimewa
dimasukkan ke dalam wilayah genom yang kaya AT.
Organisasi genetik elemen Ty menyerupai retrovirus eukariotik  (gambar 9.13.a). virus RNA untai tunggal
ini mensintesis DNA dari RNA mereka setelah memasuki sel. DNA kemudian memasukkan dirinya sendiri
ke dalam situs di genom, membuat duplikasi situs target. Bahan yang disisipkan ini memiliki struktur
keseluruhan yang sama dengan elemen Ty ragi - urutan DNA yang dibatasi oleh LTR - dan
disebut provirus  . Provirus yang paling sederhana memiliki tiga gen, gag, pol, dan env, yang masing-
masing menyandikan protein struktural, katalitik, dan membran. Elemen Ty hanya memiliki dua gen
retrovirus. Studi biokimia telah menunjukkan bahwa produk dari kedua gen ini dapat membentuk
partikel seperti virus di dalam sel ragi. Namun, tidak diketahui apakah partikel ini benar-benar
menular. Salah satu hipotesis adalah bahwa unsur Ty ragi adalah retrovirus primitif, mampu berpindah
dari satu situs ke situs lain di dalam sel, tetapi tidak mampu bergerak di antara sel. Dalam hal ini, telah
ditunjukkan bahwa transposisi elemen Ty melibatkan perantara RNA. Setelah RNA disintesis dari DNA
Ty, produk dari gen TyB menggunakan RNA untuk membuat DNA untai ganda. Prosesnya disebut
transkripsi terbalik. Kemudian DNA yang baru disintesis disisipkan di suatu tempat dalam genom,
menciptakan elemen Ty baru. Karena kemiripan mereka secara keseluruhan dengan retrovirus, elemen
Ty ragi kadang-kadang disebut retrotransposon.
 
 
TRANSPOSON JAGUNG
Unsur transposabel telah ditemukan di beberapa tanaman, terutama jagung ( Zea  mays  ) dan
snapdragons ( Antirrhinum majus  ). Investigasi yang paling ekstensif melibatkan jagung. Di mana
beberapa keluarga transposon telah diidentifikasi.
Elemen Ac dan Ds
Ac dan Ds pada jagung, awalnya ditemukan oleh McClintock, terdiri dari banyak elemen yang tersebar di
seluruh genom. Studi molekuler telah menunjukkan bahwa elemen otonom fungsional, Ac, terdiri dari
4563 pasangan nukleotida yang dibatasi oleh pengulangan langsung 8-pasangan
nukleotida. Pengulangan langsung ini dibuat pada saat elemen masuk ke situs pada kromosom. Urutan
pengulangan lainnya ditemukan dalam elemen itu sendiri. Yang paling mencolok adalah di ujung, di
mana urutan pasangan 11-nukleotida di satu ujung diulang dengan orientasi berlawanan di ujung
lainnya. Pengulangan terminal terbalik ini dianggap memainkan peran penting dalam transposisi.
Semua unsur Ac dalam genom jagung tampak serupa secara struktural, tetapi tidak identik. Ini tidak
terjadi pada elemen Ds, di mana heterogenitas struktural yang cukup besar telah diamati. Satu kelas
elemen Ds adalah r = diturunkan dari elemen Ac dengan penghapusan urutan internal. Gambar
9.14b. berikan beberapa contoh. Kelas lain memiliki urutan pengulangan terminal terbalik yang khas dari
Ac, serta beberapa urutan subterminal, tetapi sisa DNA berbeda. Anggota keluarga Ac / D yang tidak
biasa ini disebut elemen D yang menyimpang  . Kelas elemen Ds ketiga dicirikan oleh pengaturan
piggybacking yang khas. Satu elemen Ds disisipkan ke elemen lain, tetapi dalam orientasi terbalik. Telah
ditunjukkan bahwa elemen D ganda  ini bertanggung jawab atas kerusakan kromosom
Fungsi pengaktifan unsur Ac terkait dengan protein yang disintesisnya. Karena protein ini terlibat dalam
transposisi, kadang-kadang disebut transposase  dari keluarga Ac / Ds. Penghapusan atau mutasi pada
gen yang mengkode protein ini menghapus sinyal pengaktifan dan menjelaskan mengapa elemen Ds,
yang memiliki lesi seperti itu, tidak dapat mengaktifkan dirinya sendiri. Namun, karena transposase ini
dapat berdifusi, satu elemen Ac dapat menyediakannya ke semua elemen AC dan Ds dalam genom (F.
9.3). Oleh karena itu kami mengatakan bahwa transposase Ac / Ds adalah trans-acting.
Analisis genetik telah memberikan beberapa informasi tentang mekanisme di mana elemen Ac (dan
mungkin Ds) bertransposisi. Setelah elemen Ac direplikasi sebagai bagian dari DNA dalam kromosom, ia
dapat keluar dari posisinya dan pindah ke yang baru, biasanya di dekatnya. Situasinya digambarkan pada
Gambar 9.15. Garis mewakili kromosom dalam proses replikasi. Setelah garpu replikasi melewati elemen
Ac, salinan elemen tersebut dapat dialihkan ke situs sebelum garpu replikasi. Ketika proses replikasi
selesai, akan ada dua kromatid saudara, satu dengan satu salinan Ac (di lokasi baru saja) dan satu
dengan dua salinan (satu di lokasi baru dan satu di lokasi lama). Perhatikan bahwa dalam proses ini,
elemen Ac tidak mereplikasi dirinya sendiri selama transposisi; sebaliknya, itu disalin oleh mesin
replikasi normal sebelum dan sesudah gerakan. Karena alasan ini, transposisi sebenarnya dari elemen Ac
dianggap nonreplicative .
Elemen  Spm  dan  dSpm
Keluarga transposon jagung lain yang ditemukan oleh McClintock adalah keluarga Suppressor-
mutator  . Dalam keluarga ini, elemen otonom disebut Spm  dan elemen non-otonom disebut dSpm  ("d"
berarti dihapus atau cacat). Unsur-unsur Spm  memiliki panjang 8287 pasangan nukleotida , termasuk
duplikasi lokasi target pasangan nukleotida 13-nukleotida. The dSpm elemen lebih kecil dari Spm unsur
karena bagian dari urutan DNA telah delated. Penghapusan tersebut mengganggu fungsi gen yang
dibawa secara lengkap. Unsur-unsur Spm dan karenanya mencegah sintesis produk gen tersebut. Karena
produk ini diperlukan untuk transposisi, elemen dSpm yang dihapus tidak dapat merangsang
pergerakannya sendiri.
Keluarga Spm dinamai karena unsur-unsurnya dapat menekan fungsi gen yang telah ditransposisikan. Ini
terjadi ketika elemen dSpm yang dimasukkan berinteraksi dengan elemen Spm yang terletak di tempat
lain dalam genom. F.9.17 menunjukkan contoh di mana elemen dSpm telah dimasukkan ke dalam salah
satu gen yang mengontrol pigmentasi di kernel. Perhatikan bahwa meskipun dSpm inserti o n
mengurangi ekspresi gen ini, itu tidak menghapuskan sepenuhnya. Namun,
ketika elemen Spm otonom dimasukkan ke dalam genom, ekspresi gen pigmentasi benar-benar
terhambat di sebagian besar kernel. Ini menunjukkan aksi "penekan" dari elemen Spm . Selain itu,
elemen ini merangsang eksisi th dSpmelement di beberapa sel, menyebabkan klon di mana fungsi gen
sebagian dipulihkan. Klon-klon ini, yang dikenali dari pigmentasi sedang hingga berat,
mendemonstrasikan fungsi trans-acting, “mutator” dari elemen Spm .
Baru-baru ini, analisis biokimia menunjukkan bahwa aktivitas unsur Ac dan Spm dikendalikan oleh
metilasi nukleotida terpilih dalam urutan DNA. Penelitian tentang fenomena ini saat ini sedang
berlangsung dan dapat mengarah pada pemahaman yang lebih dalam tentang mekanisme yang
mengatur perilaku keluarga elemen transposabel ini.
Transposon Drosophila
Unsur-unsur transposabel telah ditemukan pada banyak hewan, tetapi beberapa informasi terbaik
berasal dari penelitian dengan Drosophila,  di mana sebanyak 15% DNA bersifat seluler. Beberapa
kelas transposon Drosophila  telah diidentifikasi.
Retrotransposon
Kelompok transposon Drosophila terbesar  terdiri dari unsur-unsur seperti retrovirus ,
atau retrotransposon.  Unsur-unsur ini panjangnya 5000 sampai 15.000 pasang nukleotida dan
menyerupai bentuk terintegrasi retrovirus, seperti unsur Ty pada ragi. Setiap retrotransposon dibatasi di
kedua ujungnya dengan urutan pengulangan terminal yang panjang, atau LTR, yang mungkin berisi
beberapa ratus pasangan nukleotida. Kedua LTR berorientasi pada arah yang sama. Selain itu, LTR
dibatasi oleh urutan pengulangan pendek yang berorientasi pada arah yang berlawanan. Ketika
retrotransposon dimasukkan ke dalam kromosom, itu membuat duplikasi situs target, dengan satu
salinan di setiap sisi transposon. Besar kecilnya duplikasi ini merupakan karakteristik dari setiap famili
retrotransposon. Misalnya, para anggota copia  keluarga (f.9.18 a ) menghasilkan 5-nukleotida-pair
duplikasi, sedangkan anggota gipsi  keluarga (f.9.18b) menghasilkan 4-nukleotida-pair
duplikasi. Duplikasi situs target selalu berorientasi pada arah yang sama.
Tidak jelas berapa banyak famili retrotransposon berbeda yang ada di Drosophila,  tetapi mungkin
jumlahnya tidak lebih dari 30. Studi dengan strain yang berbeda menunjukkan bahwa ukuran setiap
famili berbeda-beda. Misalnya, beberapa galur Drosophila  hanya memiliki sedikit unsur gipsi  ,
sedangkan yang lain memiliki lebih dari 100. Selain itu, ada unsur yang mungkin tersebar di seluruh
genom, menempati posisi yang berbeda dalam galur yang berbeda. Sebagian besar variasi ini mungkin
acak, tetapi beberapa peneliti berspekulasi bahwa jumlah atau elemen dalam keluarga retrotransposon
mungkin diatur.
Retrotransposon bertanggung jawab atas banyak mutasi genetika Drosophila  klasik . F.9.19
menunjukkan empat alel lokus putih terkait-X yang disebabkan oleh insersi retrotransposon. Dalam satu
kasus, ekspresi lokus pada dasarnya dihapuskan, sedangkan di kasus lain ekspresi lokus hanya
diturunkan dari level wildtype. Meskipun sebagian besar mutasi penyisipan retrotransposon
di Drosophila  stabil, beberapa revertans telah diamati. Misalnya, mutasi penyisipan gipsi  dari lokus
sayap yang dipotong terkadang kembali ke tipe liar. Pembalikan alel ini tampaknya terkait dengan
eksisi elemen gipsi  .
Seperti elemen Ty pada ragi, transposisi retrotransposon Drosophila  tampaknya melibatkan perantara
RNA. Mekanismenya belum diketahui secara rinci , tetapi diperkirakan menyerupai proses infeksi
retroviral. Dalam beberapa kasus, terdapat bukti pembentukan partikel mirip virus , tetapi hingga saat
ini tidak ada yang menunjukkan bahwa partikel ini mampu meninggalkan satu sel dan memasuki sel
lain .
Elemen P dan Disgenesis Hibrid
Beberapa penelitian paling luas tentang transposon Drosophila  berfokus pada anggota keluarga elemen
P. Transposon kecil ini berakhir dalam pengulangan terbalik 31-nukleotida-pasangan dan diapit oleh
duplikasi situs target 8-nukleotida-pasangan.
Ukuran anggota keluarga elemen P bervariasi. Unsur terbesar adalah 2907 pasang nukleotida panjang,
termasuk pengulangan terbalik terminal tetapi tidak termasuk duplikasi situs target. Unsur-
unsur lengkap ini bergerak secara otonom karena membawa gen yang mengkode protein
transposase. Ketika protein ini menempel pada elemen, ia dapat memindahkan elemen ke posisi lain
dalam genom. Elemen P lainnya secara struktural tidak lengkap. Meskipun elemen
tersebut tidak memiliki kemampuan untuk menghasilkan transposase, mereka memiliki rangkaian
terminal dan subterminal yang diperlukan untuk transposisi. Akibatnya, unsur-unsur ini dapat
dimobilisasi jika unsur penghasil transposase ada di suatu tempat dalam genom.
Survei populasi alami Drosophila  telah menunjukkan bahwa terdapat variasi yang cukup besar dalam
jumlah elemen P yang ada dalam genom. Beberapa lalat memiliki sebanyak 50 buah, sedangkan yang
lainnya hanya memiliki sedikit. Mungkin penemuan yang paling mengejutkan adalah bahwa lalat
yang berasal dari strain yang ditangkap sebelum tahun 1950 tidak memiliki unsur P. sama sekali.  Studi
terperinci menunjukkan bahwa strain "kosong" ini mewakili kondisi primitif, dan bahwa unsur P telah
menginvasi populasi alami Drosophila  selama beberapa waktu terakhir. Dalam konteks ini, menarik
untuk dicatat bahwa kerabat terdekat D. melanogaster  telah mempertahankan kondisi “kosong”,
sedangkan spesies lain yang lebih jauh kerabatnya telah memperoleh unsur P. Pada saat ini, tidak
mungkin untuk mengatakan bagaimana unsur-unsur ini diperkenalkan di t o begitu banyak
berbeda Drosophila  spe c ies; namun, banyak penelitian berspekulasi bahwa mereka dapat masuk
dengan menumpang virus yang secara alami menginfeksi Drosophyla  .  Proses seperti itu dapat
dianalogikan dengan transduksi sel E. coli oleh bakteriofag yang membawa elemen IS.
Populasi Drosophila  yang memiliki unsur P telah mengembangkan mekanisme untuk mengatur
pergerakannya. Dalam beberapa strain, regulasi ini bergantung pada properti yang diturunkan secara
maternal yang disebut P cyto t y p e. Drosophyla  dengan kondisi ini menekan gerakan elemen P lebih
atau kurang sepenuhnya. T -nya dapat dilihat oleh lalat cytotype persimpangan P dengan lalat yang
memiliki tidak P elemen n o r kemampuan untuk mengatur gerakan P elemen F.9.21. Tidak adanya
kemampuan pengaturan ini disebut sitotipe M. Hibrida yang berasal dari persilangan antara sitotipe
P betina dan sitotipe M jantan mewarisi unsur P dari induknya; namun, karena mereka juga mewarisi
sitotipe P melalui sitoplasma ibu, pergerakan elemen-elemen ini tertekan. Tidak demikian halnya
dengan hibrida dari persilangan timbal balik, P sitotipe ♂♂ x M sitotipe ♀♀ . Hibrida semacam itu tidak
mewarisi sitotipe P meskipun mereka mewarisi unsur P dari ayah mereka. Akibatnya, unsur P hadir
dalam transpos hibrid ini secara bebas, menyebabkan sindrom kelainan genetik yang disebut  disgenesis
hibrid  PM .  Ini termasuk frekuensi mutasi dan kerusakan kromosom yang tinggi, segregasi kromosom
yang menyimpang, dan dalam kasus ekstrim, perkembangan gonad yang salah. Kondisi terakhir ini dapat
menyebabkan lalat hibrida menjadi mandul. Mengingat kerusakan yang dapat disebabkan oleh
pergerakan elemen P yang ekstensif, mungkin tampak mengejutkan bahwa persilangan P ♂ x
M ♀ menghasilkan keturunan yang layak dkk. Namun, keturunan dari persilangan ini cukup sehat karena
pergerakan elemen P terbatas pada sel dari garis germinal. Dalam jaringan somatik, di mana mobilisasi
elemen P pasti akan menyebabkan masalah yang sangat serius, hanya ada sedikit, jika ada,
transposisi. Penghambatan transposisi selektif ini. Penghambatan transposisi selektif ini terjadi karena
gen transposase yang dibawa oleh unsur P lengkap tidak dapat diekspresikan dalam jaringan
somatik. Penelitian terkini di beberapa laboratorium sedang mencoba untuk menentukan mengapa
demikian.
SIGNIFIKANSI GENETIK DAN EVOLUSI DARI ELEMEN YANG DAPAT DIKENAL
MUTATION AND CHROMOSOME BREAKAGE
Ada sedikit keraguan bahwa unsur transposabel bertanggung jawab atas mutasi pada berbagai
organisme. Bukti terbaik untuk ini berasal dari Drosophila,  di mana banyak alel mutan telah terbukti
melibatkan insersi transposon. Namun, penelitian eksperimental dengan berbagai jenis elemen
transposabel menunjukkan bahwa terjadinya mutasi penyisipan masih merupakan peristiwa yang agak
jarang, mungkin karena banyak famili transposon diatur secara ketat. Jika regulasi ini dilanggar, ledakan
transposisi dapat terjadi, menyebabkan banyak mutasi secara bersamaan. Ini rupanya yang terjadi ketika
elemen P dimobilisasi dalam hibrida disgenik Drosophila  .
Elemen transposabel juga menghasilkan kerusakan kromosom. Hal ini ditunjukkan dengan perilaku
unsur Ds ganda pada jagung dan unsur P pada Drosophila  . Dalam kedua kasus tersebut, kerusakan
dapat menyebabkan hilangnya atau penataan ulang materi kromosom. Diskusi lengkap tentang
penyimpangan struktural ini disajikan pada Bab 18 dan 19.
Terkadang unsur transposabel memediasi peristiwa rekombinasi antara molekul DNA. Salah satu
contohnya adalah penyisipan plasmid F yang dimediasi oleh IS ke dalam kromosom E. coli . Lainnya
adalah penataan ulang struktural kromosom X di Drosophila  menyusul rekombinasi antara transposon
homolog yang terletak pada posisi berbeda. J. K. Lim telah menemukan bahwa satu keluarga elemen
transposabel (Disebut batak) tampaknya menengahi peristiwa ini, yang mengarah pada penghapusan
atau inversi segmen besar kromosom. Temuan ini dan temuan lainnya menunjukkan bahwa transposon
mungkin memainkan peran penting dalam evolusi struktur kromosom.
GUNAKAN DALAM ANALISIS GENETIK
Kemampuan alami unsur transposabel untuk menyebabkan mutasi telah dimanfaatkan di
laboratorium. Pada beberapa organisme, sekarang memungkinkan untuk merangsang transposisi dari
keluarga elemen tertentu, sehingga meningkatkan laju mutasi alami.  Prosedur ini memiliki keunggulan
dibandingkan metode tradisional untuk menginduksi mutasi karena elemen transposabel yang
menyebabkan mutasi dengan memasukkan ke dalam gen dapat berfungsi sebagai penanda untuk studi
yang lebih rinci. Fitur ini paling baik dilihat di Drosophila  , di mana teknik hibridisasi in situ dapat
digunakan untuk menemukan lokasi penyisipan transposon. Dalam teknik hibridisasi in situ ini dapat
digunakan untuk menemukan lokasi penyisipan transposon. Dalam teknik ini, rangkaian transposon
berlabel radioaktif dibuat untai tunggal dan kemudian dihibridisasi menjadi DNA untai tunggal dalam
kromosom raksasa dari kelenjar ludah. Reaksi hibridisasi berlangsung di permukaan kaca objek
mikroskop, di mana kromosom telah menyebar dengan menekan kelenjar yang dibedah. Ketika reaksi
hibridisasi selesai, lokasi rangkaian radioaktif dapat ditentukan dengan autoradiografi. F 9.22
menunjukkan hasil yang khas. Kromosom dalam labu ini dihibridisasi dengan rangkaian elemen gipsi  ,
autoradiograf, dan pewarnaan. Setiap titik gelap di F 9.22 menunjukkan di mana urutan radioaktif
gipsi telah berhibridisasi dengan DNA kromosom. Oleh karena itu, bintik-bintik ini mengidentifikasi situs
kromosom yang mengandung elemen gipsi. Gen yang telah dimutasi dengan memasukkan elemen
transposabel dikatakan telah "diberi tag". Kata ini sengaja digunakan untuk menyampaikan pengertian
bahwa gen tersebut dapat segera diidentifikasi. Ketika digunakan bersama dengan kloning gen dan
koloni atau prosedur hibridisasi plak, penandaan transposon memberikan cara yang sangat berguna
untuk mengidentifikasi urutan gen dalam campuran DNA yang besar dan heterogen. Oleh karena itu, ini
merupakan teknik standar dalam rekayasa genetika.
Unsur transposabel juga berguna dalam transformasi genetik organisme tingkat tinggi   . Bab 8
membahas bagaimana bakteri dapat diubah dengan penggabungan fisik fragmen DNA. Sel-sel organisme
yang lebih tinggi juga dapat diubah, tetapi frekuensi transformasi meningkat secara signifikan jika
fragmen DNA dimasukkan ke dalam elemen transposabel. Mungkin sistem yang paling canggih telah
dikembangkan dengan menggunakan elemen P Drosophila.  Dalam sistem ini, elemen nonautonomous
berfungsi sebagai vektor transformasi  dan elemen lengkap berfungsi sebagai sumber transposase yang
diperlukan untuk memasukkan vektor ke dalam kromosom sel Drosophila. Secara praktis, setiap urutan
DNA dapat ditempatkan ke dalam elemen vektor (istilah vektor berasal dari kata Latin untuk "pembawa"
dan digunakan karena elemen vektor membawa urutan DNA nonhomolog). Satu-satunya perhatian
dalam menyusun vektor adalah untuk mempertahankan urutan terminal dan subterminal elemen P yang
diperlukan untuk transposisi. Dalam percobaan yang khas disuntikkan ke embrio Drosophila yang  sangat
muda .  Jika suntikan tidak terlalu traumatis, embrio akan bertahan dan berkembang menjadi orang
dewasa yang sehat dan subur. Dalam perkembangannya, terdapat kemungkinan bahwa transposase dari
elemen lengkap akan mengkatalisasi penyisipan elemen vektor ke salah satu kromosom Drosophila  . Jika
peristiwa ini terjadi di dalam sel yang akhirnya memunculkan bagian dari garis germinal dewasa, elemen
vektor dapat diteruskan ke generasi berikutnya, menghasilkan keturunan yang ditransformasikan secara
genetik. Dengan menggunakan teknik ini, ratusan Drosophila  telah ditransformasi, beberapa membawa
DNA dari organisme lain. Aspek lain dari proses transformasi yang dimediasi elemen P dibahas dalam
Bab 24.
MASALAH EVOLUSI
Distribusi luas elemen transposabel menunjukkan bahwa mereka berperan dalam evolusi. Salah satu
hipotesisnya adalah bahwa elemen-elemen ini adalah alat alam untuk rekayasa genetika. Kemampuan
mereka untuk menyalin, mengubah urutan, dan mengatur ulang sekuens DNA lain, seperti gen untuk
resistensi antibiotik, dapat dibangun sebagai keuntungan bagi organisme yang membawanya. Dalam
pandangan ini, elemen transposabel telah menyebar karena telah memberikan keuntungan selektif
kepada operatornya. Hipotesis lain adalah bahwa elemen transposabel telah menyebar hanya karena
mereka memiliki kemampuan untuk berkembang biak secara independen dari mesin replikasi
normal. Ini mungkin tidak benar untuk semua transposon, tetapi mungkin diterapkan pada beberapa di
antaranya, seperti elemen bakteri yang mentranspos elemen sedikit lebih dari DNA segmen parasit
genom yang mereplikasi secara egois, bahkan mungkin merugikan inang mereka.
Bagaimana transposon pertama berevolusi? N. Kleckner telah menyarankan bahwa transposon
primordial mungkin muncul dengan modifikasi agene yang mengkodekan enzim untuk pembuatan dan
perbaikan kerusakan DNA, Semua itu akan dibutuhkan agar enzim dapat mengembangkan tingkat
spesifisitas yang sederhana, mungkin dengan mengenali suatu Urutan DNA dari enam atau delapan
pasangan nukleotida. Urutan seperti itu mungkin terjadi secara kebetulan dalam orientasi terbalik di sisi
gen mereka, menciptakan situasi di mana produk gen dapat berinteraksi dengan masing-masing urutan
mengapit ini. Dengan “memotong dan menyisipkan” DNA, enzim dimodifikasi ini kemudian bisa
tran s pos e seluruh unit ke posisi baru dalam genom. Unit seperti itu akan berperilaku sebagai
transposon primordial.
Pertanyaan lain berkaitan dengan hubungan evolusi antara retrotransposon, seperti elemen Ty ragi, dan
retrovirus lengkap. Secara kolektif, entitas ini telah merujuk r ed sebagai retroelements. AJ Kingsman
dan SM Kingsman telah mengusulkan bahwa retrovirus telah berkembang dari retrotransposon yang
lebih sederhana dengan penambahan gen (disebut env) yang mensintesis protein
membran. Dengan tambahan ini , retroelemen dapat menghasilkan partikel yang mampu keluar dari
satu sel dan memasuki sel lainnya. Partikel tersebut akan menular dan karena itu
akan disediakan retroelement dengan kesempatan untuk merefleksikan antara genom serta dalam
t h em.
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Warisan EKSTRAKOMOSOM
Sejauh ini dalam pengobatan genetika transmisi pada eukariota, kita telah berurusan dengan kromosom
dan gen inti. Sudah pasti, DNA inti adalah materi genetik yang paling penting dan hampir
universal. Namun demikian, sepanjang sejarah genetika, laporan sporadis menunjukkan bahwa elemen
ekstranuklear atau sitoplasma juga berperan sebagai agen penularan herediter. Tapi kebanyakan contoh
yang awalnya dikaitkan dengan pewarisan ekstranuklir akhirnya dijelaskan oleh gen
nuklir. Beberapa kasus yang pada awalnya tampak bergantung pada gen sitoplasma dan diklasifikasikan
di bawah warisan ibu ditunjukkan oleh penyelidikan lebih lanjut untuk dikaitkan dengan gen
ibu. Fenotipe diekspresikan dalam protogeni , dan kasus-kasus ini diklasifikasikan ulang sebagai efek
maternal. Karena pola penularan efek material serupa dengan pola pewarisan sitoplasma, efek maternal
dibahas di akhir bab ini.
Kriteria apa yang membedakan ekstranuklir dari warisan nuklir? Croteria untuk mengidentifikasi
kelompok sifat heterogen ini adalah konsekuensi dari definisi pewarisan ekstranuklear atau sitoplasma
dan juga jenis organisme dan mekanisme yang terlibat. Warisan ekstrachromosomal  id didefinisikan
sebagai pewarisan  non-Mendel  , biasanya melibatkan DNA dalam mereplikasi organel sitoplasma
seperti mitokondria dan plastida. Beberapa bakteri dan virus juga merupakan agen pewarisan
ekstranuklir. Panduan umum dapat ditetapkan di awal, dan kriteria untuk kasus tertentu dapat
menunggu isi dari contoh tertentu. Karena kriteria harus bergantung pada fenotipe yang terkait dengan
DNA ekstranuklear, penyimpangan terus-menerus dari pola Mendel akan menunjukkan pewarisan
ekstranuklear.
KRITERIA Warisan EKSTRANUKLIR
Lima kriteria utama dapat digunakan untuk membedakan antara sifat yang dikendalikan oleh gen inti
dan sifat yang dikendalikan oleh gen ekstranuklear. Ini diringkas dalam daftar berikut.
1.                 Perbedaan hasil persilangan timbal balik  menunjukkan adanya penyimpangan dari pola
transmisi gen autosom Mendel. Untuk melakukan persilangan timbal balik, betina dari galur A
dikawinkan dengan jantan galur B dan jantan galur A dikawinkan dengan betina galur B.Jika hubungan
kelamin disingkirkan, perbedaan hasil persilangan timbal balik akan menunjukkan bahwa persilangan
timbal balik orang tua (biasanya keibuan) memberikan pengaruh yang lebih besar … pada sifat tertentu.
2.                 …. …. sel reproduksi biasanya membawa lebih banyak
sitoplasma …… organel plasmik daripada sel laki-laki dan diharapkan mempengaruhi sifat non-
Mendel. Organel dan simbion dalam sitoplasma dapat diisolasi dan dianalisis untuk bukti yang lebih
spesifik mengenai penularan maternal dalam warisan. Ketika DNA ekstranuklear dapat dikaitkan dengan
transmisi sifat-sifat tertentu, kasus pewarisan ekstranuklir ditetapkan,
3.                 Gen kromosom menempati lokus artikular dan memetakan di tempat-tempat tertentu
sehubungan dengan gen lain. Kegagalan untuk menemukan keterkaitan untuk mengetahui gen
inti dapat mengesampingkan pewarisan kromosom dan menyarankan pewarisan ekstranuklear jika data
yang cukup dapat diperoleh
4.                 Kurangnya segregasi Mendel dan karakteristik rasio Mendel yang bergantung pada
transmisi kromosom di meiosis akan menunjukkan transmisi ekstrachromosomal
5.                 Substitusi eksperimental inti mungkin menjelaskan pengaruh relatif inti dan
sitoplasma. Transmisi sifat-sifat tanpa transmisi gen inti akan menunjukkan pewarisan ekstranuklir. Gen
dan virus memiliki banyak kesamaan. Perbedaan yang tipis mungkin diperlukan untuk membedakan
antara infeksi persisten dan DNA sitoplasma. Tetapi fenotipe dari keduanya bisa memenuhi syarat
secara luas untuk pewarisan ekstranuklir.
ORGANEL DAN LAMBANG SITOPLASMA
Warisan ekstranuklear yang terkait dengan organel sitoplasma memenuhi persyaratan sebelumnya dan
perlu dijelaskan meskipun organel hanya mewakili sebagian kecil materi genetik , mungkin beberapa
ratus gen, berdasarkan jumlah DNA fungsional yang terlibat. Bagaimana dan mengapa kantong
independen DNA ekstranuklear ini terawetkan di alam? Tampaknya kontrol seluler lokal yang kurang
lebih independen telah menguntungkan beberapa fenotipe khusus.
Perlu dicatat bahwa organel sitoplasma  sangat penting dan mendasar bagi fungsi dan, tentunya bagi
kelangsungan makhluk hidup. Enzim untuk respirasi sel dan produksi energi, misalnya, terletak di
mitokondria, dan bahan makanan dioksidasi untuk menghasilkan adenosine triphosphate (ATP), bahan
bakar untuk reaksi biokimia. Klorofil dan pigmen tumbuhan lainnya disintesis dalam plastida. Namun,
tidak mungkin bahwa banyak, jika ada, dari gen otonom dalam DNA mitokondria dan plastid yang secara
langsung terkait dengan fenotipe ang vital dasar ini . Kemungkinan menarik yang dikemukakan oleh
beberapa peneliti sebelumnya, dan baru-baru ini dielaborasi oleh Margulis, adalah bahwa mitokondria
dulunya adalah  bakteri  hidup bebas  .  Selama periode waktu yang lama, mereka membentuk simbiosis
herediter dengan sel inang eukariota mereka dan akhirnya berevolusi menjadi organel di dalam sel
hewan dan tumbuhan. Mereka membawa DNA mereka sendiri dan peralatan lain untuk mekanisme
genetik dari keadaan hidup bebas. Pabrik pemrosesan mereka, yang sebagian lepas dari kendali gen
nuklir, pasti disukai dalam evolusi dan dianggap layak untuk terus bertahan dalam sel eukariota.
Demikian pula, kloroplas dalam sel tumbuhan hijau didalilkan berasal dari ganggang hidup bebas yang
menjalin hubungan simbiosis dengan sel eukariota awal. Mereka memiliki banyak kontribusi untuk sel
inang mereka. Klorofil-pigmen penting untuk fotosintesis, dengan mesin sintesis, termasuk DNA spesifik,
mRNA, tRNA, ribosom, dan mesin untuk klorofil produksi sudah menjadi ssembled di bebas hidup
alga e. Selain itu, plastida dari alga hijau diduga membawa mekanisme genetik lain seperti resistensi
streptomisin, yang ditemukan pada alga Clamydomonas  .
Bakteri simbion  telah ditemukan di sitoplasma protozoa Paramecium  aurelia, di  mana mereka
menghasilkan zat beracun yang membunuh paramecia rentan lainnya yang ditempatkan di media kultur
yang sama. Simbion ini, sekarang bermartabat dengan melesat = cific nama
Latin, Caedobacter  taeniospiralis  ,  telah bekerja jalan ke sistem genetik dari inangnya. Tetapi ia hanya
dapat berkembang biak dengan adanya genotipe inang tertentu.
DNA DI MITOCHONDRIA
Mitokondria pada organisme hidup saat ini muncul dari mitokondria yang sudah ada
sebelumnya . Mereka biasanya merupakan organel sitoplasma kecil (f 20.1) dengan lapisan internal
yang menyerupai rak atau krista yang muncul sebagai invagirasi dari membran mitokondria bagian
dalam. Ukurannya hampir sama dengan bakteri dan terdapat pada sel eukariota tetapi tidak pada
bakteri dan virus
Mitokondria menyediakan hewan dan tumbuhan tingkat tinggi dengan energi seluler yang menopang
kehidupan melalui proses oksidatif asam sitrat dan siklus asam lemak, serta proses gabungan fosforilasi
oksidatif dan transpor elektron. Mereka mengandung sejumlah kecil DNA unik yang tetap otonom di
luar genom nuklir sepanjang sejarah evolusi hewan dan tumbuhan yang panjang. Genom mitokondria
berukuran kecil dan hanya berkode untuk sejumlah struktur dan fungsi. Mitokondria
mengandung protein  khusus - alat sintesis  dengan ribosom spesifik, tRNA, sintetase aminoasil-
tRNA; alat ini menunjukkan kepekaan terhadap antibiotik seperti bakteri. Mesin protein sintetis
mitokondria secara signifikan berbeda dari c mesin ytoplasmic untuk tujuan yang sama. Misalnya,
ribosom dalam alat penyintesis protein di mitokondria seperti yang ada di sitoplasma sel
eukariota. Molekul mitokondria  rRNa  memiliki ukuran yang sama dengan yang ada pada bakteri dan
secara konsisten lebih kecil daripada yang ada di sel eukariota .
Dalam sel ragi, 10-20% DNA seluler terlokalisasi dalam satu mitokondria. DNA mitokondria memiliki sifat
yang berbeda dari DNA inti dalam hal kepadatan dan proporsi pasangan basa GC dan AT. Salah satu
penelitian yeast menunjukkan bahwa DNA mitokondria memiliki densitas 1,683 g / cm3 dan kandungan
GC 21%, sedangkan DNA inti memiliki densitas 1,699 g / cm3 dan kandungan GC 40%.
Siklus hidup ragi roti normal, Saccharomyces cerevisiae,  termasuk fase haploid dan diploid, perkawinan
biasanya terjadi antara sel-sel haploid vegetatif dari jenis kawin yang berlawanan (A atau a).  sel-sel ini
bergabung untuk membentuk sel diploid vegetatif yang terbagi oleh mitosis. Pembelahan sel biasanya
tidak sama, dengan sel "anak" kecil yang tumbuh dari "ibu" yang lebih besar.  Kedua sel, bagaimanapun,
identik dalam komposisi inti. Sel diploid vegetatif dapat mengalami proses sporulasi kompleks di mana
meiosis terjadi. Empat askospora yang dihasilkan terbagi membentuk klon.
Mutan pertama yang ditemukan dalam ragi, jenis koloni kecil yang disebut "mungil", telah memberikan
bukti terbaik yang sekarang ada untuk mutasi mitokondria.  Petites rusak dalam kemampuannya untuk
memanfaatkan oksigen pada metabolisme karbohidrat. Misalnya, saat glukosa berada di dalam medium,
ragi mungil akan tumbuh hanya menjadi koloni berukuran kecil. Analisis enzim menunjukkan bahwa
mitokondria kekurangan enzim pernapasan oksidase sitokrom yang biasanya terkait dengan
mitokondria. Kekurangan ini tidak hanya menghasilkan pertumbuhan yang rusak, tetapi juga mencegah
hewan mungil menghasilkan spora. Strain mungil yang telah dianalisis menunjukkan hanya sebagian
kecil dari G dan C dan dominan pasangan basa AT yang berulang.  Jenis DNA ini tidak menyandikan
informasi biologis yang berarti. Tidak adanya sitokrom oksidase dari mitokondria tidak berarti bahwa
enzim ini dikodekan oleh DNA mitokondria, tetapi hal ini menunjukkan bahwa perubahan mutasi pada
DNA mitokondria menyebabkan pergantian  fenotipe mitokondria yang dapat diwariskan  .
Mutasi lain yang mereka petites menyebabkan dapat diinduksi dalam ragi dan ditularkan oleh t dia
sitoplasma. Misalnya, resistensi terhadap antibiotik kloramfenikol dan eritromisin telah
diinduksi. Antibiotik ini memiliki afinitas selektif untuk protein ribosom mitokondria, menunjukkan
bahwa gen struktural hadir untuk beberapa protein ribosom.
W. L. French telah mempresentasikan bukti bahwa kemandulan  pada nyamuk Culex  hibrida disebabkan
oleh interaksi yang melibatkan DNA mitokondria. Beberapa peneliti lain telah menunjukkan bahwa
mitokondria; DNA diwariskan secara maternal pada katak.  JB David telah membandingkan DNA
mitokondria dalam kultur sel mamalia yang berbeda, termasuk tikus, tikus, dan manusia; ia juga telah
menghibridisasi sel dari sel yang berbeda dari mamalia yang berbeda dalam kultur.  Pada tikus hibrida
dan sel manusia, misalnya, dia telah menunjukkan bahwa tidak hanya tikus homogen dan DNA
mitokondria manusia yang homogen dapat dideteksi tetapi juga DNA hibrida  heterogen . Dalam satu
rangkaian percobaan, 20% dari setiap unit DNA sirkuler adalah tikus dan 80% adalah DNA mitokondria
manusia. DNA heterogen ditunjukkan sebagai hasil dari rekombinasi DNA mitokondria pada hibrida,
Gen kromosom ragi harus menentukan sebagian besar enzim yang terkait dengan mitokondria. Strain
ragi mungil dengan DNA yang rusak terus mensintesis DNA mitokondria abnormal. Ini menunjukkan
bahwa protein yang dibutuhkan untuk replikasi DNA mitokondria tidak dikodekan oleh DNA
mitokondria. Demikian pula, strain petite terus mensintesis enzim dari siklus Krebs yang terletak di
mitokondria. Kontrol harus berasal dari gen kromosom.
ORGANISASI GENOM MITOCHONDRIAL
Meskipun genom DNA mitokondria (  mtDNA  )  umumnya hanya membentuk sebagian kecil dari total
DNA seluler (kurang dari 1% dalam sel somatik hewan tingkat tinggi), mtDNA ini biasanya ada
sebagai molekul melingkar yang relatif kecil, yang dapat dengan mudah diisolasi dan
berkarakteristik. Dengan demikian, banyak informasi tersedia mengenai struktur genom
mitokondria. Ukuran mtDNA ini berkisar dari sekitar 16kb pada mamalia hingga beberapa ratus kilobase-
pasang pada tumbuhan tingkat tinggi. The mtDNA biasanya hadir dalam beberapa salinan per
organel. Sel HeLa manusia (garis kultur sel manusia yang dipelajari secara ekstensif) mengandung sekitar
10 salinan mtDNA per mitokondria dan memiliki sekitar 800 salinan genom mitokondria per sel. Jadi, sel
HeLa mengandung sekitar 8000 salinan genom mitokondria per sel. Perkiraan serupa tentang jumlah
salinan mtDNA telah diperoleh untuk jenis sel somatik mamalia lainnya. Dalam sel telur mamalia
raksasa, yang mengandung mitokondria dalam jumlah yang sangat besar, mtDNA dapat membentuk
sepertiga dari total DNA seluler.
Sementara struktur mtDNA sangat terkonservasi pada hewan tingkat tinggi, keanekaragaman yang
cukup diamati pada tumbuhan dan terutama pada eukariota yang lebih rendah. The mtDNA dari
beberapa protozoa bersilia yang linear dan bukan yang melingkar.
Struktur lestari dari genom mitokondria dari spesies terkait dapat diilustrasikan dengan
com pengupas organisasi dari mtDNA manusia, tikus, dan ternak-tiga pertama mtDNA menjadi
se quenced di toto.  The sequencing mtDNA manusia, tikus, dan ternak yang 16.569, 16.275, dan 16.338
nu- cleotide -pairs panjang, masing-masing. Yang paling penting, semua tiga mtDNA dipamerkan
ORGANISASI dasar yang sama tion informasi genetik (Gbr. 20,2). Masing-masing mengandung 2 gen
rRNA, 22 gen tRNA, dan 13 gen struktural protein putatif. Lima gen menyandikan protein yang
diketahui, tetapi produk dan fungsi dari gen yang diduga lainnya belum diidentifikasi. Bingkai bacaan
terbuka yang terakhir ditunjuk sebagai URJ  (untuk « bacaan yang tidak ditetapkan / rames ).

Seluruh genom mitokondria mamalia ditranskripsi sebagai satu unit dari satu situs promotor, dan
transkrip primer raksasa kemudian dibelah secara endo- nukleolitik untuk menghasilkan molekul tRNA,
rRNA, dan mRNA individu. Jadi, seluruh mtDNA , pada dasarnya, setara dengan satu operon pada
bakteri.

Genom mitokondria melingkar dari ragi Sacclxiromyces  cerevisiae  lebih dari lima kali lebih besar (sekitar
84 kb) daripada mtDNA mamalia. Neverthe kurang, ragi mitokondria genom pameran
organi lisasi cukup mirip dengan mamalia mtDNA . Dua gen mtDNA ragi , yang mengkode
sitokrom b  dan subunit 1 sitokrom oksidase, berukuran sangat besar — hampir sebesar
seluruh mtDNA mamalia. Kedua gen ini mengandung beberapa urutan intron yang sangat
panjang. MtDNA ragi mengandung sekelompok 16 gen tRNA dalam satu segmen pendek genom,
ditambah sekitar 10 gen tRNA yang tersebar di seluruh genom. Jadi, gen tRNA mitokondria ragi tidak
terdistribusi secara seragam seperti gen tRNA mitokondria mamalia . Pa rt dari perbedaan ukuran
antara mamma lian mtDNA dan ragi mtDNA jelas karena sudah intron besar ry di ragi sitokrom b  dan
sitokrom oksidase subunit 1 gen. Agaknya, genom mitokondria ragi yang lebih besar juga mengkodekan
lebih banyak protein daripada mtDNA mamalia , tetapi ini belum ditetapkan.
 
Sejak mitokondria adalah organel kompleks con taining besar jumlah protein yang berbeda jauh melebihi
dari 13 berpotensi dikodekan oleh mamma lian mitokondria genom-mayoritas
mito protein chondrial Memang, sejumlah besar protein yang dapat larut seperti enzim biosintetik asam
amino dan protein struktural mitokondria diketahui disintesis pada ribosom sitoplasma dengan spesifikasi
yang disediakan oleh transkrip gen nuklir. Protein ini busur kemudian trans porting ke dalam mitokondria,
di mana mereka berfungsi. Pengangkutan produk terjemahan sitoplasma ke dalam
mi tochondria diarahkan oleh khusus peptida transit yang  di ujung terminal amino dari polipeptida baru
lahir. Peptida angkutan ini biasanya dibelah dari polipeptida prekursor selama thei r transportasi di seluruh
mito membran chondrial. Dengan demikian, genom mitokondria menentukan molekul rRNA dan tRNA
yang dibutuhkan untuk mi sintesis protein tochondrial
 
DNA DALAM PLASTID
Carl Correns (tahun 1908) mengamati perbedaan dalam hasil persilangan timbal balik dan adalah yang
pertama untuk de penyimpangan juru tulis Nuansa warna yang berbeda dari putih (albino) hingga hijau tua
pada daun beberapa tanaman diselidiki. Alih-alih pewarisan yang sama dari benih dan induk serbuk sari,
seperti yang ditunjukkan oleh Mendel pada kacang polong, Correns menunjukkan dalam penelitian pukul
empat, Mirabilis  jalapa  ,  bahwa pewarisan sifat-sifat tertentu seluruhnya berasal dari induk
benih. Perbedaan warna yang terkait dengan cyto plastida plasmic, Kloroplas muncul dari partikel
sitoplasma yang disebut proplastida yang mengandung DNA  dan menggandakan dirinya sendiri secara
independen dari panci sel lain. Mereka didistribusikan kurang lebih sama selama pembelahan sel. Meskipun
beberapa proplastida ditularkan dalam sitoplasma telur, hanya sedikit jika ada yang ditularkan melalui
serbuk sari pada kebanyakan tumbuhan. Dengan demikian, beberapa karakteristik kloroplas
yang di  Herited  dari sitoplasma biji-orang tua  .
 
Banyak peneliti telah mengikuti memimpin awal Correns, dan sekarang hampir segala sesuatu yang
diketahui tentang genetika plastid telah datang dari studi tentang varie gation pada tanaman biji-
bantalan. Setiap tanaman yang mengembangkan bercak dengan warna berbeda di daun atau bagian
vegetatif lainnya dikatakan beraneka ragam. Banyak variasi tidak diwariskan; beberapa dikendalikan oleh
gen inti, dan yang lainnya bergantung pada pewarisan plastid. Interaksi oc skr, dan sulit untuk membedakan
contoh yang semata-mata bergantung pada warisan plastid. Pola figuratif (band marjinal, bintik-bintik
menyebar, vena menonjol dan garis-garis pada daun) yang benar-pemuliaan biasanya merupakan modifikasi
fisiologis bahwa regulasi Fluence in kloroplas yang normal mengembangkan ment dan tidak mutasi gen
tertentu. Pemilahan plastida normal dan mutan menjadi pola warna mungkin bergantung pada mutasi di
dalam plastida.
 
Ovula, serta sel-sel somatik tanaman berbintik-bintik (misalnya, empat-jam), dapat membawa
kedua normal, hampir plastida tidak berwarna dan normal kloro- hijau plasts dalam sitoplasma
(Gambar. 20,4). The motded efek ditularkan melalui garis ibu, generasi demi generasi. Karena
serbuk sari jam empat memiliki sitoplasma yang sedikit, jika ada, pengaruhnya terhadap variegasi
dapat diabaikan. Tanaman tunggal dengan cabang atau sektor berwarna hijau, putih, dan beraneka
ragam dapat menghasilkan biji yang melestarikan ketiga jenis tersebut. Biji yang ditanggung di
cabang putih hanya mengandung primordia untuk plastida tidak berwarna, yang di cabang hijau
hanya hijau, dan yang di cabang beraneka ragam mungkin mengandung kloroplas tidak berwarna
atau hijau atau kombinasi keduanya.
 
Pada tumbuhan seperti primrose, P. sinensis, berpadu ras (sektor mengandung jenis plastid yang
berbeda) kadang-kadang terbentuk, dengan hanya bagian dari tanaman berisi ing klorofil. Daerah
dengan plastida abnormal yang kekurangan klorofil dapat mengandalkan bagian hijau tanaman
untuk produk fotosintesis dan karenanya dapat terus hidup. Setiap bagian chimera dapat
menghasilkan sel reproduksi dan dengan demikian mengirimkan jenis plastidnya melalui gamet
betina.
 
Kloroplas sekarang telah diisolasi dan ditemukan mampu melakukan sintesis protein dengan adanya
adenosin trifosfat atau cahaya. Produk ini identik dengan protein kloroplas otentik,
dem onstrating bahwa kloroplas terisolasi memiliki sepenuhnya func mesin sintesis protein tional
 
Dengan analisis DNA dan penggunaan restriksi endo-nuklease untuk fragmentasi DNA, banyak yang
telah dipelajari tentang DNA plastid. Sekitar 30-60 salinan genom kloroplas ditemukan di setiap
kloroplas tanaman tingkat tinggi; sekitar 100 salinan genom terjadi di setiap plastida dari beberapa
alga. DNA kloroplas yang cukup unik telah ditemukan untuk mengkode sekitar 126 protein, dan sekitar
12 persen dari kode  urutan DNA  plastida untuk komponen plastida.
DNA KLOROPLAST DAN KETAHANAN OBAT

Ketika Ruth Sager ditempatkan Chlamydomonas  sel alga pada medium kultur yang mengandung strepto
antibiotik mycin, sebagian besar sel tewas, tapi sekitar satu per juta selamat dan dikalikan, masing-masing
untuk membentuk radang  tomycin  tahan  koloni. Mutan dengan resistensi terhadap streptomisin sedang
dipilih dari predomi nantly ganggang streptomisin-rentan. Sekitar 90 per sen dari mutan yang terlibat gen
nuklir (5r-l), dan mutasi seperti itu hanya sedang ditunjukkan oleh 'dia tantangan antibiotik.  Sekitar 10
persen dari mutasi (57 -2),  bagaimanapun, satu induk
dan nonchromosomal  .  Akhirnya, nonchromosomal mu tants ditemukan dari hampir setiap koloni. Mutasi
DNA non-kromosom menunjukkan fenotipe yang sama dengan mutan DNA kromosom. Gen non-kromosom
ini diduga terletak di kloroplas.
 
Persilangan timbal balik (Gambar 20.5) menunjukkan bahwa resistensi antibiotik, yang dikendalikan oleh
gen nonkromosom, bersifat uniparental dalam pewarisan. Di sisi lain ^ nd, jenis kawin di alga uniseluler
seksual ini dikontrol oleh gen kromosom, yang design yang ditunjuk oleh para peneliti ml  +  dan mt  -  atau
hanya plus ( + ) dan minus ( - ), bukan perempuan dan laki-laki. Semua Progeni dari masing-masing kawin
timbal balik yang seperti plus (+) jenis kawin sehubungan dengan strepto relatif tahan mycin sehingga
menunjukkan inheri ibu dikan. Jika jenis kawin plus (+; betina) resisten, semua keturunan resisten; ketika
jenis kawin plus (+) tidak resisten, semua keturunan tidak resisten. Hasil ini persilangan timbal balik
setan didemonstrasikan warisan non-Mendel, yang melibatkan satu pasang sifat yang kontras. Gen
Nonchromosomal, sr  untuk ketahanan streptomycin dan ss  untuk streptomisin sensitif, yang
mendalilkan untuk mengontrol dua alter ini nati ve karakteristik.

Mutan lain, ac  2  ,  yang diblokir aktivitas sintetik photosyn-, diinduksi dan sepasang
nonchromo somal alel, ac  1  dan ac  2  ,  dengan demikian tersedia untuk studi di strain yang
sama Chlamydomonas.  Mutan membutuhkan asetat di media untuk pertumbuhan. Dengan dua
pasang gen nonkromosom yang tersedia, persilangan dihibrid dapat dilakukan dalam sistem yang
sama untuk memeriksa bukti rekombinasi. Persilangan dihibrid tipe ac  1  ss  x  ac  2  sr  disiapkan, dan
keturunan dibiarkan tumbuh untuk beberapa perbanyakan vegetatif. Setiap sel kemudian
diklasifikasikan untuk tanda memisahkan nya ers, baik nonchromosomal dan kromosom (yaitu, tipe
kawin dan lain-lain diketahui kromosom). Kedua ac  1  /  ac  2  dan sr / ss  pasangan alel diamati untuk
memisahkan, tetapi tidak selalu dalam divisi yang sama. Setelah empat atau lima penggandaan
mitosis, kedua induk (ac1ss dan ac  s r ) dan rekombinan (ac1sr dan ac2ss) telah diperoleh. Hasilnya
2 

menunjukkan bermacam-macam independen, menunjukkan bahwa dua

pasang gen nonkromosom dibawa dalam plastida yang berbeda. Persilangan tiga dan empat titik
dan persilangan timbal balik telah dibuat dengan penambahan beberapa mutan, yang diduga
terbawa dalam kloroplas dan mitokondria. Sebuah peta genetik dari gen non-
Mendel di Chlamydomonas telah con structed, namun ketidakpastian masih ada apakah beberapa
"kloroplas" kelompok linkage adalah semata-mata dalam genom kloroplas.

ORGANISASI GENOM PLASTID

Genom plastid lebih dari 200 spesies tanaman yang lebih tinggi dan banyak ganggang hijau, biru-
hijau, dan merah memiliki b een setidaknya sebagian ditandai. Dalam memberi n s pe badan-genom
dari berbagai jenis p lastids -chloroplast, amyloplasts (plastida t hat accumu la te pati dalam
jaringan penyimpanan), dan chromop l AST (plastida yang mengandung pigmen) -semua adalah
identik dalam organisme di mana mereka memiliki pernah pejantan i ed . T hus diskusi kita struktur
genom plastid akan kembali stricted untuk organisasi dari DNA dari kloroplas ( cpDNAs ) -yang
anggota paling penting dari keluarga plastid.
Dalam p lants yang lebih tinggi , ukuran pDNA c berkisar dari 120 sampai 160 kb . Di ganggang,
berbagai ukuran untuk kloroplas ge nome jauh lebih besar-85-292 kb untuk spesies dikenal memiliki
melingkar cpDNAs . Dalam dua spesies g reen ganggang dari
genus acetabular  besarbesaran  ,  yang cpDNAs tampak besar, sekitar 2000 kb, dan itu belum
ditetapkan apakah kloroplas besar ge ini nome adalah linear atau circular. Seperti dalam kasus
mito DNA chondrial, kloroplas sering mengandung beberapa salinan dari cpDNA The kloroplas
tunggal besar dari Ch lamydomonas rein har dtii mengandung sekitar 100
polisi ies dari cpDNA . Euglena gracilis flagellata bersel tunggal mengandung sekitar 15 kloroplas
masing-masing dengan sekitar 40 salinan cpDNA , memberikan total sekitar 600 salinan per
organisme.
 
Semua genom kloroplas dianalisis untuk tanggal con tain pada dasarnya set yang sama gen, tetapi
dengan gen ini diatur dalam cara yang sangat berbeda pada cpDNAs . Gen hadir
pada cpDNAs dapat dikelompokkan menjadi dua kelas utama: (1) orang-orang yang komponen
encode dari aparat biosintesis protein kloroplas (RNA poli subunit merase,
 
Genom kloroplas tumbuhan tingkat tinggi berukuran sekitar satu per dua puluh hingga sepertiga
puluh ukuran genom organisme prokariotik (ganggang biru-hijau atau cyanobacteria) tempat
mereka diyakini telah berevolusi. Dengan demikian, kloroplas telah kehilangan banyak informasi
genetik dari nenek moyang mereka dan telah menjadi datang sangat tergantung pada gen nuklir
dari sel inang bagi banyak komponen penting. Seperti dalam kasus mitokondria, komponen
terakhir ini disintesis pada ribosom sitoplasma dan diimpor ke Chlo roplasts dengan bantuan
peptida angkutan amino-terminal di yang membelah off selama transportasi melalui
Chlo membran roplast.
 
Studi banding dari genom kloroplas telah memberikan informasi baru yang penting tentang
evolusi hubungan ary JD Palmer  telah membedakan enam jalur utama dari kloroplas
evolu tion (Gbr. 20.6). Genom kloroplas hadir di duffe sewa garis evolusi semua mengandung
sebagian besar gen yang sama, tetapi gen ini hadir dalam berbagai
mengatur KASIH pada cpDNA molekul. Gen r R NA hadir dalam duplikat pada pengulangan terbalik
dalam cpDNA sebagian besar spesies. Namun, dalam Eugl ena gracilis ,  gen 16S dan 23S rRNA
yang hadir di  tiga mengulangi tandem langsung, dengan salinan keempat terpisah dari
lob RKNA gen terletak di dekatnya dalam genom, Dengan compar ing lokasi gen pada genom
kloroplas yang berbeda, Palmer telah mampu menunjukkan bahwa banyak perubahan
dalam cpDNA organisasi dihasilkan dari inversi segmen DNA dalam kasus berminyak,
dele tions dan sisipan DNA ditemukan memiliki oc curred di daerah intergenic dan dalam intron
gen. Namun, perubahan besar yang didokumentasikan dalam struktur cpDNA tampaknya
disebabkan oleh inversi yang besar.
Fotosintesis terjadi di dalam kloroplas pro vides sumber energi yang menopang kehidupan untuk
semua organisme hidup di planet bumi. Karena genom kloroplas menyandikan komponen
kunci manv dari fotosistem 1 dan II serta rantai transpor elektron, pengetahuan tentang struktur
dan fungsi cpDNA sangat penting dan telah mendapat banyak perhatian. Urutan pasangan
nukleotida lengkap dari cpDNA dari lumut hati Mar chan tia polymo rpha  dan tembakau
( Nicotiana tobacum )  telah ditentukan. The cpDNAs dari Marc h Antia  dan tembakau
sebuah re 121.024 dan 155.844 nukleotida-pasangan panjang, masing-masing. Organisasi gen
salinan tunggal dalam genom kloroplas dari kedua tumbuhan ini sangat mirip mengingat
bahwa y adalah evolusi yang sangat jauh satu sama lain. Perbedaan utama antara
kedua cpDNAs adalah t topi daerah ulangi terbalik mengandung gen rRNA yang jauh lebih besar
dalam tembakau. Perkiraan terbaik dari cpDNA jumlah gen yang 136 di Mar chan tia  dan 150
dalam tembakau. Lokasi gen yang diketahui dan kerangka pembacaan terbuka ditunjukkan untuk
genom kloroplas dari Marc h antia  pada Gambar. 20.7.
 
Mungkin pemahaman lengkap tentang kloro gen Plast Informa tion dari mekanisme yang tepat die
dimana fotosistem I dan fungsi II izin kekuatan suatu hari nanti scien tis ts dan insinyur untuk
"membangun" sistem benar-benar sintetis mampu menduplikasi kapasitas tanaman hijau untuk
menangkap energi cahaya dan mengubahnya menjadi bentuk kimia yang berguna untuk hidup
organisme.

BAKTERI simbion DI Paramecium  sitoplasma

Paramecia adalah organisme favorit untuk genetik investiga tion. Mereka besar, protozoa uniseluler
yang repro Duce oleh kedua aseksual dan proses seksual. Reproduksi aseksual terjadi melalui
pembelahan sel untuk menghasilkan klon sel yang identik secara genetik. Dalam p seksual h ase,
paramecia konjugat berkala dan mentransfer materi genetik dari satu sel ke sel lainnya. Paramecia
dan ciliates lainnya memiliki dua jenis inti: a macronucleus vegetatif besar dan mikronukleus kecil,
yang berjalan melalui urutan meiosis sebuah d pro duces haploid gamet. Sebuah mikronukleus juga
menimbulkan ke macronucleus yang membagi di aseksual divi sel sion. Hal ini dimungkinkan di
laboratorium untuk membuat salib seksual melalui mana DNA nuklir ditransfer dari donor
ke sebuah penerima, sehingga keturunan heterozigot, yaitu, AA  x aa → Aa .  Sebuah proses
diri - fertilisasi, yang disebut autogamy  , hasil dalam homozygosis lengkap keturunan yang
dihasilkan (Gambar 20.8.). Fol melenguh meiosis, sel-sel yang haploid, tetapi melalui autogamy
mereka menjadi diploid homozigot. Ini memberikan dasar untuk membandingkan
extranuclear dan nu warisan yang jelas,
 
GH Beale menemukan bahwa resis eritromisin dikan di Paramecium,  seperti itu dalam ragi, hasil
dari warisan non-Mendel. Sejumlah mutasi sitoplasma dan nukleus tambahan yang mempengaruhi
resistensi antibiotik telah dipelajari oleh Beale dan J. Beisson . Ini dan peneliti lain membuat
transfer dari sitoplasma dan juga transfer dari mitochon terisolasi Dria antara strain paramecia dan
menunjukkan bahwa mitokondria (DNA mitokondria mungkin) con trol perlawanan. Studi juga
menunjukkan al bahwa meskipun beberapa sifat mitokondria ditentukan oleh
mitokondria sendiri, orang lain tergantung pada unsur-unsur dalam protoplasma.
 
TM Sonneborn dan yang lainnya telah menyelidiki efek ekstranuklir yang persisten
di Paramecium. Beberapa strain P. aurelia menghasilkan zat yang memiliki efek mematikan pada
anggota strain lain dari spesies yang sama. Paramecia dari galur yang mampu menghasilkan zat
beracun disebut "pembunuh". Ketika pembunuh tunduk pada suhu rendah, kapasitas membunuh
mereka secara bertahap menghilang. Efek toksik juga menurun setelah pembelahan sel berulang.
Unsur terpisah dalam sitoplasma didalilkan untuk produksi zat beracun. Dari perhitungan
matematis, diperkirakan sekitar 400 partikel diperlukan untuk membuat pembunuh efektif.
Pembunuh kemudian diamati secara mikroskopis dan "partikel" yang disebut "kappa" diamati
dalam jumlah yang diharapkan. "Partikel" ini, yang terbukti sebagai bakteri simbiosis,
dinamai Caedobacter taeniospiralis (bakteri pembunuh dengan pita spiral).
 
Sebuah “ zat beracun ” ( paramecin ), yang diproduksi oleh t ia bakteri pembunuh, adalah diffusible
dalam media cairan (F ig 20,9). Ketika pembunuh diperbolehkan untuk tetap dalam mediu m untuk
waktu dan kemudian digantikan oleh sensitives, para sensitives dibunuh. Paramecin , yang tidak
berpengaruh pada pembunuh, terkait dengan jenis tertentu dari t kappa topi terjadi dalam sekitar 20
persen dari populasi kappa. Bakteri kappa ini memiliki sebuah refractile protein-con tai ning "R" tubuh
dan disebut " br i Hak atas ," karena mereka yang terinfeksi virus yang kontrol sintesis vir protein
al. The vir u s adalah racun untuk paramecia sensitif tapi tidak beracun dalam " nonbright " bakteri.
 
Bakteri Kappa dipertahankan hanya dalam organisme membawa dominan nuklir alel  K, yang
pem lishes lingkungan yang diperlukan bagi bakteri untuk berkembang biak. Ketika pembunuh konjugasi
dengan sensitives un der kondisi yang sesuai (untuk menghindari membunuh pasangannya) dan tidak
ada pertukaran sitoplasma terjadi (Gambar 20.10.), Dua jenis klon muncul: salah satu dari sel
pembunuh asli, yang berisi alel K {Kk) dan bakteri kappa , dan yang lainnya dari sel sensitif asli, yang
membawa alel K ( Kk ) dan tidak memiliki kappa. Setelah autogami, separuh keturunan para pembunuh
adalah pembunuh dan separuh lagi adalah paramecia sensitif. Semua keturunan dari
sensitives yang sensitif. Karena tidak ada sitoplasma yang ditransfer dalam konjugasi ini, hanya sel dari
pembunuh asli yang mewarisi bakteri kappa. Kappa tidak dapat bereproduksi dalam sel kecuali
ada alel K di nukleus.
 
Dalam beberapa kondisi, konjugasi berlangsung lebih lama; hubungan yang lebih besar dibuat antara
konjugan, dan sitoplasma serta gen inti dipertukarkan (Gbr. 20.11). Ketika konjugannya
adalah KK dan kk , alel K dan k ditukar dan kedua exconjugant adalah Kk. Pertukaran sitoplasma telah
memindahkan bakteri kappa dari sel pembunuh ke sel non pembunuh . Autogami menghasilkan sel KK
dan kk homozigot, yang masing-masing menghasilkan klon pembunuh atau bukan pembunuh.
 
DNA PLASMID  DAN TRANSFORMASI TUMOR
Molekul ekstrakromosomal DNA yang meniru HDI secara independen dan mempertahankan diri
dalam sitoplasma sel tumbuhan disebut plasmid  (Bab 8). Mereka memiliki banyak kesamaan
dengan kromosom mitokondria dan plastida, pondok mereka busur tidak diatur dalam organel
yang penting untuk sel tuan rumah mereka. Beberapa fragmen busur plasmid dari kromosom
bakteri dan beberapa rekombinan dari fragmen DNA. Kebanyakan plasmid tidak penting bagi sel
inangnya, tetapi beberapa mengontrol reaksi yang menguntungkan terhadap antibiotik. Karena
kemampuan mereka untuk meniru secara independen, untuk menggabungkan dengan DNA
lainnya, dan untuk membawa DNA ke pusat-pusat sel kegiatan sintetis, ihey busur berguna dalam
rekayasa genetika.
 
Sebuah plasmid yang disebut Ti (untuk menginduksi tumor  ) membawa sekuens DNA yang mengubah
sel tanaman dikotil (tembakau, bunga matahari, wortel, tomat, dll.) Menjadi sel lumor . Transformasi
tumor dikaitkan dengan penyakit empedu mahkota  . Penyakit ini, diwujudkan
sebagai bulat  pertumbuhan atau empedu, diinduksi oleh bakteri Ag robact e rium
tumefacie ns  The penyakit Apakah economi Cally penting, terutama infruit tanaman dan saham
pembibitan, dan disebabkan oleh bakteri hidup yang masuk permukaan yang terluka dari tanaman ,
biasanya di bagian tajuk (persimpangan batang dan tanah). Tetapi bakteri yang memulai penyakit
empedu tidak diperlukan untuk mengabadikan tumor, karena mereka dapat dibunuh setelah beberapa
hari dan tumor terus berkembang. Fragmen Ti plasmid yang dibawa oleh bakteri telah digabungkan
dengan segmen DNA dari sel tumbuhan yang terinfeksi. Gen yang dibawa oleh plasmid, sekarang
diintegrasikan ke dalam sel tumbuhan, kode untuk enzim yang mendorong pertumbuhan tumor yang
terus menerus dan tidak terkontrol, yang meluas dari empedu yang diinduksi oleh bakteri.
 
STERILITAS PRIA SITOPIASMIK PADA PIAN

Contoh lain dari warisan sitoplasma adalah associ diciptakan dengan kegagalan serbuk sari. Hal ini
terjadi di banyak bunga tanaman ing Dalam JAGUNG , gandum, gula bit, bawang, dan beberapa
tanaman tanaman lainnya, fer tility dikendalikan setidaknya dalam panci oleh faktor
sitoplasma. Namun, pada tumbuhan lain, kemandulan jantan dikontrol sepenuhnya oleh gen
inti. Pengamatan dan tes kritis harus dilakukan dalam kasus individu untuk menentukan mekanisme
pewarisan. Kemandulan jantan memiliki kepentingan praktis ketika persilangan dilakukan dalam skala
besar untuk menghasilkan benih hibrida. Tanaman hibrida yang diproduksi secara komersial pada
jagung, mentimun, bawang, sorgum, dan tanaman lainnya untuk mendapatkan kekuatan hibrida (lihat
Bab ter 21).
 
Sterilitas Pria di Tanaman Penyerbukan Silang
Contoh klasik dari mecha ibu-warisan mekanisme-yang mengirimkan kemandulan pria pada jagung
(jagung) ditemukan dan hati-hati dianalisis oleh MM Rhoades. Serbuk sari dibatalkan di anter
tanaman jagung tertentu, menyebabkan "mereka menjadi mandul jantan, tetapi struktur dan
kesuburan wanita normal. Gen nuklir tidak mengontrol jenis kemandulan, bukan, itu
mengirimkan ted dari generasi ke generasi melalui telur sitoplasma .
 
Suatu varietas jantan-mandul hanya menghasilkan keturunan jantan-steril bila dibuahi dengan serbuk
sari dari tanaman jagung normal. Tanaman induk-benih jantan-mandul kemudian disilangkan berulang
kali dengan garis subur-serbuk sari sampai semua kromosom dari garis steril jantan telah ditukar
dengan yang dari garis subur jantan (Gbr. 20.12). Pada baris steril dipulihkan secara genetik,
kemandulan pria bertahan, menunjukkan bahwa warisan itu ibu dan tidak dikontrol oleh
chro gen mosomal.
 
Efek Keibuan dalam Melingkar Cangkang Siput
Salah satu contoh paling awal dan paling terkenal o f suatu efek ibu adalah untuk dari arah melingkar di
cangkang keong Limnaea peregra . Beberapa strain, spesies ini memiliki cangkang dekstral, yang
melingkar ke kanan; lainnya memiliki cangkang sinistral, yang menggulung ke kiri . Ini karakteristik
ditentukan oleh genotipe ibu (tidak fenotipe-nya) bukan oleh gen dari siput berkembang. Alel
s  untuk lilitan tangan kanan dominan di atas alel s untuk lilitan kiri.
+ 

 
Ketika persilangan (Gbr. 20.13) dibuat antara betina melingkar ke kanan dan jantan melingkar ke
kiri, F, siput semua digulung ke kanan Rasio 3: 1 biasa tidak diperoleh pada F  karena fenotipe ss
2 

tidak menyatakan. Sebaliknya, pola yang ditentukan oleh gen (P) ibu ( s  s  ) diekspresikan dalam F
+  + 

„dan F, genotipe ibu ( s  s ) diekspresikan dalam F  . Ketika individu ss dibiakkan, hanya keturunan
+ 
2 

yang melingkar ke kiri yang diproduksi. Ketika 5  s  atau s  s siput yang inbrida, bagaimanapun,
+  +  + 

mereka memproduksi off musim semi bahwa semua melingkar ke kanan. Dari persilangan timbal

balik antara betina melingkar kiri dan jantan melingkar kanan (Gbr. 20.14), semua keturunan Fj
digulung ke kiri. F  semuanya melingkar ke kanan; tetapi, ketika setiap bekicot F  dibiakkan, mereka
2  2 

yang memiliki genotipe ss menghasilkan keturunan yang melingkar ke kiri.

 
Penyelidikan lebih lanjut dari melingkar di siput memiliki s h sendiri yang spindle terbentuk dalam
metafase dari divisi belahan dada pengaruh arah melingkar. Spindel bekicot potensial
"dextral" dimiringkan ke kanan, sedangkan spindel siput "sinistral" dimiringkan ke kiri. Perbedaan
susunan spindel ini dikendalikan oleh gen induk. Mereka menentukan orientasi spindel, yang pada
gilirannya mempengaruhi pembelahan sel lebih lanjut dan menghasilkan pola gulungan
dewasa. Karakteristik fenotipe yang sebenarnya, ada kedepan, dipengaruhi langsung oleh ibu,
dengan tidak ada hubungannya langsung dengan gen dalam sel telur, sperma, atau
keturunan. Namun, kebanyakan jejak siput lainnya tidak menunjukkan pola efek keibuan. Pola
warna striping, misalnya, juga ditentukan pada awal embrio, tetapi dikontrol langsung oleh gen
kromosom kedua orang tuanya. Dalam contoh ini, dibandingkan warna pat terns diperoleh dari
hasil persilangan timbal balik.

Pengaruh Ibu di Drosopbila

Di Universitas Texas pertumbuhan abnormal pada daerah kepala Drosopbila melanogaster muncul
sporad ically dalam sampel dari populasi liar dikumpulkan di Acahuizotla , Meksiko. Di Universitas
Utah, lalat-lalat ini dikawinkan dan dipilih untuk pertumbuhan kepalanya yang abnormal selama
beberapa tahun. The ffroportion lalat mengungkapkan sifat tersebut, bernama "tumorous kepala"
( tu h;. Gambar 20.15), meningkat menjadi sekitar 76 persen pada 22 ° C ketika lalat dibesarkan di
media jagung dan molase. Ketika persilangan timbal balik dilakukan, efek keibuan diindikasikan.
 
Tu-h betina dikawinkan secara terpisah dengan tiga jenis Wild- laki-laki dan laki-laki dari 11 saham
laboratorium pro teknya 14-52 persen (rata-rata 30 persen) dari lalat normal Pada generasi
pertama. Dari recip lintas rocal antara tu h laki-laki dan tiga tipe liar yang sama dan betina saham 11
laboratorium yang sama, 0-1 persen (rata-rata kurang dari 1 persen) dari tumor- ous lalat-Kepala
diperoleh. Penelitian lebih lanjut setan didemonstrasikan efek maternal. Gen-gen ibu mempengaruhi
arah pertumbuhan abnormal pada kepala keturunan dewasa selama 22 jam pertama
perkembangan. Dua gen utama yang ditemukan untuk mengontrol sifat kepala tumorous: (1) jenis
kelamin yang terkait gen pada 64,5 unit peta pada kromosom X mengendalikan efek ibu dan (2) gen
struktural di 58 unit peta pada kromosom con ketiga trolling fonotipe kepala tumor .