The Lactose Operon in E.

coli: Induction and Catabolite Repression

Jacob dan Monod mengusulkan model operon berdasarkan studi mereka tentang
operon laktosa (lac) di E. coli (lihat A Milestone in Genetics: Jacob, Monod, and the Operon
Model on situs Student Companion). Operon lac berisi promotor (P), tiga operator (O1, O2,
dan O3), dan tiga gen struktural, lacZ, lacY, dan lacA, yang menyandikan enzim B-
galaktosidase, permease B-galaktosida, dan B-galaktosida transasetilase , masing-masing
(Gambar 18.5). B-galaktosida menyerap "memompa" laktosa ke dalam sel, di mana B-
galaktosidase membelahnya menjadi glukosa dan galaktosa (Gambar 18.6). Peran biologis
transasetilase tidak diketahui.

Gen struktural dalam lac operon ditranskripsi hanya jika ada laktosa dan glukosa
tidak ada. GAMBAR 18.5 Operasi lac E. coli. Operon lac terdiri dari tiga gen struktural, Z, Y,
dan A, ditambah promotor (P) dan tiga operator (O1, O2, dan O3). Gen regulator (I)
bersebelahan dengan operon dalam kasus lac dan memiliki promotor (PI) sendiri. Angka-
angka di bawah berbagai elemen genetik menunjukkan ukurannya pada pasangan
nukleotida.

Dalam model Jacob dan Monod, operon lac berisi satu operator (sekarang disebut
O1). Namun, dua operator tambahan (O2 dan O3) kemudian ditemukan. Awalnya, O2 dan
O3 dianggap memainkan peran yang sangat kecil. Kemudian, Benno Müller-Hill dan rekan
kerjanya mendemonstrasikan bahwa penghapusan kedua operator "minor" memiliki
pengaruh besar pada tingkat transkripsi operon. Studi yang lebih baru menunjukkan bahwa
represi efisien dari lac operon membutuhkan operator mayor (O1) dan setidaknya salah satu
operator minor (O2 atau O3) dan represi maksimum membutuhkan ketiga operator. Namun
demikian, pertama-tama kita akan membahas model lac operon Jacob dan Monod, yang
hanya melibatkan satu operator, sekarang disebut O1. Kemudian, kami akan memperluas
model dan memeriksa fungsi ketiga operator di bagian yang berjudul Interaksi Protein-DNA
yang Mengontrol Transkripsi Operon lac.

GAMBAR 18.6 Dua reaksi penting secara fisiologis yang dikatalisis oleh
-galaktosidase: (1) konversi laktosa menjadi alolaktosa penginduksi lac operon, dan (2)
pembelahan laktosa untuk menghasilkan glukosa monosakarida dan galaktosa.

INDUKSI
Operon lac adalah operon yang dapat diinduksi dengan kontrol negatif; gen lacZ,
lacY, dan lacA diekspresikan hanya dengan adanya laktosa. Gen pengatur lac, yang disebut
gen I, mengkode penekan yang terdiri dari 360 asam amino. Namun, bentuk aktif dari lac
repressor adalah tetramer yang mengandung empat salinan produk gen I. Dengan tidak
adanya induser, penekan mengikat ke operator lac, yang pada gilirannya mencegah RNA
polimerase mengkatalisasi transkripsi dari tiga gen struktural (lihat Gambar 18.4b). (Catatan:
hanya operator asli (O1) yang ditemukan oleh Jacob dan Monod yang ditunjukkan pada
Gambar 18.4, 18.7, dan 18.8.) Beberapa molekul produk gen lacZ, lacY, dan lacA disintesis
dalam keadaan tidak terinduksi, memberikan nilai rendah tingkat latar belakang aktivitas
enzim. Aktivitas latar belakang ini penting untuk induksi operon lac karena penginduksi
operon, alolaktosa, diturunkan dari laktosa dalam reaksi yang dikatalisis oleh B-
galaktosidase (Gambar 18.6). Setelah terbentuk, alolaktosa diikat oleh penekan,
menyebabkan pelepasan penekan dari operator. Dengan cara ini, alolaktosa menginduksi
transkripsi gen struktural lacZ, lacY, dan lacA (lihat Gambar 18.4b).
 Gen lacI, operator lac O1, dan promotor lac semuanya awalnya diidentifikasi secara
genetik dengan isolasi strain mutan yang menunjukkan ekspresi gen lac operon yang
berubah. Mutasi pada gen I dan operator sering menghasilkan sintesis konstitutif dari produk
gen lac. Mutasi ini masing-masing disebut I- dan Oc. Mutasi konstitutif I- dan Oc dapat
dibedakan tidak hanya dengan posisi peta, tetapi juga oleh perilakunya dalam diploid parsial
di mana mereka berada dalam konfigurasi cis dan trans relatif terhadap mutasi pada gen
struktural lac (Tabel 18.1). Ingatlah bahwa diploid parsial dapat dibangun dengan
menggunakan faktor kesuburan (F) yang membawa gen kromosom — faktor F '(Bab 8).
Faktor F 'yang membawa operon lac telah digunakan untuk mempelajari interaksi antara
berbagai komponen operon.
Seperti sel tipe liar monoploid (I + P + O + Z + Y + A +), diploid parsial (juga disebut
"merozigot") dari genotipe F 'I + P + O + Z + A + / I + P + O + ZYA - atau dari genotipe F 'I +
P + O + ZYA- / I + P + O + Z + Y + A + dapat diinduksi untuk pemanfaatan laktosa sebagai
sumber karbon. Alel tipe liar (Z +, Y +, dan A-) dari tiga gen struktural dominan terhadap alel
mutannya (Z-, Y-, dan A-). Dominasi ini diharapkan karena alel tipe liar menghasilkan enzim
fungsional, sedangkan alel mutan tidak menghasilkan enzim atau enzim yang cacat (tidak
aktif). Diploid parsial dari genotipe I + P + O + Z + Y + A + / I-P + O + Z + Y + A + (I + / I-)
juga dapat diinduksi untuk sintesis ketiga enzim yang ditentukan oleh operon lac. Jadi, I +
dominan terhadap I- seperti yang diharapkan, karena I + mengkode molekul penekan
fungsional dan alel I-nya menentukan penekan yang tidak aktif. Dominasi I atas I juga
menunjukkan bahwa penekan bersifat berdifusi, karena penekan yang dihasilkan oleh alel
lacI + pada satu kromosom dapat mematikan gen struktural lak pada kedua operon di dalam
sel (Gambar 18.7a).
Seperti sel tipe liar, diploid parsial dari genotipe F 'I + P + O + Z + Y + A + / I-P + O +
Z + Y + A + atau genotipe F' I + P + O + ZYA- / I- P + O + Z + Y + A + diinduksi untuk B-
galaktosidase, B-galaktosida permease, dan B-galaktosida transasetilase. Indusibilitas
genotipe ini menunjukkan bahwa penekan lac (produk gen I) mengontrol ekspresi gen
struktural yang terletak baik cis (Gambar 18.7b) atau trans (Gambar 18.7c) ke alel lacI.
Mutasi operator konstitutif (Oc) hanya bekerja di cis; artinya, mutasi Oc hanya
mempengaruhi ekspresi gen struktural yang terletak pada kromosom yang sama. Sifat
mutasi O yang bertindak cis adalah logis mengingat fungsi operatornya. O mutasi
seharusnya tidak bertindak dalam trans jika operator adalah situs pengikatan untuk
penekan; dengan demikian, operator tidak menyandikan produk apa pun, yang dapat
menyebar atau sebaliknya. Gen pengatur harus bertindak dalam trans hanya jika gen
tersebut menentukan produk yang dapat menyebar. Oleh karena itu, diploid parsial dari
genotipe F 'I + P + OcZ-YA- / I + P + O + Z + Y + A + diinduksi untuk tiga enzim yang
ditentukan oleh gen struktural dari lac operon (Tabel 18.2, Gambar 18.8 a), sedangkan
diploid parsial dari genotipe F 'I + P + OcZ + Y + A + / I + P + O + ZYA- mensintesis enzim
ini secara konstitutif (Tabel 18.2, Gambar 18.8b). Setelah Anda yakin bahwa Anda
memahami bagaimana komponen operon berinteraksi untuk mengatur transkripsi gen
struktural lac, coba Solve It: Constitutive Mutations in the E. coli lac Operon dan lihat
Keterampilan Pemecahan Masalah: Menguji Pemahaman Anda tentang lac Operon.
Beberapa mutasi gen I, yang disebut Id, dominan terhadap alel tipe liar (I). Dominasi
ini dihasilkan dari ketidakmampuan heteromultimer (protein yang terdiri dari dua atau lebih
bentuk polipeptida yang berbeda; ingat bahwa penekan lac berfungsi sebagai tetramer)
yang mengandung polipeptida tipe liar dan mutan untuk mengikat ke operator. Mutasi gen I
lainnya, yang disebut Is (s untuk super-tertekan), menyebabkan lac operon tidak dapat
diinduksi. Pada strain yang membawa mutasi Is ini, gen struktural lac biasanya dapat
diinduksi sampai tingkat tertentu dengan konsentrasi penginduksi yang tinggi, tetapi mereka
tidak diinduksi pada konsentrasi penginduksi yang normal. Saat dipelajari secara in vitro,
polipeptida Is mutan membentuk tetramer yang mengikat DNA operator lac. Namun,
keduanya tidak mengikat induser atau menunjukkan afinitas rendah untuk induser. Jadi,
mutasi Is mengubah situs pengikat penginduksi dari penekan lac.
Mutasi promotor tidak mengubah indusibilitas lac operon. Sebaliknya, mereka
memodifikasi tingkat ekspresi gen dalam keadaan terinduksi dan tidak terinduksi dengan
mengubah frekuensi inisiasi transkripsi lac operon — yaitu efisiensi pengikatan RNA
polimerase. \
Promotor lac sebenarnya berisi dua komponen terpisah: (1) tempat pengikatan RNA
polimerase dan (2) situs pengikatan untuk protein lain yang disebut protein penggerak
katabolit (disingkat CAP) yang mencegah operon lac diinduksi dengan adanya glukosa.
Sirkuit kontrol kedua ini, yang akan kami pertimbangkan selanjutnya, memastikan
penggunaan glukosa secara preferensial sebagai sumber energi jika tersedia.

GAMBAR 18.7 Studi diploid parsial E. coli menunjukkan bahwa gen lacI dominan
terhadap alel lacI (a) dan mengendalikan operator lac yang terletak baik cis (b) atau trans (c)
ke dirinya sendiri. Efek ini menunjukkan bahwa produk gen lacI dapat berdifusi. Meskipun
bentuk fungsional penekan lac adalah sebuah tetramer, dua molekul di belakang tetramer
tidak ditampilkan demi kesederhanaan.

REPRESI KATABOLIT
Kehadiran glukosa telah lama diketahui dapat mencegah induksi operasi lac, serta operon
lain yang mengendalikan enzim yang terlibat dalam katabolisme karbohidrat. Fenomena ini,
yang disebut represi katabolit (atau efek glukosa), memastikan bahwa glukosa
dimetabolisme saat ada, lebih memilih sumber energi lain yang kurang efisien.
Represi katabolit dari operon lac dan beberapa operon lainnya dimediasi oleh protein
pengatur yang disebut CAP (protein penggerak katabolit) danefek kecilmolekulyang
disebut AMP siklik (adenosine-3, 5-monophosphate; disingkat cAMP) (Gambar 18.9).
Karena CAP mengikat cAMP saat mononukleotida ini ada pada konsentrasi yang cukup,
kadang-kadang disebut protein reseptor AMP siklik.

GAMBAR 18.8 Studi diploid parsial E. coli telah menunjukkan bahwa operator hanya
bertindak dalam konfigurasi cis. Sintesis fungsional B-galaktosidase, B-galaktosida
permease, dan B-galaktosida transasetilase adalah (a) diinduksi dalam diploid parsial dari
genotipe F 'I + P + OcZ + Y + A + / I + P + O + Z + Y + A + dan (b) konstitutif dalam diploid
parsial dari genotipe F 'I + P + OcZ + Y + A + / I + P + O + ZYA-. Hasil ini menunjukkan
bahwa operator (O) bertindak cis; artinya, ia hanya mengatur gen struktural yang terletak
pada kromosom yang sama.

Promotor lac berisi dua situs pengikatan terpisah, satu untuk RNA polimerase dan
satu untuk kompleks CAP / cAMP (Gambar 18.10). Kompleks CAP / cAMP harus ada di
tempat pengikatannya di promotor lac agar operon diinduksi secara normal. Kompleks CAP /
cAMP memberikan kontrol positif atas transkripsi lac operon. Ini memiliki efek yang
berlawanan dengan penekan yang mengikat operator. Meskipun mekanisme yang tepat di
mana CAP / cAMP menstimulasi RNA polimerase yang mengikat promotor masih belum
pasti, kontrol positif dari transkripsi lac operon benar-benar dibentuk oleh hasil percobaan in
vivo dan in vitro. CAP berfungsi sebagai dimer; dengan demikian, seperti penekan lac, ini
multimerik dalam status fungsionalnya.
Hanya kompleks CAP / cAMP yang mengikat promotor lac; dengan tidak adanya
cAMP, CAP tidak mengikat. Jadi, cAMP bertindak sebagai molekul efektor, yang
menentukan efek CAP pada transkripsi operon lac. Konsentrasi cAMP intraseluler sensitif
terhadap ada atau tidaknya glukosa. Konsentrasi glukosa yang tinggi menyebabkan
penurunan tajam pada konsentrasi cAMP intraseluler. Glukosa mencegah aktivasi
adenylcyclase, enzim yang mengkatalisis pembentukan cAMP dari ATP. Dengan demikian,
adanya hasil glukosa dalam penurunan konsentrasi cAMP intraseluler. Dengan adanya
konsentrasi cAMP yang rendah, CAP tidak dapat mengikat promotor lac operon. Pada
gilirannya, RNA polimerase tidak dapat mengikat secara efisien ke promotor lac tanpa
adanya CAP / cAMP yang terikat. Jadi, dengan adanya glukosa, transkripsi lac operon tidak
pernah melebihi 2 persen dari laju induksi yang diamati tanpa adanya glukosa. Dengan
mekanisme yang sama, CAP dan cAMP menjaga operon arabinosa (ara) dan galaktosa
(gal) dari E. coli diinduksi dengan adanya glukosa.

INTERAKSI PROTEIN-DNA YANG MENGONTROL TRANSKRIPSI OPERON lac

Urutan pasangan nukleotida dari daerah pengaturan lac operon ditunjukkan pada
Gambar 18.10. Studi sekuens nukleotida komparatif dari promotor dan operator tipe liar dan
mutan, selain CAP / cAMP in vitro, RNA polimerase, dan studi pengikatan penekan dan data
kristalografi sinar-X, telah memberikan informasi penting tentang sekuens-spesifik protein-
nukleat. interaksi asam yang mengatur transkripsi operon lac.

GAMBAR 18.10 Organisasi daerah promotor-operator lac operon. Promotor terdiri

dari dua komponen: (1) situs yang mengikat kompleks CAP / cAMP dan (2) situs pengikatan
RNA polimerase. Segmen yang berdekatan dari gen struktural lacI (repressor) dan lacZ (B-
galactosidase) dan operator lac O1 dan O3 juga ditampilkan. Operator O2 terletak di hilir
(berpusat pada posisi 412) di gen lacZ. Garis horizontal berlabel mRNA menunjukkan posisi
di mana transkripsi operon dimulai (ujung 5 dari lac mRNA). Angka-angka di bagian bawah
memberikan jarak pada pasangan nukleotida dari tempat inisiasi transkrip (posisi 1). Titik di
antara dua untai nukleotida menunjukkan pusat simetri dari palindrom yang tidak sempurna.
GAMBAR 18.11 Interaksi CAP / cAMP dengan situs pengikatannya di promotor lac.
(a) Ketika CAP / cAMP, regulator positif, berikatan dengan promotor lac, menghasilkan
lengkungan lebih dari 90 pada DNA. (b) Struktur kompleks yang dibentuk oleh CAP / cAMP
dan molekul DNA sintetis 30-bp yang mengandung tempat pengikatan CAP / cAMP
berdasarkan studi sinar-X.
GAMBAR 18.12 Interaksi penekan lac dengan situs pengikatannya di operator lac.
(a) Pengikatan penekan lac tetrameric ke dua DNA 21-bp yang mengandung urutan
pengenalan penekan. (b) Struktur montase dari loop 93-bp yang terbentuk ketika penekan
tetramerik terikat pada operator lac O1 dan O3. CAP / cAMP (biru) ditampilkan di dalam loop
yang terkait dengan situs pengikatannya di promotor lac.

Satu interaksi kunci melibatkan pengikatan RNA polimerase ke situs pengikatannya

di promotor lac (lihat Bab 11). Interaksi penting lainnya adalah pengikatan CAP / cAMP ke
situs pengikatannya di promotor lac (dibahas di bagian sebelumnya). Yang ketiga adalah
pengikatan penekan lac ke operator lac.
Pertama mari kita periksa pengikatan CAP / cAMP ke situs pengikatannya di
promotor lac. CAP / cAMP mengontrol represi katabolit; pengikatan CAP / cAMP ke
promotor diperlukan untuk induksi operon lac yang efisien. Bagaimana pengikatan CAP /
cAMP merangsang transkripsi gen struktural lac? RNA polimerase tidak dapat mengikat
secara efisien ke situs pengikatannya di promotor lac kecuali CAP / cAMP sudah terikat.
Ketika CAP / cAMP berikatan dengan DNA, ia akan membengkokkan DNA (Gambar
18.11a). Studi sinar-X menunjukkan bahwa DNA membengkok saat dibungkus pada
permukaan kompleks CAP / cAMP (Gambar 18.11b). Ingatlah bahwa tempat pengikatan
CAP / cAMP dan RNA polimerase berdekatan satu sama lain di promotor lac (lihat Gambar
18.10). Diduga, pembengkokan DNA oleh CAP / cAMP mempromosikan situs yang lebih
terbuka untuk RNA polimerase dan dengan demikian meningkatkan pengikatan dan
transkripsi gen struktural. Namun, ada juga bukti adanya kontak antara RNA polimerase dan
CAP / cAMP, sehingga gambaran lengkapnya mungkin lebih kompleks daripada sekadar
pembengkokan DNA.
Selanjutnya, mari kita periksa pengikatan penekan lac ke operator lac, yang
mencegah RNA polimerase mentranskripsikan gen struktural dalam operon. Ingatlah bahwa
operon lac dikendalikan oleh tiga operator: operator primer — O1 — dan dua operator
sekunder — O2 dan O3 (lihat Gambar 18.5 dan 18.10). O1 adalah operator asli yang
diidentifikasi oleh Jacob dan Monod; itu terletak di antara promotor dan gen Z. O2 terletak di
hilir dari O1 dalam gen Z, dan O3 terletak di hulu promotor. Represi maksimum
membutuhkan ketiga operator; namun, represi yang kuat terjadi selama O1 dan O2 atau O3
ada. Mengapa dua operator diperlukan untuk represi yang efisien? Untuk menjawab
pertanyaan ini, kita perlu melihat pada pengikatan spesifik-urutan dari penekan ke operator.
Bentuk aktif dari lac repressor adalah tetramer yang berisi empat salinan produk dari
gen lacI. Studi sinar-X dari struktur yang dibentuk oleh penekan lac dan situs pengikat
sintetis 21-bp menunjukkan bahwa setiap penekan tetramerik mengikat dua urutan operator
secara bersamaan (Gambar 18.12a). Akibatnya, tetramer terdiri dari dua dimer, masing-
masing dengan situs pengikatan spesifik urutan. Salah satu dimer berikatan dengan O1, dan
yang lainnya berikatan dengan O2 atau O3. Dengan demikian, penekan membengkokkan
DNA membentuk jepit rambut (O1 dan O2) atau lingkaran (O1 dan O3). Struktur yang
diusulkan dari kompleks penahan O1-O3-ditunjukkan pada Gambar 18.12b. Perhatikan
keberadaan CAP / cAMP dalam loop DNA yang terbentuk saat penekan lac terikat pada O1
dan O3 (Gambar 18.12b).
Loop DNA serupa diketahui dibentuk oleh pengikatan aktivator protein dan penekan
operon lain di E. coli dan bakteri lain. Protein pengatur memiliki kemampuan untuk mengikat
DNA dengan cara yang spesifik urutannya, untuk mengubah struktur DNA, dan untuk
merangsang atau menekan transkripsi gen struktural di sekitarnya. Pemahaman lengkap
tentang regulasi ekspresi gen akan membutuhkan pengetahuan rinci tentang interaksi
penting ini.
● Operon E. coli lac adalah sistem induksi negatif dan katabolit yang dapat ditekan;
tiga gen struktural pada lac operon ditranskripsi pada tingkat tinggi hanya dengan
adanya laktosa dan tidak adanya glukosa.
● Dengan tidak adanya laktosa, penekan lac mengikat operator lac dan mencegah
RNA polimerase untuk memulai transkripsi operon.
● Represi katabolit membuat operon seperti enzim pengkode lac yang terlibat dalam
katabolisme karbohidrat tidak diinduksi dengan adanya glukosa, sumber energi
yang disukai.
● Pengikatan kompleks CAP / cAMP ke situs pengikatannya di promotor lac
membengkokkan DNA dan membuatnya lebih mudah diakses oleh RNA
polimerase.
 ● Penahan lac mengikat ke dua operator — baik O1 dan O2 atau O1 dan O3 —
secara bersamaan dan membengkokkan DNA menjadi hairpin atau loop.

Operon Triptofan di E. coli: Represi dan Atenuasi

Gen struktural dalam operon triptofan ditranskripsikan hanya jika triptofan tidak ada atau ada
dalam konsentrasi rendah. Ekspresi gen dalam operon trp diatur oleh represi inisiasi
transkripsi dan oleh atenuasi (penghentian prematur) transkripsi ketika triptofan lazim di
lingkungan.
Operon trp E. coli mengontrol sintesis enzim yang mengkatalisis biosintesis asam
amino triptofan. Fungsi dari lima gen struktural dan urutan regulasi yang berdekatan dari
operon trp telah dianalisis secara rinci oleh Charles Yanofsky dan rekannya. Lima gen
struktural menyandikan enzim yang mengubah asam korismat menjadi triptofan. Ekspresi
operon trp diatur pada dua tingkat: represi, yang mengontrol inisiasi transkripsi, dan
atenuasi, yang mengatur frekuensi penghentian transkrip prematur. Kami akan membahas
mekanisme pengaturan ini dalam dua bagian berikut.

REPRESI
Operon trp E. coli adalah operon negatif yang dapat ditekan. Organisasi dari trp
operon dan jalur biosintesis triptofan ditunjukkan pada Gambar 18.13. Gen trpR, yang
mengkode penekan trp, tidak terkait erat dengan operon trp. Wilayah operator (O) dari
operon trp terletak di dalam wilayah promoter utama (P1). Ada juga promotor lemah (P2) di
ujung operator-distal dari gen trpD. Promotor P2 meningkatkan level basal transkripsi gen
trpC, trpB, dan trpA. Dua urutan terminasi transkripsi (t dan t) terletak di hilir dari trpA.
Wilayah trpL menentukan urutan pemimpin mRNA sepanjang 162 nukleotida.
Regulasi transkripsi operon trp digambarkan pada Gambar 18.4c. Dengan tidak
adanya triptofan (ko-represor), RNA polimerase berikatan dengan daerah promotor dan
mentranskripsi gen struktural operon. Dengan adanya triptofan, kompleks ko-represor /
represor mengikat daerah operator dan mencegah RNA polimerase memulai transkripsi gen
dalam operon.
Laju transkripsi operon trp dalam kondisi derepresi (tidak adanya triptofan) adalah 70
kali lipat laju yang terjadi dalam kondisi tertekan (adanya triptofan). Pada mutan trpR, yang
tidak memiliki penekan fungsional, laju sintesis enzim biosintetik triptofan masih berkurang
sekitar sepuluh kali lipat dengan penambahan triptofan ke medium. Penurunan tambahan
ekspresi operon trp ini disebabkan oleh atenuasi, yang akan dibahas selanjutnya.

GAMBAR 18.13 Organisasi operon trp (triptofan) di E. coli. Operon trp berisi lima
gen struktural yang menyandikan enzim yang terlibat dalam biosintesis triptofan, seperti
yang ditunjukkan di bagian bawah, dan wilayah regulasi trpL. Panjang setiap gen atau
wilayah diberikan dalam pasangan nukleotida; jarak intergenik ditampilkan di bawah urutan
gen. Kunci: PRA, fosforibosil antranilat; CDRP, karboksifenilamino-deoksiribulosa fosfat;
InGP, indole-gliserol fosfat.

ATTENUATION
Penghapusan yang menghapus bagian dari wilayah trpL (Gambar 18.13)
menghasilkan peningkatan tingkat ekspresi dari trp operon. Namun, penghapusan ini tidak
berpengaruh pada repressibility dari trp operon; yaitu, represi dan derepresi terjadi seperti
pada strain trpL. Hasil ini menunjukkan bahwa sintesis enzim biosintetik triptofan diatur pada
tingkat kedua oleh mekanisme yang tidak bergantung pada represi / derepresi dan
membutuhkan urutan nukleotida yang ada di wilayah trpL dari operon trp.

GAMBAR 18.14 Urutan di wilayah pemimpin dari trp mRNA bertanggung jawab
untuk atenuasi. (a) Urutan trpL, menyoroti urutan pengkodean peptida pemimpin, dua kodon
triptofan tandem yang bertanggung jawab untuk mengontrol atenuasi oleh triptofan, dan
empat daerah (berbayang) yang membentuk struktur batang-dan-loop atau jepit rambut
yang ditunjukkan pada ( b). (b) Struktur sekunder alternatif yang dibentuk oleh trpL mRNA —
salah satu (1) wilayah 1 akan berpasangan dengan wilayah 2 dan wilayah 3 dengan wilayah
4, membentuk penjepit rambut transkripsi-terminasi, atau (2) wilayah 2 akan berpasangan
dengan wilayah 3 , mencegah daerah 3 berpasangan dengan daerah 4. Konsentrasi
triptofan dalam sel menentukan struktur mana yang akan terbentuk selama transkripsi
operon trp.

Regulasi level kedua dari operon trp ini disebut atenuasi, dan urutan dalam trpL yang
mengontrol fenomena ini disebut attenuator (Gambar 18.14a). Atenuasi terjadi dengan
mengontrol penghentian transkripsi di situs dekat akhir urutan pemimpin mRNA.
Penghentian transkripsi trp operon yang “prematur” ini hanya terjadi jika ada tRNATrp
bermuatan triptofan. Ketika penghentian atau atenuasi dini ini terjadi, transkrip trp terpotong
(140 nukleotida) diproduksi.
Daerah attenuator memiliki urutan pasangan nukleotida yang pada dasarnya identik
dengan sinyal transkripsi-terminasi yang ditemukan di ujung sebagian besar operon bakteri.
Sinyal terminasi ini mengandung palindrom kaya G: C yang diikuti oleh beberapa pasangan
basa A: T. Transkripsi sinyal terminasi ini menghasilkan RNA yang baru lahir dengan potensi
untuk membentuk struktur jepit rambut berikatan hidrogen yang diikuti oleh beberapa urasil.
Ketika transkrip yang baru terbentuk membentuk struktur jepit rambut ini, hal itu
menyebabkan perubahan konformasi dalam RNA polimerase terkait, mengakibatkan
penghentian transkripsi dalam wilayah berikut, lebih lemah ikatan hidrogen (A: U) n dari
pasangan basa DNA-RNA.
Oleh karena itu, urutan nukleotida dari attenuator menjelaskan kemampuannya untuk
menghentikan transkripsi operon trp sebelum waktunya. Tapi bagaimana ini bisa diatur oleh
ada atau tidaknya triptofan?
Pertama, ingat bahwa transkripsi dan terjemahan digabungkan dalam prokariota;
artinya, ribosom mulai menerjemahkan mRNA saat masih disintesis. Dengan demikian,
peristiwa yang terjadi selama penerjemahan juga dapat memengaruhi transkripsi.
Kedua, perhatikan bahwa urutan pemimpin 162-nukleotida-panjang dari trp operon
mRNA berisi urutan yang dapat pasangan basa untuk membentuk struktur batang-dan-loop
atau jepit rambut alternatif (Gambar 18.14b). Empat daerah pemimpin yang dapat
berpasangan basa untuk membentuk struktur ini adalah: (1) nukleotida 60–68, (2) nukleotida
75–83, (3) nukleotida 110–121, dan (4) nukleotida 126–134. Panjang sebenarnya dari
wilayah ini yang terlibat dalam pasangan basa bervariasi bergantung pada pasangan
wilayah. Urutan nukleotida dari empat wilayah ini sedemikian rupa sehingga wilayah 1 dapat
berpasangan dengan wilayah 2, wilayah 2 dapat berpasangan dengan wilayah 3, dan
wilayah 3 dapat berpasangan dengan wilayah 4. Wilayah 2 dapat berpasangan dengan
wilayah 1 atau wilayah 3 , tetapi, jelas, ini hanya dapat dipasangkan dengan satu dari
kawasan ini pada waktu tertentu. Jadi, ada dua kemungkinan struktur sekunder untuk urutan
pemimpin trp: (1) wilayah 1 berpasangan dengan wilayah 2 dan wilayah 3 berpasangan
dengan wilayah 4 atau (2) wilayah 2 berpasangan dengan wilayah 3, meninggalkan wilayah
1 dan 4 tidak berpasangan. Pemasangan wilayah 3 dan 4 menghasilkan jepit rambut
penghentian transkripsi yang disebutkan sebelumnya. Jika wilayah 3 dipasangkan dengan
wilayah 2, wilayah tersebut tidak dapat dipasangkan dengan wilayah 4, dan penjepit rambut
transkripsi-terminasi tidak dapat terbentuk. Seperti yang mungkin sudah Anda duga
sekarang, ada atau tidaknya triptofan menentukan struktur alternatif mana yang akan
terbentuk.
Ketiga, perhatikan bahwa urutan pemimpin berisi kodon inisiasi translasi AUG, diikuti
oleh 13 kodon untuk asam amino, diikuti oleh kodon terminasi translasi UGA (Gambar
18.14a). Selain itu, urutan pemimpin trp berisi situs pengikatan ribosom yang efisien yang
terletak pada posisi yang sesuai untuk inisiasi penerjemahan pada kodon inisiasi AUG
pemimpin. Semua bukti yang tersedia menunjukkan bahwa "peptida pemimpin" 14-asam
amino disintesis seperti yang digambarkan pada Gambar 18.14a.
Jepit rambut transkripsi-terminasi operon trp normal ditunjukkan pada Gambar
18.15a, dan mekanisme atenuasi yang diusulkan dari transkripsi operon trp digambarkan
pada Gambar 18.15b dan c. Peptida pemimpin mengandung dua residu triptofan yang
berdekatan. Kedua kodon Trp diposisikan sedemikian rupa sehingga dalam konsentrasi
rendah triptofan (dan dengan demikian konsentrasi Trp-tRNATrp rendah), ribosom akan
berhenti sebelum bertemu dengan struktur berpasangan basa yang dibentuk oleh wilayah
pemimpin 2 dan 3 (Gambar 18.15b). Karena pasangan daerah 2 dan 3 menghalangi
pembentukan jepit rambut transkripsi-terminasi oleh pasangan dasar daerah 3 dan 4,
transkripsi akan terus melewati attenuator ke dalam gen trpE tanpa adanya triptofan.
Dengan adanya triptofan yang cukup, ribosom dapat menerjemahkan melewati
kodon Trp ke kodon terminasi pemimpin-peptida. Dalam prosesnya, ini akan mengganggu
pasangan basa antara wilayah pemimpin 2 dan 3. Gangguan ini membuat wilayah 3 bebas
untuk berpasangan dengan wilayah 4, membentuk penjepit transkripsi-terminasi (Gambar
18.15c). Jadi, dengan adanya triptofan yang mencukupi, transkripsi sering (sekitar 90 persen
dari waktu) berakhir di attenuator, mengurangi jumlah mRNA untuk gen struktural trp.
Transkripsi operon trp dapat diatur pada kisaran hampir 700 kali lipat dengan efek
gabungan dari represi (hingga 70 kali lipat) dan atenuasi (hingga 10 kali lipat).
Regulasi transkripsi dengan atenuasi tidak hanya terjadi pada operon trp. Lima
operon lainnya (thr, ilv, leu, phe, dan his) diketahui diatur oleh atenuasi. Operonnya, yang
selama bertahun-tahun dianggap dapat ditekan, sekarang diyakini diatur sepenuhnya oleh
atenuasi. Meskipun detail minor bervariasi dari satu operon ke operon lainnya, fitur utama
atenuasi adalah sama untuk keenam operon. Coba Selesaikan: Regulasi Operon Histidin
Salmonella typhimurium untuk menguji pemahaman Anda tentang atenuasi. Selain itu, lihat
On the Cutting Edge: The Lysine Riboswitch untuk diskusi tentang mekanisme regulasi
terkait.

GAMBAR 18.15 Kontrol operon trp dengan atenuasi. (a) Sinyal transkripsi-terminasi
di E. coli berisi daerah simetri dyad (panah) yang menghasilkan urutan mRNA yang dapat
membentuk struktur jepit rambut. (b) Pada triptofan konsentrasi rendah, transkripsi melewati
urutan attenuator melalui seluruh operon trp. (c) Dengan adanya triptofan yang cukup,
transkripsi sering berakhir pada urutan attenuator.

● Operon E. coli trp adalah sistem yang dapat ditekan negatif; transkripsi dari lima
gen struktural dalam operon trp ditekan di hadapan konsentrasi yang signifikan
dari triptofan.
● Operon seperti trp yang menyandikan enzim yang terlibat dalam jalur biosintetik
asam amino sering dikendalikan oleh mekanisme regulasi kedua yang disebut
atenuasi.
● Atenuasi terjadi dengan penghentian transkripsi dini di situs dalam urutan
pemimpin mRNA (urutan 5 ke wilayah pengkodean) ketika triptofan lazim di
lingkungan tempat bakteri tumbuh.