MATERI GENETIK: PLASMID DAN EPISOME,

SERTA TRANSPOSABLE ELEMENT

RESUME
Untuk memenuhi tugas matakuliah Genetika 1
Diampu oleh Prof. Dr. Duran Corebima Aloysius, M.Pd.
Disajikan pada 6 Februari 2019

Disajikan oleh:
Erma Wahyu Safira Nastiti (170341615078)
Karlina Syabania (170341615099)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
2019
 MATERI GENETIK: PLASMID DAN EPISOM

Materi genetik bakteri dibawa salah satu kromosom utama tambahan, dari salah satu
molekul DNA ekstrachromosomal atau "kromosom mini" yang disebut plasmid. Plasmid
adalah replika yang secara stabil diwariskan pada bagian ekstra kromosom. Kebanyakan
plasmid tidak digunakan, yaitu mereka yang tidak diperlukan untuk kelangsungan hidup sel,
tapi bagaimanapun juga plasmid penting bagi lingkungan, seperti antibiotik.
Plasmid memiliki signifikansi praktis utama dalam dua bidang, yaitu:
(1) penyebaran beberapa antibiotik dan resistensi obat pada bakteri patogen
(2) ketidakstabilan mikroorganisme industri.
Tiga jenis utama plasmid bakteri telah dipelajari secara luas, yaitu:
(1) F dan F plasmid
(2) R plasmid yang membawa gen untuk resistensi terhadap antibiotic atau antibakteri.
(3) Col plasmid, kode plas yang mengkode colicins, yang merupakan protein yang membunuh
sel E coli yang sensitif.
Plasmid konjugatif atau yang dapat ditransmisikan transfer DNA dengan konjugasi.
Semua plasmid F dan F, sebagian besar plasmid R, dan beberapa plasmid Col bersifat
konjugatif. Banyak plasmid R dan Col bersifat non-konjugatif. definisi elemen genetik yang
disebut episom. Episeme adalah elemen genetik yang dapat mereplikasi dalam r dari dua
status alternatif: (1) sebagai bagian yang terintegrasi dari kromosom utama, atau (2) sebagai
otonom elemen genetik, independen dari kromosom bost utama. Istilah plasmid dan episom
tidak bersinonim. Banyak plasmid tidak ada pada states terintegrasi dan karenanya bukan
episom. Demikian pula, banyak kromosom fag sedang, seperti genom fag A, adalah episom
tetapi bukan plasmid.

UNSUR GENETIK TRANSPOSABLE

Sebagian besar gen menempati lokasi tetap pada kromosom, dan struktur keseluruhan
dari peta genetik praktis tidak berubah. Pada tahun 1940-an, para peneliti telah menemukan
bahwa beberapa sekuens DNA mampu mengubah posisi. Sekuens ini disebut transposable.
Ukurannya mulai dari 500 hingga 10.000 pasangan nukleotida. Studi dengan beragam elemen
genetik organisme, termasuk bakteri, jamur, nematoda, dalam sekte, tanaman, dan mamalia,
menunjukkan bahwa unsur-unsur transposabel tersebar luas di antara prokariota dan
eukariota.
 1. Ketidakstabilan Genetik dan Penemuanan Unsur-unsur yang Dapat Diterapkan
Unsur-unsur yang dapat dipindahkan ditemukan oleh B. Mc Clintock melalui analisis
ketidakstabilan genetik pada jagung. Dalam beberapa percobaan, Mc Clintock menggunakan
spidol yang mengendalikan deposisi pigmentasi pada aleuron, lapisan terluar dari endosperma
biji jagung. Endosperma adalah triploid, diproduksi oleh penyatuan dua inti ibu dan satu inti
ayah. Marker Mc Clintock membat alel dari lokus C pada lengan pendek kromosom 9.
Disebut alel C karena menghambat dominan pewarnaan aleuron. McClintock membuahi
telinga CC dengan serbuk sari dari jumbai C'C, dan menghasilkan kernel di mana
endospermaanya adalah CC. Meskipun begitu, beberapa menunjukkan bercak pigmen ungu
kecoklatan yang diduga bahwa alel C penghambatan telah hilang beberapa waktu selama
pengembangan endosperma. Kernel Jagung menunjukkan hilangnya alel C 'untuk
penghambatan pigmentasi pada aleuron. McClintock menemukan bahwa mosaik kernel
seperti itu sering dihasilkan dari kerusakan pada situs tertentu pada kromosom 9. Dia
menyebutkan faktor yang menghasilkan istirahat Ds untuk "Dissociation”. Dalam
percobaannya, kromosom yang membawa alel C juga dekat membawa faktor Ds. Namun, Ds
harus diaktifkan oleh faktor lain, yang disebut Ac. Faktor Ac hadir dalam beberapa kondisi
jagung yang menyebabkan kerusakan kromoson pada kromosom 9. McClintock menemukan
contoh lain kerusakan di berbagai lokasi pada chromomome 9, dan juga pada hromosom.
Karena kerusakan pada situs-situs ini bergantung pada aktivasi oleh Ac, McClintock
berhipotesis bahwa faktor Ds juga terlibat. Penjelas sederhana adalah bahwa Ds bisa ada di
banyak situs berbeda dalam genom, dan bahwa Ds mungkin untuk mengubah posisinya.
Penjelasan ini telah dilakukan oleh analisis selanjutnya. Baik Ac dan Ds adalah anggota
keluarga unsur transposabel. Elemen ac dapat mengaktifkan dirinya sendiri, sedangkan
elemen Ds tidak bisa.
2. Unsur-unsur yang Dapat Dipindahkan dalam Bakteri
Transposon bakteri ini pertama kali dipelajari pada tingkat molekuler, oleh sebab itu
memberikan petunjuk penting tentang zat dan perilaku transposon eukariotik. Penyisipan
transposon bakteri paling sederhana, atau elemen-elemen IS biasanya kurang dari 1500
pasangan nukleotida panjang dan hanya mengandung gen yang terlibat dalam
mempromosikan atau mengatur trasposon. Bakteriofag X yang terintegrasi juga dianggap
elemen transposable karena dapat memasukkan dirinya sendiri ke dalam kromosom bakteri.
Ketika elemen-elemen IS menyisipkan ke dalam kromosom atau plasmid, mereka
menciptakan duplikasi urutan DNA di lokasi penyisipan. Satu salinan dari duplikasi terletak
di setiap sisi elemen. Ini pendek (3-12 nukleotida berpasangan) karena itu urutan berulang
yang disebut duplikat lokasi target dan diperkirakan timbul dari kerusakan yang terjadi pada
DNA untai ganda elemen IS memediasi integrasi episom ke dalam kromosom bakteri.Proses
ini melibatkan rekombinasi homolog antara elemen IS yang ada di episom dan kromosom.
Transposon komposit dibuat ketika dua elemen IS menyisipkan berdekatan satu sama lain
Urutan diatara kemudian dapat ditransposisikan dengan aksi bersama dari elemen yng
mengapit.Kadang-kadang elemen IS mengapit dalam transposon komposit tidak cukup
identik. Misalnya, dalam Tn5, elemen di sebelah kiri yang disebut 1S50L, tidak mampu
menstimulasi transposisi, tetapi klem di sebelah kanan yang disebut IS50R bisa. Perbedaan ini
disebabkan oleh perubahan pasangan nukleotida tunggal yang mencegah IS5OL dari
mensintesis zat lain yang diperlukan faktor transposisi. Elemen IS50R dari Tn5 sebenarnya
menghasilkan dua protein. Satu, ransposase, mengkatalisasi transposisi, sedangkan yang lain
versi singkat dari transposase, mencegah posisi trans. Karena posisi yang lebih pendek lebih
banyak, transposisi Tn5 cenderung ditekan.
Unsur-unsur dalam kelompok Tn3 transposon ini memiliki pengulangan terminal terbalik
pada 38-40 pasangan nukleotida beraksi lama dan menghasilkan duplikasi nukleus target
situs. Ada tiga gen, tnpA, tnpR, dan bla, yang masing-masing mengkodekan, transposase,
resolvase / repressor, dan enzim yang disebut beta lactamase. Transposisi Tn3 terjadi dalam
dua tahap. Pertama, transposase memediasi perpaduan dua molekul, membentuk struktur yang
disebut kointegrasi. Selama proses ini, transposon direplikasi, dan satunya disisipkan di setiap
persimpangan di cointegrasi. Pada tahap kedua transpositioi, resolusi tnpR-encoded
memediasi sebuah situs spesifik rekombinasi antara dua elemen Tn3, menghasilkan dua
molekul, masing-masing dengan salinan transposon. Produk gen tnpR juga memiliki fungsi
lain, yaitu, untuk menekan sintesis dari kedua protein transpose dan resolvase.
Bakteri jelas diyakini berperan dalam evolusi cepat yang diamati dari Plasmid R. Semua
plasmid R konjugatif memiliki setidaknya dua komponen, satu segmen membawa satu set gen
yang terlibat dalam transfer DNA konjugatif dan segmen kedua membawa gen cr gen
antibiotik dan / atau resistansi obat (Gbr. 9.10). Segmen yang membawa gen transfer disebut
komponen RTF (resistance transfer factor), segmen yang membawa gen resistansi atau gen
disebut R-determinan.

Transposable Element pada Eukariotik

1. TY Element pada Ragi
Ragi atau Saccharomyces cerevisiae membawa 35 pasangan element
transposable di genom haploid yang disebut elemen Ty. Pada transposons ini didapati
5.900 pasangan nukleotida panjang dan diakhiri dengan 340 pasangan basa segmen
DNA atau sequence δ. Setiap sequence δ mengarah pada arah yang sama atau long
 terminal repeats (LTRs). LTR biasanya didapati ada yang terlepas dari elemen Ty
yaitu δ tunggal, δ tunggal merupakan hasil rekombinasi antara LTR dari elemen Ty.
Elemen Ty diapit oleh pasangan nukleotida berulang yang berasal dari
duplikaso DNA. Pengaturan genetic dari elemen TY menyerupai retrovirus eukariot.
Rantai tunggal RNA virus menyintesis DNA dari RNA setelah memasuki sel.
Kemudian DNA menyisipkan diri ke dalam genom, membuat target duplikasi.
Material yang disisipkan memiliki struktur yang sama dengan elemen Ty pada ragi
yaitu sequen DNA dibatasi oleh LTRs atau provirus. Provirus terdiri dari tiga bentuk
gen, gag, pol, dan env yang melakukan pengkodean untuk struktur, katalis, dan protein
membrane. Elemen Ty hanya memiliki dua gen, gen A dan B yang analog dengan gen
gag dan pol gen dari retrovirus. Karena memiliki kesamaan dengan retrovirus elemen
Ty pada ragi disebut retrotransposons.
2. Transposons Jagung
Transposable elemen dapat ditemukan di jagung (Zea mays) dan mulut naga
(Antirrbinum majus) namun penelitian lebih sering dilakukan pada jagung yang sudah
diidentifikasi tranposonnya. Elemen Ac/Ds famili dari jagung ditemukan pertamakali
oleh McClintock. Elemen Ac terdiri dari 4.563 pasangan nukleotida yang dikelilingi
oleh 8 pasangan nukleotida berulang (terbentuk dari kromosom). Seluruh elemen Ac
pada genom jagung memiliki struktur/susunan yang sama sementara pada Ds memiliki
susunan yang heterogen. Salah satu elemen Ds, ada yang berasal dari elemen Ac yang
terbentuk dari penghilangan sequen internal. Pengaktifan elemen Ac menggunakan
bantuan protein yaitu transposase dari Ac/Ds.
Mekanisme kerja elemen Ac terjadi ketika replikasi DNA bagian dalam
kromosom yang dapat berpindah dari satu tempat ke tempat lain yang berdekatan.
Ketika proses replikasi berakhir akan terdapat dua kromatid saudara , salinan tunggal
dan salinan ganda. Melalui proses ini dapat dilihat, elemen Ac tidak mereplikasi
dengan sendirinya selama tranposisi melainkan disalin secara normal pada saat
replikasi sebelum atau sesudah perpindahan. Oleh karena itu hal ini, elemen Ac
dianggap nonreplikatif.
Selain dengan adanya transposon pada jagung, McClintock juga menemukan
transposabel pada Suppressor mutator yaitu berupa elemen autonomos Spm dan
elemen nonautonomos dSpm ( d berarti dihapus/tidak sempurna). Elemen Spm
merupakan pasangan nukleotida sepanjang 8.287 termasuk 13 pasangan berulang
nukelotida dan elemen dSpm merupakan elemen yang lebih kecil dari elemen Spm
karena bagian dari sequen DNAnya ada yang dihilangkan. Akibat dari penghilangan
 sequen DNA tersebut menghambat fungsi dari gen yang dibawa oleh elemen Spm dan
mencegah adanya sintesis gen. Namun karena elemen dSpm termasuk ke dalam
produk yang dibutuh untuk tranposisi, penghapusan elemen dSpm tidak dapat
menstimulasikan perubahannya sendiri.
Analisis bikomia mengindikasi bahwa aktivitas elemen Ac dan elemen Spm
dikontrol oleh metilasi nukleotida tertentu pada sequen DNA.
3. Transposons Drosophila
Elemen transposabel dapat ditemukan di hewan yaitu Drosophyla. Di dalam
hewan tersebut mengandung 5.000 sampai 15.000 pasangan panjang nukelotida dan
menyerupai bentuk dari retrovirus, seperti elemen Ty pada ragi. Retrotransposon
menyisip dalam kromosom akan membentuk strain target duplikasi dengan salinan
tunggal di masing-masing sisi transposon. Beberapa strain Drosophyla memiliki
elemen gypsy dimana yang lainnya memiliki lebih dari 100. Elemen ini tersebar di
semua genom dan menempati posisi berbeda di strain yang berbeda. Retrorespon
bertanggung jawab atas mutasi genetik Drosophyla. Layaknya elemen Ty pada ragi,
transposisi dan retrotransposon Drosophyla terlihat bersatu dengan RNA intermediet.
Elemen P memiliki 31 pasangan nukelotida berulang yang diapit oleh 8 pasangan
nukelotida sebagai target duplikasi. Drosophyla yang memiliki banyak alel dapat
menunjukkan pengaruh dari penyisipan transposon.
4. Siginifikansi Genetik dan Evolusi Transposabel
Elemen transposabel dapat menyebabkan kerusakan kromosom. Hal ini
dibuktikan pada elemen ganda Ds di jagung dan elemen P pada Drosophyla. Di kasus
keduanya, perusakan bisa menyebabkan kehilangan atau penyusunan kembali material
kromosom. Contohnya adalah penyisipan yang dimediasi oleh IS dari plasmid F ke
dalam kromosm E.coli. Tidak hanya itu, penyusunan kembali kromosm X di
Drosophyla mengikuti rekombinasi homolog antara transposon yang terletak di posisi
berbeda. J.K Lim menemukan bahwa salah satu famili dari elemen transposabel (
bobo) kelihatannya menunjukkan penghapusan atau inversi segmen besar pada
kromosom.

Pertanyaan:
1. Apakah elemen transposabel setiap makhluk hidup itu berbeda? (Karlina Syabania)
Jawab:
Elemen transposabel setiap makhluk hidup berbeda. Hal ini ditunjukkan dengan penelitian
yang terjadi pada ragi, tanaman jagung, tanaman mata naga, dan Drosophyla. Beberapa
contohnya yaitu pada ragi, elemen transposabelnya berupa elemen Ty sedangkan tanaman
jagung memiliki elemen Ac dan Ds kemudian pada Drosophyla elemen transposabelnya
berupa elemen P.

2. Bagaimana hubungan faktor Ac dan faktor Ds? (Erma Wahyu Safira Nastiti)
Jawab: untuk merusak kromosom 9 pada jagung, faktor Ds harus diaktifkan dahulu
oleh faktor Ac. Sedangkan faktor Ac bisa mengaktifkan dirinya sendiri.