BAB 10

BEBERAPA HAL SPESIFIK TENTANG REKOMBINASI

Rekombinasi Spesifik Tapak

Rekombinasi tapak spesifik antara lain yang

berkenaan dengan integrasi DNA fag ke genom E.
coli. tapak attP dan attB pada genom E. coli
merupakan hasil evolusi yang sangat spesifik
terhadap enzim-enzim rekombinasi khusus yang
dikode oleh gen int dan xis pada genom fag
sehingga integrasi fag hampir selalu terjadi pada
tapak attB yang terletak antara gal dan bio.

Rekombinasi Spesifik Tapak Menjamin Penataan Kembali DNA yang Teliti

Peristiwa pindah silang umumnya tetap mempertahankan susunan urut-urutan DNA

pada kromosom-kromosom homolog. Namun sel-sel tertentu juga memanfaatkan semacam
proses rekombinasi yang tertata secara teliti untuk menata kembali urut-urutan DNA.
Segmen-segmen DNA dapat dipindah dengan bantuan rekombinasi spesifik tapak. Akibatnya
beragam gen atau perangkat gen diekspresikan.

Rekombinasi Spesiifk Tapak Mengatur Ekspresi Gen

Rekombinasi yang melibatkan dua tapak pada suatu molekul DNA yang sama akan
terlepasnya segmen antara atau terjadinya inversi segen antara tesebut tergantung pada
bagaimana orientasi tapak-tapak tersebut.
 Inversi hasil rekombinasi dimanfaatkan untuk memilih antara dua susunan DNA yang
memungkinkan dua protein atau perangkat protein untuk diekspresikan. Contohnya protein
ekor dari Mu (mutator) fag, yang diatur oleh segmen gin yang tidak dapat dibalik, serta
antigen flagel dari bakteri Salmonella.

Variasi fase Salmonella merupakan akibat dari ekspresi dua protein flagel yaitu H1
dan H2 yang terjadi bergantian. Promoter untuk gen H2 terletak pada suatu segmen DNA
yang dapat mengalami pembalikan di dekatnya seukuran 970 pasang nukelotida dalam urutan
berulang dengan arah berlawanan. Apabila segmen DNA itu mengarah dalam arah yang sama
maka letak promoter adalah di samping gen H2 sehingga H2 ditranskripsikan dan demikian
pula suatu gen lain di dekatnya yang mengkode suatu protein reseptor dari gen pengkode
protein flagel H1 yang letaknya jauh. Namun, jika segmen tadi mengalami pembalikan, maka
gen H2 tidak ditanskirpsikan lagi dan gen pengkode protein reseptor untuk gen H1 juga tidak
ditranskripsikan.
Rekombinasi Memperbaiki Molekul DNA yang Rusak

Pindah silang memiliki fungsi lain untuk memperbaiki kerusakan DNA. Mekanisme
perbaikan DNA berawal dari upaya penutupan suatu celah pada molekul DNA kemudian diisi
oleh DNA yang berawal dari salah satu unting pasangan homolog. Contohnya pada adanya
timin dimer yang akan mengakibatkan replikasi terhenti pada tapak yang menggandeng cacat
tadi. Informasi yang hilang dari kedua untung DNA dan dapat dibetulkan/dipulihkan dengan
cara melalui rekombinasi dari suatu duples homolog.

Rekombinasi Tidak Selalu Bersifat Resiprok pada Tapak Pindah Silang: Konversi Gen

Rekombinasi tidak resiprok terjadi antara dua tapak berdekatan dalam satu gen yang
sama yang disebut sebagai konversi gen. Konversi gen merupakan akibat pemotongan DNA
dan sintesis perbaikan DNA yang terjadi pada daerah heterodupleks selama proses pemutusan
dan penyambungan. Contoh peristiwa ini pada khamir atau Neuruospora.

Rekombinasi Illegitimate

Rekombinasi Illegitimate adalah rekombinasi yang terjadi antara molekul-molekul

DNA yang non homolog. Pada E. coli rekombinasi tersebut tidak membutuhkan fungsi
protein recA, recB, dan recC. Contoh rekombinasi illegitimate antara lain yang berkenaan
dengan insersi elemen transposabel ke dalam suatu lokus gen. Insersi tersebut akan membuat
fungsi gen akan terganggu atau hilang.

Rekombinasi Independen terhadap Replikasi DNA

Apabila dua genotip fag, misalnya a+ dan b+ dalam jumlah besar secara serempak
menginfeksi suatu sel inang yang tumbuh pada medium ringan maka genotip fag-fag yang
tidak bereplikasi akan menunjukka beberapa genotp ++.

BAB 11

TRANSFORMASI BAKTERI

Transformasi adala suatu proses transfer informasi genetik dengan bantuan potongan DNA
ekstraseluler. Transformasi bakteri pertama kali diamati oleh F. Griffith pada 1928, pada
1944 Oswald Avery yang membuktikan bahwa DNA bertanggung jawab terhadap perubahan
genetik yang terjadi akibat transformasi.

Transformasi Alami dan Transformasi Buatan

Pada transformasi alami bakteri mampu mengambil fragmen DNA secara alami
(contohnya Bacilus subtilis) sehingga mengalami transformasi secara genetik. Apabila
informasi yang direkayasa secara genetik bakteri telah diubah terlebih dahulu agar
memungkinnya mengalami transformasi sehingga mampu mengambil fragmen DNA dan
secara genetik mengalami transformasi (contohnya pada E. coli).
 Spesies-spesies yang dapat mengalami transformasi adalah yang memiliki mekanisme
enzimatik yang terlihat pada peristiwa pengambilan fragmen DNA maupun pada proses
rekombinasi.

Proses Trnasformasi

Tahap-tahap tranformasi:

Tahap 1: Molekul DNA unting ganda berikatan (bersifat reversibel) pada tapak reseptor yang
terdapat di permukaan sel.

Tahap 2: pengambilan DNA donor yang bersifat irreversibel. DNA donor menjadi resisten
terhadap enzim Dnase di dalam medium.

Tahap 3: Konversi molekul DNA donor yang berupa unting ganda menjadi molekul unting
tunggal melalui degradasi nukleotida terhadap salah satu unting.

Tahap 4: integrasi seluruh atau sebagian unting tunggal DNA donor tersebut ke dalam
kromosom resipien.

Tahap 5: segregasi dan ekspresi fenotipik gen donot yang telah terintegrasi.

Enzim eksonuklease spesifik akan menarik satu unting DNA donor ke dalam sel
resipien. Penarikan unting DNA donor tersebut didukung oleh energi yang diperoleh dari
degradasi unting komplementer.

Pemetaan Kromosom Bakteri melalui Kejadian Transformasi

Transformasi dapat digunakan untuk mengungkapkan pautan gen, urutan gen, serta
jarak perta. Jika letak penanda-penada pada kromosom donor berjauhan makan penanda-
penanda itu tidak akan pernah terbawa molekul DNA pentransformasi yang sama, penanda-
penanda itu selalu terletak pada fragmen DNA yang berlainan.
 Pemetaan gen pada bakteri yang memanfaatkan proses transformasi contohnya
menggunakan gen x dan y. Pada DNA donor terdapat gen x + y+ sedangkan gen x y terletak
pada DNA resipien. Jika frekuensi transformasi per gen adalah sebesar 1 dalam 106 sel-sel
resipien (10-3 x 10-3). Jika jarak dua gen berdektan sehinggga keduanya sering terbawa pada
fragmen DNA yang sama, maka frekuensi kotransformasi seharusnya mendekati frekuensi
transformasi satu gen.

Pertanyaan:

Apakah peristiwa transformasi dapat terjadi pada organisme eukariotik?

Jawaban: Menurut Alberts et al (2002), transformasi juga dapat digunakan untuk

menggambarkan penyisipan bahan genetik baru ke dalam sel non-bakteri, termasuk sel hewan
dan tumbuhan, namun karena transformasi pada sel hewanmemiliki arti khusus dalam
kaitannya dengan sel hewan, yang menunjukkan perkembangan ke keadaan kanker,
prosesnya adalah biasanya disebut transfeksi yaitu peristiwa penyisipan ke dalam sel plasmid
yang mengandung virus asing atau bahan genetik.

Daftar Pustaka

Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K., Walter, P. 2002. Molecular Biology
of the Cell. New York: Garland Science.