VIVI YENNI ARYANTI

19620056

Mekanisme Kotranslasi Pematangan Protein pada Bakteri

Jiří Koubek. Jaro Schmitt, Carla Veronica Galmozzi and Günter Kramer

Center for Molecular Biology of Heidelberg University (ZMBH) and German Cancer
Research Center (DKFZ), DKFZ-ZMBH Alliance, Heidelberg, Germany

Pendahuluan

Sel bakteri yang tumbuh secara cepat mengandung antara 20.000 dan 70.000 ribosom
yang secara aktif menerjemahkan mRNA untuk menduplikasi proteome. Hampir seluruh
sintesis protein diproses secara enzimatik pada N-terminusnya. Ribosom merupakan
komponen integral dari seluruh langkah pematangan kotranslasi yang berfungsi menyediakan
lingkungan lipatan yang unik di dalam terowongan keluar ribosom dan dekat permukaan
ribosom, memandu proses pelipatan dengan menerjemahkan mRNA dan terlibat dalam situs
docking sebagai pengiring, pemrosesan, dan factor penargetan.

Dalam jurnal ini akan melaporkan kemajuan terbaru dalam pemahaman pematangan
kotranslasi yang berfokus pada pelipatan dan perakitan protein pada bakteri Escherichia coli
(E. coli). Jurnal ini akan menjelaskan mengenai mesin seluler yang terlibat dan bagaimana
fungsinya terintegrasi dengan terjemahan untuk membuat protein. Bahasan akan merujuk
tentang energetika pelipatan protein pada ribosom, peran ribosom dalam pelipatan protein,
peran kecepatan translasi, dan mekanisme pematangan protein pada prokariota dan eukariota.

Ribosom sebagai Platform untuk Pematurasi Protein

Ribosom tidak hanya mengkatalis pembentukan ikatan peptide tetapi juga
menyediakan lingkungan lipatan yang unik untuk protein yang baru terbentuk. Dalam E. coli,
terdapat ribosom kecil subunit (30S) dan subunit ribosom besar (50S). pengkodean mRNA
terjadi dalam subunit 30S dan penambahan asam amino terjadi di subunit 50S. Rantai yang
tumbuh melintasi subunit besar melalui terowongan keluar ribosom.

Berbagai langkah pematangan protein dikoordinasikan dengan tahap sintesis protein

untuk memastikan bahwa factor yang tepat melalui target yang tepat pada waktu yang tepat.
Langkah pertama pemrosean enzimatik dari N-terminus yang harus diselesaikan sebelum sel
membentuk triase. Sinyal partikel pengenalan (SRP) mengikat dan mentargetkan bagian
dalam yang baru terbentuk protein membrane (IMPs) ke transcolon, sedangkan protein yang
ditranslokasikan melintasi membrane ke ruang periplasmic atau membrane luar terlibat oleh
SecA ATPase dan terkadang juga pengiring protein SecB.

Pemrosesan Enzimatik Rantai Baru Lahir oleh PDF dan PETA

Residu pertama protein bakteri yang baru lahir adalah N-formylmethionine. Namun,
protein dewasa umumnya kekurangan formilasi dan sering juga metionin N-terminal. Gugus
formil dihilangkan oleh peptide deformylase (PDF) yang merupakan prasyarat pembatas laju
untuk eksisi metionin lebih lanjut oleh metionin amilopeptidase (MAP). Rantai yang baru
terbentuk dapat mengalami deformilasi dan metionin dapat dibelah segera setelah 45 asam
amino disintesis, dengan puncak aktivitas pada 70 rantai baru. Bahkan untuk substrat dengan
panjang pemrosesan yang optimal, tingkat deformilasi bervariasi dengan dua urutan besarnya.
NS tingkat terendah diamati untuk rantai HemK yang baru yang dapat terlipat di dalam
terowongan keluar ribosom dan protein membrane dalam LepB.
Langkah Lipatan Pertama dari Rantai Baru di dalam Terowongan Ribosom
Munculnya heliks hidrofobik merupakan sinyal untuk penargetan membrane, baik
dengan merekrut SRP untuk penargetan kotranslasi IMP atau SecA, yang mengikat dan
menerjemahkan ribosom untuk memulai translokasi protein secara kotranslasi melintasi
membrane. Dengan demikian, urutan sinyal N-terminalis (SS) yang dapat dibelah dari protein
yang ditranslokasi dan domain transmembrane dari IMP diperkirakan akan membentuk heliks
di dalam terowongan.
Ribosom Memandu Lipatan Kotranslasi di Luar Terowongan keluar Ribosom
Saat rantai yang baru terbentuk muncul dari ribosom, struktur spasial kendala terowongan
dibebaskan sementara dampak pembatas dari ribosom pada ruang konformasi. Ribosom
mempengaruhi lipatan polipeptida yang muncul dalam tig acara utama, yaitu: 1) vektorial
sintesis itu sendiri memastikan penambahan residu baru dan informasi pelipatan secara
bertahap, 2) kecepatan terjemahan yang bervariasi memberikan jeda waktu yang ditentukan,
dan 3) muatan negative yang tinggi pada permukaan ribosom secara langsung dapat
berdampak pada pelipatan rantai yang baru lahir.
Dukungan Lipat oleh Chaperones
Factor Pemicu adalah Pendamping Pertama yang Melibatkan Naascent Chains
TF adalah satu-satunya pendamping yang diketahui mengikat ribosom bakteri dan
berinteraksi dengan rantai yang baru lahir. TF disebut sebagai factor larut yang diperlukan
untuk pelipatan dan translokasi pro-OmpA. Untuk mendukung pelipatan rantai yang baru
lahir, TF menyediakan permukaan interaksi substrat besar yang mengandung beberapa situs
pengikatan yang didistribusikan di ketiga domain TF. Fungsi TF dalam pelipatan protein
kotranslasi diantaranya ialah, sebagai holdase yang membatasi laju penataan ulang dalam
polipeptida, sebagai foldase yang meningkatkan efisiensi pelipatan protein, dan sebagai
lipatan yang membalikkan pelipatan dini intermediet pelipatan off pathway dan mencegah
kesalahan lipatan.
DnaK Binding ke Nascent Chains
Aktivitas DnaK dimodulasi oleh mekanisme alosetrik yang melibatkan N-terminal
nucleotide-binding domain (NBD) dan domain pengikat substrat terminal-C (SBD), yang
emnentukan afinitas DnaK untuk substratnya. DnaK berkontribusi pada semua proses utama
yang mempertahankan proteostasis seluler, termasuk pelipatan yang baru disintesi
polipeptida, pelipatan yang salah, pembongkaran agregat, degradasi protein, pembongkaran
oligomer kompleks dan modulasi stabilitas dan aktivitas beberapa protein yang terlipat secara
alami.
Kemungkinan Tidakan GroEl Kotranslasi
GroEl termasuk ke dalam kelompok I chaperonin, berbentuk tong besar kompleks
yang terdiri dari dua cincin heptamer yang ditumpuk saling membelakangi. GroEl berperan
megikat substrat pasca-translasi. Pengikatan ini terutama berfungsi untuk melindungi rantai
yang baru lahir dari interaksi yang tidak diinginkan atau kesalahan lipatan. GroEl juga dapat
mendukung pelipatan secara kotranslasi, baik dengan pengikatan GroEs yang longgar ke
ruang cis atau tanpa penutupan ruang hidrofobik, seperti ditunjukkan sebelumnya.
Pendamping Berkolaborasi untuk Membentuk Jaringan Lipat Protein yang Kuat
Lipatan ribuan protein yang beragam secara structural di sitosol yang penuh sesak
merupakan tantangan yang cukup besar bagi sel. Untuk mencapai tugas ini, dalam kondisi
stress, TF, DnaK, dan GroEl bersama-sama membentuk jaringan pendamping yang sinergis
dalam proses folding. Meskipun masing-masing individu pendamping memiliki mekanisme
aksi yang berbeda, kekokohan jaringan mendapat manfaat dari redundansi yang signifikan.
Untuk mendukung fungsi pendamping yang tumpang tindih, ablasi TF dapat diseimbangkan
secara efisien dengan ekspresi lebih ringan dari hubungan antara DnaK dengan rantai yang
baru lahir.
Pembentukan Kotranslasional Kompleks Protein
Pembentukan kompleks diyakini terjadi pasca-translasi, didorong oleh difusi dan tumbukan
kompleks subunit. Studi ekstensif tentang pelipatan dan perakitan bakteri kompleks luciferase
LuxA-LuxB menunjukkan bahwa tanpa adanya LuxA, LuxB berkumpul menjadi homodimer
yang terperangkap secara kinetic dan menyarankan bahwa jalur lipat satu subunit dapat
dimodifikasi oleh perakitan dengan mitra interaksinya. Sebuah penelitian yang menggunakan
metode berbasis profil ribosom menunjukkan mode perakitan kotranslasional alternative,
perakitan co-co, merupakan mekanisme umum yang digunakan untuk perakitan banyak
kompleks protein homomer dalam sel manusia. Studi ini menyajikan bukti bahwa perakitan
co-co mempromosikan pembentukan spesifik isoform kompleks homomer, efek yang
sebelumnya disarankan untuk mengurangi dampak mutase dominan negative pada penekan
tumor p53.