LAPORAN TERBAIK

PRAKTIKUM BIOKIMIA
PERCOBAAN VII
ISOLASI DAN KARAKTERISASI DNA

Disusun oleh :
1. Retno Sari

(24030110110014)

2. Sapta Nur Azizah

(24030110130053)

3. Marwan Faisal

(24030110130057)

4. Sundari Putri Pilyang

(24030110141010)

5. Dahlia Nurmalasari P

(24030110141021)

6. Arif Rahman Hakim

(24030110141033)

Asisten: Fatria Isrami

(J2C009067)

JURUSAN KIMIA
FAKULTAS SAINS DAN MATEMATIKA
UNIVERSITAS DIPONEGORO
SEMARANG
2012

ABSTRAK
Percobaan isolasi dan karakterisasi DNA bertujuan untuk memperoleh dan
menentukan sifat-sifat (karakter) umum molekul DNA. Sampel yang digunakan
adalah strawberry. Prinsip dari percobaan ini adalah perusakan sel ekstrak dari
strawberry secara mekanik dan kimiawi agar terjadi pemecahan sel dan
karakterisasi dengan pengamatan kelarutan, penentuan panjang gelombang
maksimum dan terjadinya denaturasi dan renaturasi dengan penambahan detergen.
Metode yang digunakan adalah metode spektofotometri, yaitu pengukuran panjang
gelombang maksimum. Untuk karakteristik DNA diperoleh hasil yaitu DNA dapat
larut dalam aquadest. Untuk menentukan sifat-sifat DNA, yaitu denaturasi dan
renaturasi dilakukan dengan pengukuran absorbansi pellet DNA dengan
penambahan asam yaitu HCl. Sedangkan dalam penentuan karakteristik dari DNA
menggunakan variasi pelarut, yaitu aquadest, kloroform, eter, dan n-heksan. Dari
percobaan ini diperoleh hasil pellet DNA larut baik dalam aquadest, dan larut tak
sempurna dalam etanol, tetapi tidak larut dalam kloroform, eter, dan n-heksan.
Pengukuran dilakukan pada panjang gelombang maximum sebesar 345 nm. Dari
percobaan diperoleh hasil yaitu nilai absorbansi pada masing masing pelarut
sebelum di tambahkan HCl adalah dengan pelarut akuades 0.357 nm, etanol 0.049
nm, kloroform 0.024 nm, eter 0.022 nm dan n-heksan 0.005 nm. Sedangkan nilai
absorbansi setelah penambahan HCl adalah dengan pelarut akuades 0.369 nm,
etanol 0.049 nm, kloroform 0.046 nm, eter 0.047 nm dan n-heksan 0.028 nm.

PERCOBAAN VII
ISOLASI DAN KARAKTERISASI DNA
I. TUJUAN PERCOBAAN
Untuk memperoleh dan menentukan sifat-sifat (karakter) umum molekul DNA
II. DASAR TEORI
2.1 DNA
Asam deosiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA, adalah sejenis asam
nukleat yang tergolong biomolekul utama penyususn berat kering setiap
organisme. DNA umumnya terdapat di dalam sel.
DNA merupakan suatu polimer , rekombinasi DNA merupakan suatu
proses alamiah denagn unsur-unsur material genetik (pecahan-pecahan molekul
DNA) dipersatukan ke dalam suatu molekul DNA yang lain. DNA produk
dirujuk sebagai suatu DNA rekombinan.
(Fessenden, 1986)
DNA merupakan molekul yang amat panjang, terdiri dari ribuan
deoksiribosa nukleotida yang tergabung dalam suatu urutan yang bersifat khas
bagi setiap organisme. Molekul ini biasanya berbentuk rantai ganda.
Kromosom sel eukariotik merupakan satu molekul besar DNA yang berikatan
erat menjadi suatu daerah inti atau nukleotida. Sel eukariotik mengandung
sejumlah molekul DNA. Masing-masing pada umumnya memiliki ukuran jauh
lebih besar daripada sel prokariota.molekul DNA dalam eukariota bergabung
dengan molekul protein dan dikelompokan menjadi serabut kromatin di dalam
nucleus, yang dikelilingi sistem ganda yang kompleks.
DNA berfungsi untuk menyimpan informasi genetik seacra lengkap yang
diperlukan untuk menentukan struktur semua protein dari tiap-tiap spesies
organisme agar biosintesis sel dan jaringan berlangsung secara teratur, untuk
menentukan aktivitas organisme sepanjang siklus hidupnya dan untuk
menentukan kekhususan organisme tertentu.
(Lehningher, 1982)

2.2 Sifat-sifat DNA

Beberapa sifat penting DNA adalah :
1. Mengabsorpsi sinar ultraviolet pada panjang gelombang 260 nm
2. Menunjukan roatsi optis yang kuat
3. Dalam larutan menunjukan viskositas yang tingi katena struktur heliksnya
yang kokoh
4. Mengalami denaturasi akibat adanya pemanasan atau agitasi akibat
pemecahan ikatan hidrogen, pendinginan memperbaki ikatan hidrogen
antara pasangan-pasangan basa.
5. Ikatan hidrogen dapat dipecah dalam pH asam atau basa.
(Hart, 1963)
2.3 Struktur DNA
Struktur asam nukleat dapat diketahui lebih terinci lagi. Gugus hidroksi
3 dari ribose terikat pada hidroksil 5 dan ribose berikutnya melalui ikatan
fosfodiester. Tentu saja basa heterosiklik

dihubungkan dengan unit

deoksiribosa oleh ikatan N-glikosida. Perlu dicatat bahwa pada DNA tidak ada
lagi gugus hidroksil unit eoksiribosa yang tersisa. Pada setiap fosfat masih
mempunyai satu proton bersifat asam yang biasanya mengion pada pH 7. Jika
proton ada, zat tersebut adalah suatu asam, karena itulah bernama asam
nukleat. Adapun strukturnya adalah sebagai berikut:

NH2
N

5'

5'

CH2

3'

NH2

4'H
3'

OH

Adenin

NH

H 1'

2'

Sitosin

H
H

O
O

5'

O
5'

CH2

OH
H

3'

NH

Guanin

NH 2

5'

CH2
H

OH

NH

3'

H3 C

Timin

5'

CH2
4' H
3'

OH

OH

O
H 1'

2'

(Hart, 1963)
2.4 Struktur Skunder DNA
Sejak tahun 1938 telah diketahui bahwa molekul DNA mempunyai
bentuk tertentu, karena hasil sinar-x pada analisis DNA menunjukan pola
teratur secara berkala. Penelitian pada tahun 1950 menunjukan hal-hal penting
mengenai struktur DNA. Chargaff menganalisis kandungan baa DNA dari
berbagai organisme dan ia menemukan bahwa komposisinya selalu sama.
Ketika dilakukan penelitian di Cambridge University ditunjukan sifat-sifat
DNA heliks.
Ciri-ciri penting DNA heliks :

1. DNA terdiri dari dua rantai polinukleotida yang melingkar menurut satu
sumbu heliks
2. Kedua sumbu heliks bersifat putar kanan dan arahnya berlawanan menurut
ujung-ujung 3 dan 5 nya
3. Basa purin dan pirimidin terletak di dalam heliks pada bidang yang tegak
lurus sumbu heliks, sedang gugus-gugus deoksiribosa dan fosfat terletak di
bagian luar heliks
4. Kedua rantai mempunyai pasangan basa purin dan pirimidin dihubungkan
oleh ikatan hidrogen, adenine selalu berpasangan dengan timin dan guanin
selalu berpasangan dengan sitosin
5. Tidak ada pembatasan pada urutan basa di epanjang rantai polinukleotida,
urutan yang pasti menentukan informasi genetik.
(Lehningher, 1982)
Tulang belakang molekul DNA adalah suatu rantai panjang yang terdiri
dari molekul gula deoksiribosa yang diikat menjadi satu oleh gugus-gugus
fosfat. Satu ujung rantai mempunyai satu gugus OH pada karbon lima, menurut
penomoran gula, ujung yang lain mempunyai satu gugus OH pada karbon
nomor 3.
Tiap molekul gula dalam DNA juga dihubungkan ke satu molekul cincin
heterosiklik, yang biasa dirujuk sebagai basa. Hanya empat basa utama yang
terdapat dalam DNA. Dua sari basa ini adalah pirimidin tersubstitusi dan dua
lagi adalah purin tersubstitusi.
(Fessenden, 1986)
2.5 Isolasi DNA
Proses isolasi DNA diawali dngan proses ekstraksi DNA. Hal ini
bertujuan untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan.
Proses ini harus dilakukan secara hati-hati agar tidak merusak DNA yang
diisolasi. Untuk mengeluarkan DNA dari sel dapat dilakukan dengan
memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran inti sel baik secara

mekanik maupun secara kimiawi. Cara mekanik bisa dilakukan dengan

pemblenderan atau menggerus dengan mortar, sedangkan cara kimiawi dapat
dilakukan dengan senyawa yang dapat merusak membran sel dan membran
inti, salah satunya adalah detergen.
Penambahan detergen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena
detergen dapat menyebabkan rusaknya membran sel, melalui ikatan yang
dibentuk detergen dengan protein-protein kompleks. Ikatan tersebut dapat
terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofobik, demikian juga
dengan detergen sehinga dapat membentuk suatu ikatan kimia.
(Mahmud, 2006)
2.6 Replikasi DNA
Setiap kali sel membelah diri, maka sel harus membuat satu unit lengkap
dari seluruh gen yang dimilikinya. Produk pembelahan yaitu dua sel anak
masing-masing menerima satu komplemen dari informasi ekologi yang
dimiliki indomnya. Oleh karena itu proses pembelahan sel melibatkan replikasi
DNA yang baru.
Para ahli biologis, hingga awal 1950-an masih belum memahami
keseluruhan dari proses replikasi DNA. Tiga strategi yang mungkin bisa jadi
ditemukan:
1. Replikasi Semi Konservatif, dimana masing-masing molekul akan
mengandung satu polinukleutida dari molekul asli yang induk dan satu
nukleotida baru hasil sintesis.
2. Replikasi Konservatif, dimana

satu anak

mengandung

beberapa

polinukleotida induk dan anak lain mengandung 2 polinukleutida baru.

3. Replikasi Dispersif, dimana masing-masing rantai nukleutida dari tiap
molekul cincin tersusun atas bagian nukleutida induk dan bagian dari
polinukleutida baru.
(Lehninger, 1982)
2.7 Denaturasi dan Renaturasi DNA

Dua buah pita nukleotida yang berbentuk double heliks pada molekul
DNA dihubungkan dengan ikatan hidrogen yang sangat lunak. Jika suatu
larutan yang mengandung DNA dipanaskan atau dibubuhi alkali yang kuat,
maka ikatan hidrogen ini menjadi labil dan putus lalu pita spiral dari molekul
DNA itu terbuka. Proses ini dinamakan denaturasi DNA. Jika larutan tersebut
kemudian didinginkan kembali, atau dinetralisir secara perlahan-lahan maka
terbentuk pasangan-pasangan basa itu kembali. Peristiwa kembalinya ikatan
hidrogen antar basa tersebut dinamakan renaturasi.
(Surya, 1989)
2.8 Sentrifugasi
Sentrifugasi merupakan suatu teknik pemisahan yang dilakukan
berdasarkan sifat partikel dalam medan gaya sentrifugal. Partikel yang berbeda
dalam berat jenis, ukuran dan bentuk akan mengendap searah dengan arah gaya
sentrifugal yaitu arah jari-jari ke luar (menjauhi sumbu). Untuk partikel yang
akan dipisahkan biasanya disuspensikan dalam medium cairyang dimasukan
dalam tabung sentrifugal dan ditempatkan dalam motor yang berputar. Rotor
terdapat pada pusat sumbu simetri.
(Wirahadikusumah, 1989)
2.9 Salting Out dan salting in
Salting Out adalah metode untuk memisahkan protein berdasarkan
prinsip bahwa protein kurang terlarut di tinggi garam konsentrasi. Konsentrasi
garam

yang

diperlukan

untuk

protein

untuk mempercepat keluar

dari solusi berbeda dari protein terhadap protein. Proses ini juga digunakan
untuk berkonsentrasi mencairkan solusi dari protein. Dialisis dapat digunakan
untuk menghilangkan garam jika diperlukan.
Salting In ialah peningkatan dalam kelarutan (seperti yang diamati
untuk beberapa protein ) oleh larutan encer garam (dibandingkan dengan air
yang murni).
(Hart,1963)

2.10 Hidrofobik dan Hidrofilik

Ada hidrofobik asam amino dan hidrofilik asam amino dalam protein
molekul. Setelah pelipatan protein dalam larutan air, asam amino hidrofobik
biasanya membentuk kawasan lindung hidrofobik sementara asam amino
hidrofilik berinteraksi dengan molekul solvasi dan memungkinkan protein
untuk membentuk ikatan hidrogen dengan molekul-molekul air di
sekitarnya. Jika cukup permukaan hidrofilik protein, protein dapat dilarutkan
dalam air.
Ketika konsentrasi garam meningkat, beberapa dari molekul air tertarik
oleh ion garam, yang mengurangi jumlah molekul air yang tersedia untuk
berinteraksi

dengan

bagian

dibebankan

protein. Sebagai

akibat

dari

meningkatnya permintaan molekul pelarut, interaksi protein-protein lebih kuat

daripada interaksi pelarut-zat terlarut; molekul protein mengental dengan
membentuk hidrofobik interaksi satu sama lain. Proses ini dikenal sebagai
pengasinan keluar.
(Fessenden, 1986)
2.11 Presipitasi
Presipitasi merupakan peristiwa jatuhnya cairan (dapat berbentuk cair
atau beku) dari atmosphere ke permukaan bumi.
a. Presipitasi cair dapat berupa hujan dan embun
b. Presipitasi beku dapat berupa salju dan hujan es.
Ketika uap air mengembang, mendingin dan kemudian berkondensasi,
biasanya pada partikel-partikel debu kecil di udara. Ketika kondensasi terjadi
uap air dapat berubah menjadi cair kembali atau langsung berubah menjadi
padat(es, salju, hujan batu (hail)). Partikel-partikel air ini kemudian
berkumpul dan membentuk awan.Proses terjadinya :

 Penguapan air dari tubuh air permukaan maupun vegetasi akibat sinar
matahari atau suhu yang tinggi.
Pergerakan uap air di atmosfer akibat perbedaan tekanan uap air.
Uap air bergerak dari tekanan uap air besar ke kecil.
(Fessenden, 1986)
2.12 Strawberry
Buah khas strawberri berasal dari Amerika dan dikembangbiakan dengan
baik di daerah Amerika Utara untuk jenis Fragaria virginiana yang terkenal
akan rasanya dan Amerika Selatan, Chile untuk jenis Fragaria chiloensis untuk
ukuran besarnya.
Berikut adalah Scientific Clasification dari buah strawberry
Kingdom

: Plantae

Division

:Magnoliophyta

Class

: Magnoliopsida

Order

: Rosales

Family

: Rosaceae

SubFamily

: Rosoideae

Genus

: Fragaria

Species

: Fragaria ananassa
(Anonim, 2012)

Beberapa manfaat buah strawberry yang telah diketahui adalah untuk

menyusutkan kadar kolesterol, membantu melumpuhkan kerja aktif kanker
karena asam ellagic yang dikandungnya, meredam gejala stroke, mengandung
zat anti alergi dan anti radang, kaya akan vitamin C yang bermanfaat bagi
pertumbuhan anak, hanya sedikit mengandung gula sehingga cocok bagi
pengidap diabetes, jika dimakan secara teratur dapat menghaluskan kulit dan
membuat warna kulit terlihat lebih cerah dan bersih, dan mencegah terjadinya

keriput, dapat dijadikan sebagai pemutih gigi, dengan menghancurkannya

kemudian di tempelkan pada gigi selama satu atau dua menit, kemudian gosok
dengan sikat gigi secara menyeluruh, ampuh melawan encok dan radang sendi,
zat astringent yang terdapat di daun strawberri berkhasiat untuk menghentikan
serangan diare, caranya dengan meminum tiga hingga empat cangkir air hasil
rebusan daun strawberri.
(Anonim, 2012)
Adapun komposisi kimia buah strawberry dapat dilihat pada tabel berikut:

2.13 Nanas
Nanas berasal dari Brasilia (Amerika Selatan) di kawasan lembah Sungai
Parana, Paraguay. Bangsa Indian diduga melakukan seleksi dari berbagai jenis
nenas sehingga diperoleh jenis Ananas comosus yang enak dimakan dan
sekarang dibudidayakan secara luas diseluruh dunia. Beberapa kultivar nenas
berbeda dalam ukuran tanaman, ukuran buah, warna dan rasa daging buah,
serta ada atau tidaknya duri pada daun. Kultivar-kultivar tersebut tersebar
keseluruh wilayah sehingga memiliki nama yang berbeda-beda. Buah nenas
yang mempunyai arti komersial adalah Smooth Cayenne, Queen, Spanish dan
Abacaxi. Tanaman nenas merupakan famili Bromeliaceae atau bromeliad.

Famili ini terdiri atas 45 genus dan 2000 spesies. Secara sistematis tanaman
nenas diklasifikasikan sebagai berikut :
Divisio : Spermatophyta
Sub Divisio : Angiospermae
Class : Monocotyledoneae
Ordo : Ferinosae (Bromeliales)
Famili : Bromeliaceae
Genus : Ananas
Spesies : Ananas comosus (L.) Merr
Buah nanas kaya akan enzim bromelain. Yang berguna untuk melegakan
tenggorokan dan membantu pencernaan. Enzim bromelain mencerna protein di
dalam makanan dan menyiapkannya agar mudah untuk diserap oleh tubuh.
Nanas juga dapat digunakan untuk mengempukkan daging. Selain kegunaan di
atas. Nanas mengandung citric dan malic acid yang memberi rasa manis dan
asam pada buahnya. Asam ini membuat nanas menjadi bahan makanan yang
digunakan secara luas untuk membuat masakan asam manis. Bromelin
membantu

penyembuhan

luka

dan

mengurangi

pembengkakan

atau

peradangan di dalam tubuh.

(Chandra, 2007)

2.14 Enzim Bromelin

Menurut Hartadi (1980) bromelin merupakan salah satu jenis enzim
protease yang mampu menghidrolisis ikatan peptida pada protein atau
polipeptida menjadi molekul yang lebih kecil yaitu asam amino. Bromelin
banyak digunakan dalam bidang industri pangan maupun nonpangan seperti
industri daging kalengan, minuman bir dan lain-lain. Bromelin dapat diperoleh
dari tanaman nanas baik dari tangkai, kulit, daun, buah, maupun batang dalam
jumlah yang berbeda. Dilaporkan bahwa kandungan enzim bromelin lebih
banyak terdapat pada batang yang selama ini kurang dimanfaatkan. Distribusi
bromelin pada batang nanas tidak merata dan tergantung pada umur tanaman.
Kandungan bromelin pada jaringan yang umurnya belum tua terutama yang
bergetah sangat sedikit sekali bahkan kadang-kadang tidak ada sama sekali.
Sedangkan bagian tengah batang mengandung bromelin lebih banyak
dibandingkan dengan bagian tepinya.
(Hart,1963)
2.15 Enzim Protease
Enzim protease merupakan enzim yang dapat memecah dinding sel
untuk menghasilkan DNA. Enzim protease dapat digunakan sebagai pelembut
daging bagi daging yang liat supaya mudah dikunyah, dan membantu
menanggalkan kulit ikan dalam industri pengetinan ikan.Enzim exolite yang
termasuk dalam kelompok enzim protease ini juga digunakan di industri
penyamakan kulit.
(Hart,1963)
2.16 Analisa Bahan
2.16.1 Eter
Sifat Fisik

: Titik leleh -116,3oC, Titik didih 34,6oC

Sifat Kimia: Senyawa yang relative lembam (inert), biasanya tidak

bereaksi dengan asam encer ataupun basa encer,
digunakan sebagai pelarut organik.
(Hart, 2003)
2.16.2 NaCl
Sifat Fisik: Padatan kristalin putih. Densitas 2,17, titik leleh 801oC, Titik
didih 1413oC
Sifat Kimia: Larut dalam air dan sedikit larut dalam etanol, dijumpai
sebagai mineral dalam air laut
(Daintith, 1994)
2.16.3 Heksana
Sifat Fisik: Rumus molekul C6H14, didapat dari fraksi minyak bumi yang
ringan pada titik 69oC, Densitas 0,66
Sifat Kimia: Banyak digunakan sebagai pelarut, merupakan pelarut non
polar.
(Arsyad, 2000)
2.16.4 Akuadest
Sifat Fisik: Cairan tak berwarna, tak berasa dan tak berbau, berat
molekul 12,016gr/mol, Indeks bias 1,332, Titik leleh 0oC,
titik didih 100oC.
Sifat Kimia: Bersifat Polar, digunakan sebagai pelarut universal.
(Basri, 1996)
2.16.5 Sifat Fisik: Larutan tidak berwarna, rumus molekul C2H5OH, berat
molekul 46.0414 gr/mol, titik leleh -114.1, titik didih 78,
densitas 1.59.
Sifat Kimia: Larut dalam air, stabil dibawah suhu normal dan tekanan.
(Basri, 1996)

2.16.6 Deterjen
Detergen adalah campuran berbagai bahan, yang digunakan untuk
membantu pembersihan dan terbuat dari bahan-bahan turunan minyak
bumi. Dibanding dengan sabun, detergen mempunyai keunggulan antara
lain mempunyai daya cuci yang lebih baik serta tidak terpengaruh oleh
kesadahan air. Dalam Percobaan, deterjen ini biasa digunakan sebagai
inhibitor
(Anonim, 2010)
2.16.7 Strawberry (Sumber DNA)
Strawberry memiliki cukup banyak sumber DNA, yang mana
sebagai anti radikal bebas. Hal ini ditunjukkan oleh beberapa manfaat
buah strawberry yang telah diketahui adalah untuk menyusutkan kadar
kolesterol, membantu melumpuhkan kerja aktif kanker karena asam
ellagic yang dikandungnya, meredam gejala stroke, mengandung zat anti
alergi dan anti radang, kaya akan vitamin C yang bermanfaat bagi
pertumbuhan anak, hanya sedikit mengandung gula sehingga cocok bagi
pengidap diabetes, jika dimakan secara teratur dapat menghaluskan kulit
dan membuat warna kulit terlihat lebih cerah dan bersih, dan mencegah
terjadinya keriput, dapat dijadikan sebagai pemutih gigi.
(Anonim, 2012)
2.16.8 Bromelin
Bromelin merupakan salah satu jenis enzim protease yang mampu
menghidrolisis ikatan 15trawbe pada protein atau polipeptida menjadi
molekul yang lebih kecil yaitu asam amino.
(Hartadi, 1980)

III. METODE PERCOBAAN

3.1. Alat dan bahan
3.1.1 Alat
Pisau

Mesin blender

Rak tabung

Kertas saring

Gelas bekker

Spatula

Gelas Ukur

Batang pengaduk

Tabung reaksi

3.1.2 Bahan
Sampel DNA (Strawberri)

Etanol

Garam dapur

Ekstrak Bromelin (Nanas)

Detergen

Akuades

Eter

Kloroform

heksan

3.2 Gambar Alat

Pisau

Kertas saring Gelas Ukur

Batang pengaduk

Rak tabung

Gelas Beker

Spatula

Tabung Reaksi

Mesin Blender

3.3 Skema Kerja

3.3.1 Isolasi DNA dengan metode Sederhana
Deterjen + 56 ml akuades
Gelas Beker
Pengadukan selama 15 menit
Penimbangan 100g buah strawberry,10g buah nanas
dan1g Nacl
Pencucian buah strawberry dan nanas dengan akuades
Pemasukan 100g strawberry dan 10g nanas dalam
blender
Penambahan 1g NaCl dan 200 ml akuades
Pemblenderan selama 10 menit
Hasil
4 ml jus sampel + 4 ml detergen
Erlenmeyer

Pengadukan selama 10 menit

Penyaringan
Filtrat
Tabung
reaksi
Penambahan 9 ml etanol
Pengamatan
Pemisahan DNA dari larutannya
Residu

Residu

3.3.2 Karakterisasi DNA

Pellet DNA
Pelarutan pellet DNA dalam berbagai pelarut akuades, etanol,
eter, n-heksana dan kloroform
Penentuan maks dan nilai absorbansi
Penambahan HCl
Pengamatan proses denaturasi DNA
Penentuan maks dan nilai absorbansi
Hasil

IV. DATA PENGAMATAN

No
1

Perlakuan
Isolasi DNA dengan metode sederhana
- Pemasukan detergen dan 56 mL akuades
kedalam gelas beker
- Pengadukan selama 15 menit
- Penimbangan 100g buah strawberry,10g

Hasil
Larutan berwarna agak biru dan
berbusa

buah nanas dan1g Nacl

- Pencucian buah strawberry dan nanas
dengan akuades
- Pemasukan 100g buah strawberry dan 10g
buah nanas kedalam blender
- Penambahan 1g NaCl dan 200 mL akuades
- Pemblenderan selama 10 menit
- Pemasukan 4mL jus sampel dan 4mL
-

larutan detergen kedalam erlenmeyer

Pengadukan selama 10 menit, Penyaringan
Pemasukan filtrat kedalam tabung reaksi
Larutan berwarna merah muda
Penambahan 9 mL etanol,Pengamatan
Pengambilan pellet DNA
dan berbusa

Karakterisasi DNA
- Pelarutan pellet DNA dalam berbagai
pelarut: akuades, etanol, eter, n-heksan dan
kloroform

- Penentuan maks dan nilai absorbansi

Larutan berwarna merah muda

bening
Terbentuk gumpalan
bergelembung (DNA)
DNA larut sempurna dalam
akuades
DNA tidak larut sempurna dalam
etanol
DNA tidak larut dalam eter, nheksan dan kloroform

- Penambahan HCl dan pengamatan proses

denaturasi DNA
- Penentuan maks dan nilai absorbansi

maks : 345 nm
nilai absorbansi pada pelarut
akuades 0.357 nm
etanol 0.049 nm
eter 0.022 nm
n-heksan 0.005 nm
kloroform 0.024 nm
DNA terdenaturasi
maks : 345 nm
nilai absorbansi pada tiap pelarut
akuades 0.369 nm
etanol 0.049 nm
eter 0.047 nm
n-heksan 0.028 nm
kloroform 0.046 nm

V. HIPOTESA

Dalam percobaan Isolasi dan Karakterisasi DNA ini bertujuan, unutk

memperoleh dan menentukan sifat sifat (karakter) umum molekul DNA. Sampel
yang digunakan adalah buah strawberri dan nanas.

Pada percobaan ini

mempunyai prinsip, yakni perusakan sel ekstrak dari daun bawang secara
mekanik dan kimiawi agar terjadi penglisisan sel dan karakterisasi dengan
pengamatan kelarutan, penentuan panjang gelombang maksimum dan terjadinya
denaturasi dan renaturasi. Sedangkan metode yang digunakan dalam percobaan
ini adalah penglisisan sel dengan cara mekanik yaitu dengan pemblenderan dan
secara kimiawi dengan penambahan detergen. Dari percobaan ini diprediksikan
akan diperoleh DNA dari sampel strawberri dengan menmbahkan etanol 96%, dan
juga akan dilakukan karakterisasi dari DNA yang sudah dihasilkan dengan
identifikasi berupa Pelarutan, pengukuran panjang gelombang, dan denaturasi.
Pada pelarutan akan diprediksikan bahwa pelarutan terhadap pelarut polar DNA
yang dihasilkan akan larut semua, sedangkan pada pelarut non polar tidak larut.
Untuk menentukan sifat-sifat DNA, yaitu denaturasi dan renaturasi dilakukan
dengan pengukuran absorbansi pellet DNA pada berbagai variasi suhu . Pada
pengukuran panjang gelombang akan dihasilkan panjang gelombang maksimal
berkisar lebih dari 260 nm. Pada denaturasi dengan melakukan pemanasan
diprediksikan berupa penurunan nilai absorbansi jika dibandingkan pada kondisi
normal, yakni dari percobaan diperoleh hasil yaitu nilai absorbansi semakin
meningkat dengan meningkatnya suhu.

VI. PEMBAHASAN

Percobaan isolasi dan karakterisasi DNA bertujuan untuk memperoleh dan

menentukan sifat-sifat (karakter) umum molekul DNA. Sampel yang digunakan
adalah strawberry. Prinsip dari percobaan ini adalah perusakan sel ekstrak dari
strawberry secara mekanik dan kimiawi agar terjadi pemecahan sel dan
karakterisasi dengan pengamatan kelarutan, penentuan panjang gelombang
maksimum dan terjadinya denaturasi (suatu perubahan atau modifikasi terhadap
struktur sekunder, tersier, dan kuarterner molekul protein tanpa terjadinya
pemecahan ikatan ikatan kovalen) dan renaturasi (proses pembentukan kembali
struktur untai ganda dari keadaan terdenaturasi) dengan penambahan Sabun.
Metode yang digunakan adalah metode spektofotometri, yaitu pengukuran
panjang gelombang maksimum.
DNA merupakan master molekul (molekul utama) yang mengandung semua
informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap organisme.
Asam

ini

adalah

asam

polimer

yang

terdiri

dari

molekul-molekul

deoksiribosanukleat yang terikat satu dengan yang lain, sehingga membentuk

rantai polinukleotida yang panjang. Molekul DNA ini tersusun atas 3 komponen
utama yaitu gula deoksiribosa, basa nitrogen, dan phosphat yang membentuk
suatu nukleotida.
Basa purin yang terdapat dalam DNA adalah adenin dan guanin sedangkan
basa pirimidin yang terdapat dalam DNA adalah sitosin dan timin. Antara basabasa yang terdapat pada rantai asam nukleat ini terikat dengan suatu ikatan
hidrogen. Adenin dapat membentuk dua ikatan hidrogen dengan timin (A=T),
sedangkan Guanin dan sitosin dapat membentuk tiga ikatan hidrogen (G

C).

Ikatan yang terbentuk antara basa-basa tersebut dapat dilihat dari struktur
berikut:

H3C
N

H
HN

Timin
OH

Sitosin

HN

H
Guanin

Adenin
N

N
N

(Poedjiadi,1994)
Struktur sebagian dari molekul DNA adalah sebagai berikut:
NH2
5'

5'

CH2

3'

NH2

4'H
3'

OH

Adenin

NH

H 1'

2'

Sitosin

H
H

O
O

5'

O
5'

CH2

OH
H

3'

NH

Guanin

NH 2

5'

CH2

OH

3'

H3 C

NH
Tim in

5'

CH2

4' H
3'

2'

OH

1'

(Poedjiadi, 1994)
Molekul DNA yang panjang itu terbentuk oleh ikatan antara atom C nomor 3
dengan atom nomor 5 pada molekul deoksiribosa dengan perantaraan gugus
phosphat. DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi. Selain itu molekul

DNA juga dapat diisolasi yaitu yang terikat dan membentuk kromosom dan
ditemukan di nukleus, mitokondria, dan kloroplas.
6.1 Isolasi DNA
Isolasi DNA bertujuan untuk memeperoleh dan mengetahui pengaruh
jenis buah dan jenis sabun terhadap kualitas DNA yang dihasilkan dalam
proses isolasi. Pada percobaan ini sampel yang digunakan adalah strawberry.
Prinsip dari percobaan ini adalah pemecahan

membran sel dengan

pemblenderan dan penambahan sabun sehingga DNA dapat dikeluarkan dari

dalam sel. Sabun yang digunakan dalam percobaan ini adalah bentuk cair.
Yaitu yaitu sabun cair (rinso cair).
Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain:
preparasi ekstrak sel, pemurnian DNA dari ekstrak sel, dan presipitasi DNA.
Isolasi DNA dapat dilakukan dengan beberapa cara tetapi setiap jenis
tumbuhan akan memberikan hasil yang berbeda. Hal ini dikarenakan adanya
senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat
menghambat pemurnian DNA.
Sampel strawberry memiliki kandungan air yang cukup tinggi, maka
tidak digunakan banyak aquadest dalam proses pemblenderan agar DNA
yang terpresipitasi bisa lebih banyak. karena semakin rendah kadar air maka
sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin banyak, sehingga DNA yang
terpresipitasi juga akan banyak.
Tahap pertama dari isolasi DNA yaitu pengeluaran DNA dari sel dengan
jalan merusak dinding dan membran sel dan juga membran inti. Perusakan
dapat dilakukan dengan cara mekanik atau cara kimiawi. Cara mekanik
adalah dengan pemblenderan sedangkan cara kimiawi adalah dengan
menambahkan senyawa kimia, misalnya sabun contohnya detergen.
Pemblenderan strawberry dan nanas bertujuan untuk merusak membran
dan dinding sel sehingga DNA dapat dikeluarkan. Pemblenderan ini
dilakukan dengan menambahkan sedikit aquadest yang berfungsi untuk

mempermudah pemblenderan. Penambahan aquadest tidak dalam jumlah

banyak karena apabila larutan terlalu encer maka DNA yang terpresipitasi
akan semakin sedikit. Hal ini disebabkan sel yang lisis di dalam air akan
lebih sedikit jika dibanding dengan larutan kental. Penambahan garam dapur
pada saat pemblenderan bertujuan untuk mengendapkan DNA dimana garam
akan berikatan dengan phosphat dan pada saat itulah DNA berkumpul.
Penambahan garam menyebabkan protein dan karbohidrat terpresipitasi ke
dalam larutan yang kemudian tersaring pada proses penyaringan. Garam
dapur juga berfungsi sebagai lysing buffer yaitu menjaga pH larutan agar
tetap konstan sehingga tidak terjadi denaturasi DNA. Buah nanas digunakan
sebagai bahan tambahan untuk mengisolasi DNA karena buah nanas mampu
memudahkan proses presipitasi DNA. Di dalam buah nanas terkandung
enzim bromelin yang merupakan golongan enzim protease, dimana enzim itu
mampu menghidrolisis ikatan peptida pada protein atau polipeptida menjadi
molekul yang lebih kecil yaitu asam amino.
Sampel kemudian ditambah dengan larutan sabun dan dilakukan
pengadukan. Penambahan sabun berfungsi untuk merusak membran sel dan
membran inti sehingga DNA dapat dikeluarkan dari sel. Sabun di sini
berfungsi untuk menggantikan senyawa-senyawa kimia seperti lisozim
(adalah enzim yang memutuskan ikatan -1,4-glikosida antara asam-N-asetil
glukosamin dengan asam-N-asetil muramat pada peptidoglikan)

yang

mampu mempengaruhi kerja senyawa polimerik sehingga kekuatan sel tidak

lagi dapat terjaga dan EDTA (etilendiamintetraasetat) yang berfungsi untuk
menghilangkan ion Mg2+ yang penting untuk mempertahankan struktur
selubung sel serta menghambat enzim yang dapat merusak DNA.
Sabun sendiri mengandung sodium dodesil sulfet (SDS) yang dapat
menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membran sel sehingga struktur
membran akan rusak dan menglisiskan isi sel. Sabun akan merusak membran
sel melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik. Sabun juga

mempunyai ujung yang berbeda yaitu hidrofilik dan hidrofobik sehingga

dapat membentuk ikatan. Pengadukan bertujuan untuk mempercepat proses
pengrusakan membran sel, membran inti dan dinding sel oleh detergen.
Kemudian dilakukan penyaringan yang bertujuan untuk memisahkan
endapan dengan filtratnya, dimana endapan ini merupakan kontaminan yang
berupa tubuh sel buah tersebut. Hasil penyaringan ditambahkan dengan
etanol 96% dingin yang bertujuan untuk mempermudah proses presipitasi
DNA. Sehingga DNA yang telah terkumpul akan mampu terpisah dari
larutan dan membentuk lapisan-lapisan yang dapat diidentifikasi unsur
penyusunnya. Etanol bersifat polar sehingga dapat melarutkan DNA yang
juga bersifat polar. Setelah penambahan etanol dingin larutan didiamkan dan
diamati DNA yang terbentuk.
6.2 Karakterisasi DNA
Karakterisasi DNA dilakukan bertujuan untuk mengetahui sifat-sifat
molekul DNA. Karakterisasi DNA dilakukan dengan pengamatan kelarutan
dengan variasi pelarut yaitu aquadest, kloroform, etanol, eter, dan n-heksan.
Karakterisasi juga dilakukan dengan menggunakan spektrofotometer untuk
memperoleh maksimum dan dengan pengamatan denaturasi dan renaturasi
dengan penambahan asam yaitu HCl.
Pellet DNA yang terbentuk dilarutkan dalam pelarut yang berbeda yaitu
aquadest, etanol, kloroform, eter, dan n-heksan yang sifat kepolarannya
berbeda - beda. Dimana aquadest merupakan pelarut polar, etanol polar, eter,
kloroform dan n-heksan adalah pelarut non polar. Dari percobaan ini
diperoleh hasil pellet DNA larut baik dalam aquadest, dan larut tak sempurna
dalam etanol, tetapi tidak larut dalam kloroform, eter, dan n-heksan. Hal ini
terjadi karena DNA bersifat polar, sedangkan eter, kloroform dan n-heksan
bersifat non polar, maka pelarut n-heksan, eter, dan kloroform tidak dapat
melarutkan DNA, berbeda dengan aquadest yang mempunyai sifat polar

makan bisa melarutkan baik DNA, untuk etanol, karena kepolaran dari DNA
lebih besar dari pada etanol, maka etanol tidak dapat melarutkan DNA.
Pelarutan ini berdasarkan prinsip like disolve like, dimana pelarut polar
akan melarutkan zat yang bersifat polar sedangkan pelarut non polar akan
melarutkan zat yang bersifat non polar.
Kemudian dilakukan pengukuran absorbansinya untuk menentukan
panjang gelombang maksimumnya.

Pengukuran panjang gelombang

maksimum ini dilakukan dari DNA yang sudah dilarutkan dalam berbagai
pelarut dan yang sudah diberi asam HCl.
Dari percobaan diperoleh hasil yaitu nilai absorbansi pada masing
masing pelarut sebelum di tambahkan HCl adalah dengan pelarut akuades
0.357 nm, etanol 0.049 nm, kloroform 0.024 nm, eter 0.022 nm dan n-heksan
0.005 nm. Sedangkan nilai absorbansi setelah penambahan HCl adalah
dengan pelarut akuades 0.369 nm, etanol 0.049 nm, kloroform 0.046 nm, eter
0.047 nm dan n-heksan 0.028 nm.
Pengamatan denaturasi dan renaturasi DNA dilakukan dengan penentuan
absorbansi pada panjang gelombang maximum dengan adanya penambahan
asam kuat yaitu HCl. Proses denaturasi pada DNA terjadi akibat adanya
penambahan asam yang dapat mengubah konformasi rantai DNA dari double
helix menjadi rantai tunggal kelix. Pada percobaan ini tidak dilakukan proses
renaturasi.

VII. PENUTUP
7.1 Kesimpulan

7.1.1

DNA dapat diperoleh dengan perusakan sel ekstrak dari strawberry dan
nanas secara mekanik (dengan pemblenderan) dan kimiawi (dengan

7.1.2

penambahan deterejen)
Dari percobaan ini diperoleh hasil pellet DNA larut baik dalam
aquadest, dan larut tak sempurna dalam etanol, tetapi tidak larut dalam

7.1.3

kloroform, eter, dan n-heksan.

Pengukuran dilakukan pada panjang gelombang maksimum sebesar

7.1.4

345 nm.
Dari percobaan diperoleh hasil yaitu nilai absorbansi pada masing
masing pelarut sebelum di tambahkan HCl adalah dengan pelarut
akuades 0.357 nm, etanol 0.049 nm, kloroform 0.024 nm, eter 0.022
nm dan n-heksan 0.005 nm. Sedangkan nilai absorbansi setelah
penambahan HCl adalah dengan pelarut akuades 0.369 nm, etanol
0.049 nm, kloroform 0.046 nm, eter 0.047 nm dan n-heksan 0.028 nm.

7.2 Saran
7.2.1 Hati- hati pada saat menggunakan alat spektrofotometer
7.2.2 Teliti pada saat mengukur absorbansi
7.2.3 Teliti pada saat menimbang sampel

DAFTAR PUSTAKA
Anonim, 2010, Deterjen, dalam http://www.chem-is-try.org/2010/sabun-dan-deterjen/
Anonim, 2012, Stroberri, dalam http: //www.plantamor.com/index.php?plant=604
Arsyad, M., 2000, Kamus Kimia, Erlangga, Jakarta

Basri, S., 1996, Kamus Kimia, P.T Rineka Cipta, Jakarta

Chandra, 2007, Nanas, dalam http://dchandra.wordpress.com/2007/11/06/nanas-buahdengan-banyak-manfaat/
Daintith, J., 1994, Kamus Lengkap Kimia, Erlangga, Jakarta
Fessenden, R., 1986, Kimia Organik, Erlangga, Jakarta
Hartadi H., 1980, Komposisi bahan Makanan Indonesia : data Ilmu makanan untuk
Indonesia, UGM, Yogyakarta
Hart, H., 1963, Organic Chemistry A Short Course, Houghton Milli and Company,
Boston
Lehninger, 1982, Dasar-Dasar Biokimia, Erlangga, Jakarta
Mahmud, 2006, Penentuan LC 50 48 jam detergen dan Pengaruhnya terhadap
Mortakitas Larva Ikan Mas Ras Punten dengan Tipe Ploidi yang berbeda,
Jurusan Biologi FMIPA, Malang
Surya, 1989., Genetika, Binarupa Aksara, Jakarta
Wirahadikusumah, M., 1989, Biokimia : Protein, Enzim dan Asam Nukleat, ITB,
Bandung

LEMBAR PENGESAHAN
Semarang, 26 Desember 2012
Praktikan 1

Praktikan 2

Praktikan 3

Retno Sari

Sapta Nur Azizah

Marwan Faisal

NIM. 24030110110014

NIM. 24030110130053

NIM. 24030110130057

Praktikan 4

Praktikan 5

Praktikan 6

Sundari Putri Pilyang

Dahlia Nurmalasari P .

Arif Rahman Hakim

NIM. 24030110141010

NIM. 24030110141021

NIM. 24030110141033

Mengetahui,
Asisten

Fatria Isrami
NIM. J2C00967