LAPORAN PRAKTIKUM GENETIKA II

“ISOLASI DNA PROKARIOT”

NAMA : FADILLAH MUTIA

NIM : 19031073
PRODI/KELAS : PENDIDIKAN BIOLOGI/A
DOSEN : Dr. SYAMSURIZAL., M.Biomed.
ASISTEN DOSEN : 1. Aditya Willy Putra
2. Lisna Khairiyah

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS NEGERI PADANG

2021
 PRAKTIKUM 3
ISOLASI DNA GENOMIK PROKARIOTA

A. Tujuan

1. Praktikan memahami prinsip kerja isolasi DNA

2. Praktikan mengetahui prosedur kerja isolasi DNA dari kultur bakteri

(prokariota)

B. Waktu dan Tempat

Hari/Tanggal : Rabu, 08 September 2021

Pukul : 13.20-15.50 WIB.

Tempat : Jalan Lolo Gunung Sarik

C. Dasar Teori
Sebelum tahun 1970, DNA merupakan molekul sel yang paling sulit untuk
dianalisis. Deoxyribo nucleic acid (DNA) merupakan cetak biru suatu makhluk hidup
dengan kemampuan menyimpan dan menggandakan informasi genetik yang terdapat
di dalamnya. Namun sejalan dengan perkembangan ilmu genetika dan penemuan
teknologi DNA rekombinan atau rekayasa genetik, hal tersebut menjadi lebih mudah.
Perubahan yang mendasar adalah ditemukannya cara untuk memurnikan dan
memperbanyak fragmen DNA. Penemuan enzim restriksi oleh Smith dan Wilcok
(1970) dan Heitman (1993), penemuan vektor kloning oleh Cohen et al. (1973) dan
Bolivar et al. (1977), isolasi enzim DNA ligase oleh Higgins dan Cozzarelli (1979)
menjadi pembuka dan berharga bagi perkembangan teknologi rekayasa genetik.
DNA suatu organisme terdapat dalam kromosom dan di luar kromosom (DNA
ekstrakromosom). Plasmid, kloroplas dan mitokondria merupakan sumber DNA
diluar kromosom. DNA di luar kromosom diperoleh selama evolusi melalui proses
endosimbiosis antara organisme bersel tunggal (prokariot) membentuk organisme
bersel banyak/multiseluler atau eukariot. DNA kromosom dan ekstrakromosom
bekerjasama menjaga kelangsungan hidup suatu organisme.
Materi genetik atau DNA dari berbagai makhluk hidup dapat diambil dan
dilihat. Selanjutnya DNA tersebut dapat diperbanyak untuk digunakan bagi analisis
dan keperluan lebih lanjut. Isolasi DNA merupakan tahapan pertama yang harus
dilakukan untuk mengambil DNA dari sel makhluk hidup.
Isolasi DNA genom membutuhkan penyiapan DNA kromosom dengan
kualitas yang baik karena akan digunakan untuk berbagi manipulasi genetik yang
lain. Sejak analisis genom dilakukan untuk banyak sampel dan DNA genom tersebut
dipakai dalam waktu yang lama maka dibutuhkan suatu upaya besar agar diperoleh
kualitas DNA yang baik dalam jumlah besar.
Isolasi atau pengambilan DNA dari makhluk hidup terbagi atas beberapa
tahapan yaitu penumbuhan dan perbanyakan sel, penghancuran dinding sel,
penghilangan RNA dan protein serta pemurnian DNA. Sel akan ditumbuhkan dan
diperbanyak dalam medium dalam tenggang waktu 24 jam lalu dipanen pada saat sel
membelah secara aktif pada umur sel yang muda agar DNA mudah diambil. Medium
untuk perbanyakan sel harus mengandung nutrient penting yang dibutuhkan oleh sel.
Medium untuk penumbuhan sel bakteri biasanya menggunakan medium Luria
Bertani (Brown, 1995).
Sel organisme terbungkus oleh membran sitoplasma dan dikelilingi oleh
dinding sel yang kuat terdiri dari ikatan antara protein dan lemak. Semua pelindung
materi genetik organisme tersebut harus dipecah untuk mengeluarkan bagian dalam
sel termasuk DNA. Penghancuran dinding sel dapat dilakukan dengan cara mekanik,
kimiawi dan enzimatik. Secara mekanik isolasi DNA menggunakan getaran
ultrasonik atau sonikasi dan penggerusan. Enzim lisozim biasanya digunakan untuk
memecah dinding sel secara enzimatik untuk mengeluarkan DNA. Enzim lisosim
akan mendigesti senyawa polimerik yang menyebabkan kekakuan dinding sel.
Larutan kimiawi pemecah dinding sel biasanya menggunakan detergen seperti etilen
diamina tetra asetat (EDTA), sodium klorida, atau sodium dodesil sulfat. Bahan kimia
EDTA akan menghilangkan ion magnesium yang mempertahankan keutuhan
selubung sel dan menghambat aktivitas enzim perusak DNA. Bahan deterjen seperti
SDS akan menghilangkan molekul lemak sehingga merusak membran sel. Bagian sel
yang tidak dikehendaki selain DNA atau kontaminan dihilangkan dengan cara
pengendapan menggunakan fenol, kloroform dan IAA (Indol acetic acid). Pemurnian
dan pemekatan DNA dilakukan menggunakan etanol (Watson, 1988).
Prinsip dasar isolasi DNA umumnya terdiri atas perbanyakan atau kultivasi
sel sehingga diperoleh DNA dalam jumlah besar. Kultivasi sel kemudian diakhiri
dengan panen sel pada saat usia sel mencapat tingkat pembelahan tertinggi dan
kepadatan sel terbesar. Selanjutnya dilakukan pemecahan dinding sel dengan bantuan
enzim. Pada saat itu, dibutuhkan detergen untuk membantu lisis inti sel dan
melepaskan DNA. Sel biasanya akan lisis dalam larutan SDS yang mengandung
sukrosa. Sukrosa dibutuhkan untuk meningkatkan viskositas sel dan membantu
mengeluarkan DNA. Setelah DNA diperoleh maka harus dilindungi dari nuklease dan
dibebaskan dari kontaminasi protein lain. Kontaminasi protein akan menghambat
reaksi enzimatik pada tahap manipulasi berikutnya. Aktivitas nuklease akan dihambat
oleh EDTA sedangkan degradasi protein akan dilakukan oleh Protease K. Selanjutnya
DNA akan dimurnikan menggunakan ekstraksi fenol dan dipresipitasi menggunakan
etanol.
Penentuan kemurnian dan konsentrasi DNA dilakukan dengan cara mengukur
absorbansi DNA dengan spektrofotometer (OD) pada panjang gelombang 260 nm
dan OD 280 nm. Kemurnian DNA diperoleh dari rasio antara absorbansi pada OD260
dan OD280. Kemurnian kurang dari 1.8 menunjukkan bahwa DNA telah
terkontaminasi dengan fenol dan protein. Nilai kemurnian diatas 1.8 menunjukkan
DNA telah terkontaminasi RNA (Kusumaningrum, dkk., 2015: 50-51).

Genomics adalah studi tentang semua gen dalam suatu organisme untuk
memahami molekulnya organisasi, fungsi, interaksi, dan evolusi sejarah. Urutan
genom dari ratusan spesies telah disediakan sejumlah besar data untuk analisis dan
perbandingan. Selain urutan genom, metode juga tersedia untuk mengidentifikasi gen
mana dalam genom ditranskripsi dalam jenis jaringan tertentu, di waktu tertentu
dalam pengembangan, atau pada tahap yang berbeda dari siklus sel. Ini adalah data
mentah genomik, yang berhubungan dengan urutan DNA, organisasi, fungsi, dan
evolusi genom (Hartl, 2020: 2, 318).

Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan senyawa kimia yang paling penting

dalam makhluk hidup. DNA merupakan senyawa yang mengandung informasi
genetik makhluk hidup dari satu generasi ke generasi selanjutnya (Suryo 2004).
Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom. Genom meliputi bagian
gen yang fungsional maupun non-fungsional dalam sel organisme. DNA genom
meliputi gen dan Intergen.
DNA organisme prokariot dan eukariot mempunyai perbedaan bentuk.
Organisme prokariot memiliki DNA berbentuk sirkular, sedangkan organisme
eukariotik mempunyai DNA berbentuk linier. DNA eukariot terletak dalam inti sel,
sedangkan DNA prokariot terletak dalam sitoplasma.
Kromosom adalah suatu struktur makromolekul yang berisi DNA di mana
informasi genetik dalam sel disimpan. sekuens DNA yang terletak pada kromosom
disebut DNA Kromosomal. Kata kromosom berasal dari kata khroma yang berarti
warna dan soma yang berarti badan Kromosom terdiri atas dua bagian, yaitu
sentromer / kinekthor yang merupakan pusat kromosom berbentuk bulat dan lengan
kromosom yang mengandung kromonema & gen berjumlah dua buah (sepasang.
Kromosom adalah pembawa gen yang terdapat di dalam inti sel (nukleus).
Kromosom terdiri dari DNA, RNA (asam ribo nukleat) dan protein. Kromosom
homolog (2n) adalah kromosom yang terdapat berpasangan dan memiliki struktur dan
komposisi yang sama. sel
yang memiliki 2n kromosom (kromosom homolog) disebut sel diploid. Bila tidak
berpasangan kromosom diberi simbol n kromosom. Sel dengan n kromosom adalah
sel haploid, misalnya sel kelamin jantan saja atau sel kelamin betina saja.
Plasmid bekteri yang biasanya merupakan molekul DNA untai ganda dengan
ukuran dari 1 kb sampai dengan lebih dari 200 kb. Plasmid ini terdapat dalam
berbagai spesies bakteri dan merupakan satuan genetik tambahan yang bereplikasi
dengan tidak tergantung pada kromosom bakteri dan diturunkan kepada anakan. Akan
tetapi, dalam replikasi dan transkripsi tetap tergantung pada enzim yang terdapat pada
sel inang. Biasanya, plasmid membawa gen yang menjadi enzim yang pada keadaan
tertentu menguntungkan sel inang, di antaranya resisten terhadap antibiotik, produksi
antibiotik, degradasi senyawa organic kompleks, produksi kolkisin, produksi
enterotoksin, enzim restriksi, dan enzim modifikasi.
Plasmid sebagai DNA ekstrakromosomal merupakan molekul DNA pada sel
bakteri, berbentuk bulat kecil yang berbeda dan merupakan
tambahan dari molekul DNA utama pada kromosom bakteri. Kebanyakan plasmid
adalah sirkular dan tersusun dari beberapa ribu pasangan
basa. Plasmid mempunyai titik ori (origin of replication) sehingga mampu
mereplikasi diri tanpa pengaturan dari DNA kromosom. Replikasi dimulai dari titik
ori hingga semua plasmid tereplikasi.
Berbagai tipe plasmid telah ditemukan pada sel bakteri. Distribusi plasmid
pada bakteri bersifat sporadis karena ada bakteri yang mengandung plasmid tetapi ada
juga yang tidak, misalnya pada sel E.coli terdapat plasmid F yang menyebabkan
bakteri ini mempunyai sifat konjugatif tertentu. Plasmid F biasa digunakan sebagai
vector untuk membawa DNA yang akan disisipkan pada genom sel target. Plasmid
juga merupakan alat yang efisien untuk mengamplifikasi klon DNA karena memiliki
kopi yang sangat banyak per selnya.
Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan
lain seperti protein, lemak, dan karbohidrat. Prinsip utama dalam isolasi DNA ada
tiga yakni penghancuran (lisis), ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat
seperti selulosa dan protein, serta pemurnian DNA.
Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA.
Prinsipnya ada dua, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Sentrifugasi merupakan teknik
untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul
yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan
molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung. Hasil sentrifugasi akan
menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu supernatan pada bagian atas dan
pelet pada bagian bawah. Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk
mengendapkan suatu komponen dari campuran (Fatawy, 2014: 1-3).

Isolasi DNA genom sangat penting dalam rangka pengklonan DNA atau gen
sasaran. Konstruksi pustaka genom dan pengklonan DNA membutuhkan DNA yang
utuh agar fragmen DNA betul-betul berasal dari proses pemotongan enzimatik yang
sangat spesifik. Bila terpotongnya DNA bukan karena reaksi enzimatik, maka
fragmen DNA tersebut sulit disambungkan dengan DNA dari vektor pengklonan.
Oleh sebab itu isolasi DNA genom yang utuh sangat diperlukan bila DNA tersebut
akan diproses untuk pengklonan (Anam, 2010).

Isolasi atau ekstraksi DNA dari suatu sampel adalah proses memurnikan DNA
dari komponen-komponen penyusun sel. Sampel yang digunakan dapat berupa
jaringan, sel tanaman atau hewan, darah, kultur bakteri, DNA virus atau sampel
lainnya yang mengandung DNA. Prinsip kerja isolasi DNA cukup mendasar yakni
menghancurkan membran sel untuk membuat DNA terpapar dan kemudian
memisahkannya dari komponen sel lainnya.
Ada banyak metode dalam mengisolasi DNA baik secara fisik maupun secara
kimia, bergantung pada jenis sampel biologis yang digunakan. Namun, pada intinya
proses isolasi DNA terdiri atas tiga tahap berikut:
1. Lisis sel
Bertujuan merusak membran sel atau dinding sel untuk mengeluarkan DNA
dan protein dari dalam sel.
2. Pemisahan protein
Protein dipisahkan dengan cara menambahkan protease atau presipitasi
dengan amonium asetat, kemudian disentrifuga sehingga protein akan
mengendap.
3. Pemurnian DNA

DNA dicuci dengan isopropanol dan kemudian dengan etanol. DNA bersifat
tidak larut pada isopropanol dan etanol.
 Metode isolasi DNA secara umum dikategorikan menjadi dua kategori, yaitu
metode ekstraksi DNA berbasis kimia dan metode ekstraksi DNA berbasis fisika
(solid-phase). Masing-masing metode bervariasi sesuai dengan bahan atau media
yang digunakan dalam mengisolasi DNA, seperti pada bagan di bawah ini.

Gambar 1 Berbagai jenis metode ekstraksi DNA

Sel prokariota, dalam hal ini adalah bakteri, merupakan jenis sel yang
memiliki struktur sangat sederhana. Sehingga proses isolasi DNA sel bakteri lebih
mudah dibandingkan sel tumbuhan, hewan dan manusia. Adapun tahap isolasi DNA
genomik bakteri pada prinsipnya sama, yakni lisis sel, pemisahan DNA dari protein
dan komponen sel lainnya, dan pemurnian DNA. Namun, bakteri memiliki dinding
sel yang berbeda dari organisme lain. Dinding sel bakteri mengandung peptidoglikan
yang terletak di luar membran sitoplasmik. Peptidoglikan berperan dalam kekerasan
dan memberikan bentuk sel. Ada dua tipe utama bakteri berdasarkan kandungan
peptidoglikan dinding selnya yaitu Gram positif dan Gram negatif. Perbedaan jenis
bakteri seperti bakteri gram-negatif dan positif juga menjadi dasar perbedaan teknik
isolasi DNA pada bakteri (Tim Praktikum Genetika II, 2021: 1-2).
 Efisiensi rekombinasi genetik homolog tergantung pada panjang dan tingkat
identitas urutan DNA yang dimiliki oleh dua molekul induk, dan pada sistem
enzimatik seluler yang terlibat dalam rekombinasi genetik dan pengeditannya.
Persilangan antara spesies bakteri yang berbeda menunjukkan bahwa rekombinasi
frekuensi menurun secara eksponensial dengan meningkatnya divergensi urutan (1).
Rekombinasi antara DNA yang berbeda oleh blok besar heterologi adalah cukup
efisien, sedangkan rekombinasi antara DNA berbeda dengan jarak yang baik mutasi
titik dikurangi atau dihambat (2). Pengamatan ini menunjukkan bahwa penentu utama
isolasi genetik antara genom bakteri yang terkait erat spesies adalah divergensi urutan
netral yang disebabkan oleh mutasi titik, bukan daripada heterologi besar (Vaughan,
2010:149).
D. Alat dan bahan
Alat Bahan
1. Mikropipet berbagai ukuran 1. Kultur bakteri
2. Bunsen 2. ddH2O steril atau buffer TE pH 8
3. Oose steril
4. Heatblock/waterbath 3. Microtube 1,5 ml steril
5. Vortex 4. Tips berbagai ukuran
6. Stopwatch 5. Alkohol semprot
7. Refrigerated-centrifuge 6. Tisu
8. Nanophotometer
9. Wadah limbah

E. Cara / Prosedur Kerja

1. Dosen/asisten praktikum menjelaskan dan memperagakan prosedur kerja
secara umum kepada praktikan melalui video tutorial yang sudah diunggah ke
elearning2.unp.ac.id atau di kanal youtube “Praktikum Virtual Genetika II
Biologi FMIPA UNP” dengan link videonya adalah sebagai berikut:
https://youtu.be/McdwtJNU5Q4 (Keterangan: Video ini merupakan gabungan
video isolasi DNA prokariotik dan eukariotik. Untuk praktikum ini Anda
cukup menyimak bagian isolasi DNA prokariotik dan cara pengukuran
konsentrasi & kemurnian DNA dengan Nanophotometer saja)
2. Praktikan membaca penuntun praktikum virtual dan menonton video tutorial
agar dapat memahami prosedur kerjanya.
3. Wajib menggunakan jas lab, sarung tangan, dan masker (video menit ke 0:00
- 3:15).
Isolasi DNA dari Kultur Bakteri (Prokariota) Menggunakan Metode Boiling
(Heat Treatment)

No Prosedur Kerja Keteranga

. n
1. Siapkan heatblock/waterbath lalu atur suhu 95-100o C.
2. Bersihkan area kerja dengan alkohol 70% dan siapkan peralatan
untuk
cuplik koloni bakteri secara aseptik.
3. Cuplik 1-2 koloni bakteri menggunakan tips steril/oose dari
kultur bakteri, lalu masukkan ke dalam microtube 1,5 ml steril
video
yang sudah diisi dengan
 ddH2O atau buffer TE pH 8 steril sebanyak 100-500 μl. menit ke
21:38 -
29:31
4. Inkubasi di dalam heatblock/waterbath selama 10 menit.
5. Sentrifugasi pada kecepatan 2.000 rpm selama 5 menit.
6. Pisahkan supernatan yang mengandung DNA dari pellet bakteri
ke dalam microtube steril menggunakan mikropipet. Hati-hati
jangan sampai pellet
bakteri ikut terbawa.
7. Ukur konsentrasi dan kemurnian DNA menggunakan
Nanophotometer.
8. Simpan sampel DNA pada suhu -20 oC.

Pengukuran Konsentrasi dan Kemurnian DNA dengan Nanophotometer

No Prosedur Kerja Keteranga
. n
1. Nyalakan alat Nanophotometer sesuai SOP alat! video menit
2. Pipet 2 μL ddH2O steril/Buffer TE (pelarut DNA) sebagai ke 18:21 -
blanko, lalu bersihkan dengan tisu! 20:05
3. Pipet 2 μL sampel DNA, lalu ukur konsentrasinya!
4. Apa kriteria suatu sampel DNA memiliki kemurnian yang baik?
5. Simpan sampel DNA pada suhu -20 oC!
 F. Hasil Pengamatan

Kemurnian
No. Bakteri Data Nanophotometer Konsentrasi (nilai
absorbansi)
1. E. coli 106.30 A260/A280
=1.643

2. Staphylo- 150.00 A260/A280

Coccus =1.520
aereus

3. Bakteri 304.50 A260/A280

isolat =2.013
JDT

4. Bakteri 221.95 A260/A280

isolat =1.864
BJT
 G. Pembahasan

Praktikum pertama matakuliah Genetika II sesuai dengan penuntun yang

telah disediakan merupakan praktikum ke-3 pada daftar isi. Praktikum ini
dilaksanakan secara daring (dalam jaringan) dari rumah masing-masing praktikan
melalui video yang telah diunduh kemudian untuk ditonton serta dipelajari melalui
platform e-learning. Di platform juga telah disediakan masing-masing bagian
penuntun dari praktikum yakni praktikum isolasi DNA genomic prokariota yang
merupakan praktikum pertama yang dilaksanakan bersama asisten laboratorium
melalui WAG.

Berdasarkan video kita dapat menyimpulkan bahwa isolasi atau ekstraksi

DNAdari suatu sampel adalah kegiatan memurnikan DNA dari komponen-komponen
penyusun sel lainnya. Prinsip dari isolasi yang paling mendasar adalah cukup
menghancurkan membra sel agar DNA menjadi terpapar dan kemudian kita pisahkan
dari komponen-komponen penyusun sel lainnya. Ada banyak metode untuk
melakukan isolasi DNA baik secara fisik maupun kimia namun setidaknya ada 3
tahapan yaitu:

1. Lisis sel
2. Pemisahan dari protein dan komponen-komponen sel lainnya
3. Pemurnian DNA
Jangan lupa menggunakan jas lab, masker dan glove untuk menghindari DNA
terpapar enzim nuclease yang berasal baik dari cipratan air ludah praktikan maupun
kontak langsung dengan tangan.
Fungsi dari alat dan bahan yang digunakan yaitu:
1. Mikropipet

Berfungsi untuk mengambil larutan dalam jumlah sedikit berukuran 20-200

mikrolit dan 100-1000 mikrolit
 Gambar 1. Mikropipet

2. Tips berbagai ukuran

Berfungsi untuk menampung larutan yang sudah diambil menggunakan
mikropipet
3. Jarum ose, mikrotube dan rak mikrotube, tabung reaksi dan rak tabung reaksi

Gambar 2. Jarum ose

Gambar 3. Microtube
4. Vortex
Berfungsi untuk menghomogenkan larutan. Cara menggunakan cukup dengan
meletakkan larutan di bagian atas
 Gambar 4. Vortex
5. Kultur bakteri sebagai contoh sampel prokariot

Sesuai dengan cara langkah kerja di bagian poin E hal-hal penting bagi
praktikan tertulis di bagian pembahasan ini untuk tahap isolasi eukariot, saat proses
sentrifus dimana setelah dilakukan tahapan ini akan terdapat 3 endapan, endapan
teratas berwarna bening adalah RNA (supernatan) nantinya akan dibuang, endapan
ditengah berwarna putih adalah DNA, dan endapan terbawah berwarna merah adalah
fenol. Lalu pada tahap presipitasi, tambahkan larutan etanol absolut 0,3 ml ke dalam
sampel yang telah dibuang supernatannya tadi. Selanjutnya pada tahap pencucian
DNA kita tambahkan larutan 1 ml sodium sitrat 0,1 M 10 % ke dalam sampel. Akan
terbentuk lagi endapan 3 lapis teratas supernatant, ditengah DNA dan terbawah
berwarna merah sisa etanol. Hal tersebut diatas diulang sebanyak 2x untuk
memastikan semua supernatan habis. Setalah pellet kering, tambahkan larutan 1
mikrolit NaOH lalu mikrotube disentil-sentil. Lalu tahap selanjutnya tambahkan
larutan TE dan homogenkan. Setelahnya lihat konsentrasi DNA menggunakan
nanodrop. Lalu ukur konsentrasi menggunakan fotonanometer. Blanko yang
digunakan yaitu akuades. Didapatkan kemurnian sebesar 40,300 untuk sampel
bakteri.

Teknik isolasi DNA prokariota menggunakan bakteri ini menggunakan

metode heatboiling dengan memanfaatkan panas tinggi untuk memecahkan (lisis)
dari dinding sel itu sendiri. Teknik lebih sederhana dibandingkan teknik isolasi DNA
eukariot diatas karna tidak memiliki dinding sel sehingga DNA bisa langsung lepas
setelah melalui tahapan ini. Alat yang digunakan yaitu 2 mikrotube, jarum ose,
mikropipet dan tips nya, Bunsen dan korek. Untuk bahan praktikan cukup
menggunakan akuabides yang sudah steril sebanyak 100 mikrolit ke dalam
mikrotube dan isolate dari bakteri itu sendiri. Hidupkan Bunsen untuk menjaga
kondisi di sekitar agar tetap steril, buka parapilum. Disini kita mengambil sekitar 2-3
ostean dari bakteri kita ose-kan lalu masukkan kedalam akuabides. Dinginkan
sebentar. Akan terlihat kekeruhan setelah dimasukkan kedalam mikrotube.
Masukkan ke dalam heatblock untuk pengikisan dari DNA bakteri itu sendiri selama
10 menit yang di inkubasi pada suhu 95 derjat celcius dengan kec. 1000 rpm. Lalu
angkat, matikan alat dan letakkan di rak. Setelah di lisiskan ini terdapat 2 lapisan
yaitu supernatan berwarna keruh dan pellet berwarna hitam. Buang supernatan ke
tabung mikrotube baru, usahakan pelet jangan sampai ikut terbawa. Lalu kita lakukan
sentrifus dengan kec 2000 rpm selama 10 menit harus ada penyeimbangnya.
Didapatkan hasil dari isolasi bakteri DNA prokariota kemudian di simpan di freezer
dengan suhu -20 derjat celcius.

Alat pada hasil pengamatan ini menunjukan besar absorbansi dan dengan
konsentrasi yg dimasukan. pada gambar ada 2 panjang gelombang yaitu A260/230
dan A260/280. A260/230 untuk menunjukan kemurnian DNA terhadap phenol dan
A260/280 menunjukkan kemurnian dna terhadap protein. kualitas DNA. yang baik
berada pada kisaran nilai absorban 1.6-2.0. Jadi dari keempat sampel DNA yang bisa
dikatakan murni adalah yang memiliki nilai absorban 1,6 untuk E. coli, 1,8 untuk
bakteri isolat BJT, dan 2,0 untuk bakteri isolat JDT.
 H. Kesimpulan

Adapun kesimpulan yang dapat diambila dari praktikum prokariota (sampel

bakteri) ini adalah yaitu:

1. Faktor kecepatan ekstraksi/isolasi DNA pada tahap lisis sel dan presipitasi
pengambilan supernatan harus dilakukan persampel, sehingga beberapa
sampel terjadi pengendapan DNA.
2. Faktor komposisi penambahan lisis buffer juga turut mempengaruhi baik atau
tidaknya produk hasil isolasi DNA.
3. Tingkat kemurnian dapat ditentukan dengan cara menghitung rasio antara
nilai 260 nm (nilai maksimal DNA dapat menyerap cahaya dapat digunakan
untuk memprediksi konsentrasi DNA dan 280 nm untuk menghitung nilai
maksimal residu protein dapat menyerap cahaya pada sampel DNA.
4. Hasil ekstraksi dengan rasio 1,8 sampai 2,0 merupakan DNA dengan
kemurnian yang tinggi dan tidak terkontaminasi dengan residu protein.
 Daftar Pustaka

Anam, K. 2010. Isolasi DNA Genom. Bogor: Institut Pertanian Bogor.

Fatawy, R.M. dkk. 2014. Isolasi Dna Kromosomal Dan Plasmid Dari Bakteri
Escherichia Coli. Jakarta: UIN Syarif Hidayatullah. Hlm. 1-3.

Hartl, D.L. 2020. Essential Genetics and Genomics. 7th Ed. Burlington, MA: Jones &
Bartlett Learning. ISBN 9781284152685. Hlm. 2, 318.

Kusumaningrum, H.P. dkk. 2015. Penuntun Praktikum Rekayasa Genetika.

Semarang: UNDIP. Hlm. 50-51.

Tim Penuntun Genetika II. 2021. Isolasi DNA Prokariot. Padang: Biologi FMIPA
UNP. Hlm. 1-2.

Vaughan, P. 2010. DNA Repair Protocols Prokaryotic Systems. 1st Ed. Totowa:
Humana Press. Hlm. 149.