(Polymerase Chain Reaction, PCR) adalah suatu metode enzimatis yang digunakan untuk

amplifikasi DNA dengan cara in vitro. Teknik dasar PCR meliputi empat komponen utama yaitu:
1. Adanya DNA cetakan yaitu fragmen DNA yang akan diperbanyak.
2. Oligonukleotida primer, yaitu sekuen oligonukleotida pendek (15 – 25 basa nukleotida)
yang digunakan untuk mengawali sintesis rantai DNA.
3. Deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP) yang terdiri atas dATP, dCTP, dGTP dan dTTP,
sebagai bahan pensintesis molekul nukleotida.
4. Enzim DNA polymerase, yaitu enzim yang melakukan katalisis reaksi sintesis rantai
DNA.
Metode PCR dibedakan menjadi dua yaitu PCR konvensional dan real time. Analisis hasil
amplifikasi fragmen DNA pada PCR konvensional dilakukan dengan visualisasi di agar
elektroforesis. Sedangkan PCR real time, jumlah DNA yang diamplifikasi dapat dideteksi dan
diukur di setiap siklus proses PCR. Perbandingan prosedur antara PCR konvensional dan PCR real
time secara singkat dapat dilihat pada Gambar 1.
Keunggulan PCR dikatakan sangat tinggi. Hal ini didasarkan atas spesifitas, efisiensi dan
keakuratannya. Masalah yang berkenaan dengan PCR yaitu biaya PCR yang masih tergolong
tinggi.
Selain itu kelebihan lain metode PCR Kelebihan
1. Memiliki spesifisitas yang tinggi dilihat dari kemampuannya mengamplifikasi sehingga
menghasilkan produk melalui sejumlah siklus.
2. Keakuratan yang tinggi karena DNA polymerase mampu menghindari kesalahan pada
amplifikasi produk.
3. DNA cetakan yang digunakan tidak perlu dimurnikan terlebih dahulu sehingga metode
PCR dapat digunakan untuk melipatgandakan suatu sekuen DNA dalam genom bakteri
hanya dengan mencampukan kultur bakteri di dalam tabung PCR.
4. Dapat diperoleh pelipatgandaan suatu fragmen DNA sebesar 200.000 kali setelah
dilakukan 20 siklus reaksi selama 220 menit. Reaksi ini dilakukan dengan menggunakan
komponen dalam jumlah sangat sedikit,
5. Mikroorganisme yang dideteksi tidak harus hidup
6. Mudah di set up

Kelemahan
1. Biaya peralatan dan reagen mahal
2. Interpretasi hasil PCR yang positif belum tervalidasi untuk semua penyakit infeksi
(misalnya infeksi pasif atau laten)
3. Teknik prosedur yang kompleks dan bertahap membutuhkan keahlian khusus untuk
melakukannya
4. DNA polimerase yang digunakan dalam reaksi PCR rentan terhadap kesalahan dan dapat
menyebabkan mutasi pada fragmen yang dihasilkan.
5. PCR tidak mampu mengamplifikasi RNA
6. Karena sangat sensitif, segala bentuk kontaminasi sampel dengan jumlah jejak DNA yang
sedikit pun dapat memberikan hasil yang berbeda
7. amplifikasi hanya terjadi jika targetnya terkait secara tepat atau erat dengan urutan DNA
dari agen penyebab yang diharapkan
kegunaan
 1. banyak digunakan di bidang kedokteran forensik
2. menentukan kondisi urutan nukleotida suatu DNA yang mengalami mutasi
3. melacak asal-usul seseorang dengan membandingkan finger print
4. digunakan dalam uji diagnostic agen pathogen dalam tubuh makhluk hidup

Prinsip dasar PCR adalah sekuen DNA spesifik diamplifikasi menjadi dua kopi selanjutnya
menjadi empat kopi dan seterusnya. Pelipat gandaan ini membutuhkan enzim spesifik yang dikenal
dengan polimerase. Polimerase adalah enzim yang mampu menggabungkan DNA cetakan tunggal,
membentuk untaian molekul DNA yang panjang. Enzim ini membutuhkan primer serta DNA
cetakan seperti nukleotida yang terdiri dari empat basa yaitu Adenine (A), Thymine (T), Cytosine
(C) dan Guanine (G) (Gibbs 1990). Reaksi amplifikasi ini dimulai dengan melakukan denaturasi
DNA cetakan yang berantai ganda menjadi rantai tunggal, kemudian suhu diturunkan sehingga
primer akan menempel (annealing) pada DNA cetakan yang berantai tunggal. Setelah proses
annealing, suhu dinaikkan kembali sehingga enzim polimerase melakukan proses polimerase
rantai DNA yang baru. Rantai DNA yang baru tersebut selanjutnya digunakan sebagai cetakan
bagi reaksi polimerase berikutnya (Yuwono 2006).