Pengecualian yang Membuktikan Aturan: Variasi Alami dalam Kode Genetik

Pengecualian dapat memperkuat aturan asli dengan cara yang mengejutkan. Substitusi asam amino
tunggal dapat memiliki efek yang sangat merusak struktur protein. Namun demikian, variasi dalam
kode memang terjadi pada beberapa organisme, dan keduanya menarik dan bersifat instruktif. Jenis-
jenis variasi dan kelangkaannya memberikan bukti yang kuat untuk asal mula evolusi semua makhluk
hidup. Untuk mengubah kode, perubahan harus terjadi pada gen yang mengkode satu atau lebih
tRNA, dengan target perubahan yang jelas adalah antikodon. Perubahan seperti itu akan mengarah
pada penyisipan asam amino secara sistematis pada kodon yang, menurut kode normal , tidak
menentukan asam amino itu. Kode genetik, pada dasarnya, didefinisikan oleh dua elemen: (1)
antikodon pada tRNA (yang menentukan di mana asam amino ditempatkan dalam polipeptida yang
sedang tumbuh) dan (2) kekhususan enzim-enzim — aminoacyl-tRNA synthetases — itu mengisi
tRNA, yang menentukan identitas asam amino.

Dari sedikit variasi dalam kode genetik yang diketahui, sebagian besar terjadi pada DNA mitokondria
(mtDNA), yang mengkodekan hanya 10-20 Protein. Mitokondria punya sendiri tRNA, sehingga variasi
kodenya tidak memengaruhi jauh lebih besar genom seluler. Perubahan paling umum dalam
mitokondria (dan satu-satunya perubahan kode yang telah diamati di genom seluler) melibatkan
kodon terminasi. Ini perubahan memengaruhi penghentian produk hanya sebagian gen, dan kadang-
kadang efeknya kecil karena gen memiliki banyak kodon terminasi (redundan)

Ketika beberapa kodon berbeda menentukan satu asam amino, perbedaan di antara mereka
biasanya terletak pada posisi basa ketiga (pada ujung 3 '). Misalnya, alanin dikodekan oleh kembar
tiga GCU, GCC, GCA, dan GCG. Kodon untuk sebagian besar asam amino dapat dilambangkan dengan
XYA XYu. Dua huruf pertama dari masing-masing kodon adalah penentu utama kekhususan.

Cakupan varian kode yang terbatas memperkuat prinsip bahwa semua kehidupan di planet ini
berevolusi berdasarkan kode genetik tunggal (sangat fleksibel).

Crick mengusulkan serangkaian hubungan asam yang disebut hipotesis goyah

1. Dua basis pertama dari kodon mRNA selalu terbentuk pasangan basa Watson-Crick yang kuat
dengan yang sesuai basis antikodon tRNA dan berunding paling banyak
dari kekhususan pengkodean.

2. Basis pertama dari antikodon (membaca di 5 → 3 arah; ini berpasangan dengan basis ketiga
kodon) menentukan jumlah kodon yang dikenali oleh tRNA. Ketika basis pertama dari antikodon
adalah C atau A, pemasangan pasangan adalah spesifik dan hanya satu kodon diakui oleh tRNA itu.
Ketika base pertama adalah U atau G, binding kurang spesifik dan dua kodon yang berbeda dapat
dibaca. Ketika inosin (I) adalah nukleotida (goyangan) pertama dari antikodon, tiga kodon yang
berbeda dapat dikenali — maksimum nomor untuk setiap tRNA. Hubungan-hubungan ini diringkas
pada Tabel 27-4.

3. Ketika asam amino ditentukan oleh beberapa berbeda kodon, kodon yang berbeda di salah satu
dari yang pertama dua basis membutuhkan tRNA yang berbeda.

4. Diperlukan minimal 32 tRNA untuk menerjemahkan semua 61 kodon (31 untuk menyandikan
asam amino dan 1 untuk inisiasi).
Beberapa mRNA diedit sebelumditerjemahkan. Pengeditan RNA dapat melibatkan
penambahan,penghapusan dan perubahan nukleotida dalam RNA yang memengaruhi transkripsi.
Penambahan atau penghapusan nukleotida sering diamati dalam RNA eukariota. Transkripsi awal
gen yang menyandikan sitokrom oksidase subunit dalam beberapa mitokondria protista memberi
contoh pengeditan dengan penyisipan. Pasca proses pengeditan transkripsiona memasukkan empat
residu U yang akan melibatkan sejumlah pasangan basa G dan U. Pengeditan RNA oleh perubahan
nukleotida yang paling umum melibatkan deaminasi enzimatik dari residu adenosin/sitidin masing
masing membentuk inosine ( residu G ) dan Uridin.

Pengeditan RNA dari transkrip dari gen sitokrom oksidase subunit II dari Trypanosoma brucei
mitochondria.
a. (Sebuah) Penyisipan empat residu U (merah muda) menghasilkan bingkai bacaan yang
direvisi.
b. Kelas khusus memandu RNA, saling melengkapi dengan yang diedit produk, bertindak
sebagai templat untuk pengeditan proses. Perhatikan keberadaan dua basis G=U
berpasangan, ditandai oleh titik biru untuk menunjukkan nonWatson-Crick pasangan.

Deamina, yang hanya terjadi di usus, mengubah sitidin spesifik menjadi uridin, mengubah kodon Gln
menjadi kodon stop dan menghasilkan protein terpotong selama proses terjemahan kodon. Reaksi
deaminasi adenosin dilakukan oleh adenosin deaminase yang bekerja SINEs, pada RNA (ADARs).
Deaminasi sitidin adalah alat pergerakan yang ada di sebagian besar organisme ini. Unsur-unsur Alu
ditolak oleh apoB mRNA pengedit katalitik peptida yang hanya mendominasi pada organisme
tersebut.Kedua kelompok enzim deaminase memiliki homolog sebagian besar karena adanya banyak
elemen Alu domain katalitik pengkoordinasian.