SKRIPSI
SKRIPSI
ii
iii
iv
v
ABSTRAK
Kata Kunci: Garcinia benthami Pierre, mikroba endofit, antibakteri, metode difusi
agar padat, metode difusi cakram.
vi
ABSTRACT
vii
KATA PENGANTAR
Bismillahirrahmannirrahim
Alhamdulillahirabbil’alamin, puji syukur kehadirat Allah SWT yang telah
melimpahkan segala rahmat dan karunia-Nya, sehingga penulis dapat
menyelesaikan penulisan skripsi dengan judul “Isolasi, Seleksi dan Uji Aktivitas
Antibakteri Mikroba Endofit dari Daun Tanaman Garcinia benthami Pierre
terhadap Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis, Escherichia coli, Shigella
dysenteriae, dan Salmonella typhimurium”. Shalawat serta salam semoga
senantiasa tercurah limpahkan pada Nabi Muhammad SAW beserta para keluarga
dan sahabatnya.
Skripsi ini disusun sebagai salah satu syarat kelulusan tingkat sarjana di
Program Studi Farmasi Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan Universitas
Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta. Penelitian ini tidaklah dapat
terselesaikan tanpa dukungan dan bantuan dari berbagai pihak. Dalam kesempatan
ini, penulis ingin mengucapkan terima kasih terkhususkan kepada:
1. Ibu Puteri Amelia, M.Farm., Apt. selaku pembimbing I dan Bapak Saiful
Bahri, M.Si selaku pembimbing II, yang telah meluangkan waktu, tenaga, dan
pikiran serta dengan sabar membimbing dan mengajari penulis sehingga
penulis dapat menyelesaikan skripsi ini.
2. Bapak Dr. H. Arif Sumantri, S.KM., M. Kes, selaku Dekan Fakultas
Kedokteran dan Ilmu Kesehatan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta.
3. Bapak Yardi, Ph.D., Apt., selaku Ketua Program Studi Farmasi UIN Syarif
Hidayatullah Jakarta.
4. Ibu/Bapak Dosen dan Staf Akademika Program Studi Farmasi UIN Syarif
Hidayatullah Jakarta yang telah memberikan ilmunya kepada penulis.
5. Ayahanda tercinta, Bapak Nurtejo dan Ibunda tercinta, Ibu Rosadah terima
kasih atas doa yang selalu tercurah untukku, kasih sayang, dan dukungannya
yang menguatkan penulis dalam menyelesaikan skripsi ini.
viii
6. Adikku tersayang Rashanda dan Quesy Al Farroby yang selalu mendoakan
dan menghibur disaat penulis kesulitan.
7. Seluruh laboran di PLT dan FKIK, Mba Puji, Mba Festy, Kak Amal, dan Mba
Rani yang telah banyak membantu selama proses penelitian.
8. Teman-teman seperjuangan mikrobiologi yakni Brasti, Ati, Rahma, Puput,
Ambar, Meri, Imeh, Fitri, Cumi, Dila, Syaima, Adit, BTR, dan Mozer.
9. Sahabat-sahabatku yaitu Sheila, Meryza, Puput, dan Athiyah.
10. Seluruh teman-teman Farmasi Angkatan 2011 BD. Kebersamaan kita di dalam
suka dan duka akan selalu terkenang di dalam hati.
11. Serta semua pihak yang tidak dapat disebutkan satu persatu yang turut
membantu menyelesaikan skripsi ini.
Dengan keterbatasan pengalaman, pengetahuan, maupun pustaka yang
ditinjau, penulis menyadari bahwa dalam skripsi ini terdapat banyak kekurangan.
Untuk itu penulis sangat mengharapkan kritik dan saran. Semoga skripsi ini dapat
memberikan manfaat bagi kepentingan keilmuan maupun aplikasi di bidang
kesehatan.
Penulis
ix
x
DAFTAR ISI
Halaman
HALAMAN JUDUL ……………………………………………….………. ii
HALAMAN PERNYATAAN ORISINALITAS …………………………. iii
HALAMAN PERSETUJUAN PEMBIMBING …....……………………. iv
HALAMAN PENGESAHAN SKRIPSI …………………………………. v
ABSTRAK …………………………………………………………………. vi
ABSTRACT ……………………………………………………………….. vii
KATA PENGANTAR …………………………………………………….. viii
HALAMAN PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH ……….. ix
HALAMAN PERNYATAAN PERSETUJUAN PUBLIKASI …………. x
DAFTAR ISI ……………………………………………………….…….… xi
DAFTAR GAMBAR ………………………………………………………. xiv
DAFTAR TABEL ………………………………………………………….. xvi
DAFTAR LAMPIRAN ……………………………………………………. xvii
DAFTAR ISTILAH ………………………………………………………... xviii
BAB 1 PENDAHULUAN …………………………………..……………... 1
1.1 Latar Belakang ………..…………………………..……………. 1
1.2 Rumusan Masalah ……………………………….………….….. 3
1.3 Tujuan Penelitian …………………………….…………….…… 3
1.4 Manfaat Penelitian ……………………………….………….….. 4
BAB 2 TINJAUAN PUSTAKA ………………………………..………….. 5
2.1 Mikroba Endofit ……………………………………..………….. 5
2.1.1 Mikroba Endofit yang Menghasilkan Antibiotika .….…… 6
2.1.2 Isolasi Fungi Endofit ………….………………………….. 6
2.2 Mikroba …………………….…………………………………... 7
2.2.1 Definisi ………………………….………………………... 7
2.2.2 Jenis ………………………………………….…………… 7
2.2.2.1 Bakteri ……………………………………………. 7
2.2.2.2 Kapang …………………………………………… 10
2.2.3 Patologis ………………………………………….………. 11
2.3 Karakterisasi Mikroba ………………….………………………. 12
2.3.1 Karakterisasi Bakteri ……………………….…………….. 12
2.3.1.1 Teknik Pewarnaan ………………………………... 12
2.3.2 Karakterisasi Kapang ………………………….…………. 14
2.4 Antimikroba …………………..…………………………..…….. 14
2.4.1 Definisi …………………………………………..……….. 14
2.4.2 Aktivitas dan Spektrum …………………………….....….. 14
2.4.3 Mekanisme Kerja ………………………………….....…… 15
2.5 Uji Aktivitas Antimikroba ……..……………………..……….... 16
2.5.1 Metode Difusi ………………………………..………….... 16
2.5.2 Metode Dilusi ………………...…………………………… 18
2.5.3 Faktor-Faktor yang Mempengaruhi Metode Difusi pada
Pengujian Aktivitas Antimikroba…………….…………… 18
2.6 Pemilihan Media ……………………………………………….. 20
2.7 Bakteri Uji ……………………………………..………….……. 20
xi
2.7.1 Staphylococcus aureus ………………………………...…. 20
2.7.2 Bacillus subtilis ……………….......…………...…………. 21
2.7.3 Escherichia coli …………………………….…………..… 22
2.7.4 Shigella dysenteriae ………………………………..…….. 22
2.7.5 Salmonella typhimurium ……………………………...….. 23
2.8 Genus Garcinia …………………………………...……….…..... 24
2.9 Garcinia benthami Pierre ……………………..……...……..… 25
BAB 3 METODE PENELITIAN ……………………………………..…... 28
3.1 Waktu dan Lokasi Penelitian ……………………………..…….. 28
3.2 Alat …………………………………...…………………………. 28
3.3 Bahan ………………………………………...…………………. 28
3.3.1 Sampel Penelitian ……………………………………..….. 28
3.3.2 Bahan untuk Proses Sterilisasi Permukaan …………….… 28
3.3.3 Bahan untuk Pembuatan Media Pertumbuhan Mikroba … 29
3.3.4 Bakteri Uji …………………………………………...….. 29
3.3.5 Bahan untuk Karakterisasi Mikroba Endofit dan
Uji Kemurnian Mikroba Uji ………………………..…….. 29
3.3.6 Kontrol Uji Aktivitas Antibakteri ………..…….……….… 29
3.4 Prosedur Penelitian ……………………………………………… 29
3.4.1 Pembuatan Media Pertumbuhan Mikroba ………………… 29
3.4.1.1 Pembuatan Media PDA ……………….………..…. 29
3.4.1.2 Pembuatan Media Agar Miring PDA ………..…… 30
3.4.1.3 Pembuatan Media NA …………………..….....….. 30
3.4.1.4 Pembuatan Media Agar Miring NA …………….… 30
3.4.1.5 Pembuatan Media MHA ………………………..… 31
3.4.1.6 Pembuatan Media PDY Broth ………….…….…… 31
3.4.1.7 Pembuatan Media NB …………...……..…………. 31
3.4.2 Isolasi Mikroba Endofit ……………………..…………….. 31
3.4.2.1 Sampling Tanaman ……………….…….…………. 31
3.4.2.2 Sterilisasi Permukaan ………………….………….. 32
3.4.3 Pemurnian Mikroba Endofit ……………………...……….. 32
3.4.3.1 Pemurnian Kapang Endofit ………………..……… 32
3.4.3.2 Pemurnian Bakteri Endofit …………...…………… 33
3.4.4 Karakterisasi Mikroba Endofit …………………….…..….. 33
3.4.4.1 Karakterisasi Kapang Endofit ……………….……. 33
3.4.4.2 Karakterisasi Bakteri Endofit ..……………………. 34
3.4.5 Uji Kemurnian Bakteri Uji ………………………………... 35
3.4.6 Peremajaan Bakteri Uji …………………………………… 35
3.4.7 Kurva Pertumbuhan Bakteri Uji ………………………….. 35
3.4.8 Skrining Mikroba Endofit yang Berpotensi sebagai
Antibakteri …………………………………….………….. 36
3.4.8.1 Skrining Fungi Endofit yang Berpotensi sebagai
Antibakteri…………………………………..…….. 36
3.4.8.2 Skrining Bakteri Endofit yang Berpotensi sebagai
Antibakteri…………………………………...……. 36
3.4.9 Fermentasi Mikroba Endofit …………………………….... 37
3.4.9.1 Fermentasi Kapang Endofit …………………….… 37
3.4.9.2 Fermentasi Bakteri Endofit ….………..………...… 37
xii
3.4.10 Uji Aktivitas Antibakteri dari Supernatan Hasil Fermentasi
Mikroba Endofit …………………………………....……. 38
BAB 4 HASIL DAN PEMBAHASAN ……………………..…………….. 39
4.1 Hasil ……………………………………………………………. 39
4.1.1 Isolasi Mikroba Endofit ………………………………….. 39
4.1.2 Uji Kemurnian Bakteri Uji ……………………………….. 40
4.1.3 Kurva Pertumbuhan Bakteri Uji …………………………. 42
4.1.4 Karakterisasi Mikroba Endofit …………………………... 43
4.1.4.1 Karakterisasi Kapang Endofit …………………..... 43
4.1.4.2 Karakterisasi Bakteri Endofit ……………………. 61
4.1.5 Skrining Aktivitas Antibakteri dari Mikroba Endofit …… 65
4.1.5.1 Skrining Aktivitas Antibakteri dari Kapang Endofit 65
4.1.5.2 Skrining Aktivitas Antibakteri dari Bakteri Endofit 67
4.1.6 Fermentasi Mikroba Endofit …………………………….. 69
4.1.7 Uji Aktivitas Antibakteri dari Supernatan Hasil Fermentasi
Mikroba Endofit ……………............................................. 69
4.1.7.1 Uji Aktivitas Antibakteri dari Supernatan Hasil
Fermentasi Kapang Endofit ……………………… 69
4.1.7.2 Uji Aktivitas Antibakteri dari Supernatan Hasil
Fermentasi Bakteri Endofit ……………………... 71
4.2 Pembahasan …………………………………………………….. 73
BAB 5 PENUTUP …………………………………………………………. 81
5.1 Kesimpulan …………………………………………………….. 81
5.2 Saran …………………………………………………………… 81
BAGAN ALUR PENELITIAN ……………….………………………….... 82
DAFTAR REFERENSI …………...………………………….……………. 83
LAMPIRAN …………………………………………………...……………. 88
xiii
DAFTAR GAMBAR
Halaman
Gambar 2.1 Struktur Sel Bakteri …………………………………………. 8
Gambar 2.2 Garcinia benthami Pierre …………………………………… 25
Gambar 4.1 Escherichia coli ……………………………………………... 41
Gambar 4.2 Staphylococcus aureus ……………………………………… 41
Gambar 4.3 Bacillus Subtilis ……………………………………………... 41
Gambar 4.4 Shigella dysenteriae …………………………………………. 41
Gambar 4.5 Salmonella typhimurium …………………………………….. 42
Gambar 4.6 Kurva Pertumbuhan Bakteri Uji …………………………….. 42
Gambar 4.7 Isolat GB1 …………………………………………………… 43
Gambar 4.8 Isolat GB2 …………………………………………………… 44
Gambar 4.9 Isolat GB3 …………………………………………………… 45
Gambar 4.10 Isolat GB4 …………………………………………………… 46
Gambar 4.11 Isolat GB5 …………………………………………………… 47
Gambar 4.12 Isolat GB6 …………………………………………………… 48
Gambar 4.13 Isolat GB7 …………………………………………………… 49
Gambar 4.14 Isolat GB8 …………………………………………………… 50
Gambar 4.15 Isolat GB9 …………………………………………………... 51
Gambar 4.16 Isolat GB10 …………………………………………………. 52
Gambar 4.17 Isolat GB11………………………………………………….. 53
Gambar 4.18 Isolat GB12………………………………………………….. 54
Gambar 4.19 Isolat GB13………………………………………………….. 55
Gambar 4.20 Isolat GB14………………………………………………….. 56
Gambar 4.21 Isolat GB15………………………………………………….. 57
Gambar 4.22 Isolat GB16………………………………………………….. 58
Gambar 4.23 Isolat GB17………………………………………………….. 59
Gambar 4.24 Isolat GB18………………………………………………….. 60
Gambar 4.25 Isolat IGB1 ………………………………………………….. 61
Gambar 4.26 Isolat IGB2 ………………………………………………….. 61
Gambar 4.27 Isolat IGB3 ………………………………………………….. 62
Gambar 4.28 Isolat IGB4 ………………………………………………….. 63
Gambar 4.29 Isolat IGB5 ………………………………………………….. 63
Gambar 4.30 Isolat IGB6 ………………………………………………….. 64
Gambar 4.31 Isolat IGB7 ………………………………………………….. 65
Gambar 4.32 Zona hambat isolat kapang endofit terhadap B.subtilis …….. 66
Gambar 4.33 Zona hambat isolat kapang endofit terhadap S.aureus ….….. 66
Gambar 4.34 Zona hambat isolat GB2 terhadap S.dysenteriae …………… 66
Gambar 4.35 Zona hambat isolat GB2 terhadap S.typhimurium…...……… 67
Gambar 4.36 Zona antagonis isolat bakteri endofit terhadap E.coli, S.aureus,
& S.dysenteriae ……………………………………………… 68
Gambar 4.37 Zona hambat uji aktivitas antibakteri dari supernatan hasil
fermentasi kapang endofit …………………………………… 70
Gambar 4.38 Zona hambat uji aktivitas antibakteri dari supernatan hasil
fermentasi bakteri endofit terhadap E.coli ………………..… 71
Gambar 4.39 Zona hambat uji aktivitas antibakteri dari supernatan hasil
xiv
fermentasi bakteri endofit terhadap S.aureus ……………….. 72
Gambar 4.40 Zona hambat uji aktivitas antibakteri dari supernatan hasil
fermentasi bakteri endofit terhadap B.subtilis ………………. 72
Gambar 4.41 Zona hambat uji aktivitas antibakteri dari supernatan hasil
fermentasi bakteri endofit terhadap S.dysenteriae …………... 72
Gambar 4.42 Zona hambat uji aktivitas antibakteri dari supernatan hasil
fermentasi bakteri endofit terhadap S.typhimurium………….. 72
xv
DAFTAR TABEL
Halaman
Tabel 2.1 Beberapa ciri bakteri Gram positif dan Gram negatif ……….…. 9
Tabel 2.2 Pewarnaan Gram ……………………………………………….. 13
Tabel 4.1 Skrining Aktivitas Antibakteri dari Kapang Endofit ……….…... 67
Tabel 4.2 Skrining Aktivitas Antibakteri dari Bakteri Endofit ………….… 68
Tabel 4.3 Uji Aktivitas Antibakteri dari Supernatan Hasil Fermentasi Kapang
Endofit ………………………………………………………….. 70
Tabel 4.4 Uji Aktivitas Antibakteri dari Supernatan Hasil Fermentasi Bakteri
Endofit ……………………………………………………….…. 71
xvi
DAFTAR LAMPIRAN
Halaman
Lampiran 1 Hasil Determinasi Tanaman ……………………………….. 88
Lampiran 2 Bagan Sterilisasi Permukaan ……………………………….. 89
Lampiran 3 Bagan Isolasi Mikroba Endofit …………………………….. 89
Lampiran 4 Bagan Pemurnian Mikroba Endofit ………………………… 90
Lampiran 5 Bagan Karakterisasi Kapang Endofit ……………………… 91
Lampiran 6 Bagan Fermentasi Mikroba Endofit ………………………… 92
Lampiran 7 Bagan Uji Aktivitas Antibakteri dari Supernatan Hasil Fermentasi
mikroba endofit ………………………………………..…… 93
Lampiran 8 Hasil Isolasi Mikroba Endofit ……………………………… 93
Lampiran 9 Hasil Stock Culture Mikroba Endofit ……………………… 96
Lampiran 10 Hasil Fermentasi Mikroba Endofit ………………………… 96
Lampiran 11 Data Absorbansi Kurva Pertumbuhan Bakteri Uji …………. 97
xvii
DAFTAR ISTILAH
AM : Antimikroba
ATCC : American Type Culture Collection
CaCO3 : Kalsium karbonat
DNA : Deoxyribose-nucleic Acid
GB1 : Kode isolat kapang endofit pertama yang diisolasi dari daun yang
berada di tengah ranting
GB2 : Kode isolat kapang endofit kedua yang diisolasi dari daun yang
berada di tengah ranting
GB3 : Kode isolat kapang endofit ketiga yang diisolasi dari daun yang
berada di pangkal ranting
GB4 : Kode isolat kapang endofit keempat yang diisolasi dari daun yang
berada di tengah ranting
GB5 : Kode isolat kapang endofit kelima yang diisolasi dari daun yang
berada di dekat pucuk daun
GB6 : Kode isolat kapang endofit keenam yang diisolasi dari daun yang
berada di tengah ranting
GB7 : Kode isolat kapang endofit ketujuh yang diisolasi dari daun yang
berada di pangkal ranting
GB8 : Kode isolat kapang endofit kedelapan yang diisolasi dari pucuk
daun
GB9 : Kode isolat kapang endofit kesembilan yang diisolasi dari daun
yang berada di tengah ranting
GB10 : Kode isolat kapang endofit kesepuluh yang diisolasi dari daun
yang berada di tengah ranting
GB11 : Kode isolat kapang endofit kesebelas yang diisolasi dari daun
yang berada di tengah ranting
GB12 : Kode isolat kapang endofit keduabelas yang diisolasi dari daun
yang berada di tengah ranting
GB13 : Kode isolat kapang endofit ketigabelas yang diisolasi dari daun
yang berada di pangkal ranting
GB14 : Kode isolat kapang endofit keempatbelas yang diisolasi dari daun
yang berada di pangkal ranting
GB15 : Kode isolat kapang endofit kelimabelas yang diisolasi dari daun
yang berada di pangkal ranting
GB16 : Kode isolat kapang endofit keenambelas yang diisolasi dari daun
yang berada di pangkal ranting
GB17 : Kode isolat kapang endofit ketujuhbelas yang diisolasi dari daun
yang berada di pangkal ranting
GB18 : Kode isolat kapang endofit kedelapanbelas yang diisolasi dari
daun yang berada di pangkal ranting
IGB1 : Kode isolat bakteri endofit pertama yang diisolasi dari pucuk daun
IGB2 : Kode isolat bakteri endofit kedua yang diisolasi dari pucuk daun
IGB3 : Kode isolat bakteri endofit ketiga yang diisolasi dari pucuk daun
xviii
IGB4 : Kode isolat bakteri endofit keempat yang diisolasi dari daun yang
berada di dekat pucuk daun
IGB5 : Kode isolat bakteri endofit kelima yang diisolasi dari daun yang
berada di dekat pucuk daun
IGB6 : Kode isolat bakteri endofit keenam yang diisolasi dari daun yang
berada di dekat pucuk daun
IGB7 : Kode isolat bakteri endofit ketujuh yang diisolasi dari daun yang
berada di dekat pucuk daun
IgM : Immunoglobulin M
KBM : Kadar Bunuh Minimum
KHM : Kadar Hambat Minimum
LAFC : Laminar Air Flow Cabinet
MBC : Minimum Bactericidal Concentration
MIC : Minimum Inhibitory Concentration
MHA : Mueller Hinton Agar
mRNA : messenger Ribonucleic Acid
NA : Nutrient Agar
NaCl : Natrium Klorida
NaOCl : Natrium Hipoklorit
NB : Nutrient Broth
NRRL : Northern Regional Research Laboratory
OD : Optical Density
PABA : Para Amino Benzoic Acid
PAS : Asam p-aminosalisilat
PDA : Potato Dextrose Agar
PDB : Potato Dextrose Yeast
PDY : Potato Dextrose Yeast
RNA : Ribonucleid Acid
tRNA : transfer Ribonucleic Acid
UK : Ungu Kristal
Y : Lugol
xix
BAB I
PENDAHULUAN
2.2 Mikroba
2.2.1 Definisi
Mikroorganisme atau mikroba adalah organisme hidup yang berukuran
sangat kecil dan hanya dapat diamati dengan menggunakan mikroskop.
Mikroorganisme ada yang tersusun atas satu sel (uniseluler) dan ada yang tersusun
atas beberapa sel (multiseluler). Walaupun mikroorganisme uniseluler hanya
tersusun atas satu sel, namun mikroorganisme tersebut menunjukkan semua
karakteristik organisme hidup, yaitu bermetabolisme, bereproduksi,
berdiferensiasi, melakukan komunikasi, melakukan pergerakan, dan berevolusi
(Pratiwi, 2008).
2.2.2 Jenis
Organisme yang termasuk ke dalam golongan mikroorganisme adalah
bakteri, archaea, fungi (kapang dan khamir), protozoa, dan virus. Virus, bakteri,
dan archaea termasuk ke dalam golongan prokariot, sedangkan fungi dan
protozoa termasuk ke dalam golongan eukariot (Pratiwi, 2008).
2.2.2.1 Bakteri
Organisme prokariotik dikelompokkan menjadi dua kelompok besar, yaitu
eubakteri yang merupakan bakteri sejati dan archaea yang secara morfologi
serupa dengan eubakteri, namun memiliki perbedaan dalam hal ciri-ciri fisiologis.
Kelompok bakteri terdiri atas semua organisme prokariotik patogen dan
nonpatogen yang terdapat di daratan dan perairan, serta organisme prokariotik
yang bersifat fotoautotrof. Kelompok archaea meliputi organisme prokariotik
yang tidak memiliki peptidoglikan pada dinding selnya, dan umumnya hidup pada
lingkungan yang bersifat ekstrem (Pratiwi, 2008).
Tabel 2.1. Beberapa ciri bakteri Gram positif dan Gram negatif (Pelczar, 1986)
Perbedaan Relatif
Ciri
Gram positif Gram negatif
Struktur dinding sel Tebal (15 – 80 nm) Tipis (10 – 15 nm)
Berlapis tunggal (mono) Berlapis tiga (multi)
Komposisi dinding Kandungan lipid rendah Kandungan lipid tinggi
sel (1 – 4%) (11 – 22%)
Peptidoglikan ada Peptidoglikan ada di
sebagai lapisan tunggal; dalam lapisan kaku
komponen utama sebelah dalam;
merupakan lebih dari jumlahnya sedikit,
50% berat kering pada merupakan sekitar 10%
beberapa sel bakteri berat kering
Asam teikoat Tidak ada asam teikoat
Kerentanan terhadap Lebih rentan Kurang rentan
penisilin
Pertumbuhan Pertumbuhan dihambat Pertumbuhan tidak
dihambat oleh zat-zat dengan nyata begitu dihambat
warna dasar,
misalnya kristal
violet
Persyaratan nutrisi Relatif rumit pada Relatif sederhana
banyak spesies
Resistensi terhadap Lebih resisten Kurang resisten
gangguan fisik
2.2.2.2 Kapang
Kapang adalah organisme kemoheterotrof yang memerlukan senyawa
organik untuk nutrisinya (sumber karbon dan energi). Kapang merupakan fungi
yang berfilamen dan multiseluler. Identifikasi kapang didasarkan pada
kenampakan fisik (morfologi), termasuk karakteristik koloni dan spora reproduktif
(Pratiwi, 2008).
a. Morfologi Kapang
Tubuh kapang (thallus) dibedakan menjadi dua bagian yaitu miselium dan
spora. Miselium merupakan kumpulan beberapa filamen yang disebut hifa. Bagian
dari hifa yang berfungsi untuk mendapatkan nutrisi disebut hifa vegetatif.
Sedangkan bagian hifa yang berfungsi sebagai alat reproduksi disebut hifa
reproduktif atau hifa udara (aerial hypha), karena pemanjangannya mencapai
bagian atas permukaan media tempat fungi ditumbuhkan (Pratiwi, 2008).
Terdapat tiga macam morfologi hifa, yaitu (Pratiwi, 2008):
1. Aseptat (coenocytic hypha), yaitu hifa yang tidak memiliki dinding sekat
(septa).
2. Septat hifa (hifa bersekat) dengan sel-sel uninukleat. Septa membagi hifa
menjadi ruang-ruang yang berisi 1 inti, dan pada tiap sekat terdapat pori-pori
yang memungkinkan perpindahan inti dan sitoplasma dari satu ruang ke ruang
lainnya
3. Septa dengan ruang-ruang yang berisi lebih dari 1 inti (multinukleat).
b. Reproduksi Kapang
Kapang bereproduksi baik secara aseksual dengan pembelahan,
pembentukan tunas atau spora, maupun secara seksual dengan peleburan inti dari
kedua induknya. Pada pembelahan, sel akan membagi diri membentuk dua sel
yang sama besar, sedangkan pada pertunasan (budding), sel anak tumbuh dari
penonjolan kecil pada sel induk (Pratiwi, 2008).
c. Fisiologi Kapang
Kapang memerlukan kondisi kelembaban yang tinggi, persediaan bahan
organik, dan oksigen untuk pertumbuhannya. Lingkungan yang hangat dan
lembab mempercepat pertumbuhan kapang. Kapang tumbuh dengan baik pada
kondisi lingkungan yang mengandung banyak gula dengan tekanan osmotik tinggi
dan kondisi asam yang tidak menguntungkan bagi pertumbuhan bakteri. Hal ini
memungkinkan kapang dapat tumbuh pada selai atau acar (Pratiwi, 2008).
Kapang merupakan organisme aerob sejati. Kapang tumbuh dalam kisaran
temperatur yang luas, dengan temperatur optimal berkisar antara 22 – 30ºC.
Spesies kapang patogenik mempunyai temperatur pertumbuhan optimal lebih
tinggi, yaitu berkisar antara 30 – 37ºC. Beberapa kapang mampu hidup pada
temperatur 0ºC sehingga menyebabkan kerusakan produk yang disimpan pada
penyimpanan dingin (Pratiwi, 2008).
Kapang berbeda dengan bakteri dilihat dari kondisi lingkungan tempat
hidupnya dan karakteristik nutrisinya. Kapang tumbuh baik pada pH ±5 yang
terlalu asam bagi bakteri; lebih tahan terhadap tekanan osmotik sehingga dapat
tumbuh baik pada kadar garam atau kadar gula yang tinggi; dapat hidup pada
substansi dengan kondisi kelembaban sangat rendah; memerlukan lebih sedikit
nitrogen dibandingkan bakteri; dan dapat memetabolisme karbohidrat kompleks
seperti lignin sehingga dapat tumbuh pada substrat-substrat seperti dinding kamar
mandi, sepatu kulit, dan sampah kertas (Pratiwi, 2008).
2.2.3 Patologis
Sebagian kecil mikroorganisme bersifat patogen. Mikroorganisme alami
dalam tubuh kita disebut mikroorganisme normal atau flora normal. Meskipun
flora normal ini tidak patogen, namun dalam keadaan tertentu dapat bersifat
patogen dan menimbulkan penyakit infeksi. Contoh mikroorganisme patogen
adalah bakteri Staphylococcus aureus dan Escherichia coli O157:H7 yang
menyebabkan diare, Shigella dysenteriae yang menyebabkan disentri, khamir
Candida albicans yang menyebabkan keputihan, kapang Aspergillus flavus yang
menghasilkan aflatoksin yang dapat meracuni makanan, virus Ebola yang
menyebabkan penyakit Ebola, human immunodeficiency virus yang menyebabkan
penyakit AIDS, protozoa Toxoplasma gondii yang menyebabkan toksoplasmosis
dan sebagainya (Pratiwi, 2008).
2.4 Antimikroba
2.4.1 Definisi
Antimikroba (AM) ialah obat pembasmi mikroba, khususnya mikroba
yang merugikan manusia (Gunawan, 2011). Menurut Syahrurachman et al.
(1994), antimikroba adalah suatu substansi kimia yang diperoleh dari atau
dibentuk oleh berbagai spesies mikroorganisme lainnya. Antimikroba tersebar di
alam dan memegang peranan penting dalam mengatur populasi mikroba dalam
tanah, air, limbah dan kompos. Antimikroba ini berbeda dalam susunan kimia dan
cara kerjanya. Dari sekian banyak antimikroba yang telah berhasil ditemukan,
hanya beberapa saja yang cukup tidak toksik untuk dapat dipakai dalam
pengobatan. Antimikroba yang kini banyak dipergunakan, kebanyakan diperoleh
dari genus Bacillus, Penicillium dan Streptomyces (Syahrurachman et al., 1994).
C: konsentrasi final agen antimikroba pada total volume media mg/mL atau
µg/mL, maka konsentrasi hambatan adalah: [(X.Y)] = C mg/mL atau µg/mL.
Yang perlu diperhatikan adalah dari hasil perbandingan yang didapat dari
lingkungan padat dan cair, faktor difusi agen antimikroba dapat mempengaruhi
keseluruhan hasil pada media padat.
15ºC dan 40ºC, sedangkan suhu pertumbuhan optimum ialah 35ºC. Pertumbuhan
terbaik dan khas ialah pada suasana aerob; kuman ini pun bersifat anaerob
fakultatif dan dapat tumbuh dalam udara yang hanya mengandung hidrogen dan
pH optimum untuk pertumbuhan ialah 7,4. Pada lempeng agar, koloninya
berbentuk bulat, diameter 1-2 mm, cembung, buram, mengkilat, dan
konsistensinya lunak. Warna khas ialah kuning keemasan, hanya intensitas
warnanya dapat bervariasi (Syahrurachman et al., 1994).
Kingdom : Prokayota
Filum : Bacteriophyta
Kelas : Gammaproteobacteria
Ordo : Eubacteriales
Famili : Bactericeae
Genus : Shigella
Spesies : Shigella dysenteriae
Bakteri ini dapat menyebabkan disentri basiler. Disentri adalah salah satu
dari berbagai gangguan pencernaan yang ditandai dengan peradangan usus
terutama kolon, disertai nyeri perut dan buang air besar yang sering mengandung
darah dan lendir (Pelczar, 1986).
besar kemungkinan timbulnya gejala infeksi pada orang yang menelan makanan
yang telah terkontaminasi oleh bakteri Salmonella (Jay, 1978).
di pasaran sebagai suplemen untuk mengurangi berat badan. Getah bagian batang
G. hanburyi Hook digunakan sebagai pencahar, biji G. dulcis Kurz dikenal
sebagai obat gondok dan buah G. indica telah dimanfaatkan sebagai obat cacing
dan kardiotonik. Di bidang industri tanaman ini juga telah dipakai sebagai bahan
dasar sabun dan lilin, minyak dari tanaman ini juga dapat digunakan untuk obat
urut dan urtikaria (Sosef, 1998).
Dari berbagai penelitian yang dilakukan pada beberapa spesies Garcinia
berhasil diisolasi senyawa-senyawa kelompok xanton, benzofenon, flavonoid, dan
triterpenoid (Verheij & Coronel, 1992; Likhitwitayawuid et al., 1998). Umumnya
senyawa-senyawa tersebut mempunyai aktivitas biologik dan farmakologik seperti
antiinflamasi, antimikroba, antifungi, dan antioksidan (Likhitwitayawuid et al.,
1998; Iinuma et al., 1998).
Kingdom : Plantae
Divisi : Spermatophyta
Sub divisi : Angiospermae
Kelas : Dicotyledoneae
Sub kelas : Archichlamydeae
Ordo : Guttiferales
Familia : Clusiaceae
Genus : Garcinia
Species : Garcinia benthami Pierre
3.2 Alat
Peralatan yang digunakan dalam penelitian ini antara lain : cawan petri
(Petriq), tabung reaksi (Pyrex), labu Erlenmeyer (Schott Duran), beaker glass
(Schott Duran), gelas ukur (Pyrex), batang drigalski, batang L, cover glass, kaca
obyek, pipet tetes, spatula, gunting bedah, pisau bedah, pinset, jarum ose, tissue
steril, kertas saring, kertas perkamen, jangka sorong (Trickle), pH indikator,
plastic wrap, alumunium foil, mikropipet dan tip (Bio Rad), Laminar Air Flow
Cabinet, timbangan analitik (Scout Pro), inkubator (Memmert), autoklaf otomatis
(ALP), autoklaf (All American), oven (Memmert), hot plate (Thermo Scientific),
magnetic stirrer, bunsen, shaker (Stuart Scientific), sentrifus (Hettich Zentrifugen
EBA 20), sentrifus berpendingin (Peqlab), vortex (Thermolyne), paper disc 6 mm
(Oxoid), mikroskop cahaya (Olympus), dan alat-alat gelas lain yang biasa
digunakan di laboratorium mikrobiologi.
3.3 Bahan
3.3.1 Sampel Penelitian
Daun tanaman Garcinia benthami Pierre sebanyak 4 helai beserta pucuk
daun yang masih segar diperoleh dari koleksi Kebun Raya Bogor. Tanaman ini
telah dideterminasi di Lembaga Penelitian Biologi atau Herbarium Bogoriense,
Bogor.
Pemurnian dilakukan dengan cara menginokulasikan sedikit hifa dengan ose atau
pinset dari setiap koloni endofit yang berbeda ke media PDA dan diinkubasi
selama 7 hari pada suhu ruang (Kumala et al., 2006). Selanjutnya isolat kapang
yang telah murni dipindahkan ke dalam media PDA lain untuk digunakan sebagai
working culture dan media agar miring PDA yang digunakan sebagai stock
culture. Kultur kapang endofit diinkubasi selama 7 hari pada suhu ruang (Kumala
dan Endro, 2007).
diletakkan pada media agar PDA yang diteteskan pada kaca objek dan perlahan
ditutup dengan cover glass steril. Setelah itu diinkubasi pada suhu ruang selama 7
hari (Kumala dan Ainun, 2014 dengan modifikasi).
Pengamatan mikroskopis tersebut meliputi sekat hifa (bersekat atau tidak
bersekat), pertumbuhan hifa (bercabang atau tidak bercabang), warna hifa (hialin,
transparan atau gelap), ada tidaknya konidia, dan bentuk konidia (bulat, lonjong,
berantai, atau tidak beraturan). Pengamatan mikroskopis dilakukan pada hari ke-7
dengan menggunakan mikroskop (Ariyono et al., 2014).
4.1 HASIL
4.1.1 Isolasi Mikroba Endofit
Mikroba endofit diisolasi dari tanaman Garcinia benthami Pierre. Sebelum
isolasi, dilakukan dahulu sterilisasi permukaan terhadap sampel tanaman.
Sterilisasi permukaan dilakukan di dalam Laminar Air Flow Cabinet (LAFC).
Daun direndam di dalam alkohol 70% selama 1 menit, sambil di kocok pelan.
Lalu dipindahkan ke dalam larutan natrium hipoklorit (NaOCl) 5,25% selama 5
menit. Selanjutnya daun tersebut direndam kembali di dalam alkohol 70% selama
30 detik (Radji et al., 2011). Setelah itu dibilas dengan aquades steril selama 1
menit dan diulang dua kali (Ariyono et al., 2014).
Pada proses isolasi, koloni mikroba endofit yang tumbuh dari dalam
jaringan daun di media pertumbuhannya yang secara makroskopis berbeda
dianggap merupakan isolat yang berbeda, dan jika bentuk koloni mikroba endofit
sama maka dianggap isolat yang sama, akan tetapi jika terdapat perbedaaan dari
laju pertumbuhan mikroba endofit yang secara makroskopis sama, maka dianggap
sebagai isolat yang berbeda. Setiap koloni dengan morfologi berbeda dipisahkan
menjadi isolat-isolat tunggal, sampai diperoleh isolat murni yaitu isolat yang
hanya mengandung satu bentuk morfologi yang sama.
Berdasarkan hasil isolasi didapatkan 25 isolat mikroba endofit yang terdiri
dari 18 isolat kapang endofit yaitu GB1, GB2, GB3, GB4, GB5, GB6, GB7, GB8,
GB9, GB10, GB11, GB12, GB13, GB14, GB15, GB16, GB17, dan GB18; dan 7
isolat bakteri endofit yaitu IGB1, IGB2, IGB3, IGB4, IGB5, IGB6, dan IGB7.
Kapang endofit tumbuh setelah 5 hari dan bakteri endofit tumbuh setelah 3 hari
dari proses penanaman potongan daun di atas media isolasi. Kontrol sterilisasi
menunjukkan bahwa sterilisasi permukaan yang dilakukan mampu menghambat
pertumbuhan mikroba pada permukaan tanaman sehingga isolat mikroba yang
diperoleh diyakini merupakan mikroba endofit. Isolat kapang dan bakteri endofit
serta kontrol sterilisasi permukaan dapat dilihat pada lampiran 8 hal. 93.
Hasil dari pengamatan mikroskopis yaitu dengan pewarnaan Gram adalah sebagai
berikut:
1) Escherichia coli
Pengamatan secara mikroskopis (Perbesaran
1000x) Escherichia coli adalah bakteri Gram
negatif berbentuk basil pendek dan berwarna
merah.
5) Salmonella typhimurium
Pengamatan secara mikroskopis (Perbesaran
1000x) Salmonella typhimurium adalah bakteri
Gram negatif berbentuk batang dan berwarna
merah.
2) Isolat GB2
Makroskopis Mikroskopis
berwarna krem. Kapang ini memiliki tekstur seperti beludru, bentuk pinggirnya
tidak rata dan memiliki zonasi. Exudate drop pada kapang ini berupa butiran
berwarna hitam.
Secara mikroskopis koloni kapang ini memiliki hifa yang bersekat.
Pertumbuhan hifa pada kapang ini bercabang, berwarna transparan, dan tidak
memiliki konidia.
3) Isolat GB3
Makroskopis Mikroskopis
4) Isolat GB4
Makroskopis Mikroskopis
5) Isolat GB5
Makroskopis Mikroskopis
GB 5 (Perbesaran 200x)
6) Isolat GB6
Makroskopis Mikroskopis
GB 6 (Perbesaran 200x)
7) Isolat GB7
Makroskopis Mikroskopis
GB 7 (Perbesaran 200x)
8) Isolat GB8
Makroskopis Mikroskopis
GB 8 (Perbesaran 400x)
9) Isolat GB9
Makroskopis Mikroskopis
GB 9 (Perbesaran 400x)
GB 10 (Perbesaran 400x)
GB 11 (Perbesaran 400x)
GB 12 (Perbesaran 400x)
GB 13 (Perbesaran 400x)
GB 14 (Perbesaran 400x)
GB 15 (Perbesaran 400x)
GB 16 (Perbesaran 400x)
GB 17 (Perbesaran 400x)
GB 18 (Perbesaran 400x)
(Isolat GB18 tampak bawah)
Gambar 4.24 Isolat GB18
Ket: GB18 (Isolat kapang endofit ke-18 yang diisolasi dari daun yang berada di pangkal
ranting).
1) IGB1
Makroskopis Mikroskopis
2) IGB2
Makroskopis Mikroskopis
3) IGB3
Makroskopis Mikroskopis
Isolat IGB3
IGB 3 (Perbesaran 1000x)
Gambar 4.27 Isolat IGB3
Ket: IGB3 (Isolat bakteri endofit ke-3 yang diisolasi dari pucuk daun).
4) IGB4
Makroskopis Mikroskopis
5) IGB5
Makroskopis Mikroskopis
6) IGB6
Makroskopis Mikroskopis
7) IGB7
Makroskopis Mikroskopis
Gambar 4.32 Zona hambat isolat kapang endofit terhadap B.subtilis: (a) zona
hambat GB2 terhadap B.subtilis; (b) zona hambat GB14 terhadap B.subtilis; (c)
zona hambat GB17 terhadap B.subtilis
(a) (b)
(c) (d)
Gambar 4.33. Zona hambat isolat kapang endofit terhadap S.aureus: (a) zona
hambat GB2 terhadap S.aureus; (b) zona hambat GB8 terhadap S.aureus; (c) zona
hambat GB16 terhadap S.aureus; (d) zona hambat GB18 terhadap S.aureus.
(a)
(a) (b)
(c) (d)
Gambar 4.36. Zona antagonis isolat bakteri endofit terhadap E.coli, S.aureus, &
S.dysenteriae, (a) zona antagonis IGB1, 3, dan 4 terhadap E.coli; (b) zona antagonis IGB5
dan 6 terhadap E.coli; (c) zona antagonis IGB3 terhadap S.aureus; (d) zona antagonis
IGB5 dan 6 terhadap S.dysenteriae
Tabel 4.3 Uji Aktivitas Antibakteri dari Supernatan Hasil Fermentasi Kapang
Endofit
Distribusi Zona Hambat dari Supernatan Hasil Fermentasi Isolat
Kapang Endofit berdasarkan Bakteri Patogen E.coli, B.subtilis, S.aureus,
S.dysenteriae, dan S.typhimurium (mm)
Isolat Kapang
E.coli S.aureus B.subtilis S.dysenteriae S.typhimurium
Endofit
GB2 0 0 7,31 6,98 6,75
GB8 0 0 7,27 0 6,87
GB14 0 0 7,32 0 0
GB16 0 0 7,1 8,08 0
GB17 0 0 7,12 7,34 0
GB18 6,73 0 7,55 0 0
Kloramfenikol
9,08 18,2 19,33 18,93 18,65
(Kontrol +)
Aquades steril
0 0 0 0 0
(Kontrol -)
Zona Hambat Uji Aktivitas Antibakteri dari Supernatan Hasil Fermentasi Kapang Endofit
Gambar 4.37. Zona hambat uji aktivitas antibakteri dari supernatan hasil fermentasi
kapang endofit: (a) zona hambat isolat kapang terhadap E.coli; (b) zona hambat isolat
kapang terhadap S.dysenteriae; (c) zona hambat isolat kapang terhadap S.typhimurium;
(d) zona hambat isolat kapang terhadap B.subtilis.
Tabel 4.4 Uji Aktivitas Antibakteri dari Supernatan Hasil Fermentasi Bakteri
Endofit
Distribusi Zona Hambat dari Supernatan Hasil Fermentasi Isolat
Bakteri Endofit berdasarkan Bakteri Patogen E.coli, B.subtilis,
S.aureus, S.dysenteriae, dan S.typhimurium (mm)
Isolat Bakteri
E.coli S.aureus B.subtilis S.dysenteriae S.typhimurium
Endofit
IGB1 6,95 0 5,88 0 0
IGB2 6,9 0 0 0 0
IGB3 7,08 7,07 6,8 6,92 5,93
IGB4 6,67 0 0 0 0
IGB5 6,52 7,57 0 0 0
IGB6 6,68 7,22 0 6,58 0
IGB7 6,48 0 0 0 0
Kloramfenikol
7,9 18,55 15,82 14,9 14,63
(Kontrol +)
Aquades steril
0 0 0 0 0
(Kontrol -)
Gambar 4.38. Zona hambat uji aktivitas antibakteri dari supernatan hasil fermentasi
bakteri endofit terhadap E.coli: (a) zona hambat isolat IGB1 terhadap E.coli; (b) zona
hambat isolat IGB2 terhadap E.coli; (c) zona hambat isolat IGB3 terhadap E.coli; (d)
zona hambat isolat IGB4 terhadap E.coli; (e) zona hambat isolat IGB5 terhadap E.coli; (f)
zona hambat isolat IGB6 terhadap E.coli; (g) zona hambat isolat IGB7 terhadap E.coli;
(h) zona hambat Kloramfenikol terhadap E.coli; (i) kontrol negatif.
4.2 PEMBAHASAN
Garcinia benthami Pierre atau yang lebih dikenal sebagai tanaman
manggis-manggisan merupakan tumbuhan tropis. Dari berbagai penelitian yang
dilakukan pada beberapa spesies Garcinia berhasil diisolasi senyawa-senyawa
kelompok xanton, benzofenon, flavonoid, dan triterpenoid (Verheij & Coronel,
1992; Likhitwitayawuid et al., 1998). Umumnya senyawa-senyawa tersebut
mempunyai aktivitas biologik dan farmakologik seperti antiinflamasi,
antimikroba, antifungi, dan antioksidan (Likhitwitayawuid et al., 1998; Iinuma et
al., 1998). Bagian tanaman yang berbeda dari Genus Garcinia seperti buah, kulit
buah, bunga, daun, kulit batang dan batang telah digunakan secara global sebagai
ethnomedicine untuk mengobati beberapa gangguan seperti peradangan, stres
oksidatif, infeksi mikroba, kanker, dan obesitas (Hemshekhar et al., 2011). Oleh
karena itu penelitian mengenai tanaman ini terus-menerus dikembangkan. Salah
satunya dibidang mikrobiologi, yaitu dengan mengisolasi mikroba endofit dari
tanaman ini dan kemudian diuji aktivitas antibakterinya.
Tahap awal dari proses isolasi mikroba endofit dari daun tanaman
Garcinia benthami Pierre ini adalah sterilisasi permukaan. Sebelum isolasi,
dilakukan terlebih dahulu sterilisasi permukaan terhadap sampel tanaman.
Sterilisasi permukaan ini bertujuan untuk menghilangkan mikroorganisme epifit
yang berada di permukaan tumbuhan, sehingga koloni yang diperoleh merupakan
koloni endofit yang berasal dari dalam jaringan tumbuhan (Larran et al., 2001).
Alkohol 70% digunakan sebagai bahan untuk sterilisasi permukaan karena alkohol
70% bekerja dengan cara merusak lapisan membran sel mikroorganisme. Alkohol
dapat melarutkan lipid dan mendenaturasi protein yang ada pada membran sel.
Hal tersebut dapat mengganggu fungsi membran sel dalam mengatur transportasi
cairan ke dalam dan keluar sel sehingga membuat sel mikroorganisme menjadi
lisis (McDonnell & Russell, 1999).
Kemampuan alkohol untuk mensterilkan permukaan organ tumbuhan
tersebut mempunyai spektrum yang sempit atau sangat terbatas sehingga perlu
dikombinasikan dengan bahan kimia lainnya, dan biasanya sering dikombinasikan
dengan larutan natrium hipoklorit (NaOCl) (Agusta, 2009). Natrium hipoklorit
merupakan senyawa klorin. Senyawa klorin diketahui mampu menghambat
GB9, GB10, GB11, GB12 dari daun yang berada di tengah ranting dan GB3,
GB7, GB13, GB14, GB15, GB16, GB17, GB18 dari daun yang berada di pangkal
ranting.
Bakteri endofit yang diisolasi tumbuh setelah 3 hari dari proses
penanaman potongan daun pada media NA. Bakteri endofit yang berhasil diisolasi
dari daun tanaman Garcinia benthami Pierre sebanyak 7 isolat, yaitu 4 isolat
bakteri endofit (IGB1, IGB2, IGB3, IGB4) berasal dari pucuk daun dan 3 isolat
bakteri endofit (IGB5, IGB6, IGB7) berasal dari daun yang berada didekat pucuk
daun. Berdasarkan hasil karakterisasi bakteri endofit secara mikrokopis, dapat
diketahui bahwa semua isolat bakteri endofit yang berhasil diisolasi merupakan
bakteri Gram positif.
Mikroba endofit yang telah tumbuh dimurnikan ke medianya masing-
masing. Untuk kapang endofit dimurnikan ke media PDA, sedangkan untuk
bakteri endofit dimurnikan ke media NA. Tujuan pemurnian isolat mikroba
endofit adalah untuk memisahkan hasil inokulasi yang terdiri dari banyak koloni
yang berlainan jenis sehingga didapatkan koloni murni pada setiap cawan petri.
Koloni mikroba yang diambil untuk dimurnikan adalah koloni yang dominan
(Hadioetomo, 1995). Hal ini dilakukan terus-menerus sampai diperoleh koloni
murni. Koloni murni adalah koloni yang memiliki morfologi yang sama karena
berasal dari pembelahan satu sel (Waluyo, 2005).
Uji kemurnian bakteri uji dilakukan sebelum bakteri uji digunakan untuk
tahapan skrining mikroba endofit yang mempunyai aktivitas antibakteri. Uji
kemurnian ini dilakukan untuk memastikan bahwa bakteri uji yang digunakan
merupakan bakteri uji yang benar-benar murni tanpa adanya kontaminasi. Maka
dilakukan pengamatan secara makroskopis dan mikroskopis. Berdasarkan hasil
yang diperoleh didapatkan bahwa bakteri uji benar-benar murni, sehingga dapat
digunakan untuk skrining antibakteri dan uji aktivitas antibakteri.
Pengamatan kurva pertumbuhan dari masing-masing bakteri uji perlu
dilakukan sebelum skrining ataupun pengujian aktivitas antibakteri. Kurva
pertumbuhan dapat diperoleh dari hubungan antara jumlah sel/mL terhadap waktu
(jam). Tujuannya adalah untuk mengetahui pertumbuhan bakteri. Pada kurva
pertumbuhan dapat dilihat pertumbuhan bakteri berdasarkan fasenya, yaitu fase
lag, fase log (fase eksponensial), fase stasioner, dan fase kematian. Fase lag
merupakan fase adaptasi, yaitu fase penyesuaian bakteri pada suatu lingkungan
baru. Fase log (fase eksponensial) merupakan fase pada saat bakteri tumbuh dan
membelah pada kecepatan maksimum. Fase log (fase eksponensial) ini merupakan
fase yang cocok untuk pengujian antibakteri. Suatu zat antibakteri ketika akan
diuji aktivitas antibakterinya, maka bakteri uji yang digunakan harus dalam
keadaan fase aktif pembelahan sel dengan laju yang konstan. Selanjutnya adalah
fase stasioner yaitu pada saat pertumbuhan bakteri berhenti dan terjadi
keseimbangan antara jumlah sel yang membelah dengan jumlah sel yang mati,
selain itu pada fase ini juga terjadi akumulasi produk buangan yang toksik. Fase
terakhir adalah fase kematian, yaitu pada saat jumlah sel yang mati meningkat, hal
ini disebabkan ketidaktersediaan nutrisi dan akumulasi produk buangan yang
toksik (Pratiwi, 2008).
Pada kurva pertumbuhan bakteri Gram positif yaitu Escherichia coli
menunjukkan fase lag (fase adaptasi) terjadi pada jam ke-0 hingga jam ke-2 dan
mulai meningkat pertumbuhan selnya (fase log) pada jam ke-4 hingga jam ke-15.
Selanjutnya pada jam ke-17 hingga jam ke-22 bakteri mengalami fase stasioner.
Sedangkan pada kurva pertumbuhan Staphylococcus aureus menunjukkan fase lag
(fase adaptasi) terjadi pada jam ke-0 hingga jam ke-2 dan mulai meningkat
pertumbuhan selnya (fase log) pada jam ke-3 hingga jam ke-9.
Pada kurva pertumbuhan bakteri Gram negatif yaitu Bacillus subtilis
menunjukkan fase lag (fase adaptasi) terjadi pada jam ke-0 hingga jam ke-12 dan
mulai meningkat pertumbuhan selnya (fase log) pada jam ke-13 hingga jam ke-16.
Selanjutnya pada jam ke-18 hingga jam ke-23 bakteri mengalami fase stasioner.
Pada kurva pertumbuhan Shigella dysenteriae menunjukkan fase lag (fase
adaptasi) terjadi pada jam ke-0 hingga jam ke-4 dan mulai meningkat
pertumbuhan selnya (fase log) pada jam ke-12 hingga jam ke-19. Pada kurva
pertumbuhan Salmonella typhimurium menunjukkan fase lag (fase adaptasi)
terjadi pada jam ke-0 hingga jam ke-9 dan mulai meningkat pertumbuhan selnya
(fase log) pada jam ke-10 hingga jam ke-19.
Bakteri uji siap digunakan untuk uji antibakteri apabila OD (Optical
Density) telah mencapai 0,08-0,1 (setara 107 CFU/mL). Jika OD lebih besar dari
yang dihasilkan oleh supernatan hasil fermentasi mikroba endofit. Diameter zona
hambat diukur dengan menggunakan jangka sorong (Radji et al., 2011 dengan
modifikasi). Penggunaan kloramfenikol sebagai kontrol positif dikarenakan
antibiotik ini mempunyai spektrum yang luas terhadap bakteri Gram positif dan
negatif. Kloramfenikol dapat menghambat sintesis protein mikroba dengan cara
berikatan dengan ribosom subunit 50s dan menghambat enzim peptidil
transferase sehingga ikatan peptida tidak terbentuk pada proses sintesis protein
mikroba (Gunawan, 2011).
Berdasarkan hasil uji aktivitas antibakteri dari supernatan hasil fermentasi
kapang endofit yang dilakukan selama 21 hari didapatkan 1 isolat aktif terhadap
Escherichia coli, 6 isolat aktif terhadap Bacillus subtilis, 3 isolat aktif terhadap
Shigella dysenteriae, dan 2 isolat aktif terhadap Salmonella typhimurium. Isolat-
isolat aktif tersebut mampu menghambat pertumbuhan bakteri uji baik secara
tuntas (memberikan zona bening) maupun zona parsial.
Supernatan dari suspensi koloni kapang endofit yang aktif sebagai
antibakteri terhadap Escherichia coli yaitu dari isolat GB18 dengan zona hambat
6,73 mm. Tidak ada supernatan dari isolat kapang endofit yang aktif sebagai
antibakteri terhadap Staphylococcus aureus. Supernatan dari isolat kapang endofit
yang aktif sebagai antibakteri terhadap Bacillus subtilis yaitu GB2 (7,31 mm),
GB8 (7,27 mm), GB14 (7,32 mm), GB16 (7,1 mm), GB17 (7,12 mm), dan GB18
(7,55 mm). Supernatan dari isolat kapang endofit yang aktif sebagai antibakteri
terhadap Shigella dysenteriae yaitu GB2 (6,98 mm), GB16 (8,08 mm), dan GB17
(7,34 mm). Supernatan dari isolat kapang endofit yang aktif sebagai antibakteri
terhadap Salmonella typhimurium yaitu GB2 (6,75 mm) dan GB8 (6,87 mm).
Berdasarkan hasil uji aktivitas antibakteri dari supernatan hasil fermentasi
bakteri endofit selama 2 hari didapatkan 3 isolat aktif terhadap Staphylococcus
aureus, 2 isolat aktif terhadap Bacillus subtilis, 7 isolat aktif terhadap Escherichia
coli, 2 isolat aktif terhadap Shigella dysenteriae, dan 1 isolat aktif terhadap
Salmonella typhimurium. Isolat-isolat aktif tersebut mampu menghambat
pertumbuhan bakteri uji baik secara tuntas (memberikan zona bening) maupun
zona parsial.
5.1 Kesimpulan
1) 25 isolat mikroba endofit berhasil diisolasi dari daun tanaman Garcinia
benthami Pierre, yaitu terdiri dari 18 isolat kapang endofit (GB1, GB2, GB3,
GB4, GB5, GB6, GB7, GB8, GB9, GB10, GB11, GB12, GB13, GB14, GB15,
GB16, GB17, dan GB18) dan 7 isolat bakteri endofit (IGB1, IGB2, IGB3,
IGB4, IGB5, IGB6, dan IGB7).
2) Dari 18 isolat kapang endofit, terdapat 6 isolat kapang endofit yang aktif
sebagai antibakteri, yaitu:
- Isolat kapang GB2, GB8, GB14, GB16, GB17, dan GB18 aktif terhadap
Bacillus subtilis.
- Isolat kapang GB18 aktif terhadap Escherichia coli.
- Isolat kapang GB2, GB16, dan GB17 aktif terhadap Shigella dysenteriae.
- Isolat kapang GB2 dan GB8 aktif terhadap Salmonella typhimurium.
3) Didapatkan 7 isolat bakteri endofit yang aktif sebagai antibakteri, yaitu:
- Isolat bakteri IGB1, IGB2, IGB3, IGB4, IGB5, IGB6, dan IGB7 aktif
terhadap Escherichia coli.
- Isolat bakteri IGB3, IGB5, IGB6 aktif terhadap Staphylococcus aureus.
- Isolat bakteri IGB1 dan IGB3 aktif terhadap Bacillus subtilis.
- Isolat bakteri IGB3 dan IGB6 aktif terhadap Shigella dysenteriae.
- Isolat bakteri IGB3 aktif terhadap Salmonella typhimurium.
5.2 Saran
1) Diperlukan penelitian lanjutan untuk mengetahui senyawa yang terdapat
dalam isolat mikroba endofit yang berhasil diisolasi dari daun Garcinia
benthami Pierre, khususnya isolat yang memiliki aktivitas antibakteri.
2) Perlu dilakukan uji antibakteri dengan spesies bakteri yang lain untuk melihat
potensi antibakteri dari mikroba endofit dari daun Garcinia benthami Pierre
sehingga diharapkan mikroba endofit ini dapat dimanfaatkan untuk
pengobatan.
1) Sterilisasi Permukaan
Isolasi Mikroba Endofit 2) Pemurnian Mikroba
Endofit
1) Karakterisasi Kapang
Endofit
Karakterisasi Mikroba Endofit 2) Karakterisasi Bakteri
Endofit
1) Fermentasi Kapang
Fermentasi Mikroba Endofit Endofit
2) Fermentasi Bakteri
Endofit
DAFTAR REFERENSI
Adawiyah, Nurul Robiatul. 2013. Skrining, Isolasi, dan Uji Aktivitas Antibakteri
Metabolit Bioaktif Jamur Endofit dari Tanaman Kina (Cinchona
pubescens Vahl.). Skripsi Program Studi Farmasi, Fakultas Kedokteran
dan Ilmu Kesehatan UIN Syarif Hidayatullah, Jakarta.
Agusta, Andria. 2009. Biologi & Kimia Fungi Endofit. Cibinong: Penerbit ITB.
Amelia, Puteri. 2011. Isolasi, Elusidasi Struktur dan Uji Aktivitas Antioksidan
Senyawa Kimia dari Daun Garcinia benthami Pierre. Tesis Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Program Magister Ilmu
Kefarmasian Universitas Indonesia, Depok.
Ariyono, Redha Qadiani, et al. 2014. Keanekaragaman Fungi Endofit Daun
Kangkung Darat (Ipomoea reptans Poir.) pada Lahan Pertanian Organik
dan Konvensional. Jurnal HPT. 2 (1).
Batt, Carl A and Mary-Lou Tortorello. 2014. Encyclopedia of Food Microbiology
Second Edition. USA: Academic Press.
Buckle, K.A. 1985. Ilmu Pangan. UI Press. Jakarta.
Castillo UF et al. 2002. Munumbicins, Wide Spectrum Antibiotics Produced by
Streptomyces NRRL 30562, Endophytic on Kennedia Nigriscans.
Microbiology. 148: 2675-2685.
Castillo UJ et al. 2003. Kakandumycins, Novel Antibiotics from Streptomyces sp.
NRRL 30566, an Endophyte of Grevillea pteridifolia. FEMS Lett. 24: 183-
190.
Dwidjoseputro. 1998. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Jakarta: Penerbit Djambatan.
Elya, B. et al. 2004. Two New Benzophenones from Garcinia benthami. J. Trop.
Med. Plants. 5 (2): 229-231.
Elya, B, Soleh Kosela & Muhammad Hanafi. 2006. Flavonoid dan Triterpenoid
dari Ekstrak Aseton Garcinia benthami Pierre. Jurnal Bahan Alam
Indonesia. 6 (1): 37-41.
Elya, B, Soleh Kosela & Muhammad Hanafi. 2009. Senyawa Triterpenoid dari
Ekstrak N-Heksana Kulit Batang Tanaman Garcinia benthami. Makara
Sains. 13 (1): 9-12.
Fitriyah, Dina, Christine Jose, & Saryono. 2013. Skrining Aktivitas Antimikroba
dan Uji Fitokimia dari Kapang Endofitik Tanaman Dahlia (Dahlia
variabilis). J. Ind.Che.Acta. 3 (2).
Gandjar et al. 1999. Pengenalan Kapang Tropik Umum. Jakarta: Yayasan Obor
Indonesia.
Larran, S., C. Monaco, & H.E. Alippi. 2001. Endophytic Fungi in leaves of
Lycopersicon esculentum. World J. Microbiol. Biotechnol. 17: 181-184.
Lay, Bibiana W. 1992. Mikrobiologi, Edisi 1. Jakarta: Rajawali Press.
Li JY et al. 2001. Ambuic acid, a highly functionalized cyclohexenone with
antifungal activity from Pestalotiopsis spp. and Monochaetia spp.
Pytochemistry. 56: 463-468.
Likhitwitayawuid et al. 1998. Xanthones with Antimalarial Activity from
Garcinia dulcis. Planta Med. 64: 281-282.
Lorian, V. 1980. Antibiotic in Laboratory Medicine, 2th edition. London: Williams
and Wilkins.
Madigan, M. 2005. Brock Biology of Microorganism. Englewood Cliff: Prentice
Hall.
McDonnell, G. & A.D. Russell. 1999. Antiseptic and disinfectants: Activity,
action, and resistance. Clinical Microbiology Review. 12 (1): 147-179.
Melliawati, Ruth & Puspita Suci Wulandari. 2008. Kapang Endofit dari Taman
Nasional Gunung Halimun Sebagai Penghambat Pertumbuhan Mikroba
Patogen Salmonella thypi dan Candida albicans. Berk. Penel. Hayati. 13:
101-107.
Melliawati, Ruth & Harni. 2009. Senyawa Antibakteri Escherichia coli ATCC
35218 dan Staphylococcus aureus ATCC 25923 dari Kapang Endofit
Taman Nasional Gunung Halimun. Jurnal Natur Indonesia 12 (1): 21-27.
Mutmainnah et al. 2008. Isolasi dan Karakterisasi Bakteri Probiotik dari Saluran
Pencernaan Ayam Kampung Gallus domesticus. Jurnal Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam dan Fakultas Farmasi,
Universitas Hasanuddin Makassar.
Pelczar, Michael J. 1986. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Jakarta: Penerbit
Universitas Indonesia (UI Press).
Petrini O, Sieber TN, Toti L, Viret O. 1992. Ecology, Metabolite Production and
Substrate Utilization in Endophytic Fungi. Natural Toxins. 1: 185-196.
Phongpaichit, Souwalak et al. 2006. Antimicrobial Activity in Cultures of
Endophytic Fungi Isolated from Garcinia Species. Journal FEMS Immunol
Med Microbiol. 48: 367–372.
Pratiwi, Sylvia T. 2008. Mikrobiologi Farmasi. Jakarta: Penerbit Erlangga.
Prihatiningtias, W. 2005. Senyawa Bioaktif Fungi Endofit Akar kuning
(Fibraurea chloroleuca Miers) sebagai Senyawa Antimikroba. Tesis
Sekolah Pascasarjana UGM Yogyakarta.
Sinaga E, Noverita, dan Fitria D. 2009. Daya Antibakteri Fungi Endofit yang
Diisolasi dari Daun dan Rimpang Lengkuas (Alpinia galangal Sw.). Jurnal
Farmasi Indonesia. 4: 161-162.
Sleigh, JD & Timbury, M.C. 1994. Notes on Medical Bacteriology. Tokyo:
Churchill Livingstone.
Sosef, M. S. M., Hong, L. T. & Prawirohatmodjo, S. 1998. PROSEA (Plant
Resources of South East Asia) Timber Trees: Lesser – Known Timber.
Backhuys Publisher, Leyden. (3): 246-249.
Strobel, Gary A et al. 1996. Taxol from Fungal Endophytes and the Issue of
Biodiversity. Journal of Industrial Microbiology. 17: 417-423.
Strobel, Gary A. 2002. Microbial gifts from rain forests. Can J Plant Pathol. 24:
14-20.
Strobel, Gary and Bryn Daisy. 2003. Bioprospecting for Microbial Endophytes
and Their Natural Products. Microbiology and Molecular Biology
Reviews. 67 (4): 491-502.
Strobel, Gary A et al. 2004. Natural Products from Endophytic Microorganisms. J
Nat Prod. (67): 257–68.
Syahrurachman, Agus et al. 1994. Buku Ajar Mikrobiologi Kedokteran Edisi
Revisi. Jakarta: Binarupa Aksara.
Tan RX, Zou WX. 2001. Endophytes: A Rich Source of Functional Metabolites.
Nat Prod Rep. 18: 448-459.
Tilakchand, Mahima, Balaram Naik, & Abhijith S Shetty. 2014. A Comparative
Evaluation of the Effect of 5.25% Sodium Hypochlorite and 2%
Chlorhexidine on the Surface Texture of Gutta-Percha and Resilon Cones
Using Atomic Force Microscope. J Conserv Dent. 17 (1): 18–21.
Valera, M.C et al. 2009. Antimicrobial Activity of Sodium Hypochlorite
Associated with Intracanal Medication for Candida Albicans and
Enterococcus Faecalis Inoculated in Root Canals. J. Appl. Oral Sci. 17
(6): 555-559.
Verheij EWM & Coronel RE. 1992. PROSEA Sumber Daya Nabati Asia
Tenggara. Buah-buahan yang dapat dimakan (2). Bogor.
Waluyo. 2005. Mikrobiologi Umum. Malang: UMPress.
http://id.wikipedia.org/wiki/Struktur_sel_bakteri diakses tanggal 23 Januari 2015
LAMPIRAN
4 helai daun
dan pucuk Alkohol 70% Natrium hipoklorit
daun dipilih selama 1 menit (NaOCl) 5,25%
Air mengalir selama 5 menit
selama 10
menit
Diinkubasi
pada suhu
Media isolasi ruang selama
PDA 14 hari
Media isolasi
Diinkubasi
NA
pada suhu 35ºC
selama 3 hari
Daun dipotong dengan
ukuran ± 1 x 1 cm2
working stock
Bakteri endofit Disubkultur pada culture culture
tumbuh plate medium NA
pada suhu 35ºC Koloni murni
selama 24-48 jam kemudian
dipindahkan ke agar
miring NA dan
diinkubasi selama
24-48 jam pada suhu
35ºC
Koloni kapang
endofit yang telah
murni
Koloni bakteri
endofit murni Diinkubasi pada suhu ruang selama 2 hari
dengan kecepatan shaker 170 rpm
Kontrol
Didapatkan 1
isolat kapang
endofit yaitu
isolat GB5
Hari ke-7
Hari ke-14
Kontrol
Didapatkan 8 isolat kapang endofit
yaitu GB1, GB2, GB4, GB6, GB9,
GB10, GB11, dan GB12
Hari ke-5
Hari ke-14
Kontrol
Didapatkan 8 isolat yaitu isolat GB3, GB7, GB13, GB14, GB15, GB16, GB17,
dan GB18
2) Bakteri Endofit