PENGANTAR BIOMOLEKULER DAN GENETIKA 2

Pemeriksaan genetika molekuler adalah pemeriksaan laboratorium yang dilakukan untuk

mengatahui kelainan genetic pada organism tertentu. Pemeriksaan ini digunakan untuk
konfirmasi diagnosis klinis pasien dengan penyakit genetic, diagnosis presimtomatik pada
individu dengan resiko memiliki kelainan genetic, deteksi carier, dan diagnosis prenatal.
Pemeriksaan ini memiliki beberapa metode, antara lain PCR (Poly Chain Reaction), gel
elektroforesis, RFLP, dan southern blotting. Setiap metode diawali dengan tahap isolasi DNA.
Isolasi DNA merupakan proses pemurnian DNA dari sampel menggunakan metode fisika dan
kimia. Isolasi mengambil bahan dari semua sel yang memiliki nucleus dan bertujuan untuk
mendapatkan DNA genomic untuk digunakan dalam pemeriksaan molekuler atau forensic. DNA
gemnomic digunakan untuk identifikasi individu/paternitas, deteksi polimorfisme, deteksi mutasi
DNA, dan identifikasi mutasi DNA. Langkah langkahnya adalah pelisisan sel dan penghilangan
lipid membrane, penghilangan protein dan RNA, serta presipitasi DNA.

1. Metode PCR
Poly Chain Reaction adalah salah satu metode pemeriksaan genetika molekuler yang
berdasarkan pada kemampuan DNA polymerase untuk mensintesis rantai DNA yang
baru. Di akhir PCR reaction, dapat digunakan jutaan copy dari sekuens DNA spesifik.
Metode ini digunakan untuk Penentuan identitas, forensik, kontrol kualitas produk
industri, diagnosis penyakit
Komponen pada PCR :
–DNA: cetakan untuk membentuk untai DNA baru.
–DNA polymerase: enzim yg digunakan untuk sintesa DNA.
–2 primer PCR : oligonucleotida yg digunakan untuk menentukan lokasi yg akan
diamplifikasi.
–Deoxynucleotide triphosphates (dNTPs): bahan untuk pembentukan untai DNA baru.
–Reaction buffer: larutan kimia untuk membuat kondisi lingkungan optimal.
–Magnesium: kofaktor yg dibutuhkan untuk aktifitas DNA polymerase .
Prinsip pada PCR adalah proses yang diulang antara 20-30 kali siklus. Tiap siklus terdiri
atas tiga tahap yaitu denaturasi, penempelan primer, dan elongasi.

Mekanisme sintesis DNA :

 –DNA polymerase memanjangkan primer dg mengikat dNTP (dATP, dGTP, dCTP or
dTTP) yg merupakan pasangan untai DNA

–Untai DNA baru berupa komplementer dari antai yg dicetak.

–dNTP ditambahkan pada ujung 3´ untai DNA, arah pembentukan DNA baru 5´ ke 3´ .
Thermal Cycling Programs :
–DNA polymerase memanjangkan primer dg mengikat dNTP (dATP, dGTP, dCTP or
dTTP) yg merupakan pasangan untai DNA

–Untai DNA baru berupa komplementer dari antai yg dicetak.

–dNTP ditambahkan pada ujung 3´ untai DNA, arah pembentukan DNA baru 5´ ke 3´ .
2. Gel elektroforesis
Gel elektroforesis adalah metode laboratorium yang digunakan untuk memisahkan
campuran dari DNA, RNA, atau protein berdasarkan ukuran molekularnya. Pada gel
elektroforesis (agarose), molekul yang akan dipisahkan didorong menggunakan medan
listrik melalui gel yang mengandung pori kecil. Molekul akan berpindah melalui pori
dalam kecepatan yang sebanding dengan panjangnya. Dapat dilihat bahwa molekul DNA
yang kecil akan berpindah lebih jauh daripada molekul DNA yang besar.

3. RFLP
Restriction Fragment Length Polymorphism adalah teknik genetika molekuler yang dapat
digunakan untuk membandingkan sekuen DNA yang normal dengan sampel dengan
menggunakan enzim restriksi.
Enzim restriksi akan memotong sekuens spesifik dari DNA yang disebut restriction sites.
Setelah segmen DNA dipotong-potong, laboran akan menggunakan metode gel
elektroforesis untuk memisahkan fragmen DNA berdasarkan ukurannya. Jika dua orang
memiliki perbedaan sekuens DNA pada restriction sites, enzim restriksi akan memotong
DNA dengan panjang yang berbeda pula. Sehingga metode ini dapat digunakan untuk
genome mapping, deteksi lokasi pada kelainan genetik, penentuan resiko penyakit dan tes
paternitas.
4. Southern blotting
Southern blotting adalah suatu teknik yang digunakan untuk memberikan probe pada
kondisi spesifik dari sekuen DNA dengan menggunakan label radioaktif maupun non
radioaktif yg memberikan blot pada membran nitroselulosa.
Teknik :
 Memotong DNA menggunakan enzim restriksi
 Memisahkan fragmen menggunakan metode gel elektroforesis
 Denaturasi DNA. Rendam dalan 0.5 M NaOH sehingga akan memisahkan DNA
untai ganda menjadi DNA untai tunggal.
 Memindahkan DNA yang telah terdenaturasi pada membrane. Membran yang
digunakan adalah nitroselulosa, namun nilon ataupun membrane yang bermuatan
 positif juga dapat digunakan. Pemindahan menggunakan metode kapilaritas dan
memakan waktu beberapa jam. Perlakukan dengan diberi UV light.
 Memeriksa membrane dengan ssDNA (single strand DNA) yagn telah dilabel
 Melihat sekuens target secara radioaktif
Konseling Genetika
Merupaka aktifitas komprehensif yang dilakukan untuk dengan yang menitikberatkan pada
edukasi dan psikoterapi untuk pasien/keluarga dengan kelainan genetik .
Prinsip : Komunikasi dengan pasien atau keluarga dengan kelainan genetic meliputi kondisi
genetik dari pasien, pola penurunan, faktor resiko & resiko berulang, serta hal-hal spesifik
tentang kelainan genetik tertentu.
Langkah - langkah :
 Wawancara / anamnesis (termasuk riwayat penyakit, pohon keluarga & riwayat penyakit
keluarga)

 Pemeriksaan fisik (apakah mengarah pada kelainan genetik tertentu)

 Konfirmasi laboratorium dengan pemeriksaan sitogenetika dan atau genetika molekuler

 Penyampaian hasil

 Edukasi

 Rujukan (bila perlu)

Genetika Molekuler dan Kedokteran Kehakiman

 Genetika molekuler terutama diperlukan untuk penentuan identitas.

 Dasar penentuan menggunakan metode polimorfisme.
Polimorfisme terjadi apabila dua atau lebih fenotipe terbentuk pada organisme dengan
spesies yang sama, dengan kata lain terjadinya lebih dari satu bentuk dalam spesies yang
sama
 Polimorfisme ini dapat diidentifikasi menggunakan metode Short Tandem Repeat (STR)
dan Single Nucleotide Polymorphism (SNP). Metode ini berguna untuk investigasi
forensik, orang hilang dan paternitas
 STR adalah genom manusia yang penuh akan sekuens DNA yang berulang. SNP adalah
bentuk variasi materi genetic yang ditunjukkan oleh perbedaan nukleotida tunggal.