1.

Model-Model Replikasi
Replikasi atau perbanyakan asam nukleat dilakukan dengan dua cara yaitu replikasi dan transkripsi.
Kedua proses tersebut digunakan satu utasan asam nukleat sebagai modelnya.Dalam proses replikasi
perbanyakan satu molekul asam nukleat dilakukan dengan menggunakan dirinya sebagai model cetakan.
Menurut pada ahli, ada tiga model replikasi DNA yaitu :
1. Model konservatif, Double helix parental tetap utuh, disampingnya dicetak molekul DNA baru
2. Model semikonservatif, Dua pita spiral dari double helix memisahkan diri, tiap pita tunggal dari double
helix parental ini berlaku sebagai cetakan (template) untuk membentuk pita pasangan yang baru.
3. Model dispersif, Kedua pita dari double helix parental putus dibeberapa tempat kemudian dibentuk
segmen-segmen DNA baru Selanjutnya potongan-potongan DNA parental dan DNA baru
bersambungan dan menghasilkan dua double helix baru.

Gambar 1 : Tiga model replikasi

Pada tahun 1958 Matthew Meselson dan Franklin Stahl berhasil menunjukkan secara empiris bahwa
replikasi DNA berlangsung dengan mekanisme secara semikonservatif. Meselson dan Stahl melakukan
eksperimen untuk mengetahui mekanisme replikasi DNA dengan menggunakan bakteri Escherichia coli.
Pertama kali, bakteri E.coli ditumbuhkan dalam medium yang mengandung nitrogen “berat” yaitu
isotop 15N selama beberapa generasi. Dengan cara demikian maka molekul DNA induk mempunyai label
berupa isotop berat sehingga molekulnya mempunyai densitas yang lebih tinggi dibanding DNA normal.
Sel-sel yang molekul DNA-nya sudah berlabel tersebut kemudian dipindahkan ke medium baru yang
mengandung isotop nitrogen yang “ringan“, yaitu 14N. Pada selang waktu tertentu setelah dipindahkan ke
medium baru, sampel sel dipanen dan DNA-nya diisolasi. DNA hasil isolat tersebut kemudian
disentrifugasi dengan ultrasentrifugasi gradien CsCl untuk menentukan densitas molekul DNA-nya. Hasil
pengukuran densitas DNA yang diisolasi pada generasi pertama, semua DNA mempunyai densitas
molekul hibrid, yaitu densitas yang dihasilkan oleh gabungan molekul DNA yang mengandung 15N
dan 14N. Sebelum dipindahkan ke medium yang mengandung 14N ( yaitu generasi ke 0), kedua untaian
DNA induk mengandung isotop 15N. Pada generasi kedua, densitas molekul DNA terdiri atas dua
kelompok yaitu yang mempunyai densitas molekul hibrid dan yang mempunyai densitas lebih rendah
dibanding dengan densitas molekul hibrid. Kelompok kedua tersebut terdiri atas molekul DNA yang
kedua untaiannya mengandung isotop 14N.
Hasil eksperimen Meselson dan Stahl tersebut menunjukkan bahwa molekul DNA anakan terdiri atas
satu untai DNA induk dan satu untai DNA hasil sintesis baru sehingga sesuai dengan model replikasi
secara semikonservatif. Hasil eksperimen tersebut kemudian dikonfirmasi lagi dengan eksperimen kedua.
Dalam eksperimen ini, molekul DNA hibrid didenaturasi dengan pemanasan pada suhu 100 0C, kemudian
disentrifugasi dalam gradien CsCl. DNA yang sudah didenaturasi tersebut menghasilkan dua pita DNA
yang terdiri atas untai tunggal DNA yang mengandung 15N dan untai-tunggal DNA yang mengandung 14N.
Berdasarkan atas eksperimen dapat disimpulkan bahwa replikasi DNA berlangsung secara
semikonservatif.

Gambar 2: Semi konservatif (Masselson-Stahl)1958

Gambar 3: Percobaan Matthew Meselson dan Franklin

1. Komponen-Komponen penting Dalam replikasi. Replikasi bahan genetik ditentukan oleh beberapa
komopen utama yaitu :DNA cetakan, yaitu molekul DNA atau RNA yang akan direplikasi. Molekul
deoksiribonukleotida, yaitu dATP, dTTP, dCTP, dan dGTP.Deoksiribonukleotida terdiri atas tiga
komponen yaitu:
1. Basa purin atau pirimidin
2. Gula 5- karbon (deoksiribosa)
3. Gugus fosfat
4. Enzim DNA polimerase, yaitu enzim utama yang mengkatalisis proses polimerase nukleotida
menjadi untaian DNA. Pada eukariotik terdapat lima macam DNA polimerase yaitu DNA
polimerase α, DNA polimerase δ, DNA polimerase ε, DNA polimerase β , dan DNA polimerase γ.
5. Enzim primase yaitu, enzim yang mengkatalisis sintesis primer untuk memulai replikasi DNA.
6. Enzim pembuka ikatan untaian DNA induk, yaitu enzim helikase dan enzim lain yang membantu
proses tersebut yaitu enzim girase
7. Molekul protein yang menstabilkan untaian DNA yang sudah terbuka, yaitu protein SSB (single
strand binding protein)
8. Enzim DNA ligase, yaitu suatu enzim yang berfungsi untuk meyambung fragmen-fragmen DNA
9. Syarat-Syarat Terjadinya Replikasi
10. Titik awal replikasi
Proses replikasi selalu dimulai pada wilayah tertentu yaitu titik awal replikasi (ori). Molekul DNA yang
dapat bereplikasi atau mengandung titik ori disebut replikon , kromosom E.coli : Satu titik ori (Ori C),
Plasmid F : dua titik ori (Ori V, ori T), Kromosom Eukariot : Lebih dari satu titik ori, Kromosom mitokondria
: dua titik ori.

1. Utas ganda (double helix)

Untuk berlangsungnya proses replikasi diperlukan adanya asam nukleat berutas ganda (double helix).
Adanya dua utas polinukleotida serta perpasangan antiparalel antara basa-basanya, memungkinkan satu
utasan dari DNA tersebut menjadi model untuk utasan yang lainnya.

2. Sintesis DNA mempunyai arah pertumbuhan 5 ke 3

Proses sintesis DNA dua nukleotida digabungkan satu dengan lain dengan cara merangkaikan karbon
gula kelima (C5) yang mengandung fosfat dari satu nukleotida kepada karbon gula ketiga (C3) yang
mengandung OH dari nukleotida lain.

3. Replikasi berjalan secara bertahap

Proses replikasi berlangsung dua kejadian:

1. Penguraian helix ganda menjadi utasan tunggal

2. Sintesis rantai baru dengan menggunakan utasan tunggal tersebut sebagai model yang sekaligus
menjadikan helix ganda yang utuh.
Pada percabangan replikasi terdapat 2 cabang yang berbeda ujungnya yaitu :

Ujung 3 OH (cabang “Leading”)

Arah sintesis berjalan dari ujung menuju pangkal percabangan, maka sintesis berjalan secara kontinu
sejalan dengan proses penguraian pilinan heliks ganda. Pada replikasi DNA, untaian pengawal (leading
strand) ialah untaian DNA yang disintesis dengan arah 5’→3′ secara berkesinambungan. Pada untaian
ini, DNA polimerase mampu membentuk DNA menggunakan ujung 3′-OH bebas dari sebuah primer RNA
dan sintesis DNA berlangsung secara berkesinambungan, searah dengan arah pergerakan garpu
replikasi.

Ujung 5 P (cabang “Lagging”)

Sintesis dimulai pada pangkal percabangan dan bergerak ke ujung cabang, maka setiap saat pergerakan
penguraian helix ganda akan muncul titik awal baru yang diikuti oleh sintesis dengan arah ke bagian luar
cabang

Pada utas “lagging” sintesis berjalan secara diskontinu, dan akan ditemukan fragmen, Fragmen Okazaki
(Reiji Okazaki, 1969)
Lagging strand ialah untaian DNA yang terletak pada sisi yang berseberangan dengan leading strand
pada garpu replikasi. Untaian ini disintesis dalam segmen-segmen yang disebut fragmen Okazaki. Pada
untaian ini, primase membentuk primer RNA. DNA polimerase dengan demikian dapat menggunakan
gugus OH 3′ bebas pada primer RNA tersebut untuk mensintesis DNA dengan arah 5’→3′. Fragmen
primer RNA tersebut lalu disingkirkan (misalnya dengan RNase H dan DNA Polimerase I) dan
deoksiribonukleotida baru ditambahkan untuk mengisi celah yang tadinya ditempati oleh RNA. DNA
ligase lalu menyambungkan fragmen-fragmen Okazaki tersebut sehingga sintesis lagging strand menjadi
lengkap.
Garpu replikasi
Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication fork) ialah struktur yang terbentuk ketika DNA
bereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk akibat enzim helikase yang memutus ikatan-ikatan hidrogen yang
menyatukan kedua untaian DNA, membuat terbukanya untaian ganda tersebut menjadi dua cabang yang
masing-masing terdiri dari sebuah untaian tunggal DNA. Masing-masing cabang tersebut menjadi
“cetakan” untuk pembentukan dua untaian DNA baru berdasarkan urutan nukleotida komplementernya.
DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan memperpanjang oligonukleotida yang dibentuk
oleh enzim primase dan disebut primer.
DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan menambahkan nukleotida—dalam hal ini,
deoksiribonukleotida—ke ujung 3′-hidroksil bebas nukleotida rantai DNA yang sedang tumbuh. Dengan
kata lain, rantai DNA baru disintesis dari arah 5’→3′, sedangkan DNA polimerase bergerak pada DNA
“induk” dengan arah 3’→5′. Namun demikian, salah satu untaian DNA induk pada garpu replikasi
berorientasi 3’→5′, sementara untaian lainnya berorientasi 5’→3′, dan helikase bergerak membuka
untaian rangkap DNA dengan arah 5’→3′. Oleh karena itu, replikasi harus berlangsung pada kedua arah
berlawanan tersebut.

Dinamika pada garpu replikasi

Bukti-bukti yang ditemukan belakangan ini menunjukkan bahwa enzim dan protein yang terlibat dalam
replikasi DNA tetap berada pada garpu replikasi sementara DNA membentuk gelung untuk
mempertahankan pembentukan DNA ke dua arah. Hal ini merupakan akibat dari interaksi antara DNA
polimerase, sliding clamp, dan clamp loader.

Sliding clamp pada semua jenis makhluk hidup memiliki struktur serupa dan mampu berinteraksi dengan
berbagai DNA polimerase prosesif maupun non-prosesif yang ditemukan di sel. Selain itu, sliding clamp
berfungsi sebagai suatu faktor prosesivitas. Ujung-C sliding clamp membentuk gelungan yang mampu
berinteraksi dengan protein-protein lain yang terlibat dalam replikasi DNA (seperti DNA polimerase dan
clamp loader). Bagian dalam sliding clamp memungkinkan DNA bergerak melaluinya. Sliding clamp tidak
membentuk interaksi spesifik dengan DNA. Terdapat lubang 35A besar di tengah clamp ini. Lubang
tersebut berukuran sesuai untuk dilalui DNA dan air menempati tempat sisanya sehingga clamp dapat
bergeser pada sepanjang DNA. Begitu polimerase mencapai ujung templat atau mendeteksi DNA
berutas ganda, sliding clamp mengalami perubahan konformasi yang melepaskan DNA polimerase.

Clamp loader merupakan protein bersubunit banyak yang mampu menempel pada sliding clamp dan
DNA polimerase. Dengan hidrolisis ATP, clamp loader terlepas dari sliding clamp sehingga DNA
polimerase menempel pada sliding clamp. Sliding clamp hanya dapat berikatan pada polimerase selama
terjadinya sintesis utas tunggal DNA. Jika DNA rantai tunggal sudah habis, polimerase mampu berikatan
dengan subunit pada clamp loader dan bergerak ke posisi baru pada lagging strand. Pada leading
strand, DNA polimerase IIIbergabung dengan clamp loader dan berikatan dengan sliding clamp.