satu, terdiri dari tidak lebih dari beberapa nukleotida) oleh yang lain

(biasanya panjangyang tidak memiliki kesamaan dengan orde asli). Rekombinasi

khusus situs bertanggung jawab, misalnya, untuk integrasi genom fag ke dalam
kromosom bakteri. Dari sudut pandang mutasi, karena itu alami untuk
memperlakukan rekombinasi khusus situs sebagai jenis penyisipan. Rekombinasi
timbal balik dengan mutasi substitusi adalah a pembangkit kuat variabilitas
genetik Misalnya, rekombinasi antara urutan 5'-AACT-3 'dan 5' - CACG-3 'dapat
menghasilkan dua urutan baru: 5'-AACG-3 'dan 5'-CACT - 3'. Semakin banyak
alel, maka lebih banyak alel akan muncul melalui rekombinasi, dan laju produksi
Varian genetik baru mungkin menjadi sangat tinggi. Golding dan Strobeck (1983)
menyebut fenomena ini sebagai "variasi melahirkan variasi."

GAMBAR 1.14 Struktur Holliday. Perhatikan DNA heteroduplex terdiri dari

Untaian Chromatid tidak cocok (untaian abu-abu dan putih).
GAMBAR 1.15 Hasil yang mungkin dari resolusi persimpangan Holliday dan
eksisi berikutnya dan koreksi ketidakcocokan DNA heteroduplex. Setiap "pita"
mewakili satu helai heliks ganda. Daerah beruntai ganda berwarna hitam dan
string putih menunjukkan ketidakcocokan. Garis bergelombang menunjukkan
lokasi eksisi dan memperbaiki ketidakcocokan. Catatan itu tergantung pada jenis
resolusi dan pilihan untai untuk eksisi dan perbaikan, kami tidak mendapatkan
rekombinasi (a), persimpangan lebih dari (b, e, f), konversi gen (c, d), atau
konversi silang plus gen (g, h).

Penghapusan dan penyisipan

Penghapusan dan penyisipan dapat terjadi oleh beberapa mekanisme. Satu

mekanisme adalah silang tidak sama. Gambar 1.16a menunjukkan model
sederhana, di mana itu tidak samapersimpangan antara dua hasil kromosom dalam
penghapusan segmen DNAdalam satu kromosom dan tambahan timbal balik di
yang lain. Kesempatanpersilangan yang tidak sama sangat meningkat jika segmen
DNA diduplikasi tandem (Gambar 1.16b) karena probabilitas misalignment yang
lebih tinggi.

Mekanisme lain adalah penghapusan infrastruktur, sejenis rekombinasi

khusus lokasi yang muncul ketika urutan yang berulang berpasangan dengan yang
lain dalam yang sama orientasi pada kromatid yang sama, dan persimpangan
intrachromosomal peristiwa terjadi sebagai akibatnya (Gambar 1.17). Misalnya,
dalam Escherichia coli, penghapusan spontan pada gen lain sering tampaknya
disebabkan oleh infrastruktur rekombinasi yang melibatkan bidang kecil
kesamaan. Eksisi yang tepat dari Unsur transposable sering melibatkan
rekombinasi antara direct re

GAMBAR 1.16 (a) Menyeberang menyebabkan penghapusan DNA yang tidak

merata urutan di salah satu helai putri dan duplikat urutan yang sama di untai
lainnya. (B) Ketika segmen DNA digandakan bersama, peluang Ketidakselarasan
meningkat, demikian juga kesempatan untuk menyeberang dengan
ketidaksetaraan. Sebuah kotak menunjukkan hamparan DNA tertentu.
Dimodifikasi dari Li (1997).

gambut, 5-9 pasangan basa panjang, mengapit elemen (Bab 7). Begitu pula
dengan infrastruktur penghapusan bertanggung jawab untuk mengurangi jumlah
pengulangan di struktur tandem, seperti DNA berulang sederhana dan DNA satelit
(Bab 8). Mekanisme ketiga adalah replikasi slippage, atau slipped-strand
mispairing. Jenis peristiwa ini terjadi di wilayah DNA yang berisi respons pendek
yang berdekatan
GAMBAR 1.17 Generasi penghapusan oleh proses penghapusan infrastruktur.
Bahwa urutan berulang (panah) yang berorientasi pada arah yang sama bergabung
kembali (x) untuk menghasilkan penghapusan genomik (kiri) dan elemen
ekstrachromosomal (kanan).

gambut Gambar 1.18a menunjukkan bahwa, selama replikasi DNA, selip dapat
terjadikarena pasangan yang salah antara tetangga, dan slippage dapat terjadibaik
dalam penghapusan atau duplikasi segmen DNA, tergantung padaapakah selip
terjadi di arah 5 '- * 3' atau di arah yang berlawanan.Gambar 1.18b menunjukkan
bahwa tergelincirnya salah pasang juga dapat terjadi pada nonreplikasi

DNA. Mekanisme keempat yang bertanggung jawab untuk penyisipan

atau penghapusan Urutan DNA adalah transposisi DNA (Bab 7). Penghapusan
dan penyisipan secara kolektif disebut sebagai indels (kependekan dari
penyisipan- atau-penghapusan), karena ketika dua urutan dibandingkan, itu tidak
mungkin untuk mengetahui apakah telah terjadi penghapusan atau penyisipan
yang lain (Bab 3). Jumlah nukleotida dalam suatu indel berkisar dari satu atau
beberapa nukleotida ke bentangan yang berdekatan yang melibatkan ribuan
nukleotida. Panjang indel pada dasarnya menunjukkan jenis frekuensi bimodal
distribusi, dengan indels pendek (hingga 20-30 nukleotida) paling sering
disebabkan oleh kesalahan dalam proses replikasi DNA, seperti slipped strands
salah didiskusikan di atas, dan dengan penyisipan panjang atau penghapusan
terjadi terutama karena penyeberangan yang tidak setara, rekombinasi khusus
lokasi, Transposisi DNA, atau transfer gen horizontal (Bab 7). Di wilayah
pengkodean, indel bukan kelipatan dari tiga nukleotida menyebabkan pergeseran
dalam bingkai bacaan sehingga urutan pengkodean hilir
GAMBAR 1.18. Duplikasi generasi atau penghapusan demi helai slip antara
pengulangan berdekatan (bergaris bawah). Panah kecil menunjukkan arah sintesis
DNA. Point menunjukkan pasangan. (A) Slip dua basis di TA ulangi area tersebut
selama replikasi DNA. Kelicinan ke arah 3 '--- 5' menghasilkan penyisipan satu
unit pengulangan TA (panel kiri). Masukkan arah lainnya (5 '-> 3') menghasilkan
penghapusan satu unit berulang (panel kanan). Pemindahan ditampilkan di panel
kanan hasil eksisi dari unit berulang yang tidak berpasangan (tanda bintang) di 3
'ujung untai yang tumbuh, mungkin oleh Kegiatan 3 '-> 5' DNA polimerase
exonuclease. (B) Selip dua dasar dalam pengulangan TA wilayah dalam DNA
yang tidak mereplikasi. Ketidakcocokan daerah membentuk loop untai tunggal,
yang mungkin menjadi target peningkatan eksisi dan ketidakcocokan. Bahwa
hasilnya (penghapusan atau penyisipan) akan tergantung di mana helai dipotong
dan diperbaiki dan untai mana yang digunakan sebagai templat dalam DNA
proses perbaikan. Dimodifikasi dari Levinson dan Gutman (1987).

Kesenjangan akan dibaca pada fase yang salah. Mutasi seperti itu dikenal
sebagai a mutasi frameshift. Akibatnya, indels mungkin tidak hanya
memperkenalkan banyak perubahan asam amino, tetapi juga dapat melenyapkan
kodon terminasi atau membawanya ke fase menghentikan kodon baru,
menghasilkan protein dengan panjang abnormal (Gbr. 1.19).

Pembalikan

Inversi adalah jenis penataan ulang DNA yang dapat terjadi setelah salah
satu dari keduanya prosesnya: (1) kerusakan dan rekombinasi kromosom, atau (2)
intrachromosomal melintasi antara dua segmen homolog yang berlawanan arah
(Gambar 1.20). Sebagian besar inversi yang diketahui melibatkan sangat
rentangan panjang DNA, biasanya panjangnya ratusan atau ribuan nukleotida.

Tingkat mutasi

Karena kelangkaan mutasi, laju mutasi spontan sangat sulit untuk

menentukan secara langsung, dan saat ini hanya ada beberapa perkiraan seperti itu
ada pada tingkat urutan DNA (misalnya, Drake et al. 1998). Tingkat mutasi,
Namun, dapat diperkirakan secara tidak langsung dari tingkat substitusi pada
pseudogen (Bab 4). Li et al. (1985a) dan Kondrashov dan Crow (1993)
memperkirakan rata-rata tingkat mutasi pada DNA inti mamalia menjadi 3 hingga
5 x 10-9 nukleotida substitusi per situs nukleotida per tahun. Tingkat mutasi,
bagaimanapun,

GAMBAR 1.19 Contoh frameshifts dalam bingkai membaca. (a) Hapus buku a
menyebabkan penghentian prematur. (B) Eliminasi huruf A menghilangkan stop
kodon. (c) Penyisipan G menghapus stop kodon. (D) Penyisipan nukleotida GA
menyebabkan penghentian prematur terjemahan. Stop kodon ditampilkan dalam
huruf teba

Sangat bervariasi dengan wilayah genom; dalam mikrosatelit, misalnya,

rate insersi dan pemindahan pada manusia diperkirakan lebih besar dari 10-3
(Brinkmann et al. 1998). Tingkat mutasi pada DNA mitokondria mamalia telah
diperkirakan setidaknya 10 kali lebih tinggi dari rata-rata laju nuklir (Brown et Al
1982). Virus RNA memiliki polimerase rawan kesalahan (mis., Kurang
proofreading mekanisme), dan mereka tidak memiliki mekanisme perbaikan
pasca-replikasi yang efisien kerusakan mutasional. Dengan demikian, tingkat
mutasi mereka adalah beberapa urutan besarnya lebih tinggi dari organisme
dengan genom DNA. Gojobori dan Yokoyama (1985), misalnya, memperkirakan
tingkat mutasi pada influenza Virus moline murine dan virus sarkoma sudah beres

GAMBAR 1.20 Mekanisme inversi. (A) Kerusakan dan penyatuan kembali

kromosom. (B) Crossing over (Wb) antara segmen homolog (panah) pada
kromosom yang sama berorientasi pada arah yang berlawanan menghasilkan
inversi yang melibatkan Urutan DNA antara repeater terbalik homogen.

10-2 mutasi per situs nukleotida per tahun, yaitu sekitar 2 juta kali lebih
tinggi dari tingkat mutasi pada DNA nukleus vertebrata. Harga mutasi pada virus
sarkoma Rous mungkin bahkan lebih tinggi, seperti 9 mutasi terdeteksi dari
65.250 nukleotida yang direplikasi, yaitu laju 1,4 x 10-4 mutasi per nukleotida per
siklus replikasi (Leider et al. 1988). Hanya ada beberapa perkiraan langsung
tentang penghapusan, penyisipan, rekombinasi, dan inversi dalam literatur
(misalnya, Sommer 1995).

Distribusi mutasi spasial Mutasi tidak terjadi secara acak di seluruh genom.

Beberapa daerah lebih rentan terhadap mutasi daripada yang lain, dan
mereka disebut hotspot mutasi. Salah satu hotspot tersebut adalah 5'-CG-3
'dinucleotide (sering dilambangkan sebagai CpG), di di mana sitosin sering
dimetilasi dalam banyak genom hewan, sitosin berubah ke 5'-TG-3 '. Dinucleotide
5'-TT-3 adalah hotspot mutasi di prokariota tetapi biasanya tidak pada eukariota.
Pada bakteri, daerah yang dalam DNA yang mengandung palindrom pendek
(yaitu, urutan yang membaca sama di untaian komplementer, seperti 5'-
GCCGGC-3 ', 5'-GGCGCC-3', dan 5'-GGGCCC-3 ') ditemukan lebih rentan
terhadap mutasi daripada daerah lain. Dalam genom eukariotik, pengulangan
tandem pendek sering menjadi hotspot untuk dihapus dan penyisipan, mungkin
sebagai akibat dari tergelincirnya salah pasang. Memesan mengandung aliran
dimer purin-pirimidin bergantian, seperti GC, AT, dan GT, mampu mengadopsi
konformasi DNA kidal yang disebut Z-DNA, yang merupakan hotspot untuk
penghapusan yang melibatkan basis jumlah genap pasangan (Freund et al. 1989).

Pola Mutasi

Arah mutasi adalah nonrandom. Secara khusus, transisi ditemukan terjadi

lebih sering daripada transversi. Dalam DNA nuklir hewan, transisi menemukan
sekitar 60-70% dari semua mutasi, sedangkan Proporsi transisi di bawah mutasi
acak diperkirakan hanya 33%. Jadi, dalam genom nuklir hewan, mutasi transisi
terjadi dua kali lebih sering sebagai transversi. Pada genom mitokondria hewan,
rasio transisi untuk transversi sekitar 15 hingga 20. Beberapa nukleotida lagi dapat
berubah dari yang lain. Misalnya, dalam DNA inti mamalia, G dan C cenderung
bermutasi lebih sering daripada A dan T.

Apakah mutasi itu acak?

Mutasi umumnya dikatakan terjadi "secara acak." Namun, seperti yang

kita miliki lihat, mutasi tidak terjadi secara acak sehubungan dengan lokasi genom
juga apakah semua jenis mutasi terjadi dengan frekuensi yang sama. Jadi, aspek
mutasi apa Apakah ini acak? Mutasi diklaim secara acak sehubungan dengan
efeknya pada kebugaran organisme yang membawa mereka (Bab 2). Itu juga
mutasi yang diberikan diharapkan terjadi dengan frekuensi yang sama dalam
kondisi di mana mutasi ini bermanfaat bagi pembawa organisme itu, seperti dalam
kondisi di mana mutasi ini tidak memberikan manfaat atau kerusakan. "Ini
mungkin tampak sebagai ketidaksempurnaan alami yang menyedihkan," kata
Dobzhansky (1970), "bahwa mutabilitas tidak terbatas pada perubahan yang
meningkatkan kemampuan dari pembawa mereka. "Dan memang, masalahnya
adalah apakah mutasi itu acak atau tidak tidak sehubungan dengan efeknya pada
kebugaran secara teratur diperdebatkan dalam literatur, kadang-kadang dengan
intensitas yang kuat (lihat, misalnya, Hall 1990; Lenski dan Mittler 1993;
Rosenberg et al. 1994; dan Sniegowski 1995).