MODIFIKASI PASCA TRANSKRIPSI

Mekanisme sintesis RNA pada prokaryot dan eukaryot hampir sebagian besar sama,
namun pada eukaryot proses sintesis berjalan jauh lebih kompleks. Pada eukaryot, RNA
disintesis di nukleus sedangkan hampir seluruh RNA yang mengkode protein harus ditransport
ke sitoplasma untuk ditranslasikan di ribosom. Fakta yang disajikan bahwa beberapa translasi
terjadi di nukleus, namun jelas bahwa mayoritas translasi terjadi di sitoplasma.
Pada eukaryot, populasi transkrip primer pada nukleus disebut dengan heterogeneous
nuclear RNA (hnRNA). Umumnya transkrip RNA diselubungi oleh RNA-binding protein
(Rbp) sesaat setelah ditranskripsi selama pemrosesan hingga ditransport menuju sitoplasma
untuk mencegah degradasi oleh ribonuklease yaitu enzim yang mendegradasi molekul RNA.
Ikatan dengan Rbp tersebut juga menyebabkan transkrip primer dapat bertahan hingga 5 jam,
jauh berbeda dengan pada E.coli yang hanya dapat bertahan selama kurang lebih 5 menit saja.
Pada eukaryot umumnya RNA melalui tiga jenis modifikasi sebelum ditransport ke sitoplasma
untuk ditranslasikan oleh ribosom, termasuk eksisi intron. Modifikasi ini disebabkan oleh 5
enzim berbeda yang mengkatalis transkripsi pada eukariotik. Modifikasi tersebut akan
dijelaskan pada Gambar 1 dan berikut ini adalah penjelasannya:
1) penambahan tudung 7-Methyl guanosin pada ujung 5’ dari RNA primer;
2) penambahan ekor Poly (A) pada ujung 3’ RNA;
3) pemotongan sekuen intron dari RNA (jika ada).
Pemanjangan Rantai RNA dan Penambahan Methyl Guanosin pada Ujung 5’
Pemanjangan rantai RNA dikatalis oleh RNA polymerase. Proses pemanjangan dimulai
dengan penambahan tudung 7-methyl guanosin (7-MG) pada ujung 5’ dari pre-mRNA. Tudung
7-MG ini ditambahkan ketika rantai RNA telah mencapai panjang kurang lebih 30 nukleotida
(gambar 2).
 Gambar 2. Tiga jenis modifikasi pasca transkripsi pada eukaryot

Gambar 3. Penambahan 7-Methyl guanosin (7-MG) pada ujung 5' dari pre-mRNA sesaat
setelah proses elongasi dimulai
Penambahan Ekor Poly(A) pada ujung 3’
Ujung 3’ RNA transkrip yang disintesis oleh RNA polymerase II dihasilkan pada saat
pembelahan transkrip primer bukan saat proses terminasi. Proses terminasi (penghentian)
transkripsi sebenarnya terjadi pada area yang terletak pada jarak 1000 hingga 2000 nukleotida
dari area dimana akan terbentuk ujung 3’ pada RNA transkrip. Sehingga hasil transkripsi yang
berada pada area setelah ujung 3’ akan dipotong oleh pembelahan endonukleolitik. Peristiwa
pembelahan yang menghasilkan ujung 3’ pada transkrip umumnya terjadi pada area 11 hingga
30 nukleotida dari sinyal polyadenylation, konsensus AAUAAA, dan sebelum sekuean dimana
terdapat banyak basa GU yang terletak didekat ujung transkrip. Setelah proses pembelahan
enzim poly(A) polymerase menambahkan ekor poly(A), yang berupa area residu adenosin
monophosphate sepanjang kurang lebih 200 nukleotida pada ujung 3’ transkrip. Penambahan
ekor poly(A) pada mRNA eukaryot disebut polyadenylation. Ekor poly(A) pada mRNA
eukaryot memegang peranan penting dalam mekanisme transport dari nukleus menuju
sitoplasma.
Gambar 4. Ekor Poly(A) ditambahkan pada ujung 3' transkrip oleh enzim poly(A) polymerase.
Substrat ujung 3' untuk poly(A) polymerase dihasilkan dari pembelahan endonucleolytic pada
ujung transkrip akibat adanya sinyal polyadenylation,berupa sekuen AAUAAA
Penghilangan Sekuen Intron dengan Splicing RNA
Sebagian besar, tetapi tidak seluruhnya gen pada eukariot terbagi menjadi coding
sequences (exon) dan noncoding sequences (intron). Tidak banyak gen pada sel prokariot yang
mengandung daerah intron. Walaupun intron banyak ditemukan pada hewan tingkat tinggi dan
tumbuhan, namun intron tidak memiliki peran essensial dibuktikan dengan tidak semua gen
memiliki intron. Penelitian terbaru melaporkan bahwa intron memiliki peran dalam mengatur
ekspresi gen, namun itu juga kurang jelas. Oleh karena itu intron harus dipotong melalui
splicing RNA. Mekanisme penggabungan exon dengan nukleotida tunggal harus hati-hati
untuk memastikan bahwa kodon di ekson tersebut bisa diterjemahkan dengan tepat sehingga
menghasilkan urutan asam amino yang tepat di produk polipeptida seperti pada Gambar 5.
Berikut adalah 3 tahap penghilangan sekuen intron dari primer RNA transkrip:
1. Intron prekursor tRNA dipotong tepat pada saat pembelahan inti dan reaksi ligasi yang
dikatalisis oleh enzim endonuklease.
2. Intron dari beberapa prekursor rRNA dihapus secara autokatalis dalam suatu reaksi yang
unik dimana reaksi itu dimediasi oleh molekul RNA itu sendiri. (Tidak ada aktivitas
enzimatik protein terlibat.)
3. Intron dari pre-mRNA transkrip (hnRNA) digabungkan melalui dua tahap reaksi yang
dipengaruhi kompleks partikel ribonukleoprotein yang disebut “spliceosomes”.
 Gambar 5. Penghilangan sekuen intron dari transkrip primer dengan splicing RNA
Adapun penjelasan dari masing-masing langkah pemotongan intron dari RNA transkrip
dapat dijabarkan sebagai berikut:
Splicing Prekursor tRNA: Kekhususan Nuklease dan Ligase
Proses splicing prekursor tRNA telah bekerja secara efektif pada yeast (Saccaromyces
cerevisiae). Sistem splicing secara in-vitro maupun penyambungan mutan telah digunakan
pada proses splicing tRNA pada Saccaromyces cerevisiae. Proses pemotongan precursor tRNA
terjadi dalam dua tahap, yaitu:
1) Tahap pertama, sebuah ikatan membrane inti, splicing endonuclease membuat dua
potongan tepat pada ujung dari intron.
2) Tahap kedua, sebuah splicing ligase menggabungkan dua bagian dari tRNA untuk
menghasilkan molekul tRNA dewasa.
Autokatalisis Splicing Pada Precursor Tetrahymena tRNA
Proses metabolisme terjadi karena reaksi katalisis enzim. Enzim-enzim tersebut
merupakan polypeptida tunggal dan enzim tersebut membutuhkan kofaktor yang
mempunyai struktur nonprotein agar enzim tersebut bisa berfungsi dengan baik. Jadi,
intron pada precursor tRNA dari Tetrahymena dipotong tanpa menggunakan protein dan
proses pemotongan ini sangat penting bagi tRNA itu sendiri. Beberapa proses autokatalisis
tersebut terjadi pada precursor rRNA beberapa eukariot dan precursor rRNA, tRNA, dan
mRNA mitokondria.
Pemotongan secara autokatalisis pada intron dalam precursor
rRNA Tetrahymena tidak membutuhkan tenaga eksternal dan juga protein. Akan tetapi
 proses tersebut membutuhkan transfer phosphodiester untuk memotong intron. Reaksi ini
memerlukan sebuah guanin nukleosida atau nukleotida dengan kelompok 3-OH
bebas(GTP, GDP, GMP, atau semua kerja guanosin) sebagai kofaktor plus sebuah kation
monovalen dan kation divalen. Keperluan untuk G-3’-OH absolut, bukan basa yang lain
dapat disubstitusi pada nukleosida atau kofaktor nukleotida. Dua bagian intron yang telah
dipotong akan dipindah ke ikatan phosphodiester yang lain. Aktivitas autokatalisis ini
tergantung pada struktur intron atau struktur sekunder dari precursor tRNA.

Gambar Diagram mekanisme self-splicing dari prekursor rRNA Tetrahymena thermophila dan
sirkulasi subsekuen dari pemotongan/pemecahan intronSplicing Pre-mRNA: snRNAs, snRNPs,
dan Spliceosome
Intron precursor pada inti sel dipotong melalui dua tahap seperti yang terjadi pada
yeast. Akan tetapi pada precursor inti intronnya tidak dipotong oleh enzim nuklease atau ligase.
Intron tersebut dipotong oleh struktur protein yang disebut Spliceosome. Spliceosome
mengandung suatu molekul RNA disebut snRNA.
Tahap awal pemotongan terjadi pada ujung 5’ intron dan 2’-5’ phosphodiester
dibentuk diantara posisi 5’-G yang ditempatkan dekat ujung3’ intron. Pada tahap kedua gen
digabungkan oleh ikatan 3’-5’ phosphodiester dan intron yang telah dibentuk akan dilepaskan.
Tahap-tahap ini terjadi pada Spliceosome dan membutuhkan hidrolisis ATP. Molekul lain yang
terkandung pada spliceosome adalah molekul RNA yang disebut snRNP. Molekul snRNP akan
ditambahkan pada proses pemotongan adar prosesnya berlangsung secara sempurna. Molekul
snRNP U2 diikat pada suatu jaringan yang khusus dan membentuk percabangan. Kemudian
snRNP U5 dan U4 atau U6 ditambahkan untuk menghasilkan spliceosome yang sempurna.
Pada pembelahan ujung 5’ intron, snRNA U4 dilepaskan dari spliceosome. Setelah intron
dipotong, dua bagian ekson digabungkan dengan menyambungan 5’-3’ phosphodiester
sehingga mRNA yang sudah dipotong siap dipindah ke sitoplasma dan melanjutkan proses
transkripsi selanjutnya.

Gambar Mekanisme dari snRNA yang mengandung snRNPs pada nuklear pre-mRNA splicing
Refsya Aulia Fikri (190341864413)
1. Mengapa pada eukariot susunan gen yang ada mengandung banyak intron? Dan
mengapa intron pada akhir tahap transkripsi harus dihilangkan?
Jawaban:
Karena struktur sel eukariot lebih kompleks dibandingkan dengan prokariot, dibutuhkan DNA
yang lebih kompleks juga sehingga intron di sini berfungsi sebagai pengatur keseimbangan
dalam proses transkripsi, mengatur aktivitas gen, sebagai katalis dari beberapa reaksi kimia,
merangsang rybozim untuk splicing (modifikasi pasca transkripsi), struktur stabil intron dapat
melindungi pre-mRNA dari degradasi protein. Oleh karena itu, DNA pada eukariot
mengandung lebih banyak intron. Karena intron tidak akan diterjemahkan, maka ketika telah
selesai transkripsi maka intron harus dihilangkan, sehingga tidak mengganggu proses translasi.
2. Bagaimana fungsi σ (sigma) saat terjadi inisiasi transkripsi?
Jawaban:
Subunit σ mempunyai peranan dalam menstimulasi inisiasi transkripsi tetapi tidak
mempercepat laju pertambahan untaian RNA. Setelah proses inisisasi transkripsi terjadi,
selanjutnya subunit σ terlepas dari enzim inti dan dapat digunakan kembali oleh enzim inti
RNA polymerase yang lain.RNA polymerase inti yang baru tersebut kemudian bergabung
dengan subunit σ yang sebelumnya telah dilepaskan dari enzim RNA polymerase inti lainnya.
Dalam prose penempelan promoter tersebut, subunit σ berperanan dalam menemukan bagian
promoter suatu gen sehingga RNA polymerase dapat menmpel. Selanjutnya RNA polymerase
akan mencari bagian DNA yang mempunyai struktur khas suatu promoter. Setelah RNA
polymerase menempel pada promoter, subunit σ melepaskan diri dari stuktur holoenzim.
Pelepasan subunit σ biasnya terjadi setelah terbentuk molekul RNA sepanjang 8-9 nukleotida.
RNA polymerase inti yang sudah menempel pada promoter akan tetap terikat kuat pada DNA
sehingga tidak lepas.