Penataan ulang urutan gen pada bakteri

Karena bakteri sangat terbatas dalam rekombinasi dan karena banyak gen mereka berfungsi
sebagai unit (operon), Ochman dan Wilson (1987) mengemukakan bahwa evolusi bakteri
dicirikan oleh stabilitas spasial dan temporal dari urutan gen. Namun, dengan diselesaikannya
urutan genom bakteri pertama, menjadi jelas bahwa urutan gen pada bakteri sama sekali tidak
terlindungi (Mushegian dan Koonin 1996b).
Tata urutan gen dalam bakteri

Bakteri sangat terbatas karena itu dalam rekombinasi, mari kita bandingkan urutan gen
antara Haemophilus influenzae dan Mycoplasma genitalium. Watanabe et al. (1997)
mengidentifikasi 184 gen ortologis antara kedua spesies ini. Korespondensi lokasi gen ortologis
ditunjukkan pada Gambar 8.22. Dalam representasi ini, secara informal disebut Grafik
Tsuzumi karena kemiripannya dengan drum tradisional Jepang, garis paralel yang bersebelahan
merupakan indikasi konservasi urutan gen. (Untuk genom sirkular, grafik Tsuzumi adalah tiga
dimensi, tetapi mereka dapat diterjemahkan dua dimensi untuk kenyamanan penyajian tanpa
banyak kehilangan dalam informasi visual.) Sangat jelas dari Gambar 8.22 bahwa garis-garis
yang mengindikasikan konservasi urutan gen jarang terjadi. Faktanya, gen-gen dalam kedua
genom itu tampaknya telah begitu sering dirombak ulang sehingga tampaknya dipesan secara
acak. Situasinya bahkan lebih buruk dalam perbandingan antara

GAMBAR 8.22 Perbandingan posisi fisik gen ortologis antara genom Mycoplasma genitalium
dan Haemophilus influenzae dengan menggunakan grafik Tsuzumi dua dimensi. Untaian M.
genitalium plus (+) dan minus (-) dibandingkan secara terpisah dengan genom H. influenzae.
Gen ortologis dihubungkan oleh garis. Garis terberat mewakili wilayah S10 yang dikonservasi
(lihat Gambar 8.23). Bilah skala disediakan untuk referensi. Dari Watanabe et al. (1997).

H. influenzae dan E. coli, terlepas dari kenyataan bahwa kedua spesies ini lebih dekat
hubungannya satu sama lain daripada H. influenzae dan M. genitalium. Namun demikian,
beberapa daerah konservasi pendek ditemukan, termasuk 11 wilayah yang terdiri dari 2 gen, 5
wilayah yang terdiri dari 3 gen, dan 1 wilayah yang terdiri dari 4 gen. Satu-satunya daerah yang
dilestarikan besar adalah yang disebut wilayah S10, terdiri dari 3 operon dengan 17 gen (Gambar
8.23). Anehnya, wilayah ini adalahjuga ditemukan dilestarikan dalam perbandingan yang lebih
jauh, misalnya, antara cyanobacterium Synechocystis dan archhanon Methanococcus.

Pengaturan ulang urutan gen dalam eukariota

Mempelajari penyusunan ulang urutan gen pada eukariota jauh lebih rumit daripada pada
bakteri karena beberapa alasan. Pertama, genom eukariotik mengandung banyak gen berulang,
dan memutuskan apakah dua gen dari dua organisme bersifat ortologis atau paralog cukup rumit.
Kedua, penyusunan ulang urutan gen melibatkan pergerakan dan pertukaran informasi genetik
antara kromosom dan juga dalam kromosom. Ketiga, urutan gentampaknya menjadi karakter
yang sangat tidak stabil. Misalnya, gen dari kromosom manusia 1 ditemukan pada sembilan
kromosom berbeda pada tikus. Akhirnya, eukariota memiliki jumlah gen yang lebih besar
daripada prokariota, suatu hambatan yang tidak dapat diatasi untuk semua algoritma komputer
yang dirancang untuk mengatasi masalah tersebut.

Dari perbandingan dua peta genom multikromosomal, dimungkinkan untuk memperoleh

informasi tentang variabel-variabel berikut: (1) jumlah syntenies yang dilestarikan; (2) distribusi
jumlah gen di antara syntenies yang dilestarikan; (3) jumlah hubungan terpelihara; dan (4)
distribusi jumlah gen di antara pertalian yang dilestarikan. Dengan mengasumsikan distribusi gen
yang seragam pada genom, dan dengan menggunakan pendekatan kemungkinan maksimum
dengan data urutan gen dari sembilan genom mamalia yang dipetakan dengan baik (sapi,
simpanse, manusia, babun, hamster, tikus, tikus, bulu, dan kucing),Ehrlich et al. (1997)
memperkirakan jumlah breakpoints atau gangguan sintaksis yang diperlukan untuk menjelaskan
perbedaan kariotipe antara dua genom. Temuan utama mereka adalah: (1) penataan ulang urutan
gen terjadi dengan kecepatan luar biasa; (2) tingkat gangguan sintaksis sangat bervariasi di
antara garis keturunan mamalia, dengan garis keturunan tikus mengalami tingkat gangguan
sintaksis 25 kali lebih tinggi daripada garis keturunan kucing; dan (3) meskipun secara teoritis
pertimbangan a priori menyiratkan bahwa penataan ulang antar kromosom

GAMBAR 8.24 Contoh-contoh sinonim dan hubungan yang dilestarikan dan terganggu,
dan kemungkinan alasan gangguan. Gen ditunjukkan dengan huruf kapital. Keterkaitan
ditunjukkan oleh bilah solid. Urutan referensi ditampilkan di tengah. Dimodifikasi dari Ehrlich et
al. (1997).

harus sangat dipilih terhadap, mereka ditemukan terjadi sekitar empat kali lebih sering
daripada penataan ulang intrachromosomal.

Urutan gen sebagai karakter filogenetik

Dalam sebuah studi urutan gen mitokondria pada 137 spesies burung, Mindell et al.
(1998) menunjukkan bahwa evolusi paralel dalam urutan gen cukup umum, dan bahwa urutan
gen yang sama dapat muncul secara independen beberapa kali bahkan dalam taksa terkait erat.
Karena sifat filogenetik yang tidak sedap ini dan sulitnya merekonstruksi urutan kejadian yang
mengarah pada penyusunan ulang tatanan gen, pohon filogenetik berdasarkan tatanan gen sering
mengandung kesalahan mencolok. Misalnya, dengan menggunakan konservasi sintaksis dan
penataan ulang kromosom pada sembilan spesies mamalia,Ehrlich et al. (1997) menyimpulkan
pohon filogenetik yang absurd di mana babon lebih dekat dengan manusia daripada manusia
dengan simpanse, dan karnivora bersifat paraphyletic.

KONTEN GC DI BACTERIA

Ada dua jenis hipotesis untuk menjelaskan variasi kandungan GC pada

bakteri.Pandangan penyeleksi menganggap konten GC sebagai bentuk adaptasi terhadap kondisi
lingkungan. Sebagai contoh, pasangan G: C lebih stabil daripada pasangan A: T karena ikatan
hidrogen tambahan (Bab 1), dan karena itu mungkin ada hubungan antara kandungan GC dan
suhu di mana bakteri terpapar. Memang, studi awal oleh Argos et al. (1979), Kagawa et al.
(1984), dan Kushiro et al. (1987) tampaknya menunjukkanbahwa dalam bakteri termofilik, yang
mendiami ceruk yang sangat panas, mungkin ada penggunaan asam amino preferensi yang
dikodekan oleh kodon kaya GC (misalnya, alanin dan arginin) dan penghindaran asam amino
yang dikodekan oleh kodon miskin GC (misalnya serin dan lisin). Namun, dalam penelitian
ekstensif terhadap 764 spesies prokariotik, Galtier dan Lobry (1997) tidak menemukan korelasi
antara kandungan GC dan suhu pertumbuhan optimal.

Pandangan mutasionis memunculkan bias dalam pola mutasi untuk menjelaskan variasi
dalam konten GC (Sueoka 1964; Muto dan Osawa 1987). Menurut pandangan ini, kandungan
GC dari spesies bakteri tertentu ditentukan oleh keseimbangan antara (1) laju substitusi dari G
atau C ke T atau A, dilambangkan sebagai u; dan (2) laju substitusi dari A atau T ke G atau C,
dilambangkan sebagai v. Pada kesetimbangan,
 konten GC diharapkan menjadi Rasio u / v juga disebut tekanan mutasi GC. Ketika u / v
adalah 3.0, konten GC pada kesetimbangan akan 25%. Begitulah situasi di Mycoplasma
capricolum. Ketika rasionya adalah 1, konten GC akan menjadi 50%, seperti pada Escherichia
coli. Ketika 0,33, konten GC akan menjadi 75%, seperti pada Micrococcus luteus. Untuk
memperkirakan tekanan mutasi GC, disarankan untuk menggunakan situs DNA di mana kendala
selektif tidak ada atau sangat lemah.

GAMBAR 8.25 Isi Genomik GC (tanda kurung) dalam beberapa eubakteria. Pohon filogenetik
unscaled didasarkan pada data dari Galtier dan Gouy (1994) dan Ludwig et al. (1998). Data
konten GC dari Hori dan Osawa (1986) dan Muto et al. (1986, 1987).

Sebagai contoh, kandungan GC di situs degenerasi empat kali lipat dalam gen pengkode
protein M. capricolum lebih rendah dari 10%.Akibatnya, u / v harus lebih tinggi dari 9.
Demikian pula, dalam M. luteus, PCc> 0,9 di situs empat kali lipat; oleh karena itu, u / v <0,11.

GAMBAR 8.26 Korelasi konten GC antara DNA genom total dan posisi kodon pertama
(lingkaran terbuka), kedua (segitiga terbuka), dan ketiga (lingkaran padat). Garis putus-putus
 mewakili harapan teoritis korespondensi yang sempurna antara konten GC dalam genom dan
bahwa dalam kodon.Dimodifikasi dari Muto dan Osawa (1987).

Total konten GC dan konten GC di tiga posisi kodon untuk 11 spesies bakteri yang
mencakup berbagai nilai konten GC. Kita melihat bahwa korelasi pada posisi ketiga menyerupai
harapan untuk kasus tidak ada seleksi. Di sisi lain, korelasi di posisi pertama dan kedua,
meskipun positif, menunjukkan kemiringan yang lebih moderat.

CHIROCHORES

Perbedaan cara untai DNA yang terdepan dan yang tertinggal direplikasi (Bab 1)
Penyimpangan dari

tingkat mutasi yang sama antara dua untai dikuantifikasi dengan menggunakan variabel
yang disebut condong, Sx = y, yang merupakan ukuran ketidaksetaraan antara frekuensi
nukleotida X dan Y pada untai. Dihitung sebagai Jika tidak ada pelanggaran kondisi bias-tanpa-
untai, Sx = y = 0. Nilai kemiringan dihitung untuk jendela geser dengan panjang yang telah
ditentukan dan diplot pada diagram kemiringan (Gambar 8.27).

Lobry (1996c) meneliti tiga genom bakteri dan menemukan deviasi yang cukup besar
dari fc = fG. Itu sendiri tidak terlalu mengejutkan.Namun, yang mengejutkan adalah distribusi
spasial dari kemiringan (Gambar 8.27). Penyimpangan SC = G tiba-tiba beralih arah pada titik
asal dan ujung replikasi. Tiba-tiba saklar dapat diilustrasikan dengan cara representasi vektor
yang disarankan oleh Mizraji dan Ninio (1985).

GAMBAR 8.27 Diagram miring untuk C dan G dalam urutan genomik 200-Kb Bacillus subtilis.
Penyimpangan positif dari 0 ditunjukkan dalam warna hitam. Dari Lobry (1996b).
GAMBAR 8.28 Representasi vektorial dari urutan genom Chlamidia trachomatis dengan metode
Mizraji dan Ninio (1985).Urutan ditarik sebagai lintasan langkah-langkah panjang yang sama di
mana arah setiap langkah ditentukan oleh jenis nukleotida pada posisi (inset). Karena genom itu
bundar, lintasan dimulai (dan berakhir) pada titik acak dalam genom.Bagian atas dan lingkaran
bawah menunjukkan asal dan ujung replikasi, masing-masing.Atas perkenan Dr. Jean R. Lobry.

di mana aturan menentukan gerakan ke kiri, ke atas, ke kanan, dan ke bawah untuk A, C,
T, dan G, masing-masing (Gambar 8.28; Lobry 1996a).

Pergantian nilai SC = G pada asal replikasi terbukti memiliki kesamaan umum pada
bakteri sehingga mereka telah berhasil digunakan untuk mengidentifikasi asal replikasi pada
spesies di mana kurangnya urutan konsensus mencegah identifikasi tepat mereka sebelumnya
(misalnya , Lobry 1996b).

Penjelasan yang paling masuk akal tampaknya bias mutasi.Ada dua garis bukti untuk
klaim ini. Pertama, batas-batas antara chirochores bertepatan dengan asal dan ujung replikasi,dan
ini segera menunjukkan hubungan dengan proses replikasi dan perbaikan DNA. Kedua, bias
relatif dari SC = G = 0 lebih besar untuk daerah intergenik dan posisi kodon ketiga kemudian
untuk posisi kodon pertama dan kedua, seperti yang diharapkan jika bias mutasional.

ORGANISASI KOMPOSITIONAL GENER VERTEBRATE

Keseragaman konten GC genom meskipun bertulang belakanggenom memiliki organisasi

komposisi yang jauh lebih kompleks daripada genom prokariotik. Ketika DNA genom vertebrata
dipotong secara acak menjadi fragmen berukuran 30-100 Kb dan fragmen dipisahkan oleh
komposisi basa mereka, klaster fragmen menjadi sejumlah kecil kelas, dibedakan satu sama lain
oleh konten GC (fragmen kaya GC menjadi lebih berat) dari fragmen kaya AT). Setiap kelas
ditandai oleh pita-pita yang serupa, meskipun tidak identik,komposisi dasar (Bernardi et al.
1985; Bernardi 1989).
Gambar 8.29 Komposisi GC GC dari berbagai kelompok organisme.bentuk sueroka (1964)

dan panjangnya lebih bervariasi daripada prokariota, konten GC menunjukkan variasi eukariota
yang jauh lebih kecil. Secara khusus, genom vertebrata menunjukkan kandungan GC yang cukup
seragam, mulai dari sekitar 40% hingga 45% (Sueoka 1964). Bagian dari alasan kisaran kecil
dalam konten GC dalam vertebrata mungkin karena spesies vertebrata, tidak seperti bakteri,
belum menyimpang cukup lama satu sama lain untuk memungkinkan perbedaan yang cukup
besar dalam konten GC terakumulasi

Distribusi komposisi fragmen DNA sebagian besar tidak tergantung pada ukuran
fragmen, menunjukkan homogenitas komposisi selama peregangan DNA yang sangat
panjang.Peregangan yang homogen seperti itu disebut isochore.Gambar 8.30b menunjukkan
organisasi mosaik dari DNA nuklir dari burung dan mamalia (yaitu, pergantian isochore yang
ringan dan berat).Ketika iso-tugas pecah selama pemotongan DNA, empat keluarga besar
molekul dengan kandungan GC yang berbeda dihasilkan.Bernardi et al. (1985) menyimpulkan
bahwa isokor GCrich (berat) mewakili sekitar sepertiga dari genom burung dan mamalia tetapi
hampir tidak ada pada ikan dan amfibi. Misalnya, dalam Xenopus laevis, fragmen DNA dengan
kandungan GC lebih tinggi dari 42% mewakili kurang dari 10% genom, dibandingkan dengan
lebih dari 40% pada tikus. Pada mamalia, isochores dapat secara kasar ditugaskan ke sejumlah
kecilkeluarga (mis., L1, L2, H1, H 2, H 3, dan H 4) ditandai dengan konten GC mulai dari 30-
60% (Bernardi 1989). Organisasi isochore dasar pada mamalia cukup dilestarikan, tetapi
beberapa taksa telah terbukti memiliki struktur isochore yang berbeda dari yang disebut mamalia
umum.Dengan demikian, genom nuklir mamalia dapat dibagi menjadi fenotip genom
(Mouchiroud1995).Fenotip genom yang paling menyimpang pada mamalia adalah daritikus dan
tikus (Gambar 8.30a).Fenotipe genom murid ini ditandai oleh heterogenitas yang lebih rendah
dalam komposisi nukleotida, yaitu, isokor yang kaya GC tidak begitu kaya dan isokor yang
miskin GC tidak terlalu buruk
 GAMBAR 8.30 (a) Histogram menunjukkan jumlah relatif dan rata-rata kandungan GC dari
isochores DNA utama dari poikilotherm, Cyprinus carpio (batang padat di panel kiri) dan tiga
homeoterm: ayam, tikus, dan manusia (batang putih di panel kanan). (B) Skema yang
menggambarkan organisasi mosaik DNA nuklir dari mamalia dan burung. Ketika isochore
mengalami kerusakan acak selama persiapan DNA, empat keluarga besar molekul dengan
kandungan GC yang berbeda dihasilkan. Beberapa keluarga hibrid kecil (mis., L2H2) juga
dihasilkan. Dimodifikasi dari Bernardi et al. (1985) dan Bernardi (1995).

Peningkatan konten GC pada burung dan mamalia dibandingkan denganbahwa pada ikan
dan amfibi juga didukung oleh data urutan DNA(Bernardi et al. 1985, 1988; Mouchiroud et al.
1987). Gen pengkode protein dari organisme dengan isochores kaya GC umumnya memiliki
kadar GC lebih tinggi di semua posisi kodon daripada gen dari vertebrata yang kekurangan
isochores berat.

Studi awal mengenai waktu replikasi menunjukkan bahwa gen yang terlokalisasi dalam
isokor yang kaya akan GC bereplikasi di awal siklus sel, sedangkan gen yang terlokalisasi dalam
isokor yang miskin dengan GC bereplikasi terlambat (Goldman dkk. 1984; Bernardi dkk. 1985;
Bernardi 1989), tetapi lebih banyak lagi penelitian terbaru (misalnya, Eyre-Walker 1992) gagal
mengungkap hubungan yang jelas.

Distribusi gen dan elemen genetik lainnya di antara isochores

Posisi isokorik dari banyak gen dari manusia dan vertebrata lainnya telah ditentukan
dengan berbagai metode. Studi-studi ini menunjukkan distribusi gen yang sangat non-acak di
seluruh genom. Sebagai contoh, hampir 30% dari semua gen manusia berada di komponen
terberat (H 3), yang hanya mewakili 3-5% dari genom. Menariknya, gen panjang jarang ada di
GCrich isochores. Perbedaan antara gen di daerah yang kaya GC dan yang di daerah miskin GC
hampir seluruhnya dijelaskan oleh intron, yang rata-ratatiga kali lebih lama di daerah miskin GC
(Duret et al. 1995).

Dalam kebanyakan kasus, gen tertanam dalam fragmen DNA yang memiliki kandungan
GC yang mirip dengan gen itu sendiri. Temuan ini memberikan bukti independen untuk
keberadaan isochores, serta untuk ukuran besar dari masing-masing isochores.Memang, karena
fragmen-fragmen penyusun persiapan DNA dihasilkan oleh degradasi acak, kisaran komposisi
yang sempit dari fragmen pembawa gen menunjukkan bahwa mereka sangat homogen dalam
komposisi basa dengan ukuran kira-kira dua kali lebih besar dari fragmen itu sendiri.
Pengamatan ini berlaku tidak hanya untuk gen terisolasi tetapi juga untuk gen berkerumun,
menunjukkan lagi bahwa isochore besar dibandingkan dengan cluster gen yang dieksplorasi,
beberapa di antaranya adalah 40 Kb atau lebih besar. Diperkirakan isochores lebih besar dari 300
Kb. Kadang-kadang, sebuah gen ditemukan dalam fraksi yang mencakup berbagai tingkat GC.
Ini dapat terjadi jika gen yang diteliti terletak dekat dengan perbatasan antara dua isochore,
sehingga kerusakan acak menghasilkan fragmen pembawa gen dari komposisi yang berbeda.

Dukungan lebih lanjut untuk keberadaan isochores dalam genom burung dan mamalia
datang dari analisis data sekuens DNA, yang mengungkapkan korelasi positif antara tingkat gen
GC, eksondan intron, dan tingkat GC di wilayah DNA besar di mana mereka tertanam (Bernardi
dan Bernardi 1985; Bernardi et al. 1985; Ikemura 1985; Aota dan Ikemura 1986). Gambar 8.31
kontras kluster cx- dan 3-globin pada manusia. Gen globin 0 dan 1 suka rendah konten GC, dan
tertanam di wilayah GC rendah. Sebaliknya, gen globin a dan sejenisnya, kaya akan GC dan
tertanamdi wilayah yang kaya akan GC. Situasi yang sama ditemukan pada kelinci, kambing,
dan tikus Pada ayam, keduanya (gen x-dan 0-globin kaya akan GC, dan keduanya tertanam di
daerah kaya GC. Sebaliknya, gen ax-dan P-globin di Xenopus miskin-GC, dan keduanya
tertanam dalam wilayah miskin GC.

Dalam sebagian besar kasus, konten GC di wilayah pengkodean cenderung lebih tinggi
daripada di wilayah mengapit (Gambar 8.32).Kita juga melihat bahwa tingkat GC pada posisi
kodon ketiga rata-rata lebih tinggi dari pada intron, yang pada gilirannya lebih tinggi dari pada di
daerah mengapit 5 'dan 3'. Level GC di daerah mengapit 5 'cenderung lebih tinggi daripada di
daerah mengapit 3', mungkin karena promotor dan daerah sekitarnya cenderung kaya akan GC.

Seperti yang telah kami catat sebelumnya (lihat Gambar 8.10), distribusi SINEs, LINEs,
dan sisa-sisa transposisi dan retroposisi juga tidak didistribusikan secara acak sehubungan
dengan konten GC.Distribusi yang tidak merata juga dicatat untuk situs integrasi retrovirus aktif
(Salinas et al. 1987; Zouback et al. 1994), dan pola metilasi CpG (Caccio et al. 1997).
GAMBAR 8.31 Distribusi konten GC di sepanjang sekuens DNA globin manusia. (a) Kelompok
gen 3-globin; (b) (gugus gen x-globin (tidak lengkap). Gen fungsional (batang) dan pseudogen
disusun dalam urutan yang sama seperti pada Gambar 6.11. Nama gen diperlihatkan di bagian
bawah gambar; wilayah i adalah wilayah intergenik antara C dan W. Dalam keluarga gen 3-
globin dan wilayah yang mencakup gen 01- dan ax2-globin, setiap titik mewakili rata-rata
komposisi GC dari 2.001 nukleotida yang mengelilingi titik, sedangkan di wilayah lain masing-
masing titik mewakili rata-rata 1.401 nukleotida. Garis terputus horisontal mewakili kandungan

GC keseluruhan dari genom manusia (40%).Dimodifikasi dari Ikemura dan Aota (1988).

GAMBAR 8.32 Hubungan antara persentase GC di berbagai daerah gen. (A) Posisi kodon ketiga
dan daerah mengapit 5 '. (B) Posisi kodon ketiga dan intron. (c) Posisi kodon ketiga dan daerah
mengapit 3 '.(d) Intron dan daerah mengapit 5 '.(e) Intron dan daerah mengapit 3 '. (f) daerah
mengapit 5 'dan 3'. Dari Aota dan Ikemura (1986)

Asal isochore

Asal usul isochores yang kaya GC, Wolfe et al. (1989a) mengusulkan bahwa isochores
muncul dari bias mutasi karena perubahan komposisi dalam kumpulan prekursor nukleotida
selama replikasi DNA germline. Isokor yang kaya GC dilakukan pada replika yang mereplikasi
awal dalam siklus sel germline, di mana kumpulan prekursor memiliki kandungan GC yang
tinggi, dan dengan demikian memiliki kecenderungan untuk bermutasi menjadi GC.Sebaliknya,
ATrich isochores bereplikasi di akhir siklus sel, ketika kumpulan prekursor nukleotida memiliki
kandungan AT yang tinggi. Isochores ini akan memiliki kecenderungan untuk bermutasi ke AT.
Kami menyebutnya hipotesis mutasi. Hipotesis inididasarkan pada pengamatan bahwa komposisi
nukleotida kumpulan prekursor berubah selama siklus sel, dan bahwa perubahan tersebut pada
kenyataannya dapat menyebabkan rasio basa yang diubah dalam DNA yang baru disintesis
(Leeds et al. 1985), terutama karena replikasi genom mamalia merupakan proses yang panjang,
memakan waktu delapan jam atau lebih (Holmquist 1987).

Mari kita sekarang memeriksa pro dan kontra untuk masing-masing teori dan
variannya.Salah satu varian dari hipotesis seleksiis menyatakan bahwa peningkatan GC pada
posisi pertama dan kedua kodon dapat memberikan stabilitas termal pada protein karena protein
yang dikodekan oleh kodon kaya GC mengandung asam amino yang lebih tahan terhadap
degradasi panas daripada yang dikodekan oleh kod ATrich (Argos et al. 1979). Suhu tinggi juga
digunakan dalam varian lain dari hipotesis seleksiis, yang mengklaim bahwa intron yang kaya
GC, posisi kodon ketiga, dan daerah yang tidak diterjemahkan dapat meningkatkan stabilitas
termal transkrip mRNA primer, baik karena ikatan G-C lebih kuatdari ikatan A-T (Wada dan
Suyama 1986), atau melalui stabilisasi struktur kromosom oleh interaksi DNA-protein (Bernardi
et al. 1988). Memang, pada beberapa bakteri termofilik, penggunaan preferensi kodon kaya GC
telah dilaporkan (tetapi lihat Galtier dan Lobry 1997). Namun, suhu tubuh dari vertebrata
berdarah panas dan bahkan berdarah dingin tidak bervariasi hampir sama dengan yang dialami
oleh bakteri, dan karena itu suhu mungkin bukan faktor yang sangat penting dalam evolusi
isokor.

Teori-teori seleksiis sangat menekankan pada isokor yang kaya GC karena di situlah
banyak gen manusia berada. Dengan demikian, hipotesis penyeleksi mendalilkan bahwa isokor
kaya-GC dijaga oleh seleksi alam sedangkan isokor miskin-GC tidak.Di bawah hipotesis ini,
tingkat substitusi diam harus lebih tinggi di daerah miskin-GC daripada di daerah kaya GC
karena perubahan diam tunduk pada kendala selektif di daerah yang terakhir tetapi tidak di yang
sebelumnya.Prediksi ini didukung oleh penelitian Ticher dan Graur (1989) pada gen manusia.

Hipotesis seleksiis juga kompatibel dengan konsentrasi gen rumah tangga yang jauh lebih
tinggi di daerah kaya GC. Namun, mungkin ada bias antroposentris terhadap argumen ini.
Memang, banyak gen yang tinggal di wilayah GCrich, tetapi itu hanya melambangkan manusia
dan beberapa spesies mamalia yang diteliti hingga saat ini, dan ada gen penting yang berada di
isochores miskin-GC. Selain itu, penemuan fenotip genomik baru pada marmut (Robinson et al.
1997) menunjukkan bahwa gen homolog dapat berada di isokor kaya-GC dalam satu organisme
tetapi dalam isokor miskin-GC di yang lain, dan bahwa penataan ulang gen antara isochores
dapat terjadi tanpaperubahan struktur isochore keseluruhan. Selain itu, hipotesis penyeleksi tidak
dapat menjelaskan mengapa beberapa gen duplikat memiliki konten GC yang berlawanan.
Sebagai contoh, pada mamalia, klaster 3-globin rendah dalam GC, sedangkan klaster 0a-globin
kaya akan GC (Gambar 8.31),

Di bawah hipotesis mutationist, isochores kaya-GC dan kaya-ATharus memiliki peluang

rendah misincorporation nukleotida dalam replikasi mereka karena yang pertama direplikasi di
awal siklus replikasi DNA germline, di mana konten GC dalam kumpulan prekursor tinggi,
sedangkan yang terakhir direplikasi terlambat dalam siklus replikasi germline DNA, di mana
konten AT di kumpulan prekursor tinggi. Dengan demikian, hipotesis ini memprediksi tingkat
substitusi yang rendah di wilayah kaya GC dan AT atau tingkat tinggi di daerah dengan konten
GC menengah. Ini memang terjadi pada beberapa gen tikus tetapi tidak pada gen lain (Wolfe et
al. 1989a). Perbedaan ini tidak mengherankan, karena kecuali bias mutasi sangat kuat, tingkat
sinonim cenderung dikenakan efek stokastik yang besar.

Sebuah hipotesis mutasionalis mendalilkan bahwa isokor yang kaya GC dan miskin GC
telah muncul karena dalam DNA germline, kerusakan pada loop kromatin yang santai dan
kompak yang masing-masing membawa gen transkripsi aktif dan tidak aktif, masing-masing,
diperbaiki oleh polimerase yang berbeda (Filipski 1987). Memang, penghilangan dimer pirimidin
yang diinduksi-UV jauh lebih efisien dalam gen-gen yang aktif transkripsi daripada pada yang
tidak aktif (Bohr et al. 1985).Namun, ada beberapa kesulitan dengan hipotesis ini. Pertama,
penghapusan dimer hanya terjadi di daerah transkrip dan hanya pada untaian transkrip (Mellon et
al. 1987), dan sangat tidak mungkin bahwa semua daerah yang kaya GC ditranskripsi dalam
germline. Kedua, sulit untuk menjelaskan perbedaan besar dalam tingkat GC antara gen duplikat
seperti cx- dan P-globins (dibahas sebelumnya).

Kesimpulannya, data yang tersedia saat ini tampaknya tidak cukup untuk membedakan
antara dua hipotesis, dan juga mungkin bahwa tekanan mutasi dan seleksi alam telah memainkan
peran dalam membentuk organisasi komposisi genom vertebrata.

DARURAT KODE GENETIK NON UNIVERSAL

Teori kecelakaan beku (Crick 1968) menyatakan bahwa kode bersifat universal bukan
karena keharusan kimia atau fisik, tetapi karena kode genetik kebetulan berevolusi ke titik
tertentu secara kebetulan atau dengan optimasi selektif (misalnya, Figurau 1989), dan ketika
genom tumbuh sedemikian rupa sehingga menentukan produksi banyak protein, aturan
penerjemahan tidak dapat diubah lebih lanjut tanpa mempengaruhi banyak protein sekaligus.
Perubahan drastis seperti itu tidak akan memiliki peluang untuk menjadi jinak, apalagi
menguntungkan. Kedua teori itumemiliki satu kesamaan: mereka menghalangi keberadaan kode
nonuniversal. Namun, kode genetik nonuniversal telah ditemukan, dan mereka selalu dikaitkan
dengan miniaturisasi genom - banyak dari mereka dengan genom mitokondria - serta dengan
tekanan GC-mutasional bias.Maka pertanyaannya adalah bagaimana perubahan dalam kode
genetik dapat berkembang.

Jawaban terbaik sejauh ini tampaknya adalah hipotesis penangkapan kodon (Jukes 1985),
yang mendalilkan bahwa kodon dapat menghilang dari genom-katakan, karena tekanan GC-
mutasional bias atau pergeseran genetik acak-dan kemudian dapat muncul kembali (sebagai
kodon langka) dengan penugasan asam amino yang berbeda.

Untuk menggambarkan fenomena ini, mari kita ambil kodon AAA, yang mengkode lisin
dalam kode genetik universal, sedangkan dalam mitokondria echinodermata (misalnya, bintang
laut dan bulu babi) digunakan untuk asparagin, dan dalam mitokondria hemichordate (misalnya,
cacing biji) tidak dapat dipindahkan (Castresana et al. 1998). Mari kita mulai dengan situasi
dalam kode genetik universal, di mana lisin dikodekan oleh dua kodon (AAA dan AAG) yang
dikenali oleh tRNALYS dengan UUU antikodon (Gambar 8.33a).Tekanan GC dapat mengubah
banyak kodon AAA menjadi AAG tanpa memengaruhi sekuens asam amino. Pada genom kecil,
AAA dapat hilang sama sekali (Gambar 8.33b). Anticodon UUU tidak berpasangan kuat dengan

GAMBAR 8.33 Skenario yang memungkinkan untuk langkah-langkah evolusi (panah bernomor)
diprediksi untuk perubahan dalam penugasan kodon AAA dari lisin dalam kode genetik
universal menjadi asparagin dalam kode genetik mitokondria echinodermata oleh hipotesis
penangkap kodon. (a) Dalam kode genetik universal, lisin dikodekan oleh dua kodon (AAA dan
AAG) yang dikenali oleh tRNALYS dengan antikodon UUU (cloverleaf). Asparagine dikodekan
oleh dua kodon (AAU dan AAC) yang dikenali oleh tRNAAsm dengan antikodon UUU dan
uridine (U) pada posisi 33. (b) Pada langkah 1, kodon AAA menghilang dari genom. (c) Mutasi
mengubah antikodon UUU menjadi CUU, sehingga membatasi pengakuannya hanya untuk
AAG. AAA menjadi kodon yang belum ditetapkan (0). (D) Mutasi mengubah posisi 33 dalam
tRNAASn dari U ke C, sehingga memungkinkannya untuk mengenali AAA juga. (e) kodon
AAA muncul kembali dalam genom dan diterjemahkan ke dalam asparagin. Situasi dalam (c)
mewakili genom mitokondria hemichordate.Situasi dalam (e) mewakili genom mitokondria
echinodermata.Perhatikan bahwa urutan asam amino tetap tidak berubah sepanjang perjalanan
evolusi.Dimodifikasi dari Castresana et al. (1998).