ARTIKEL PENELITIAN

Evaluasi uji Xpert MTB / RIF untuk deteksi Mycobacterium tuberculosis

dalam sampel tinja orang dewasa dengan TBC paru
1 1 1 1 1
S. M. Mazidur Rahman , Umme Tasnim Maliha , Shahriar Ahmed , Senjuti Kabir , Razia Khatun , Javeed
2,3 1
A. Shah , Sayera Banu *

1 Infectious Diseases Division, icddr,b 68, Shaheed Tajuddin Ahmed Sarani, Dhaka, Bangladesh,
2 Department of Medicine, University of Washington, Seattle, Washington, United States of America, 3 VA Puget
Sound Health Care System, Seattle, Washington, United States of America

Abstrak

Latar Belakang
Teknologi pengujian Xpert MTB / RIF (Xpert) memungkinkan diagnosis TB paru (PTB)
yang cepat dan sensitif dari spesimen sputum. Namun, diagnosis PTB sulit untuk pasien yang
tidak dapat memproduksi dahak. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menyelidiki
penggunaan uji Xpert untuk deteksi PTB menggunakan sampel tinja dari subyek dewasa.

Metode
Sampel feses dan sputum dari pasien PTB dengan BTA dan Xpert positif dikumpulkan dari
rumah sakit TB di Dhaka. Sampel tinja dikumpulkan dari orang sehat tanpa gejala TB dari
daerah kumuh Dhaka. Sampel tinja dan sputum didekontaminasi dan dipekatkan
menggunakan larutan NALC-NaOH-Na-sitrat dan sedimen yang dihasilkan digunakan untuk
Xpert, mikroskop dan kultur basil tahan asam basil (AFB).

Hasil
Sebanyak 102 sampel tinja dikumpulkan dari pasien PTB dan 50 sampel tinja lainnya dari
orang sehat tanpa TB. Sensitivitas uji Xpert untuk mendeteksi M. tuberculosis dalam sampel
tinja pasien PTB adalah 90,2% (95% CI, 82,9-95,0). Semua 50 sampel tinja dari individu
yang sehat adalah negatif dengan uji (Spesifisitas 100%; 95% CI, 92.9-100). Dibandingkan
dengan hasil kultur sputum positif, sensitivitas uji Xpert feses adalah 94,8% (95% CI, 88,5-
97,8). Selain itu, Xpert tinja menunjukkan hasil yang konsisten dengan kultur sputum untuk
mendeteksi kerentanan rifampisin. Nilai ambang siklus siklus rpoB yang diperoleh dari
pengujian Xpert berkorelasi secara signifikan dengan basil load dalam tinja yang sesuai
(korelasi Spearman = -0,40, P <0,01) dan sampel dahak (korelasi Spearman = -0,77, P <0,01)
yang ditentukan dengan mikroskop .

Kesimpulan
Pemeriksaan Xpert tinja dapat diterapkan sebagai alternatif dari pengujian dahak untuk
mendeteksi M. tuberculosis dan penentuan akurat kerentanan RIF pada pasien PTB dewasa.
Uji ini akan bermanfaat untuk diagnosis cepat PTB untuk pasien dewasa yang tidak dapat
mengeluarkan dahak.

1
Pengantar
Tuberkulosis (TB) adalah penyakit infeksi mematikan yang disebabkan oleh
Mycobacterium tuberculosis, yang merupakan penyebab utama kematian dari satu agen
infeksi tunggal di seluruh dunia [1]. Menurut Organisasi Kesehatan Dunia (WHO), pada
tahun 2016 diperkirakan ada 10,4 juta kasus TB baru dan 1,3 juta kematian akibat TB [1]. Di
Bangladesh, TB terus menjadi kontributor penting untuk keseluruhan beban penyakit,
menewaskan sekitar 66.000 orang per tahun [1]. Oleh karena itu, deteksi dini dan
menentukan kerentanan obat anti-TB sangat penting untuk keberhasilan pengobatan dan
pengendalian penyakit. Kegagalan secara cepat untuk mendiagnosis dan merawat pasien TB
yang resistan terhadap obat, khususnya yang resisten terhadap multi-obat (MDR) dan pasien
yang resistan terhadap obat secara ekstensif (XDR) menyebabkan peningkatan mortalitas,
pengembangan resistansi terhadap obat dan penyebarannya.[2, 3].
Di daerah miskin sumber daya dengan TB yang tinggi, ada kebutuhan mendesak
untuk menerapkan metode diagnostik cepat baru untuk mendeteksi TB. Diagnosis M.
tuberculosis dan menentukan resistensi obat menggunakan media kultur berbasis padat
dianggap sebagai Gold standar, tetapi metode ini lambat dan membutuhkan sekitar 4-6
minggu untuk mendapatkan hasil kerentanan obat [4]. Uji Xpert MTB / RIF (Xpert)
(Cepheid, Sunnyvale, CA) adalah uji reaksi rantai polimerase (PCR) real-time otomatis, yang
mewakili kemajuan yang signifikan dalam deteksi resistensi TB dan rifampisin (RIF) dalam
waktu 2 jam [ 5, 6]. Pada 2010, WHO mendukung penerapan Xpert untuk Program
Pengendalian TB Nasional (NTP) di negara berkembang [7]. Teknologi Xpert
memungkinkan diagnosis TB paru (PTB) yang cepat dan relatif sensitif dalam spesimen
sputum [8, 9]. Namun, diagnosis PTB sulit untuk pasien yang tidak dapat memproduksi
dahak, masalah yang sangat umum pada anak-anak, pasien HIV-positif dan pasien lanjut usia
[10]. Induksi sputum, aspirasi lambung atau nasofaring, atau bronkoskopi serat optik dapat
digunakan untuk mengambil sekresi paru dari pasien yang tidak dapat memproduksi dahak,
tetapi metode ini invasif dan melibatkan prosedur yang tidak nyaman dengan hasil yang
relatif rendah [11-13] . Dengan demikian, metode noninvasif untuk mendiagnosis PTB tanpa
dahak akan meningkatkan kepedulian untuk populasi pasien yang penting ini.
Pasien PTB mungkin menelan dahak, mengakibatkan Mycobacteria dari dahak masuk
ke saluran gastrointestinal (GI). Dengan demikian, dokter dapat mendeteksi DNA
mikobakteri dalam sampel tinja dengan menggunakan teknik molekuler. Sebagai spesimen
klinis non-invasif, tinja dianggap tersedia, mudah untuk pengumpulan dan memiliki potensi
untuk digunakan untuk mendeteksi M. tuberculosis [14]. Mycobacteria telah berhasil
dideteksi dalam sampel tinja dengan menggunakan mikroskop, kultur dan / atau PCR [15-19].
Uji Xpert telah digunakan untuk mendeteksi PTB menggunakan sampel tinja dari anak-anak
dengan berbagai sensitivitas mulai dari 25-68% [20-24]. Variasi sensitivitas mungkin muncul
sejak dari sejak perbedaan pemrosesan sampel feses yang akan menghilangkan inhibitor PCR
dan mengkonsentrasikan jumlah basil untuk deteksi optimal oleh pengujian Xpert. Dalam
sebuah studi baru-baru ini, uji Xpert dioptimalkan menggunakan jumlah feses yang lebih
besar di mana langkah-langkah juga diambil untuk menghilangkan inhibitor PCR, dan
sensitivitas pengujian ditingkatkan menjadi 84% untuk deteksi PTB pada anak-anak [25].
Namun, ada banyak langkah dalam prosedur pemrosesan sampel termasuk penyaringan
sampel tinja yang mungkin membuat pengujian sulit dilakukan secara rutin untuk
laboratorium dengan beban tinggi. Metode sederhana masih diperlukan untuk memproses
jumlah feses yang lebih besar yang akan meningkatkan sensitivitas uji Xpert untuk
mendeteksi PTB.
Dalam penelitian ini, kami telah mengevaluasi kinerja diagnostik uji Xpert untuk
deteksi M. tuberculosis dalam sampel tinja yang diperoleh dari pasien PTB dewasa. Hasil

2
diagnostik Xpert tinja dinilai terhadap pasien PTB yang dikonfirmasi dan orang sehat tanpa
TB, dan hasil kultur sputum sebagai Gold standar dari pasien PTB.

Bahan dan metode

Pengaturan studi dan pengumpulan spesimen
Penelitian ini dilakukan antara periode Desember 2012 hingga September 2013. Sampel
dahak dan feses dari pasien BTA dan Xpert positif yang dikumpulkan dari penelitian
surveilans TB yang resistan terhadap obat yang disetujui oleh Komite Peninjau Penelitian dan
Komite Tinjauan Etik dari Pusat Internasional untuk Penelitian Penyakit Diarrhoeal,
Bangladesh (icddr, b). Pasien PTB BTA positif didefinisikan sebagai pasien dengan
setidaknya satu spesimen dahak positif untuk basil tahan asam (AFB), termasuk Scanty smear
[26]. Pasien PTB ini dipilih dari 250 pasien TB Hospital di Shyamoli, Dhaka. Sebagai
kontrol, kami mengumpulkan sampel tinja dari orang sehat tanpa gejala TB di daerah kumuh
Mirpur, Dhaka. Peserta terdaftar dalam penelitian ini hanya setelah menerima persetujuan
tertulis dari mereka. Setidaknya 2,0 gram sampel tinja segar dikumpulkan dari masing-
masing subjek dan disimpan dalam wadah tinja steril. Segera setelah pengumpulan, sampel
dipindahkan ke Laboratorium Mycobacteriology dari icddr, b dan disimpan pada suhu -20˚C
sampai diproses dan diuji dengan uji Xpert.

Pemrosesan spesimen tinja

Kira-kira 2 gram tinja dimasukkan ke dalam tabung centrifuge 50 ml dan volume yang
sama dari normal salin steril (0,9% NaCl) ditambahkan ke sampel dan dicampur dengan baik
dengan vortexing. Kemudian normal salin ditambahkan hingga tanda 30 ml dalam tabung
centrifuge dan diinkubasi pada suhu kamar selama 30 menit. Setelah inkubasi, 10 ml
supernatan dipindahkan ke tabung centrifuge 50 ml yang baru dan kemudian didekontaminasi
dan dipekatkan mengikuti metode NaOH Petroff [27]. Secara singkat, volume yang sama dari
larutan N-asetil-L-sistein (NALC) -NaOH-Na-sitrat (0,5% NALC, 4% NaOH, dan 2,94% Na-
sitrat) ditambahkan ke dalam tabung centrifuge dan diinkubasi selama 20 menit pada suhu
kamar. Tabung kemudian diisi dengan saline fosfat buffer steril (PBS) (pH 6,8) hingga tanda
40 ml dan disentrifugasi dua kali pada 3000 g selama 20 menit. Setelah sentrifugasi,
supernatan dibuang dan endapan yang dihasilkan disimpan untuk mikroskop, kultur dan
Xpert.

Mikroskopi dan biakan spesimen tinja

Untuk mikroskopi AFB, satu loop penuh (10 μl) spesimen tinja yang diolah dioleskan
pada slide dan diberi pewarnaan Ziehl-Neelsen (Z-N). Setiap slide diperiksa dengan
mikroskop menggunakan perbesaran 1000X dengan minyak emersi dan dilaporkan negatif,
Scanty, 1+, 2+ dan 3+ seperti yang dijelaskan sebelumnya [28]. Untuk memperkirakan basil,
setiap slide sampel diperiksa untuk 100 lapangan pandang mikroskop dan kemudian jumlah
basil dicatat. Untuk kultur, spesimen olahan pekat kembali dengan 3 ml PBS, dan kemudian 2
loop penuh dari spesimen ini diinokulasi pada dua media Lowenstein Jensen (L-J), dan
diinkubasi pada suhu 37˚C selama 8 minggu. Media L-J yang diinokulasi diperiksa sekali
seminggu untuk melihat pertumbuhan koloni Mycobacteria dan kotaminas bakteri.
Spesimen dianggap kultur negatif ketika tidak ada pertumbuhan yang diamati pada salah satu
dari dua media L-J dalam 8 minggu inkubasi.

Uji Xpert
Satu ml spesimen tinja yang tersuspensi dimasukkan ke dalam tabung centrifuge 15 ml
yang baru. Pengujian Xpert kemudian dilakukan sesuai instruksi pabrikan menggunakan rasio
2: 1 dari reagen Xpert terhadap sampel. Sebelum 2 ml campuran reagen sampel yang tidak

3
aktif dipindahkan ke kartrid uji Xpert, tabung centrifuge secara manual diaduk dua kali
selama periode inkubasi 15 menit pada suhu kamar. Kartrid kemuadian dimasukkan ke dalam
mesin Xpert dan hasil secara otomatis dibaca.

Spesimen dahak
Xpert dilakukan pada spesimen sputum yang tidak diproses mengikuti instruksi dari
pabriknya. Sejumlah spesimen dahak didekontaminasi dan dipekatkan mengikuti metode
NaOH Petroff [27]. Setelah sentrifugasi, supernatan didekontaminasi dan endapan yang
dihasilkan dipekatkan dalam 1,0 ml PBS. Mikroskopi AFB dan kultur dilakukan mengikuti
prosedur yang sama seperti yang dijelaskan di atas untuk spesimen feses. Isolat biakan dari
dahak menjadi sasaran pengujian kerentanan obat (DST) menggunakan metode proporsi
standar dalam media L-J yang mengandung RIF pada 40 μg / ml [4]. Isolat dianggap resisten
terhadap RIF ketika jumlah koloni pada media yang mengandung obat adalah 1% atau lebih
dibandingkan dengan jumlah koloni yang dikembangkan pada media bebas obat.

Analisis data
Informasi dan data laboratorium untuk semua peserta dimasukkan dan dianalisis dengan
menggunakan Paket Statistik untuk Ilmu Sosial (SPSS) versi 20. Analisis univariat dilakukan
untuk menguji hubungan antara variabel demografis dan klinis dari pasien PTB dan orang
sehat yang tidak TB. P <0,05 dianggap sebagai bukti perbedaan yang signifikan. Interval
kepercayaan 95% dihitung dengan menggunakan situs web OPENEPI (http: //
www.openepi.com/Proportion/Proportion.htm). Uji korelasi Spearman digunakan untuk
menghitung korelasi antara nilai Ct dari probe rpoB yang diperoleh dari uji Xpert dan basilli
load dalam sampel tinja / dahak yang ditentukan dengan apusan mikroskopi. Student-t Test
digunakan untuk membandingkan nilai bacilli load dan Xpert rpoB Ct antara sampel feses
dan sputum. Jumlah basil dalam sampel tinja / dahak dihitung dalam 100 lapangan pandang
mikroskopik.'Nilai nol' mikroskop smear didefinisikan ulang sebagai 0,5.

Hasil
Sebanyak 102 sampel tinja dari pasien PTB (usia rata-rata: 33,4 tahun; rentang: 20 hingga
80 tahun; laki-laki: 64) dan 50 sampel tinja lainnya dari orang sehat yang tidak TB (usia rata-
rata: 34 tahun; rentang : 20 hingga 60 tahun, laki-laki: 19) dikumpulkan (Poin data individual
disediakan dalam file informasi pendukung, S1 Dataset). Karakteristik demografis dan klinis
dari subyek penelitian ditunjukkan pada Tabel 1.

Perbandingan Minroskopis AFB/kultur tinja dengan Xpert tinja

Di antara 152 sampel tinja yang diuji dengan uji Xpert, hanya 3 (2%) sampel yang
menghasilkan hasil yang tidak valid untuk deteksi M. tuberculosis. Keterlambatan dalam
amplifikasi kontrol internal (IC) dari uji Xpert dianggap disebabkan oleh adanya inhibitor
dalam spesimen [29]. Nilai rata-rata ± SD dari ambang batas (Ct) IC dari uji Xpert untuk
semua sampel tinja adalah 30,5 ± 3,8. Secara total M. tuberculosis terdeteksi pada 92 dari 102
sampel tinja dari pasien dengan PTB (sensitivitas, 90,2%; 95% CI, 82,9-95,0). Sementara, 50
sampel tinja dari individu non-TB yang sehat adalah negatif dengan uji Xpert (spesifisitas,
100%; 95% CI, 92,9-100). Sampel tinja juga diperiksa dengan mikroskopi AFB dan kultur di
media L-J. Hanya 2 (1,3%) dari 152 sampel tinja ditemukan terkontaminasi dalam media
kultur L-J. Sensitivitas mikroskopi AFB dan kultur untuk mendeteksi M. tuberculosis dalam
sampel tinja dari pasien PTB adalah 53,9% (95% CI, 44,3-63,3) dan 35,3% (95% CI, 26,7-
45,0), masing-masing dan spesifisitas untuk kedua metode dalam sampel tinja dari orang
sehat yang tidak TB adalah 100% (95% CI, 92,9-100) (Tabel 2). Dibandingkan dengan

4
 mikroskopi AFB dan kultur, Xpert lebih efektif dalam mendeteksi M. tuberculosis pada
sampel tinja. Di antara 102 sampel tinja dari pasien PTB, Xpert mendeteksi M. tuberculosis
dalam total 92 (90,2%) sampel baik secara sendiri-sendiri atau dikombinasikan dengan
mikroskopi / kultur AFB. Sedangkan, mikroskopi AFB mendeteksi M. tuberculosis di 55
(53,9%) sampel tinja dikombinasikan dengan Xpert / biakan, dan biakan mendeteksi M.
tuberculosis di 36 (35,3%) sampel dikombinasikan dengan mikroskop Xpert / AFB. Ada 25
(24,5%) dan 6 (5,9%) sampel tinja positif dan negatif untuk M. tuberculosis, masing-masing
dengan ketiga metode. Tidak ada sampel positif dengan hanya mikroskop AFB atau metode
kultur. Dua sampel positif oleh Xpert tetapi terkontaminasi pada kultur. Akhirnya, tiga
sampel tinja tidak valid dengan uji Xpert, yang semuanya adalah mikroskop AFB negatif dan
hanya satu yang kultur positif (Gambar 1).

Tabel 1. Karakteristik demografis dan klinis pasien TB paru dan orang sehat yang
tidak TB

Karakteristik Pasien TB paru Non-TB Individu Sehat (n = 50) P value

(n = 102) n (%) n (%)
Umur, Tahun (Mean) 17.4 (12.3–23.9) 23.0 (17.2–38.9) <0.001
Laki-Laki 64 (62.7) 19 (38) 0.007
BMI 17.4 (12.3–23.9) 23.0 (17.2–38.9) <0.001
Sebelumnya didiagnosis 7 (6.9) 0 (0) 0.096
Riwayat
sebagai TB kontak TB 20 (19.6) 4 (8.0) 0.108
Gejala yang muncul
Penurunan Berat Badan 102 (100) 3 (6.0) <0.001
Demam 100 (98.0) 0 (0) <0.001
Batuk> 2 minggu 102 (100) 2 (4.0) <0.001

Tabel 2. Sensitivitas dan spesifisitas uji Xpert MTB / RIF, mikroskop dan kultur untuk deteksi
Mycobacterium tuberculosis pada sampel tinja paru Pasien TB dan individu sehat non-TB.
Tests Test result Pulmonary TB Non-TB healthy Sensit Specificity %
patients individuals ivity % (95% CI)
(n = 102) (n = 50) (95% CI)
Xpert Positif 92 0 90.2 100
MTB/RIF (82.9–95.0) (92.9–100)
Negatif 7 50
Invalid 3 0
Mikroskopi Positif 55 0 53.9 100
(44.3–63.3) (92.9–100)
Negatif 47 50
Kultur Pada Positif 36 0 35.3 100
Media L-J (26.7–45.0) (92.9–100)
Negatif 64 50
Kontaminasi 2 0

5
 Gambar 1. Diagram Venn menunjukkan distribusi sampel tinja untuk deteksi M. tuberculosis dengan
menggunakan Xpert, AFB mikroskop dan kultur. Di antara 102 sampel tinja dari pasien PTB, total 92 positif
untuk M. tuberculosis dengan uji Xpert, sedangkan, 55 dan 36 sampel positif dengan mikroskop dan kultur
AFB, masing-masing.

Dari 92 sampel tinja positif Xpert, hasil valid untuk kerentanan RIF diperoleh pada 89
sampel, di antaranya 3 (3,4%) resisten dan 86 (96,6%) sensitif. Hasil Indeterminate untuk
kerentanan RIF ditemukan di 3 (3,3%) sampel tinja dan deteksi M. tuberculosis dalam tiga
sampel indeterminate ini sangat rendah dengan uji Xpert. Nilai rpoB Ct rata-rata dari ketiga
sampel indeterminate adalah 34,04, 35,14 dan 35,8.
Di antara 55 sampel tinja mikroskopi AFB positif 54 (98,2%) dan 26 (47,3%), dan di
antaranya 47 AFB mikroskopis sampel tinja negatif 38 (80,9%) dan 10 (21,3%) masing-
masing positif untuk M. tuberculosis oleh Xpert dan kultur. M. tuberculosis pada 92 sampel
tinja positif yang ditentukan oleh Xpert assay adalah sedang, rendah dan sangat rendah
masing-masing 10 (10,9%), 45 (48,9%) dan 37 (40,2%). Tingkat deteksi M. tuberculosis pada
tinja pasien PTB dengan uji Xpert meningkat secara bertahap dengan kadar yang lebih tinggi
dari mikroskop tinja AFB. Tingkat deteksi M. Tuberculosis dalam sampel tinja yang secara
mikroskopis negatif dan scanty adalah 80,9% (38/47) dan 95,8% (23/24). Sementara, tingkat
deteksi adalah 100% (31/31) di antara sampel tinja positif 1+, 2+ dan 3+ mikroskop (S1
Dataset).

Perbandingan apusan dahak / kultur dengan Xpert Feces

Di antara 102 sampel dahak pasien PTB, 2 negatif pada media L-J. Sedangkan, 3 sampel
tinja menghasilkan hasil yang tidak valid oleh Xpert. Oleh karena itu, total 97 sampel tersedia
untuk perbandingan feses Xpert dengan biakan dahak. Ketika dibandingkan dengan hasil
kultur sputum, Xpert feces mendeteksi M. tuberculosis pada 92 dari 97 spesimen kultur
sputum positif (sensitivitas 94,8%; 95% CI, 88,5-97,8). Ketika hasil kerentanan RIF tinja
Xpert dibandingkan dengan hasil kerentanan kultur sputum, Xpert feces mendeteksi semua
3 RIF resistant dan 86 kasus sensitif RIF yang terdeteksi oleh DST pada kultur dahak (Tabel
3).

6
Tabel 3. Sensitivitas dan spesifisitas Stool Xpert untuk deteksi kerentanan rifampisin
dibandingkan dengan hasil kultur sputum.

RIF susceptibility dengan Total

Resisten Sensitif
kultur sputum
RIF susceptibility Resisten 03 0 03
dengan Xpert feces Sensitif 0 86 86

Nilai-nilai threshold (Ct) dari probe rpoB yang diperoleh dari uji Xpert berkorelasi secara
signifikan dengan beban basil dalam tinja yang sesuai (korelasi Spearman = -0,40, P <0,01)
dan dahak (korelasi Spearman = -0,77, P <0,01) sampel yang ditentukan oleh salinan AFB
(Gambar 2). Nilai Xpert Ct yang diperoleh dalam sampel dahak (rata-rata, 17,1; kisaran, 9,5
hingga 27,5) secara signifikan lebih rendah dibandingkan dengan nilai Ct yang diperoleh
dalam sampel tinja (rata-rata, 27,3; kisaran, 17,9 hingga 36,0) (P <0,001). Selain itu, basilli
load dalam 55 sampel tinja positif (rata-rata, 185,58; kisaran, 2 hingga 3280) secara
signifikan lebih rendah dibandingkan dengan basilli load dalam sampel dahak yang sesuai
(rata-rata, 2108,51; kisaran, 4 hingga 6050) (P <0,001).

Gambar 2. Korelasi antara beban basil dan nilai Xpert Ct dalam sampel tinja / dahak. Ada korelasi yang
signifikan antara beban basiler yang ditentukan oleh mikroskop smear dan nilai siklus-ambang (Ct) yang sesuai
dari probe rpoB uji Xpert MTB / RIF untuk mendeteksi Mycobacterium tuberculosis dalam tinja positif Xpert (n
= 92) / sputum (n = 102) sampel. Beban basil setiap sampel ditentukan dengan menghitung jumlah basil dalam
100 bidang mikroskopis. Nilai garis R2 dan regresi spearman paling cocok ditampilkan.

7
Diskusi
Uji Xpert digunakan untuk diagnosis PTB cepat, sensitif dan spesifik dalam spesimen
dahak [8, 9]. Namun, diagnosis PTB sulit untuk pasien yang tidak dapat memproduksi dahak
[10]. Untuk kasus-kasus seperti itu, diagnosis PTB menggunakan spesimen tinja telah
terbukti menjanjikan [15-18]. Dalam penelitian ini, kami telah mengevaluasi uji Xpert untuk
mendeteksi M. tuberculosis pada sampel tinja orang dewasa dengan PTB. Uji ini
menunjukkan hasil yang menjanjikan karena sensitivitas uji adalah 90,2% untuk mendeteksi
M. tuberculosis dalam sampel tinja dari pasien PTB yang dikonfirmasi. Jika dibandingkan
dengan hasil kultur sputum sebagai gold standar, sensitivitas Xpert feses adalah 94,8%.
Sensitivitas uji Xpert yang diperoleh dalam penelitian kami lebih tinggi dibandingkan dengan
penelitian yang baru-baru ini dilakukan yang menunjukkan sensitivitas 85,7% menggunakan
sampel tinja dari kasus PTB dewasa [30].
Sensitivitas uji Xpert dapat bervariasi tergantung pada jumlah tinja yang digunakan.
Dalam penelitian sebelumnya, sensitivitas uji bervariasi dari 25 hingga 68% menggunakan
0,15 gram sampel tinja anak [20, 21, 23]. Sebuah studi baru-baru ini pada percobaan analitik
tinja manusia menunjukkan bahwa sensitivitas Xpert meningkat menggunakan 1,0 gram tinja
dibandingkan dengan volume yang lebih kecil [25]. Pengujian lebih lanjut dengan dugaan
tinja anak menggunakan volume yang lebih besar, Xpert menunjukkan sensitivitas yang lebih
tinggi (84%). Dalam penelitian ini, volume tinja yang lebih besar (2 gram) diproses untuk
pengujian Xpert dan kemudian sensitivitas yang lebih tinggi dibandingkan dengan penelitian
lain yang dicapai [20, 21, 23].
Inhibitor dalam konstituen tinja sering menghambat amplifikasi PCR karena
penghambatan DNA Taq polimerase [31]. Dalam pengujian Xpert, hasil yang tidak valid
disebabkan karena keterlambatan atau tidak adanya Ct dari kontrol internal, yang bisa
disebabkan oleh adanya inhibitor PCR dalam sampel [5]. Pemrosesan sampel tinja yang
efektif sangat penting untuk menghilangkan inhibitor PCR dan untuk mendapatkan hasil yang
valid. Dalam penelitian kami, hanya 2% sampel tinja menunjukkan hasil yang tidak valid,
dan nilai rata-rata ± SD Ct IC tetap 30,5 ± 3,8 untuk semua sampel tinja. Hal ini
menunjukkan bahwa dekontaminasi sampel tinja dan pencucian dua kali dengan PBS cukup
efektif untuk menghilangkan inhibitor PCR. Upaya untuk menghilangkan inhibitor PCR juga
telah diterapkan dalam penelitian baru-baru ini, di mana sampel tinja diperlakukan dengan
buffer pengolahan sampel yang tersedia secara komersial dan kemudian melewati filter
sebelum pengujian dengan pengujian Xpert. Setelah prosedur ini, eliminasi PCR inhibitor
yang efektif hanya tercapai 2,6% dari sampel tinja mengembangkan hasil yang tidak valid
yang mirip dengan penelitian kami saat ini [25].
Dekontaminasi dan konsentrasi spesimen dengan larutan NALC-NaOH-Na-sitrat dianggap
sebagai metode standar yang umum digunakan untuk mendeteksi mikobakteria [27]. Dalam
penelitian kami sebelumnya, kami menunjukkan bahwa dekontaminasi dan konsentrasi
sputum meningkatkan jumlah mikobakteri dan dengan demikian meningkatkan sensitivitas
mikroskop hingga 12% dibandingkan dengan spesimen yang sama ketika dilakukan tanpa
pemrosesan [28]. Dengan mengikuti metode pemrosesan yang sama pada sampel tinja, kami
berhasil mencapai sensitivitas yang lebih tinggi. Bahkan, Xpert menunjukkan korelasi yang
signifikan dengan basilli load di tinja sebagai nilai Ct dari rpoB probe Xpert berkurang
dengan jumlah basil di tinja yang lebih tinggi ditentukan oleh mikroskop. Korelasi yang
serupa juga diamati antara basilli load dan nilai Xpert ropB Ct dalam sampel dahak (Gambar
2). Temuan ini menunjukkan bahwa teknik pemrosesan sampel yang digunakan dalam
penelitian ini sangat efektif untuk mendeteksi M. tuberculosis pada sampel tinja orang
dewasa dengan uji Xpert. Dalam penelitian lain, berdasarkan prinsip teknik pengapungan,
garam atau larutan gula digunakan untuk mengonsentrasikan M. tuberculosis dalam sampel
feses yang dibubuhi jumlah bakteri yang diketahui [32]. Meskipun sejumlah besar M.

8
tuberculosis terdeteksi oleh Xpert menggunakan teknik floatation; prosedur yang dilakukan
lebih banyak dan memerlukan langkah tambahan. Namun, metode pemrosesan yang
digunakan dalam penelitian ini lebih sederhana karena mirip dengan prosedur yang banyak
digunakan di laboratorium untuk pemrosesan dahak sampel.
Selain deteksi M. tuberculosis, penentuan kerentanan rifampisin sangat penting untuk
keberhasilan pengobatan pasien. Xpert tinja kami dioptimalkan mendeteksi semua kasus yang
resisten dan sensitif yang terdeteksi oleh DST pada kultur sputum. Temuan ini sesuai dengan
penelitian sebelumnya di mana feses PCR memiliki kesesuaian tinggi dengan pengujian
berdasarkan kultur untuk penentuan kerentanan rifampisin [18]. Ini mensyaratkan bahwa
selain deteksi M. tuberculosis, kerentanan rifampisin juga dapat ditentukan dengan akurasi
tinggi menggunakan sampel tinja.
Dalam penelitian ini, semua sampel tinja positif mikroskopis tidak positif oleh kultur tinja
L-J. Di antara 55 sampel tinja positif mikroskopis, hanya 26 (47,3%) yang ditemukan positif
oleh kultur, sedangkan 54 (98,2%) sampel ditemukan positif dengan uji Xpert. Dengan
apusan mikroskopis sebagian besar sampel tinja positif ini menunjukkan basil rusak. Dahak
yang tertelan yang mengandung basil tuberkular melalui lingkungan saluran GI yang sangat
asam mungkin telah membunuh sebagian besar bakteri, tetapi DNA muncul dalam tinja. Oleh
karena itu, tidak semua sampel tinja positif mikroskopis menghasilkan pertumbuhan kultur
positif, tetapi positif oleh tinja Xpert. Ketika beban basil dan nilai Xpert rpoB Ct dari sampel
dahak dan tinja dibandingkan, tinja memiliki beban basil yang signifikan rendah dan oleh
karena itu nilai Ct lebih tinggi karena konsentrasi DNA M. tuberculosis yang lebih rendah.
Ini juga menunjukkan bahwa sejumlah besar basil di dahak hilang selama perjalanan melalui
saluran GI, tetapi masih dapat dideteksi dengan sukses di tinja oleh Xpert. Meskipun kurang
sensitif dibandingkan dengan tinja Xpert, tinja mikroskop dan kultur AFB juga bisa
diterapkan deteksi M. tuberculosis dari pasien PTB yang tidak bisa mengeluarkan dahak. Ini
akan sangat membantu untuk pengaturan laboratorium yang kurang Xpert tetapi memiliki
fasilitas untuk mikroskopi AFB dan kultur.
Diagnosis PTB pada anak-anak selalu menantang karena sifat paucibacillary penyakit di
paru-paru dibandingkan dengan orang dewasa [33]. Selain itu, memperoleh spesimen
pernapasan berkualitas baik dari anak-anak bisa sulit, tetapi tinja dapat diperoleh dengan
mudah. Xpert pada sampel tinja telah digunakan untuk mendeteksi PTB pada anak-anak
dengan berbagai tingkat keberhasilan [21-25]. Saat ini, kami menerapkan uji Xpert pada
sampel tinja yang dikumpulkan dari anak-anak yang diduga memiliki PTB mengikuti
prosedur pemrosesan sampel yang dioptimalkan.
Keterbatasan penelitian ini adalah bahwa pasien PTB terdaftar secara acak dari penelitian
pengawasan resistansi obat yang sedang berlangsung, dan sebagai prasyarat dari penelitian
ini, semua pasien PTB adalah mikroskopik positif dan sebagian besar penilaian mereka lebih
dari 1+. Oleh karena itu, tidak mungkin untuk menentukan apakah Xpert dapat mendeteksi
dahak BTA negatif atau pasien PTB dengan beban basil rendah menggunakan sampel tinja.
Semua pasien ini mampu mengeluarkan dahak; Namun, penerima manfaat nyata dari Stool
Xpert adalah mereka yang tidak dapat memproduksi dahak tetapi memiliki PTB. Sebelum
menerapkan uji Xpert pada sampel tinja dari pasien PTB yang dicurigai yang tidak dapat
memproduksi dahak, penting untuk mengetahui apakah Xpert dapat mendeteksi M.
tuberculosis dari sampel tinja pasien yang secara bakteriologis positif. Dalam penelitian ini
kami bertujuan untuk memvalidasi teknik pengolahan tinja dan mengevaluasi kelayakan
mendeteksi M. tuberculosis dari spesimen tinja yang diproses dari pasien yang dikonfirmasi
secara bakteriologis. Kinerja tinggi Xpert feces pada pasien PTB yang dikonfirmasi akan
membuat pengujian lebih menjanjikan untuk evaluasi di masa depan pada sampel tinja dari
pasien PTB yang diduga yang tidak dapat memproduksi dahak. Berdasarkan temuan kami,
studi lebih lanjut direkomendasikan untuk mengungkap kinerja diagnostik uji Xpert yang

9
dioptimalkan ini pada sampel tinja pasien PTB yang tidak dapat menghasilkan dahak.
Keterbatasan lain dari penelitian ini adalah bahwa kami hanya memiliki tiga kasus resistensi
RIF, dan oleh karena itu, perkiraan sensitivitas untuk mendeteksi resistensi RIF memiliki
rentang interval kepercayaan yang luas. Akhirnya, kami tidak bisa mengesampingkan
kemungkinan ko-eksistensi TB usus di antara pasien PTB. Karena prevalensi TB usus
berdampingan di antara pasien PTB tidak diketahui di Bangladesh, pengaruh kehadirannya
pada sensitivitas tinja Xpert tidak dapat dikecualikan.
Sebagai kesimpulan, uji Xpert yang telah kami evaluasi menunjukkan kinerja yang baik
untuk deteksi M. tuberculosis dan penentuan akurat kerentanan RIF di antara pasien PTB
dewasa yang menggunakan sampel tinja. Uji ini akan bermanfaat bagi orang dewasa yang
tidak dapat mengeluarkan dahak, dan dengan demikian meningkatkan diagnosis dan
pengobatan PTB yang cepat.

10